合成生物学相关文章
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当前共找到 69 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-17 |
Sticky enzymes: increased metabolic efficiency via substrate-dependent enzyme clustering
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.05.622105
PMID:39574612
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研究论文 | 提出底物依赖性酶聚集可增加代谢效率的数学建模研究 | 提出通过相分离酶的自组织形成近乎最优大小和间距的簇，且酶的“粘性”受局部底物可用性调节，实现按需聚集 | 主要在理论模型和计算模拟层面，缺乏实验验证实际细胞中该机制的可实现性 | 探索代谢途径中酶自发组织成高效簇的策略以提高代谢效率 | 简单代谢途径中的酶簇自组织行为 | 机器学习 | NA | 数学建模、热力学约束分析 | 数学模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | 底物依赖性酶聚集回路 | 合成生物学, 代谢工程 |
| 2 | 2026-06-15 |
SUPREM: an engineered non-site-specific m6A RNA methyltransferase with highly improved efficiency
2024-11-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae887
PMID:39417589
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研究论文 | 通过祖先序列重建改造细菌DNA甲基转移酶EcoGII，开发出一种高效、非位点特异性的m6A RNA甲基转移酶SUPREM | 首次利用祖先序列重建方法改造非特异性RNA甲基转移酶，显著提升其表达水平、热稳定性和甲基化活性，并鉴定出关键残基 | 未提及SUPREM在体内RNA甲基化修饰的特异性及潜在脱靶效应 | 开发高效的非位点特异性RNA甲基转移酶工具，用于体内RNA甲基化修饰研究 | 细菌DNA甲基转移酶EcoGII及其改造变体SUPREM | 合成生物学 | NA | 纳米孔直接RNA测序, LC-MS/MS, 免疫荧光染色 | NA | RNA序列数据, 质谱数据, 免疫荧光图像 | NA | 祖先序列重建 | 哺乳动物细胞 | NA | 医学, 生物学 |
| 3 | 2026-05-21 |
A generic cell-based biosensor converts bacterial infection signals into chemoattractants for immune cells
2024-11-12, Biofabrication
IF:8.2Q1
DOI:10.1088/1758-5090/ad8bf4
PMID:39467389
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研究论文 | 设计了一种基于合成生物学的细胞生物传感器，将细菌感染信号转化为免疫细胞趋化因子 | 系统具有通用性，可感知多种感染类型并通过增强内源性免疫系统发挥作用，同时实现超敏检测和治疗蛋白输出 | NA | 开发一种通用的细胞基生物传感器/执行器，用于检测和对抗细菌感染 | 基因工程化的传感器/执行细胞 | 合成生物学 | 细菌感染 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 感应I型干扰素的合成电路，包含正反馈环路 | 医学 |
| 4 | 2026-05-20 |
Single-round QuikChange PCR for engineering multiple site-directed mutations in plasmid DNA
2024-11, Analytical biochemistry
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.ab.2024.115621
PMID:39019205
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研究论文 | 开发了一种简单省时的QuikChange PCR方法，用于在质粒DNA中引入多个位点的定向突变 | 在单轮PCR中同时实现多个位点的核苷酸插入、缺失和替换，最长插入28 bp、缺失16 bp，最多可在4个离散位点同时进行小规模替换，且通常筛选5个菌落即可获得成功克隆 | 未提及大规模位点突变或多轮PCR积累突变时的效率限制 | 开发高效的多位点定向诱变方法，以促进蛋白质生物化学、正向遗传学和合成生物学研究 | 质粒DNA和互补寡核苷酸引物 | 分子生物学 | NA | QuikChange PCR | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白质生物化学、正向遗传学、合成生物学 |
| 5 | 2026-04-10 |
Genetic Engineering Approaches for the Microbial Production of Vanillin
2024-11-06, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14111413
PMID:39595589
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综述 | 本文综述了利用基因工程和合成生物学方法提高微生物生产香兰素的研究进展 | 总结了通过基因工程和合成生物学在微生物中增强或构建香兰素生物合成途径的创新策略 | NA | 开发生物技术方法以替代化学合成，满足对天然香兰素的需求 | 香兰素生物合成途径、相关基因与酶、微生物底盘 | 合成生物学 | NA | 基因工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 天然产香兰素微生物、微生物底盘 | 香兰素生物合成途径 | 食品、工业生物技术 |
| 6 | 2026-03-31 |
Assembly of functional microbial ecosystems: from molecular circuits to communities
2024-11-23, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuae026
PMID:39496507
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综述 | 本文综述了从分子电路到群落的功能性微生物生态系统组装，包括交叉通讯和正交调控模块，并提出了一个全面的设计-构建-测试-学习框架 | 系统总结了基于不同调控电路协调微生物生态系统的策略，提出了一个更全面的微生物群落组装框架，整合了遗传电路、通讯工具和工程应用 | NA | 解密、模拟或重建微生物群落，以促进基于联盟的应用 | 微生物生态系统，包括微生物群落及其相互作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 交叉通讯和正交调控模块，涉及代谢物、转录、翻译和翻译后水平 | 工业生物技术, 环境, 农业, 医学 |
| 7 | 2026-02-27 |
Computation-driven redesign of an NRPS-like carboxylic acid reductase improves activity and selectivity
2024-11-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp6775
PMID:39612335
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研究论文 | 本文通过计算驱动重新设计非核糖体肽合成酶样羧酸还原酶的腺苷化结构域，以提高其催化活性和选择性 | 采用基于近似机制的几何标准和Rosetta能量评分，对CARs的“守门员”腺苷化结构域进行重新设计，实现了高达101倍的催化效率提升和86倍的底物特异性增强 | NA | 提高非核糖体肽合成酶样羧酸还原酶的催化效率和底物选择性 | 羧酸还原酶（CARs）的腺苷化结构域 | 合成生物学 | NA | 计算重新设计、Rosetta能量评分 | NA | NA | NA | Rosetta | NA | NA | 工业生物技术 |
| 8 | 2026-01-17 |
Ogataea polymorpha as a next-generation chassis for industrial biotechnology
2024-11, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.03.007
PMID:38622041
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综述 | 本文综述了Ogataea polymorpha作为下一代工业生物技术底盘菌株的独特特性、合成生物学工具开发、化学品生产进展及系统生物学研究 | 将O. polymorpha定位为基于甲醇原料的下一代生物制造平台，并系统整合了其合成生物学工具与代谢工程进展 | NA | 评估O. polymorpha作为工业生物技术底盘菌株的潜力与应用前景 | Ogataea polymorpha酵母菌及其合成生物学工具 | 工业生物技术 | NA | 合成生物学、代谢工程、系统生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具（未具体说明） | Ogataea polymorpha（汉逊酵母） | 细胞代谢网络重编程 | 工业生物技术 |
| 9 | 2025-12-16 |
Reconstructing Early Microbial Life
2024-11, Annual review of microbiology
IF:8.5Q1
|
综述 | 本文综述了早期微生物生命的研究，重点探讨了古代代谢途径，并提出了一个整合微生物学、古生物学和进化合成生物学的跨学科领域框架 | 整合分子生物学、生物信息学和进化合成生物学方法，以重建早期生命的关键生物创新，特别是古代代谢途径 | 将分子遗传学、种群生物学和进化生物学方法应用于前寒武纪生物群的研究仍面临重大挑战 | 重建早期微生物生命，特别是古代代谢途径，以理解生命演化史 | 早期微生物生命，包括其代谢特征和演化过程 | NA | NA | 分子生物学、生物信息学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2025-12-14 |
Cyanobacteriochromes: A Rainbow of Photoreceptors
2024-11, Annual review of microbiology
IF:8.5Q1
|
综述 | 本文综述了蓝藻色素（CBCRs）的光谱调谐、光转换和光生物学特性，以及它们在合成生物学中的应用进展 | 探讨了CBCRs从近紫外到近红外的广泛光循环多样性，并分析了其在合成生物学中的新兴应用 | NA | 研究蓝藻色素的光感受机制及其在光生物学和合成生物学中的作用 | 蓝藻色素（CBCRs）蛋白及其相关的光感受和信号转导过程 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 蓝藻 | 光感受器系统，包括光转换和信号输出域（如组氨酸激酶双域）的调控 | 合成生物学 |
| 11 | 2025-11-17 |
Engineering Cyborg Pathogens through Intracellular Hydrogelation
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00420
PMID:39413025
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研究论文 | 本研究通过细胞内水凝胶化技术将非复制但代谢活跃的赛博格细胞方法扩展到病原细菌 | 将细胞内水凝胶化技术从实验室菌株推广到病原细菌，创建了具有病原特性的赛博格病原体 | 仅研究了特定病原菌株，未涉及其他类型病原体 | 开发具有病原特性的非复制但代谢活跃的赛博格病原体用于生物医学应用 | 不同菌株的病原细菌 | 合成生物学 | NA | 细胞内水凝胶化、共聚焦显微镜、实时PCR | NA | 显微镜图像、基因表达数据 | 多种病原细菌菌株 | 细胞内水凝胶化 | 病原细菌 | 细胞内聚合物凝胶网络 | 医学 |
| 12 | 2025-10-05 |
TeaTFactor: A Prediction Tool for Tea Plant Transcription Factors Based on BERT
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3444466
PMID:39150804
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研究论文 | 开发基于BERT的茶树转录因子预测工具TeaTFactor | 首次将BERT预训练策略应用于茶树转录因子预测，并开发了在线网络服务器 | NA | 开发准确识别茶树转录因子的计算方法 | 茶树转录因子 | 自然语言处理 | NA | BERT预训练 | BERT | 蛋白质序列数据 | NA | NA | 茶树 | NA | 农业 |
| 13 | 2025-10-05 |
Chemical Communication between Giant Vesicles and Gated Nanoparticles for Strip-Based Sensing
2024-11-06, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.4c04022
PMID:39442006
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研究论文 | 本文开发了一种基于巨型囊泡和门控纳米粒子化学通讯的传感系统，用于条带检测 | 首次将巨型囊泡作为发送器与门控介孔纳米粒子作为接收器结合，实现化学通讯并应用于传感系统 | 实际应用验证仍需进一步开展 | 开发基于微纳粒子化学通讯的传感系统 | 巨型单层囊泡和门控介孔纳米粒子 | 纳米技术,合成生物学 | NA | 条带传感,智能手机检测 | NA | 化学信号 | 以细菌毒素α-溶血素为目标分析物进行实际样品测试 | NA | NA | 化学通讯系统,信号放大系统 | 医学检测,环境监测 |
| 14 | 2025-10-05 |
Reconfigurable nanomaterials folded from multicomponent chains of DNA origami voxels
2024-11-27, Science robotics
IF:26.1Q1
DOI:10.1126/scirobotics.adp2309
PMID:39602517
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研究论文 | 开发了一种基于DNA折纸体素的可重构纳米材料系统，通过可编程三维连接实现多种结构的快速重构 | 提出了模块化DNA折纸体素系统，实现了局部连接在柔性和刚性状态间的可编程切换，以及通过柔性链中间体组装提高产率的新方法 | 当前合成系统在分层组装中产率较低，在不同结构间快速高效重构仍面临挑战 | 开发可重构的DNA纳米材料组装系统 | DNA折纸体素及其组装结构 | 纳米技术 | NA | DNA折纸技术 | NA | NA | 12种独特体素原型构建50种结构 | DNA折纸 | NA | 可编程三维连接系统，柔性链中间体组装路径 | 合成生物学, 无机材料组装, 纳米医学 |
| 15 | 2025-10-05 |
Advanced Antibacterial Strategies for Combatting Biomaterial-Associated Infections: A Comprehensive Review
2024 Nov-Dec, Wiley interdisciplinary reviews. Nanomedicine and nanobiotechnology
DOI:10.1002/wnan.2018
PMID:39654369
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综述 | 全面探讨生物材料相关感染的抗菌策略及其机制 | 系统分析多功能抗菌生物材料的集成机制，并提出合成生物学作为对抗抗菌耐药性的新途径 | NA | 指导高效生物相容性抗菌生物材料的设计与开发 | 生物材料表面细菌粘附和生物膜形成机制 | 生物医学工程 | 植入物感染 | NA | NA | 文献资料 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 16 | 2025-10-05 |
Macroscopic Assembly of Materials with Engineered Bacterial Spores via Coiled-Coil Interaction
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00468
PMID:39393788
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研究论文 | 通过工程化细菌孢子的卷曲螺旋相互作用实现宏观材料的组装 | 利用合成生物学方法在孢子表面展示pH响应型自组装蛋白，实现蛋白水平的pH依赖性结合和宏观材料组装 | NA | 设计基于工程化细菌孢子的宏观组装材料 | 工程化细菌孢子及其组装材料 | 合成生物学 | NA | T7驱动表达系统 | NA | NA | NA | T7表达系统 | 细菌孢子 | 表面展示pH响应型自组装蛋白的工程化系统 | 材料 |
| 17 | 2025-10-05 |
Dual-Plasmid Mini-Tn5 System to Stably Integrate Multicopy of Target Genes in Escherichia coli
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00140
PMID:39418641
|
研究论文 | 开发了一种使用双质粒mini-Tn5系统在大肠杆菌中稳定整合多拷贝目标基因的方法 | 首次采用双质粒mini-Tn5系统实现目标基因的多拷贝稳定整合，并设计了可移除抗生素抗性基因的标记系统 | 在不同菌株中整合拷贝数存在差异（RecA+菌株19拷贝，RecA-菌株5拷贝） | 开发稳定高效的多拷贝基因整合方法以提高工程微生物代谢产物产量 | 大肠杆菌菌株（MG1655和XL1-Blue MRF'） | 合成生物学 | NA | 基因整合技术 | NA | 分子生物学数据 | 多种大肠杆菌菌株 | mini-Tn5转座子系统, 双质粒系统 | 大肠杆菌 | 多拷贝基因整合系统，包含可移除抗生素抗性基因标记 | 工业生物技术 |
| 18 | 2025-10-05 |
Engineering Yarrowia lipolytica to Produce l-Malic Acid from Glycerol
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00445
PMID:39444231
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研究论文 | 本研究通过代谢工程和实验室进化改造耶氏酵母，使其能够利用甘油高效生产L-苹果酸 | 首次在耶氏酵母中实现L-苹果酸生产，通过过表达内源基因和异源转运蛋白，结合适应性实验室进化提高产量和耐酸性 | NA | 开发耶氏酵母作为L-苹果酸生产的微生物细胞工厂 | 耶氏酵母(Yarrowia lipolytica) | 合成生物学 | NA | 代谢工程，适应性实验室进化 | NA | NA | NA | 基因过表达，适应性进化 | 耶氏酵母(Yarrowia lipolytica) | L-苹果酸生物合成途径，包括乙醛酸循环途径(异柠檬酸裂解酶、苹果酸合酶、苹果酸脱氢酶)和苹果酸转运蛋白 | 食品工业，化学工业，制药工业 |
| 19 | 2025-10-05 |
Application of a Cell-Free Synthetic Biology Platform for the Reconstitution of Teleocidin B and UK-2A Precursor Biosynthetic Pathways
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00560
PMID:39469830
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研究论文 | 本研究利用植物细胞无蛋白合成系统成功重构了teleocidin B和UK-2A前体两种天然产物的生物合成途径 | 首次在无细胞系统中成功重构了结构复杂程度不同的两种天然产物生物合成途径，并发现TleA与MbtH的直接相互作用 | 未明确说明系统产量与体内系统的比较优势以及规模化应用的可行性 | 开发植物细胞无蛋白合成平台用于天然产物生物合成途径的重构与优化 | teleocidin B-3和UK-2二醇两种天然产物及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 细胞无蛋白合成系统 | NA | NA | NA | BY-2系统, 小麦胚芽CFPS系统 | 烟草BY-2细胞, 小麦胚芽 | teleocidin生物合成途径, UK-2A前体生物合成途径（包含10个蛋白质的复杂途径） | 工业生物技术 |
| 20 | 2025-10-05 |
Balanced Training Sets Improve Deep Learning-Based Prediction of CRISPR sgRNA Activity
2024-11-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00542
PMID:39495623
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研究论文 | 本研究探讨平衡训练集对基于深度学习的CRISPR sgRNA活性预测性能的影响 | 首次系统比较平衡与不平衡数据集对CRISPR sgRNA活性预测模型性能的影响，并验证通过添加合成sgRNA改善不平衡数据集能提升预测准确度 | 研究主要基于特定CRISPR-Cas系统（Cas12a和Cas9）的数据，可能不适用于其他CRISPR系统 | 提高CRISPR sgRNA活性预测的准确性 | CRISPR系统的sgRNA序列 | 机器学习 | NA | CRISPR-Cas筛选 | CNN, LLM | 序列数据 | 来自酵母和人类细胞的CRISPR筛选数据 | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | 酵母, 人类细胞 | NA | 医学, 工业生物技术 |