合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-01	Deep learning revealed the distribution and evolution patterns for invertible promoters across bacterial lineages 2024-Nov-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae966 PMID:39460615	研究论文	本文介绍了一种名为DeepInverton的深度学习模型，用于识别细菌中的可逆启动子（invertons），并分析了其在不同细菌谱系中的分布和进化模式	首次使用深度学习模型DeepInverton在不需要测序读取的情况下识别细菌中的可逆启动子，并揭示了其在病原体中的普遍性和在环境适应中的作用	NA	研究可逆启动子在细菌中的分布和进化模式	细菌基因组和宏基因组中的可逆启动子	机器学习	NA	深度学习	深度学习模型	基因组和宏基因组数据	分析了68,733个细菌基因组和9,382个宏基因组，识别出超过200,000个非冗余的可逆启动子
22	2024-12-01	Synthetic translational coupling element for multiplexed signal processing and cellular control 2024-Nov-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae980 PMID:39526390	研究论文	本文介绍了一种模块化的合成翻译耦合元件（synTCE），并将其与从头设计的核糖调节器和脚趾开关集成，用于多路信号处理和细胞控制	引入了一种新的合成翻译耦合元件（synTCE），并展示了其在逻辑计算和信号传导中的应用	NA	开发定制化的生物系统功能，增强核糖调节器的计算能力和应用性	合成翻译耦合元件（synTCE）及其在生物系统中的应用	合成生物学	NA	合成生物学技术	NA	NA	NA
23	2024-12-01	New-to-nature CO2-dependent acetyl-CoA assimilation enabled by an engineered B12-dependent acyl-CoA mutase 2024-Nov-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53762-9 PMID:39592584	研究论文	本文开发了一种新的自然界不存在的新途径，通过工程化的B12依赖性酰基-CoA变位酶实现CO2依赖的乙酰-CoA同化	本文首次提出了一种新的自然界不存在的新途径，称为Lcm模块，该模块直接连接乙酰-CoA和丙酮酸，并且能够固定CO2而不是释放它	本文主要在体外证明了Lcm模块的功能，尚未在体内环境中进行全面验证	开发一种新的CO2依赖的乙酰-CoA同化途径，以提高生物量产量并减少碳损失	乙酰-CoA和丙酮酸的代谢途径	代谢工程	NA	定向超突变和适应性进化	NA	NA	NA
24	2024-12-01	Cinnamaldehyde in Focus: Antimicrobial Properties, Biosynthetic Pathway, and Industrial Applications 2024-Nov-18, Antibiotics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antibiotics13111095 PMID:39596788	综述	本文综述了肉桂醛（TCA）的抗菌特性、生物合成途径及其在工业中的应用	本文探讨了肉桂醛在破坏微生物膜、抑制生物膜形成和调节病原体关键代谢途径中的作用，并介绍了其在化妆品中的应用	NA	综述肉桂醛的抗菌潜力及其在工业中的应用	肉桂醛的抗菌机制、生物合成途径及其市场和工业应用	NA	NA	代谢工程和合成生物学	NA	NA	NA
25	2024-11-29	Regioselectivity switches between anthraquinone precursor fissions involved in bioactive xanthone biosynthesis 2024-Nov-27, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d4sc06369d PMID:39568878	研究论文	研究了生物活性黄酮类化合物的生物合成途径，特别是如何切换蒽醌前体在C-C键和C-C键断裂之间的选择性	首次揭示了通过BruN和BruM酶的协同作用，实现蒽醌前体在C-C键和C-C键断裂之间的选择性切换	NA	探讨生物活性黄酮类化合物的生物合成机制，特别是蒽醌前体在不同键断裂之间的选择性	蒽醌前体在生物活性黄酮类化合物生物合成中的键断裂选择性	生物化学	NA	多蛋白序列比对、定向蛋白质进化、理论模拟、化学捕获、O追踪、X射线晶体结构分析	NA	蛋白质序列、化学结构	NA
26	2024-11-29	Reconfigurable nanomaterials folded from multicomponent chains of DNA origami voxels 2024-Nov-27, Science robotics IF:26.1Q1 DOI:10.1126/scirobotics.adp2309 PMID:39602517	研究论文	本文开发了一种由DNA折纸体素组成的可编程3D连接模块化系统，展示了多功能的DNA折纸体素池，并实现了快速可逆的结构重构	提出了一种新的DNA折纸体素模块化系统，能够实现快速和可逆的3D结构重构，并通过多步装配路径提高了产量	当前合成系统在分级装配中的产量较低，且在快速和高效重构不同结构方面存在挑战	开发一种能够实现复杂3D纳米结构和设备快速自组装的生物启发式自组装方法	DNA折纸体素及其在纳米材料和纳米机器人系统中的应用	纳米技术	NA	DNA折纸	NA	NA	最多12种独特的DNA折纸体素，组装成50种结构
27	2024-11-29	Construction of engineered probiotic that adhere and display nanobody to neutralize porcine reproductive and respiratory syndrome virus 2024-Nov-14, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-024-04198-8 PMID:39540965	研究论文	研究构建了一种工程益生菌，能够在表面粘附并展示纳米抗体以中和猪繁殖与呼吸综合征病毒	首次提出了一种结合粘附蛋白和纳米抗体的工程益生菌构建策略，具有粘附和中和病毒的双重效果	NA	开发一种新型工程益生菌，用于预防和治疗猪繁殖与呼吸综合征病毒感染	猪繁殖与呼吸综合征病毒、益生菌L. plantarum和E. coli	合成生物学	猪繁殖与呼吸综合征	合成生物学技术	NA	基因组数据	NA
28	2024-11-29	Different transcriptomic and metabolomic analysis of Saccharomyces cerevisiae BY4742 and CEN.PK2-1C strains 2024-Nov-07, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-024-04178-y PMID:39508902	研究论文	研究了两种酵母菌株Saccharomyces cerevisiae BY4742和CEN.PK2-1C的转录组和代谢组差异	首次系统分析了这两种酵母菌株在代谢和转录水平上的差异	研究仅限于两种特定的酵母菌株，结果可能不适用于其他酵母菌株	探讨不同酵母菌株间的转录和代谢变化，为高效酵母细胞工厂的建立提供基础	Saccharomyces cerevisiae BY4742和CEN.PK2-1C菌株	NA	NA	转录组分析和代谢组分析	NA	转录组数据和代谢组数据	两种酵母菌株
29	2024-11-27	Cyanobacteriochromes: A Rainbow of Photoreceptors 2024-Nov, Annual review of microbiology IF:8.5Q1 DOI:10.1146/annurev-micro-041522-094613 PMID:38848579	综述	本文综述了蓝藻光敏色素（CBCR）的谱调谐、光转换和光生物学特性及其在合成生物学中的应用	本文介绍了CBCR在近紫外到近红外范围内的多样性光循环及其在蓝细菌光生物学中的多方面调控作用	NA	探讨蓝藻光敏色素的进化、光转换机制及其在合成生物学中的应用	蓝藻光敏色素（CBCR）及其在光生物学中的作用	生物学	NA	NA	NA	NA	NA
30	2024-11-26	[Removal, detection, and limits of endotoxin in the industry of recombinant proteins] 2024-Nov-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology DOI:10.13345/j.cjb.240051 PMID:39584330	综述	本文综述了重组蛋白生产过程中内毒素的去除、检测及其限值设定	总结了不同行业中重组蛋白产品的内毒素限值，并强调了无论表达宿主是否为细菌，注射用重组蛋白的最终产品都需要进行内毒素检测	NA	为重组蛋白大规模生产过程中内毒素的研究提供参考	重组蛋白生产过程中的内毒素去除、检测及其限值设定	NA	NA	NA	NA	NA	NA
31	2024-11-26	The de novo design and synthesis of yeast chromosome XIII facilitates investigations on aging 2024-Nov-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54130-3 PMID:39578428	研究论文	本文通过设计和合成酵母染色体XIII，研究了其在复制衰老中的作用	成功构建了884 Kb的合成酵母染色体XIII，并利用SCRaMbLE系统获得了具有延长寿命的合成酵母菌株	NA	研究合成酵母染色体在复制衰老中的作用	酵母染色体XIII及其在复制衰老中的作用	合成生物学	NA	SCRaMbLE系统	NA	转录组数据	20株SCRaMbLEd synXIII菌株
32	2024-11-19	Glycyrrhiza, a commonly used medicinal herb: Review of species classification, pharmacology, active ingredient biosynthesis, and synthetic biology 2024-Nov-16, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.11.019 PMID:39551128	综述	本文综述了甘草属植物的分类、药理学、活性成分生物合成和合成生物学	整合了来自不同领域的知识，提供了一个全面理解甘草属植物的独特视角	NA	提供一个全面的视角，为未来的分子育种和合成生物学研究奠定基础	甘草属植物的分类、活性成分及其药理活性、甘草的组学、活性化合物的生物合成途径和代谢工程	NA	NA	代谢工程	NA	NA	NA
33	2024-11-24	Bottom-up synthetic immunology 2024-Nov, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-024-01744-9 PMID:39187581	研究论文	本文探讨了自下而上的合成免疫学作为治疗和预防传染病及癌症的新兴领域	提出了一种基于纳米技术的自下而上合成免疫学方法，以克服传统基因工程免疫细胞的局限性	目前主要限于体外应用，且受到免疫功能固有的复杂调控机制的限制	探索利用纳米技术进行免疫系统工程化的新方法，以改善预防和治疗策略	传染病和癌症的免疫机制	合成生物学	NA	纳米技术	NA	NA	NA
34	2024-11-23	Sticky enzymes: increased metabolic efficiency via substrate-dependent enzyme clustering 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.05.622105 PMID:39574612	研究论文	本文探讨了通过底物依赖的酶聚集来提高代谢效率的机制	提出了酶通过相分离自组织成近似最优大小和间隔的集群，并通过数学模型验证了其对代谢通量和毒性代谢物的显著改善	主要基于数学模型研究，缺乏实验验证	研究酶集群在细胞内的最优组织方式及其对代谢效率的影响	酶集群的形成机制及其对代谢通量和毒性代谢物的影响	代谢工程	NA	数学建模	NA	NA	NA
35	2024-11-22	Superior Photostability of the Unnatural Base 6-Amino-5-nitropyridin-2-ol: A Case Study Using Ultrafast Broadband Fluorescence, Transient Absorption, and Theoretical Computation 2024-Nov-21, The journal of physical chemistry letters IF:4.8Q1 DOI:10.1021/acs.jpclett.4c02751 PMID:39526600	研究论文	研究了非天然碱基6-氨基-5-硝基吡啶-2-醇（Z）在不同溶剂中的激发态动力学	首次全面研究了Z的激发态动力学，发现其具有优越的光稳定性	NA	探讨非天然碱基Z的光稳定性及其在生物和环境应用中的潜力	非天然碱基6-氨基-5-硝基吡啶-2-醇（Z）	NA	NA	超快宽带时间分辨荧光光谱和瞬态吸收光谱	NA	光谱数据	NA
36	2024-11-22	Balanced Training Sets Improve Deep Learning-Based Prediction of CRISPR sgRNA Activity 2024-Nov-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00542 PMID:39495623	研究论文	本文研究了使用平衡和不平衡数据集训练卷积神经网络（CNN）和大语言模型（LLM）对CRISPR sgRNA活性的预测效果	通过在训练集中添加合成sgRNA，提高了在不平衡数据集上预测sgRNA活性的准确性	未提及	探讨平衡训练集对深度学习模型预测CRISPR sgRNA活性的影响	CRISPR-Cas12a筛选数据生成的平衡和不平衡数据集	机器学习	NA	CRISPR-Cas12a筛选	卷积神经网络（CNN）和大语言模型（LLM）	文本	未提及具体数量
37	2024-11-22	Reconstructing Early Microbial Life 2024-Nov, Annual review of microbiology IF:8.5Q1 DOI:10.1146/annurev-micro-041522-103400 PMID:39163590	综述	本文综述了早期微生物生命的研究进展，重点介绍了古代代谢途径及其在生物创新重建中的应用	本文整合了微生物学、古生物学和进化合成生物学，形成了一个新兴的跨学科领域，用于重建古代生物创新	将分子遗传学、群体生物学和进化生物学方法应用于前寒武纪生物研究仍然是一个重大挑战	探讨早期微生物生命的进化及其对地球生态系统的影响	早期微生物生命及其代谢途径	NA	NA	NA	NA	NA	NA
38	2024-11-21	Effective removal of Pb from industrial wastewater: A new approach to remove Pb from wastewater based on engineered yeast 2024-Nov-14, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136516 PMID:39561540	研究论文	本文介绍了一种基于工程酵母的新技术，用于从工业废水中去除铅	开发了一种新的操作技术，基于工程酵母的机制理解和响应面优化方法，解决了大规模处理污染物的高操作成本和技术限制问题	NA	解决铅污染问题，降低操作成本，实现工程酵母在工业应用中的规模化	工程酵母、铅污染的工业废水	生物工程	NA	基因敲除、响应面优化	NA	NA	NA
39	2024-11-21	High-throughput development and characterization of new functional nanobodies for gene regulation and epigenetic control in human cells 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.01.621523 PMID:39554150	研究论文	开发并表征用于基因调控和表观遗传控制的新型功能性纳米抗体	开发了一种新方法，通过酵母展示和高通量筛选，生成针对人类染色质调节因子的小型纳米抗体，用于基因表达的抑制或激活	NA	开发新的纳米抗体用于基因表达和染色质状态的调控	人类细胞中的基因表达和染色质状态	NA	NA	酵母展示	NA	NA	数十个功能性纳米抗体
40	2024-11-20	The Enigma of Transcriptional Activation Domains 2024-Nov-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2024.168766 PMID:39214280	review	本文综述了真核基因激活域（ADs）的机制模型，提出了一种基于表面活性剂样近随机交互作用的新模型	提出了基于表面活性剂样近随机交互作用的新机制模型，与传统生物化学原理不同	NA	重新思考和解释真核基因激活域的功能机制	真核基因激活域及其与基因启动子核小体的交互作用	NA	NA	NA	NA	NA	NA