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当前共找到 251 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-28 |
Targeted Activation of Programmed Cell Death Pathways by Optogenetics
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4047-0_5
PMID:39724344
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研究论文 | 本文介绍了一种利用光遗传学技术激活三种主要程序性细胞死亡（凋亡、坏死性凋亡和焦亡）的协议 | 开发了新的合成生物学工具，通过化学或光遗传学方法在选定的细胞中特异性诱导程序性细胞死亡 | 目前难以在不影响邻近细胞的情况下，在细胞群或复杂组织中靶向和诱导选定细胞的死亡 | 研究如何利用光遗传学技术激活程序性细胞死亡 | 细胞和组织 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-01-03 |
Alternating Cellular Functions by Optogenetic Control of Organelles
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4047-0_13
PMID:39724352
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研究论文 | 本文介绍了一种通过光遗传学调控线粒体-溶酶体接触（MLCs）的方法，以动态控制细胞器功能 | 利用光遗传学技术实现对活细胞中细胞器功能的动态调控，为细胞工程和合成生物学提供创新范式 | NA | 开发一种光遗传学方法来调控细胞器功能，特别是线粒体-溶酶体接触 | 真核细胞中的细胞器，特别是线粒体和溶酶体 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | 光遗传学 | 真核细胞 | 光遗传学调控的线粒体-溶酶体接触（MLCs） | 医学 |
| 3 | 2026-09-14 |
Innate lymphoid cells in the spotlight: from biomarkers to blueprint for innovative immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1655730
PMID:40963622
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综述 | 本文综述了先天淋巴细胞（ILCs）在免疫调节、组织稳态和疾病发病机制中的作用，并探讨其作为生物标志物和创新免疫治疗蓝图的潜力。 | 系统整合了ILC亚群的功能多样性、可塑性和组织驻留性，强调其作为预测、诊断和治疗靶点的作用，并提出结合多组学、单细胞图谱和合成生物学指导ILC疗法设计的新视角。 | ILC亚群异质性、可塑性、组织限制性驻留和有限的可扩展性仍是临床转化的障碍。 | 综述ILC生物学和转化研究进展，探讨其作为生物标志物和治疗靶点的潜力，并展望下一代精准免疫治疗。 | 先天淋巴细胞（ILCs），包括ILC1s、ILC2s、ILC3s和淋巴组织诱导细胞（LTi） | 免疫学，免疫治疗 | 自身免疫疾病，癌症 | NA | NA | 文本 | NA | 嵌合抗原受体（CARs） | NA | NA | 医学 |
| 4 | 2026-09-12 |
Genomically integrated cassettes swapping: bringing modularity to the strain level in Saccharomyces cerevisiae
2025-01-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf032
PMID:40577080
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研究论文 | 本文描述了在酿酒酵母中利用CRISPR介导的盒交换系统，实现基因组整合盒的标准化交换或移除，将模块化提升到菌株水平 | 首次实现了对已整合到基因组中的表达盒进行标准化交换或移除，通过条形码靶向CRISPR（Cas9和Cas12a）一步完成盒的替换或野生型位点恢复，将模块化原则扩展到菌株水平 | 目前仅应用于荧光蛋白表达盒的交换，未展示在复杂代谢途径或工业相关菌株中的应用，效率约90%仍有提升空间 | 开发一种系统，能够轻松地通过CRISPR介导交换或移除先前整合的盒，从而将模块化带到菌株水平，增强修改现有菌株的可能性并减少步骤 | 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的基因组整合表达盒 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | 酿酒酵母 | 基因组整合的荧光蛋白表达盒交换系统 | 工业生物技术 |
| 5 | 2026-09-12 |
In silico encounters: harnessing metabolic modelling to understand plant-microbe interactions
2025-01-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf030
PMID:40705360
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综述 | 本文综述了利用基因组尺度代谢建模研究植物-微生物相互作用的研究进展 | 系统梳理了代谢建模在共生、致病和微生物群落系统中的应用，并探讨了其作为合成微生物群落设计测试平台的潜力 | 作为综述，未提供原始实验数据，且指出了该领域仍面临的挑战，如模型精度和整合多组学数据的困难 | 总结代谢建模在理解植物-微生物相互作用中的应用，并展望未来方向 | 植物-微生物相互作用，包括共生、致病和微生物群落系统 | 系统生物学 | NA | 基因组尺度代谢建模 | 基因组尺度代谢网络模型 | 基因组、宏基因组、表型组等多组学数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
| 6 | 2026-09-12 |
Strength in diversity: unlocking the full potential of engineered living materials with multistrain collaboration
2025-01-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf055
PMID:41206547
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综述 | 本文综述了多菌株协作工程活材料（ELMs）的发展潜力，探讨了通过多菌株分工突破单菌株功能限制的策略 | 提出多菌株协作是解锁工程活材料全部潜力的新方向，通过分工合作克服单菌株代谢负担和功能局限 | 多菌株ELMs仍处于早期发展阶段，面临菌株间协调、竞争和稳定共存的挑战 | 探讨多菌株协作如何拓展工程活材料的功能性和应用范围 | 工程活材料（ELMs）中的微生物系统，包括细菌、真菌、植物和藻类 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌, 真菌, 植物, 藻类 | 多菌株协作系统 | 医学, 建筑, 农业 |
| 7 | 2026-09-12 |
Engineering microorganisms for enhanced tolerance to toxic end-products and intermediates
2025-01-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf053
PMID:41137716
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综述 | 本文系统综述了通过工程化细胞包膜、细胞内组分和细胞外环境来提高微生物对有毒终产物和中间体耐受性的合成生物学策略 | 系统整合了针对细胞包膜、转录因子与修复途径等细胞内组分以及生物膜与细胞间互作等细胞外工程三个层面的微生物耐受性增强策略，并强调了对有毒终产物和中间体工业转化的促进作用 | 作为综述，未提供新的实验数据，且未对各类工程策略进行定量比较或标准化评估 | 系统概述提高微生物对有毒化学品耐受性的工程化策略，推动有毒终产物和中间体微生物生产的工业转化与商业化 | 微生物细胞工厂及其对有毒终产物和中间体的耐受性 | 合成生物学 | NA | 合成生物学策略 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 8 | 2026-09-12 |
Modeling ncRNA-Mediated Circuits in Cell Fate Decision: From Systems Biology to Synthetic Biology
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4290-0_6
PMID:39702707
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综述 | 综述了非编码RNA介导的细胞命运决策回路从系统生物学到合成生物学的数学建模框架与应用 | 以教学方式总结ncRNA数学建模通用框架，整合mRNA、miRNA和ceRNA互调涌现特性，并探讨合成生物学方法理解细胞命运决策设计原理 | 未提供具体实验数据或新模型，仅为综述性总结 | 阐明ncRNA介导的细胞命运决策分子机制，并探索合成生物学方法理解基本设计原理 | 非编码RNA介导的细胞命运决策回路，包括mRNA、miRNA和竞争性内源RNA | 系统生物学，合成生物学 | NA | 数学建模，定量实验分析 | 数学建模框架 | NA | NA | NA | NA | 双稳态开关，正反馈回路，miRNA-mRNA互调回路 | 医学，工业生物技术 |
| 9 | 2026-09-11 |
Metabolic engineering approaches for the biosynthesis of antibiotics
2025-Jan-31, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-024-02628-2
PMID:39891166
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综述 | 本文综述了代谢工程和合成生物学在抗生素发现及高效生产现有抗生素、衍生物和类似物中的最新工具与策略，并给出了代表性案例 | 系统总结了近期代谢工程与合成生物学工具和策略在抗生素发现与生产中的应用，强调其应对多重耐药菌危机的潜力 | 未涉及具体实验验证，主要基于已有研究的归纳与展望 | 探讨如何利用代谢工程和合成生物学策略促进新抗生素的发现以及现有抗生素、衍生物和类似物的高效生产 | 抗生素及其衍生物和类似物、工程酶、细胞工厂 | 代谢工程 | 传染病、多重耐药菌感染 | 代谢工程、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 10 | 2026-09-11 |
Active learning of enhancers and silencers in the developing neural retina
2025-01-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.12.004
PMID:39778579
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研究论文 | 该研究开发了一种主动学习方法，通过结合合成生物学和不确定性采样，训练模型区分由CRX结合位点组成的增强子和沉默子。 | 将主动学习与合成生物学（大规模并行报告基因检测）相结合，通过不确定性采样迭代生成信息量大的训练数据，从而训练出能够区分序列相同但功能相反的CRX位点的模型。 | 模型仅针对CRX转录因子在发育中的神经视网膜中的调控元件，可能无法推广到其他转录因子或细胞类型。 | 解决深度学习模型在基因组序列上训练时无法解释同一转录因子在不同背景下激活或抑制转录的问题，并开发能够区分增强子和沉默子的模型。 | 由光感受器转录因子锥杆同源盒（CRX）结合位点组成的增强子和沉默子。 | 机器学习 | NA | 大规模并行报告基因检测（MPRA）、合成生物学、主动学习 | 深度学习模型 | 基因组序列、报告基因检测数据 | 近所有基因组结合的CRX位点，以及多轮MPRA数据 | NA | NA | NA | 医学 |
| 11 | 2026-09-06 |
Public attitudes to potential synthetic cells applications: Pragmatic support and ethical acceptance
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0319337
PMID:40014593
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研究论文 | 本研究通过调查13个欧洲国家的公众对合成细胞潜在应用的态度，发现公众对有益社会的应用（如医疗）持支持态度，并构建了决策树模型分析影响因素。 | 首次基于全国代表性样本在13个欧洲国家进行前瞻性合成细胞技术的公众态度调查，采用数据驱动方法建立决策树模型，识别影响公众态度的关键因素。 | 仅针对13个欧洲国家，可能无法代表其他地区或文化背景的公众态度。 | 探索公众对前瞻性合成细胞应用（如抗癌治疗、CO2转化、工业废物回收）的态度及相关因素。 | 来自13个欧洲国家的公众样本（N=8382）。 | 机器学习 | 癌症 | NA | 决策树 | 调查问卷数据 | 8382名参与者（来自13个欧洲国家） | NA | NA | NA | 医学、环境、工业生物技术 |
| 12 | 2026-09-05 |
Yeast-secreted compounds with antifungal activity-screening, genetic parts, biosynthetic pathways, and regulation
2025-01-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf068
PMID:41258858
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综述 | 本文综述了酵母分泌的具有抗真菌活性的化合物，包括小分子和蛋白质，并讨论了其筛选方法、生物合成途径及调控机制，旨在促进其应用开发。 | 整合了酵母抗真菌化合物的分子知识，提出了针对不同分子类别的筛选方法，并探讨了通过合成生物学工具进行工程化改造的可能性。 | 缺乏对化合物化学结构、作用机制、生物合成及其调控的深入基础认识，且研究多停留在理论层面。 | 促进对酵母抗真菌化合物的理解，以支持其在生物防治、食品保存和人类健康等领域的应用开发。 | 酵母分泌的抗真菌化合物，包括小分子（如铁螯合剂、生物表面活性剂、挥发性有机化合物）和蛋白质（如霉菌素、水解酶）。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文献 | NA | 合成生物学工具 | 酵母 | NA | 农业, 食品, 人类健康 |
| 13 | 2026-09-05 |
Genome-based exploration of volatile flavor diversity from food yeast species
2025-01-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf067
PMID:41269214
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综述 | 本文综述了食品酵母物种中挥发性风味化合物形成的基因组学见解，涵盖酯类、苯环类、硫化合物和酚类衍生物等途径，并探讨了共发酵和组学分析对食品发酵创新的推动作用。 | 通过基因组规模技术解析酵母挥发性风味多样性，强调共发酵策略（如酿酒酵母与非传统酵母配对）替代单菌株优化，并展望合成生物学在工业应用中的潜力。 | 作为小型综述，可能未涵盖所有酵母物种或风味途径的详细实验数据，未来研究需结合更多组学验证。 | 总结基因组学对酵母挥发性风味化合物形成途径的洞见，并探讨共发酵和组学分析在食品发酵创新中的应用前景。 | 食品酵母物种，特别是酿酒酵母和非传统酵母菌种。 | 机器学习 | NA | 基因组分析、组学分析 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | 食品工业 |
| 14 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of Multigene Constructs Using the Modular Cloning System MoClo
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_2
PMID:39363064
|
研究论文 | 本文描述了使用模块化克隆系统MoClo进行多基因构建体组装的实验方案 | 提供了一套标准化的MoClo系统组装多基因构建体的详细步骤，包括定义构建体结构、识别基本部件和载体，以及遵循标准规则进行单锅组装 | 未明确提及 | 介绍MoClo系统用于多基因构建体组装的方法，以促进合成生物学研究 | 多基因构建体及其组成部件和载体 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆，类型IIS酶DNA组装 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly, MoClo | NA | 多基因构建体 | 生物研究, 合成生物学 |
| 15 | 2026-08-29 |
Standardized Golden Gate Assembly Metadata Representation Using SBOL
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_6
PMID:39363068
|
研究论文 | 本文介绍了一个软件工具，用于创建基于SBOL标准的构建计划表示，以模拟Type IIS介导的Golden Gate组装反应并存储相关元数据 | 提出了一个将Golden Gate组装构建计划标准化为SBOL表示的软件工具，支持模拟Type IIS介导的组装反应，并实现机器可读的元数据存储 | 未在摘要中明确提及局限性 | 实现Golden Gate组装构建计划的标准化表示，以促进合成生物学中的信息交流和自动化 | Golden Gate组装标准（如MoClo、Phytobricks、Loop）和SBOL表示 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 文本和元数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | Golden Gate组装反应 | 工业生物技术 |
| 16 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of MoClo Standard Parts
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_1
PMID:39363063
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研究论文 | 本文提供了克隆MoClo标准部件（level 0模块）的详细实验方案，包括引物设计、PCR扩增和Golden Gate克隆步骤 | 给出了用于MoClo系统的level 0模块克隆的标准化规程，特别涵盖了大片段部件的中间-1级克隆策略 | 未提及 | 为合成生物学研究者提供可复现的MoClo标准部件克隆方法 | MoClo标准部件（level 0模块）及其亚部件 | 合成生物学 | NA | PCR, Golden Gate克隆, DNA测序 | NA | DNA序列 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 多基因构建体 | 工业生物技术 |
| 17 | 2026-08-29 |
Automation and Miniaturization of Golden Gate DNA Assembly Reactions Using Acoustic Dispensers
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_9
PMID:39363071
|
研究论文 | 本文介绍了一种利用声学分配器自动化和小型化Golden Gate DNA组装反应的方法，将反应体积从传统的10-25 μL减少到1 μL | 首次将声学液体处理技术应用于Golden Gate克隆反应的小型化，实现了无吸头、高通量、低成本的DNA组装自动化 | 摘要未提及具体局限性 | 开发并验证一种自动化、小型化的Golden Gate DNA组装反应协议，以减少试剂消耗和塑料废物 | Golden Gate克隆反应及其DNA组装过程 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装、声学液体处理 | NA | 实验数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | DNA组装反应（模块化克隆） | 工业生物技术 |
| 18 | 2026-08-29 |
Validation of Golden Gate Assemblies Using Highly Multiplexed Nanopore Amplicon Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_10
PMID:39363072
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研究论文 | 本文介绍了一种使用高度多重纳米孔扩增子测序验证Golden Gate组装结果的方法，称为DuBA.flow工作流程。 | 提出了一种结合双条形码扩增子测序与纳米孔平台的DuBA.flow流程，实现了从单菌落到最终测序报告的全流程序列验证，适用于高组合复杂性的文库组装。 | 摘要未提及具体局限性。 | 提供一种详细、易操作的协议，用于对Golden Gate组装结果进行高效的序列验证，特别是在使用部分文库导致高组合复杂性的情况下。 | Golden Gate组装产物，包括转录单元和多基因构建体。 | 合成生物学 | NA | 纳米孔测序 | NA | 测序数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 转录单元和多基因构建体的组装 | 工业生物技术 |
| 19 | 2026-08-29 |
Biofoundry-Assisted Golden Gate Cloning with AssemblyTron
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_8
PMID:39363070
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研究论文 | 本文介绍了AssemblyTron，一个开源Python包，用于在OpenTrons OT-2实验室机器人上自动化Golden Gate组装，并升级其功能以支持模块化克隆载体、突变文库和索引质粒文库的构建。 | 通过开源机器人自动化Golden Gate组装，提升了错误率、资源消耗和培训要求，适用于复杂DNA构建和组合文库，且成本低、易用。 | 未提及 | 提供低成本的自动化解决方案，以简化合成生物学中的Golden Gate克隆和文库构建。 | 自动化Golden Gate组装流程及升级能力 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 实验数据 | 未提及 | Golden Gate Assembly | NA | 模块化克隆载体、突变文库和索引质粒文库 | 工业生物技术 |
| 20 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of Expression Plasmids for Synthetic Small RNAs in Bacteria
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_17
PMID:39363079
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Golden Gate组装技术的高效构建大肠杆菌合成小RNA表达质粒的方法，并提供了相关协议和设计工具G-GArden | 提出了一种基于Golden Gate组装的质粒系列和快速构建合成小RNA表达质粒的协议，并开发了G-GArden工具用于辅助设计寡核苷酸和悬突以实现无痕组装 | 文中未提及具体局限性 | 开发快速高效构建合成小RNA表达质粒的方法，应用于合成生物学领域 | 大肠杆菌中的合成小RNA表达质粒 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 质粒序列和寡核苷酸序列 | NA | Golden Gate Assembly | 大肠杆菌 | 合成小RNA表达质粒 | 工业生物技术 |