合成生物学相关文章
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当前共找到 222 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-14 |
Investigating DNA words and their distributions across the tree of life
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.040
PMID:41377119
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研究论文 | 本研究系统分析了超过22.5万个跨越生命三域及病毒基因组的k-mer频率分布，发现Zipf定律在建模k-mer分布时表现不佳，并提出截断幂律和Zipf-Mandelbrot分布作为更优的替代模型 | 首次在大规模跨物种基因组数据中系统验证Zipf定律的适用性，并提出更优的统计分布模型；开发了基于k-mer分布评估人工基因组生物学合理性的新方法 | 未深入探讨特定生物过程（如选择压力、突变偏好）对k-mer分布的具体影响机制 | 探究DNA k-mer在生命之树中的分布规律及其演化意义 | 225,000+个涵盖生命三域（细菌、古菌、真核生物）及病毒的基因组组装 | 计算生物学 | NA | k-mer频谱分析、统计建模、基因组模拟 | 截断幂律分布、Zipf-Mandelbrot分布、Heaps定律、深度生成语言模型 | 基因组序列数据 | 超过225,000个基因组组装 | NA | NA | NA | 合成生物学、进化序列分析 |
| 2 | 2025-12-13 |
From pandemics to preparedness: harnessing AI, CRISPR, and synthetic biology to counter biosecurity threats
2025, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2025.1711344
PMID:41383331
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综述 | 本文综述了利用人工智能、CRISPR和合成生物学等新兴技术应对生物安全威胁的策略与进展 | 系统整合了AI流行病预测、CRISPR诊断、mRNA疫苗平台、数字流行病学及纳米技术防护装备等多领域前沿技术，提出构建协同防御体系的创新框架 | 未提供具体技术实施方案的定量评估数据，且对伦理法律问题的讨论停留在原则层面 | 探讨如何通过跨学科技术融合提升全球生物安全防御能力 | 生物安全威胁（自然疫情、实验室事故、生物恐怖主义）及其应对技术体系 | NA | NA | 下一代测序（NGS）、CRISPR诊断、mRNA/DNA疫苗平台、单克隆抗体技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 3 | 2025-12-08 |
Designing novel peptides with amyloid-β binding and clearance potential using BiLSTM and molecular dynamics
2025, Frontiers in artificial intelligence
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/frai.2025.1709505
PMID:41346856
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研究论文 | 本研究提出了一种基于双向长短期记忆网络（BiLSTM）和分子动力学的两阶段框架，用于设计具有与淀粉样蛋白-β结合和清除潜力的新型肽段 | 开发了一种新颖的两阶段BiLSTM框架，该框架在具有特定基因本体（GO）注释的全长蛋白质上进行训练，并在实验验证的肽段片段上进行微调，以生成针对特定靶点（如Aβ42）的功能性短肽 | 训练数据包含了与Aβ清除相关的蛋白质，但计算验证仅涉及结合相互作用；清除潜力仍是一个有待未来实验验证的假设 | 开发一种可推广的、人工智能驱动的功能性肽段设计流程，用于治疗发现和合成生物学 | 针对阿尔茨海默病关键病理因子Aβ42的新型肽段 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 分子动力学模拟，AlphaFold2结构建模，pyDockWEB对接 | BiLSTM | 序列数据（蛋白质和肽段序列） | 从1000个AI生成的序列中筛选出25个候选，最终优先考虑11个（ADNP1-ADNP11） | NA | NA | NA | 医学 |
| 4 | 2025-12-07 |
Genome-based exploration of volatile flavor diversity from food yeast species
2025-Jan-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf067
PMID:41269214
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综述 | 本文综述了基于基因组技术探索食品酵母物种中挥发性风味多样性的最新进展，重点关注酯类、苯类、硫化合物和酚类衍生物的形成途径，并展望了通过共发酵和合成生物学推动食品发酵创新的未来方向 | 利用基因组尺度技术重新定义风味多样性研究，结合共发酵策略和组学分析，为下一代食品发酵创新提供新视角 | 作为一篇小型综述，可能未全面覆盖所有相关研究或实验细节 | 探索食品酵母物种中挥发性风味化合物的遗传和进化驱动因素，以促进食品发酵创新 | 各种酵母物种，特别是酿酒酵母与非传统酵母物种 | 合成生物学 | NA | 基因组尺度技术、组学分析 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 酿酒酵母、非传统酵母物种 | 酯类、苯类、硫化合物和酚类衍生物的生物合成途径 | 食品、工业生物技术 |
| 5 | 2025-12-05 |
Strength in diversity: unlocking the full potential of engineered living materials with multistrain collaboration
2025-Jan-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf055
PMID:41206547
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研究论文 | 本文探讨了工程活材料中多菌株协作的潜力，以提升其功能和适用性 | 提出利用多菌株协作来克服单菌株在代谢负担和工程化方面的限制，从而扩展ELMs的功能 | 多菌株ELMs技术尚处于早期阶段，具体应用和稳定性有待进一步研究 | 研究如何通过多菌株协作优化工程活材料的设计和性能 | 工程活材料，特别是包含细菌、真菌、植物或藻类等生物的材料 | 合成生物学与材料科学交叉领域 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌、真菌、植物、藻类 | 多菌株协作系统，旨在实现自组装、驱动和动态交互等功能 | 医疗保健、建筑、农业 |
| 6 | 2025-12-04 |
Intergenerational justice, the impending sixth mass extinction, reproduction and advanced biotechnologies, and humanity's future
2025, Cambridge prisms. Extinction
DOI:10.1017/ext.2025.10005
PMID:41322091
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综述 | 本文探讨了代际正义、第六次大规模灭绝威胁以及生殖与先进生物技术在物种保护和生物圈可持续性中的作用 | 提出将生殖生物技术和合成生物学应用于物种复活、遗传多样性保存及生物圈管理，作为应对灭绝危机的新策略 | 伦理和法律框架仍在演变中，涉及基因工程、超人类主义和古代物种复活等问题 | 研究如何利用先进生物技术促进物种保护、遗传多样性维护和生物圈可持续性，以支持代际正义 | 濒危物种、遗传多样性、生物圈可持续性以及人类和动物健康 | NA | NA | 基因工程、合成生物学、野生动物生物库 | NA | NA | 超过3000种极度濒危的陆地/淡水物种 | NA | NA | NA | 环境、医学、农业 |
| 7 | 2025-12-04 |
Genetic engineering frontiers in cell manipulation-based tissue engineering: A comprehensive review
2025, BioImpacts : BI
IF:2.2Q3
DOI:10.34172/bi.30973
PMID:41322390
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综述 | 本文综述了基于细胞操作的基因工程前沿技术在组织工程中的应用，探讨了其变革潜力 | 整合CRISPR-Cas9、TALENs和合成生物学等先进基因工程技术，结合3D生物打印、微流控和智能生物材料，推动复杂组织构建 | 存在长期遗传稳定性、可扩展性和脱靶效应等挑战，以及伦理和监管问题 | 探索基因工程在细胞操作组织工程中的前沿应用，以应对功能性组织替代的需求 | 软骨、骨骼、心脏、神经、皮肤和血管等多种工程化组织 | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALENs, 合成生物学, 碱基编辑, 合成遗传电路 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 哺乳动物细胞 | 合成遗传电路 | 医学 |
| 8 | 2025-12-01 |
Optimizing nitrogen use efficiency in forest plantations: mechanistic insights from Arabidopsis, crops, and natural forestry ecosystems
2025, Forestry research
DOI:10.48130/forres-0025-0029
PMID:41312404
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综述 | 本文综述了森林人工林氮素利用效率的优化策略，通过整合拟南芥、作物和天然林生态系统的氮利用机制提出改进方案 | 首次系统整合三大系统的氮利用机制，并提出利用关键调控基因和合成生物学方法定向增强森林人工林氮素利用效率的创新思路 | 主要基于理论分析和现有研究综述，缺乏实际田间试验验证 | 提高森林人工林的氮素利用效率 | 森林人工林（如杨树和桉树）、拟南芥、作物和天然森林生态系统 | 植物生理学与林业科学 | NA | 合成生物学、基因调控 | NA | 文献资料与理论分析 | NA | NA | NA | NA | 农业、林业 |
| 9 | 2025-11-27 |
Phenylpropanoid methyl esterase unlocks catabolism of aromatic biological nitrification inhibitors
2025-Jan-02, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wraf251
PMID:41230824
|
研究论文 | 本研究发现了微生物降解芳香族硝化抑制剂苯丙烷类甲酯的新途径 | 鉴定了一种先前未知的苯丙烷类甲酯降解微生物途径，并发现两种新型酶包括新鉴定的苯丙烷甲酯酶 | 仅初步揭示了微生物降解途径，对土壤中抑制剂降解的整体理解仍需进一步研究 | 研究微生物对芳香族硝化抑制剂的降解机制 | 苯丙烷类甲酯（一类芳香族硝化抑制剂）及其降解微生物 | 合成生物学 | NA | 转录组学、高通量功能基因组学、遗传分析、生化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、生化数据 | NA | 基因转移 | 细菌 | 苯丙烷类甲酯降解途径 | 农业、环境 |
| 10 | 2025-11-22 |
SpatialPPIv2: Enhancing protein-protein interaction prediction through graph neural networks with protein language models
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.022
PMID:41255828
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研究论文 | 提出了一种基于图神经网络和蛋白质语言模型的蛋白质-蛋白质相互作用预测方法SpatialPPIv2 | 不再依赖蛋白质结构预测算法，能够独立预测蛋白质相互作用，结合大型语言模型和图注意力网络 | NA | 提高蛋白质-蛋白质相互作用预测的特异性和鲁棒性 | 蛋白质-蛋白质相互作用 | 生物信息学 | NA | 图神经网络，蛋白质语言模型 | 图注意力网络 | 蛋白质序列和结构数据 | PINDER数据集（包含RCSB PDB和AlphaFold数据库的相互作用数据） | NA | NA | NA | 药物发现，合成生物学 |
| 11 | 2025-11-16 |
Harnessing Lactobacillus-derived SCFAs for food and health: Pathways, genes, and functional implications
2025, Current research in microbial sciences
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.crmicr.2025.100496
PMID:41230178
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综述 | 本文综述了乳酸杆菌产生短链脂肪酸的生物合成能力、代谢工程策略及其在食品与健康领域的应用前景 | 系统评估乳酸杆菌作为短链脂肪酸生产菌的潜力，并整合合成生物学和代谢工程策略提高产量 | 菌株变异性、递送策略和监管障碍限制了临床和食品系统的转化应用 | 探讨乳酸杆菌产生短链脂肪酸的机制及其在健康和食品领域的应用 | 乳酸杆菌及其产生的短链脂肪酸（特别是乙酸盐和乳酸盐） | 合成生物学 | 炎症性疾病、代谢疾病、神经免疫疾病 | CRISPR编辑、共培养优化 | NA | NA | NA | CRISPR | 乳酸杆菌 | 基因回路设计 | 食品, 医药 |
| 12 | 2025-11-16 |
Plant synthetic biology: from knowledge to biomolecules
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1562216
PMID:41230228
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综述 | 本文综述植物合成生物学在解决人类健康和农业复杂问题方面的创新方法及其技术基础 | 整合多学科工具系统阐述植物合成生物学从知识到生物分子的转化路径，强调植物系统在表达植物源酶和合成复杂分子方面的独特优势 | 存在转化效率、监管瓶颈和通路稳定性等障碍 | 探讨植物合成生物学作为可持续生物制造和功能生物分子生产的理论基础 | 植物系统及其代谢途径 | 合成生物学 | NA | DNA合成、可编程基因电路、CRISPR/Cas基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物系统 | 合成电路设计、代谢途径重编程 | 医药, 农业 |
| 13 | 2025-11-14 |
Engineering microorganisms for enhanced tolerance to toxic end-products and intermediates
2025-Jan-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf053
PMID:41137716
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综述 | 系统概述通过合成生物学策略增强微生物对有毒终产物和中间体耐受性的方法 | 全面总结细胞包膜工程、胞内组分工程和胞外工程等多元化的耐受性增强策略 | NA | 促进有毒终产物和中间体微生物生产的工业转化和商业化 | 微生物细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 合成生物学策略 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | NA | 工业生物技术 |
| 14 | 2025-11-14 |
Biotechnological advancements enabling cannabinoid biosynthesis in engineered fungi: a mini review
2025, Frontiers in fungal biology
IF:2.1Q3
DOI:10.3389/ffunb.2025.1660661
PMID:41209486
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综述 | 本文综述了通过合成生物学和代谢工程技术在工程真菌中生物合成大麻素的最新进展 | 利用工程真菌作为大麻素生物合成的替代生产平台，克服传统植物提取的限制 | 面临产物毒性、代谢负担和监管考虑等持续挑战 | 探索大麻素微生物生物合成的生物技术进展 | 工程真菌中的大麻素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑、代谢工程、途径重建 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 真菌 | 大麻素生物合成途径 | 医药、保健品、工业生物技术 |
| 15 | 2025-11-14 |
Prokaryotic homeostasis - a solution to thrive and survive
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1704789
PMID:41209587
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综述 | 本文探讨原核生物通过复杂调控机制维持细胞内稳态的能力及其科学应用价值 | 系统性地将细菌确立为单细胞稳态研究的理想模型，并阐明其稳态调控网络在合成生物学和抗菌治疗中的转化潜力 | 未涉及具体实验验证或定量分析，主要为理论框架梳理 | 解析细菌维持内外环境稳态的分子机制及其应用意义 | 原核生物（细菌）的稳态调控系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 稳态调控网络（包括转录网络、第二信使系统、DNA拓扑结构调控） | 医学, 工业生物技术 |
| 16 | 2025-11-09 |
Biophysical and structural studies on transketolases
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.07.011
PMID:41203347
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研究论文 | 本文介绍了转酮醇酶的生物物理和结构研究协议，包括活性分析、催化机制和结构研究方法 | 提供了一套全面的转酮醇酶研究工具包，整合了稳态动力学、辅因子结合、催化中间体检测和快速动力学研究等多种光谱和生物物理技术 | NA | 深入理解转酮醇酶的机制和结构，促进其在酶学、合成生物学和药物开发等领域的应用 | 转酮醇酶及其催化机制 | 酶学 | 癌症、代谢疾病、神经退行性疾病 | 稳态动力学、辅因子结合研究、催化中间体检测、快速动力学研究、光谱技术、生物物理技术 | NA | 生物物理数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 药物开发、生物催化、合成生物学 |
| 17 | 2025-11-03 |
Development of a UHPLC-MS method to avoid the in-source dissociation interference in characterization of crocins from Buddlejae flos and its dyeing yellow rice
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1659907
PMID:41169721
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研究论文 | 开发了一种避免源内解离干扰的UHPLC-MS方法，用于表征密蒙花中的藏花素及其染色黄米 | 通过优化色谱分离开发了避免源内解离干扰的UHPLC-MS方法，首次在密蒙花中鉴定出28种藏花素及其衍生物 | NA | 建立可靠的藏花素分析方法以提升密蒙花质量控制和促进藏花素合成生物学研究 | 密蒙花、栀子果实和藏红花中的藏花素成分 | 分析化学 | NA | 超高效液相色谱-质谱联用(UHPLC-MS) | NA | 色谱质谱数据 | 21批密蒙花样品 | NA | NA | NA | 医药,食品 |
| 18 | 2025-11-02 |
Unleashing the potential of biotechnological strategies for the sustainable production of microalgal polysaccharides
2025, Critical reviews in food science and nutrition
IF:7.3Q1
DOI:10.1080/10408398.2025.2475240
PMID:40084718
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综述 | 探讨利用生物技术策略实现微藻多糖可持续生产的方法与前景 | 提出通过合成生物学和代谢工程解决微藻多糖生物合成复杂性的关键技术策略 | 微藻多糖生物合成回路存在技术-生物学复杂性，且合成生物学在商业化生产中尚未充分应用 | 开发微藻作为可持续多糖生产原料的生物技术策略 | 光合自养微藻及其多糖生物合成机制 | 合成生物学 | NA | 代谢工程，合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微藻 | 多糖生物合成回路 | 食品，化妆品，制药，工业生物技术 |
| 19 | 2025-10-30 |
From single cells to communities: Mathematical perspectives on bacterial quorum sensing
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.09.030
PMID:41142755
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综述 | 本文从数学角度综述细菌群体感应的建模方法及其应用前景 | 系统整合了从单细胞到群体水平的多种数学建模框架，并展望了在合成生物学和抗菌治疗等领域的应用潜力 | 未涉及具体的实验验证数据，主要聚焦于理论模型框架的讨论 | 探讨数学建模在理解细菌群体感应动力学中的作用 | 细菌群体感应机制及其数学建模方法 | 计算生物学 | NA | 数学建模 | 确定性模型、随机模型、空间模型 | 理论模型 | NA | NA | 细菌 | 群体感应系统 | 医学, 环境, 工业生物技术 |
| 20 | 2025-10-24 |
Bioactive compounds from deep-sea extremophiles: emerging potential in cosmeceuticals and nutraceuticals
2025-Jan-10, FEMS microbiology letters
IF:2.2Q3
DOI:10.1093/femsle/fnaf102
PMID:40996452
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综述 | 系统探讨深海极端微生物生物活性化合物在化妆品和营养保健品领域的应用潜力 | 聚焦深海极端微生物这一未充分开发的生物资源，阐明其活性成分在抗衰老和健康促进方面的独特作用机制 | 规模化生物加工存在技术瓶颈，商业化应用面临法规合规性挑战 | 评估深海极端微生物在化妆品和营养保健品领域的生物技术应用潜力 | 深海极端微生物产生的生物活性化合物（极端酶、胞外多糖、微生物色素等） | 生物技术 | NA | 宏基因组学、高通量筛选、合成生物学、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药, 化妆品 |