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当前共找到 251 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-09-11 |
Active learning of enhancers and silencers in the developing neural retina
2025-01-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.12.004
PMID:39778579
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研究论文 | 该研究开发了一种主动学习方法，通过结合合成生物学和不确定性采样，训练模型区分由CRX结合位点组成的增强子和沉默子。 | 将主动学习与合成生物学（大规模并行报告基因检测）相结合，通过不确定性采样迭代生成信息量大的训练数据，从而训练出能够区分序列相同但功能相反的CRX位点的模型。 | 模型仅针对CRX转录因子在发育中的神经视网膜中的调控元件，可能无法推广到其他转录因子或细胞类型。 | 解决深度学习模型在基因组序列上训练时无法解释同一转录因子在不同背景下激活或抑制转录的问题，并开发能够区分增强子和沉默子的模型。 | 由光感受器转录因子锥杆同源盒（CRX）结合位点组成的增强子和沉默子。 | 机器学习 | NA | 大规模并行报告基因检测（MPRA）、合成生物学、主动学习 | 深度学习模型 | 基因组序列、报告基因检测数据 | 近所有基因组结合的CRX位点，以及多轮MPRA数据 | NA | NA | NA | 医学 |
| 22 | 2026-09-06 |
Public attitudes to potential synthetic cells applications: Pragmatic support and ethical acceptance
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0319337
PMID:40014593
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研究论文 | 本研究通过调查13个欧洲国家的公众对合成细胞潜在应用的态度，发现公众对有益社会的应用（如医疗）持支持态度，并构建了决策树模型分析影响因素。 | 首次基于全国代表性样本在13个欧洲国家进行前瞻性合成细胞技术的公众态度调查，采用数据驱动方法建立决策树模型，识别影响公众态度的关键因素。 | 仅针对13个欧洲国家，可能无法代表其他地区或文化背景的公众态度。 | 探索公众对前瞻性合成细胞应用（如抗癌治疗、CO2转化、工业废物回收）的态度及相关因素。 | 来自13个欧洲国家的公众样本（N=8382）。 | 机器学习 | 癌症 | NA | 决策树 | 调查问卷数据 | 8382名参与者（来自13个欧洲国家） | NA | NA | NA | 医学、环境、工业生物技术 |
| 23 | 2026-09-05 |
Yeast-secreted compounds with antifungal activity-screening, genetic parts, biosynthetic pathways, and regulation
2025-01-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf068
PMID:41258858
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综述 | 本文综述了酵母分泌的具有抗真菌活性的化合物，包括小分子和蛋白质，并讨论了其筛选方法、生物合成途径及调控机制，旨在促进其应用开发。 | 整合了酵母抗真菌化合物的分子知识，提出了针对不同分子类别的筛选方法，并探讨了通过合成生物学工具进行工程化改造的可能性。 | 缺乏对化合物化学结构、作用机制、生物合成及其调控的深入基础认识，且研究多停留在理论层面。 | 促进对酵母抗真菌化合物的理解，以支持其在生物防治、食品保存和人类健康等领域的应用开发。 | 酵母分泌的抗真菌化合物，包括小分子（如铁螯合剂、生物表面活性剂、挥发性有机化合物）和蛋白质（如霉菌素、水解酶）。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文献 | NA | 合成生物学工具 | 酵母 | NA | 农业, 食品, 人类健康 |
| 24 | 2026-09-05 |
Genome-based exploration of volatile flavor diversity from food yeast species
2025-01-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf067
PMID:41269214
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综述 | 本文综述了食品酵母物种中挥发性风味化合物形成的基因组学见解，涵盖酯类、苯环类、硫化合物和酚类衍生物等途径，并探讨了共发酵和组学分析对食品发酵创新的推动作用。 | 通过基因组规模技术解析酵母挥发性风味多样性，强调共发酵策略（如酿酒酵母与非传统酵母配对）替代单菌株优化，并展望合成生物学在工业应用中的潜力。 | 作为小型综述，可能未涵盖所有酵母物种或风味途径的详细实验数据，未来研究需结合更多组学验证。 | 总结基因组学对酵母挥发性风味化合物形成途径的洞见，并探讨共发酵和组学分析在食品发酵创新中的应用前景。 | 食品酵母物种，特别是酿酒酵母和非传统酵母菌种。 | 机器学习 | NA | 基因组分析、组学分析 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | 食品工业 |
| 25 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of Multigene Constructs Using the Modular Cloning System MoClo
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_2
PMID:39363064
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研究论文 | 本文描述了使用模块化克隆系统MoClo进行多基因构建体组装的实验方案 | 提供了一套标准化的MoClo系统组装多基因构建体的详细步骤，包括定义构建体结构、识别基本部件和载体，以及遵循标准规则进行单锅组装 | 未明确提及 | 介绍MoClo系统用于多基因构建体组装的方法，以促进合成生物学研究 | 多基因构建体及其组成部件和载体 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆，类型IIS酶DNA组装 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly, MoClo | NA | 多基因构建体 | 生物研究, 合成生物学 |
| 26 | 2026-08-29 |
Standardized Golden Gate Assembly Metadata Representation Using SBOL
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_6
PMID:39363068
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研究论文 | 本文介绍了一个软件工具，用于创建基于SBOL标准的构建计划表示，以模拟Type IIS介导的Golden Gate组装反应并存储相关元数据 | 提出了一个将Golden Gate组装构建计划标准化为SBOL表示的软件工具，支持模拟Type IIS介导的组装反应，并实现机器可读的元数据存储 | 未在摘要中明确提及局限性 | 实现Golden Gate组装构建计划的标准化表示，以促进合成生物学中的信息交流和自动化 | Golden Gate组装标准（如MoClo、Phytobricks、Loop）和SBOL表示 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 文本和元数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | Golden Gate组装反应 | 工业生物技术 |
| 27 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of MoClo Standard Parts
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_1
PMID:39363063
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研究论文 | 本文提供了克隆MoClo标准部件（level 0模块）的详细实验方案，包括引物设计、PCR扩增和Golden Gate克隆步骤 | 给出了用于MoClo系统的level 0模块克隆的标准化规程，特别涵盖了大片段部件的中间-1级克隆策略 | 未提及 | 为合成生物学研究者提供可复现的MoClo标准部件克隆方法 | MoClo标准部件（level 0模块）及其亚部件 | 合成生物学 | NA | PCR, Golden Gate克隆, DNA测序 | NA | DNA序列 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 多基因构建体 | 工业生物技术 |
| 28 | 2026-08-29 |
Automation and Miniaturization of Golden Gate DNA Assembly Reactions Using Acoustic Dispensers
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_9
PMID:39363071
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研究论文 | 本文介绍了一种利用声学分配器自动化和小型化Golden Gate DNA组装反应的方法，将反应体积从传统的10-25 μL减少到1 μL | 首次将声学液体处理技术应用于Golden Gate克隆反应的小型化，实现了无吸头、高通量、低成本的DNA组装自动化 | 摘要未提及具体局限性 | 开发并验证一种自动化、小型化的Golden Gate DNA组装反应协议，以减少试剂消耗和塑料废物 | Golden Gate克隆反应及其DNA组装过程 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装、声学液体处理 | NA | 实验数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | DNA组装反应（模块化克隆） | 工业生物技术 |
| 29 | 2026-08-29 |
Validation of Golden Gate Assemblies Using Highly Multiplexed Nanopore Amplicon Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_10
PMID:39363072
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研究论文 | 本文介绍了一种使用高度多重纳米孔扩增子测序验证Golden Gate组装结果的方法，称为DuBA.flow工作流程。 | 提出了一种结合双条形码扩增子测序与纳米孔平台的DuBA.flow流程，实现了从单菌落到最终测序报告的全流程序列验证，适用于高组合复杂性的文库组装。 | 摘要未提及具体局限性。 | 提供一种详细、易操作的协议，用于对Golden Gate组装结果进行高效的序列验证，特别是在使用部分文库导致高组合复杂性的情况下。 | Golden Gate组装产物，包括转录单元和多基因构建体。 | 合成生物学 | NA | 纳米孔测序 | NA | 测序数据 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 转录单元和多基因构建体的组装 | 工业生物技术 |
| 30 | 2026-08-29 |
Biofoundry-Assisted Golden Gate Cloning with AssemblyTron
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_8
PMID:39363070
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研究论文 | 本文介绍了AssemblyTron，一个开源Python包，用于在OpenTrons OT-2实验室机器人上自动化Golden Gate组装，并升级其功能以支持模块化克隆载体、突变文库和索引质粒文库的构建。 | 通过开源机器人自动化Golden Gate组装，提升了错误率、资源消耗和培训要求，适用于复杂DNA构建和组合文库，且成本低、易用。 | 未提及 | 提供低成本的自动化解决方案，以简化合成生物学中的Golden Gate克隆和文库构建。 | 自动化Golden Gate组装流程及升级能力 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 实验数据 | 未提及 | Golden Gate Assembly | NA | 模块化克隆载体、突变文库和索引质粒文库 | 工业生物技术 |
| 31 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning of Expression Plasmids for Synthetic Small RNAs in Bacteria
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_17
PMID:39363079
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Golden Gate组装技术的高效构建大肠杆菌合成小RNA表达质粒的方法，并提供了相关协议和设计工具G-GArden | 提出了一种基于Golden Gate组装的质粒系列和快速构建合成小RNA表达质粒的协议，并开发了G-GArden工具用于辅助设计寡核苷酸和悬突以实现无痕组装 | 文中未提及具体局限性 | 开发快速高效构建合成小RNA表达质粒的方法，应用于合成生物学领域 | 大肠杆菌中的合成小RNA表达质粒 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | 质粒序列和寡核苷酸序列 | NA | Golden Gate Assembly | 大肠杆菌 | 合成小RNA表达质粒 | 工业生物技术 |
| 32 | 2026-08-29 |
Modular Golden Gate Assembly of Linear DNA Templates for Cell-Free Prototyping
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_11
PMID:39363073
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研究论文 | 本文介绍了一种基于模块化Golden Gate组装的无克隆工作流程，用于快速生成线性DNA模板，以实现细胞-free转录和翻译系统的快速原型测试 | 提出了一种结合Golden Gate组装和PCR扩增的无克隆工作流程，能够在体外快速生成由多个基因部件组成的线性DNA模板，避免耗时的细胞转化和克隆步骤，实现一天内完成大量新组装构建体的测试 | 本文未明确提及局限性，但可能受限于线性DNA模板在细胞-free系统中的稳定性和组装效率 | 开发一种快速、模块化的方法，用于细胞-free原型测试遗传调控元件和电路，加速合成生物学的设计-构建-测试-学习循环 | 遗传调控元件和电路，包括启动子、核糖体结合位点、编码序列和终止子等基因部件 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装、PCR扩增、细胞-free转录和翻译（TXTL） | NA | DNA序列 | NA | Golden Gate Assembly | NA | 转录单元由启动子、RBS、编码序列和终止子组成 | 工业生物技术 |
| 33 | 2026-08-29 |
Golden Gate Cloning for the Standardized Assembly of Gene Elements with Modular Cloning in Chlamydomonas
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_25
PMID:39363087
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研究论文 | 该文章描述了在莱茵衣藻中使用金门克隆和模块化克隆方法标准化组装基因元件，构建转基因表达盒的步骤 | 将模块化克隆（MoClo）工作流应用于莱茵衣藻，实现了基于金门组装的层级化、句法驱动的基因元件组装 | 标题和摘要中未提及研究的局限性 | 建立适用于莱茵衣藻的标准化转基因表达盒组装流程 | 莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii） | 合成生物学 | NA | 金门克隆、模块化克隆 | NA | DNA序列 | NA | 金门组装 | 莱茵衣藻 | 转基因表达盒 | 工业生物技术 |
| 34 | 2026-08-28 |
An independent biosynthetic route to frame a xanthanolide-type sesquiterpene lactone in Asteraceae
2025-01, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.17199
PMID:39642193
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研究论文 | 该研究揭示了菊科植物中黄酮内酯类倍半萜内酯（8-epi-xanthatin）的完整生物合成途径，包括通过细胞色素P450催化的氧化重排形成黄烷烃骨架，以及后续的12,8-内酯环形成 | 首次阐明12,8-黄酮内酯类倍半萜的完整生物合成途径，发现一条独立的生物合成路线，与已知的12,6-愈创木烷内酯途径形成对比，并鉴定了关键酶（一种不寻常的细胞色素P450） | 摘要中未提及具体局限性 | 阐明黄酮内酯类倍半萜内酯（特别是8-epi-xanthatin）的生物合成途径，为合成生物学应用提供基础 | 菊科植物中的黄酮内酯类倍半萜内酯生物合成途径 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 微生物（用于合成生物学策略） | 黄酮内酯类倍半萜内酯的生物合成途径 | 合成生物学 |
| 35 | 2026-08-28 |
Deciphering the biosynthetic pathway of triterpene saponins in Prunella vulgaris
2025-01, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.17220
PMID:39868644
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研究论文 | 本研究通过系统筛选方法，鉴定了夏枯草中三萜皂苷生物合成途径的关键基因，并进行了功能验证。 | 结合系统发育分析、基因表达评估、代谢组-转录组关联和共表达分析，从大型基因家族中精确鉴定出九个候选基因，并首次揭示了这些基因来源于全基因组复制事件。 | 未提及具体局限性。 | 阐明夏枯草中三萜皂苷的生物合成途径，为合成生物学工业生产和相关生物合成研究提供基础。 | 夏枯草中的三萜皂苷生物合成相关基因（两个OSCs、三个CYP716s和四个UGT73s）。 | 植物生物技术 | 不适用 | 系统发育分析、基因表达分析、代谢组-转录组关联分析、共表达分析、异源表达、酶活性测定 | 不适用 | 转录组数据、代谢组数据、序列数据 | 九个候选基因 | 不适用 | 异源表达宿主（具体未提及，可能为酵母或大肠杆菌） | 不适用 | 医药、工业生物技术 |
| 36 | 2026-08-27 |
Toward Increasing the Credibility of RNA Design
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_9
PMID:39312141
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研究论文 | 本文提出了一种扩展的RNA设计协议，通过加入3D结构预测和分析步骤来提高RNA设计的准确性。 | 在RNA设计过程中引入3D结构评估，作为序列优化后的关键验证步骤，以提升设计序列的可靠性。 | 未提及具体的局限性，可能包括计算成本和3D预测的准确性限制。 | 提高RNA设计（逆折叠）的可靠性和准确性，通过使用3D结构进行序列评估。 | RNA序列及其对应的二级结构。 | 生物信息学 | NA | RNA逆折叠，3D结构预测 | NA | RNA序列和结构数据 | 未明确指出样本数量。 | NA | NA | NA | 合成生物学，RNA纳米技术 |
| 37 | 2026-08-27 |
A Computational Approach for Designing Synthetic Riboswitches for Next-Generation RNA Therapeutics
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_13
PMID:39312145
|
综述 | 本文介绍了一种用于设计合成核糖开关以应用于下一代RNA疗法的计算方法，并探讨了其在合成生物学和RNA治疗中的潜力 | 利用先进的计算技术设计合成核糖开关，以实现对疾病特异性代谢物的精准响应，从而推动RNA疗法的创新 | 摘要中未提及具体局限性 | 开发计算方法以设计合成核糖开关，用于下一代RNA治疗 | 合成核糖开关 | 计算生物学 | NA | 计算方法 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | 核糖开关 | 医学, 合成生物学 |
| 38 | 2026-08-27 |
SHAPE Probing to Screen Computationally Designed RNA
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_12
PMID:39312144
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研究论文 | 提出一种结合SHAPE-MaP化学探测和定制软件流程的方法，用于高效筛选计算设计的RNA序列 | 开发了定制的软件套件shapemap tools，简化了大规模RNA设计序列的筛选流程，并解决了设计序列间可能仅有一个核苷酸差异带来的挑战 | 未明确提及具体限制，但可能包括对实验条件的要求和数据分析的复杂性 | 开发高效、准确的RNA设计筛选方法，以支持合成生物学和RNA疗法的发展 | 计算设计的RNA序列 | 合成生物学 | NA | SHAPE-MaP | NA | RNA结构探测数据 | 数千条RNA序列 | NA | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 39 | 2026-08-26 |
Blue-Purple evaluation: Chromoproteins facilitate the identification of BioBrick compatibility
2025-01, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28862
PMID:39402779
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research paper | 本文提出了一种利用色素蛋白（chromoproteins）评估BioBrick兼容性的方法，命名为BP评估，通过观察和量化大肠杆菌菌落的蓝紫比例来验证构建的兼容性。 | 首次采用色素蛋白作为可视化和量化工具，在一锅反应中快速、简便地评估BioBrick兼容性，无需复杂设备。 | 该方法依赖于LB-agar板上菌落颜色的可视化和量化，可能受限于菌落计数的主观性，且尚未广泛验证于多种宿主或复杂构建。 | 开发一种简单、快速且可靠的方法来评估合成BioBrick的兼容性，以避免组装DNA片段在宿主细胞中引起负面影响。 | 大肠杆菌（E. coli）中的BioBrick组装，包括抗毒素-毒素对ccdA-ccdB、裂解蛋白E和异源蛋白sfGFP。 | synthetic biology | NA | NA | NA | image | NA | BioBrick | E. coli | NA | industrial biotechnology |
| 40 | 2026-08-25 |
Molecular insights into the elevator-type mechanism of the cyanobacterial bicarbonate transporter BicA
2025-01-21, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.12.013
PMID:39674889
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研究论文 | 该研究通过全原子分子动力学模拟，揭示了蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA的电梯式转运机制。 | 首次通过超过1毫秒的分子动力学模拟数据，动态解析BicA二聚体的结构重排和底物转运过程，并识别出降低构象转变自由能垒的潜在突变。 | 研究主要基于计算模拟，缺乏实验验证；模拟结果可能受限于力场参数和采样时间。 | 阐明蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA的转运机制，并为工程化改造以提高光合作用产量提供原子级见解。 | 蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA二聚体。 | 分子动力学模拟 | NA | 全原子分子动力学模拟 | NA | 模拟轨迹数据 | 超过1毫秒的模拟数据 | NA | 蓝藻 | NA | 生物技术、能源、环境 |