合成生物学相关文章
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当前共找到 251 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-01-01 |
Deep learning-based investigation of chloroplast translation regulatory sequences
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1698951
PMID:41459449
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研究论文 | 本研究开发了一种结合CNN、LSTM、Attention和Residual架构的混合深度学习模型，用于分类和分析植物与藻类叶绿体翻译调控序列，特别是5'非翻译区序列及SD基序的存在与否 | 首次应用深度学习模型分析叶绿体翻译调控序列，并提出了在藻类质体工程中引入异源前导序列的两种潜在策略 | 模型性能虽强，但存在一小部分植物和藻类序列表现出跨组模式，可能影响分类准确性 | 研究叶绿体翻译调控序列的架构，以促进合成生物学和基因工程的发展 | 植物和藻类的叶绿体5'非翻译区序列，包括含与不含SD基序的序列 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN, LSTM, Attention, Residual | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 基因工程 |
| 82 | 2026-01-01 |
Macrophage polarization: molecular mechanisms, disease implications, and targeted therapeutic strategies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1732718
PMID:41459510
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综述 | 本文综述了巨噬细胞极化的分子机制、在疾病中的作用以及靶向极化的治疗策略 | 超越了传统的M1/M2二分法，强调了极化状态的连续性和动态性，并系统阐述了信号通路、代谢重编程和表观遗传机制之间的互作网络 | 临床转化面临脱靶效应、递送效率低、微环境依赖性等挑战 | 阐明巨噬细胞极化的分子机制及其在疾病中的作用，并探讨靶向极化的治疗策略 | 巨噬细胞（包括组织驻留巨噬细胞和单核细胞来源的巨噬细胞）及其极化状态 | 免疫学 | NA | 单细胞组学、空间转录组学、计算建模、合成生物学 | NA | NA | NA | 基因编辑 | NA | NA | 医学 |
| 83 | 2025-12-25 |
An alternative view on the ethics of synthetic biology: an Indian Hindu perspective
2025, Global bioethics = Problemi di bioetica
DOI:10.1080/11287462.2025.2518798
PMID:41425232
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评论 | 本文从印度教哲学的非二元世界观出发，重新审视合成生物学的伦理问题，提出一种强调互联性、责任感和对所有生命形式尊重的伦理框架 | 首次将印度教哲学的非二元世界观应用于合成生物学的伦理讨论，突破了传统二元对立（如自然/人工、人类/机器）的伦理框架限制 | NA | 为合成生物学的伦理讨论提供一种非二元、更全面包容的哲学视角 | 合成生物学的伦理框架 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 农业, 环境 |
| 84 | 2025-12-24 |
Biological Switches: Past and Future Milestones of Transcription Factor-Based Biosensors
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00689
PMID:39709556
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综述 | 本文回顾了转录因子生物传感器从1960年代至今的发展历程，包括基础研究和工程策略的关键里程碑，并探讨了未来前景、挑战和未开发机遇 | 系统分析了转录因子生物传感器在基础知识和工程策略上的历史演变，并整合了多学科方法如高通量工具和计算学习来扩展其应用 | NA | 回顾转录因子生物传感器的发展历史，分析其工程策略，并讨论未来研究方向 | 转录因子生物传感器，包括其DNA和蛋白质层面的设计与应用 | 合成生物学 | NA | 高通量分析工具、DNA随机化策略、正向工程、高级蛋白质工程工作流程 | NA | NA | NA | NA | NA | 转录因子生物传感器，基于原核生物转录调控机制 | 生物技术 |
| 85 | 2025-12-22 |
From bark to bench: innovations in QS-21 adjuvant characterization and manufacturing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1677995
PMID:41409277
|
综述 | 本文以皂苷类佐剂QS-21为核心案例，综述了佐剂开发中的关键挑战及新兴技术解决方案，并提出了整合合成生物学、人工智能和系统免疫分析的佐剂开发新愿景 | 提出了“从树皮到实验室”的整合佐剂开发管线，结合合成生物学、人工智能和系统免疫分析，以加速新一代佐剂的发现与应用 | 本文为综述性文章，未报告原始实验数据，主要基于现有文献进行分析和展望 | 探讨佐剂开发中的挑战与技术创新，特别是针对QS-21佐剂的特性改进与可持续生产 | 皂苷类佐剂QS-21及其类似物 | 生物医学工程 | NA | 合成生物学、生物工程、纳米颗粒制剂技术 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物、植物平台 | NA | 医药 |
| 86 | 2025-12-20 |
Engineering artificial 5' regulatory sequences for thermostable protein expression in the extremophile Thermus thermophilus
2025, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaf016
PMID:41404420
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研究论文 | 本研究通过开发新型人工5'调控序列（ARES），扩展了嗜热菌Thermus thermophilus的遗传工具包，用于热稳定蛋白的高水平异源表达 | 首次在Thermus thermophilus中应用基因表达工程平台，设计了53个人工ARES，这些序列包含启动子和5'非翻译区，并显示出宿主特异性表达模式，且GC含量显著低于天然启动子 | NA | 扩展嗜热菌Thermus thermophilus的标准化遗传工具，以优化热稳定蛋白的异源表达 | 嗜热菌Thermus thermophilus和Escherichia coli中的人工5'调控序列（ARES）及其对热稳定蛋白表达的影响 | 合成生物学 | NA | 基因表达工程平台、生物信息学分析 | NA | 序列数据、表达数据 | 53个人工ARES序列，涉及β-半乳糖苷酶、超折叠柠檬荧光蛋白和八氢番茄红素合酶等热稳定蛋白 | Gene Expression Engineering平台 | Thermus thermophilus, Escherichia coli | 人工5'调控序列（ARES），包含启动子和5'非翻译区，用于调控基因表达 | 工业生物技术 |
| 87 | 2025-12-16 |
Engineered Bacteriophages: Advances in Phage Genome Redesign Strategies for Therapeutic and Environmental Applications
2025, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
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综述 | 本文综述了噬菌体基因组重设计策略在治疗和环境应用中的进展 | 整合了CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、逆转录子等多种前沿技术，展示了定制化噬菌体在扩展宿主范围、生物膜降解和靶向治疗方面的创新潜力 | 面临噬菌体抗性、免疫反应和当前工程方法的局限性等挑战 | 探索噬菌体工程化策略以应对治疗和环境可持续性挑战 | 噬菌体及其基因组重设计技术 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、随机和定点诱变、逆转录子、同源重组 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas, TALEN, ZFN | 噬菌体 | 生物传感器、逻辑门 | 医药, 环境 |
| 88 | 2025-12-14 |
Investigating DNA words and their distributions across the tree of life
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.040
PMID:41377119
|
研究论文 | 本研究系统分析了超过22.5万个跨越生命三域及病毒基因组的k-mer频率分布，发现Zipf定律在建模k-mer分布时表现不佳，并提出截断幂律和Zipf-Mandelbrot分布作为更优的替代模型 | 首次在大规模跨物种基因组数据中系统验证Zipf定律的适用性，并提出更优的统计分布模型；开发了基于k-mer分布评估人工基因组生物学合理性的新方法 | 未深入探讨特定生物过程（如选择压力、突变偏好）对k-mer分布的具体影响机制 | 探究DNA k-mer在生命之树中的分布规律及其演化意义 | 225,000+个涵盖生命三域（细菌、古菌、真核生物）及病毒的基因组组装 | 计算生物学 | NA | k-mer频谱分析、统计建模、基因组模拟 | 截断幂律分布、Zipf-Mandelbrot分布、Heaps定律、深度生成语言模型 | 基因组序列数据 | 超过225,000个基因组组装 | NA | NA | NA | 合成生物学、进化序列分析 |
| 89 | 2025-12-08 |
Designing novel peptides with amyloid-β binding and clearance potential using BiLSTM and molecular dynamics
2025, Frontiers in artificial intelligence
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/frai.2025.1709505
PMID:41346856
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研究论文 | 本研究提出了一种基于双向长短期记忆网络（BiLSTM）和分子动力学的两阶段框架，用于设计具有与淀粉样蛋白-β结合和清除潜力的新型肽段 | 开发了一种新颖的两阶段BiLSTM框架，该框架在具有特定基因本体（GO）注释的全长蛋白质上进行训练，并在实验验证的肽段片段上进行微调，以生成针对特定靶点（如Aβ42）的功能性短肽 | 训练数据包含了与Aβ清除相关的蛋白质，但计算验证仅涉及结合相互作用；清除潜力仍是一个有待未来实验验证的假设 | 开发一种可推广的、人工智能驱动的功能性肽段设计流程，用于治疗发现和合成生物学 | 针对阿尔茨海默病关键病理因子Aβ42的新型肽段 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 分子动力学模拟，AlphaFold2结构建模，pyDockWEB对接 | BiLSTM | 序列数据（蛋白质和肽段序列） | 从1000个AI生成的序列中筛选出25个候选，最终优先考虑11个（ADNP1-ADNP11） | NA | NA | NA | 医学 |
| 90 | 2025-12-04 |
Genetic engineering frontiers in cell manipulation-based tissue engineering: A comprehensive review
2025, BioImpacts : BI
IF:2.2Q3
DOI:10.34172/bi.30973
PMID:41322390
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综述 | 本文综述了基于细胞操作的基因工程前沿技术在组织工程中的应用，探讨了其变革潜力 | 整合CRISPR-Cas9、TALENs和合成生物学等先进基因工程技术，结合3D生物打印、微流控和智能生物材料，推动复杂组织构建 | 存在长期遗传稳定性、可扩展性和脱靶效应等挑战，以及伦理和监管问题 | 探索基因工程在细胞操作组织工程中的前沿应用，以应对功能性组织替代的需求 | 软骨、骨骼、心脏、神经、皮肤和血管等多种工程化组织 | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALENs, 合成生物学, 碱基编辑, 合成遗传电路 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 哺乳动物细胞 | 合成遗传电路 | 医学 |
| 91 | 2025-12-01 |
Optimizing nitrogen use efficiency in forest plantations: mechanistic insights from Arabidopsis, crops, and natural forestry ecosystems
2025, Forestry research
DOI:10.48130/forres-0025-0029
PMID:41312404
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综述 | 本文综述了森林人工林氮素利用效率的优化策略，通过整合拟南芥、作物和天然林生态系统的氮利用机制提出改进方案 | 首次系统整合三大系统的氮利用机制，并提出利用关键调控基因和合成生物学方法定向增强森林人工林氮素利用效率的创新思路 | 主要基于理论分析和现有研究综述，缺乏实际田间试验验证 | 提高森林人工林的氮素利用效率 | 森林人工林（如杨树和桉树）、拟南芥、作物和天然森林生态系统 | 植物生理学与林业科学 | NA | 合成生物学、基因调控 | NA | 文献资料与理论分析 | NA | NA | NA | NA | 农业、林业 |
| 92 | 2025-11-27 |
Phenylpropanoid methyl esterase unlocks catabolism of aromatic biological nitrification inhibitors
2025-Jan-02, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wraf251
PMID:41230824
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研究论文 | 本研究发现了微生物降解芳香族硝化抑制剂苯丙烷类甲酯的新途径 | 鉴定了一种先前未知的苯丙烷类甲酯降解微生物途径，并发现两种新型酶包括新鉴定的苯丙烷甲酯酶 | 仅初步揭示了微生物降解途径，对土壤中抑制剂降解的整体理解仍需进一步研究 | 研究微生物对芳香族硝化抑制剂的降解机制 | 苯丙烷类甲酯（一类芳香族硝化抑制剂）及其降解微生物 | 合成生物学 | NA | 转录组学、高通量功能基因组学、遗传分析、生化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、生化数据 | NA | 基因转移 | 细菌 | 苯丙烷类甲酯降解途径 | 农业、环境 |
| 93 | 2025-11-22 |
SpatialPPIv2: Enhancing protein-protein interaction prediction through graph neural networks with protein language models
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.022
PMID:41255828
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研究论文 | 提出了一种基于图神经网络和蛋白质语言模型的蛋白质-蛋白质相互作用预测方法SpatialPPIv2 | 不再依赖蛋白质结构预测算法，能够独立预测蛋白质相互作用，结合大型语言模型和图注意力网络 | NA | 提高蛋白质-蛋白质相互作用预测的特异性和鲁棒性 | 蛋白质-蛋白质相互作用 | 生物信息学 | NA | 图神经网络，蛋白质语言模型 | 图注意力网络 | 蛋白质序列和结构数据 | PINDER数据集（包含RCSB PDB和AlphaFold数据库的相互作用数据） | NA | NA | NA | 药物发现，合成生物学 |
| 94 | 2025-11-16 |
Harnessing Lactobacillus-derived SCFAs for food and health: Pathways, genes, and functional implications
2025, Current research in microbial sciences
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.crmicr.2025.100496
PMID:41230178
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综述 | 本文综述了乳酸杆菌产生短链脂肪酸的生物合成能力、代谢工程策略及其在食品与健康领域的应用前景 | 系统评估乳酸杆菌作为短链脂肪酸生产菌的潜力，并整合合成生物学和代谢工程策略提高产量 | 菌株变异性、递送策略和监管障碍限制了临床和食品系统的转化应用 | 探讨乳酸杆菌产生短链脂肪酸的机制及其在健康和食品领域的应用 | 乳酸杆菌及其产生的短链脂肪酸（特别是乙酸盐和乳酸盐） | 合成生物学 | 炎症性疾病、代谢疾病、神经免疫疾病 | CRISPR编辑、共培养优化 | NA | NA | NA | CRISPR | 乳酸杆菌 | 基因回路设计 | 食品, 医药 |
| 95 | 2025-11-16 |
Plant synthetic biology: from knowledge to biomolecules
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1562216
PMID:41230228
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综述 | 本文综述植物合成生物学在解决人类健康和农业复杂问题方面的创新方法及其技术基础 | 整合多学科工具系统阐述植物合成生物学从知识到生物分子的转化路径，强调植物系统在表达植物源酶和合成复杂分子方面的独特优势 | 存在转化效率、监管瓶颈和通路稳定性等障碍 | 探讨植物合成生物学作为可持续生物制造和功能生物分子生产的理论基础 | 植物系统及其代谢途径 | 合成生物学 | NA | DNA合成、可编程基因电路、CRISPR/Cas基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物系统 | 合成电路设计、代谢途径重编程 | 医药, 农业 |
| 96 | 2025-11-14 |
Biotechnological advancements enabling cannabinoid biosynthesis in engineered fungi: a mini review
2025, Frontiers in fungal biology
IF:2.1Q3
DOI:10.3389/ffunb.2025.1660661
PMID:41209486
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综述 | 本文综述了通过合成生物学和代谢工程技术在工程真菌中生物合成大麻素的最新进展 | 利用工程真菌作为大麻素生物合成的替代生产平台，克服传统植物提取的限制 | 面临产物毒性、代谢负担和监管考虑等持续挑战 | 探索大麻素微生物生物合成的生物技术进展 | 工程真菌中的大麻素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑、代谢工程、途径重建 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 真菌 | 大麻素生物合成途径 | 医药、保健品、工业生物技术 |
| 97 | 2025-11-14 |
Prokaryotic homeostasis - a solution to thrive and survive
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1704789
PMID:41209587
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综述 | 本文探讨原核生物通过复杂调控机制维持细胞内稳态的能力及其科学应用价值 | 系统性地将细菌确立为单细胞稳态研究的理想模型，并阐明其稳态调控网络在合成生物学和抗菌治疗中的转化潜力 | 未涉及具体实验验证或定量分析，主要为理论框架梳理 | 解析细菌维持内外环境稳态的分子机制及其应用意义 | 原核生物（细菌）的稳态调控系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 稳态调控网络（包括转录网络、第二信使系统、DNA拓扑结构调控） | 医学, 工业生物技术 |
| 98 | 2025-11-03 |
Development of a UHPLC-MS method to avoid the in-source dissociation interference in characterization of crocins from Buddlejae flos and its dyeing yellow rice
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1659907
PMID:41169721
|
研究论文 | 开发了一种避免源内解离干扰的UHPLC-MS方法，用于表征密蒙花中的藏花素及其染色黄米 | 通过优化色谱分离开发了避免源内解离干扰的UHPLC-MS方法，首次在密蒙花中鉴定出28种藏花素及其衍生物 | NA | 建立可靠的藏花素分析方法以提升密蒙花质量控制和促进藏花素合成生物学研究 | 密蒙花、栀子果实和藏红花中的藏花素成分 | 分析化学 | NA | 超高效液相色谱-质谱联用(UHPLC-MS) | NA | 色谱质谱数据 | 21批密蒙花样品 | NA | NA | NA | 医药,食品 |
| 99 | 2025-11-02 |
Unleashing the potential of biotechnological strategies for the sustainable production of microalgal polysaccharides
2025, Critical reviews in food science and nutrition
IF:7.3Q1
DOI:10.1080/10408398.2025.2475240
PMID:40084718
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综述 | 探讨利用生物技术策略实现微藻多糖可持续生产的方法与前景 | 提出通过合成生物学和代谢工程解决微藻多糖生物合成复杂性的关键技术策略 | 微藻多糖生物合成回路存在技术-生物学复杂性，且合成生物学在商业化生产中尚未充分应用 | 开发微藻作为可持续多糖生产原料的生物技术策略 | 光合自养微藻及其多糖生物合成机制 | 合成生物学 | NA | 代谢工程，合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微藻 | 多糖生物合成回路 | 食品，化妆品，制药，工业生物技术 |
| 100 | 2025-10-30 |
From single cells to communities: Mathematical perspectives on bacterial quorum sensing
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.09.030
PMID:41142755
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综述 | 本文从数学角度综述细菌群体感应的建模方法及其应用前景 | 系统整合了从单细胞到群体水平的多种数学建模框架，并展望了在合成生物学和抗菌治疗等领域的应用潜力 | 未涉及具体的实验验证数据，主要聚焦于理论模型框架的讨论 | 探讨数学建模在理解细菌群体感应动力学中的作用 | 细菌群体感应机制及其数学建模方法 | 计算生物学 | NA | 数学建模 | 确定性模型、随机模型、空间模型 | 理论模型 | NA | NA | 细菌 | 群体感应系统 | 医学, 环境, 工业生物技术 |