合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-01-23	ATP Regeneration from Pyruvate in the PURE System 2025-Jan-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00697 PMID:39754602	研究论文	本研究扩展了PURE系统，通过整合基于丙酮酸氧化酶、乙酸激酶和过氧化氢酶的ATP再生系统，实现了从丙酮酸再生ATP	提出了一种新的ATP再生途径，能够独立或与现有的肌酸基系统结合使用，显著提高了蛋白质合成效率	需要高初始浓度的磷酸盐缓冲液（约10 mM），这可能会在某些应用中受到限制	工程化PURE系统，以增强其在无细胞合成生物学和合成细胞构建中的应用	PURE系统及其ATP再生途径	合成生物学	NA	ATP再生系统	NA	NA	多个批次的自制PURE系统和商业系统（如PURExpress）
82	2025-01-23	Long-Term Protein Synthesis with PURE in a Mesoscale Dialysis System 2025-Jan-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00618 PMID:39757539	研究论文	本研究开发了一种易于组装的中尺度透析系统，用于延长PURE无细胞系统中的蛋白质合成反应寿命和提高产量	使用易于组装的商业组件构建中尺度透析系统，实现了PURE系统中蛋白质合成的长期稳定性和高产率	需要定期更换喂养溶液，且系统依赖于商业组件，可能限制了其广泛应用	延长PURE无细胞系统中的蛋白质合成反应寿命和提高产量	PURE无细胞系统	合成生物学	NA	透析技术	NA	NA	NA
83	2025-01-23	A parallel bioreactor strategy to rapidly determine growth-coupling relationships for bioproduction: a mevalonate case study 2025-Jan-17, Biotechnology for biofuels and bioproducts IF:3.3Q3 DOI:10.1186/s13068-024-02599-x PMID:39825460	研究论文	本文介绍了一种利用平行生物反应器快速绘制特定产物形成速率、特定底物利用速率和特定生长速率之间生长耦合关系的方法，并以甲羟戊酸为例进行了研究	使用平行生物反应器快速评估生产力和生长速率与产物收率系数之间的生长耦合关系，并通过基因编辑消除有毒副产物乙酸盐的形成	研究中形成的乙酸盐可能会减缓生长并在下游处理中引起问题	研究生物制造的经济可行性，特别是通过工程微生物从可再生原料生产化合物	甲羟戊酸的生产	合成生物学	NA	基因编辑	NA	实验数据	使用大肠杆菌BW25113进行实验
84	2025-01-22	A synthetic biology approach for identifying de-SUMOylation enzymes of substrates 2025-Jan-21, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13838 PMID:39835880	研究论文	本文介绍了一种合成生物学方法，通过在大肠杆菌中建立的重构系统，识别负责从特定蛋白质底物上去除SUMO翻译后修饰的植物泛素样蛋白酶	利用合成生物学方法在大肠杆菌中建立重构系统，用于识别植物SUMO化酶	NA	识别负责去除SUMO翻译后修饰的植物泛素样蛋白酶	植物泛素样蛋白酶	合成生物学	NA	合成生物学方法	NA	NA	NA
85	2025-01-22	Orthogonalized human protease control of secreted signals 2025-Jan-15, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01831-x PMID:39814991	研究论文	本文介绍了一种名为hDIRECT的平台，用于使用人类来源的蛋白质控制细胞因子的活性，以支持基于细胞的疗法	开发了hDIRECT平台，利用人类蛋白酶及其FDA批准的抑制剂来控制细胞因子的活性，实现了人类化合成生物学在人类健康中的应用	研究仍处于概念验证阶段，尚未进行大规模临床试验	开发一种能够控制细胞因子活性的平台，以支持基于细胞的疗法	细胞因子（IL-2、IL-6和IL-10）及其活性控制	合成生物学	癌症免疫疗法	人类蛋白酶及其抑制剂的使用	NA	蛋白质数据	NA
86	2025-01-22	Heterologous Biosynthesis of Terpenoids in Saccharomyces cerevisiae 2025-Jan, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202400712 PMID:39834096	研究论文	本文主要探讨了在酿酒酵母中异源表达萜类化合物的方法，以提高其大规模生产的效率	利用合成生物学和代谢工程技术，构建高效的微生物细胞工厂，通过细胞微区室、关键P450酶的高效表达策略以及宿主代谢的调控和优化来增强萜类化合物的合成	当前仍面临一些挑战，需要进一步优化酵母底盘以提高萜类化合物的生产效率	提高萜类化合物的大规模生产效率	酿酒酵母	合成生物学	NA	代谢工程	NA	NA	NA
87	2025-01-21	Directed evolution of an orthogonal transcription engine for programmable gene expression in eukaryotes 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111541 PMID:39811667	研究论文	本文通过定向进化技术开发了一种适用于真核生物的正交转录引擎，用于可编程基因表达	通过将T7 RNA聚合酶与非洲猪瘟病毒的单亚基加帽酶融合，进化出高活性变体，显著提高了蛋白质表达水平	未提及具体局限性	开发一种适用于真核生物的正交基因调控系统，提高合成生物学应用的多样性和效率	T7 RNA聚合酶与非洲猪瘟病毒的单亚基加帽酶的融合酶	合成生物学	NA	定向进化技术	NA	NA	NA
88	2025-01-20	Microbial secondary metabolites: advancements to accelerate discovery towards application 2025-Jan-17, Nature reviews. Microbiology DOI:10.1038/s41579-024-01141-y PMID:39824928	综述	本文探讨了微生物次级代谢物在微生物过程和关系中的关键作用，以及其在人类健康和农业等经济领域中的价值	基因组测序的进展揭示了次级代谢物的生物合成潜力，新的预测工具和分子生物学技术加速了新代谢物的发现	NA	加速微生物次级代谢物的发现及其应用	微生物次级代谢物及其生物合成基因簇（BGCs）	生物技术	NA	基因组测序、细胞和无细胞表达技术、代谢物检测和鉴定技术	NA	基因组数据、代谢物数据	NA
89	2025-01-19	BioTRY: A Comprehensive Knowledge Base for Titer, Rate, and Yield of Biosynthesis 2025-Jan-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00347 PMID:39423319	研究论文	本文介绍了BioTRY，一个包含超过5,000种生物化学品和3,800种菌株的综合知识库，旨在评估发酵过程的经济可行性	BioTRY是首个提供生物合成TRY（滴度、速率和产量）数据的数据库，这些数据来自原始研究	NA	评估发酵过程的经济可行性，帮助研究人员和决策者了解生物合成的当前发展状态	生物化学品和菌株	合成生物学	NA	NA	NA	生物化学数据	超过5,000种生物化学品和3,800种菌株，以及52,000个TRY条目
90	2025-01-19	CRISPR/Cas-Based Gene Editing Tools for Large DNA Fragment Integration 2025-Jan-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00632 PMID:39680738	综述	本文综述了过去五年中开发的大片段DNA整合方法，特别关注新兴的CRISPR相关技术	重点介绍了CRISPR相关的同源定向修复（HDR）、CRISPR-转座酶和CRISPR-重组酶策略，这些策略有望革新复杂疾病的基因治疗	现有技术在整合大片段基因时面临效率低、脱靶效应和高成本的问题	开发能够精确插入千碱基大小DNA片段到哺乳动物基因组中的高效工具，以支持基因工程、基因治疗和合成生物学应用	大片段DNA的整合	基因编辑	复杂疾病	CRISPR/Cas, HDR, CRISPR-转座酶, CRISPR-重组酶	NA	NA	NA
91	2025-01-19	Evolution of interorganismal strigolactone biosynthesis in seed plants 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp0779 PMID:39818909	研究论文	本文研究了种子植物中跨生物体独脚金内酯（SLs）的生物合成进化	揭示了CYP722A在将CLA转化为非经典SLs中的关键作用，并提出了16-OH-CLA作为经典SLs进化中的代谢中间体的假设	研究主要集中在开花植物中的SLs生物合成，未涵盖所有种子植物	探讨独脚金内酯在种子植物中的生物合成进化及其功能	种子植物中的独脚金内酯及其生物合成途径	植物生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
92	2025-01-16	The ABC transporter SmABCG1 mediates tanshinones export from the peridermic cells of Salvia miltiorrhiza root 2025-Jan, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13806 PMID:39575678	研究论文	本文研究了丹参根皮细胞中丹参酮的运输机制，发现ABC转运蛋白SmABCG1在丹参酮ⅡA和丹参酮Ⅰ的外排中起关键作用	首次发现ABC转运蛋白SmABCG1在丹参酮运输中的作用，并揭示了其与丹参酮生物合成基因CYP76AH3的潜在调控关系	研究主要基于丹参毛状根模型，未在完整植株中验证SmABCG1的功能	探究丹参酮从丹参根皮细胞向外运输的分子机制	丹参根皮细胞及其中的丹参酮	植物代谢工程	NA	CRISPR/Cas9基因编辑、异源表达	NA	基因表达数据、代谢物含量数据	丹参毛状根及培养液样本
93	2025-01-15	Discovery, Biomanufacture, and Derivatization of Licorice Triterpenoids 2025-Jan-08, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c08110 PMID:39644261	review	本文综述了甘草三萜类化合物的结构、来源、药理活性，并利用drugCIPHER算法预测其药理活性，同时回顾了利用合成生物学方法生物制造甘草三萜类化合物的进展和策略	本文不仅总结了甘草三萜类化合物的整体特性，还预测了其药理活性，并提出了利用合成生物学方法进行生物制造的新策略	本文主要集中于甘草三萜类化合物的综述，可能未涵盖所有相关研究的最新进展	研究甘草三萜类化合物的结构、药理活性及其生物制造方法	甘草三萜类化合物	合成生物学	NA	合成生物学方法	drugCIPHER算法	NA	NA
94	2025-01-15	Golden Gate Cloning of Multigene Constructs Using the Modular Cloning System MoClo 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_2 PMID:39363064	研究论文	本文描述了使用模块化克隆系统MoClo组装多基因构建体的协议	利用MoClo系统进行多基因构建体的组装，通过一系列的一锅法组装步骤实现，提高了构建效率并促进了构建体变体库的生成	NA	开发一种高效的多基因构建体组装方法，以支持生物学研究和合成生物学	多基因构建体	合成生物学	NA	MoClo系统	NA	DNA序列	NA
95	2025-01-15	Standardized Golden Gate Assembly Metadata Representation Using SBOL 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_6 PMID:39363068	研究论文	本文介绍了一种用于创建SBOL表示的软件工具，以模拟类型IIS介导的组装反应并存储相关元数据	提出了一个软件工具，用于创建SBOL表示的构建计划，以模拟类型IIS介导的组装反应并存储相关元数据	未提及具体限制	开发一种软件工具，用于标准化Golden Gate组装元数据的表示	合成生物学中的DNA组装过程	合成生物学	NA	Golden Gate组装	NA	元数据	NA
96	2025-01-15	Golden Gate Cloning of MoClo Standard Parts 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_1 PMID:39363063	研究论文	本文详细介绍了使用Golden Gate克隆技术克隆MoClo标准部件的协议	提供了克隆MoClo标准部件的详细步骤，包括定义部件类型、设计引物、PCR扩增、Golden Gate克隆和测序	对于大型标准部件，需要先克隆子部件作为中间体，增加了复杂性	开发高效的DNA组装方法以促进合成生物学领域的研究	MoClo标准部件（level 0模块）	合成生物学	NA	Golden Gate克隆、PCR	NA	DNA序列	NA
97	2025-01-15	Automation and Miniaturization of Golden Gate DNA Assembly Reactions Using Acoustic Dispensers 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_9 PMID:39363071	研究论文	本文介绍了一种使用声波分配器自动化和微型化Golden Gate DNA组装反应的方法	利用声波分配器在nL范围内转移液体，实现了Golden Gate克隆反应的微型化和并行化，减少了塑料废物和试剂使用	NA	提高Golden Gate克隆反应的效率和可持续性	Golden Gate DNA组装反应	合成生物学	NA	Golden Gate克隆	NA	NA	NA
98	2025-01-15	Validation of Golden Gate Assemblies Using Highly Multiplexed Nanopore Amplicon Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_10 PMID:39363072	研究论文	本文介绍了一种使用高度多重化的纳米孔扩增子测序技术验证Golden Gate组装的方法	提出了一种名为DuBA.flow的工作流程，用于从单个菌落到最终易于解读的测序报告的全过程验证	NA	验证Golden Gate组装的高阶组合复杂性	Golden Gate组装的高阶组合	合成生物学	NA	纳米孔测序	NA	DNA序列	NA
99	2025-01-15	Biofoundry-Assisted Golden Gate Cloning with AssemblyTron 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_8 PMID:39363070	研究论文	本文介绍了AssemblyTron，一个开源的Python包，用于自动化Golden Gate组装，以减少复杂DNA构建的失败率、资源消耗和培训需求	AssemblyTron提供了低成本的自动化解决方案，使用开源的OpenTrons OT-2实验室机器人，扩展了Golden Gate组装的能力，包括模块化克隆载体组装、易错PCR组合突变体库组装和模块化克隆索引质粒库组装	NA	提高Golden Gate组装的自动化水平，降低复杂DNA构建的失败率和资源消耗	Golden Gate组装技术及其在合成生物学中的应用	合成生物学	NA	Golden Gate组装，易错PCR	NA	NA	NA
100	2025-01-15	Golden Gate Cloning of Expression Plasmids for Synthetic Small RNAs in Bacteria 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4220-7_17 PMID:39363079	研究论文	本文介绍了一种基于Golden Gate组装的快速高效构建合成小RNA表达质粒的方法，并提出了辅助寡核苷酸设计的G-GArden工具	提出了基于Golden Gate组装的快速高效构建合成小RNA表达质粒的方法，并开发了辅助设计的G-GArden工具	NA	开发一种快速高效构建合成小RNA表达质粒的方法，以应用于合成生物学	大肠杆菌中的小RNA（sRNAs）	合成生物学	NA	Golden Gate组装	NA	NA	NA