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当前共找到 110 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-19 |
Recent advances in the Design-Build-Test-Learn (DBTL) cycle for systems metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2501021
PMID:40195836
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综述 | 本文综述了谷氨酸棒杆菌在系统代谢工程中基于设计-构建-测试-学习（DBTL）循环的最新进展，重点关注L-赖氨酸衍生的C5平台化学品 | 系统总结了DBTL循环框架下谷氨酸棒杆菌从传统代谢工程到先进系统代谢工程的多种策略进展，并聚焦于C5平台化学品的生物合成 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据，可能缺乏对具体技术细节的深入分析 | 总结谷氨酸棒杆菌系统代谢工程中DBTL循环的应用进展，特别是C5平台化学品的生物合成 | 谷氨酸棒杆菌及其代谢工程改造策略 | 机器学习 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 谷氨酸棒杆菌 | NA | 工业生物技术 |
| 2 | 2026-09-19 |
Synthetic biology strategies for sustainable bioplastic production by yeasts
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2501022
PMID:40195837
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综述 | 本文综述了利用合成生物学策略改造酵母细胞工厂（酿酒酵母和解脂耶氏酵母）以可持续生产生物塑料（如聚乳酸、聚羟基脂肪酸酯和聚己二酸/对苯二甲酸丁二酯）的研究进展 | 系统总结了在基因、通路和细胞系统水平上整合新遗传元件、代谢工程、蛋白质工程、适应性进化以及计算工具和机器学习到设计-构建-测试-学习循环中的最新策略，以提升酵母菌株效率和产量 | 在提高菌株鲁棒性和扩大工业规模生产过程方面仍存在挑战 | 探讨利用合成生物学方法开发酵母细胞工厂以生产关键可生物降解塑料，推动可持续和可扩展的生物塑料生产 | 酵母细胞工厂，特别是酿酒酵母和解脂耶氏酵母 | 合成生物学 | NA | 代谢工程，蛋白质工程，适应性进化，机器学习 | NA | 文本 | NA | NA | 酿酒酵母，解脂耶氏酵母 | 代谢通路 | 材料，工业生物技术 |
| 3 | 2026-09-19 |
Untranslated region engineering strategies for gene overexpression, fine-tuning, and dynamic regulation
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2501033
PMID:40195839
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综述 | 本文综述了利用mRNA非翻译区（UTR）工程策略优化细菌基因表达的研究进展，涵盖增强蛋白表达、精细调控和动态调控等方面 | 系统整合了UTR工程在基因过表达、精细调控和动态调控中的最新策略，提出了模块化调控框架 | 综述主要聚焦于细菌系统，对其他宿主如真核生物或哺乳动物细胞的UTR工程讨论有限 | 总结UTR工程策略用于细菌基因表达优化，包括蛋白过表达、代谢途径精细调控和动态基因调控 | 细菌基因表达中的mRNA非翻译区（UTR），包括AU富集元件、RG4结构、合成双UTR、ProQC系统、UTR文库、合成终止子、核糖开关和toehold开关 | 合成生物学 | NA | UTR工程，包括AU富集元件、RG4结构、合成双UTR、ProQC系统、UTR文库、合成终止子、核糖开关、toehold开关 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌 | 核糖开关和toehold开关用于动态基因调控 | 医学，工业生物技术 |
| 4 | 2025-04-09 |
Advancing microbial engineering through synthetic biology
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2503100
PMID:40195840
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2026-09-11 |
Robust and highly efficient transformation method for a minimal mycoplasma cell
2025-03-20, Journal of bacteriology
IF:2.7Q3
DOI:10.1128/jb.00415-24
PMID:39903184
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研究论文 | 本文报道了一种针对最小细胞JCVI-syn3B的高效转化方法，通过优化生长阶段和细胞状态，实现了高转化效率并开发了冷冻备用细胞转化流程 | 发现JCVI-syn3B生长滞后阶段后可细分为三个不同阶段，其中早期指数生长期转化效率最高；实现了高达4.4×10转化体/细胞/微克质粒DNA的转化效率；开发了使用少于0.2 mL培养物、约1×10-10个细胞和10 ng质粒DNA获得数百至数千转化体的方法；建立了使用冷冻转化备用细胞的转化方法 | 摘要未明确提及研究局限性 | 开发针对最小细胞JCVI-syn3B的稳健高效转化方法，以促进先进基因工程和生物学研究 | 最小细胞JCVI-syn3B（通过基因组精简创建） | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 少于0.2 mL培养物，约1×10-10个细胞，10 ng质粒DNA | NA | JCVI-syn3B（支原体） | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 6 | 2026-09-02 |
Engineering highly active nuclease enzymes with machine learning and high-throughput screening
2025-03-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101236
PMID:40081373
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研究论文 | 该论文介绍了一种名为TeleProt的机器学习框架，该框架结合进化数据和实验数据来设计蛋白质库，并成功提高了降解慢性伤口生物膜的核酸酶催化活性，通过多轮高通量筛选获得了性能优于定向进化的酶变体 | 首次将进化与实验数据融合于机器学习框架中，设计了无需先验实验数据即可生成高性能初始库的方法，并发布了包含55,000个核酸酶变体的广泛基因型-表型活性数据集 | 未明确讨论在更新颖化学环境或不同酶类中的适用性，且依赖高通量实验成本，可能限制了在其他系统中的应用 | 优化酶在新型化学环境中的功能，特别是提高核酸酶降解慢性伤口生物膜的催化活性 | 核酸酶酶变体，以及慢性伤口生物膜 | 机器学习 | 慢性伤口感染（相关生物膜） | 高通量筛选 | 机器学习框架（TeleProt） | 基因型-表型数据（酶活性数据） | 55,000个核酸酶变体 | NA | NA | NA | 医学 |
| 7 | 2026-09-02 |
Interfacing bacterial microcompartment shell proteins with genetically encoded condensates
2025-03, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70061
PMID:39969154
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研究论文 | 本研究展示了来自Haliangium ochraceum的细菌微区室壳蛋白（BMC-H）在串联RGG-RGG结构域形成的蛋白质凝聚体表面组装成涂层，这些涂层受pH和蛋白质浓度影响，并能稳定存在，防止液滴融合，同时可选择性地富集折叠蛋白，为合成生物学提供了一种新的控制液-液相分离区室特性的方法 | 创新之处在于将细菌微区室壳蛋白与基因编码的凝聚体相结合，通过设计RGG截短融合的BMC-H变体，在凝聚体表面形成稳定的涂层，从而控制液滴的融合行为，这是全新的一步 | 摘要未明确提及局限性，但可能包括涂层形成的条件依赖性（如pH和蛋白质浓度）以及对实际应用的环境敏感性 | 研究目的是利用基因编码的蛋白质涂层来调控液-液相分离凝聚体的表面特性，以应用于合成生物学中合成细胞或细胞器的构建 | 研究对象为Haliangium ochraceum的BMC-H壳蛋白、RGG-RGG结构域及其工程变体，以及TEV蛋白酶等折叠蛋白 | 合成生物学、蛋白质工程 | 不适用 | 蛋白质工程、液-液相分离、共聚焦显微镜 | 不适用 | 图像（显微镜图像） | 不适用（未提及样本数量） | 蛋白质融合 | 不适用（体外实验） | 设计了一种化学诱导二聚化系统，用于蛋白质凝聚体和涂层形成的调控 | 合成生物学、医学（潜在）、工业生物技术 |
| 8 | 2026-07-30 |
Orthogonal RNA replication enables directed evolution and Darwinian adaptation in mammalian cells
2025-03, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01783-2
PMID:39753704
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research paper | 该研究开发了一种正交的α病毒RNA复制系统，能够在哺乳动物细胞中实现RNA基装置的定向进化和达尔文适应 | 首次在哺乳动物细胞中建立正交RNA复制系统用于定向进化，无需宿主基因组干扰，可产生大规模连续多样化RNA文库，并支持达尔文适应性进化 | 目前仅针对RNA基装置进行进化，未验证对DNA基或蛋白质基装置的适用性；系统复杂性可能影响其普适性和易用性 | 开发哺乳动物细胞中高效、可控的RNA定向进化平台 | RNA基装置（如荧光蛋白和转录因子） | synthetic biology | NA | RNA replication, directed evolution | NA | NA | NA | NA | mammalian cells | orthogonal alphaviral RNA replication system | synthetic biology, cell engineering |
| 9 | 2026-07-24 |
Customizable gene sensing and response without altering endogenous coding sequences
2025-03, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01733-y
PMID:39266721
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研究论文 | 开发一种不改变内源基因编码序列即可实现基因感测与响应的方法 | 通过将生物传感器整合到内源基因的终止子区域而不修改其编码序列，利用sgRNA激活下游电路，避免了传统方法可能对内源基因调控的不可预测影响 | 该方法可能依赖于特定宿主细胞类型（如CHO-K1细胞），且传感器响应的调谐范围可能存在限制 | 开发一种平台技术，用于不改变内源基因编码序列的条件下实现基因感测与响应控制 | CHO-K1细胞中的内源基因及其终止子区域 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, 基因传感器整合 | 数学模型用于预测传感器响应 | 基因表达数据 | NA（主要基于工程化的CHO-K1细胞系） | CRISPR-Cas9 | CHO-K1细胞 | 细胞应激传感器与致动器电路，通过下游电路条件性激活抗凋亡蛋白BCL-2 | 生物制造, 细胞命运控制, 细胞疗法 |
| 10 | 2026-07-22 |
A long road ahead to reliable and complete medicinal plant genomes
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57448-8
PMID:40032878
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综述 | 该论文综述了长读长测序技术推动药用植物基因组学发展的现状，指出当前基因组组装和注释中存在的缺陷 | 提出在完善现有基因组的基础上，借鉴作物基因组学经验并应用前沿技术，重点关注多样化品种的完整基因组组装 | 仅讨论了基因组组装和注释的改进方向，未深入涉及具体的实验验证或应用案例 | 推动药用植物基因组学的发展，实现高质量完整基因组以支持次级代谢产物相关基因的鉴定和合成生物学应用 | 药用植物基因组 | 基因组学 | NA | 长读长DNA测序，基因组组装 | NA | 基因组数据 | 截至2025年2月，来自203种植物的400多个基因组 | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学 |
| 11 | 2026-07-13 |
Bacteria-Mediated Intracellular Radical Polymerizations
2025-03-19, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c17257
PMID:40036043
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研究论文 | 本研究展示了细菌细胞通过自然存在的生物分子活性引发原子转移自由基反应，实现丙烯酰胺、丙烯酸和甲基丙烯酸类单体在胞内聚合 | 首次证实细菌细胞可利用天然生物分子引发胞内自由基聚合，提供了一种新的细胞工程和合成生物学工具 | 仅使用了有限类型的单体（丙烯酰胺、丙烯酸、甲基丙烯酸类），未探索更广范围的单体和聚合条件 | 探究细菌细胞作为活催化剂进行胞内自由基聚合的可行性及细胞相容性 | 细菌细胞（具体菌种未在摘要中明确指定） | 合成生物学 | NA | NMR, GPC, 荧光标记, 荧光显微镜, 流式细胞术 | NA | 图像, 光谱, 色谱数据 | NA | NA | 细菌（未具体指定） | 胞内自由基聚合体系（基于原子转移自由基聚合引发剂） | 细胞工程, 合成生物学 |
| 12 | 2026-07-01 |
A new flavor of synthetic yeast communities sees the light
2025-03-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02008-23
PMID:39912663
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综述 | 本文概述了利用光遗传学手段调控合成酵母群落的最新进展 | 首次将光遗传学应用于合成微生物群落的时空调控，提出光生态学概念 | 主要基于现有研究总结，未涉及具体实验验证或新方法开发 | 探讨光遗传学在合成酵母群落中的应用潜力及其对复杂生态系统研究的启示 | 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae） | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 光控开关、逻辑门、代谢途径 | 工业生物技术, 环境, 医学 |
| 13 | 2026-05-21 |
Mechanisms and applications of bacterial luciferase and its auxiliary enzymes
2025-03, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2025.110307
PMID:39824239
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综述 | 本文综述了细菌荧光素酶及其辅助酶的机制和应用 | 阐明了C4a-氢过氧化黄素形成机制并鉴定出关键催化残基His44，通过蛋白质工程和合成生物学改进了LuxAB的生物发光特性 | 实现红移发射、优化信号强度和识别与发光物种生成相关的机制等问题仍有待探索 | 总结LuxAB的反应机制及其在生物技术中的应用进展 | 细菌荧光素酶（LuxAB）及其辅助酶（如LuxG） | 合成生物学 | NA | 生物发光分析 | NA | NA | NA | 蛋白质工程, 合成生物学 | NA | lux操纵子编码的自发光系统 | 生物成像, 生物报告器, 生物传感, 代谢工程, 生物燃料生产 |
| 14 | 2026-04-25 |
Advancing CRISPR base editing technology through innovative strategies and ideas
2025-03, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2699-5
PMID:39231901
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综述 | 重点介绍基于CRISPR平台的非DSB编辑器BE和PE的开发与创新，探讨改进策略及未来理想编辑器的发展前景 | 系统归纳了“替换”、“组合”、“适应”和“调整”等改进思路在BE和PE开发中的应用，并阐述了CRISPR技术创新中的巧妙思维反转与跳跃 | 未具体探讨CRISPR碱基编辑技术在实际应用中可能面临的脱靶效应或伦理问题 | 综述CRISPR碱基编辑技术通过创新策略和思路的进展，展望未来理想编辑器的开发 | 基于CRISPR平台的碱基编辑器（BE）和先导编辑器（PE） | 合成生物学 | NA | CRISPR碱基编辑, 先导编辑, AAV递送系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 碱基编辑器, 先导编辑器, 小型编辑器 | 医学, 农业, 工业生物技术 |
| 15 | 2026-03-22 |
Genetic and molecular mechanisms underlying nitrogen use efficiency in maize
2025-03, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2024.10.007
PMID:39515641
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综述 | 本文全面综述了玉米氮素吸收、同化和再动员的遗传与分子调控机制，旨在提高氮素利用效率 | 整合了根际微生物组对氮素利用效率的影响以及植物-微生物互作机制，并倡导利用遗传多样性和合成生物学进行综合研究 | NA | 提高玉米氮素利用效率，促进可持续农业发展 | 玉米 | NA | NA | 高通量微生物组研究 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 玉米 | NA | 农业 |
| 16 | 2026-02-28 |
Potential and Optimization of Mammalian Splice Riboswitches for the Regulation of Exon Skipping-Dependent Gene Expression and Isoform Switching within the ALOX5 Gene
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00731
PMID:40011207
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研究论文 | 本研究探讨了合成核糖开关在哺乳动物细胞中通过控制选择性剪接来调控基因表达的潜力，特别是在ALOX5基因中的应用 | 提出了通过基因特异性内含子和外显子序列的上下文适应来优化核糖开关功能，并开发了能够切换5-LO野生型与缺失外显子13的异构体表达的新型核糖开关剪接概念 | 合成核糖开关在真核系统中控制基因表达的功能通常限于特定基因或细胞类型 | 研究合成核糖开关在调控哺乳动物细胞中基因表达和异构体切换的潜力与优化方法 | 人工花生四烯酸5-脂氧合酶基因（ALOX5）在HEK293细胞中的表达调控 | 合成生物学 | NA | 选择性剪接调控、核糖开关技术 | NA | 基因表达数据 | 使用HEK293细胞系 | 合成核糖开关、基因编辑 | 哺乳动物细胞（HEK293） | 四环素核糖开关控制的盒式外显子系统，用于调控选择性剪接和异构体切换 | 医学、合成生物学 |
| 17 | 2026-02-24 |
Synthetic transcription factors establish the function of nine amino acid transactivation domains of Komagataella phaffii Mxr1
2025-03, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108211
PMID:39855340
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研究论文 | 本研究通过构建合成转录因子，系统表征了Komagataella phaffii中Mxr1转录因子的九个氨基酸反式激活结构域（9aaTADs）的功能与机制 | 首次在K. phaffii锌指转录因子中全面鉴定21个推测的9aaTADs，发现其中10个具有功能，并揭示其通过Gcn5介导的组蛋白乙酰化机制激活转录 | 研究主要基于Δmxr1突变株的体外功能验证，体内生理环境下的调控网络及与其他转录因子的相互作用尚未完全阐明 | 探究K. phaffii中Mxr1转录因子的9aaTADs结构域的功能特性与分子机制 | Komagataella phaffii（巴斯德毕赤酵母）的Mxr1转录因子及其9aaTADs结构域 | 合成生物学 | NA | 合成转录因子构建、基因敲除株功能互补、靶基因转录激活分析 | NA | 分子生物学实验数据 | 21个推测的9aaTADs结构域（包括TAD A-V） | 合成生物学设计（合成转录因子构建） | Komagataella phaffii（巴斯德毕赤酵母） | 由Mxr1ZF DNA结合域与串联9aaTADs组成的合成转录因子系统 | 工业生物技术 |
| 18 | 2026-02-06 |
Bacterial DNA methylases as novel molecular and synthetic biology tools: recent developments
2025-Mar-06, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13442-0
PMID:40047928
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综述 | 本文综述了细菌DNA甲基化酶的类型、靶向甲基化或去甲基化的主要技术，以及这些酶在分子和合成生物学中的最新作用 | 系统总结了利用融合蛋白（如锌指蛋白、TALE或CRISPR/dCas9与甲基化酶结合）实现靶向甲基化的新兴技术，并展望了通过鉴定更多细菌甲基化酶特性来开发新工具的潜力 | NA | 探讨细菌DNA甲基化酶作为分子和合成生物学工具的最新发展与应用 | 细菌DNA甲基化酶及其相关技术 | 合成生物学 | NA | 靶向甲基化技术、DNA组装技术 | NA | NA | NA | CRISPR/dCas9, TALEN, 锌指蛋白 | 细菌, 作物植物 | NA | 遗传工程, 细菌学, 生物技术, 农业 |
| 19 | 2025-12-22 |
Towards sustainable freshwater systems through plant synthetic biology engineering plants for sustainability
2025-Mar, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100009
PMID:41415721
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研究论文 | 本文探讨利用植物合成生物学工程化植物，以过滤海水和储存淡水，应对气候变化和淡水需求 | 提出结合自然设计原则和先进合成生物学工具（如计算蛋白质设计和定向进化），工程化植物平台以可持续方式提供淡水 | NA | 通过植物合成生物学开发可持续淡水系统，减少气候变化影响 | 植物作为合成生物学平台 | NA | NA | 计算蛋白质设计，定向进化 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 植物 | 工程化植物以过滤海水和储存淡水，结合自然组件和适应性特性 | 环境 |
| 20 | 2025-10-05 |
[Advances in the regulation of microbial cell metabolism and environmental adaptation]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240937
PMID:40170316
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综述 | 本文系统综述了细胞感知代谢与环境变化及适应性调控的机制与应用前景 | 首次从跨膜/传感器蛋白、适应性调控机制和应用场景三个维度对细胞代谢与环境适应调控进行系统梳理 | NA | 探讨细胞感知代谢变化和环境适应的调控机制及其在合成生物学中的应用 | 微生物细胞的代谢调控与环境适应机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |