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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
[Advances in the regulation of microbial cell metabolism and environmental adaptation]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240937
PMID:40170316
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综述 | 本文系统综述了细胞感知代谢与环境变化及适应性调控的机制与应用前景 | 首次从跨膜/传感器蛋白、适应性调控机制和应用场景三个维度对细胞代谢与环境适应调控进行系统梳理 | NA | 探讨细胞感知代谢变化和环境适应的调控机制及其在合成生物学中的应用 | 微生物细胞的代谢调控与环境适应机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 2 | 2025-10-05 |
Xenotopic synthetic biology: Prospective tools for delaying aging and age-related diseases
2025-Mar-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adu1710
PMID:40153513
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综述 | 本文探讨利用非哺乳动物酶类作为延缓衰老和年龄相关疾病的潜在工具 | 提出利用异源物种酶类逆转年龄相关代谢变化的新策略,而非直接靶向自身基因 | NA | 探索通过代谢调控延缓衰老和年龄相关疾病的替代策略 | 来自低等生物的影响年龄相关代谢过程的酶类 | 合成生物学 | 老年疾病 | 酶工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 3 | 2025-10-05 |
Interfacing bacterial microcompartment shell proteins with genetically encoded condensates
2025-Mar, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70061
PMID:39969154
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研究论文 | 本研究展示了如何将细菌微区室壳蛋白与基因编码的凝聚物界面结合,形成稳定的涂层结构 | 首次实现细菌微区室壳蛋白在蛋白质凝聚物表面形成可控涂层,并能防止液滴融合 | 涂层形成依赖于pH值和蛋白质浓度等特定条件 | 开发合成细胞和细胞器的界面控制方法 | 细菌微区室壳蛋白和蛋白质凝聚物 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程,液液相分离 | NA | 实验数据 | NA | 蛋白质工程 | Haliangium ochraceum | 细菌微区室壳蛋白涂层系统,蛋白质凝聚物界面工程 | 合成生物学,生物医学工程 |
| 4 | 2025-10-05 |
Harnessing oleaginous protist Schizochytrium for docosahexaenoic acid: Current technologies in sustainable production and food applications
2025-Mar, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2025.115996
PMID:40032480
|
综述 | 本文综述了利用产油原生生物裂殖壶菌生产二十二碳六烯酸(DHA)的当前生物技术,涵盖菌株改良、发酵优化、产品提取和安全应用等方面 | 系统总结了裂殖壶菌DHA生产的多方面技术挑战,并提出整合多种育种技术、人工智能优化发酵、纳米颗粒包装改善稳定性等创新解决方案 | NA | 探索提高裂殖壶菌DHA生产效率和产品质量的技术方法,推动其在食品和健康领域的应用发展 | 产油海洋原生生物裂殖壶菌及其生产的二十二碳六烯酸(DHA) | 工业生物技术 | NA | 发酵技术、合成生物学、纳米颗粒包装技术 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 裂殖壶菌 | DHA合成途径、结构化脂质构建 | 食品,医药 |
| 5 | 2025-10-05 |
Bacterial Autonomous Intelligent Microrobots for Biomedical Applications
2025 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. Nanomedicine and nanobiotechnology
DOI:10.1002/wnan.70011
PMID:40235203
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综述 | 本文综述了细菌自主智能微机器人在生物医学领域的传感控制机制、工程设计与应用前景 | 提出利用合成生物学技术将具有自主运动智能的细菌改造为可实现闭环控制的微机器人 | NA | 探讨细菌微机器人在生物医学领域的闭环控制机制与应用发展 | 细菌微机器人的传感控制系统与生物医学应用 | 生物医学工程 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具箱 | 细菌 | 输入传感器、信号响应与记忆系统 | 医学 |
| 6 | 2025-10-05 |
BTG13-related metalloenzymes: Atypical non-heme iron-dependent dioxygenases with unusual coordination patterns and catalytic mechanisms
2025-Mar, Engineering microbiology
DOI:10.1016/j.engmic.2024.100188
PMID:40538716
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研究论文 | 本文报道了一种新型非血红素铁依赖性双加氧酶BTG13,其具有独特的四组氨酸和羧化赖氨酸配位中心及非典型催化机制 | 发现具有独特四组氨酸-羧化赖氨酸配位中心的非典型非血红素铁双加氧酶,揭示了修饰Kcx在促进C-C键断裂中的关键作用 | NA | 研究BTG13相关金属酶的配位模式和催化机制及其在合成生物学中的应用潜力 | BTG13相关金属酶及其催化机制 | NA | NA | 分子动力学模拟、量子化学计算、系统发育分析 | NA | NA | NA | NA | 多种生物体 | NA | 合成生物学 |
| 7 | 2025-10-05 |
Metabolite-Responsive Control of Transcription by Phase Separation-Based Synthetic Organelles
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00633
PMID:39954260
|
研究论文 | 开发了一种基于液液相分离的合成细胞器,能够将代谢信号转化为基因转录调控 | 首次将液液相分离原理应用于构建代谢物响应型合成细胞器,实现了代谢信号与转录调控的可逆连接 | NA | 构建具有生命感知和适应能力的合成生物材料 | 基于液液相分离的合成细胞器 | 合成生物学 | NA | 液液相分离技术 | NA | NA | NA | 蛋白质工程 | NA | 代谢物响应型转录调控回路,基于丙酮酸依赖性阻遏蛋白PdhR的相分离行为 | 传感器材料, 工业生物技术 |
| 8 | 2025-10-05 |
Engineering a New Generation of Gene Editors: Integrating Synthetic Biology and AI Innovations
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00686
PMID:39999982
|
综述 | 本文探讨如何整合合成生物学与人工智能技术开发新一代基因编辑器 | 将人工智能和机器学习技术应用于基因编辑酶的发现与设计,通过计算策略优化传统蛋白质工程方法 | 未提及具体实验验证数据和应用案例 | 开发更安全高效的基因组编辑工具并推动其临床转化 | 基因编辑酶(如CRISPR-Cas系统) | 机器学习 | NA | CRISPR-Cas技术、理性设计、诱变筛选、定向进化 | AI/ML模型 | NA | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学 |
| 9 | 2025-10-05 |
Improving Bacillus subtilis as Biological Chassis Performance by the CRISPR Genetic Toolkit
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00844
PMID:40040244
|
综述 | 本文综述了CRISPR基因工具包在提升枯草芽孢杆菌作为生物底盘性能方面的最新进展 | 系统总结了CRISPR技术在枯草芽孢杆菌中基因编辑、转录调控和酶活性调节等方面的关键工具设计进展 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述 | 提升枯草芽孢杆菌作为工业生物底盘的生产性能 | 枯草芽孢杆菌及其CRISPR基因编辑工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR基因编辑技术 | NA | 文献资料 | NA | CRISPR-Cas9 | 枯草芽孢杆菌 | 基因编辑工具、转录调控系统、酶活性调节模块 | 工业生物技术 |
| 10 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology Strategies for the Production of Natural Colorants and Their Non-Natural Derivatives
2025-03-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00799
PMID:40066730
|
综述 | 本文综述了利用合成生物学策略高效生产天然色素及其非天然衍生物的最新进展 | 开发了多样化天然色素以生产具有增强特性和扩展色谱的非天然衍生物的策略 | 未明确说明具体技术实施中的技术瓶颈或具体产量数据 | 通过合成生物学方法提高天然色素及其衍生物的生产效率和性能 | 天然色素及其非天然衍生物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品,化妆品,医药,材料 |
| 11 | 2025-10-05 |
Integration of therapeutic cargo into the human genome with programmable type V-K CAST
2025-Mar-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57416-2
PMID:40082411
|
研究论文 | 本研究开发了基于V-K型CRISPR相关转座酶(CAST)的系统,实现治疗性基因在人类细胞基因组中的可编程整合 | 首次将来自未培养微生物的紧凑型V-K CAST系统重新用于人类细胞基因组编辑,相比传统Cascade系统仅需单个Cas12k效应蛋白 | 脱靶事件虽罕见但可在特定基因组区域重复出现 | 开发更简化的CRISPR基因编辑工具用于治疗应用 | 人类细胞基因组 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas基因编辑 | NA | 基因组数据 | 多种人类细胞类型 | CRISPR-Cas | 人类细胞 | 基因整合系统 | 医学, 生物技术, 合成生物学 |
| 12 | 2025-10-05 |
[Databases, knowledge bases, and large models for biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240653
PMID:40170304
|
综述 | 本文综述了生物制造领域数据库、知识库和大语言模型的最新研究进展 | 探讨了生物制造与人工智能、大模型等信息技术融合的发展方向和新兴技术方法 | NA | 为生物制造相关领域的科学研究提供指导和启发 | 生物制造相关的数据库、知识库和大语言模型 | 生物信息学 | NA | 系统生物学、合成生物学、人工智能、大语言模型、高性能计算 | 大语言模型 | 生物信息学数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 13 | 2025-10-05 |
[Intelligent design of nucleic acid elements in biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240599
PMID:40170308
|
综述 | 本文综述了人工智能在生物制造中核酸元件智能设计方面的应用与进展 | 整合人工智能与合成生物学、高通量技术,开发更高效的核酸元件设计工具 | 生物系统复杂性高且缺乏高度量化的训练数据,限制了AI在生物制造中的应用 | 探讨人工智能在生物制造中核酸元件设计优化的应用 | 生物制造中的核酸功能元件 | 合成生物学 | NA | 人工智能算法、高通量技术 | NA | 核酸序列数据 | NA | NA | NA | 启动子、核糖体结合位点、终止子及其组合设计 | 工业生物技术 |
| 14 | 2025-10-05 |
[Artificial intelligence-assisted design, mining, and modification of CRISPR-Cas systems]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240865
PMID:40170307
|
综述 | 本文全面总结了人工智能技术在CRISPR-Cas系统设计、挖掘和修饰中的应用进展 | 首次系统阐述AI技术如何通过分析高通量测序数据革新sgRNA设计,并拓展至CRISPR阵列注释和Cas蛋白修饰领域 | NA | 探讨人工智能技术在CRISPR-Cas系统优化中的应用价值 | CRISPR-Cas系统及其相关组件(sgRNA、Cas蛋白等) | 机器学习 | NA | 高通量测序 | 机器学习 | 测序数据 | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学, 农业, 工业生物技术 |
| 15 | 2025-10-05 |
[Machine learning-aided design of synthetic biological parts and circuits]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240605
PMID:40170311
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综述 | 本文综述了机器学习在合成生物学元件和遗传电路设计中的应用现状与挑战 | 系统分析机器学习算法在合成生物学元件设计中的典型应用,并提出解决当前挑战的潜在方案 | NA | 探讨机器学习如何支持合成生物学元件和遗传电路的智能化设计 | 合成生物学元件(合成启动子、RNA调控元件、转录因子)和简单遗传电路 | 机器学习 | NA | 机器学习算法 | NA | 生物数据 | NA | NA | NA | 遗传电路 | 工业生物技术 |
| 16 | 2025-10-05 |
[Advances in reconstruction and optimization of cellular physiological metabolic network models]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240966
PMID:40170315
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综述 | 系统介绍细胞生理代谢网络模型重建与优化的最新研究进展 | 总结了人工智能在动力学模型和酶约束模型开发中的应用,提出了高质量模型重建将为定量合成生物学提供计算支持 | NA | 为精确表征细胞生理代谢活动和绿色生物制造提供计算生物学工具 | 细胞生理代谢网络模型 | 计算生物学 | NA | 基因组尺度代谢模型(GEMs)、动力学模型、酶约束基因组尺度代谢模型(ecGEMs) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 17 | 2025-10-05 |
[Intelligent design of transcription factor-based biosensors]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240603
PMID:40170310
|
综述 | 本文系统总结了计算模拟和人工智能辅助的转录因子生物传感器工程与优化研究进展 | 整合蛋白质结构预测、配体结合模拟和机器学习突变数据构建数学模型来预测调控蛋白响应 | NA | 促进新型生物传感器的开发与应用 | 转录因子生物传感器 | 合成生物学 | NA | 蛋白质结构预测、配体结合模拟、机器学习 | 数学模型 | 突变数据 | NA | NA | NA | 转录因子生物传感器 | 代谢工程, 合成生物学, 代谢物监测 |
| 18 | 2025-10-05 |
[Optimization of fermentation processes in intelligent biomanufacturing: on online monitoring, artificial intelligence, and digital twin technologies]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250032
PMID:40170318
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综述 | 系统总结发酵过程中在线监测技术、人工智能优化策略和数字孪生应用的最新进展 | 整合实时传感数据与多尺度模型,提出基于智能感知和数字孪生的闭环控制系统新范式 | NA | 实现发酵过程的精确优化和高效放大 | 发酵过程的实时传感与智能控制 | 工业生物技术 | NA | 在线活细胞传感器、光谱分析、废气分析 | 人工神经网络、支持向量机 | 实时传感器数据、多尺度模型数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 19 | 2025-10-05 |
DNA/RNA hybrids avoid channel gating that leads to the continued packaging of numerous hybrids into the phi29 protein shell
2025-Mar-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf242
PMID:40193705
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研究论文 | 本研究揭示了phi29 DNA包装马达对RNA/DNA杂交链和双链DNA包装效率差异的分子机制 | 首次发现RNA/DNA杂交链能避免通道门控机制,实现比双链DNA更高效的包装 | 通道门控的具体分子机制仍需进一步阐明 | 探究病毒DNA包装马达对不同核酸链类型的包装机制差异 | phi29噬菌体DNA包装马达系统 | 结构生物学 | NA | 单通道电生理学、蔗糖梯度超速离心、单孔电导测定 | NA | 电生理数据、离心分离数据 | NA | NA | phi29噬菌体 | NA | 基因/RNAi递送、基因治疗、合成生物学、纳米技术、单颗粒传感 |
| 20 | 2025-10-05 |
Advances in synthesizing plant-derived isoflavones and their precursors with multiple pharmacological activities using engineered yeasts
2025-Mar-29, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02692-2
PMID:40155940
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综述 | 本文综述了利用工程化酵母合成具有多种药理活性的植物源异黄酮及其前体的研究进展 | 系统总结了合成生物学和先进生物技术策略在环境友好型异黄酮生产中的应用 | NA | 探讨通过工程化酵母可持续高效生产异黄酮的技术方法 | 植物源异黄酮(如大豆苷元和金雀异黄素)及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 酵母 | 异黄酮生物合成途径 | 食品,制药,化妆品 |