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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-05 |
Customizable gene sensing and response without altering endogenous coding sequences
2025-Mar, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01733-y
PMID:39266721
|
研究论文 | 开发了一种在不改变内源基因编码序列的情况下整合遗传生物传感器的方法 | 通过将单导RNA插入基因终止子区域激活下游电路,避免了对内源基因编码序列的修改 | NA | 开发可定制的基因传感和响应系统 | CHO-K1细胞中的细胞应激传感器和效应器 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | 数学模型 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | CHO-K1细胞 | 基因传感器和效应器平台,可条件性激活抗凋亡蛋白BCL-2 | 生物制造, 细胞命运控制, 细胞治疗 |
| 82 | 2025-10-05 |
Synthetic Biology Strategies and Tools to Modulate Photosynthesis in Microbes
2025-Mar-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26073116
PMID:40243859
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综述 | 总结合成生物学在调控蓝藻和微藻光合作用方面的最新进展与挑战 | 系统阐述通过合成生物学增强光能吸收、优化电子传递链和改善碳同化的创新策略,并提出AI辅助代谢工程等解决方案 | 遗传修饰在规模化生物生产中面临菌株稳定性、代谢负担和工艺可扩展性等瓶颈 | 通过合成生物学手段提升微生物光合作用效率 | 蓝藻和微藻等光合微生物 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 蓝藻, 微藻 | 光能吸收系统, 电子传递链, 碳同化途径 | 能源, 环境, 工业生物技术 |
| 83 | 2025-10-05 |
New strategies to study in depth the metabolic mechanism of astaxanthin biosynthesis in Phaffia rhodozyma
2025-Mar, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2024.2344578
PMID:38797672
|
综述 | 本文综述了法夫酵母中虾青素生物合成的代谢机制研究现状,并提出了前沿研究方法 | 提出整合多组学、基因组编辑、蛋白质结构与功能分析及合成生物学等先进技术的联合研究策略 | 对虾青素合成关键基因功能、双功能酶作用机制及代谢通量调控等核心问题的认知仍不完善 | 深入研究虾青素生物合成的代谢机制并提高其产量 | 法夫酵母中的虾青素生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 多组学技术、基因组编辑、蛋白质结构-活性分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Phaffia rhodozyma(法夫酵母) | 虾青素生物合成代谢途径 | 营养保健品、水产养殖、化妆品 |
| 84 | 2025-10-05 |
Self-pigmenting textiles grown from cellulose-producing bacteria with engineered tyrosinase expression
2025-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02194-3
PMID:38565971
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研究论文 | 本研究通过基因工程改造纤维素生产菌株,开发出能够自主产生黑色素的细菌纤维素材料 | 首次将酪氨酸酶基因工程引入纤维素生产细菌,实现自着色纺织品的生物制造,并结合光遗传学进行图案化控制 | NA | 开发可持续的纺织品染色方法,替代传统染色工艺 | 工程化细菌纤维素材料 | 合成生物学 | NA | 基因工程、光遗传学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Komagataeibacter rhaeticus | 酪氨酸酶表达系统、光控基因表达系统 | 纺织工业, 材料科学 |
| 85 | 2025-10-05 |
Integrated Metabolomic and Transcriptomic Analysis Reveals the Molecular Regulatory Mechanism of Gamma-Aminobutyric Acid Accumulation in White Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) in Response to Dark and Ultrasound Stress
2025-Mar-28, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods14071186
PMID:40238367
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研究论文 | 通过整合代谢组和转录组分析揭示白藜麦在黑暗和超声波胁迫下γ-氨基丁酸积累的分子调控机制 | 首次系统阐明黑暗和超声波胁迫下藜麦中GABA积累的分子通路,发现两条GABA合成途径分别涉及谷氨酸脱羧酶和醛脱氢酶 | 未进行基因功能验证实验,分子调控网络需要进一步确认 | 探究黑暗和超声波胁迫下藜麦中GABA积累的分子调控机制 | 白藜麦(Chenopodium quinoa Willd.) | 植物分子生物学 | NA | 转录组分析,代谢组分析 | NA | 基因表达数据,代谢物数据 | 经过不同胁迫处理的藜麦样品 | NA | 藜麦 | NA | 农业,合成生物学 |
| 86 | 2025-10-05 |
ON-OFF nanopores for optical control of transmembrane ionic communication
2025-Mar, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-024-01823-x
PMID:39838209
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研究论文 | 通过将α-溶血素蛋白孔与芳基偶氮吡唑光开关共价修饰,开发出可在不同波长光照下在离子电阻器和二极管模式间转换的'光孔' | 创建了首个通过正交波长光照在电阻器和二极管模式间切换的光控纳米孔,实现了仅依赖波长而非强度的电流调控 | NA | 开发纳米级光开关蛋白以实现跨膜通信的精确时空控制 | α-溶血素蛋白孔与芳基偶氮吡唑光开关的复合物 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、光控技术 | NA | 电生理数据、光学数据 | NA | 蛋白质共价修饰 | NA | 光控离子通道、分子二极管 | 合成生物学、神经科学、生物电子学 |
| 87 | 2025-10-05 |
Recent advances in the Design-Build-Test-Learn (DBTL) cycle for systems metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2501021
PMID:40195836
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综述 | 本文综述了基于设计-构建-测试-学习(DBTL)循环的系统代谢工程在谷氨酸棒杆菌中的最新进展 | 将现代工程策略整合到DBTL循环框架中,革新了高价值化合物的生物合成方法 | NA | 优化微生物细胞工厂作为石化行业可持续替代品的潜力 | 谷氨酸棒杆菌及其L-赖氨酸衍生的C5平台化学品 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、系统生物学、系统代谢工程、合成生物学、酶工程、组学技术、进化工程 | NA | NA | NA | DBTL循环 | 谷氨酸棒杆菌 | 代谢途径优化、L-赖氨酸生产途径 | 工业生物技术 |
| 88 | 2025-10-05 |
Synthetic biology strategies for sustainable bioplastic production by yeasts
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2501022
PMID:40195837
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综述 | 本文综述了利用合成生物学策略开发酵母细胞工厂生产可生物降解塑料的最新进展 | 整合计算工具和机器学习到Design-Build-Test-Learn循环中以促进菌株开发 | 在提高菌株鲁棒性和扩大工业生产规模方面仍面临挑战 | 开发可持续生物塑料生产的合成生物学策略 | 酿酒酵母和解脂耶氏酵母细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、蛋白质工程、适应性进化 | 机器学习 | NA | NA | NA | 酿酒酵母, 解脂耶氏酵母 | 基因、途径和细胞系统水平的遗传元件整合 | 环境, 工业生物技术 |
| 89 | 2025-10-05 |
Untranslated region engineering strategies for gene overexpression, fine-tuning, and dynamic regulation
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2501033
PMID:40195839
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综述 | 探讨非翻译区工程策略在细菌基因表达优化中的最新进展 | 系统整合了多种UTR工程策略(包括AU富集元件、RG4结构、核糖开关等),为细菌基因表达调控提供了模块化框架 | NA | 优化细菌基因表达以实现精确可调的生物技术应用 | mRNA非翻译区调控元件 | 合成生物学 | NA | UTR工程、核糖开关、toehold开关 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 合成双UTR、代谢通路平衡、动态基因调控回路 | 工业生物技术 |
| 90 | 2025-10-05 |
New avenues in photosynthesis: from light harvesting to global modeling
2025 Mar-Apr, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.70198
PMID:40231858
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综述 | 本文综述了第二届欧洲光合作用研究大会的最新进展,重点关注提高光合作用效率和跨尺度建模 | 整合了优化光捕获与碳固定的策略、利用自然变异性的方法、极端环境植物适应性研究以及叶肉导度参数化改进 | NA | 通过改进光合作用效率和建模来解决粮食安全和环境可持续性等全球挑战 | 光合作用过程、植物性状、极端环境适应植物 | 植物生理生态学 | NA | 合成生物学、动态代谢建模 | 跨尺度光合作用模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 农业, 环境 |
| 91 | 2025-10-05 |
Toward Sustainable Polyhydroxyalkanoates: A Next-Gen Biotechnology Approach
2025-Mar-22, Polymers
IF:4.7Q1
DOI:10.3390/polym17070853
PMID:40219244
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研究论文 | 本文探讨利用极端微生物和下一代生物技术生产可持续生物聚合物聚羟基脂肪酸酯(PHA)的方法 | 整合极端微生物与AI驱动发酵技术,利用CRISPR基因组编辑和替代原料优化PHA生产 | 未提及具体技术实施的经济性定量分析或大规模生产的实际障碍 | 开发可持续的PHA生物聚合物生产技术以替代石油基塑料 | 极端微生物(特别是嗜盐菌)及其代谢工程改造 | 工业生物技术 | NA | 代谢工程、合成生物学、CRISPR基因组编辑、AI驱动发酵 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 嗜盐菌(Halophiles) | 代谢通路优化 | 材料, 环境 |
| 92 | 2025-10-05 |
Regulatory and Catalytic Domains of Poly(ADP-ribose) Polymerases Cross-Complement for DNA-Break-Dependent Allosteric Stimulation of Catalytic Activity
2025-03-21, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.4c00582
PMID:39935093
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研究论文 | 本研究探索了不同来源PARP酶的调控域和催化域之间的交叉互补功能 | 首次证明不同PARP同源物的调控域和催化域可形成功能性嵌合组装体 | 仅进行体外实验,尚未在活细胞中验证 | 研究PARP酶调控域和催化域的交叉互补机制 | 来自哺乳动物、植物和细菌的PARP酶结构域 | 合成生物学 | NA | 定性和定量酶活性测定、结合研究 | NA | 酶活性数据、结合亲和力数据 | 四种PARP酶(hPARP1、hPARP2、atPARP2、haPARP)的结构域 | 结构域组装 | NA | 嵌合PARP组装体 | 医学, 工业生物技术 |
| 93 | 2025-10-05 |
Synthetic transcription factors establish the function of nine amino acid transactivation domains of Komagataella phaffii Mxr1
2025-Mar, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108211
PMID:39855340
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研究论文 | 本研究通过构建合成转录因子系统性地表征了Komagataella phaffii酵母Mxr1转录因子中的9个氨基酸反式激活结构域的功能 | 首次在K. phaffii锌指转录因子中全面表征9aaTADs功能,发现其中10个具有活性并揭示其通过Gcn5介导的组蛋白乙酰化机制发挥作用 | 仅研究了Mxr1转录因子中的9aaTADs,其他类型转录因子的类似结构域功能尚未探索 | 阐明K. phaffii酵母Mxr1转录因子中多个9个氨基酸反式激活结构域的功能特性和作用机制 | Komagataella phaffii酵母Mxr1转录因子及其21个推测的9aaTADs | 合成生物学 | NA | 合成转录因子构建、基因敲除、功能互补实验 | NA | 基因表达数据、生长表型数据 | 21个推测的9aaTADs和1个已知TAD A | 合成转录因子设计 | Komagataella phaffii | 由Mxr1ZF DNA结合结构域与多个9aaTADs组合构成的合成转录因子系统 | 工业生物技术 |
| 94 | 2025-04-09 |
Advancing microbial engineering through synthetic biology
2025-Mar, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2503100
PMID:40195840
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2025-10-05 |
[Preface for special issue on AI-driven biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250197
PMID:40170303
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前言 | 本期特刊聚焦人工智能驱动的生物制造领域,综述其发展机遇、挑战与现状,并展望未来发展趋势 | 探讨系统生物学与合成生物学快速发展背景下,生物大数据和信息技术与生物技术的深度融合 | NA | 把握人工智能驱动生物制造的创新发展,为促进该领域技术创新和产业发展提供参考 | 生物制造领域的技术方法和发展趋势 | 生物制造 | NA | 系统生物学、合成生物学、人工智能技术 | NA | 生物大数据 | NA | NA | NA | 生物部件、电路和人工细胞的智能设计与构建 | 工业生物技术 |
| 96 | 2025-10-05 |
Scaling-up molecular logic to meso-systems via self-assembly
2025-Mar-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58379-0
PMID:40148329
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研究论文 | 通过自组装将分子逻辑计算扩展到介观系统,展示膜结构可作为Reset-Set触发器并集成其他逻辑元件 | 首次实现人工分子基介观系统本征执行逻辑运算,将分子逻辑计算扩展到连续尺寸范围 | NA | 开发能够在介观尺度执行逻辑运算的分子自组装系统 | 环芳烃八羧酸盐和阳离子表面活性剂的自组装系统 | 合成生物学 | NA | 自组装技术 | Reset-Set触发器,逻辑元件 | NA | NA | NA | NA | Reset-Set触发器集成7个逻辑元件 | 生物学,合成生物学 |
| 97 | 2025-10-05 |
The Transformation Experiment of Frederick Griffith I: Its Narrowing and Potential for the Creation of Novel Microorganisms
2025-Mar-20, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering12030324
PMID:40150788
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研究论文 | 本文探讨了Frederick Griffith转化实验的演变过程及其在创造新型微生物方面的潜力 | 分析了经典转化实验设计从考虑结构和控制信息到仅关注蛋白质合成指导信息的演变过程 | 未提供具体的实验数据验证转化在创造新型微生物中的实际应用潜力 | 研究转化实验方法在合成生物学中创造新型微生物的潜力 | 肺炎球菌转化实验及其演变 | 合成生物学 | NA | 基因组转化技术 | NA | 文献分析 | NA | NA | 肺炎球菌 | NA | 工业生物技术 |
| 98 | 2025-10-05 |
Anti-Cancer Strategies Using Anaerobic Spore-Forming Bacteria Clostridium: Advances and Synergistic Approaches
2025-Mar-14, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life15030465
PMID:40141809
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综述 | 本文综述了利用厌氧孢子形成细菌梭菌的抗癌策略进展及其与现有疗法的协同作用 | 探讨了基于梭菌疗法在实体瘤缺氧微环境中的独特靶向优势,以及通过合成生物学手段进行基因改造增强其治疗潜力 | 尽管临床前和临床研究显示前景,但仍存在持续挑战需要解决 | 评估梭菌在癌症治疗中的潜力及与其他疗法的协同效应 | 厌氧孢子形成细菌梭菌及其在癌症治疗中的应用 | 合成生物学 | 癌症 | 基因改造技术 | NA | NA | NA | NA | 梭菌 | 通过去除α毒素基因等遗传修饰增强治疗安全性 | 医学 |
| 99 | 2025-10-05 |
Engineering Useful Microbial Species for Pharmaceutical Applications
2025-Mar-05, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms13030599
PMID:40142492
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综述 | 本文全面探讨微生物工程在制药生物技术领域的最新进展,包括关键技术突破、监管挑战和未来发展前景 | 整合CRISPR-Cas系统、合成生物学与人工智能技术,系统优化微生物菌株用于药物生产 | 代谢通路优化效率不足、工业规模生产可持续性挑战、国际监管要求达标困难 | 通过微生物工程技术创新推动制药生物技术发展 | 工程化微生物菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统, 合成生物学, 人工智能, 机器学习 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 代谢通路优化, 合成生物学通路 | 医药 |
| 100 | 2025-10-05 |
Where Biology Meets Engineering: Scaling Up Microbial Nutraceuticals to Bridge Nutrition, Therapeutics, and Global Impact
2025-Mar-02, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms13030566
PMID:40142459
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综述 | 探讨微生物平台在营养保健品生产中的变革性作用及其对全球健康的影响 | 系统阐述微生物生物技术作为传统营养保健品可持续替代方案的创新潜力,整合CRISPR/Cas9基因组编辑与组学技术等前沿方法 | NA | 分析微生物营养保健品的规模化生产策略及其应对全球营养与慢性病挑战的潜力 | 微生物平台生产的营养保健品(如多不饱和脂肪酸、生物活性肽) | 合成生物学 | 肥胖, 糖尿病, 心血管疾病, 癌症 | 发酵技术, 合成生物学, 代谢工程, 基因组编辑, 组学技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物细胞 | 代谢通路工程 | 医药, 食品 |