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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-03-14 |
Biosynthesis of Two Types of Exogenous Antigenic Polysaccharides in a Single Escherichia coli Chassis Cell
2025-05-26, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life15060858
PMID:40566513
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研究论文 | 本研究在单个大肠杆菌底盘细胞中同时引入Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型两种抗原多糖生物合成途径,实现了两种结构不同多糖的共表达,为疫苗开发提供了一种简化且可扩展的策略 | 首次在单个宿主细胞中同时构建并表达两种不同生物合成途径的抗原多糖,并实现体内生物偶联生成糖蛋白,简化了多价结合疫苗的生产流程 | 共表达水平有所降低,诱导初期存在弱竞争相互作用,可能源于膜空间竞争或活化单糖前体的共享使用 | 开发一种合成生物学平台,用于在单个细菌宿主中共同表达多种多糖,以设计和生产针对耐药病原体的多价结合疫苗 | 大肠杆菌W3110细胞,两种抗原多糖(Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型) | 合成生物学 | 抗菌素耐药性感染 | Wzy/Wzx依赖型和ABC转运蛋白依赖型生物合成途径,体内生物偶联,全细胞蛋白质组学分析,MFUZZ聚类,基因本体分析 | NA | 蛋白质组学数据 | 工程化大肠杆菌菌株 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 双途径生物合成系统,用于同时生产两种抗原多糖,并偶联至载体蛋白形成糖蛋白 | 医学 |
| 22 | 2026-02-08 |
Ultra-high throughput mapping of genetic design space
2025-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532704
PMID:36993481
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研究论文 | 介绍了一种名为CLASSIC的遗传筛选平台,用于高通量评估任意长度基因构建体的表达谱,并训练机器学习模型预测基因回路行为 | 结合长读长和短读长NGS技术,首次实现对多kb长度基因回路设计(>10^5种)的并行定量评估,建立了“组成-功能”映射关系 | NA | 加速合成生物学中基因回路的设计与优化,建立数据驱动的复杂遗传系统设计方法 | 包含多种遗传元件组合的基因回路设计(5-20 kb长度) | 合成生物学 | NA | 长读长与短读长下一代测序(NGS) | 机器学习模型 | 测序数据 | 单次实验可测量超过10^5种基因回路设计 | NA | 人类细胞 | 基因回路(包含多种遗传元件组合) | 工业生物技术 |
| 23 | 2025-12-12 |
A comprehensive review on electrically modulated transport of soft, multiphase systems in microflow: Perspectives on drops and vesicles
2025-May, Biomicrofluidics
IF:2.6Q2
DOI:10.1063/5.0254950
PMID:40488123
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综述 | 本文全面综述了在微流控系统中,利用外部电场调控软物质多相系统(如液滴和囊泡)的传输动力学 | 系统性地探讨了电场强度、流体性质与膜特性之间的耦合作用,并强调了囊泡双层脂膜带来的独特动力学行为,为下一代微流控设备设计提供了新视角 | NA | 研究电场如何调控软物质多相系统在微流控通道中的传输行为,以优化其操控与应用 | 软物质多相系统,特别是液滴和囊泡 | NA | NA | 高精度成像、微操控、复杂计算建模 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物递送、合成生物学、材料制造、芯片实验室平台、生物分析工具 |
| 24 | 2025-10-05 |
Metabolic Engineering of Yeast
2025-05, Annual review of biophysics
IF:10.4Q1
|
综述 | 本文综述了酵母代谢工程的最新进展,包括利用合成生物学和代谢模型开发微生物细胞工厂生产各类化合物的方法 | 整合合成生物学工具与数学模型加速代谢工程的设计-构建-测试-学习循环,开发具有复杂表型的酵母菌株 | NA | 通过代谢工程改造酵母菌株,实现可持续生产各类化合物 | 酵母菌株及其代谢工程改造 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学、数学建模 | 代谢模型 | NA | NA | NA | 酵母 | 代谢通量重定向、底物谱扩展、生理特性改良 | 工业生物技术,能源,化学品,医药 |
| 25 | 2025-10-05 |
A simple and universal quasi-modular cloning system using NEBuilder® HiFi DNA assembly kit
2025 May-Jun, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.1080/07366205.2025.2542012
PMID:40819309
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研究论文 | 开发了一种基于NEBuilder HiFi DNA组装试剂盒的准模块化克隆系统,用于非模式生物的基因工具开发 | 将NEBuilder HiFi DNA组装试剂盒扩展为使用单链寡核苷酸桥接的准模块化系统,无需限制性内切酶即可组装可重复使用的DNA片段 | NA | 开发适用于非模式生物系统的通用准模块化克隆方法 | 厌氧肠道真核生物ST7-B | 合成生物学 | NA | NEBuilder HiFi DNA组装 | NA | NA | NA | NEBuilder HiFi DNA Assembly Kit | ST7-B | 启动子-终止子组合载体 | 工业生物技术 |
| 26 | 2025-10-05 |
Direct and quantitative analysis of tRNA acylation using intact tRNA liquid chromatography-mass spectrometry
2025-05, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01086-9
PMID:39762443
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研究论文 | 开发了一种基于完整tRNA液相色谱-质谱联用技术的直接定量分析tRNA酰化方法 | 首次使用完整tRNA的LC-MS方法直接监测aaRS活性,可检测低至0.23%的反应产率,并能检测传统方法无法检测的flexizyme酰化产物 | 需要分子生物学、液相色谱-质谱和无RNase技术的基础专业知识,完成实验至少需要5小时 | 开发定量分析tRNA酰化的新方法 | 氨基酰-tRNA合成酶(aaRSs)催化的tRNA酰化反应 | 分析化学 | NA | 液相色谱-质谱联用(LC-MS),离子对反相色谱,高分辨率飞行时间质谱 | NA | 质谱数据 | NA | flexizyme | NA | NA | 合成生物学,基础研究 |
| 27 | 2025-10-05 |
A Portable Arsenic Sensor Integrating Bacillus megaterium with CMOS Technology
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00895
PMID:40211918
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研究论文 | 本研究开发了一种基于巨大芽孢杆菌和CMOS技术的便携式砷传感器 | 首次将基因改造的巨大芽孢杆菌活细胞和孢子与CMOS芯片集成,创建可现场部署的砷检测传感器 | 作为概念验证研究,传感器在实际环境中的大规模应用仍需进一步验证 | 开发用于资源有限环境的实时砷检测技术 | 砷污染检测 | 合成生物学 | NA | 合成生物学, CMOS技术 | NA | 生物传感器数据 | NA | 合成生物学工具 | 巨大芽孢杆菌 | 砷生物传感器 | 环境 |
| 28 | 2025-10-05 |
Expression of Fluorescence Reporters and Natural Products in Native Gut Escherichia coli
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00835
PMID:40138712
|
研究论文 | 本研究利用CRAGE技术对天然肠道大肠杆菌进行基因工程改造,成功表达荧光报告基因和生物活性化合物 | 首次将CRAGE技术应用于天然肠道大肠杆菌菌株,实现了多种异源基因表达和天然产物生物合成 | 研究仅针对两种特定大肠杆菌菌株,未涉及其他肠道微生物 | 开发天然肠道大肠杆菌作为合成生物学多功能平台 | 天然肠道大肠杆菌菌株EcAZ-1和益生菌株Nissle 1917 | 合成生物学 | NA | CRAGE基因组工程技术 | NA | 基因表达数据、荧光检测数据 | 两种大肠杆菌菌株 | CRAGE | 大肠杆菌 | 荧光报告基因表达系统、天然产物生物合成途径 | 医学, 生物医学研究 |
| 29 | 2025-10-05 |
Research progress and development prospects of microbial synthesis of ergothioneine
2025-May-26, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04415-6
PMID:40415044
|
综述 | 系统综述微生物合成麦角硫因的研究进展与发展前景 | 系统整合麦角硫因应用、代谢途径和微生物合成策略,展望未来研究方向 | NA | 提升麦角硫因生物合成效率以满足市场需求 | 麦角硫因的微生物合成 | 合成生物学 | NA | 基因工程、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 微生物底盘细胞 | 麦角硫因代谢途径 | 食品, 制药, 化妆品 |
| 30 | 2025-10-05 |
Next-Generation Vaccine Platforms: Integrating Synthetic Biology, Nanotechnology, and Systems Immunology for Improved Immunogenicity
2025-May-30, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines13060588
PMID:40573919
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综述 | 探讨整合合成生物学、纳米技术和系统免疫学的下一代疫苗平台技术 | 将合成生物学、纳米技术和系统免疫学三大前沿领域整合应用于疫苗开发 | 存在可扩展性、安全性评估和数据驱动疫苗设计的伦理问题等挑战 | 开发具有改进免疫原性的下一代疫苗平台 | SARS-CoV-2、EB病毒等病原体及癌症免疫治疗 | 生物医学工程 | 传染病、癌症 | 多组学数据分析、计算建模、纳米工程 | NA | 多组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 哺乳动物细胞 | 自扩增结构、抗原递送系统、免疫激活回路 | 医学 |
| 31 | 2025-10-05 |
Cyanobacterial Peptides in Anticancer Therapy: A Comprehensive Review of Mechanisms, Clinical Advances, and Biotechnological Innovation
2025-May-29, Marine drugs
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/md23060233
PMID:40559642
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综述 | 本文全面综述蓝藻来源多肽作为抗癌药物的作用机制、临床进展与生物技术创新 | 系统整合蓝藻多肽的靶向递送技术、联合治疗策略及合成生物学生产方案 | 存在肿瘤选择性有限、系统毒性和生产可扩展性等挑战 | 挖掘蓝藻多肽在肿瘤治疗领域的临床应用潜力 | 蓝藻来源的生物活性多肽 | NA | 癌症 | 合成生物学、基因组挖掘 | NA | 临床研究数据、临床前研究数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 32 | 2025-10-05 |
Transcription regulation by RNA-induced structural strain in duplex DNA
2025-May-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf429
PMID:40401557
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研究论文 | 本文描述了一种通过RNA-DNA三链体调控转录的机制,该机制通过诱导DNA双链结构应变来增强或抑制转录 | 首次揭示了RNA-DNA三链体通过引起DNA双链结构应变来调控转录的分子机制 | 研究主要基于大肠杆菌系统,在更复杂生物体中的适用性需要进一步验证 | 探索非编码RNA通过形成三链体结构调控基因表达的分子机制 | RNA-DNA三链体、大肠杆菌启动子架构 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法、体外表征、启动子文库筛选 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 大肠杆菌 | 基于启动子的转录调控架构 | 基础研究 |
| 33 | 2025-10-05 |
Expanding the σ54-dependent transcription process with orthogonal designs
2025-May-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf442
PMID:40401558
|
研究论文 | 本研究通过改造σ54因子及其配对启动子,开发了三组正交表达系统 | 通过知识导向筛选和重新设计σ54的RpoN盒,创建了具有不同启动子偏好性和理想相互正交性的σ54突变体 | NA | 扩展合成生物学工具箱,实现可靠和多样化的基因表达 | σ54因子、细菌增强子结合蛋白(bEBPs)、启动子 | 合成生物学 | NA | 启动子工程、蛋白质工程 | NA | NA | 在三种非模式细菌中验证 | CRISPR-Cas9 | 细菌, 非模式细菌 | 正交基因表达系统、遗传电路、生物传感器 | 工业生物技术, 环境 |
| 34 | 2025-10-05 |
Engineering plant photoreceptors towards enhancing plant productivity
2025-May-06, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01591-9
PMID:40327169
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综述 | 概述植物光感受器工程在提高植物生产力方面的应用潜力 | 整合光感受器工程与光遗传学技术用于作物育种创新 | 未提及具体实验验证数据 | 通过工程化改造植物光感受器提高作物生产力 | 植物光感受器蛋白及其调控通路 | 合成生物学 | NA | 基因工程、光遗传学 | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 作物植物 | 光感受器信号通路工程 | 农业 |
| 35 | 2025-10-05 |
Fusions of Catalytically Inactive RusA to FokI Nuclease Coupled with PNA Enable Programmable Site-Specific Double-Stranded DNA Breaks
2025-May-27, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c11282
PMID:40454070
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研究论文 | 开发了一种结合PNA序列特异性结合能力和FokI核酸酶催化效率的PC-FIRA系统,用于实现程序化位点特异性DNA双链断裂 | 将催化失活的RusA与FokI核酸酶融合,并与PNA偶联,克服了现有位点特异性核酸酶的引导依赖性和脱靶效应限制 | 需要优化反应条件(温度、缓冲液组成、离子浓度和切割时间)并进行适用性验证 | 开发新型程序化位点特异性DNA双链断裂系统 | DNA分子(包括Holliday连接体、线性和环状DNA) | 合成生物学 | NA | PNA(肽核酸)技术、核酸酶融合技术 | NA | 分子生物学实验数据 | 多种DNA结构测试 | PNA, FokI核酸酶, RusA解离酶 | NA | NA | 生物技术, 医学, 农业, 合成生物学 |
| 36 | 2025-10-05 |
Development of a chemically induced dissociation system via phage surface-displayed nanobody screening
2025-May-31, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70084
PMID:40448527
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研究论文 | 开发了一种通过噬菌体表面展示纳米抗体筛选的化学诱导解离系统 | 首次利用噬菌体展示技术筛选出可被FDA批准小分子药物破坏的纳米抗体,建立化学诱导蛋白相互作用的解离系统 | NA | 开发能够可诱导调控蛋白质功能的后翻译化学方法 | 丙型肝炎病毒蛋白酶NS3a与纳米抗体的相互作用 | 合成生物学 | 丙型肝炎 | 噬菌体展示技术 | NA | NA | NA | 噬菌体展示 | 人类细胞 | 化学诱导解离系统 | 医学 |
| 37 | 2025-10-05 |
Kinetic modules are sources of concentration robustness in biochemical networks
2025-May-30, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ads7269
PMID:40435256
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研究论文 | 本文揭示了动力学模块作为生化网络中浓度鲁棒性来源的机制 | 无需参数值即可基于稳态反应速率耦合识别大规模生化网络中的动力学模块,并发现有序结合酶机制比随机结合具有更高的浓度鲁棒性 | 研究基于34个代谢网络模型,可能未覆盖所有生物系统类型 | 探索生化网络中动力学模块与浓度鲁棒性的关系 | 26个生物的34个代谢网络模型 | 系统生物学 | NA | 质量作用动力学分析 | 代谢网络模型 | 生化网络数据 | 34个代谢网络模型(来自26个生物) | NA | NA | NA | 合成生物学, 生物技术 |
| 38 | 2025-10-05 |
Structural Homology Fails to Predict Secretion Efficiency in Pichia pastoris: Divergent Responses of Architecturally Similar scFvs to Multi-Parametric Genetic Engineering
2025-May-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104922
PMID:40430062
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研究论文 | 本研究通过多参数遗传工程优化毕赤酵母中scFv抗体的分泌效率,发现结构同源蛋白对优化策略存在不同响应 | 挑战了结构同源性可预测优化效果的假设,揭示了蛋白特异性阈值对遗传工程策略的影响 | 仅研究两种scFv变体,样本量有限 | 优化毕赤酵母系统中单链抗体片段的分泌效率 | 两种结构同源的scFv变体(PR961和PR953) | 合成生物学 | NA | 基因剂量优化、表达盒设计、内质网分泌通路重编程 | NA | 蛋白分泌效率数据 | 两种scFv变体 | 基因敲除、过表达 | 毕赤酵母 | 分泌通路重编程(涉及21个基因的三个功能模块) | 工业生物技术 |
| 39 | 2025-10-05 |
Multi-Omics and Functional Insights into Triterpenoid Biosynthesis Pathways in Neopicrorhiza scrophulariiflora (Pennell) D.Y.Hong
2025-May-21, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14101562
PMID:40431127
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研究论文 | 通过转录组学和代谢组学分析揭示胡黄连中三萜类化合物生物合成途径的关键基因与分子机制 | 首次鉴定出NsOSC2双功能酶能催化2,3-氧化角鲨烯转化为α-香树脂醇和β-香树脂醇,并建立了高效的再生系统和稳定遗传转化体系 | NA | 阐明胡黄连三萜类化合物生物合成的分子机制 | 胡黄连(Neopicrorhiza scrophulariiflora)的不同组织部位 | 合成生物学 | NA | 转录组学, 代谢组学, 遗传转化 | NA | 转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 胡黄连 | 三萜类化合物生物合成途径 | 医药 |
| 40 | 2025-10-05 |
The Transformation Experiment of Frederick Griffith II: Inclusion of Cellular Heredity for the Creation of Novel Microorganisms
2025-May-15, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering12050532
PMID:40428151
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研究论文 | 提出基于格里菲斯转化实验的合成生物学新方法,用于创建具有显著表型差异的杂交微生物 | 提出格里菲斯转化实验2.0设计,能够同时交换DNA和非DNA结构与调控信息 | 目前仅限于密切相关的细菌物种,供体与受体细胞间代谢通量和周转的调控匹配仍具挑战 | 开发能够整合多种遗传信息的合成生物学方法以创建新型微生物 | 细菌细胞及其遗传物质交换机制 | 合成生物学 | NA | 细菌转化实验、水平基因转移、体细胞核移植 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | DNA、大分子、拓扑、控制论和细胞遗传信息的整合系统 | 工业生物技术 |