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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-05 |
Deep mutational scanning and CRISPR-engineered viruses: tools for evolutionary and functional genomics studies
2025-May-27, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00508-24
PMID:40272173
|
综述 | 本文综述了深度突变扫描和CRISPR基因编辑技术在病毒基因组研究中的应用 | 整合深度突变扫描与CRISPR技术,实现对病毒基因组的精准操作和功能表征 | NA | 探讨病毒进化分子机制及疫苗和治疗策略开发 | 病毒基因组和病毒蛋白 | NA | NA | 深度突变扫描, CRISPR基因编辑, 测序技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 42 | 2025-10-05 |
Innovations, Challenges and Future Directions of T7RNA Polymerase in Microbial Cell Factories
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00139
PMID:40209062
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综述 | 全面探讨T7RNA聚合酶在微生物细胞工厂中的应用、挑战与未来发展方向 | 突破以往仅关注分子结构与功能的研究局限,提供T7RNAP变体的综合应用指南并强调工程化改造的最新进展 | NA | 优化微生物细胞工厂的转录系统并推动可持续生物生产 | T7RNA聚合酶及其工程化变体 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 微生物细胞工厂 | 精细调控的电路设计 | 工业生物技术 |
| 43 | 2025-10-05 |
Streamlining tRNA-Synthetase Evolution for Genetic Code Expansion and Deep Sequencing Analyses of Its Evolved Variants
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00117
PMID:40231936
|
研究论文 | 本研究开发了一种简化的定向进化系统,用于提高吡咯赖氨酰-tRNA合成酶的活性,以促进遗传密码扩展 | 开发了仅需基础实验室设备的简化定向进化系统,通过串联密码子随机化策略发现PylRS的叠加突变效应 | NA | 提高非经典氨基酸掺入效率,优化遗传密码扩展技术 | 吡咯赖氨酰-tRNA合成酶及其定向进化变体 | 合成生物学 | NA | 定向进化,深度测序,串联密码子随机化 | NA | 测序数据,酶活性数据 | 针对三种不同底物进化的PylRS变体 | 定向进化 | NA | 正交tRNA和氨基酸酰-tRNA合成酶对 | 医学,工业生物技术 |
| 44 | 2025-10-05 |
RT-EZ: A Golden Gate Assembly Toolkit for Streamlined Genetic Engineering of Rhodotorula toruloides
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00848
PMID:40232996
|
研究论文 | 开发了基于Golden Gate组装技术的RT-EZ工具包,用于简化圆红冬孢酵母的基因工程操作 | 首次开发了专门针对圆红冬孢酵母的Golden Gate组装工具包,包含双向启动子、2A肽、RFP颜色筛选等新特性,可单次组装反应构建四基因表达盒 | NA | 解决圆红冬孢酵母因高GC含量和缺乏复制型质粒导致的基因操作困难 | 圆红冬孢酵母 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly | Rhodotorula toruloides | 多基因表达盒,包含脂肪酸延伸酶和去饱和酶共表达系统 | 工业生物技术, 医药, 能源 |
| 45 | 2025-10-05 |
Genome Reduction Improves Recombinant Benzoxazole Production in Myxococcus xanthus
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00114
PMID:40257411
|
研究论文 | 本研究通过基因组缩减策略提高粘球菌中重组苯并噁唑类天然产物的产量 | 首次证明在粘球菌中连续移除生物合成基因簇可显著提高重组天然产物产量,并发现某些BGC组合删除会导致细胞不可存活 | 未明确说明具体删除了哪些BGC及其对细胞生理的全面影响 | 研究基因组缩减对粘球菌生物技术性能的影响 | 粘球菌(Myxococcus xanthus) | 合成生物学 | NA | 基因组工程 | NA | NA | NA | 基因组删除 | 粘球菌(Myxococcus xanthus) | 重组苯并噁唑生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 46 | 2025-10-05 |
Insight into Optogenetics for Diabetes Management
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00549
PMID:40279455
|
综述 | 本文概述了光遗传学在糖尿病管理中的应用,重点探讨了通过光控技术实现胰岛素分泌的方法 | 将光遗传学作为合成生物学方法应用于糖尿病管理,实现用户通过光控远程调节激素分泌 | 需要进一步研究照射参数、红移视蛋白和宿主细胞相互作用 | 探索光遗传学在糖尿病治疗中的应用潜力 | 胰腺细胞、非胰腺细胞、小鼠模型 | 合成生物学 | 糖尿病 | 光遗传学、基因工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 基因工程 | 小鼠、高等动物细胞 | 光敏蛋白表达系统、胰岛素分泌通路调控 | 医学 |
| 47 | 2025-10-05 |
A Robust and Orthogonal Far-Red Light Sensor for Gene Expression Control in Escherichia coli
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00044
PMID:40327816
|
研究论文 | 本研究基于蓝藻远红光光适应系统开发了一种用于大肠杆菌的远红光传感器 | 首次在细菌中建立了动态范围超过230倍的正交远红光传感器系统 | NA | 开发用于合成生物学的远红光调控工具 | 蓝藻RfpABC信号系统和大肠杆菌基因表达调控 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | 基因表达数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌,蓝藻 | 远红光生物传感器,基因表达调控回路 | 工业生物技术 |
| 48 | 2025-10-05 |
Automated Construction of a Yeast-Based Multigene Library via Homologous Recombination in a Biofoundry Workflow
2025-05-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00812
PMID:40331904
|
研究论文 | 开发了一种基于体内同源重组的自动化一步多基因组装方法,用于构建表达可调文库 | 利用体内同源重组实现自动化一步多基因组装,相比体外方法更高效 | NA | 开发高效的多基因组装方法以构建表达可调文库 | 酵母表达系统和多基因文库 | 合成生物学 | NA | 体内同源重组 | NA | NA | NA | 生物铸造厂工作流程 | 酵母 | 代谢途径,表达可调多基因文库 | 工业生物技术 |
| 49 | 2025-10-05 |
Biofabrication of microstructured bacterial ecosystems using chaotic bioprinting: advancingin vitroresearch for microbial engineering
2025-May-29, Biofabrication
IF:8.2Q1
DOI:10.1088/1758-5090/add568
PMID:40334674
|
研究论文 | 本文开发了一种混沌3D生物打印技术,用于制造具有微观结构的细菌生态系统,模拟自然微生物群落的空间组织 | 首次将混沌3D打印技术应用于细菌共培养系统的构建,实现了微米级精度的空间控制 | 研究仅使用了简化的肠道微生物模型,尚未在更复杂的自然微生物群落中验证 | 开发能够模拟自然微生物生态系统空间结构的体外研究平台 | 细菌共培养系统,特别是人类肠道微生物模型 | 合成生物学 | NA | 混沌3D生物打印,荧光显微镜,菌落计数,定量PCR | NA | 图像数据,微生物生长数据 | NA | 3D生物打印,Kenics静态混合器打印喷嘴 | 多种细菌菌株(包括严格厌氧菌) | 多层微观结构共培养系统,模拟自然微生物生态系统的部分隔离 | 医学,环境,合成生物学 |
| 50 | 2025-10-05 |
dTAT1: An Unnatural Nucleoside Exhibiting Low Photocytotoxicity for Genetic Code Expansion
2025-May-29, The journal of physical chemistry letters
IF:4.8Q1
DOI:10.1021/acs.jpclett.5c00763
PMID:40401918
|
研究论文 | 本研究评估了非天然核苷dTAT1在紫外光下的光物理特性和细胞毒性,发现其具有较低的光细胞毒性 | 首次系统研究dTAT1在紫外光激发下的三重态特性和活性氧产生机制,揭示其相比dTPT3具有更短的三重态寿命和更低的光细胞毒性 | 研究主要聚焦于光细胞毒性评估,对dTAT1在其他生理条件下的长期安全性研究不足 | 评估dTAT1非天然核苷的光细胞毒性特性,为安全遗传密码扩展提供依据 | dTAT1非天然核苷及其与dNaM形成的非天然碱基对 | 合成生物学 | NA | 紫外光激发、活性氧检测、光物理特性分析 | NA | 光谱数据、细胞毒性数据、量子产率数据 | NA | 遗传密码扩展技术 | 细胞培养系统 | 非天然碱基对dTAT1-dNaM,用于遗传信息存储和检索扩展 | 医学, 生物技术 |
| 51 | 2025-07-07 |
Diverse lineages and adaptations of oxygen-adapted hydrogenases
2025-May-27, Trends in biochemical sciences
IF:11.6Q1
DOI:10.1016/j.tibs.2025.04.006
PMID:40436686
|
research paper | 本文探讨了微生物中适应氧气的镍铁氢化酶的多样性和适应性 | 揭示了镍铁氢化酶在含氧环境中通过多种独立进化策略抵御氧气抑制的机制 | 未提及具体实验数据或样本量来支持这些适应性机制的普遍性 | 研究微生物氢化酶在含氧环境中的适应机制和进化历程 | 细菌和古菌中的镍铁氢化酶 | 微生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2025-10-05 |
Microfluidics-driven templating preparation of polymer vesicles with tailorable dimensions and rapid cellular internalization
2025-May-27, Biomaterials science
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5bm00377f
PMID:40237355
|
研究论文 | 提出一种微球模板策略,结合微流控技术和嵌段共聚物自组装制备尺寸可调的聚合物囊泡 | 首次报道的微球模板策略,通过微流控精确控制实现按需尺寸调节(70-170纳米)和快速细胞摄取 | NA | 开发精确控制聚合物囊泡尺寸和性能的制备方法 | 聚合物囊泡的制备与性能研究 | 纳米技术 | NA | 微流控技术、动态光散射、光学显微镜、扫描电镜、透射电镜 | NA | 图像数据、性能测试数据 | 使用HUVECs和4T1细胞进行测试 | 微流控 | NA | NA | 药物递送、纳米反应器、合成生物学 |
| 53 | 2025-10-05 |
Mitigating Uricase Immunogenicity through Zwitterionic Peptide Fusion for Enhanced Gout Therapy
2025-May-27, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acs.langmuir.5c00829
PMID:40374583
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研究论文 | 通过融合两性离子肽降低尿酸氧化酶的免疫原性,以增强痛风治疗效果 | 首次采用不同长度的两性离子肽(重复VPKEG序列)融合策略系统性降低尿酸氧化酶免疫原性,并发现肽段长度与保护效果正相关 | 研究仅在大鼠痛风模型中进行验证,尚未进行临床实验 | 开发低免疫原性尿酸氧化酶用于痛风治疗 | 尿酸氧化酶与两性离子肽融合蛋白 | 合成生物学 | 痛风 | 蛋白质工程、免疫原性评估 | NA | 酶活性数据、免疫反应数据、药代动力学数据 | 大鼠痛风模型 | 合成生物学 | NA | 两性离子肽-尿酸氧化酶融合蛋白设计 | 医药 |
| 54 | 2025-10-05 |
Genetic encoding and expression of RNA origami cytoskeletons in synthetic cells
2025-May, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-025-01879-3
PMID:40097648
|
研究论文 | 本研究开发了在合成细胞中通过遗传编码表达RNA折纸细胞骨架的方法 | 首次在合成细胞中直接表达自组装RNA折纸纳米管,替代传统DNA纳米结构 | NA | 探索基于RNA的合成细胞分子硬件开发 | RNA折纸纳米管在合成细胞中的表达与自组装 | 合成生物学 | NA | RNA折纸技术,分子动力学模拟 | NA | 实验数据,模拟数据 | NA | DNA纳米技术 | 合成细胞(巨型单层脂质囊泡GUVs) | RNA折纸纳米管自组装系统,适配体功能化皮层形成 | 合成生物学,生物技术 |
| 55 | 2025-10-05 |
Direct Quantification of Protein-Protein Interactions in Living Bacterial Cells
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202414777
PMID:40125621
|
研究论文 | 开发了一种在活细菌细胞内直接定量蛋白质-蛋白质相互作用的方法KD-FRET | 首次实现在活体大肠杆菌细胞内直接测量蛋白质-蛋白质相互作用的解离常数,解决了传统体外测量方法的假阳性问题 | 未明确说明方法在其他细菌物种中的适用性及测量精度范围 | 开发能够在活细胞环境中直接定量蛋白质-相互作用的测量技术 | 活体大肠杆菌细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用 | 合成生物学 | NA | 荧光共振能量转移(FRET) | NA | 荧光光谱数据 | 多种异源和同源蛋白质相互作用对 | NA | E. coli, S. cerevisiae | 代谢途径工程 | 医学, 工业生物技术 |
| 56 | 2025-10-05 |
ProteoSeeker: A Feature-Rich Metagenomic Analysis Tool for Accessible and Comprehensive Metagenomic Exploration
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202414877
PMID:40130725
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研究论文 | 开发了一个名为ProteoSeeker的命令行工具,用于简化宏基因组蛋白质识别和注释 | 通过两种主要模式(Seek模式和Taxonomy模式)实现自动化关键步骤,降低计算复杂度,使专业和非专业用户都能进行高效全面的宏基因组分析 | NA | 解决目标蛋白质发现在宏基因组学中的挑战,促进新型生物技术资源的发现 | 微生物群落中的蛋白质和酶 | 生物信息学 | NA | 宏基因组学分析 | NA | 宏基因组数据 | NA | NA | 微生物群落 | NA | 生物技术,合成生物学,生物医学 |
| 57 | 2025-10-05 |
Engineering Bacillus Spores to Display Nicotine Oxidase: In Situ Specific and Sensitive Nicotine Detection
2025-05-23, ACS sensors
IF:8.2Q1
DOI:10.1021/acssensors.5c00275
PMID:40329593
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研究论文 | 本研究开发了一种基于芽孢杆菌孢子展示尼古丁氧化酶的新型活体电化学生物传感器,用于尼古丁的特异性灵敏检测 | 通过基因组整合将活性增强的NOX突变体展示在芽孢表面,结合具有分级多孔3D纳米花结构的FeSe@MHCS复合电极,实现了超低检测限和优异稳定性 | NA | 开发高灵敏度实时尼古丁检测方法以应对公共卫生挑战 | 尼古丁分子 | 生物传感器 | 尼古丁暴露相关疾病 | 电化学阻抗谱,差分脉冲伏安法 | NA | 电化学信号数据 | 血液和尿液样本 | 基因组整合 | 芽孢杆菌 | 酶展示系统,H₂O₂介导的信号放大 | 医学检测,环境监测 |
| 58 | 2025-10-05 |
Removing redundancy of the NCN codons in vitro for maximal sense codon reassignment
2025-May-21, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d4sc06740a
PMID:40271033
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研究论文 | 本研究通过消除NCN密码子冗余,在体外实现了最大程度的义密码子重新分配 | 提出了评估密码子重新分配潜力的通用方法,并将16个NCN密码子分配给10种不同氨基酸,使编码潜力增加一倍以上 | 研究目前仅限于体外系统,尚未在活体生物中验证 | 打破61个义密码子与20种氨基酸之间的简并性,实现遗传密码的最大化扩展 | NCN密码子家族(编码丝氨酸、脯氨酸、苏氨酸和丙氨酸的16个密码子)和对应的11种tRNA | 合成生物学 | NA | mRNA展示技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 遗传密码重新分配系统 | 合成生物学, 蛋白质功能研究, 肽库构建 |
| 59 | 2025-10-05 |
Quantum-inspired logic for advanced Transcriptional Programming
2025-May-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf440
PMID:40396492
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研究论文 | 本研究开发了一种基于量子计算原理的新型转录编程平台技术,用于构建压缩型多输入/输出遗传电路 | 首次将量子计算原理应用于合成生物学,开发了双向启动子和合成转录因子调控的压缩遗传电路,实现了1输入2输出的量子比特和泡利-X逻辑门 | NA | 提高生物系统决策操作的复杂性同时减少底盘细胞的代谢负担 | 合成遗传电路和量子启发的逻辑操作 | 合成生物学 | NA | 转录编程、遗传电路工程 | NA | NA | NA | 重组酶系统 | 底盘细胞 | 量子比特逻辑门、泡利-X逻辑门、费曼门、托佛利门、双向启动子调控的压缩遗传电路 | 生物计算 |
| 60 | 2025-10-05 |
Perturbation-response analysis of in silico metabolic dynamics revealed hard-coded responsiveness in the cofactors and network sparsity
2025-May-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98800
PMID:40390360
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研究论文 | 通过动力学模型分析细菌代谢对外部扰动的响应特性 | 发现代谢动力学中存在的硬编码响应特性,揭示腺苷辅因子和网络稀疏性对代谢响应的重要影响 | 基于计算机模拟研究,需要实验验证 | 理解生化系统在扰动下的动态特性,发展稳态的定量理论 | 细菌中心碳代谢 | 计算系统生物学 | NA | 动力学模型,数值模拟 | 非线性动力学模型 | 模拟数据 | 三个不同的动力学模型 | NA | 细菌 | NA | 合成生物学,生物工程 |