合成生物学相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价5元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 149 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-08-12 |
KDBI-RP: Kinetic Data of RNA-Protein Interactions Database
2025-Jul-25, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169357
PMID:40716733
|
research paper | 介绍KDBI-RP，一个专注于RNA-蛋白质相互作用动力学的数据库 | KDBI-RP是首个系统整合RNA-蛋白质相互作用动力学数据的专用数据库，填补了该领域定量数据库的空白 | NA | 为RNA生物学和RNA医学研究提供定量动力学数据资源 | RNA-蛋白质相互作用动力学数据 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 定量动力学数据 | 3657个结合速率常数条目，3761个解离速率常数条目，175,932个平衡解离常数条目 |
| 2 | 2025-08-11 |
A Strictly Inducible and Orthogonal Dre-rox System for Precise and Markerless Genome Editing in Bacillus subtilis
2025-Jul-25, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2505.05006
PMID:40730489
|
研究论文 | 本文介绍了一种在枯草芽孢杆菌中实现精确和无标记基因组编辑的严格诱导和正交Dre-rox系统 | 开发了一种与Cre功能正交且性能相当的Dre-rox系统，通过茶碱诱导的核糖开关严格控制Dre表达，提高了重组特异性 | NA | 扩展基因组工程工具包，支持合成生物学中的分层途径工程、突变体库生成和模块化底盘开发 | 枯草芽孢杆菌 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑 | Dre-rox系统 | 基因组数据 | NA |
| 3 | 2025-08-10 |
Translation efficiency covariation identifies conserved coordination patterns across cell types
2025-Jul-25, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02718-5
PMID:40715459
|
研究论文 | 本研究通过分析人类和小鼠的核糖体分析数据集，提出了翻译效率协变（TEC）的概念，揭示了跨细胞类型的协调翻译模式 | 引入翻译效率协变（TEC）概念，发现跨细胞类型的协调翻译模式，并揭示了基因功能在翻译层面的保守性 | 研究主要基于核糖体分析数据，可能未涵盖所有翻译调控机制 | 探索基因在翻译层面的协调表达模式及其生物学意义 | 人类和小鼠的117种组织和94种细胞系的3,819个核糖体分析数据集 | 生物信息学 | NA | 核糖体分析 | NA | RNA-seq数据 | 3,819个核糖体分析数据集，来自117种人类组织和94种小鼠细胞系 |
| 4 | 2025-08-09 |
Protein structure prediction and design for high-throughput computing
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.18.665594
PMID:40777508
|
研究论文 | 本文介绍了针对高吞吐量计算的蛋白质结构预测和设计工具，并提出了容器化解决方案以优化这些工具在不同计算架构上的部署 | 开发了针对AlphaFold3、Chai-1、Boltz-2和RFdiffusion的容器化解决方案，并提出了OmniFold平台，优化了这些工具在GPU系统上的使用效率 | 这些算法的采用受到高计算需求和部署难度的影响 | 优化蛋白质结构预测和设计工具在高吞吐量计算环境中的部署和使用 | 蛋白质结构预测和设计工具（AlphaFold3、Chai-1、Boltz-2、RFdiffusion） | 分子生物学 | NA | 机器学习、容器化技术 | AlphaFold3、Chai-1、Boltz-2、RFdiffusion | 蛋白质结构数据 | NA |
| 5 | 2025-08-08 |
[Research progress in the fungal bioluminescence pathway]
2025-Jul-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250138
PMID:40769542
|
综述 | 本文综述了真菌生物发光途径（FBP）的研究进展及其在植物基因工程中的应用 | 通过基因工程将FBP引入植物，创造出具有自主发光能力的转基因植物，克服了传统报告系统的底物限制，为园艺生产、环境保护和生物工程应用提供了新的机会 | NA | 探讨植物FBP工程的最新进展以及如何利用机器学习方法优化自主发光表型，以加速农业生物技术、环境传感和合成生物学应用的创新 | 真菌生物发光途径（FBP）及其在转基因植物中的应用 | 合成生物学 | NA | 基因工程、机器学习 | NA | NA | NA |
| 6 | 2025-08-08 |
Regulatory helix plays a key role in genetic ON-OFF switching for the 2'-deoxyguanosine-sensing mRNA element
2025-Jul, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110282
PMID:40412519
|
研究论文 | 本文研究了2'-脱氧鸟苷感知mRNA元素的遗传开关调控机制 | 揭示了2'-脱氧鸟苷感知核糖开关在转录中间体阶段的调控机制，而非简单的二元开关 | 研究主要基于体外实验，未涉及体内复杂环境的影响 | 探究核糖开关在转录过程中的动态调控机制 | 2'-脱氧鸟苷感知核糖开关（dGsw）及其转录中间体 | 分子生物学 | NA | 化学探测、荧光淬灭实验 | NA | 生化实验数据 | NA |
| 7 | 2025-08-07 |
A framework for complex signal processing via synthetic biological operational amplifiers
2025-Jul-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62464-9
PMID:40745425
|
研究论文 | 本研究提出了一种通过合成生物操作放大器处理复杂生物信号的框架 | 整合正交操作放大器到标准化生物过程中，实现高效信号分解和放大，并通过工程σ/anti-σ对、改变RBS强度以及使用开环和闭环配置设计可扩展的操作放大器 | NA | 提高遗传电路的精确性、适应性和信噪比，实现复杂生物网络中的信号处理 | 合成生物操作放大器、遗传电路、全细胞生物传感器 | 合成生物学 | NA | σ/anti-σ对工程、RBS强度调整、开环和闭环配置 | NA | 生物信号 | NA |
| 8 | 2025-08-07 |
Codon usage and antibiotic resistance: A hidden evolutionary mechanism
2025-Jul-31, Biochimie
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.biochi.2025.07.027
PMID:40752602
|
综述 | 本文探讨了密码子使用与抗生素耐药性之间的隐藏进化机制 | 揭示了密码子优化在增强病原体耐药性决定因素合成中的关键作用，并提出了新的诊断生物标志物和治疗策略的潜在途径 | 未具体提及研究的局限性 | 解析密码子使用与抗生素耐药性之间的复杂相互作用，为减轻多重耐药病原体的影响提供信息 | 病原体如鲍曼不动杆菌、淋病奈瑟菌和肺炎克雷伯菌 | 生物信息学 | 抗生素耐药性 | 比较基因组分析、生物信息学和机器学习方法 | NA | 基因组数据 | NA |
| 9 | 2025-08-06 |
Cholesterol modulates membrane elasticity via unified biophysical laws
2025-Jul-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62106-0
PMID:40745155
|
research paper | 该研究揭示了胆固醇和脂质不饱和度如何通过统一的生物物理规律调节膜弹性 | 研究发现脂质膜在介观尺度上表现出统一的弹性行为，不受胆固醇含量、脂质不饱和度或温度的影响 | 研究主要基于核自旋技术和计算分析，可能需要在更多实验条件下验证 | 探究胆固醇和脂质不饱和度对膜弹性的影响机制 | 脂质膜的弹性行为 | 生物物理学 | NA | 核自旋技术、计算分析 | NA | 实验数据 | NA |
| 10 | 2025-08-06 |
When good guides go bad: empirical evaluation of all unique Cas9 protospacers in E. coli reveal widespread functionality and rules for gRNA design
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.651106
PMID:40475487
|
研究论文 | 本文通过评估大肠杆菌K12 MG1655基因组中近50万种独特gRNA的活性，揭示了Cas9核酸酶在合成生物学中的广泛应用及其gRNA设计的规则 | 研究发现绝大多数（至少93%）独特gRNA具有功能，仅0.3%无功能，并提出了排除或修复这些无功能gRNA的简单设计规则 | 研究仅限于大肠杆菌K12 MG1655基因组，未在其他细菌或更广泛的生物系统中验证 | 评估Cas9核酸酶在合成生物学中的特异性及gRNA设计的有效性 | 大肠杆菌K12 MG1655基因组中的近50万种独特gRNA | 合成生物学 | NA | Cas9核酸酶技术 | NA | 基因组数据 | 近50万种独特gRNA |
| 11 | 2025-08-04 |
Thermodynamically consistent, reduced models of gene regulatory networks
2025-Jul, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.241725
PMID:40746961
|
研究论文 | 本研究开发了一种适用于细胞群体建模的基因表达动力学模型，该模型结合了细胞内生物化学和细胞间相互作用 | 通过应用模型简化方案和键合图建模方法，开发了计算效率高且符合物理定律的基因表达模型 | 模型在大型细胞群体中的实际应用效果尚未经过实验验证 | 为合成生物学领域提供可扩展的基因表达模型，以设计细胞群体行为 | 基因调控网络和细胞群体 | 合成生物学 | NA | 键合图建模 | 动力学模型 | 数学模型 | NA |
| 12 | 2025-08-03 |
Direct high-throughput deconvolution of non-canonical bases via nanopore sequencing and bootstrapped learning
2025-Jul-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62347-z
PMID:40739090
|
研究论文 | 本文展示了使用纳米孔测序和自举学习技术高通量解卷积非经典碱基的方法 | 首次实现了非经典碱基的高通量测序，并开发了能够高准确度解卷积含非经典碱基序列的AI模型 | 需要合成高纯度的含非经典碱基寡核苷酸作为训练数据 | 开发能够高通量测序和解卷积非经典碱基的技术 | 非经典碱基和合成异源核酸 | 基因组学 | NA | 纳米孔测序，自举学习 | AI模型 | DNA测序数据 | 1,024种含非经典碱基的寡核苷酸 |
| 13 | 2025-08-03 |
The path to biotechnological singularity: Current breakthroughs and outlook
2025-Jul-29, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108667
PMID:40744238
|
综述 | 本文探讨了生物技术快速发展的当前突破和未来展望，特别是基因编辑、合成生物学、人工智能、再生医学和脑机接口等领域的进展 | 综合分析了生物技术各领域的突破性进展及其潜在的变革性影响，并提出了生物技术奇点的概念 | 未具体讨论各技术在实际应用中可能遇到的技术障碍或失败案例 | 探讨生物技术快速发展的现状和未来趋势，以及其对社会的影响 | 基因编辑、合成生物学、人工智能、再生医学和脑机接口等生物技术领域 | 生物技术 | NA | CRISPR基因编辑、合成生物学、深度学习、干细胞研究、脑机接口 | 深度学习模型 | NA | NA |
| 14 | 2025-08-03 |
Development of a DNA endonuclease I-SceI-based scarless genome editing system for Cupriavidus necator
2025-Jul-26, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.07.020
PMID:40721107
|
research paper | 开发了一种基于DNA内切酶I-SceI的无疤痕基因组编辑系统，用于Cupriavidus necator | 开发了一种新型的两质粒I-SceI HR系统，简化了C. necator的基因组工程，减少了时间框架并促进了其在合成生物学中的应用 | NA | 开发一种高效的基因删除和插入方法，用于C. necator的基因组编辑 | Cupriavidus necator | synthetic biology | NA | DNA endonuclease I-SceI-mediated HR system | NA | NA | NA |
| 15 | 2025-08-03 |
Bioengineering Outer-Membrane Vesicles for Vaccine Development: Strategies, Advances, and Perspectives
2025-Jul-20, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines13070767
PMID:40733744
|
综述 | 本文探讨了外膜囊泡（OMVs）作为下一代疫苗开发平台的潜力及其工程策略 | 综述了OMVs在疫苗开发中的最新工程策略，包括遗传工程、表面共轭、糖工程等，并探讨了合成OMVs和纳米机器人等前沿技术 | NA | 探讨OMVs作为疫苗开发平台的潜力及其工程策略 | 外膜囊泡（OMVs）及其工程化应用 | 生物工程 | 传染病和癌症 | 遗传工程、表面共轭、糖工程、纳米技术 | NA | NA | NA |
| 16 | 2025-08-03 |
Soilless Cultivation: Precise Nutrient Provision and Growth Environment Regulation Under Different Substrates
2025-Jul-16, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14142203
PMID:40733440
|
review | 本文系统综述了无土栽培技术体系、营养液管理策略、根际微生物相互作用机制及未来发展方向，旨在揭示其技术优势和创新潜力 | 揭示了无土栽培在资源利用效率、产量提升方面的技术优势，并探讨了智能管理和微生物工程等创新方向 | 有机系统中根际微生物群落结构和功能稳定性易失衡，需通过合成生物学方法进行针对性优化 | 揭示无土栽培技术的优势和创新潜力，促进其在粮食安全、生态保护和资源循环中的大规模应用 | 无土栽培技术体系、营养液管理、根际微生物 | 现代农业技术 | NA | 无土栽培技术、合成生物学方法 | NA | NA | NA |
| 17 | 2025-08-03 |
Integrated Approach for Improving Lutein Production of Chlorella sp. via Adaptive Evolution and Casein Acid Hydrolysate
2025-Jul, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05279-0
PMID:40358910
|
研究论文 | 本研究开发了一种综合方法，通过适应性进化和代谢调控提高微藻中叶黄素的产量 | 结合适应性进化和代谢调控（如添加酪蛋白酸水解物）来提高叶黄素产量，并发现特定浓度的NaCl和酪蛋白酸水解物能显著促进叶黄素合成 | 未探讨该方法在其他微藻物种中的适用性，且未进行大规模生产验证 | 提高微藻中叶黄素的产量 | Chlorella sp.微藻及其适应性进化菌株P30 | 代谢工程 | NA | 适应性进化、代谢调控 | NA | 实验数据 | 微藻菌株（起始菌株及进化菌株P30） |
| 18 | 2025-08-03 |
How many plasmids can bacteria carry? A synthetic biology perspective
2025-Jul, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.240378
PMID:40730232
|
research paper | 探讨细菌中可携带的质粒数量及其在合成生物学中的应用 | 从理论和实践角度分析细菌维持多个独特质粒的能力，并探讨多质粒系统在代谢工程和合成生物学中的新应用 | 未明确提及具体细菌种类或实验数据支持的最大质粒数量 | 研究细菌中可携带的质粒数量及其在生物技术中的应用 | 细菌及其携带的质粒 | synthetic biology | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2025-08-01 |
Optimization of Malonyl Coenzyme A Biosensors in a Reconstituted Cell-Free System for Detecting Acetyl-CoA Carboxylase Activity
2025-Jul-31, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00361
PMID:40742616
|
研究论文 | 本文优化了一种用于检测乙酰辅酶A羧化酶(ACC)活性的丙二酰辅酶A生物传感器，在重构的无细胞蛋白质合成系统中实现了高灵敏度和精确量化 | 通过工程化T7启动子与FapO操作子之间的间隔序列，开发了具有宽检测范围(50-1500 μM)的体外丙二酰辅酶A生物传感器系统，动态范围最高提升至95.3倍(1500 μM时)，并筛选了对低浓度丙二酰辅酶A敏感的FapR/FapO同源对 | NA | 优化ACC活性的检测方法，以促进代谢工程和合成生物学的发展 | 丙二酰辅酶A生物传感器和乙酰辅酶A羧化酶(ACC) | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成系统 | NA | 生化数据 | NA |
| 20 | 2025-07-30 |
CRISPR-Cas10-Assisted Structural Modification of Staphylococcal Kayvirus for Imaging and Biosensing Applications
2025-Jul-28, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00387
PMID:40720830
|
研究论文 | 该研究利用CRISPR-Cas10辅助技术对葡萄球菌噬菌体Kayvirus进行结构修饰，用于成像和生物传感应用 | 首次报道了对葡萄球菌噬菌体结构蛋白的修饰，通过插入多组氨酸标签实现 | 未提及该方法在其他噬菌体系统中的普适性 | 开发噬菌体工程新方法，拓展其在医学和生物技术中的应用 | 葡萄球菌噬菌体812h1 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas10基因编辑、荧光显微镜、生物层干涉仪生物传感、ELISA、流式细胞术 | NA | NA | NA |