合成生物学相关文章
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当前共找到 123 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-11 |
Microbial production of torulene and its potential applications: a review
2025-Jul, Food science and biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s10068-024-01780-0
PMID:40492047
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综述 | 本文综述了微生物生产类胡萝卜素torulene的现状、策略、生物特性及其在食品、化妆品和制药行业的潜在应用 | 系统总结了通过上游和下游工艺提高torulene产量的策略，并探讨了其在多个工业领域的应用潜力 | torulene的研究仍有限，其商业化潜力尚未充分开发，微生物生产面临挑战 | 总结torulene的微生物生产策略、生物特性及潜在应用，推动其商业化发展 | 红酵母生产的类胡萝卜素torulene | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 红酵母（如Rhodotorula和Sporobolomyces） | NA | 食品,化妆品,制药 |
| 2 | 2025-12-09 |
Toward a unified pipeline for natural product discovery: tools and strategies for NRPS and PKS pathway exploration and engineering
2025-Jul-28, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00041f
PMID:40719200
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综述 | 本文综述了将非核糖体肽合成酶和聚酮合酶系统转化为理性设计平台的最新进展 | 整合基因组挖掘、高通量筛选、合成生物学工具和计算建模（包括深度学习方法），以加速定制天然产物类似物的发现与组装 | NA | 探索和改造非核糖体肽合成酶和聚酮合酶生物合成途径，以发现和设计新型天然产物 | 非核糖体肽合成酶和聚酮合酶系统及其产生的天然产物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、高通量筛选、同源建模、分子对接、分子动力学模拟、深度学习 | 深度学习 | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 3 | 2025-12-06 |
The AML immune paradox: decoding escape pathways and pioneering checkpoint, vaccine, and combination strategies
2025-Jul-09, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01795-9
PMID:40634759
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综述 | 本文综述了急性髓系白血病（AML）免疫治疗的机制、挑战与未来方向，重点探讨了免疫检查点抑制剂和疫苗策略 | 系统解码AML的免疫逃逸途径，并整合检查点阻断、疫苗及联合策略等新兴免疫疗法，提出通过单细胞基因组学、人工智能和合成生物学识别新靶点及改善患者分层 | 面临肿瘤微环境异质性、耐药性白血病干细胞、治疗毒性（如贫血、细胞因子释放综合征）、克隆进化导致的复发以及缺乏预测性生物标志物等挑战 | 评估AML免疫治疗的机制、挑战与未来方向，旨在改善临床疗效 | 急性髓系白血病（AML）及其免疫抑制性肿瘤微环境 | NA | 急性髓系白血病 | 单细胞基因组学、人工智能、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 4 | 2025-12-05 |
Modeling of Phage-Mediated CRISPRi System to Inhibit Antibiotic Resistances in Bacteria
2025-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC58623.2025.11253443
PMID:41337296
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研究论文 | 本文提出了一种基于工程化噬菌体递送CRISPR干扰系统以抑制细菌抗生素耐药性的创新策略，并开发了数学模型来模拟其动态过程 | 利用工程化噬菌体递送CRISPRi系统来精确沉默耐药基因，并结合数学模型评估系统性能及长期疗效潜力 | NA | 开发合成生物学方法以对抗抗菌素耐药性 | 抗生素耐药性病原体 | 合成生物学 | 细菌感染 | CRISPR干扰系统 | 数学模型 | 模拟数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | CRISPRi递送系统 | 医学 |
| 5 | 2025-10-24 |
Engineering microalgal cell wall-anchored proteins using GP1 PPSPX motifs and releasing with intein-mediated fusion
2025-Jul-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634604
PMID:39896471
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研究论文 | 本研究开发了一种基于GP1糖蛋白PPSPX基序和pH敏感内含肽的蛋白质锚定与可控释放系统 | 发现PPSPX基序是蛋白质锚定微藻细胞壁的关键信号，并首次将pH敏感内含肽用于可控释放锚定蛋白 | NA | 开发蛋白质空间定位和可控释放的技术平台 | 微藻细胞壁锚定蛋白系统 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、荧光动力学、Western blot分析 | NA | 荧光数据、蛋白质印迹数据 | NA | 内含肽介导的蛋白质融合 | 微藻 | 基于GP1 PPSPX基序的蛋白质锚定系统和pH敏感内含肽介导的释放系统 | 靶向药物递送,环境生物传感,生物催化剂部署 |
| 6 | 2025-10-05 |
Analysis of Poly-3-Hydroxybutyrate Production with Different Microorganisms Using the Dynamic Simulations for Evaluation of Economic Potential Approach
2025-Jul-08, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c11178
PMID:40657095
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研究论文 | 本文提出DySEEP方法，通过动态通量平衡分析和经济指标评估工业生物产品的生产潜力，并以PHB生产为案例进行研究 | 开发了结合动态通量平衡分析和经济指标评估的新型方法DySEEP，用于系统评估生物产品生产的经济潜力 | 由于DFBA模拟的性质，无法预测某些关键聚合物性质 | 评估不同微生物生产PHB的经济潜力，优化生物塑料生产工艺 | 重组大肠杆菌、重组谷氨酸棒杆菌和重组罗尔斯通氏菌的PHB生产能力 | 代谢工程 | NA | 动态通量平衡分析(DFBA) | 代谢网络模型 | 代谢通量数据 | 三种重组微生物的模拟分析 | CRISPR-Cas9, 基因敲除, 合成生物学 | 大肠杆菌, 谷氨酸棒杆菌, 罗尔斯通氏菌 | 遗传拨动开关, NADPH依赖的PHB合成途径, 代谢途径调控 | 工业生物技术, 环境 |
| 7 | 2025-10-05 |
Recent Advances in Heterologous Protein Expression and Natural Product Synthesis by Aspergillus
2025-Jul-17, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof11070534
PMID:40985424
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综述 | 综述曲霉属真菌在异源蛋白表达和天然产物合成领域的最新研究进展 | 系统总结了CRISPR-Cas9在曲霉遗传修饰中的应用现状，并重点探讨了其在萜类化合物异源生物合成中的具体应用 | NA | 总结曲霉作为异源表达平台在蛋白质和天然产物合成中的研究进展 | 曲霉属真菌（包括黑曲霉、米曲霉等） | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 曲霉（包括黑曲霉、米曲霉等） | 异源蛋白表达系统、天然产物生物合成途径 | 工业生物技术,医药 |
| 8 | 2025-10-05 |
Protein structure prediction and design for high-throughput computing
2025-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.18.665594
PMID:40777508
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研究论文 | 开发用于蛋白质结构预测和设计工具的容器化解决方案，以解决高计算需求和部署难题 | 开发了针对多种计算架构优化的容器化解决方案，并创建了OmniFold包装平台实现多工具并行运行和自动质量报告生成 | 未提及具体性能提升的量化数据或与其他部署方法的直接比较 | 解决蛋白质结构预测和设计工具的高计算需求和部署困难问题 | AlphaFold3、Chai-1、Boltz-2和RFdiffusion等蛋白质结构预测和设计工具 | 计算生物学 | NA | 容器化技术、GPU优化计算 | 深度学习模型 | 蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、疾病治疗 |
| 9 | 2025-10-05 |
Microbial Biosensor for Sensing and Treatment of Intestinal Inflammation
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504364
PMID:40323169
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研究论文 | 开发了一种能够检测和治疗肠道炎症的微生物生物传感器 | 首次开发了针对临床验证生物标志物钙卫蛋白的合成生物传感器，兼具诊断记录和治疗功能 | NA | 开发用于肠道疾病诊断和治疗的合成生物系统 | 肠道炎症生物标志物钙卫蛋白 | 合成生物学 | 肠道炎症疾病 | 合成生物学技术 | NA | 生物分子数据 | 两种独立的小鼠结肠炎模型 | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 锌摄取调节因子(Zur)控制启动子与记忆电路耦合的生物传感器，结合抗炎细胞因子IL10产生系统 | 医学 |
| 10 | 2025-10-05 |
Advancing fungal phylogenetics: integrating modern sequencing, dark taxa discovery, and machine learning
2025-Jul-11, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04392-2
PMID:40643763
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综述 | 本文综述了现代分子技术如何革新真菌系统发育学研究，重点关注DNA指纹图谱、新一代测序和三代测序技术在物种鉴定、系统发育重建和疾病管理中的应用 | 整合现代测序技术、暗分类群发现和机器学习方法，提出解决真菌分类难题和抗药性预测的多组学综合研究框架 | 在解决基因组内变异、协调基因树不一致性以及标准化大规模真菌群体研究流程方面仍存在挑战 | 推进真菌系统发育学研究，提高真菌疾病诊断和管理能力 | 真菌多样性、进化关系和致病机制 | 生物信息学 | 真菌感染疾病 | 新一代测序(NGS)、三代测序(TGS)、DNA指纹图谱、多组学方法(转录组学、蛋白质组学、代谢组学) | 机器学习算法 | 基因组数据、分子标记数据 | NA | CRISPR、合成生物学平台 | NA | NA | 农业、医疗、环境 |
| 11 | 2025-10-05 |
Translation efficiency covariation identifies conserved coordination patterns across cell types
2025-Jul-25, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02718-5
PMID:40715459
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研究论文 | 通过分析人类和小鼠的核糖体分析数据集，提出翻译效率协变概念并揭示跨细胞类型的协调翻译模式 | 首次提出翻译效率协变概念，发现不依赖于RNA或蛋白质共表达的基因功能协调机制 | NA | 探索跨细胞类型的翻译协调模式及其在基因调控中的作用 | 人类117种和小鼠94种组织与细胞系的3,819个核糖体分析数据集 | 生物信息学 | NA | 核糖体分析 | NA | 基因组学数据 | 3,819个数据集（涵盖人类117种、小鼠94种组织与细胞系） | NA | 人类, 小鼠 | NA | 合成生物学, 生物技术 |
| 12 | 2025-10-05 |
Regulatory helix plays a key role in genetic ON-OFF switching for the 2'-deoxyguanosine-sensing mRNA element
2025-Jul, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110282
PMID:40412519
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研究论文 | 本研究通过化学探针分析揭示了2'-脱氧鸟苷感应核糖开关在转录过程中的动态调控机制 | 发现核糖开关并非简单的二元开关，而是通过关键中间态在RNA合成过程中精细调控下游基因转录 | 研究主要关注特定核糖开关，其机制在其他类型核糖开关中的普适性仍需验证 | 阐明2'-脱氧鸟苷感应核糖开关的转录调控机制 | 2'-脱氧鸟苷感应核糖开关及其转录中间体 | 合成生物学 | NA | 化学探针分析、荧光淬灭检测 | NA | 生物化学数据 | NA | NA | NA | 核糖开关调控电路、转录终止/抗终止机制 | 医学, 合成生物学 |
| 13 | 2025-10-05 |
Live-cell synthesis of biocompatible quantum dots
2025-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01133-5
PMID:40097832
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研究论文 | 开发了一种在活细胞内合成生物相容性量子点的新方法 | 通过精确时空序列耦合细胞内代谢途径实现活细胞合成量子点，并建立仿细胞内环境的无细胞合成系统 | NA | 开发生物相容性量子点的合成方法 | 量子点 | 合成生物学 | NA | 活细胞合成，无细胞合成系统 | NA | NA | 酵母、金黄色葡萄球菌、MCF-7细胞、MDCK细胞 | 代谢工程 | 酿酒酵母、金黄色葡萄球菌、MCF-7细胞、MDCK细胞 | 代谢途径耦合 | 医学 |
| 14 | 2025-10-05 |
The XNA alphabet
2025-Jul-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf635
PMID:40650979
|
综述 | 本文系统综述了糖修饰的异源核酸(XNA)的结构分类、构象特性及其在生物技术和合成生物学中的应用前景 | 提出了XNA字母表的概念，系统分类了能与天然核酸相互作用和正交的两类XNA系统，阐明了糖组分对XNA构象空间和杂交特性的决定性作用 | NA | 总结糖修饰XNA系统的构象行为原理及其在合成遗传学、核酸治疗等领域的应用潜力 | 糖修饰的异源核酸(XNA)系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物技术, 医学诊断, 纳米技术 |
| 15 | 2025-10-05 |
A Strictly Inducible and Orthogonal Dre-rox System for Precise and Markerless Genome Editing in Bacillus subtilis
2025-Jul-25, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2505.05006
PMID:40730489
|
研究论文 | 本研究在枯草芽孢杆菌中建立了一种严格诱导且正交的Dre-rox系统，用于精确无标记基因组编辑 | 开发了茶碱诱导型核糖开关严格控制Dre表达以减少渗漏重组，首次证明Dre与Cre在各自识别位点上无串扰正交工作，支持单次诱导同步多位点切除 | NA | 扩展微生物基因组工程工具包，开发与Cre性能相当且能正交功能的位点特异性重组酶系统 | 枯草芽孢杆菌基因组编辑系统 | 合成生物学 | NA | 位点特异性重组，基因组编辑 | NA | NA | NA | Dre-rox系统，Cre-lox系统 | 枯草芽孢杆菌 | 茶碱诱导型核糖开关控制的Dre表达系统，正交重组系统 | 工业生物技术 |
| 16 | 2025-10-05 |
[Research progress in the fungal bioluminescence pathway]
2025-Jul-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250138
PMID:40769542
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综述 | 本文综述真菌生物发光途径在植物工程中的应用进展及其在生物传感和农业生物技术中的潜力 | 将真菌生物发光途径基因工程改造至植物中创建自发光标本，克服传统报告系统底物限制，并结合机器学习方法优化表型 | NA | 探讨植物真菌生物发光途径工程化应用及其在农业生物技术和环境监测中的创新机会 | 真菌生物发光途径及其在转基因植物中的应用 | 合成生物学 | NA | 基因工程、机器学习 | NA | NA | NA | 基因工程 | 植物 | 真菌生物发光途径（催化内源性咖啡酸氧化产生绿色生物发光） | 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 17 | 2025-10-05 |
A framework for complex signal processing via synthetic biological operational amplifiers
2025-Jul-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62464-9
PMID:40745425
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研究论文 | 本研究开发了一种通过合成生物学运算放大器处理复杂生物信号的框架 | 通过整合正交运算放大器到标准化生物过程中，实现了高效信号分解和放大，并设计了可扩展的运算放大器 | NA | 开发能够处理复杂生物信号的合成生物学框架 | 遗传电路和全细胞生物传感器 | 合成生物学 | NA | σ/anti-σ对工程、核糖体结合位点强度调节、开环和闭环配置 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 运算放大器、全细胞生物传感器、生长状态响应诱导系统 | 代谢工程、工业生物技术 |
| 18 | 2025-10-05 |
Cholesterol modulates membrane elasticity via unified biophysical laws
2025-Jul-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62106-0
PMID:40745155
|
研究论文 | 本研究通过核自旋技术和计算分析揭示了胆固醇如何通过统一生物物理定律调节膜弹性 | 发现脂质膜在介观尺度表现出统一的弹性行为，与胆固醇含量、脂质不饱和度或温度无关 | 研究主要关注介观尺度，未涉及分子和宏观尺度的完整验证 | 探索胆固醇调节膜弹性的生物物理机制 | 脂质膜的弹性特性 | 生物物理学 | NA | 核自旋技术、计算分析 | NA | 物理测量数据、计算模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、材料科学 |
| 19 | 2025-10-05 |
When good guides go bad: empirical evaluation of all unique Cas9 protospacers in E. coli reveal widespread functionality and rules for gRNA design
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.651106
PMID:40475487
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研究论文 | 本研究通过实验评估了大肠杆菌中所有独特的Cas9引导RNA功能，揭示了gRNA设计的普遍功能性和设计规则 | 首次系统评估了近50万个独特gRNA在基因组中的活性，推翻了关于非功能性gRNA稀有的假设，并发现了间隔序列自相互作用是导致非功能性的主要原因 | 研究仅限于大肠杆菌K12 MG1655菌株，未在其他细菌或真核系统中验证 | 评估Cas9引导RNA在细菌基因组中的实际功能效率并建立gRNA设计规则 | 大肠杆菌K12 MG1655基因组中的近500,000个独特gRNA | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑技术 | NA | 基因组数据、功能活性数据 | 约500,000个独特gRNA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | NA | 工业生物技术 |
| 20 | 2025-10-05 |
Thermodynamically consistent, reduced models of gene regulatory networks
2025-Jul, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.241725
PMID:40746961
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研究论文 | 本研究开发了一种适用于细胞群体建模的热力学一致基因表达简化模型 | 结合键合图方法确保热力学一致性，并开发了适用于大规模细胞群体模拟的简化基因表达模型 | NA | 为合理设计细胞群体行为开发数学建模方法 | 基因调控网络和细胞群体 | 合成生物学 | NA | 数学建模，键合图 | 动力学模型，基于代理的模型 | NA | NA | NA | NA | 切换开关，阻遏振荡器 | 工业生物技术 |