合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-12	Advancing fungal phylogenetics: integrating modern sequencing, dark taxa discovery, and machine learning 2025-Jul-11, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04392-2 PMID:40643763	综述	本文综述了现代分子技术在真菌遗传学研究中的最新进展，包括DNA指纹识别、NGS和TGS等技术在物种鉴定、系统发育重建和疾病管理中的应用	整合了现代测序技术、暗分类群发现和机器学习算法，提出了解决真菌分类学和疾病管理中现存挑战的新方法	存在解决基因组内变异、调和基因树不一致性以及标准化大规模真菌种群研究流程的挑战	推进真菌诊断学，增强分类学清晰度，并在快速环境变化的时代减轻真菌疾病的社会经济影响	真菌遗传学、真菌多样性和致病性	生物信息学	真菌相关疾病	NGS, TGS, DNA指纹识别, 多组学方法(转录组学、蛋白质组学、代谢组学)	机器学习算法	基因组数据	NA
102	2025-07-12	Harnessing Synthetic Biology to Empower a Circular Plastics Economy 2025-Jul-10, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0053 PMID:40638940	review	本文综述了利用合成生物学和微生物群落工程技术降解和升级塑料废物的当前策略	探讨了合成生物学如何增强生物过程以可持续处理塑料废物并支持循环塑料经济	未提及具体实验数据或案例研究来验证这些策略的实际效果	推动生物技术解决方案在循环塑料经济中的应用	塑料废物	合成生物学	NA	微生物群落工程	NA	NA	NA
103	2025-07-12	Engineered Coenzyme A Biosynthesis and Butyrate Transporter Drives High-Efficient Butyrate Synthesis in Escherichia coli 2025-Jul-10, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.70018 PMID:40641096	研究论文	本研究通过工程化改造大肠杆菌的辅酶A生物合成和丁酸转运系统，实现了高效的丁酸合成	通过增强辅酶A生物合成和优化丁酸转运系统，显著提高了丁酸的产量和产率	研究仅限于大肠杆菌系统，未在其他微生物中验证	提高丁酸在大肠杆菌中的合成效率	大肠杆菌	代谢工程与合成生物学	NA	代谢工程	NA	NA	NA
104	2025-07-12	Single-Cell Nanoencapsulation: Chemical Synthesis of Artificial Cell-in-Shell Spores 2025-Jul-09, Chemical reviews IF:51.4Q1 DOI:10.1021/acs.chemrev.4c00984 PMID:40403226	综述	本文综述了受自然界隐生现象启发，化学家设计和合成的'细胞壳'结构及其在单细胞纳米封装（SCNE）中的应用	通过SCNE技术赋予细胞外源性表型特征，展示了人工孢子在合成生物学、生物医学工程等领域的潜在应用	未提及具体实验数据或案例研究，主要集中于理论和技术综述	探索和开发人工孢子技术，以增强细胞的保护性和功能性	人工'细胞壳'结构	合成生物学、生物医学工程	NA	单细胞纳米封装（SCNE）	NA	NA	NA
105	2025-07-12	CRISPR/dCas-mediated counter-silencing: reprogramming dCas proteins into antagonists of xenogeneic silencers 2025-Jul-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00382-25 PMID:40434115	研究论文	开发了一种新型CRISPR/dCas介导的反沉默（CRISPRcosi）方法，用于对抗Lsr2样异源沉默蛋白	首次利用nuclease-deficient dCas酶对抗Lsr2样异源沉默蛋白，实现无需启动子工程的反沉默效果	在缺乏异源沉默蛋白CgpS的菌株中，反沉默效果因靶位点和链的不同而存在差异	研究基因表达调控新方法，应用于生物技术和合成生物学	Lsr2样异源沉默蛋白CgpS和Lsr2及其靶启动子	合成生物学	NA	CRISPR/dCas系统	NA	基因组转录组数据	多种放线菌菌株
106	2025-07-12	The AML immune paradox: decoding escape pathways and pioneering checkpoint, vaccine, and combination strategies 2025-Jul-09, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01795-9 PMID:40634759	综述	本文综述了急性髓系白血病（AML）的免疫逃逸机制及免疫治疗策略	探讨了免疫检查点抑制剂、疫苗及联合治疗策略在AML中的创新应用	面临肿瘤微环境异质性、耐药性白血病干细胞、治疗毒性及缺乏预测性生物标志物等挑战	评估AML免疫治疗的机制、挑战及未来发展方向	急性髓系白血病（AML）及其免疫微环境	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	免疫检查点抑制剂（ICIs）、树突状细胞融合疫苗、单细胞基因组学、AI	NA	NA	NA
107	2025-07-12	PCR-Free Site-Directed Mutagenesis on Repetitive Sequences Using Single-Stranded DNA-Assisted Double-Stranded DNA Nicking by DNAzymes 2025-Jul-08, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202509127 PMID:40626944	研究论文	本文提出了一种无需PCR的位点定向诱变方法，利用DNAzyme在重复序列上进行操作	开发了一种名为DANDA的新系统，通过单链DNA辅助双链DNA切口技术，扩展了DNAzyme在双链超螺旋质粒上的应用范围	未提及该方法在更复杂或更大规模DNA序列上的适用性	克服传统PCR方法在重复序列上位点定向诱变的局限性	含有重复序列的质粒	合成生物学	NA	DNAzyme介导的DNA切割	NA	DNA序列数据	未明确提及具体样本数量
108	2025-07-12	An artificial intelligence-based approach for identifying the proteins regulating liquid-liquid phase separation 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf313 PMID:40632496	研究论文	本文提出了一种基于人工智能的方法来识别调控液-液相分离（LLPS）的蛋白质	使用ESM2_t36预训练蛋白质语言模型提取蛋白质序列的语义信息，并结合多层感知机分类器，显著优于传统序列方法	数据集中正样本（913）与负样本（6584）数量不平衡，可能影响模型性能	开发一种能够准确识别LLPS调控蛋白的人工智能工具	调控液-液相分离的蛋白质	生物信息学	NA	ESM2_t36预训练蛋白质语言模型，多层感知机分类器，SHAP解释方法	多层感知机（MLP）	蛋白质序列	913个正样本和6584个负样本的蛋白质序列
109	2025-07-11	Research progress in high-throughput DNA synthesis and its applications 2025-Jul-10, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d5tb00869g PMID:40530447	综述	本文综述了高通量DNA合成技术的研究进展及其在基因组学和合成生物学中的应用	系统性地分类并比较了不同代际的高通量DNA合成技术，探讨了酶法合成技术的优势及潜在应用	未涉及具体实验数据或案例研究，主要基于文献综述	探讨高通量DNA合成技术的发展现状、优势、局限性及未来方向	高通量DNA合成技术	合成生物学	NA	光刻法、喷墨法、电化学法、热控合成技术、酶法合成	NA	NA	NA
110	2025-07-11	Magnetic metal-organic frameworks as an antisense delivery platform and their performance in a cell-free protein expression system 2025-Jul-10, Nanoscale IF:5.8Q1 DOI:10.1039/d5nr00788g PMID:40552643	研究论文	本研究探讨了磁性金属有机框架（nMOF）作为反义传递平台的性能及其在无细胞蛋白质表达系统中的表现	展示了磁性nMOFs通过反义有效载荷传递调节基因表达且不抑制蛋白质合成，并利用无细胞蛋白质系统（CFPS）在更受控条件下研究基因表达	仅少数研究探讨了磁性nMOFs的潜在毒性及其降解对细胞机制和翻译过程的影响	评估磁性nMOFs作为药物传递载体的性能及其在基因表达调控中的应用	磁性金属有机框架（nMOF）及其在无细胞蛋白质表达系统中的表现	生物医学应用	NA	无细胞蛋白质系统（CFPS）	NA	NA	NA
111	2025-07-11	Data-driven synthetic microbes for sustainable future 2025-Jul-07, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00556-4 PMID:40624030	perspective	本文提出数据驱动的合成微生物（DDSM）作为解决全球环境危机的生物技术方案	整合组学、机器学习和系统生物学设计工程微生物，以应对PFAS降解、温室气体减排和可持续生物制造等挑战	NA	推动合成生物学向环境韧性和循环生物经济方向发展	工程微生物	合成生物学	NA	组学、机器学习、系统生物学	NA	NA	NA
112	2025-07-10	Magnesium-Free Assembly of Cationic Peptide/DNA Nanostructures with Defined Geometries for Anticancer Drug Delivery 2025-Jul-09, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c07816 PMID:40560802	研究论文	本研究提出了一种利用阳离子靶向肽替代传统镁离子促进DNA纳米结构自组装的方法，用于抗癌药物递送	使用细胞穿透肽(TAT)与癌细胞靶向肽(RGD)结合的阳离子靶向肽替代镁离子，显著提高了DNA纳米结构的膜穿透性、靶向性和稳定性	研究仅在免疫缺陷小鼠肿瘤模型中进行验证，尚未在更复杂的生理环境中测试	开发更高效的DNA纳米结构药物递送系统	DNA纳米结构和抗癌药物(阿霉素和KRAS siRNA)	纳米医学	癌症	DNA纳米结构自组装技术	NA	NA	免疫缺陷小鼠肿瘤模型
113	2025-07-10	Enhanced phenanthrene degradation by a synthetically engineered E. coli consortium utilizing the SCRaMbLE for the evolution of key genes 2025-Jul-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139152 PMID:40628214	研究论文	本研究通过合成生物学方法构建了一个工程化大肠杆菌联合体，用于增强菲的降解效率	利用SCRaMbLE方法对关键基因进行实验室进化，显著提高了菲的降解效率	研究仅针对菲这一种多环芳烃，未测试其他PAHs的降解效果	开发高效降解多环芳烃(PAHs)的生物修复系统	工程化大肠杆菌BL21(DE3)联合体	合成生物学	NA	SCRaMbLE方法	NA	NA	三种工程化大肠杆菌菌株(SCRPHE033, SCRKA065, CRSA)
114	2025-07-10	Live-cell synthesis of biocompatible quantum dots 2025-Jul, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01133-5 PMID:40097832	研究论文	开发了一种在活细胞内合成生物兼容量子点的方法，并验证了其在多种细胞中的应用	通过精确的空间和时间序列耦合细胞内代谢途径，实现了量子点在活细胞内的合成，提高了生物兼容性	需要具备化学、生物学、材料科学和合成生物学专业知识的用户才能完成该流程	开发生物兼容量子点的合成方法，以扩展其在生物医学中的应用	酵母、金黄色葡萄球菌、MCF-7和MDCK细胞	合成生物学	NA	活细胞合成和准生物合成	NA	NA	酵母、金黄色葡萄球菌、MCF-7和MDCK细胞
115	2025-07-10	Application of Sensor Based on Circularly Permuted Fluorescent Protein in Molecular Biology, Metabolism, and Cellular Imaging 2025-Jul, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.70071 PMID:40630016	综述	本文综述了基于循环排列荧光蛋白（cpFP）的传感器在分子生物学、代谢和细胞成像领域的应用	探讨了通过循环排列荧光蛋白调整其对环境信号（如pH、离子浓度、电压或分子相互作用）的敏感性，并动态监测细胞内过程	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证研究支持	总结cpFP传感器的形成机制、结构动态分析与优化，及其在生物医学和合成生物学中的功能应用	循环排列荧光蛋白（cpFP）及其传感器应用	分子生物学	NA	循环排列荧光蛋白技术	NA	NA	NA
116	2025-07-09	Plant Cytochrome P450 Enzymes for Bioactive Metabolites Biosynthesis, Growth Regulation and Stress Adaptation 2025-Jul-07, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf297 PMID:40623215	综述	本文总结了植物细胞色素P450酶（CYPs）在生物活性代谢物生物合成、生长调控和应激适应中的最新研究进展	从CYPs参与植物重要生物活性化合物生物合成及其在植物生长、发育和应激适应中的生理功能两个角度进行综述	目前数据库中记录的CYPs中仅有不到0.2%经过功能表征	增强对植物CYPs功能的理解，为生物技术育种和合成生物学领域的创新应用铺平道路	植物细胞色素P450酶（CYPs）	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
117	2025-07-08	Scaling Up Postbiotics Production: A Prospective Review of Processes and Health Benefits 2025-Jul-07, Probiotics and antimicrobial proteins IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s12602-025-10643-x PMID:40622649	综述	本文综述了后生元的生产工艺及其健康益处，探讨了优化生产的技术工具和面临的挑战	总结了优化后生元生产的工具和技术，包括Plackett-Burman设计、响应面方法(RSM)、田口方法和中心复合设计(CCD)，以及分子技术如基因工程、CRISPR-Cas9和代谢工程	工业生产规模扩大仍面临稳定性、质量、产量和一致性等挑战，高细胞密度与后生元产量之间的相关性尚需深入研究	探索后生元的生产工艺优化及其健康益处	后生元及其生产工艺	生物技术	心血管疾病	基因工程、CRISPR-Cas9、代谢工程	NA	NA	NA
118	2025-07-08	Opto-p53: A light-controllable activation of p53 signaling pathway 2025-Jul-04, Cell structure and function IF:2.0Q4 DOI:10.1247/csf.25017 PMID:40500178	研究论文	本研究开发了一种光遗传学工具Opto-p53，用于通过光控制p53信号通路	开发了光控p53信号通路的工具Opto-p53，并通过特定突变增强了光诱导p53激活的效果	未提及在体内实验中的应用效果	开发选择性激活p53的实验系统，以解析p53在细胞过程中的复杂作用	p53蛋白及其信号通路	合成生物学	肿瘤	光遗传学	Opto-p53（基于光诱导二聚化系统LID）	细胞实验数据	NA
119	2025-07-08	Regulation of the tagatose catabolic gene cluster and development of a tagatose-inducible expression system in the probiotic Escherichia coli Nissle 1917 2025-Jul-04, Microbial cell factories IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12934-025-02771-4 PMID:40615889	研究论文	开发了一种在益生菌大肠杆菌Nissle 1917中基于D-塔格糖的可诱导基因表达系统	利用D-塔格糖作为可代谢诱导剂，开发了新型基因表达系统，并揭示了D-塔格糖分解代谢的关键调控元件	未提及具体局限性	开发可靠的可诱导基因表达系统以扩展益生菌大肠杆菌Nissle 1917的应用	益生菌大肠杆菌Nissle 1917及其基因表达调控	合成生物学	NA	差异RNA测序和序列分析	NA	基因表达数据	NA
120	2025-07-07	Integrating incompatible tandem photobiocatalysis in artificial cells enables metabolic modulation of natural cells 2025-Jul-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu4828 PMID:40614183	研究论文	本文设计了一种光生物催化人工细胞，通过缓解酒精诱导的氧化应激来调节肝细胞代谢	通过纳米细胞器分隔不相容的模块，实现了光催化辅因子再生与生物催化酒精代谢的空间分离，提高了反应效率并保护酶免受氧化损伤	未提及具体的人工细胞在体内应用时的长期稳定性及潜在免疫反应	开发具有实际应用价值的人工细胞系统，用于调节活体细胞代谢	人工细胞与肝细胞的共培养系统	合成生物学	肝病	光催化与酶催化技术	NA	生物化学数据	未明确提及具体样本数量