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当前共找到 128 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-23 |
Global reports on Glutamicibacter: a mini review
2026-Feb-28, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France)
DOI:10.14715/cmb/2025.72.2.2
PMID:42322567
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综述 | 这篇综述全面整合了最新关于谷氨酸杆菌的分类、生态、形态、基因组和代谢知识 | 提供关于谷氨酸杆菌这一稀有放线菌群的综合当代视角，并指出通过基因组挖掘、代谢组学和合成生物学方法开展未来研究的方向 | 大多数物种中的生物合成基因簇尚未表征，植物-微生物和昆虫-微生物相互作用的机制了解有限，酶和代谢产物的工业开发受到限制 | 整合关于谷氨酸杆菌的分类、生态、形态、基因组和代谢知识，并识别未来研究前景 | 谷氨酸杆菌物种 | NA | NA | 16S rRNA测序, 系统基因组学, 基因组挖掘, 代谢组学, 合成生物学 | NA | 基因组数据, 代谢组数据, 生态数据 | NA | NA | 谷氨酸杆菌（Glutamicibacter） | NA | 食品安全, 农业, 生物修复, 治疗 |
| 2 | 2026-06-17 |
Recognition of Non-standard Base Pairs by Triplex-Forming Oligonucleotides Containing an Expanded Genetic Alphabet
2026-Feb-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8652009/v1
PMID:41756467
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研究论文 | 本文利用人工扩展遗传信息系统中的核碱基，扩展了三链形成寡核苷酸对非标准碱基对的识别能力 | 首次通过人工扩展遗传信息系统中的核碱基，在三链形成寡核苷酸中实现了对含有标准、损伤或合成碱基对的双链DNA的中性pH下纳摩尔级亲和力识别，并发现了至少12种新的模块化三碱基组合 | 未提及 | 扩展三链形成寡核苷酸对双链DNA的序列特异性识别空间，克服天然核碱基在靶点序列和酸性条件上的限制 | 人工扩展遗传信息系统中的核碱基、三链形成寡核苷酸、双链DNA（含标准、损伤或合成碱基对） | 分子医学、合成生物学 | NA | 人工扩展遗传信息系统 | NA | NA | 120种三碱基组合 | NA | NA | NA | 分子医学、合成生物学、核酸纳米技术 |
| 3 | 2026-06-15 |
Advancing codon language modeling with synonymous codon constrained masking
2026-Feb-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag166
PMID:41736545
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研究论文 | 提出了一种受生物学约束的同义密码子掩码语言模型SynCodonLM，用于建模蛋白质编码DNA序列 | 在密码子语言模型中引入同义密码子约束，使模型仅从同义选项中预测掩码密码子，从而分离密码子层面与蛋白质层面的语义，捕捉核苷酸特异性模式 | NA | 开发能更好捕获DNA层面生物学特征的密码子语言模型，推进合成生物学中的序列设计 | 蛋白质编码DNA序列 | 自然语言处理 | NA | 密码子语言建模 | SynCodonLM (基于Transformer的密码子语言模型) | DNA序列 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 4 | 2026-06-15 |
Design prokaryotic cis-regulatory elements using language model
2026-Feb-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag122
PMID:41693567
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研究论文 | 提出了一个名为PromoGen2的语言模型，用于设计原核生物顺式调控元件（CREs），无需先验实验数据 | 该模型在无明显实验数据下设计CREs，从17000个原核生物基因组预训练，零样本预测启动子强度相关性显著提升（平均Spearman相关从0.27提高到0.50），参数减少10^3倍，并在多种细菌中实现100%设计成功率 | 原文未明确提及局限性 | 开发一个广泛适用的平台，用于生成数千种原核生物的功能性启动子 | 原核生物顺式调控元件（CREs） | 机器学习 | NA | 语言模型 | PromoGen2, PromoGen2-proka | DNA序列 | 17000个原核生物基因组 | NA | Escherichia coli, Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis, Agrobacterium tumefaciens, Jejubacter sp. L23 | 启动子 | 合成生物学, 微生物学 |
| 5 | 2026-06-15 |
Precision Fermentation Processes for Producing Novel Foods and Its Sustainable Applications
2026-Feb, Journal of basic microbiology
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/jobm.70160
PMID:41735245
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综述 | 系统综述精准发酵技术用于生产新型食品及其可持续应用的研究进展 | 首次在统一框架内整合微生物菌株设计、生物过程工程、技术经济可行性、环境绩效和监管准备度，填补了以往产品导向或生物体导向综述的空白 | 存在高资本和能源成本、放大效率低、下游处理复杂、消费者接受度低及监管不确定性等挑战 | 系统分析精准发酵在可持续食品生产中的进展与挑战 | 精准发酵生产新型食品的相关研究和案例 | NA | NA | 精准发酵 | NA | 文献数据 | 37项研究纳入综述 | 代谢途径工程 | 微生物 | 代谢途径 | 食品, 工业生物技术 |
| 6 | 2026-06-10 |
Synthetic gene circuits that selectively target RAS-driven cancers
2026-Feb-24, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.104320
PMID:41733988
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研究论文 | 本文提出了一种合成基因电路设计方法，通过整合多个RAS传感器实现对RAS驱动癌症的选择性靶向治疗 | 首次将多个RAS传感器组合构建基因电路，实现了对突变RAS细胞前所未有的选择性输出蛋白表达，通过模块化设计和模型驱动优化提高了电路适应性和治疗潜力 | 当前电路仍局限于特定KRAS突变，且可能存在耐药性风险 | 开发针对RAS驱动癌症的新型合成基因电路治疗策略 | RAS突变癌细胞系 | 合成生物学 | RAS驱动癌症 | 合成基因电路设计 | 电路组件建模 | NA | 多种RAS驱动癌细胞系 | 合成基因电路 | 哺乳动物细胞 | RAS传感基因电路，整合多个RAS传感器实现选择性蛋白表达 | 医学 |
| 7 | 2026-06-10 |
Generative AI for synthetic biology: Designing biological parts, circuits, and genomes
2026-Feb-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101533
PMID:41713401
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review | 探讨生成式人工智能与合成生物学的融合，重点介绍在生物元件、电路和基因组设计中的创新应用 | 系统性地总结了生成式AI在合成生物学中从分子工具到系统架构的转变，提出了数据驱动的新型生物设计范式 | 未涉及具体实验验证或定量性能比较 | 分析生成式AI在合成生物学中的机遇与挑战，并提出发展路线图 | 生物元件、遗传电路、基因组 | 机器学学习 | NA | NA | 生成式AI模型 | 生物序列数据 | NA | NA | NA | 遗传电路、基因组 | 合成生物学 |
| 8 | 2026-06-09 |
Machine learning-optimized long single-stranded DNA synthesis technology empowers high-precision diagnostic-therapeutic integration in living cells
2026-Feb-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag131
PMID:41674382
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research paper | 开发了一种名为Ouroborosyn-ssDNA的机器学习优化长单链DNA合成技术，实现了高纯度、均一性长ssDNA的高效生产，并应用于活细胞中的精准诊疗整合 | 通过机器学习指导参数优化，识别镁离子动态和热调节是酶效率的关键决定因素，并结合固相合成与自动化磁珠纯化系统，实现了高达15,000 nt长ssDNA的合成，产量提升4.73倍 | 固相合成的硫醇-金固定模板纯化回收率为86.38%，仍有提升空间；实验仅在宫颈癌细胞中验证，需在更广泛的生物系统中测试 | 克服当前长单链DNA合成技术在纯度和均一性方面的关键限制，推动DNA纳米技术从概念验证向标准化生物制造发展 | 长单链DNA合成技术及其在活细胞中的诊断治疗整合应用 | 合成生物学、纳米医学、分子数据存储 | 宫颈癌 | NEAR平台、phi29 DNA聚合酶、Nb.BbvCI切口酶、机器学习、固体合成、CRISPR | 机器学习优化模型 | NA | 宫颈癌细胞 | CRISPR-Cas9 | 宫颈癌细胞 | 六螺旋束DNA折纸-CRISPR复合物，用于核仁靶向基因组编辑，结合GFP诊断与E7癌基因破坏 | 医学 |
| 9 | 2026-06-08 |
Engineering Basal Cognition: Minimal Genetic Circuits for Habituation, Sensitization, and Massed-Spaced Learning
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00766
PMID:41666326
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research paper | 采用合成生物学方法设计最小遗传电路，在单细胞系统中实现习惯化、敏感化和间隔学习效应 | 首次通过合成基因回路在单细胞层面复现非联想学习行为，揭示基因调控网络与神经学习系统的时序动力学差异 | 目前仅基于理论模型和计算机模拟，缺乏实验验证数据 | 探索最小遗传电路实现单细胞非联想学习的可行性 | 合成基因回路中的调控元件（激活子、抑制子、荧光报告基因、群体感应分子） | 合成生物学 | NA | 合成基因回路设计、计算机模拟 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 单细胞生物 | 习惯化回路、敏感化回路、间隔学习效应回路（含激活子、抑制子、荧光报告基因、群体感应分子） | 基础生物学、合成生物学 |
| 10 | 2026-06-08 |
APMSR: an intelligent QA system for synthetic biology empowered by adaptive prompting and multi-source knowledge retrieval
2026-Feb-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-38006-8
PMID:41644613
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研究论文 | 提出了一种结合自适应提示生成与多源知识检索的合成生物学智能问答系统APMSR | 利用LinUCB算法引导自适应提示生成与动态多源知识检索的平衡，增强领域信息检索的相关性和精准性 | 未提及具体限制 | 解决大语言模型在合成生物学领域知识问答中的知识缺口和幻觉问题 | 合成生物学领域的复杂专业级查询 | 机器学习 | NA | 大语言模型、自适应提示、多源知识检索、LinUCB算法 | LinUCB | 文本 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 11 | 2026-06-07 |
Biosynthesis of Indigoidine in Microorganisms: Strategies and Applications
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00800
PMID:41576205
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综述 | 系统综述了微生物合成靛蓝苷的策略与应用进展 | 聚焦于合成生物学驱动的微生物细胞工厂工程化优化靛蓝苷产量，并总结代谢工程与酶工程方法 | 靛蓝苷的途径优化、产量提升及应用多样性方面仍存在挑战 | 为下一代微生物细胞工厂生产颜料提供路线图 | 微生物宿主系统（如大肠杆菌、酵母等）及靛蓝苷生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 非核糖体肽合成酶（NRPS） | NA | NA | NA | 合成生物学技术 | 微生物底盘菌株（如大肠杆菌、酵母等） | 靛蓝苷生物合成途径及代谢工程修饰 | 纺织工业、颜料制造 |
| 12 | 2026-06-07 |
Synthesis of Plant-Inspired O-Acetylated Hemicellulose Structures in the Yeast Yarrowia lipolytica
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00595
PMID:41611228
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研究论文 | 在解脂耶氏酵母中成功重建了两种植物半纤维素骨架结构，并实现了O-乙酰化修饰 | 首次在酵母中合成植物来源的β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖，并通过表达植物乙酰转移酶获得自然界不存在的O-乙酰化半纤维素变体 | NA | 利用合成生物学方法在微生物细胞工厂中生产植物半纤维素聚合物 | 半纤维素骨架结构（β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖）及其乙酰化修饰 | 合成生物学 | NA | 糖基转移酶表达、寡糖质量谱分析、糖苷键分析 | NA | 质谱数据、组成分析数据 | NA | NA | 解脂耶氏酵母 (Yarrowia lipolytica) | 半纤维素生物合成途径（β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖合成通路） | 生物材料、医药、工业生物技术 |
| 13 | 2026-06-07 |
Enhancing Stress Tolerance of Probiotics: Mechanisms, Strategies, and Translational Challenges
2026-Feb-11, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c12872
PMID:41614565
|
综述 | 系统总结了益生菌应激耐受的分子机制及提升策略，并讨论了从实验室到产业应用的转化挑战 | 系统梳理了益生菌应激耐受的分子机制，并重点评估了CRISPR基因编辑、合成生物学和纳米材料辅助递送等新兴策略的转化潜力 | 涉及监管审批和规模化制造等转化过程中的挑战仍需解决 | 探讨益生菌应激耐受机制及提升其存活率和功效的策略 | 益生菌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 益生菌 | NA | 食品, 医药, 农业 |
| 14 | 2026-06-07 |
Classification, Pharmacological Properties, and Applications of Bioactive Constituents in Mentha Species
2026-Feb-11, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c13261
PMID:41614637
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review | 综述薄荷属植物中生物活性成分的分类、药理特性及其应用 | 首次系统总结薄荷属植物中薄荷醇和黄酮类化合物的多重药理活性，并探讨合成生物学在薄荷醇生产中的潜力以解决可持续性挑战 | 缺乏对具体合成生物学方法在薄荷醇生产中的实际应用案例和定量效果评估 | 总结薄荷属植物的生物活性成分及其在食品、医药和现代农业中的应用，并探索合成生物学生产薄荷醇的可行性 | 薄荷属植物中的薄荷醇、黄酮类化合物等生物活性成分 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具（未具体指定） | NA | 薄荷醇生物合成途径 | 食品、医药、现代农业 |
| 15 | 2026-06-07 |
Characterization of the Key Enzymes and a Gene Pair in Triterpenoid Biosynthesis of Ficus microcarpa
2026-Feb-11, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c12253
PMID:41615816
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研究论文 | 本研究对榕树（Ficus microcarpa）中三萜类化合物生物合成的关键酶和基因对进行了功能表征 | 首次鉴定了桑科中罕见的多功能ψ-蒲公英固醇合酶FmOSC1，并定位了其与α-香树脂醇主导的FmOSC2的关键差异残基 | 未明确说明研究的局限性 | 解析榕树中三萜类化合物生物合成的遗传基础 | 榕树中的八种氧化鲨烯环化酶（FmOSC1-8）和细胞色素P450酶（FmCYP716A520） | 生物化学 | NA | 功能表征、序列分析、酶活性检测 | NA | 基因序列、酶产物结构数据 | 八种氧化鲨烯环化酶和一种细胞色素P450酶 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 16 | 2026-06-06 |
The Coli Toolkit (CTK): An Extension of the Modular Yeast Toolkit for Use in E. coli
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00489
PMID:41581077
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研究论文 | 本文介绍了Coli Toolkit（CTK），一个基于Golden Gate的模块化克隆系统，扩展了Yeast Toolkit用于大肠杆菌的遗传电路构建 | 通过将启动子细分为子部件（启动子、绝缘核酶和核糖体结合位点），增强了对转录和翻译的灵活控制，并提供预组装的NOT门基本部件以加快大型遗传电路的克隆 | 未明确讨论该工具包在大规模复杂电路设计中的潜在挑战或与其他系统的直接性能比较 | 为大肠杆菌提供一个快速高效的遗传电路组装模块化工具包，填补细菌合成生物学基础设施的关键空白 | 大肠杆菌中的遗传电路 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | 校准模型 | 表征数据 | NA | Golden Gate Assembly | 大肠杆菌 | 遗传电路，NOT门，可诱导和组成型启动子 | 健康、可持续性、生物技术 |
| 17 | 2026-06-05 |
Advances in site-specific knock-in techniques for gene editing
2026-Feb-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.25-076
PMID:41669806
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综述 | 系统总结了定点敲入技术在基因编辑中的最新进展 | 整合了位点特异性重组酶（如Bxb1整合酶）和可编程核酸酶系统（如CRISPR/Cas9）的最新进展，并比较了twinPE+Bxb1和PASTE系统的优缺点 | 实际应用中仍受脱靶活性和低效率的限制 | 提高基因敲入的精确性和效率，推动精准医学和合成生物学应用 | 位点特异性重组酶系统和可编程核酸酶系统 | 基因编辑 | NA | 位点特异性重组酶系统（Bxb1整合酶）、CRISPR/Cas9、Cas9-Bxb1整合酶系统、twinPE+Bxb1、PASTE | NA | 多组学数据 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 精准医学、合成生物学 |
| 18 | 2026-06-05 |
Development of a Tool for High-Efficiency, Markerless and Iterative Genome Editing in Shouchella clausii
2026-Feb, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70287
PMID:41662148
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研究论文 | 开发了一种高效、无标记、可迭代的Shouchella clausii基因组编辑工具 | 首次在Shouchella clausii中建立基于温度敏感型穿梭载体和Golden Gate组装的基因编辑系统，实现无疤痕、可迭代的基因组修改 | 尚未在更多难操作菌株中验证，且高渗电转化协议可能对部分菌株无效 | 开发适用于Shouchella clausii的高效基因组编辑工具，推动其作为微生物底盘的应用 | Shouchella clausii DSM 8716和Bacillus subtilis 168菌株 | 合成生物学 | NA | 高渗电转化、Golden Gate组装 | NA | NA | S. clausii DSM 8716和B. subtilis 168菌株，多次实验 | Golden Gate Assembly | Shouchella clausii, Bacillus subtilis | 温度敏感型穿梭载体（pM4B522），采用pop-in/pop-out整合策略，包含壮观霉素抗性标记和红色荧光蛋白报告基因 | 医学, 工业生物技术, 环境 |
| 19 | 2026-06-04 |
Yeast Stress Response to Synthetic Constructs
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00715
PMID:41615018
|
综述 | 本文综述了合成构建物对酵母细胞造成的胁迫及其应对策略 | 提出了胁迫感知型设计原则，并总结了新兴缓解方法如CRISPR回路重连、适应性实验室进化、合成细胞器构建和数据驱动菌株工程 | 未提供具体实验数据或定量比较，仅基于文献总结 | 理解合成构建物与酵母胁迫通路的相互作用，开发更稳健的酵母系统 | 酿酒酵母中异源构建物引起的胁迫反应 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 胁迫感知回路设计 | 工业生物技术 |
| 20 | 2026-06-04 |
A Bacteroides synthetic biology toolkit to build an in vivo malabsorption biosensor
2026-Feb-19, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.12.052
PMID:41610848
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研究论文 | 开发了一套用于多形拟杆菌的合成生物学工具包，并利用其构建了检测肠道渗透压改变的生物传感器 | 首次在拟杆菌中构建了模块化的荧光转录报告电路，并利用工程菌实现了长期非侵入性的肠道渗透压监测 | 传感器仅在泄剂诱导的渗透性腹泻小鼠模型中验证，未在自然疾病状态或人体中测试 | 开发适用于肠道共生菌的遗传工具，构建用于监测肠道微环境变化的生物传感器 | 多形拟杆菌工程菌株及其在体外和小鼠肠道中的传感性能 | 合成生物学 | 肠道疾病 | 荧光蛋白表达、DNA调控系统、质粒整合 | 报告电路（转录调控） | 单细胞荧光信号 | 小鼠模型（泄剂诱导的腹泻组与对照组） | NA | 多形拟杆菌 | 可抑制启动子、DNA调控模块、荧光转录报告电路 | 医学 |