合成生物学相关文章
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当前共找到 135 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-02-27 |
InsiliCoil: An Integrated Software Suite for Coiled Coil Design, Prediction, and Therapeutic Engineering
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00678
PMID:41370672
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研究论文 | 本文介绍了一个名为InsiliCoil的集成软件套件，用于卷曲螺旋的设计、预测和治疗性工程 | 将预测建模、选择性肽抑制剂发现和正交相互作用组设计统一到一个单一的可访问框架中，提供比基于结构的方法快几个数量级的通量 | NA | 开发一个用于控制螺旋介导的蛋白质-蛋白质相互作用的综合平台，以加速治疗发现和可编程生物系统的理性工程 | 卷曲螺旋（CCs）作为合成生物学中的模块化、可编程构建块以及治疗靶点 | 合成生物学 | NA | 预测建模、高通量筛选、计算设计 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | NA | InsiliCoil软件套件 | NA | 正交卷曲螺旋网络，用于合成生物电路和生物材料 | 医学, 工业生物技术 |
| 42 | 2026-02-27 |
Multilayer Host Engineering of Saccharomyces cerevisiae to Enhance Cricket Paralysis Virus (CrPV) Internal Ribosome Entry Site Mediated Translation
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00744
PMID:41546634
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研究论文 | 本文通过多层宿主工程改造酿酒酵母，以增强蟋蟀麻痹病毒内部核糖体进入位点介导的翻译 | 提出了一种结合翻译起始、tRNA修饰和mRNA稳定性三个机制层面的宿主工程策略，显著提升CrPV IRES活性 | NA | 增强非典型翻译系统中的IRES活性，以扩展合成生物学中的RNA调控工具 | 酿酒酵母和蟋蟀麻痹病毒内部核糖体进入位点 | 合成生物学 | NA | 报告基因筛选、宿主工程改造 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 内部核糖体进入位点介导的翻译系统 | 工业生物技术 |
| 43 | 2026-02-27 |
The Coli Toolkit (CTK): An Extension of the Modular Yeast Toolkit for Use in E. coli
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00489
PMID:41581077
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研究论文 | 本文介绍了Coli Toolkit (CTK)，一个基于Golden Gate的模块化克隆系统，适用于大肠杆菌，旨在加速遗传电路的组装 | CTK通过将启动子部分细分为启动子、绝缘核酶和核糖体结合位点，提供了更灵活的转录和翻译控制，并整合了Cello库的20个NOT门作为预组装基本部件 | NA | 开发一个用于大肠杆菌的模块化克隆系统，以优化遗传电路的设计-构建-测试-学习循环 | 遗传电路和DNA组装工具 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | NA | NA | Golden Gate Assembly | E. coli | 遗传电路，包括启动子、绝缘核酶、核糖体结合位点和NOT门 | 生物技术 |
| 44 | 2026-02-27 |
Slowpoke: An Automated Golden Gate Cloning Workflow for Opentrons OT-2 and Flex
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00629
PMID:41642882
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研究论文 | 本文介绍了一个名为Slowpoke的自动化Golden Gate克隆工作流程，专为Opentrons OT-2和Flex液体处理平台设计 | 开发了一个用户友好、灵活且开源的自动化Golden Gate克隆工作流程，并配有免费的图形用户界面，简化了协议生成过程 | 工作流程仍需用户干预菌落挑取和平板转移步骤 | 开发一个标准化、高通量且无错误的DNA组装自动化解决方案 | Golden Gate克隆工作流程的自动化 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | NA | 使用MoClo酵母工具包和SubtiToolKit进行验证，涉及多个组装组合 | Golden Gate Assembly | 酵母, 枯草芽孢杆菌 | NA | 工业生物技术 |
| 45 | 2026-02-27 |
Engineering Basal Cognition: Minimal Genetic Circuits for Habituation, Sensitization, and Massed-Spaced Learning
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00766
PMID:41666326
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研究论文 | 本文采用合成生物学方法，探索如何利用最小遗传电路在单细胞系统中实现非关联性学习，包括习惯化、敏感化和集中-分散学习效应 | 通过设计基于理论模型和已知调控元件的合成电路，首次在单细胞水平模拟了习惯化、敏感化及集中-分散学习效应，为实验验证提供了平台 | 研究基于模拟设计，尚未进行实验验证，且电路可能受限于结构和动力学约束，与神经学习系统存在差异 | 探索基础认知功能的遗传实现机制，以理解单细胞生物的学习行为及其进化优势 | 单细胞系统和非神经生物中的学习行为，如原生生物和黏菌 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法，包括遗传电路设计和模拟 | NA | 模拟数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 单细胞系统（如大肠杆菌或酵母） | 包含激活子、抑制子、荧光报告基因和群体感应分子的合成电路，用于实现习惯化、敏感化和集中-分散学习效应 | 工业生物技术，医学 |
| 46 | 2026-02-27 |
Synthesis of Plant-Inspired O-Acetylated Hemicellulose Structures in the Yeast Yarrowia lipolytica
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00595
PMID:41611228
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研究论文 | 本研究在解脂耶氏酵母中成功重建了植物来源的半纤维素（β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖）的生物合成途径，并实现了其O-乙酰化修饰 | 首次在酵母系统中同时合成植物来源的半纤维素骨架结构及其O-乙酰化变体，创造了自然界不存在的结构更复杂的乙酰化变体 | 未明确说明产量、规模化生产可行性及与天然植物半纤维素在高级结构上的完全一致性 | 利用合成生物学方法在微生物工厂中生产具有特定理化性质的植物源半纤维素多糖 | 半纤维素多糖（β-葡甘露聚糖和β-葡聚糖）及其O-乙酰化衍生物 | 合成生物学 | NA | 糖基转移酶表达、寡糖质谱分析、组成分析、糖苷键分析 | NA | 质谱数据、化学分析数据 | NA | 基因表达（糖基转移酶、O-乙酰转移酶） | 解脂耶氏酵母 | 重建植物半纤维素生物合成途径（骨架合成与乙酰化修饰模块） | 生物材料、制药、工业生物技术 |
| 47 | 2026-02-27 |
Yeast Stress Response to Synthetic Constructs
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00715
PMID:41615018
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综述 | 本文综述了工程化酵母中由异源构建体引发的应激反应，并提出了应激感知的设计原则以提高其生物技术应用中的稳健性和产量 | 提出了“应激组”概念以整合多种应激通路对合成构建体的响应，并系统总结了减轻细胞负担的多种策略及新兴方法 | NA | 理解合成构建体如何与酵母应激通路相互作用，并开发更稳健、高产的工程酵母系统 | 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）作为合成生物学底盘生物 | 合成生物学 | NA | CRISPR、适应性实验室进化、数据驱动的菌株工程 | NA | NA | NA | CRISPR | 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae） | 合成细胞器构建、动态调控、通路区室化 | 工业生物技术 |
| 48 | 2026-02-26 |
Streptomyces as a versatile host platform for heterologous production of microbial natural products
2026-Feb-25, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00036j
PMID:40923873
|
综述 | 本文全面回顾了2004年至2024年间利用链霉菌作为异源表达平台生产微生物天然产物的研究进展 | 首次对过去20年超过450项相关研究进行了数据驱动的定量分析，总结了表达趋势、关键影响因素及技术进展 | 作为一篇综述文章，主要基于现有文献进行分析，未提出新的实验数据或技术突破 | 评估链霉菌作为异源表达平台在挖掘微生物天然产物生物合成基因簇方面的潜力和应用 | 链霉菌宿主及其异源表达的各类生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 异源表达、基因组工程、合成生物学工具、组合生物合成 | NA | 文献数据 | 超过450项同行评审研究 | 基因组工程 | 链霉菌 | 生物合成基因簇的异源表达与调控 | 药物发现 |
| 49 | 2026-02-26 |
Toward a unified pipeline for natural product discovery: tools and strategies for NRPS and PKS pathway exploration and engineering
2026-Feb-25, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00041f
PMID:40719200
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综述 | 本文综述了将非核糖体肽合成酶和聚酮合酶系统转化为可理性设计平台的最新进展，涵盖基因组挖掘、高通量筛选、合成生物学工具及计算建模等方法 | 强调计算建模（如同源建模、分子对接、分子动力学模拟）与深度学习策略如何与传统技术互补，加速定制化天然产物类似物的发现与组装 | NA | 探索和改造NRPS与PKS生物合成途径，以发现和设计新型天然产物 | 非核糖体肽合成酶和聚酮合酶系统及其产生的天然产物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、高通量筛选、去重复分析、同源建模、分子对接、分子动力学模拟、深度学习 | 深度学习模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 50 | 2026-02-26 |
Lactic Acid Bacteria Bacteriocins: Classification, Biosynthesis, Health Benefits, and Strategies for Enhanced Efficacy
2026-Feb-25, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c14047
PMID:41700423
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综述 | 本文综述了乳酸菌细菌素的分类、生物合成、健康益处及增强效能的策略 | 提供了更新的细菌素分类（I-III类），并分析了产量影响因素和增强效能的策略，如代谢工程和合成生物学 | 产量优化和临床转化方面仍存在挑战 | 综述乳酸菌细菌素的研究进展，以指导其治疗开发和规模化生产 | 乳酸菌细菌素 | NA | 感染和癌症 | NA | NA | NA | NA | 代谢工程, 合成生物学 | 乳酸菌 | NA | 食品, 生物医学 |
| 51 | 2026-02-26 |
A comprehensive ruminant microbial catalog (CRMC) reveals convergent selection for key vitamin-synthesizing pathways and genes across ruminants and human
2026-Feb-25, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag016
PMID:41738843
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研究论文 | 本研究基于反刍动物胃肠道宏基因组样本，构建了一个全面的反刍动物微生物基因组目录（CRMC），并系统揭示了维生素合成微生物的功能特征、生态角色及其在反刍动物与人类肠道中的趋同选择模式 | 构建了迄今为止最全面的反刍动物胃肠道微生物基因组目录（CRMC），并首次系统揭示了跨反刍动物宿主的维生素合成微生物在关键合成途径和基因节点上的趋同选择模式 | 研究主要基于宏基因组组装基因组（MAGs），可能无法完全覆盖低丰度或难培养的微生物类群 | 阐明反刍动物胃肠道维生素合成微生物的功能特征、生态角色及其跨宿主分布模式 | 反刍动物胃肠道微生物组，特别是维生素合成微生物 | 宏基因组学 | NA | 宏基因组测序 | NA | 宏基因组序列数据 | 2,325个宏基因组样本，来自8种反刍动物宿主 | NA | 反刍动物（8种） | NA | 农业，工业生物技术 |
| 52 | 2026-02-26 |
Precision Fermentation Processes for Producing Novel Foods and Its Sustainable Applications
2026-Feb, Journal of basic microbiology
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/jobm.70160
PMID:41735245
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综述 | 本文对精准发酵技术在可持续食品生产中的应用进行了系统综述，整合了微生物菌株设计、生物工艺工程、技术经济可行性、环境绩效和监管准备度等多个方面 | 提供了一个整合微生物菌株设计、生物工艺工程、技术经济可行性、环境绩效和监管准备度的统一框架，弥补了以往仅关注产品或特定生物的综述的不足 | 面临高资本和能源成本、放大效率低、下游处理复杂、消费者接受度以及监管不确定性等挑战 | 评估精准发酵技术在可持续食品生产中的应用、技术经济可行性和环境影响 | 精准发酵过程及其在食品生产中的应用 | NA | NA | 精准发酵、代谢途径工程 | NA | 文献数据 | 37项符合纳入标准的研究（包括实验室研究、工业案例研究、技术经济分析和生命周期评估） | 合成生物学 | 微生物宿主 | 代谢途径工程 | 食品, 工业生物技术 |
| 53 | 2026-02-25 |
Toehold-VISTA: a machine learning approach to decipher programmable RNA sensor-target interactions
2026-Feb-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag097
PMID:41693568
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研究论文 | 提出一种名为Toehold-VISTA的机器学习框架，用于快速设计高性能RNA传感器，并成功应用于SARS-CoV-2 RNA检测 | 结合生物物理建模与机器学习（偏最小二乘判别分析），通过高通量实验数据训练预测模型，实现对RNA传感器性能关键决定因素的捕获 | 未明确说明模型在其他RNA传感器类型或更广泛靶标中的泛化能力 | 加速RNA传感器的设计与工程化，解决当前设计、生产和筛选高性能RNA传感器耗时长的挑战 | RNA传感器（以toehold switches为模型）与靶标RNA（如SARS-CoV-2 RNA）的相互作用 | 机器学习 | NA | 高通量实验测量、序列-结构特征提取 | 偏最小二乘判别分析（PLS-DA） | RNA序列与结构数据 | NA | NA | NA | RNA传感器（toehold switches） | 生物技术、诊断 |
| 54 | 2026-02-24 |
Enhancing CRISPR/Cas-Mediated Gene Knockout With Short Non-Homologous Oligonucleotides
2026-Feb-22, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70548
PMID:41725298
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研究论文 | 本文报道了通过共递送短双链非同源寡核苷酸（dsNHO）可显著提高莱茵衣藻中CRISPR/Cas介导的基因敲除效率 | 发现了非同源寡核苷酸增强（NOE）现象，可将基因敲除效率提高高达100倍，并揭示了其通过干扰DNA双链断裂传感通路来促进易错修复的机制 | 研究主要基于莱茵衣藻模型，在其他生物中的普适性需进一步验证 | 提高CRISPR/Cas系统在莱茵衣藻中的基因敲除效率，以促进合成生物学应用 | 莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii） | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas基因编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii） | NA | 工业生物技术 |
| 55 | 2026-02-24 |
Harnessing endophytes and Multi-Omics for sustainable Colchicine biosynthesis
2026-Feb-18, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04790-8
PMID:41706338
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综述 | 本文综述了利用内生菌和多组学技术促进濒危药用植物Gloriosa superba可持续生产秋水仙碱的系统性策略 | 提出将内生菌生物学与多组学技术、合成生物学整合的系统级合成框架，将秋水仙碱生物合成重新定义为植物-微生物协同代谢网络 | NA | 开发可持续、可扩展的秋水仙碱生产方法，同时支持Gloriosa superba的保护 | Gloriosa superba（植物）、其相关的内生真菌和细菌 | 合成生物学 | 痛风、关节炎、癌症、炎症性疾病 | 多组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学）、CRISPR基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR | 异源微生物宿主 | 秋水仙碱合成途径重建 | 医药 |
| 56 | 2026-02-24 |
T Cell Receptor Co-Stimulation Through Magnetogenetic Tools: A Platform for Wireless Rewiring of Cellular Signaling
2026-Feb-17, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c10000
PMID:41726657
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研究论文 | 本文介绍了一种用于T细胞受体共刺激的磁遗传学平台，利用磁场实现T细胞的无创激活 | 开发了一种无线、磁控的磁遗传学工具，作为TCR信号的可调共刺激器，结合抗原刺激增强T细胞激活 | NA | 探索合成生物学策略以控制细胞功能，用于治疗应用，特别是免疫细胞行为的精确调控 | HEK293细胞、Jurkat细胞和原代人T细胞 | 合成生物学 | NA | 钙成像、qPCR、蛋白质组学分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | HEK293, Jurkat, 原代人T细胞 | 磁遗传学平台，涉及工程化TRPV1、TRPV4和电磁感知基因（EPG）构建体 | 医学 |
| 57 | 2026-02-24 |
APMSR: an intelligent QA system for synthetic biology empowered by adaptive prompting and multi-source knowledge retrieval
2026-Feb-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-38006-8
PMID:41644613
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研究论文 | 本文提出了一种名为APMSR的优化策略，通过自适应提示生成与多源知识检索相结合，构建了一个面向合成生物学领域的智能问答系统 | 提出了结合自适应提示生成与基于LinUCB算法的动态多源知识检索的优化策略，有效平衡探索与利用，提升了领域特定信息检索的相关性和精确度 | NA | 解决合成生物学领域专业问答中大型语言模型存在的知识鸿沟和幻觉问题，提升问答系统的准确性和鲁棒性 | 面向合成生物学领域的智能问答系统 | 自然语言处理 | NA | 自适应提示生成、多源知识检索、LinUCB算法 | 大型语言模型 | 文本 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 58 | 2026-02-22 |
Design and Modeling of Biosensor-Driven Encapsulation Systems for Systemic Delivery of Bacterial Cancer Therapy
2026-Feb-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00598
PMID:41528100
|
研究论文 | 本文设计并建模了用于细菌癌症疗法系统递送的生物传感器驱动的封装系统 | 开发了基于群体感应或酸感应的生物传感器驱动封装系统，可自主控制细菌荚膜多糖表达以改善药代动力学特性，并首次建立了双状态药代动力学模型来模拟活体治疗剂的动态行为 | 未在临床环境中验证，模型基于假设参数，需要进一步实验验证 | 改进细菌癌症疗法的系统递送安全性和有效性 | 工程化大肠杆菌Nissle 1917 | 合成生物学 | 癌症 | 基因工程、药代动力学建模 | 双状态药代动力学模型 | 实验数据、模拟数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 生物传感器驱动的基因回路，包含群体感应和酸感应模块，用于自主控制荚膜多糖表达 | 医学 |
| 59 | 2026-02-22 |
Conformation-programmed DNA computing
2026-Feb-20, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec8383
PMID:41706864
|
研究论文 | 本文提出了一种基于构象编程的DNA计算框架，通过整合序列可编程性与构象动力学实现多级信号处理 | 首次将序列可编程性与构象动态信号整合于DNA计算中，通过多聚胸腺嘧啶环实现构象信号编码与放大，并构建了可区分7-15个核苷酸环长的构象感知DNA神经网络 | 未明确说明系统在复杂生物环境中的稳定性与长期运行效果 | 开发能够整合序列与构象维度的自适应DNA计算系统 | DNA分子网络与构象信号处理机制 | 合成生物学 | NA | DNA计算、构象编程、催化发夹组装 | DNA神经网络 | 分子构象信号 | NA | DNA自组装 | NA | 变构DNA计算框架、催化发夹组装系统、microRNA响应型基因调控回路 | 医学、合成生物学 |
| 60 | 2026-02-22 |
A Bacteroides synthetic biology toolkit to build an in vivo malabsorption biosensor
2026-Feb-19, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.12.052
PMID:41610848
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研究论文 | 开发了针对Bacteroides thetaiotaomicron的合成生物学工具包，用于构建体内吸收不良生物传感器 | 首次为Bacteroides thetaiotaomicron开发了包含可抑制启动子、DNA调控系统、模块化转录报告电路和替代质粒整合模式的遗传工具包 | 工具包仅在体外和小鼠模型中验证，尚未在人体中测试 | 开发用于肠道环境监测的非侵入性生物传感器 | Bacteroides thetaiotaomicron细菌及其遗传调控系统 | 合成生物学 | 肠道疾病 | 遗传工程、荧光报告系统 | 生物传感器电路 | 荧光图像数据 | 小鼠模型 | 合成生物学工具包（包含启动子工程、DNA调控系统、报告电路设计） | Bacteroides thetaiotaomicron | 模块化荧光转录报告电路，用于检测肠道渗透压变化 | 医学（肠道健康监测） |