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当前共找到 155 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-11-04 |
Decoding and exploiting intratumoral microbiota: from microenvironment modulation to clinical intervention
2026-Apr-25, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-026-11858-z
PMID:42033527
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综述 | 本文综述了瘤内微生物群在调节肿瘤微环境和作为临床干预靶点方面的作用 | 系统总结了瘤内微生物群通过多种机制塑造免疫抑制微环境并影响治疗反应，并提出了工程细菌、噬菌体疗法和细菌胞外囊泡等新型干预策略，以及整合空间多组学、合成生物学和纳米技术的精准治疗范式 | 仍存在重大挑战，包括瘤内微生物群的时空动态解析、与宿主细胞机制相互作用的阐明以及安全有效的临床转化 | 探讨瘤内微生物群作为肿瘤微环境关键组分的调控作用及其临床干预潜力 | 瘤内微生物群、肿瘤微环境、肿瘤细胞、免疫细胞 | 肿瘤微生物学、肿瘤免疫学 | 癌症 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 2 | 2026-11-04 |
Engineering strategies for the biosynthesis of rare sugars in microbial cell factories
2026-Apr-25, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04975-1
PMID:42033624
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综述 | 本综述系统总结了利用微生物细胞工厂生物合成稀有糖的研究进展，包括代谢工程、酶工程、生物催化和发酵过程优化等策略。 | 从多层次工程策略协同整合的角度系统梳理稀有糖生物合成的最新进展，并涵盖D-阿洛酮糖、D-塔格糖、D-阿洛糖、L-核糖、L-核酮糖和L-木酮糖等多种代表性稀有糖。 | 作为综述文章，未提供原始实验数据；稀有糖天然丰度低、传统生产方法效率低，实现大规模工业化应用仍面临生产效率和工业可行性方面的挑战。 | 总结稀有糖生物合成的最新进展，探讨构建高效微生物细胞工厂的关键挑战与未来方向。 | 稀有糖（D-阿洛酮糖、D-塔格糖、D-阿洛糖、L-核糖、L-核酮糖、L-木酮糖）及其微生物细胞工厂 | 合成生物学与代谢工程 | NA | 代谢工程, 酶工程, 生物催化, 发酵过程优化 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物细胞工厂 | 稀有糖生物合成途径 | 食品, 医药, 健康产业 |
| 3 | 2026-11-04 |
RNA-templated diversity generation via reverse transcription and homologous recombination: an evolutionary hypothesis
2026-Apr-17, Theory in biosciences = Theorie in den Biowissenschaften
DOI:10.1007/s12064-026-00469-8
PMID:41995898
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研究论文 | 提出一种通过逆转录和同源重组从RNA模板生成基因组多样性的进化假说 | 提出DGbyRT机制，即细胞或外源RNA逆转录为cDNA后经同源定向重组整合进基因组，使变异偏向转录组已有区域并可能改变序列空间探索的统计分布 | 仅为假说性论述，缺乏实验验证；机制细节和频率调控尚未明确 | 探讨基因组多样化的补充机制，连接逆转录、同源重组与进化生物学 | 基因组多样性、RNA转录本、逆转录酶、假基因、重复序列 | 进化生物学 | NA | 逆转录、同源定向重组 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 4 | 2026-11-04 |
PANoptosis as a drug discovery framework: integrating cell death architecture with clinical translation
2026-04, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-026-00388-0
PMID:41776350
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综述 | 该综述整合了细胞死亡架构与临床转化，系统阐述了PANoptosis的分子机制、调控因子、药理干预策略及生物标志物，并提出了临床极性与时机模型以指导药物发现 | 提出“临床极性与时机模型”区分PANoptosis应被诱导（凋亡抵抗肿瘤）或抑制（细胞因子风暴、缺血再灌注损伤）的临床情境，并整合证据分级框架、新兴生物标志物组合及合成生物学手段实现组织限定性调控 | 作为综述文章缺乏原始实验数据验证，所述证据分级框架和临床极性与时机模型尚需前瞻性临床试验验证，生物标志物 panels 的临床实用性有待确认 | 将PANoptosis作为药物发现框架，整合细胞死亡架构与临床转化，为感染性、炎症性、肿瘤及神经退行性疾病的选择性调控提供治疗策略 | PANoptosis通路及其组分（ZBP1、AIM2、NLRP3、Pyrin、ASC、RIPK1、FADD、caspase-1/8、RIPK3-MLKL、gasdermin），以及相关小分子抑制剂、生物制剂和核酸药物 | 药物发现， 转化医学， 分子药理学 | 脓毒症， 癌症， 神经退行性疾病， 缺血再灌注损伤， 感染性疾病， 炎症性疾病 | NA | NA | 文本 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | 医学， 药物发现 |
| 5 | 2026-11-04 |
Recoding multiple rare codons enables the simultaneous incorporation of up to five distinct noncanonical amino acids
2026-04, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-026-02084-y
PMID:41826677
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研究论文 | 本文介绍了一种多类型稀有密码子重编码策略，能够在哺乳动物细胞中同时引入多达五种不同的非天然氨基酸 | 通过系统评估和重新利用稀有密码子，并结合工程化互正交的氨酰-tRNA合成酶/tRNA对，实现了多达五种不同非天然氨基酸的同时位点特异性引入，重编码率高达90% | 目前主要限于哺乳动物细胞，未在其他宿主中验证；同时引入五种ncAA的效率可能低于两到三种的情况 | 扩展遗传密码，实现多种非天然氨基酸在哺乳动物细胞中的同时位点特异性引入 | 哺乳动物细胞中的蛋白质翻译系统 | 合成生物学 | NA | 稀有密码子重编码、正交氨酰-tRNA合成酶/tRNA对工程 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 生物医学, 合成生物学 |
| 6 | 2026-11-04 |
Evolution and Functional Implications of Codon Usage Bias in Eukaryotes
2026-Apr, Journal of molecular evolution
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s00239-026-10305-8
PMID:41779208
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综述 | 本文综述了真核生物密码子使用偏好的进化机制、功能影响及其在健康与疾病中的作用 | 系统整合了真核生物密码子使用偏好在进化、翻译效率、疾病关联及计算分析方法等多维度的研究进展 | 真核生物密码子使用的许多方面仍未被探索，综述本身未提供新的实验数据 | 探讨真核生物密码子使用偏好的进化规律与功能意义 | 真核生物（真菌、植物、动物）及其细胞器基因组（线粒体和叶绿体） | 基因组学 | 遗传病, 癌症, 神经退行性疾病 | NA | 机器学习模型 | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术, 合成生物学 |
| 7 | 2026-11-02 |
A Clozapine-Responsive GPCR-Based Gene Switch for Pharmacological Control of Gene Expression in Mammalian Cells and In Vivo
2026-Apr-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27083381
PMID:42074026
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研究论文 | 本文报道了一种基于人类GPCR的氯氮平响应型基因开关，可在哺乳动物细胞和体内通过氯氮平控制转基因表达 | 利用临床已使用的氯氮平作为诱导剂，将设计型GPCR与cAMP或钙响应合成启动子偶联，实现亚纳摩尔至低纳摩尔灵敏度的模块化转录输出，并在体内通过口服或局部低剂量给药实现稳健诱导 | 摘要未明确说明系统的长期稳定性、免疫原性、脱靶效应以及在疾病模型中的治疗效果验证情况 | 开发一种临床相关的小分子药物响应型基因表达调控平台，用于哺乳动物合成生物学和细胞治疗 | 设计型GPCR、cAMP或钙响应合成启动子、海藻酸包埋的报告细胞、C57BL/6J小鼠 | 合成生物学 | NA | GPCR工程、合成启动子设计、海藻酸包埋细胞植入 | NA | NA | C57BL/6J小鼠体内实验，具体数量未在摘要中说明 | NA | 哺乳动物细胞, C57BL/6J小鼠 | 氯氮平响应型GPCR偶联cAMP或钙响应合成启动子的基因开关 | 医学, 细胞治疗 |
| 8 | 2026-10-31 |
Tunable low-rate genomic recombination with Cre-lox in Escherichia coli: a versatile tool for anoxic environmental biosensing and synthetic biology
2026-04-22, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01768-25
PMID:41870091
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研究论文 | 该文章开发了一种在大肠杆菌中可紧密调控、低速率基因组重组的Cre-lox系统，并应用于缺氧环境下的亚砷酸盐生物传感 | 开发了可滴定、低基础活性的Cre重组酶系统，实现低速率遗传记忆；构建了基于重组记忆的亚砷酸盐全细胞生物传感器，可在缺氧条件下记录暴露并在好氧条件下延迟荧光读数 | 未明确说明系统的动态范围、长期稳定性及在复杂环境样本中的性能 | 开发可调控的低速率基因组重组工具，用于环境生物传感和合成生物学应用 | 大肠杆菌（Escherichia coli）及亚砷酸盐 | 合成生物学 | NA | Cre-lox重组系统 | NA | 荧光信号 | NA | Cre-lox | 大肠杆菌 | 基于Cre重组酶的遗传记忆开关 | 环境监测，合成生物学 |
| 9 | 2026-10-24 |
RNA sensors and actuators for dynamic cellular regulation
2026-Apr-30, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2026.04.005
PMID:42067429
|
综述 | 本文综述了用于动态细胞调控的RNA传感器和致动器的最新进展 | 强调了RNA在合成细胞控制方案中的工程化应用，包括利用RNA的遗传信息编码和动态结构特性来感知多种输入并转导信号 | 未具体说明，可能缺乏对现有RNA传感器和致动器性能的系统比较和评估 | 探讨RNA传感器和致动器在动态细胞调控中的开发与应用 | RNA传感器和致动器 | 合成生物学 | NA | RNA工程 | NA | 文本 | NA | NA | NA | RNA传感器和致动器 | 医学, 工业生物技术 |
| 10 | 2026-10-24 |
Osmotic signaling governs sunscreen biosynthesis to safeguard desert cyanobacteria against desiccation
2026-Apr, mLife
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mlf2.70075
PMID:42079446
|
研究论文 | 该文揭示了沙漠蓝细菌中MAAs作为渗透保护剂抵御干燥的机制，并鉴定了介导渗透诱导的Dsp1-OrrA信号通路 | 首次发现MAAs在干燥胁迫下作为渗透保护剂的双重功能（渗透调节和抗氧化），并鉴定了Dsp1-OrrA信号通路介导渗透诱导的MAAs生物合成 | 研究仅针对一种沙漠蓝细菌，信号通路的具体分子机制（如Dsp1如何感知渗透信号）尚未完全阐明 | 探究MAAs在干燥胁迫下的功能及其诱导信号通路，理解微生物适应极端环境的机制 | 沙漠蓝细菌 | 微生物学、合成生物学 | NA | 遗传敲除、生化实验、系统发育基因组学分析 | NA | 实验数据、基因组序列 | NA | NA | 沙漠蓝细菌 | NA | 医药、工业生物技术 |
| 11 | 2026-10-21 |
Harnessing synthetic circuits to illuminate microbial electron transfer: a perspective on engineered metabolism
2026-Apr-30, Journal of microbiology & biology education
IF:1.6Q2
DOI:10.1128/jmbe.00290-25
PMID:41627025
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评论 | 本文是一篇关于利用合成基因回路增强微生物胞外电子传递的展望文章，重点评述了近期一项通过工程化微生物生产并释放氧化还原介体来提升产电性能的研究 | 将合成生物学回路设计与微生物电子传递研究相结合，并强调其作为氧化还原平衡、基因调控和代谢工程教学案例的教育价值 | 作为展望文章，未提供原始实验数据，主要基于已有研究进行评述，缺乏系统性实验验证 | 探讨合成回路如何阐明微生物电子传递机制，并推动生物电子设计与跨学科教学 | 工程化微生物及其合成的氧化还原活性代谢物（吩嗪-1-羧酸） | 合成生物学 | NA | 合成基因回路 | NA | 文本 | NA | NA | NA | 合成基因回路（用于生产并释放吩嗪-1-羧酸） | 能源，环境，医学 |
| 12 | 2026-04-15 |
The next frontier: Exploring plant hypoxia sensing and response mechanisms through synthetic biology
2026-Apr-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2606254123
PMID:41973930
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2026-10-01 |
Mechanistic Insight into Conformational Control of Enzyme Activity by Genetically Encoded Metal-Responsive Switches
2026-04-28, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.70349
PMID:42033023
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研究论文 | 通过荧光竞争实验、核磁共振和分子动力学模拟，揭示了基因编码的金属响应开关通过局部构象变化调控酶活性的机制 | 首次详细阐明了基于联吡啶丙氨酸的金属响应开关调控酶活性的分子机制，发现催化三联体附近特别是含H592环区的构象变化是活性调节的关键 | 研究仅针对Pfu POP一种酶，未在其他酶中验证机制的普适性；未涉及体内应用验证 | 探究基因编码金属响应开关调控Pfu POP酶活性的分子机制 | Pyrococcus furiosus脯氨酰寡肽酶（Pfu POP）及其突变体 | 合成生物学 | NA | 荧光竞争实验、19F NMR、分子动力学模拟 | 分子动力学模拟 | 光谱数据、模拟数据 | NA | 遗传密码扩展（联吡啶丙氨酸） | NA | 金属响应开关 | 医学、生物传感、工业生物技术 |
| 14 | 2026-10-01 |
Molecular kinetics dictate population dynamics in CRISPR-based plasmid defense
2026-Apr-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2525424123
PMID:41911458
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研究论文 | 该研究使用延时成像方法，从分子、单细胞和种群水平表征了结合质粒RP4与CRISPR-Cascade复合物的动力学，并建立了基于代理的模型来预测质粒种群动态。 | 将分子动力学、单细胞变异和空间结构整合到一个框架中，定量表征了CRISPR-Cas防御系统对质粒种群动态的影响，并成功用单细胞生物物理参数预测种群行为。 | 研究主要基于荧光标记的RP4质粒和CRISPR-Cascade复合物在特定实验条件下的观察，可能未完全反映自然环境中多样化的质粒和宿主背景。 | 理解和操纵移动遗传元件的传播，跨合成生物学、农业和医学领域具有潜在应用价值。 | 结合质粒RP4和CRISPR-Cascade复合物在细菌种群中的动态。 | 合成生物学 | NA | 延时成像、荧光标记、单细胞追踪 | 基于代理的空间分辨模型 | 图像 | NA | CRISPR-Cas | 细菌 | NA | 医学、农业、合成生物学 |
| 15 | 2026-09-30 |
Co-Immobilization of SpyTag-Cyclized Enzymes on a γPFD-SpyCatcher Hydrogel to Address Broad Specificity
2026-Apr-21, Gels (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/gels12040348
PMID:42042186
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研究论文 | 开发基于γPFD-SpyCatcher水凝胶的可编程蛋白质支架，用于SpyTag环化酶在体内共固定化，实现级联酶的空间组织，从而解决酶的宽泛底物特异性问题 | 利用自组装的γPFD-SpyCatcher水凝胶和SpyTag环化酶技术，实现级联酶在体内的共固定化和空间组织，提高催化通量定向性，并显著提升产物产量 | 未明确说明该策略在更复杂代谢途径或不同宿主中的普适性，以及长期稳定性等潜在问题 | 解决酶宽泛底物特异性导致的副反应和产物产量降低问题，提高工程化代谢途径的效率 | 具有宽泛底物特异性的级联酶（如pinene和caffeoyl-CoA合成途径中的酶） | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、自组装水凝胶、SpyTag/SpyCatcher共价连接技术 | NA | NA | NA | SpyTag/SpyCatcher | 工程化细胞（未具体说明，可能为大肠杆菌或酵母） | 基于γPFD-SpyCatcher自组装水凝胶的蛋白质支架，用于级联酶的共固定化 | 合成生物学、工业生物技术 |
| 16 | 2026-09-30 |
Metabolic Engineering of Rhodotorula toruloides for Biosynthesis of Retinal
2026-Apr-02, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof12040258
PMID:42042353
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研究论文 | 该研究通过代谢工程改造红酵母Rhodotorula toruloides，引入并优化来自不同来源的β-胡萝卜素15,15'-双加氧酶基因，以实现视网膜（retinal）的生物合成 | 在产油酵母Rhodotorula toruloides中异源表达多种来源的β-胡萝卜素15,15'-双加氧酶基因，并通过过表达IDI1、BTS1、CARRP和CARB等基因增强β-胡萝卜素积累和视网膜产量，同时优化发酵条件 | 最大视网膜浓度仅为20.38 mg/L，产量仍然较低，尚未达到工业化生产要求 | 利用代谢工程和合成生物学手段，构建能够高效合成视网膜的微生物细胞工厂 | Rhodotorula toruloides（红酵母）工程菌株 | 合成生物学, 代谢工程 | NA | 代谢工程, 合成生物学, 分批补料发酵 | NA | NA | NA | NA | Rhodotorula toruloides | 类胡萝卜素生物合成途径（过表达IDI1、BTS1、CARRP、CARB基因，异源表达β-胡萝卜素15,15'-双加氧酶） | 医药, 食品, 化妆品 |
| 17 | 2026-09-23 |
Synthetic control of implanted engineered liver tissue growth
2026-Apr-17, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adz8362
PMID:41996502
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研究论文 | 该研究提出了一种通过植入小型工程化肝脏组织并在体内诱导其生长来规避组织工程植入物规模化限制的策略 | 整合合成生物学与组织工程工具，通过YAP和生长因子信号通路的合成控制，实现植入后肝脏组织的按需扩增 | 摘要未明确提及研究的具体局限性 | 克服工程化组织植入物在临床转化中规模化的障碍，通过植入小型构建体并在体内诱导其生长来生成大型器官植入物 | 工程化人类肝脏组织 | 合成生物学，组织工程 | 器官衰竭，肝脏疾病 | 合成生物学，组织工程 | NA | NA | NA | NA | 人类细胞 | 控制YAP和生长因子信号通路的合成基因回路 | 医学 |
| 18 | 2026-09-21 |
From Design to Practice: A Comprehensive Tutorial for the Rapid Multiplex Engineering of Escherichia coli Using Antibiotic Resistance Markers
2026-Apr-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5665
PMID:42037765
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研究方法教程 | 本文提供了一套利用抗生素抗性标记对大肠杆菌进行快速多重基因组工程改造的完整教程，涵盖实验方案、序列设计和DNA构建方法 | 提供了一套系统性的重组工程教程，整合了15种抗生素抗性盒用于多重编辑，可在三周内完成10-15个基因组修饰，并包含可供商业DNA合成的序列信息 | 该方法主要适用于易于操作的微生物如大肠杆菌，当需要无疤痕修饰时不具优势，且不适用于遗传难操作微生物 | 建立一套快速、高效的多重大肠杆菌基因组工程改造方法，简化合成生物学中的遗传设计原型构建流程 | 大肠杆菌（Escherichia coli） | 合成生物学 | NA | 重组工程、双链DNA供体介导的基因编辑 | NA | DNA序列、实验方案 | NA | 重组工程 | 大肠杆菌 | NA | 合成生物学、工业生物技术 |
| 19 | 2026-09-21 |
Modular Deep Learning for Direct RNA Sequence Design via Self-Contained RNA Units
2026-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.16.719021
PMID:42039474
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研究论文 | 该文提出将复杂RNA分解为自包含RNA单元（SCRU），构建了包含超过61,000个SCRU的数据库SCRU-DB，并开发了SCRU-Seq和SCRU-Diff两种深度学习模型用于直接RNA序列设计。 | 提出将RNA数据稀缺问题归因于可及性和粒度问题，构建了超过61,000个自包含RNA单元的SCRU-DB数据库，涵盖超过8,200个独特结构簇，并通过三级接触聚类严格定义SCRU为结构自主模块；SCRU-Seq实现O(1)直接预测，SCRU-Diff达到79.2%的最佳NSR。 | 摘要中未明确提及研究的局限性。 | 解决RNA序列设计中因高分辨率3D结构稀缺导致的训练数据不足问题，实现可扩展、物理基础的多样化且结构准确的RNA序列生成。 | RNA序列及其三维结构，特别是复杂RNA分子分解后的自包含RNA单元（SCRUs）。 | 合成生物学, 机器学习 | NA | 深度学习, 图神经网络, 扩散模型, 三级接触聚类 | GNN, 扩散模型 | RNA序列, 3D结构 | 超过61,000个自包含RNA单元（SCRUs），超过8,200个独特结构簇；使用set112基准数据集进行评估 | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 20 | 2026-09-16 |
Ultrasound-Responsive Mammalian Cell Synthetic Biology
2026-Apr, IEEE transactions on ultrasonics
DOI:10.1109/TUFFC.2025.3570813
PMID:40378033
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综述 | 本文综述了超声响应哺乳动物细胞合成生物学领域的最新进展，重点介绍了声遗传学技术、声学造影剂以及超声引导细胞控制的应用与挑战 | 系统总结了超声与基因工程效应器耦合的声遗传学技术，强调了微泡和气囊等声学造影剂在改善超声机械效应方面的创新，并提出了该领域标准化和机制理解等未来方向 | 参数标准化尚未建立，对潜在机制的理解仍不充分 | 综述超声响应哺乳动物细胞合成生物学的最新进展与挑战，并展望超声引导细胞控制的未来方向 | 哺乳动物细胞、超声响应基因工程效应器、声学造影剂（微泡和气囊） | 合成生物学 | NA | 超声（US）、声遗传学、光遗传学 | NA | 文本 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |