合成生物学相关文章
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当前共找到 3795 篇文献，本页显示第 2161 - 2180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2161 | 2024-09-07 |
Stimuli-responsive vesicles as distributed artificial organelles for bacterial activation
2022-10-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2206563119
PMID:36223394
|
研究论文 | 本文报道了两种基于远程控制的囊泡型人工细胞器，能够将物理输入转化为化学信号，从而激活细菌 | 本文提出了一种分布式方法，通过人工细胞而非细菌细胞本身来设计刺激响应性细菌，与现有方法不同 | NA | 研究人工细胞与活细胞之间的通信，探索其在生物医学和生物技术中的应用 | 刺激响应性囊泡型人工细胞器及其对细菌的激活作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2162 | 2024-09-07 |
Genetically engineered bacterium: Principles, practices, and prospects
2022, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2022.997587
PMID:36312915
|
综述 | 本文综述了基因工程细菌（GEB）的发展及其在疾病管理中的应用 | 介绍了GEB在疾病治疗中的创新应用，如作为肠道或其他组织中的小型“机器工厂”，持续产生异源蛋白质或分子化合物，用于诊断或治疗疾病 | GEB在实际应用中的实施仍然是一个重大挑战，尤其是在初期阶段 | 探讨GEB在疾病管理中的应用及其潜在的临床前景 | 基因工程细菌及其在癌症和代谢疾病治疗中的应用 | NA | 癌症, 代谢疾病 | 合成生物学, 微生物遗传技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2163 | 2024-09-06 |
Optimizing Promoters and Subcellular Localization for Constitutive Transgene Expression in Marchantia polymorpha
2024-Sep-03, Plant & cell physiology
DOI:10.1093/pcp/pcae063
PMID:38822700
|
研究论文 | 研究优化了苔藓植物Marchantia polymorpha中的启动子和亚细胞定位，以实现持续的转基因表达 | 发现了新的启动子，这些启动子在所有组织中都能驱动高水平的基因表达，且不会对生长造成负担，并证明了细胞质是异源蛋白表达的最佳亚细胞定位 | NA | 优化Marchantia polymorpha中的启动子和亚细胞定位，以实现持续的转基因表达 | Marchantia polymorpha中的启动子和亚细胞定位 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2164 | 2024-09-06 |
Zero-shot prediction of mutation effects with multimodal deep representation learning guides protein engineering
2024-Sep, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-024-00989-2
PMID:38969803
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ProMEP的多模态深度表示学习方法，用于零样本预测蛋白质突变效应，并指导蛋白质工程 | ProMEP通过多模态深度学习模型，从约1.6亿个蛋白质中全面学习序列和结构上下文，实现了突变效应的零样本预测，显著提高了预测速度和准确性 | NA | 开发一种能够准确预测蛋白质突变效应并指导蛋白质工程的方法 | 蛋白质突变效应的预测和基因编辑酶TnpB和TadA的工程化 | 生物信息学 | NA | 多模态深度表示学习 | 多模态深度学习模型 | 蛋白质序列和结构数据 | 约1.6亿个蛋白质 | NA | NA | NA | NA |
| 2165 | 2024-09-06 |
Cell reprogramming design by transfer learning of functional transcriptional networks
2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2312942121
PMID:38437548
|
研究论文 | 本文开发了一种基于转录组数据的迁移学习方法，用于控制细胞行为，并生成可转移到特定重编程目标的网络动力学模型 | 通过预训练的适应性模型，创新性地改进了现有方法，能够针对特定的重编程转换进行调整 | 需要进一步验证和优化以应对复杂的细胞网络和组合干预的挑战 | 利用合成生物学、下一代测序和机器学习的最新进展，合理设计基于基因扰动和药物反应的新疾病治疗方法 | 人类细胞命运相关的转录组数据，以及微阵列和RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 下一代测序 (NGS), RNA测序 (RNA-seq) | 迁移学习模型 | 转录组数据 | 超过9,000个微阵列数据和超过10,000个RNA测序数据，涵盖54种细胞类型和227种独特扰动 | NA | NA | NA | NA |
| 2166 | 2024-09-06 |
Assembly of plant virus agroinfectious clones using biological material or DNA synthesis
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101716
PMID:36149792
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研究论文 | 本文描述了利用生物材料或DNA合成技术组装植物病毒感染性克隆的流程 | 本文结合了合成生物学进展，详细介绍了基于同源重组的生物材料克隆和使用IIS型限制酶及化学合成DNA片段的SynViP组装方法 | NA | 开发和优化植物病毒感染性克隆的组装技术 | 植物病毒感染性克隆的组装 | NA | NA | 同源重组克隆、IIS型限制酶、化学合成DNA片段 | NA | DNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2167 | 2024-09-06 |
Glycosyltransferase engineering and multi-glycosylation routes development facilitating synthesis of high-intensity sweetener mogrosides
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105222
PMID:36248741
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研究论文 | 本文报道了通过UDP-糖基转移酶（UGTs）工程和多糖基化途径开发，成功合成高强度甜味剂罗汉果苷V | 通过活性序列保守分析工程策略，将分支糖基化的催化效率提高了74-400倍，并提供了区域和键可控的多糖基化途径 | NA | 解决罗汉果苷V生物合成中多糖基化过程低效和不稳定的问题 | 罗汉果苷V的生物合成 | 代谢工程 | NA | UDP-糖基转移酶（UGTs）工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2168 | 2024-09-06 |
Heterologous Assembly of the Type VI Secretion System Empowers Laboratory Escherichia coli with Antimicrobial and Cell Penetration Capabilities
2022-10-11, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01305-22
PMID:36154120
|
研究论文 | 本文通过异源组装Aeromonas dhakensis的T6SS系统，赋予实验室常用的大肠杆菌BL21(DE3)抗菌和细胞穿透能力 | 首次在非致病性宿主大肠杆菌中成功组装并展示了T6SS系统的功能，实现了蛋白质从细胞质到细胞质的传递 | T6SS系统的复杂结构和基因调控使其在非致病性宿主中的重建并非易事 | 研究T6SS系统在非致病性宿主中的组装及其功能 | Aeromonas dhakensis的T6SS系统和大肠杆菌BL21(DE3) | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜和生化分析 | NA | NA | 一系列携带T6SS结构和效应基因的质粒(pT6S) | NA | NA | NA | NA |
| 2169 | 2024-09-06 |
DNA-assisted selective electrofusion (DASE) of Escherichia coli and giant lipid vesicles
2022-Oct-06, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d2nr03105a
PMID:36129323
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DNA辅助选择性电融合（DASE）的新技术，用于实现大肠杆菌和巨型脂质囊泡的选择性融合 | DASE技术结合了标准电融合的高效性和融合纳米结构的选择性，通过膜锚定的DNA结构将目标物体聚集在一起，并通过电脉冲触发其融合 | NA | 开发一种新的方法来实现细胞和脂质囊泡的选择性融合 | 大肠杆菌和巨型脂质囊泡 | 合成生物学 | NA | 电融合 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2170 | 2024-09-06 |
From peptides to proteins: coiled-coil tetramers to single-chain 4-helix bundles
2022-Oct-05, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d2sc04479j
PMID:36320580
|
研究论文 | 本文探讨了从肽到蛋白质的设计，特别是从卷曲螺旋四聚体到单链4-螺旋束的设计规则 | 本文通过分析已知的反平行4-螺旋卷曲螺旋结构，推导出设计规则，并应用于合成肽的理性设计，最终形成单链4-螺旋束蛋白质 | 尽管本文提出了设计规则，但蛋白质折叠、组装和稳定的序列-结构关系仍不完全清楚 | 确定设计反平行4-螺旋束的通用和稳健的序列背景 | 反平行4-螺旋束蛋白质的设计规则 | 蛋白质设计 | NA | X射线晶体学 | NA | 蛋白质结构 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2171 | 2024-09-06 |
Engineering functional thermostable proteins using ancestral sequence reconstruction
2022-10, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2022.102435
PMID:36041629
|
综述 | 本文综述了利用祖先序列重建工程化功能性耐热蛋白质的方法及其在工业化学、医学和合成生物学中的应用 | 利用生物信息学工具和序列数据，通过祖先序列重建生成高度稳定的折叠结构，为工业化学、医学和合成生物学中的新应用提供了可能性 | 理性设计方法需要结构信息，而即使使用先进的计算方法，也难以精确预测或参数化所有相关的结构因素 | 探讨通过祖先序列重建推断耐热蛋白质的成功因素及其对蛋白质稳定性决定因素的揭示 | 耐热蛋白质的工程化及其在工业、医学和合成生物学中的应用 | 生物工程 | NA | 祖先序列重建 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2172 | 2024-09-06 |
In vivo self-assembled siRNA as a modality for combination therapy of ulcerative colitis
2022-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33436-0
PMID:36171212
|
研究论文 | 开发了一种合成生物学策略，利用小细胞外囊泡的自然循环系统与人工基因电路结合，使雄性小鼠肝脏自我组装多种siRNA并将其通过循环小细胞外囊泡进行体内递送，用于溃疡性结肠炎的联合治疗 | 首次利用小细胞外囊泡进行siRNA的体内递送，实现溃疡性结肠炎的多靶点联合治疗 | 仅在雄性小鼠模型中进行了验证，尚未在人类中进行临床试验 | 开发一种新的联合治疗策略，用于治疗溃疡性结肠炎 | 雄性小鼠的溃疡性结肠炎模型 | 合成生物学 | 溃疡性结肠炎 | siRNA递送 | NA | 基因表达数据 | 雄性小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 2173 | 2024-09-06 |
Discrimination of RNA fiber structures using solid-state nanopores
2022-May-16, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d1nr08002d
PMID:35441627
|
研究论文 | 本文利用固态纳米孔实验和布朗动力学模拟来表征和区分具有不同分支程度的RNA纤维结构 | 本文首次利用固态纳米孔技术来区分不同分支程度的RNA纤维结构，并发现分支更多的纤维在离子电流阻断方面表现出更长和更深的特征 | 本文仅在20-60°C的温度范围内进行了实验，未探讨更高或更低温度下的影响 | 开发新的实验工具来表征和区分不同RNA纤维结构 | 具有不同分支程度的RNA纤维结构 | 纳米生物技术 | NA | 固态纳米孔技术 | 布朗动力学模拟 | 离子电流阻断数据 | 多种RNA纤维结构 | NA | NA | NA | NA |
| 2174 | 2024-09-06 |
Catalysts for the Enzymatic Lipidation of Peptides
2022-05-03, Accounts of chemical research
IF:16.4Q1
DOI:10.1021/acs.accounts.2c00108
PMID:35442036
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综述 | 本文综述了F家族肽类前体转移酶在生物活性肽类药物中的应用及其结构功能特性 | 发现了不同类别的前体转移酶，具有多样化的受体残基特异性，扩展了酶促前体化肽底物的生物合成工具箱 | NA | 探讨F家族肽类前体转移酶的生物化学、结构功能和化学特性，以及其在合成生物学中的应用潜力 | F家族肽类前体转移酶及其在生物活性肽类药物中的应用 | 生物化学 | NA | 晶体结构分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2175 | 2024-09-05 |
Engineering artificial cross-species promoters with different transcriptional strengths
2025, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.08.003
PMID:39224149
|
research paper | 本研究通过分析和验证自然内源启动子的基本结构，并通过策略性整合和合理修改启动子基序，开发了一系列在五种菌株（原核和真核）中具有转录活性的跨物种启动子 | 本研究提出了一种新的策略，即组合使用原核和真核启动子的关键元素，为未来的启动子工程提供了新的见解和方法 | NA | 扩大合成生物学启动子工具包的通用性，确保在各种微生物底盘细胞中的适应性和定制化 | 跨物种启动子的开发和验证 | synthetic biology | NA | NA | NA | NA | 五种菌株（原核和真核） | NA | NA | NA | NA |
| 2176 | 2024-09-05 |
Single-molecule force spectroscopy of toehold-mediated strand displacement
2024-Aug-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51813-9
PMID:39217165
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研究论文 | 本文利用单分子力谱技术结合微流控增强的光阱和粗粒度模拟，研究了基于脚手架介导的链置换（TMSD）的动态DNA纳米技术中的单分子水平动力学。 | 首次在单分子水平上实时观察和调控TMSD过程，并分析了DNA和RNA入侵的动力学差异。 | NA | 探索脚手架介导的链置换过程在单分子水平上的动力学特性。 | DNA和RNA的链置换过程。 | DNA纳米技术 | NA | 单分子力谱技术 | NA | NA | 数千次正反入侵事件 | NA | NA | NA | NA |
| 2177 | 2024-09-05 |
Efficient assembly of long DNA fragments and multiple genes with improved nickase-based cloning and Cre/loxP recombination
2022-10, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13882
PMID:35767383
|
研究论文 | 本文开发了一种基于独特核苷酸序列引导的核酸内切酶（UNiE）介导的DNA组装（UNiEDA）策略，用于高效克隆长DNA片段和多基因堆叠 | UNiEDA方法简化了DNA组装过程，提高了效率，降低了成本 | NA | 开发高效工具以满足功能基因组学、合成生物学和代谢工程中对长DNA片段或多基因构建体的需求 | 长DNA片段和多基因构建体的克隆与组装 | 合成生物学 | NA | 核酸内切酶（nickases）和Cre/loxP重组 | NA | DNA序列 | 涉及野生烟草（Nicotiana benthamiana）和转基因水稻（Oryza sativa）的生物合成验证 | NA | NA | NA | NA |
| 2178 | 2024-09-05 |
Implanted synthetic cells trigger tissue angiogenesis through de novo production of recombinant growth factors
2022-09-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2207525119
PMID:36095208
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研究论文 | 研究报告了通过基因编码产生促血管生成因子的合成细胞（SCs）在小鼠体内触发新生血管化的生理过程 | 利用合成细胞自主生产生物药物，激活体内生理过程，为治疗提供新平台 | NA | 探索合成细胞在医学领域的应用，特别是其在促进组织血管化方面的潜力 | 合成细胞及其在促进小鼠新生血管化中的作用 | 合成生物学 | NA | 合成细胞技术 | NA | 蛋白质 | 小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 2179 | 2024-09-05 |
A Framework for the Systematic Selection of Biosensor Chassis for Environmental Synthetic Biology
2022-09-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00079
PMID:35961652
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研究论文 | 本文提出了一种概念框架，用于系统选择环境合成生物学中的生物传感器底盘 | 本文识别了底盘开发的生态、代谢和遗传限制，并提出了一个系统选择环境生物传感器底盘的概念框架 | 模型底盘生物在环境条件下的持久性较差，而适应环境的非模型生物则面临遗传不可操作性和部件不可用等挑战 | 旨在为环境合成生物学中的生物传感器底盘选择提供一个前进的方向 | 环境合成生物学中的生物传感器底盘 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2180 | 2024-09-05 |
Method for reproducible automated bacterial cell culture and measurement
2022, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysac013
PMID:36101862
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研究论文 | 本文介绍了一种使用实验室自动化系统进行可重复微生物培养的方法 | 该方法包括自动液体处理、自动板密封和解封、自动培养和生长测量 | NA | 旨在提高微生物细胞培养的可重复性 | 微生物细胞培养 | 合成生物学 | NA | 实验室自动化系统 | NA | 实验数据 | 150次自动微生物生长实验 | NA | NA | NA | NA |