合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2301	2024-08-07	Fine-Tuning Cas9 Activity with a Cognate Inhibitor AcrIIA4 to Improve Genome Editing in Streptomyces 2021-Nov-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00141 PMID:34734710	研究论文	本文通过引入Cas9同源抑制剂AcrIIA4来微调Cas9活性，以提高链霉菌中的基因组编辑效率	引入Cas9同源抑制剂AcrIIA4，显著提高了基因组编辑的效率和特异性	未提及具体限制	提高链霉菌中基因组编辑的效率	链霉菌中的基因组编辑	基因编辑	NA	CRISPR-Cas9系统	NA	基因组数据	实验室和工业物种
2302	2024-08-07	Type II anti-CRISPR proteins as a new tool for synthetic biology 2021-Aug, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2020.1827803 PMID:32991234	research paper	本文讨论了II型反CRISPR蛋白的发现、抑制机制及其在基因编辑和基因转录调控中的应用	介绍了II型反CRISPR蛋白作为合成生物学新工具的潜力	NA	探讨II型反CRISPR蛋白的发现、机制及应用	II型反CRISPR蛋白及其在基因编辑和转录调控中的应用	合成生物学	NA	CRISPR-Cas系统	NA	NA	NA
2303	2024-08-07	GTR 2.0: gRNA-tRNA Array and Cas9-NG Based Genome Disruption and Single-Nucleotide Conversion in Saccharomyces cerevisiae 2021-Jun-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00560 PMID:34015926	研究论文	本文介绍了GTR 2.0工具，该工具结合gRNA-tRNA阵列和SpCas9-NG，用于高效基因组破坏和单核苷酸转换	GTR 2.0扩展了目标范围，提高了多重化能力，增强了突变效率和特异性，并优化了PAMs的需求	NA	开发一种高效的基因组破坏和单核苷酸转换工具，以促进基因疗法、基础生物学研究和合成生物学的发展	酵母细胞中的基因破坏和单核苷酸转换	合成生物学	NA	CRISPR/Cas系统	NA	基因组数据	覆盖所有16种可能的NGN PAMs和所有12种可能的单核苷酸转换
2304	2024-08-07	CRISPR screens in plants: approaches, guidelines, and future prospects 2021-May-31, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koab099 PMID:33823021	review	本文讨论了在植物中建立CRISPR筛选的一般概念、工具和工作流程，并分析了近期使用该策略生成突变敲除集合或多样化DNA序列的报告	探讨了CRISPR筛选在高度重复的植物基因组中研究冗余基因功能的独特多重能力，并讨论了如何结合这一方法与过去二十年生成的众多基因组轮廓，以更深入地解析植物基因组	CRISPR筛选在植物中的应用仍处于初级阶段，存在设计和实施上的挑战	探讨CRISPR筛选在植物基因组工程中的应用及其未来前景	植物基因组中的基因功能和调控网络	基因组工程	NA	CRISPR	NA	基因组数据	NA
2305	2024-08-07	High-Performance Allosteric Conditional Guide RNAs for Mammalian Cell-Selective Regulation of CRISPR/Cas 2021-May-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00037 PMID:33930275	研究论文	本文介绍了一种高性能的变构条件性引导RNA（cgRNA），用于在哺乳动物细胞中选择性调控CRISPR/Cas功能	开发了变构cgRNA机制，允许独立设计目标和触发序列，提供了选择调控目标和范围的灵活性	NA	旨在为哺乳动物细胞设计高性能的变构cgRNA机制，追求ON → OFF和OFF → ON逻辑	变构条件性引导RNA（cgRNA）及其在哺乳动物细胞中的应用	RNA纳米技术	NA	NUPACK	NA	RNA	在HEK 293T细胞中进行了实验，包括四个ON → OFF '终止开关' cgRNA和三个OFF → ON '分裂终止开关' cgRNA的库
2306	2024-08-07	Expanding the Potential of Mammalian Genome Engineering via Targeted DNA Integration 2021-Mar-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00576 PMID:33596056	综述	本文综述了通过CRISPR/Cas9系统和位点特异性重组酶在哺乳动物细胞中进行靶向DNA插入的两种不同机制	强调了位点特异性重组酶在靶向DNA插入方面的优势，特别是可编程重组酶的最新发展	CRISPR/Cas9系统依赖于线性化DNA供体和细胞内修复途径，存在插入尺寸小和编辑结果不理想等局限	探讨如何通过蛋白质工程进一步扩展哺乳动物细胞中靶向DNA插入的工具箱	CRISPR/Cas9系统和位点特异性重组酶在哺乳动物细胞中的应用	基因工程	NA	CRISPR/Cas9, 位点特异性重组酶	NA	DNA序列	NA
2307	2024-08-07	Prime Editing Guide RNA Design Automation Using PINE-CONE 2021-Feb-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00445 PMID:33464043	研究论文	本文介绍了一种名为PINE-CONE的软件工具，用于自动化设计prime editing guide RNA（pegRNA），以提高prime editing技术的应用效率	PINE-CONE能够实现pegRNA的高通量自动化设计，简化了prime editing策略的实施流程	NA	开发一种工具以加速prime editing技术在合成生物学和生物医学研究中的应用	prime editing guide RNA（pegRNA）的设计与应用	合成生物学	阿尔茨海默病	prime editing	NA	DNA序列	一个针对阿尔茨海默病单核苷酸多态性（SNPs）的pegRNA库
2308	2024-08-07	Development of a CRISPR/Cpf1 system for targeted gene disruption in Aspergillus aculeatus TBRC 277 2021-Feb-11, BMC biotechnology IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12896-021-00669-8 PMID:33573639	研究论文	本研究开发了一种基于AMA1的单CRISPR/Cpf1表达载体，用于在Aspergillus aculeatus TBRC 277中靶向破坏pyrG基因	首次报道了在A. aculeatus TBRC 277物种中使用FnCpf1作为替代的II类（V型）核酸酶	NA	探索CRISPR/Cpf1技术在丝状真菌中的应用，以促进菌株改良和功能基因组学研究	Aspergillus aculeatus TBRC 277中的pyrG基因	生物技术	NA	CRISPR/Cpf1	NA	DNA	三种不同的引导crRNAs
2309	2024-08-07	Guide RNA Design for Genome-Wide CRISPR Screens in Yarrowia lipolytica 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1414-3_8 PMID:33847986	研究论文	本文介绍了在工业相关的油质酵母Yarrowia lipolytica中进行全基因组CRISPR筛选的引导RNA设计方法	提出了针对CRISPR-Cpf1和CRISPR-Cas9系统的全基因组引导RNA设计算法	NA	开发用于非模式生物中全基因组CRISPR筛选的引导RNA设计策略	Yarrowia lipolytica酵母的全基因组	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9, CRISPR-Cpf1	NA	基因组数据	NA
2310	2024-08-07	CRISPR Interference and Activation to Modulate Transcription in Yarrowia lipolytica 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1414-3_6 PMID:33847984	研究论文	本文介绍了在非传统酵母Yarrowia lipolytica中使用CRISPR干扰（CRISPRi）和CRISPR激活（CRISPRa）系统来调节内源基因转录的方法	开发了CRISPRi和CRISPRa系统，以实现对Y. lipolytica中基因表达的更精细控制	NA	提高在Y. lipolytica中控制基因表达的能力，以促进更先进的合成生物学和代谢工程研究	Yarrowia lipolytica中的基因表达调控	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9系统	CRISPRi和CRISPRa	基因表达数据	NA
2311	2024-08-07	Current understanding of the cyanobacterial CRISPR-Cas systems and development of the synthetic CRISPR-Cas systems for cyanobacteria 2020-Oct, Enzyme and microbial technology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109619 PMID:32912679	研究论文	本文描述了自然和合成CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用，旨在理解蓝细菌基因组和进行代谢工程应用	成功建立了CRISPR-Cas9和-Cas12a在蓝细菌中的应用，无需选择标记即可删除目标基因，并使用失活的Cas9和Cas12a抑制基因进行代谢工程	NA	探索CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用，以促进生物CO利用和代谢工程	蓝细菌的自然和合成CRISPR-Cas系统	合成生物学	NA	CRISPR-Cas系统	CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a	基因组	NA
2312	2024-08-07	Construction of wild-type Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682 auxotrophic mutants using dual CRISPR/Cas9 strategy for novel biotechnological approaches 2020-Oct, Enzyme and microbial technology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109621 PMID:32912681	研究论文	本研究利用双CRISPR/Cas9策略构建了Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体，并验证了其在β-胡萝卜素合成中的应用潜力	首次使用双切割CRISPR/Cas9系统在基因组信息不可用的野生型Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682中构建不可逆营养缺陷突变体	突变体的干扰效率范围为5%至28%，仍有提升空间	通过合成生物学方法改进Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682在生物转化过程中的应用	Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体及其在β-胡萝卜素合成中的应用	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9	NA	基因组	多个突变体和对照组
2313	2024-08-07	Guide RNA Engineering Enables Dual Purpose CRISPR-Cpf1 for Simultaneous Gene Editing and Gene Regulation in Yarrowia lipolytica 2020-Apr-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.9b00498 PMID:32208677	研究论文	本文介绍了一种双功能CRISPR-Cpf1系统，能够在Yarrowia lipolytica中同时进行基因编辑和基因调控	通过将guide RNA的间隔区长度截短至16 nt，抑制了核酸酶活性但保留了与目标位点的结合能力，从而实现了基因激活和抑制	NA	开发一种多功能的基因编辑工具，用于快速菌株生成	Yarrowia lipolytica酵母	生物技术	NA	CRISPR-Cpf1	NA	基因表达数据	NA
2314	2024-08-07	An expanded CRISPRi toolbox for tunable control of gene expression in Pseudomonas putida 2020-Mar, Microbial biotechnology IF:4.8Q1 DOI:10.1111/1751-7915.13533 PMID:32045111	research paper	本文介绍了一种单质粒CRISPR干扰（CRISPRi）系统，该系统在诱导性XylS/P表达系统控制下表达无核酸酶活性的cas9基因，并可选择性地表达组成型引导RNA（sgRNA或crRNA和tracrRNA），用于在Pseudomonas putida中可调节地控制基因表达。	该系统能够实现对染色体表达基因的荧光蛋白编码基因的调节性、紧密控制抑制（高达90%），并能抑制必需基因pyrF和ftsZ的表达，从而显著降低生长速率或引起形态变化。	NA	开发一种高效的、目标性的和可控的基因表达调控工具，以扩展Pseudomonas putida在工业和环境应用中的合成生物学和代谢工程方法。	Pseudomonas putida中的基因表达调控。	synthetic biology	NA	CRISPRi	NA	基因表达	NA
2315	2024-08-07	Tunable Repression of Key Photosynthetic Processes Using Cas12a CRISPR Interference in the Fast-Growing Cyanobacterium Synechococcus sp. UTEX 2973 2020-Jan-17, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.9b00417 PMID:31829621	研究论文	本文描述了一种可调节的dCas12a（dCpf1）CRISPRi系统，并将其应用于快速生长的蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973中抑制关键光合作用过程	开发了一种新的合成生物学工具，即可调节的dCas12a CRISPRi系统，用于精确调控蓝细菌中的基因表达	NA	研究蓝细菌作为模型生物和生产平台的关键光合作用过程	蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973中的光合作用过程	合成生物学	NA	CRISPR干扰（CRISPRi）	dCas12a（dCpf1）	基因表达数据	蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973
2316	2024-08-07	Engineering Cellular Signal Sensors based on CRISPR-sgRNA Reconstruction Approaches 2020, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.42299 PMID:32210731	review	本文总结了基于CRISPR-sgRNA重构方法构建细胞信号传感器的优缺点及重新编程细胞信号网络的可能途径	提出了如何进一步改进基于sgRNA-riboswitch的信号传感器设计	控制CRISPR系统的基因编辑活性仍是一个挑战	促进环境检测、疾病诊断和基因治疗等领域的发展	CRISPR系统在细胞信号传感器中的应用	生物技术	NA	CRISPR-sgRNA	NA	NA	NA
2317	2024-08-07	Combined genome editing and transcriptional repression for metabolic pathway engineering in Corynebacterium glutamicum using a catalytically active Cas12a 2019-Nov, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-019-10118-4 PMID:31583448	研究论文	本文设计了一种结合基因组编辑和转录抑制的双功能CRISPR系统（RE-CRISPR），使用具有催化活性的Cas12a在谷氨酸棒杆菌中进行代谢途径工程	开发了一种新的RE-CRISPR系统，能够同时实现基因组编辑和转录抑制，提高了代谢产物的生产效率	NA	设计一种能够在谷氨酸棒杆菌中同时进行基因组编辑和转录抑制的新工具，以优化代谢途径	谷氨酸棒杆菌的代谢和调控基因	合成生物学	NA	CRISPR/Cas12a	NA	基因组数据	NA
2318	2024-08-07	Simultaneous repression of multiple bacterial genes using nonrepetitive extra-long sgRNA arrays 2019-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0286-9 PMID:31591552	研究论文	本文通过使用非重复超长sgRNA阵列（ELSAs）同时抑制多个细菌基因，解决了CRISPR干扰中多sgRNA共表达引起的遗传不稳定性和表型丧失问题。	开发了非重复超长sgRNA阵列（ELSAs），通过结合非重复遗传部件和算法规则设计，实现了对多个基因的同时稳定调控。	NA	实现对多个细菌基因的同时稳定调控，以应用于代谢工程和合成生物学。	细菌基因的调控和细菌表型的工程化。	合成生物学	NA	CRISPR干扰	NA	DNA序列	22个sgRNAs，28个sgRNA handles
2319	2024-08-07	Establishment and application of a CRISPR-Cas12a assisted genome-editing system in Zymomonas mobilis 2019-Oct-03, Microbial cell factories IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12934-019-1219-5 PMID:31581942	research paper	本研究在Zymomonas mobilis中建立了基于CRISPR-Cas12a的基因编辑系统，并展示了其在质粒清除、基因删除和插入以及核苷酸替换等方面的应用	首次在Zymomonas mobilis中应用CRISPR-Cas12a系统，实现了高效的基因编辑和代谢工程	NA	开发一种高效便捷的基因编辑工具，加速Zymomonas mobilis的基因组研究和菌株改良	Zymomonas mobilis菌株及其基因组	synthetic biology	NA	CRISPR-Cas12a	NA	DNA	涉及Zymomonas mobilis ZM4菌株及其原生质粒
2320	2024-08-07	Engineered CRISPRa enables programmable eukaryote-like gene activation in bacteria 2019-Aug-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11479-0 PMID:31451697	研究论文	本文报道了一种基于σ依赖型启动子的类真核细菌CRISPR激活（CRISPRa）系统，支持长距离和多输入调控	该系统在非模式细菌中激活σ依赖型启动子，支持正交基因调控，并能与dxCas9结合扩展DNA靶向灵活性	NA	开发一种新型的CRISPR激活系统，以提高基因表达调控的灵活性和效率	细菌中的基因表达调控	合成生物学	NA	CRISPR/Cas	NA	NA	NA