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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2441 | 2024-08-07 |
A library of synthetic transcription activator-like effector-activated promoters for coordinated orthogonal gene expression in plants
2015-May, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.12843
PMID:25846505
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研究论文 | 构建了一个包含单个设计转录激活因子样效应物(dTALE)结合位点的合成启动子库,并在烟草中进行了瞬时表达测试 | 开发了一种简单的启动子结构,具有广泛的应用潜力,特别是在植物合成生物学和代谢工程中 | NA | 展示这些启动子在植物代谢工程中的应用 | 合成启动子库及其在植物中的基因表达调控 | 合成生物学 | NA | 瞬时表达分析 | NA | DNA序列 | 43个启动子在烟草中进行了测试 |
2442 | 2024-08-07 |
Strategy of tuning gene expression ratio in prokaryotic cell from perspective of noise and correlation
2015-Jan-21, Journal of theoretical biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.jtbi.2014.11.002
PMID:25446713
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研究论文 | 研究在原核细胞中通过调节转录或翻译水平来调整双顺反子操纵子中基因表达噪声和相关性的策略 | 首次分析了在不同类型启动子驱动下,通过转录终止或改变翻译速率调整基因表达噪声和相关性的效果 | NA | 探讨操纵子结构与基因网络生物功能之间的关系,并为合成生物学设计提供参考 | 原核细胞中的基因表达噪声和相关性 | 生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2443 | 2024-08-07 |
Using Spinach aptamer to correlate mRNA and protein levels in Escherichia coli
2015, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2014.10.047
PMID:25605386
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研究论文 | 本文探讨了利用Spinach适配体和mRFP1红色荧光蛋白在活细胞成像和流式细胞术中同时测量大肠杆菌中的mRNA和蛋白质水平 | 引入Spinach适配体作为GFP的RNA模拟物,与mRFP1共同表达,实现mRNA和蛋白质的平行体内测量 | NA | 开发一种工具,用于合成生物学等领域中启动子和核糖体结合位点的表征 | 大肠杆菌中的mRNA和蛋白质水平 | 合成生物学 | NA | 活细胞成像、流式细胞术 | NA | 荧光信号 | 不同构建物中的大肠杆菌细胞 |
2444 | 2024-08-07 |
A golden gate modular cloning toolbox for plants
2014-Nov-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/sb4001504
PMID:24933124
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研究论文 | 本文介绍了一种用于植物的Golden Gate模块化克隆工具箱,包含一组克隆载体和96个标准化部件,以促进多基因构建体的Golden Gate组装。 | 提供了适用于植物生物学家的多功能资源,包括一组克隆载体和标准化部件,以实现多基因构建体的Golden Gate组装。 | NA | 开发一种适用于植物合成生物学的强大且高效的多基因构建体组装方法。 | 植物合成生物学中的多基因构建体组装。 | NA | NA | Golden Gate克隆 | NA | NA | 96个标准化部件 |
2445 | 2024-08-07 |
Plant Science. Plant synthetic biology takes root
2014-Oct-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.1261140
PMID:25301601
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2446 | 2024-08-07 |
A red light-controlled synthetic gene expression switch for plant systems
2014-Jul, Molecular bioSystems
DOI:10.1039/c3mb70579j
PMID:24469598
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研究论文 | 本文介绍了一种基于植物光敏色素B及其相互作用因子PIF6的分裂转录因子,用于在植物系统中实现光控基因表达的合成生物学系统 | 首次开发了一种光诱导的合成系统,用于在植物中精确控制基因表达,具有高度的时空分辨率 | NA | 开发一种新的光控基因表达系统,以实现对植物细胞过程的全面分析 | 植物细胞中的基因表达控制 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | 分裂转录因子 | NA | 在烟草原生质体中进行了瞬时试验 |
2447 | 2024-08-07 |
Synthetic biology platform of CoryneBrick vectors for gene expression in Corynebacterium glutamicum and its application to xylose utilization
2014-Jul, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-014-5714-7
PMID:24706215
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CoryneBrick的合成生物学平台,用于在谷氨酸棒杆菌中进行基因表达,并展示了其在木糖利用中的应用 | CoryneBrick平台是一套可与BglBrick标准部件互换的E. coli-C. glutamicum穿梭载体,为谷氨酸棒杆菌提供了一种新的合成生物学工具 | NA | 建立和验证一种新的合成生物学平台,用于谷氨酸棒杆菌中的基因表达 | 谷氨酸棒杆菌中的基因表达和木糖利用 | 合成生物学 | NA | BglBrick克隆方法 | NA | 基因表达数据 | 使用1%木糖作为唯一碳源时,木糖摄取速率为3.35 mmol/gDW/h |
2448 | 2024-08-07 |
Biochemical characterization of the castor bean ent-kaurene synthase(-like) family supports quantum chemical view of diterpene cyclization
2014-Jul, Phytochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.phytochem.2014.04.005
PMID:24810014
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法对蓖麻豆中的四种ent-kaurene合成酶(like)酶进行了生化特性分析,以探索labdane相关二萜(LRD)的生物合成机制 | 本文通过合成生物学方法成功鉴定了蓖麻豆中的四种ent-kaurene合成酶(like)酶,并验证了量子化学计算提出的独特二萜合成酶反应机制 | 研究依赖于准确的基因序列,且需要纠正预测基因中的“剪接”错误 | 探索植物中labdane相关二萜(LRD)的生物合成机制 | 蓖麻豆中的四种ent-kaurene合成酶(like)酶 | 生物化学 | NA | 合成生物学 | NA | 基因序列 | 四种ent-kaurene合成酶(like)酶 |
2449 | 2024-08-07 |
Proof by synthesis of Tobacco mosaic virus
2014-Apr-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/gb-2014-15-5-r67
PMID:24887356
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法,从化学物质中人工合成烟草花叶病毒(TMV)的DNA分子,并构建病毒嵌合体 | 首次报道了植物病毒的化学合成和人工组装,纠正了TMV参考基因组序列中的长期错误,并揭示了非自然杂交病毒蛋白可以意外地改变症状 | NA | 合成烟草花叶病毒的DNA分子并构建病毒嵌合体 | 烟草花叶病毒(TMV)及其嵌合体 | 合成生物学 | NA | 酶促合成 | NA | DNA序列 | NA |
2450 | 2024-08-07 |
The seco-iridoid pathway from Catharanthus roseus
2014-Apr-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms4606
PMID:24710322
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研究论文 | 本文报道了(seco)iridoid生物合成途径中最后四个缺失步骤的发现,并通过在替代植物宿主中表达相关基因,实现了复杂MIA strictosidine的异源生产。 | 发现了(seco)iridoid生物合成途径中最后四个缺失步骤,并通过合成生物学方法在替代植物宿主中成功表达了相关基因,实现了strictosidine的异源生产。 | NA | 探索并完善(seco)iridoid生物合成途径,以实现其可持续的生物技术生产。 | (seco)iridoids及其衍生物的生物合成途径 | 生物技术 | 癌症 | 基因表达 | NA | 基因序列 | NA |
2451 | 2024-08-07 |
Design and construction of multigenic constructs for plant biotechnology using the GoldenBraid cloning strategy
2014, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-62703-764-8_10
PMID:24395362
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研究论文 | 本文介绍了GoldenBraid(GB)系统的设计和构建,这是一个用于植物合成生物学中多基因工程的迭代和标准化DNA组装系统 | GB系统基于限制酶连接反应,使用IIS型限制酶,能够高效地组装多个转录单元 | NA | 开发和优化用于植物生物技术的多基因构建体组装方法 | GoldenBraid系统及其在植物合成生物学中的应用 | 植物生物技术 | NA | 限制酶连接反应 | NA | DNA片段 | 一个包含四个转录单元的12 kb DNA片段 |
2452 | 2024-08-07 |
Visualization of evolutionary stability dynamics and competitive fitness of Escherichia coli engineered with randomized multigene circuits
2013-Sep-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/sb400055h
PMID:24004180
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研究论文 | 本文通过构建随机CMY遗传电路,研究了工程化大肠杆菌群体中的进化稳定性动态和竞争适应性 | 本文创新性地使用CMY颜色系统来可视化进化稳定性动态,并发现进化最稳定的电路具有无重复部件和较低表达水平的特点 | NA | 量化和可视化工程化大肠杆菌群体中的进化稳定性动态 | 工程化大肠杆菌群体的进化稳定性动态和竞争适应性 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 192个进化群体(24个CMY电路,每个电路8个重复) |
2453 | 2024-08-07 |
GoldenBraid 2.0: a comprehensive DNA assembly framework for plant synthetic biology
2013-Jul, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1104/pp.113.217661
PMID:23669743
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GoldenBraid 2.0的综合性DNA组装框架,旨在促进植物合成生物学中标准DNA部件的交换 | GoldenBraid 2.0采用IIS型限制酶进行DNA组装,并提出了一种类似自然语言语法的模块化克隆方案,提供了优化的克隆策略和不断增长的开放式DNA部件集合 | NA | 旨在促进植物合成生物学中标准DNA部件的交换和多基因工程的实施 | 植物合成生物学中的DNA组装和多基因结构构建 | 合成生物学 | NA | IIS型限制酶 | NA | DNA | NA |
2454 | 2024-08-07 |
Efficient metabolic pathway engineering in transgenic tobacco and tomato plastids with synthetic multigene operons
2013-Feb-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1216898110
PMID:23382222
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研究论文 | 本文通过在转基因烟草和番茄质体中使用合成多基因操纵子,成功地进行了复杂的代谢途径工程,特别是在生育酚(维生素E)途径中。 | 开发了一种合成操纵子设计,用于在植物质体中引入新的生物化学途径,并实现了生育酚积累的十倍增加。 | NA | 建立多基因工程的成功原则,并通过稳定转化叶绿体基因组来实现复杂的代谢途径工程。 | 转基因烟草和番茄的质体,特别是生育酚代谢途径。 | 生物技术 | NA | 多基因操纵子设计 | NA | 基因表达数据 | 烟草和番茄植物 |
2455 | 2024-08-07 |
Self-assembly of synthetic metabolons through synthetic protein scaffolds: one-step purification, co-immobilization, and substrate channeling
2013-Feb-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/sb300068g
PMID:23656373
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研究论文 | 开发了一种基于细胞提取物混合物的一步纯化多酶复合物的方法,通过低成本的固体再生无定形纤维素(RAC)上的高亲和力吸附,实现了三种含dockerin酶和一种含纤维素结合模块3(CBM3)的支架蛋白的共固定化和底物通道化。 | 通过使用来自细胞壁复合体的粘附素、dockerin和纤维素结合模块构建合成代谢体,不仅减少了体外合成生物学项目的蛋白质纯化劳动和成本,还通过与非复合酶相比提高了1个数量级的反应速率。 | NA | 研究合成代谢体的构建及其在体外和体内合成生物学项目中的生物催化作用。 | 合成代谢体及其在酶促反应中的应用。 | 合成生物学 | NA | 高亲和力吸附 | NA | 酶复合物 | 三种含dockerin酶和一种含CBM3的支架蛋白 |
2456 | 2024-08-07 |
[Construction and preliminary applications of a Saccharomyces cerevisiae detection plasmid using for screening promoter elements]
2013-Feb, Yao xue xue bao = Acta pharmaceutica Sinica
PMID:23672019
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研究论文 | 本文构建了一种基于DsRed-Monomer基因的酿酒酵母检测质粒,用于筛选有效的启动子元件,并初步应用于多基因控制途径中。 | 本文首次构建了基于DsRed-Monomer基因的酿酒酵母检测质粒pGBT9Red,用于分析启动子活性并筛选启动子元件库。 | NA | 设计和构建新的生物系统,通过将感兴趣的代谢途径转移到宿主体内,实现天然产物的大规模生产。 | 酿酒酵母中的启动子元件 | 合成生物学 | NA | PCR, SDS-PAGE, Western blot, 荧光显微镜 | NA | DNA序列, 蛋白质表达 | 八个DsRed-Monomer基因特异性引物对,六个启动子(GAL1, GAL2, GAL7, GAL10, TEF2和PGK1) |
2457 | 2024-08-07 |
Expression and characterisation of recombinant molecules in transgenic soybean
2013, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
DOI:10.2174/1381612811319310010
PMID:23394558
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综述 | 本文综述了在转基因大豆中表达和表征重组分子的方法及其应用潜力 | 介绍了使用质谱作为分子表征的新工具,并探讨了利用代谢工程和合成生物学等重组DNA技术进行大豆种子遗传工程的可能性 | NA | 探讨大豆作为大规模生产和储存重组分子的经济可行平台的潜力 | 转基因大豆及其种子中重组蛋白的生产 | NA | NA | 质谱 | NA | NA | NA |
2458 | 2024-08-07 |
Construction of a rhythm transfer system that mimics the cellular clock
2012-Nov-16, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/cb300432s
PMID:22967180
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研究论文 | 构建了一个模拟细胞时钟的人工振荡基因表达系统 | 首次通过融合核心时钟蛋白BMAL1或CLOCK与锌指型DNA结合域,实现了对基因表达模式的昼夜节律调控 | NA | 创建人工振荡基因表达系统 | 基因表达模式的昼夜节律调控 | 合成生物学 | NA | 融合核心时钟蛋白与锌指型DNA结合域 | NA | 基因表达 | NA |
2459 | 2024-08-07 |
Design and testing of a synthetic biology framework for genetic engineering of Corynebacterium glutamicum
2012-Nov-07, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/1475-2859-11-147
PMID:23134565
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研究论文 | 本文设计并测试了一个合成生物学框架,用于Corynebacterium glutamicum的遗传工程改造 | 开发了一个基于质粒的平台pTGR,该平台通过独特的限制位点包围所有遗传组件,便于评估调控序列和构建多基因表达的组合 | NA | 探索新型部件调控基因表达的潜力,并促进C. glutamicum代谢工程的遗传回路组装 | Corynebacterium glutamicum的遗传工程改造 | 合成生物学 | NA | 合成生物学工具 | NA | 遗传组件 | NA |
2460 | 2024-08-07 |
Application of targeted proteomics to metabolically engineered Escherichia coli
2012-Apr, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.201100482
PMID:22577029
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研究论文 | 本文研究了通过选择反应监测(SRM)质谱法对代谢工程改造的大肠杆菌中蛋白质定量的应用 | 首次使用SRM量化方法评估不同启动子驱动下的大肠杆菌中蛋白质生产水平,并利用靶向蛋白质组学分析酪氨酸生物合成途径蛋白 | 文章指出,尽管使用了SRM量化方法,但远离启动子的基因产生的蛋白质水平仍不一致 | 研究蛋白质定量在系统表征和优化工程途径通量中的应用 | 代谢工程改造的大肠杆菌中的蛋白质生产水平及酪氨酸生物合成途径蛋白 | 蛋白质组学 | NA | 选择反应监测(SRM)质谱法 | NA | 蛋白质 | 涉及多个可诱导和组成型启动子驱动的大肠杆菌样本,以及酪氨酸生物合成途径蛋白的多个变异株 |