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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2461 | 2024-08-07 |
Underlying principles of natural selection in network evolution: systems biology approach
2007-Sep-26, Evolutionary bioinformatics online
PMID:19468310
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综述 | 本文综述了后基因组时代如何采用比较方法和动态系统方法来理解网络进化的基本设计原则,并塑造新兴的进化系统生物学领域 | 将系统生物学与进化生物学相结合,探索生物网络设计的新方向 | NA | 阐明细胞中代谢和调控系统的基本原理,并最终实现对细胞对扰动响应的预测性理解 | 生物网络从基因到有机体水平的进化和功能 | 系统生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2462 | 2024-08-07 |
Towards overcoming obstacles of type II photodynamic therapy: Endogenous production of light, photosensitizer, and oxygen
2024-Mar, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2023.11.007
PMID:38486983
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综述 | 本文综述了通过内源性生产光、光敏剂和氧气来克服传统光动力疗法(PDT)障碍的方法 | 利用合成生物学的进展,通过基因工程细胞内源性生产光、光敏剂和氧气,以提高PDT的效果 | NA | 探讨如何通过内源性生产光、光敏剂和氧气来克服PDT的障碍 | 光动力疗法中的光渗透限制、肿瘤对光敏剂的低摄取以及肿瘤微环境中氧气的缺乏 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2463 | 2024-08-07 |
A framework for evolutionary systems biology
2009-Feb-24, BMC systems biology
DOI:10.1186/1752-0509-3-27
PMID:19239699
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研究论文 | 本文提出了一种将进化理论与当前系统生物学方法结合的新框架,用于量化突变的小效应及其上位相互作用 | 该框架通过定义可在当前系统生物学模型中计算的适应度相关性,利用计算系统生物学中的严格算法,结合模型的现实性和进化理论中对真实系统的理解需求 | NA | 旨在更详细地理解生命的基本原理,结合多个学科的已知生物系统知识 | 突变的小效应及其上位相互作用,适应性景观的不同‘层次’,以及突变效应的分布、有利突变的性质、上位性和鲁棒性 | 系统生物学 | NA | 计算系统生物学算法 | 系统生物学模型 | 生物系统数据 | NA |
2464 | 2024-08-07 |
Synthetic biology: discovering new worlds and new words
2008-Sep, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/embor.2008.159
PMID:18724274
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2465 | 2024-08-07 |
Synthetic morphology: prospects for engineered, self-constructing anatomies
2008-Jun, Journal of anatomy
IF:1.8Q2
DOI:10.1111/j.1469-7580.2008.00896.x
PMID:18510501
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研究论文 | 本文探讨了将合成生物学新兴技术应用于解剖学领域的前景,旨在编程细胞自我组织成特定的、新颖的排列、结构和组织 | 提出了一种新的交叉学科——合成形态学,旨在开发细胞自我构建组装的方法 | 需要开发大量的传感器模块、调节模块和效应器模块,并实现这些模块在细胞内的功能连接 | 探索合成生物学在解剖学中的应用,实现细胞的自我组织和构建 | 细胞的自我组织和构建 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2466 | 2024-08-07 |
Multifunctional 5-hydroxyconiferaldehyde O-methyltransferases (CAldOMTs) in plant metabolism
2024-Mar-14, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erae011
PMID:38198655
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综述 | 本文综述了多功能5-羟基松柏醛O-甲基转移酶(CAldOMT)在植物代谢中的作用及其相关蛋白质,并讨论了其在生物炼制、农业和合成生物学中的进化、分子机制和作用。 | CAldOMTs在进化过程中发生了多次新功能化,产生了具有新颖催化活性和/或接受新底物的独特O-甲基转移酶(OMTs)。 | NA | 总结CAldOMTs及其相关蛋白质在植物代谢中的多方面作用,并探讨其在不同领域的应用。 | CAldOMT酶及其在植物代谢中的作用。 | 植物代谢 | NA | O-甲基转移酶(OMT) | NA | NA | NA |
2467 | 2024-08-07 |
Aggregation-Induced Emission Luminogens: A New Possibility for Efficient Visualization of RNA in Plants
2024-Mar-06, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants13050743
PMID:38475589
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研究论文 | 本文探讨了利用聚集诱导发光分子(AIEgens)在植物中高效可视化RNA的新技术 | 首次将AIEgens技术应用于植物RNA成像,并结合点击化学和CRISPR/Cas13a系统进行精确RNA修饰 | 需要寻找一种特定的酶,该酶能以AIEgens为底物并通过点击化学反应将其修饰到目标RNA上 | 开发新的技术以提高植物RNA成像的效率和精确性 | 植物中的RNA | 生物技术 | NA | 聚集诱导发光(AIE) | NA | NA | NA |
2468 | 2024-08-07 |
Promoter screening and identification for metabolic regulation in Acremonium chrysogenum
2024-Mar, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202300683
PMID:38479986
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研究论文 | 本研究通过分析转录组数据,筛选并验证了27个候选启动子,用于提高Acremonium chrysogenum中头孢菌素C的生产 | 开发了一种快速筛选潜在双向启动子的方法,并利用Golden Gate方法将启动子模块与目标基因结合,成功提高了头孢菌素C的产量 | NA | 提高Acremonium chrysogenum中头孢菌素C的生产效率 | Acremonium chrysogenum中的启动子筛选与代谢调控 | 合成生物学 | NA | Golden Gate方法 | NA | 转录组数据 | 27个候选启动子 |
2469 | 2024-08-07 |
Tuning capsid formation dynamics in recombinant adeno-associated virus producing synthetic cell lines to enhance full particle productivity
2024-Mar, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202400051
PMID:38479988
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研究论文 | 本文开发了一种合成生物学平台,用于构建整合了关键病毒基因的细胞系,这些细胞系可以被诱导产生重组腺相关病毒(rAAV),无需质粒转染或病毒转导 | 通过调节基因组扩增和衣壳蛋白合成的动态,显著提高了全颗粒含量,同时保持了高生产力 | NA | 提高重组腺相关病毒的生产效率和全颗粒含量 | 重组腺相关病毒的生产细胞系 | 生物技术 | NA | 合成生物学 | NA | 生物数据 | NA |
2470 | 2024-08-07 |
The whack-a-mole governance challenge for AI-enabled synthetic biology: literature review and emerging frameworks
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1359768
PMID:38481570
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综述 | 本文综述了AI驱动的合成生物学带来的治理挑战,并描述了新兴的治理框架 | 提出了‘打地鼠’治理模式,以应对AI驱动合成生物学带来的不断变化的挑战 | 文章主要基于文献综述,缺乏实证研究 | 探讨如何有效治理AI驱动的合成生物学,以平衡创新与生物安全 | AI驱动的合成生物学及其治理框架 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2471 | 2024-08-07 |
Synthetic biology identifies the minimal gene set required for paclitaxel biosynthesis in a plant chassis
2023-12-04, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2023.10.016
PMID:37897038
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研究论文 | 本研究通过转录组学、细胞生物学、代谢组学和途径重构的综合方法,确定了在植物底盘中异源生产紫杉醇所需的最小基因集 | 本研究识别了紫杉醇生物合成中缺失的步骤,并通过在烟草中异源表达确认了大部分缺失酶的活性,特别是发现了一种新的C4β-C20环氧化酶,克服了代谢工程的第一个瓶颈 | NA | 确定紫杉醇生物合成所需的最小基因集,并探索植物产生复杂生物活性代谢物的独特化学机制 | 紫杉醇生物合成途径中的基因和酶 | 生物技术 | 癌症 | 转录组学, 细胞生物学, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | 涉及烟草(Nicotiana benthamiana)作为实验对象 |
2472 | 2024-08-07 |
Evaluation of existing guidelines for their adequacy for the food and feed risk assessment of genetically modified plants obtained through synthetic biology
2022-Jul, EFSA journal. European Food Safety Authority
DOI:10.2903/j.efsa.2022.7410
PMID:35873722
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研究论文 | 评估现有指南对于通过合成生物学获得的转基因植物在食品和饲料风险评估中的充分性和充足性 | 未发现通过当前和近未来合成生物学方法获得的转基因植物食品和饲料可能带来的新型潜在危害和风险 | 现有指南在某些合成生物学应用中可能仅是充分的,因此需要更新,特别是与新蛋白质的安全评估和比较分析相关的领域 | 评估合成生物学在农业食品中的发展,并确定现有风险评估指南的充分性和充足性 | 通过合成生物学获得的转基因植物的食品和饲料风险评估 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2473 | 2024-08-07 |
Insights into the Evolution and Function of Auxin Signaling F-Box Proteins in Arabidopsis thaliana Through Synthetic Analysis of Natural Variants
2017-10, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1534/genetics.117.300092
PMID:28760746
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研究论文 | 本文通过分析自然变异在拟南芥中的生长素受体F-box家族,研究了生长素信号传导蛋白的进化和功能 | 本文采用合成生物学方法与定量表型相结合,利用丰富的序列信息指导未来多样信号通路的工程化努力 | NA | 深入理解生长素信号传导蛋白的机制,以合理设计新型植物结构 | 拟南芥中的生长素信号传导F-box蛋白 | NA | NA | NA | NA | 序列信息 | 野生拟南芥种质的自然变异 |
2474 | 2024-08-07 |
Formation of droplet networks that function in aqueous environments
2011-Nov-06, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/nnano.2011.183
PMID:22056724
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研究论文 | 本文介绍了在油中包裹水滴并通过界面双层连接形成的多体结构,这些结构能够在水环境中模拟简单组织并进行生物物理测量。 | 首次在生理环境中使用多体结构,通过改变周围溶液的pH或温度来释放水滴中的内容物。 | 目前尚未在生理环境中广泛应用。 | 开发一种新的生物物理测量技术,模拟组织结构并应用于合成生物学和医学。 | 水滴网络及其在生物物理测量和组织模拟中的应用。 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2475 | 2024-08-07 |
Efficient bioproduction of poly(3-hydroxypropionate) homopolymer using engineered Escherichia coli strains
2024-Apr, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2024.130469
PMID:38382722
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研究论文 | 本研究开发了一种可扩展的方法,利用代谢工程改造的Escherichia coli K12 (MG1655)菌株和外部供应的3-羟基丙酸生产具有显著物理机械性能的聚(3-羟基丙酸)均聚物 | 通过合成生物学技术,优化了聚合物的合成途径,实现了前所未有的生产量,达到了9.5 g/L的摇瓶培养和80 g/L的补料分批生物反应器 | NA | 开发可持续的大规模生产聚(3-羟基丙酸)生物聚合物的方法 | 聚(3-羟基丙酸)均聚物的生产 | NA | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | Escherichia coli K12 (MG1655)菌株 |
2476 | 2024-08-07 |
Self-driving laboratories to autonomously navigate the protein fitness landscape
2024-Jan, Nature chemical engineering
DOI:10.1038/s44286-023-00002-4
PMID:38468718
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研究论文 | 本文介绍了用于全自动蛋白质工程的自主驾驶机器平台SAMPLE,该平台通过智能代理学习蛋白质序列-功能关系,设计新蛋白质并通过自动化机器人系统进行实验测试 | 提出了SAMPLE平台,实现了蛋白质工程的自动化和加速,提高了蛋白质设计的效率 | NA | 旨在通过自主驾驶实验室平台加速蛋白质工程,特别是提高糖苷水解酶的热稳定性 | 糖苷水解酶酶 | 蛋白质工程 | NA | 自动化机器人系统 | 智能代理 | 蛋白质序列 | 四个SAMPLE代理 |
2477 | 2024-08-07 |
A unified approach to dissecting biphasic responses in cell signaling
2023-Dec-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86520
PMID:38054655
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研究论文 | 本文通过分析从基本生化构建模块到典型网络结构再到特征明显的实例的信号系统,以及不同类型的剂量,提供了一个统一的理论综合来解析细胞信号系统中的双相响应 | 揭示了双相响应存在的设计原则、结构因素、酶和底物的双相响应组合、广泛鲁棒的双相响应可能性、网络中信号行为的完全改变以及Erk信号网络中不同共存双相响应的倾向 | NA | 解析细胞信号系统中的双相响应 | 细胞信号系统中的双相剂量响应 | 生物学 | NA | 分析和计算方法 | NA | 模型 | 范围广泛的系统 |
2478 | 2024-08-07 |
Engineered NF-κB siRNA-encapsulating exosomes as a modality for therapy of skin lesions
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1109381
PMID:36845116
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研究论文 | 本文开发了一种合成生物学策略,通过将外泌体与人工遗传电路整合,使脂肪间充质干细胞表达并将siRNA组装进外泌体,实现对皮肤损伤小鼠模型的治疗。 | 首次将siRNA疗法应用于皮肤治疗,通过外泌体作为有效递送载体,实现siRNA的体内递送。 | NA | 开发一种新的治疗皮肤损伤的基因疗法。 | 皮肤损伤的小鼠模型。 | 基因疗法 | 皮肤损伤 | siRNA | NA | 细胞 | 小鼠 |
2479 | 2024-08-07 |
A multi-landing pad DNA integration platform for mammalian cell engineering
2018-05-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky216
PMID:29617873
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研究论文 | 本文介绍了一种多着陆垫DNA整合平台,用于哺乳动物细胞工程,通过在CHO细胞中精确插入大量异源DNA,实现了稳定且可控的基因表达。 | 本文创新性地识别了21个新的基因组位点,支持稳定长期表达转基因,并构建了包含一个、两个或三个‘着陆垫’重组位点的细胞系,使用高效的BxB1重组酶和不同的选择标记,实现了异源DNA到选定位点的重组酶介导插入。 | NA | 开发一种可控且可重复的DNA插入技术,用于哺乳动物合成生物学、重组蛋白生产和生物制造。 | 哺乳动物细胞系,特别是CHO细胞。 | 生物工程 | NA | 重组酶介导的DNA插入技术 | NA | 基因组数据 | 21个新的基因组位点,以及包含一个、两个或三个‘着陆垫’重组位点的细胞系。 |
2480 | 2024-08-07 |
Synthetic Biology and the Gut Microbiome
2018-May, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.201700159
PMID:28976641
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综述 | 本文综述了合成生物学工具和方法如何应用于提高治疗性益生菌的效能,并探讨了未来的应用方向 | 介绍了在哺乳动物肠道中成功实施的简单设备,如双稳态开关和整合酶记忆阵列,并开发了该环境中的靶向递送模型 | 现有的合成益生菌较为简单,未能复制天然稳态机制的复杂性和适应性 | 探讨合成生物学在改善治疗性益生菌效能方面的应用及其未来发展 | 肠道微生物群及其在人类健康中的作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |