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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2481 | 2024-08-07 |
Gene repression via multiplex gRNA strategy in Y. lipolytica
2018-Apr-20, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-018-0909-8
PMID:29678175
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research paper | 本研究在Yarrowia lipolytica中建立了基于四种不同抑制子的CRISPRi系统,并开发了一种多重gRNA策略,用于高效地同时抑制多个目标基因和同一基因的不同位点。 | 开发了一种基于一步Golden-brick组装技术的多重gRNA策略,能够快速实现强基因抑制,无需预先筛选有效的gRNA位点。 | NA | 在Yarrowia lipolytica中建立和优化CRISPRi系统,以实现高效的基因表达调控。 | Yarrowia lipolytica中的基因表达调控。 | synthetic biology | NA | CRISPR interference (CRISPRi) | NA | NA | 使用了十种不同的gRNA,同时对gfp基因进行了三重gRNA的同时抑制。 |
2482 | 2024-08-07 |
Model-based metabolism design: constraints for kinetic and stoichiometric models
2018-04-17, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20170263
PMID:29472367
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研究论文 | 本文探讨了基于模型的代谢设计中,动力学和化学计量学模型的约束条件及其应用 | 提出了新的细胞分析方法,使得细胞大小、表面和资源平衡等约束条件的应用成为可能 | 文章指出了特定约束条件在动力学和化学计量学模型中的应用局限性 | 改进基于模型的代谢途径设计在生物体中的可行性 | 代谢工程和合成生物学中的模型设计 | 合成生物学 | NA | NA | 动力学和化学计量学模型 | NA | NA |
2483 | 2024-08-07 |
A Novel Platform for Evaluating the Environmental Impacts on Bacterial Cellulose Production
2018-04-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-23701-y
PMID:29636541
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研究论文 | 本研究报告了一种新的分析平台,用于研究生产纤维素的细菌的生物学特性和优化其生长条件 | 该平台基于细菌的表面生长模式,能够确认细菌产生的纤维素微纤维在其趋化性中的关键作用,并能有效评估不同生长条件对纤维素生产的影响 | NA | 开发和优化用于大规模生产细菌纤维素的生物处理策略 | 细菌纤维素的生产及其生长条件 | 生物技术 | NA | 合成生物学 | NA | 生物数据 | NA |
2484 | 2024-08-07 |
Cell-Free Approaches in Synthetic Biology Utilizing Microfluidics
2018-Mar-06, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes9030144
PMID:29509709
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综述 | 本文综述了利用微流控技术的无细胞合成生物学方法的最新进展 | 该方法通过绕过活细胞中复杂途径相互作用的复杂性,有助于发现新的基因、蛋白质和途径,并且具有成本和时间效率高的优点 | 尽管存在一些挑战,但无细胞合成生物学与微流控技术的结合为开发新的生物医学和诊断平台提供了开创性的方法 | 旨在通过创建类似形式来模拟复杂的生物系统 | 无细胞基因设计、蛋白质和细胞与微流控平台的集成 | 合成生物学 | NA | 微流控技术 | NA | NA | NA |
2485 | 2024-08-07 |
The Who, Why, and How of Small-Molecule Production in Invertebrate Microbiomes: Basic Insights Fueling Drug Discovery
2018 Mar-Apr, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00186-17
PMID:29556536
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研究论文 | 本文探讨了无脊椎动物微生物组中小分子生产的机制及其在药物发现中的应用 | 文章提出了利用元基因组学和其他系统生物学方法来揭示小分子生物合成及其选择性压力的创新方法 | 需要更深入理解复杂微生物组中小分子的功能,并开发合理的合成生物学方法以在异源宿主中重建大型生物合成途径 | 探索无脊椎动物微生物组中小分子的生物合成机制,以促进药物发现 | 无脊椎动物微生物组中的小分子生物合成 | 合成生物学 | NA | 元基因组学 | NA | NA | NA |
2486 | 2024-08-07 |
In a quest for engineering acidophiles for biomining applications: challenges and opportunities
2018-Feb-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes9020116
PMID:29466321
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工具改良嗜酸微生物以提高其在生物采矿中的耐受性和效率的研究进展 | 介绍了新的合成生物学工具,这些工具有可能改变生物采矿行业,并促进从现有生物采矿微生物无法处理的矿石和废物中提取价值 | 讨论了遗传改良嗜酸生物采矿微生物的现有工具及其局限性 | 探索提高嗜酸微生物在生物采矿中耐受性和效率的方法 | 嗜酸微生物及其在生物采矿中的应用 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2487 | 2024-08-07 |
P450s controlling metabolic bifurcations in plant terpene specialized metabolism
2018, Phytochemistry reviews : proceedings of the Phytochemical Society of Europe
IF:7.3Q1
DOI:10.1007/s11101-017-9530-4
PMID:29563859
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综述 | 本文综述了植物中参与工业相关单萜、倍半萜、双萜和三萜生物合成的P450酶的最新发现和发展 | 强调了P450酶在控制代谢分支和最终产品化学多样性中的新兴作用 | NA | 探讨P450酶在植物特化代谢中的作用及其在合成生物学中的应用潜力 | 植物中的P450酶及其在萜类化合物生物合成中的作用 | 生物技术 | NA | 深度转录组学和全基因组发现 | NA | 基因组数据 | NA |
2488 | 2024-08-07 |
Production of anthocyanins in metabolically engineered microorganisms: Current status and perspectives
2017-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2017.10.005
PMID:29552650
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综述 | 本文综述了通过代谢工程改造的微生物生产花青素的最新进展,特别关注了系统工程改造,如选择和工程化生物合成酶、运输工程、UDP-葡萄糖供应的调控以及过程优化。 | 介绍了通过代谢工程和合成生物学在微生物中可持续生产花青素的创新方法。 | NA | 探讨通过代谢工程改造的微生物生产花青素的技术现状和未来展望。 | 花青素的生物合成及其在微生物中的生产。 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
2489 | 2024-08-07 |
Detection of chikungunya viral RNA in mosquito bodies on cationic (Q) paper based on innovations in synthetic biology
2017-08, Journal of virological methods
IF:2.2Q3
DOI:10.1016/j.jviromet.2017.04.013
PMID:28457785
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研究论文 | 本文报道了一种基于合成生物学创新的阳离子(Q)纸,用于检测蚊子体内的基孔肯雅病毒(CHIKV)RNA | 使用了一种新型的阳离子(Q)纸,通过静电相互作用吸附病毒RNA,并结合人工扩展遗传信息系统(AEGIS)和自避免分子识别系统(SAMRS)进行检测 | NA | 开发一种廉价且便捷的方法来收集作为潜在载体的蚊子,以便保存、储存和运输进行后续或远程分析 | 基孔肯雅病毒(CHIKV)及其在蚊子体内的检测 | 合成生物学 | 基孔肯雅病 | PCR | NA | RNA | 多个感染和未感染的蚊子样本 |
2490 | 2024-08-07 |
Adaptive imaging cytometry to estimate parameters of gene networks models in systems and synthetic biology
2014, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0107087
PMID:25210731
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GenoSIGHT的自适应成像平台,该平台能够在实验过程中实时处理图像并调整实验条件,以提高基因表达数据的重现性和基因网络参数估计的准确性 | 开发了一种自适应成像平台GenoSIGHT,能够在实验过程中实时处理图像并调整实验条件,从而提高实验效率和数据准确性 | 实验的成功与否只能在所有图像处理完成后才能知晓,可能导致时间和资源的浪费 | 开发一种自适应成像平台,以提高系统与合成生物学中基因表达研究的效率和准确性 | 研究对象为酵母细胞中通过半乳糖诱导表达的黄色荧光蛋白Venus | 系统与合成生物学 | NA | 微流控技术 | NA | 图像 | 涉及酵母细胞 |
2491 | 2024-08-07 |
Anaerobic catabolism of aromatic compounds: a genetic and genomic view
2009-Mar, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/MMBR.00021-08
PMID:19258534
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综述 | 本文综述了通过分子生物学方法和新技术(如基因组测序、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学)对厌氧芳香化合物降解途径的遗传学、调控、生态生理学和进化方面的最新发现 | 研究表明厌氧芳香化合物代谢比以往认为的更加多样化和广泛,并且与在厌氧条件下使用芳香化合物的复杂代谢和应激程序开始被揭示 | 关于这些过程的遗传决定因素和涉及的调控机制的研究相对较少 | 探讨厌氧芳香化合物降解途径的遗传学、调控、生态生理学和进化 | 厌氧芳香化合物的代谢过程及其相关酶和途径 | NA | NA | 基因组测序、转录组学、蛋白质组学、宏基因组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、宏基因组数据 | NA |
2492 | 2024-08-07 |
Microfluidic PicoArray synthesis of oligodeoxynucleotides and simultaneous assembling of multiple DNA sequences
2004, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkh879
PMID:15477391
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研究论文 | 本文介绍了一种基于微流控PicoArray方法,用于同时合成和纯化设计用于多重基因合成的寡核苷酸,并展示了其在蛋白质表达中的应用 | 开发了一种微流控PicoArray方法,实现了寡核苷酸的并行合成和纯化,提高了基因合成的效率和纯度 | NA | 探索微流控技术在现代合成生物学中的应用,特别是基因合成和蛋白质表达 | 寡核苷酸的合成与纯化,以及通过连接和融合PCR策略实现的大规模DNA构建 | 合成生物学 | NA | 微流控PicoArray | NA | DNA序列 | 数百个碱基对的DNA构建物,以及高达10 kb的DNA构建物 |
2493 | 2024-08-07 |
Applications of designer phage encoding recombinant gene payloads
2024-03, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.09.008
PMID:37833198
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研究论文 | 本文讨论了通过基因工程将重组基因有效载荷编码到噬菌体基因组中,以在细菌宿主中表达,从而影响噬菌体与细菌相互作用的潜在结果 | 本文探讨了在噬菌体疗法中使用合成生物学和DNA测序技术的新应用,特别是在多药耐药感染的治疗方面 | 文中指出,异源基因有效载荷的识别及其在转化相关应用中对细菌或人类细胞的影响仍未得到充分探索 | 研究目的是探索和分类重组基因有效载荷在噬菌体基因工程中的潜在应用 | 研究对象包括噬菌体、细菌以及通过基因工程引入的重组基因有效载荷 | 合成生物学 | NA | DNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
2494 | 2024-08-07 |
Intellectual property and funding: fueling Chinese synbio
2024-03, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.10.012
PMID:37980185
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研究论文 | 本文探讨了中国合成生物学领域中知识产权与资金支持的相互作用及其对创新和商业化的推动作用 | 强调知识产权与资金支持在中国合成生物学发展中的关键作用 | NA | 分析中国合成生物学领域的知识产权与资金支持的现状及其政策影响 | 中国合成生物学领域的知识产权与资金支持 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2495 | 2024-08-07 |
Developing Ganoderma lucidum as a next-generation cell factory for food and nutraceuticals
2024-02, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.008
PMID:37659953
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综述 | 本文探讨了利用现代合成生物学工具,通过分子策略解决Ganoderma lucidum中基因调控网络和同源重组频率低的瓶颈问题,以促进其作为食品和营养补充品的高效细胞工厂的开发 | 利用现代合成生物学技术,加速精确的多基因靶向和编辑,解开G. lucidum的生物合成机制 | Ganoderma lucidum中强大的调控网络和低频率的同源重组限制了分子工具和精确遗传标记的发展 | 将Ganoderma lucidum转化为高效的细胞工厂,用于食品和营养补充品的生产 | Ganoderma lucidum的生物合成机制和分子调控策略 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2496 | 2024-08-07 |
Plant Engineering to Enable Platforms for Sustainable Bioproduction of Terpenoids
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_1
PMID:38468079
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综述 | 本文综述了利用植物工程技术开发可持续生产萜类化合物的平台,并强调了优化已知途径、细胞内途径的区室化以及为复杂生物合成途径工程开发的遗传工具等策略。 | 本文介绍了利用植物作为可持续生产平台,通过代谢工程和合成生物学技术,提高萜类化合物的产量和生产效率。 | NA | 开发可持续的解决方案,通过工程化宿主生物中的生物合成途径来生产萜类化合物。 | 萜类化合物及其在工业中的应用,如绿色溶剂、香料和香精、营养补充品、着色剂和治疗药物。 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
2497 | 2024-08-07 |
Construction of Xylose-Utilizing Cyanobacterial Chassis for Bioproduction Under Photomixotrophic Conditions
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_4
PMID:38468082
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法,以快速生长的蓝细菌Synechococcus elongatus UTEX 2973为例,构建了一种新的能够利用木糖的蓝细菌底盘,以增加乙酰辅酶A用于生物生产 | 本文首次开发了一种合成生物学方法,用于构建能够利用木糖的蓝细菌底盘 | NA | 开发一种新的合成生物学方法,用于构建能够利用木糖的蓝细菌底盘 | 蓝细菌Synechococcus elongatus UTEX 2973 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2498 | 2024-08-07 |
Multiplex Marker-Less Genome Integration in Pichia pastoris Using CRISPR/Cas9
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_10
PMID:38468088
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研究论文 | 本文利用CRISPR/Cas9系统在Pichia pastoris中实现多基因无标记整合,构建细胞工厂 | 首次在Pichia pastoris中应用CRISPR/Cas9系统进行多基因整合,为C1生物转化提供平台 | NA | 开发Pichia pastoris中的合成生物学工具,特别是多基因路径的操作 | Pichia pastoris细胞工厂的构建 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | NA |
2499 | 2024-08-07 |
Genome Editing, Transcriptional Regulation, and Forward Genetic Screening Using CRISPR-Cas12a Systems in Yarrowia lipolytica
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_11
PMID:38468089
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研究论文 | 本文介绍了在工业相关的油质酵母Yarrowia lipolytica中使用CRISPR-Cas12a系统进行基因编辑、转录调控和功能基因组筛选的方法 | 开发了一套CRISPR-Cas12a载体,用于简单多重基因敲除、抑制和激活,并构建了一个全基因组范围的引导库,用于功能基因组筛选 | NA | 扩展CRISPR-Cas12a系统在工业重要宿主中的合成生物学工具 | Yarrowia lipolytica中的基因编辑、转录调控和功能基因组筛选 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas12a | 机器学习算法 | 基因组数据 | 全基因组范围的引导库,每个基因有八倍覆盖 |
2500 | 2024-08-07 |
A Machine Learning Approach for Predicting Essentiality of Metabolic Genes
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_20
PMID:38468098
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研究论文 | 本文描述了一种使用二元分类算法预测代谢基因必需性的策略 | 该方法结合了基因组规模代谢模型、有向图和机器学习,形成了一个可以在小规模敲除数据上训练的预测模型 | NA | 识别必需基因,特别是在将原料转化为有价值产品的代谢途径工程中 | 代谢基因的必需性 | 机器学习 | NA | 二元分类算法 | NA | 基因组规模代谢模型数据 | 小规模敲除数据 |