合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2501	2024-08-07	Programming Juxtacrine-Based Synthetic Signaling Networks in a Cellular Potts Framework 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_17 PMID:38468095	research paper	本文开发了一种计算框架，使用模拟细胞系（ISCL）来设计和测试合成信号网络，以促进组织形成和形态发生	提出了一个包含基本可修改特征（如粘附、运动、生长和分裂）的模拟细胞系（ISCL），并能在其中快速工程化定制遗传电路以测试和改进不同的信号网络设计	NA	旨在重新编程高等真核细胞以促进组织形成和形态发生	合成生物学领域的合成发展	synthetic biology	NA	cellular Potts modeling	NA	NA	NA
2502	2024-08-07	Genetic Network Design Automation with LOICA 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_22 PMID:38468100	研究论文	介绍了一种名为LOICA的Python包，用于设计、建模和表征遗传网络，使用简单的面向对象设计抽象	LOICA通过将不同的生物学和实验组件表示为类，并利用Flapjack实验数据管理平台进行参数化，实现了遗传网络的高效设计和模拟	NA	开发和应用遗传设计自动化工具，以实现更复杂的合成遗传网络的高通量设计	遗传网络的设计和模拟	生物工程	NA	遗传设计自动化	面向对象设计抽象	实验数据	NA
2503	2024-08-07	Multimodal Control of Bacterial Gene Expression by Red and Blue Light 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_26 PMID:38468104	研究论文	本文详细介绍了使用pREDusk、pREDawn、pCrepusculo和pAurora光遗传电路通过红光和蓝光控制细菌基因表达的方法	利用光遗传技术实现对细胞事件和状态的光依赖性控制，具有可逆性、非侵入性和精细的时空精度	NA	探索光遗传技术在细胞生物学、合成生物学和生物技术中的创新应用	细菌基因表达的控制	合成生物学	NA	光遗传技术	NA	NA	NA
2504	2024-08-07	In Silico Design, In Vitro Construction, and In Vivo Application of Synthetic Small Regulatory RNAs in Bacteria 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_27 PMID:38468105	研究论文	本文介绍了一种计算预测和合成生物学方法，用于设计、构建和验证细菌中合成小调控RNA（sRNA）的功能	使用计算工具SEEDling匹配最佳种子区域与用户选择的sRNA骨架，以抑制目标mRNA，并通过Golden Gate克隆组装合成sRNA	仅以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例，未涵盖所有可能的应用场景	开发一种用于设计、构建和验证细菌中合成sRNA功能的方法	小调控RNA（sRNA）在细菌中的功能	合成生物学	NA	Golden Gate克隆	NA	RNA	以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例
2505	2024-08-07	In Vivo DNA Assembly Using the PEDA Method 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_24 PMID:38468102	研究论文	本文介绍了PEDA方法，一种在多种微生物中直接体内组装DNA片段的新技术	PEDA方法允许在体内组装具有短至5 bp同源序列的DNA片段，效率与体外DNA组装相当	NA	提供一种简单高效的DNA组装方法，促进合成生物学的发展	多种微生物如大肠杆菌、拉氏假单胞菌、假单胞菌、植物乳杆菌和亚罗利普酵母	合成生物学	NA	PEDA方法	NA	DNA片段	多种微生物
2506	2024-08-07	Bioconversion of C1 feedstocks for chemical production using Pichia pastoris 2023-08, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.03.006 PMID:36967258	综述	本文综述了利用毕赤酵母（Pichia pastoris）进行C1原料生物转化以生产化学品的潜力和策略	探讨了毕赤酵母通过代谢工程或与电催化结合利用CO的潜力，并提出了合成生物学和材料科学的新视角	NA	探讨利用毕赤酵母进行C1原料生物转化的挑战和可行策略	毕赤酵母在C1原料生物转化中的应用	NA	NA	代谢工程	NA	NA	NA
2507	2024-08-07	Modularized synthetic biology enabled intelligent biosensors 2023-08, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2023.03.005 PMID:36967259	综述	本文综述了智能合成生物学驱动的生物传感器（SBBs）的最新进展及其在即时检测（POCT）和可穿戴监测中的应用	介绍了智能SBBs在计算、存储和自校准方面的能力，以及其在实际应用中的适应性	NA	探讨智能合成生物学生物传感器的发展及其应用前景	智能合成生物学生物传感器及其在即时检测和可穿戴监测中的应用	合成生物学	NA	合成生物学模块化技术	NA	NA	NA
2508	2024-08-07	Harnessing synthetic biology to enhance ocean health 2023-07, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2022.12.015 PMID:36669947	研究论文	本文探讨了利用合成生物学方法增强海洋健康的框架	提出利用合成生物学工具创新性地增强海洋生物系统的自然适应能力，以应对人类活动引起的快速变化	NA	探索合成生物学在解决海洋塑料污染、珊瑚白化和有害藻华等问题中的应用	海洋健康、塑料污染、珊瑚白化、有害藻华	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
2509	2024-08-07	Riboswitching with ciprofloxacin-development and characterization of a novel RNA regulator 2018-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx1319 PMID:29346617	研究论文	本文描述了一种新型环丙沙星响应性核糖开关的体外筛选和下一代测序引导的细胞筛选的开发过程	该核糖开关能以低纳摩尔范围的KD识别小分子药物环丙沙星，并通过配体结合稳定假结折叠，有效干扰低等和高等真核生物中的基因表达	NA	开发一种新型的环丙沙星响应性核糖开关，并展示其在酵母细胞生存中的有效、可扩展和可编程控制	环丙沙星响应性核糖开关及其在细胞生存控制中的应用	合成生物学	NA	下一代测序	NA	RNA	NA
2510	2024-08-07	Bacterially driven cadmium sulfide precipitation on porous membranes: Toward platforms for photocatalytic applications 2018-02-09, Biointerphases IF:1.6Q4 DOI:10.1116/1.5008393 PMID:29426227	研究论文	本文利用大肠杆菌在多孔聚碳酸酯膜上促进硫化镉纳米颗粒的合成，并展示了其在光催化应用中的潜力	通过微生物生物合成方法，减少了合成硫化镉纳米颗粒的能耗和有毒前体的使用浓度	NA	开发一种利用微生物进行材料制造的可行技术，以制造功能性设备	硫化镉纳米颗粒及其在光催化应用中的性能	材料工程	NA	能量色散光谱、扫描电子显微镜和透射电子显微镜	NA	图像	NA
2511	2024-08-07	Recent Developments of the Synthetic Biology Toolkit for Clostridium 2018, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2018.00154 PMID:29483900	综述	本文综述了合成生物学工具包在梭菌属中的最新进展，特别是CRISPR工具的发展和基于梭菌的启动子及报告基因的现状与开发。	介绍了CRISPR工具在多个梭菌物种和菌株中的应用，提高了编辑的精确性、速度和效率。	尽管有进展，但低转化效率和缺乏合成生物学工具及遗传部件仍使梭菌属的代谢工程面临挑战。	旨在加速梭菌属菌株工程的发展，以便在工业上利用梭菌进行多种应用，包括生物生产多种商品产品。	梭菌属的合成生物学工具和遗传工程方法。	合成生物学	NA	CRISPR	NA	NA	多个梭菌物种和菌株
2512	2024-08-07	Rewriting the Metabolic Blueprint: Advances in Pathway Diversification in Microorganisms 2018, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2018.00155 PMID:29483901	综述	本文综述了通过合成生物学和代谢工程技术，在微生物中重写代谢蓝图以开辟非天然生物合成途径，从而生产新型有价值化合物的最新策略	提出通过重写自然代谢蓝图来扩展微生物可生产的化学品种类，以满足工业对塑料前体和新抗生素等化合物的需求	NA	探讨如何通过重写自然代谢蓝图来扩展微生物的化学产品范围，以满足工业需求	微生物的代谢途径和生物合成能力	合成生物学	NA	代谢工程	NA	NA	NA
2513	2024-08-07	A semi-synthetic organism that stores and retrieves increased genetic information 2017-11-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24659 PMID:29189780	研究论文	本文报道了一种半合成生物体，能够存储和检索增加的遗传信息	该研究通过引入两个额外的非天然碱基对，扩展了遗传信息的存储和检索方式	信息检索过程需要体内转录非天然碱基对为mRNA和tRNA，并涉及非标准氨基酸的氨基酸化及在核糖体中的有效解码	创造新的生命形式和功能	半合成生物体的DNA中包含两个额外的非天然碱基对	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
2514	2024-08-07	Rational diversification of a promoter providing fine-tuned expression and orthogonal regulation for synthetic biology 2012, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0033279 PMID:22442681	研究论文	本文介绍了一种策略，通过重新设计单一生物部件——启动子，创建了一个精细分级输出范围的启动子库和新的可调控启动子，适用于正交合成生物学应用	首次展示了使用定制的转录激活因子样效应物（TALEs）作为正交抑制子对合成启动子进行正交和可扩展调控的能力	NA	解决酵母作为合成生物学底盘精确工程化所需的生物部件相对较少的问题	酵母中的启动子	合成生物学	NA	生物信息学方法	NA	序列数据	36个成员的启动子库
2515	2024-08-07	Synthetic biology: mapping the scientific landscape 2012, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0034368 PMID:22539946	review	本文利用汤森路透的Web of Science数据，通过数据可视化和分析技术，绘制并分析了合成生物学的科学格局，旨在为联合国生物多样性公约的科学、技术和技术咨询附属机构（SBSTTA）关于合成生物学治理的国际政策辩论提供信息	利用现代信息工具促进合成生物学发展的独立和透明监测，并提供在线互动工具以增强公众和政策对合成生物学的理解和参与	NA	为合成生物学的治理提供科学依据和政策建议	合成生物学的科学格局、参与机构、研究人员和资助机构	合成生物学	NA	数据可视化、分析技术	NA	数据	NA
2516	2024-08-07	Design and construction of "synthetic species" 2012, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0039054 PMID:22848349	研究论文	本文通过结合合成生物学和调控进化的原理，设计并构建了一种新的合成物种，该物种具有已知的最小基因元素集合，并表现出与原始野生型不同的特征	首次描述了一种不能与原始野生型杂交但与其他相同转基因动物交配时仍能繁殖的转基因生物，提出了“合成物种”这一新概念	该合成物种可能无法在实验室环境外生存	通过遗传工程设计人工物种屏障，以帮助理解自然物种形成并可能具有实际应用	利用果蝇的现有转基因和隐性突变，创建了一种新的转基因种群	合成生物学	NA	遗传工程	NA	NA	涉及果蝇的转基因种群
2517	2024-08-07	Automatic compilation from high-level biologically-oriented programming language to genetic regulatory networks 2011, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0022490 PMID:21850228	研究论文	本文介绍了一种平台，该平台允许合成生物学家使用一种方便的高级生物导向编程语言Proto来表达所需行为，并通过基于调控基序的机制将其编译为基因网络，进行优化并转换为计算模拟以进行数值验证	本文的创新点在于提供了一个自动化设计复杂合成生物系统的平台，通过编译器优化可以显著减少基因数量和优化后的工程基因网络的延迟	NA	解决DNA合成与电路设计能力之间的差距	合成生物系统的自动化设计	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
2518	2024-08-07	Machine Learning and Deep Learning in Synthetic Biology: Key Architectures, Applications, and Challenges 2024-Mar-05, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.3c05913 PMID:38463314	综述	本文综述了机器学习（ML）和深度学习（DL）在合成生物学中的关键架构、应用和挑战	探讨了ML和DL在合成生物学中的协同作用，如利用DNA合成生成大数据集训练模型，以及利用ML/DL模型指导设计	描述了ML/DL和合成生物学发展中遇到的挑战及其解决方案	旨在探讨机器学习和深度学习在合成生物学中的应用及其面临的挑战	主要研究对象包括生物系统中的途径、酶和整个细胞	合成生物学	NA	机器学习（ML），深度学习（DL）	人工神经网络（ANNs）	DNA数据，显微镜数据，蛋白质结构数据	NA
2519	2024-08-07	Synthetic biology approach revealed enhancement in haeme oxygenase-1 gene expression by codon pair optimization while reduction by codon deoptimization 2024-Mar, Annals of medicine and surgery (2012) DOI:10.1097/MS9.0000000000001465 PMID:38463112	研究论文	本研究通过操纵密码子和密码子对偏倚，重新编码血红素氧合酶-1（HO-1）基因，以减少和增强HO-1基因表达，并评估了这些构建体在不同组织中的基因表达效果。	本研究首次通过密码子对优化和密码子去优化策略，有效调节HO-1基因表达，为基因治疗提供了新的方法。	本研究仅在实验室条件下评估了HO-1基因表达的调节效果，尚未进行临床试验验证其治疗效果。	研究旨在通过密码子使用偏倚和密码子对偏倚的操纵，调节HO-1基因表达，以治疗与HO-1表达失调相关的疾病。	研究对象为血红素氧合酶-1（HO-1）基因及其在脑、心、胰腺和肝脏中的表达。	合成生物学	NA	密码子使用分析	NA	基因序列	四个组织（脑、心、胰腺和肝脏）
2520	2024-08-07	Sustainable production of natural products using synthetic biology: Ginsenosides 2024-Mar, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2023.12.006 PMID:38465212	综述	本文综述了利用合成生物学方法在微生物中生产人参皂苷的最新进展	合成生物学为大规模可持续生产具有生物活性的天然产物提供了新途径	NA	探讨合成生物学在生产具有增强治疗特性的人参皂苷中的应用	人参皂苷及其在医药领域的应用	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA