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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-12-22 |
CAR-T cells in solid tumors: Challenges and breakthroughs
2025-Nov-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102353
PMID:40945517
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综述 | 本文综述了CAR-T细胞疗法在实体瘤治疗中面临的挑战、近期临床试验的突破,以及整合合成生物学和基因工程的新策略 | 重点介绍了整合合成生物学和基因工程的突破性策略,以增强CAR-T细胞的适应性、效力、持久性,激活宿主免疫,重编程肿瘤微环境,并实现多抗原靶向 | 讨论了当前临床前模型(如免疫缺陷小鼠的人源异种移植、人源化或同基因模型)在评估CAR-T细胞疗法疗效和安全性方面的优缺点 | 探讨如何克服CAR-T细胞疗法在实体瘤治疗中的局限性,并推动下一代CAR-T疗法的发展 | CAR-T细胞疗法及其在实体瘤中的应用 | NA | 实体瘤 | 合成生物学,基因工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 242 | 2025-12-22 |
Microwave-Activated Bacterial Biorobot for Multimodal Cancer Therapy
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504603
PMID:40789052
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研究论文 | 本文开发了一种微波激活的细菌生物机器人,用于实现多模态癌症治疗 | 利用微波对工程化大肠杆菌进行局部激活,结合葡萄糖氧化酶表达与表面CuO纳米颗粒的类芬顿反应,协同诱导多种肿瘤细胞死亡方式 | 未明确说明长期生物安全性、免疫原性及临床转化潜力 | 开发一种安全、可精确控制的多模态癌症治疗平台 | 工程化大肠杆菌(MG1655)及肿瘤细胞 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学工程、纳米材料修饰、转录组分析 | NA | 体外实验数据、体内实验数据、转录组数据 | NA | 合成生物学工程 | 大肠杆菌 | 微波激活的葡萄糖氧化酶表达系统 | 医学 |
| 243 | 2025-12-22 |
Computational tools for nonnatural pathway design: Algorithms, applications, and challenges
2025-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100041
PMID:41415682
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综述 | 本文综述了用于非天然代谢途径设计的计算工具,包括算法、应用及挑战 | 系统比较了基于模板和无模板两类主要计算方法,并汇编了55个实验验证的非天然途径数据集以评估方法优劣 | 计算预测与实验可行性之间存在差距,代谢负担增加和有毒中间体积累等挑战尚未完全解决 | 通过理性设计非天然代谢途径扩展生物转化的范围和效率 | 非天然代谢途径的计算设计方法 | 合成生物学 | NA | 计算建模与生物信息学分析 | NA | 代谢途径数据与文献数据集 | 55个实验验证的非天然途径 | NA | 微生物细胞工厂 | 非天然代谢途径 | 工业生物技术 |
| 244 | 2025-12-22 |
Recent advances of engineered probiotics for therapeutic applications
2025-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100039
PMID:41415685
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综述 | 本文综述了工程化益生菌在癌症、胃肠道疾病、传染病和代谢性疾病等人类疾病治疗中的最新应用进展 | 利用合成生物学技术开发工程化益生菌作为诊断工具和疾病治疗方法,强调其在多因素疾病治疗中的创新应用 | NA | 总结工程化益生菌在人类疾病治疗领域的最新研究进展,并探讨其发展挑战与机遇 | 工程化益生菌及其在人类疾病治疗中的应用 | 合成生物学 | 癌症、胃肠道疾病、传染病、代谢性疾病 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 益生菌 | NA | 医学 |
| 245 | 2025-12-22 |
Enzyme promiscuity in the field of synthetic biology applied to white biotechnology: Opportunities and weaknesses
2025-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100026
PMID:41415683
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综述 | 本文探讨了酶的多功能性在合成生物学应用于白色生物技术中的机遇与弱点 | 强调了酶多功能性作为地下代谢的来源,在构建高效生产路径中的优势,同时指出其可能导致产量损失和代谢干扰的挑战 | 未提供具体实验数据或案例研究,主要基于理论分析和展望 | 改善微生物细胞工厂在生物生产中的性能,通过理解酶多功能性来优化工程策略 | 微生物代谢网络和酶的多功能性 | 合成生物学 | NA | 系统生物学和合成生物学工具 | 机器学习 | 遗传、代谢、酶学和发酵过程数据 | NA | NA | 微生物 | 代谢网络工程 | 工业生物技术 |
| 246 | 2025-12-22 |
Innovative tools for customized yeast cell factory
2025-Jun, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100010
PMID:41416100
|
综述 | 本文简要综述了合成生物学创新工具在定制化酵母细胞工厂开发中的最新重要进展与前景 | 系统性地总结了推动酵母细胞工厂快速发展的多种创新工具,包括基因组编辑工具、计算工具、适应性实验室进化和生物DNA部件的标准化,并提供了实用指南 | NA | 为定制化酵母细胞工厂的新型、有效和高效开发提供实用指南 | 酵母细胞工厂及其相关的合成生物学工具 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑,适应性实验室进化,DNA部件标准化 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 基因、回路、通路和网络的重编程 | 食品,能源,医药,工业生物技术 |
| 247 | 2025-12-22 |
Utilizing plant synthetic biology to accelerate plant-microbe interactions research
2025-Jun, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100007
PMID:41416106
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综述 | 本文综述了植物合成生物学在加速植物-微生物互作研究中的应用,包括分子机制解析、抗病性增强和合成共生工程 | 利用合成生物学工具进行多基因表征和工程化,以解决传统方法在解析复杂通路交叉对话方面的不足 | NA | 加速植物-微生物互作研究,以提升生态系统韧性和作物产量 | 植物与有益及病原微生物的互作机制 | 合成生物学 | NA | 分子生物学、遗传学、合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | 植物 | 合成共生工程 | 农业 |
| 248 | 2025-12-22 |
Towards sustainable freshwater systems through plant synthetic biology engineering plants for sustainability
2025-Mar, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100009
PMID:41415721
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研究论文 | 本文探讨利用植物合成生物学工程化植物,以过滤海水和储存淡水,应对气候变化和淡水需求 | 提出结合自然设计原则和先进合成生物学工具(如计算蛋白质设计和定向进化),工程化植物平台以可持续方式提供淡水 | NA | 通过植物合成生物学开发可持续淡水系统,减少气候变化影响 | 植物作为合成生物学平台 | NA | NA | 计算蛋白质设计,定向进化 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 植物 | 工程化植物以过滤海水和储存淡水,结合自然组件和适应性特性 | 环境 |
| 249 | 2025-12-22 |
Yeast-secreted compounds with antifungal activity-screening, genetic parts, biosynthetic pathways, and regulation
2025-Jan-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf068
PMID:41258858
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综述 | 本文综述了酵母分泌的具有抗真菌活性的化合物,包括筛选方法、遗传元件、生物合成途径和调控机制 | 整合了当前关于酵母抗真菌化合物的分子知识,并提出了筛选和工程化这些化合物以应用于生物防治、食品保存和人类健康的新方法 | NA | 探索酵母分泌的抗真菌化合物,以开发新型抗真菌剂,应对抗真菌耐药性问题 | 酵母分泌的化合物,如铁螯合剂、生物表面活性剂、挥发性有机化合物、霉菌素和水解酶 | 合成生物学 | 真菌感染 | 合成生物学工具 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 酵母 | NA | 农业, 食品安全, 生物防治, 人类健康 |
| 250 | 2025-12-22 |
From bark to bench: innovations in QS-21 adjuvant characterization and manufacturing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1677995
PMID:41409277
|
综述 | 本文以皂苷类佐剂QS-21为核心案例,综述了佐剂开发中的关键挑战及新兴技术解决方案,并提出了整合合成生物学、人工智能和系统免疫分析的佐剂开发新愿景 | 提出了“从树皮到实验室”的整合佐剂开发管线,结合合成生物学、人工智能和系统免疫分析,以加速新一代佐剂的发现与应用 | 本文为综述性文章,未报告原始实验数据,主要基于现有文献进行分析和展望 | 探讨佐剂开发中的挑战与技术创新,特别是针对QS-21佐剂的特性改进与可持续生产 | 皂苷类佐剂QS-21及其类似物 | 生物医学工程 | NA | 合成生物学、生物工程、纳米颗粒制剂技术 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物、植物平台 | NA | 医药 |
| 251 | 2025-12-22 |
OpenIDS2: A low-cost, 3D-printed, open-source platform for reproducible construction of DNA microarray synthesizers
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0338478
PMID:41411291
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研究论文 | 本文介绍了OpenIDS2,一种低成本、开源、基于喷墨技术的第二代DNA合成器,旨在实验室环境中实现灵活且低成本的寡核苷酸合成 | OpenIDS2通过3D打印机械部件、定制PCB集成控制电子设备以及蠕动泵批量溶液输送系统,显著降低了设备体积和成本,提高了操作稳定性和可重复性 | NA | 开发一种开源、低成本的DNA微阵列合成器平台,以促进实验室自动化和寡核苷酸合成的可及性 | DNA微阵列合成器(OpenIDS2)及其合成性能 | 合成生物学 | NA | 磷酸胺化学合成、尿素-PAGE、HPLC | NA | NA | 合成了15-mer poly(dT)序列 | 3D打印、定制PCB | NA | NA | 生物技术、分子诊断、合成生物学 |
| 252 | 2025-12-21 |
Challenges and opportunities beyond antibody-drug conjugates: Toward a new era of programmable therapeutic proteins
2026-Jan-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.153018
PMID:41297517
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综述 | 本文综述了抗体-药物偶联物(ADCs)的当前成就与未解决问题,并强调了基于全基因编码蛋白质构建体的创新方向,特别是双功能嵌合蛋白,为下一代蛋白质治疗药物奠定基础 | 强调双功能嵌合蛋白作为ADCs的替代方案,整合基于支架的靶向域与肽衍生细胞毒性模块,具有高选择性、紧凑结构、低免疫原性和细菌表达兼容性,并利用合成生物学、展示系统和机器学习等技术加速其发现与优化 | NA | 探索超越ADCs的可编程治疗蛋白质,以克服ADCs的高成本、分子异质性、系统毒性和窄治疗窗等限制,推动标准化和可及性治疗的发展 | 抗体-药物偶联物(ADCs)及其替代方案,特别是双功能嵌合蛋白质构建体 | 个性化医疗 | 肿瘤学 | 合成生物学、展示系统、机器学习 | NA | NA | NA | NA | 细菌表达系统 | NA | 医学 |
| 253 | 2025-12-21 |
Synthetic bioengineered macrophages for immune cell functions in infectious disease cellular therapy
2025-Dec-20, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70254
PMID:41420534
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研究论文 | 本文提出了一种利用合成生物学方法改造巨噬细胞以治疗皮肤利什曼病的新策略 | 首次将AI设计的肽段与可诱导TET-ON基因回路结合,通过Tac-6纳米凝胶递送工程化巨噬细胞,实现靶向可控的免疫治疗 | 研究主要针对皮肤利什曼病,在其他感染或炎症疾病中的适用性需进一步验证,体内长期安全性和疗效评估尚不充分 | 开发针对皮肤利什曼病的精准免疫治疗方法 | 巨噬细胞及其在皮肤利什曼病感染中的免疫反应 | 合成生物学 | 皮肤利什曼病 | AI肽段设计、分子动力学模拟、基因回路工程 | NA | NA | NA | TET-ON基因回路 | 巨噬细胞 | 可诱导TET-ON基因回路,用于表达免疫调节肽PepA以增强IL-12产生和寄生虫清除 | 医学 |
| 254 | 2025-12-21 |
Reimagining colour with synthetic biology
2025-Dec-19, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.11.022
PMID:41419346
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2025-12-21 |
Designing prokaryotic gene expression regulatory elements: From genomic mining to artificial intelligence-driven generation
2025-Dec-17, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108781
PMID:41419171
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综述 | 本文系统回顾了原核基因表达调控元件的设计策略,从基因组挖掘到人工智能驱动的生成方法 | 强调了深度学习生成模型在调控元件设计中的应用,并整合了从经验挖掘到理性设计的演变过程 | NA | 优化微生物细胞工厂的生物生产,通过精细调控基因表达 | 原核基因表达调控元件 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、随机诱变、生物物理模型、人工智能 | 深度学习生成模型 | 序列数据 | NA | NA | 原核生物 | 基因表达调控元件 | 工业生物技术 |
| 256 | 2025-12-21 |
Synergistic defense in cotton: Lignin-mediated barriers and JA/ET signaling pathways against Verticillium wilt
2025-Dec-15, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2025.112943
PMID:41407016
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综述 | 本文综述了棉花通过木质素物理屏障与JA/ET信号通路协同防御黄萎病的机制 | 揭示了木质素介导的物理屏障与JA/ET信号通路的协同防御机制,并识别了关键调控因子(GhBLH7-D06、GhKWL1、GbTCP20) | 不同品种间通路贡献度存在争议,且环境调控机制尚不明确 | 阐明棉花抵御黄萎病的协同防御机制,为培育抗病品种提供理论依据 | 棉花(Gossypium spp.)及其与黄萎病菌(Verticillium dahliae)的互作 | 植物病理学/合成生物学 | 植物病害(黄萎病) | 多组学分析(multi-omics)、CRISPR基因编辑、合成生物学、预测建模 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 棉花(植物) | JA/ET信号通路与苯丙烷类代谢途径的协同调控网络,涉及木质素生物合成增强的防御回路 | 农业 |
| 257 | 2025-12-21 |
A Modular and Customizable CRISPR/Cas Toolkit for Epigenome Editing of Cis-regulatory Modules
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503917
PMID:41024337
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研究论文 | 本文开发了一种模块化CRISPR/Cas工具包,用于表观基因组编辑,以解析和工程化顺式调控模块的功能 | 开发了基于dead Cas9的DNA去甲基化(dCd)和DNA甲基化(dCm)平台,实现了对顺式调控模块的可编程编辑和跨物种移植性研究 | NA | 研究表观遗传标记如何因果影响顺式调控模块功能,并开发工具进行工程化调控 | 顺式调控元件和模块,包括植物和酵母中的表观遗传调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas表观基因组编辑,包括DNA甲基化和去甲基化技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物,酿酒酵母 | 逻辑门控基因调控,输入响应型合成表观基因组编辑器 | 合成生物学,性状设计 |
| 258 | 2025-12-21 |
Engineering the Link: From Genome Interaction Maps to Functional Insight
2025-Dec, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500525
PMID:41221676
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综述 | 本文探讨了如何利用基因组工程方法(如锌指蛋白、TALEs和CRISPR-Cas9)来靶向操控3D染色质结构,以揭示基因组结构与功能之间的因果联系 | 通过合成策略重新布线增强子-启动子通信,利用可编程DNA结合平台进行3D基因组工程,作为合成生物学的新支柱 | 当前方法在效率、可扩展性和特异性方面存在限制 | 理解并最终重编程基因组功能,特别是通过操控染色质结构来建立因果联系 | 3D染色质架构,特别是DNA环,以及增强子-启动子相互作用 | 合成生物学 | NA | 染色体构象捕获测序,基因组工程 | NA | 基因组相互作用数据 | NA | 锌指蛋白, TALEs, CRISPR-Cas9 | NA | 增强子-启动子通信的重布线,工程化染色质环 | 医学, 工业生物技术 |
| 259 | 2025-12-21 |
Genomic assembly, rescue, and characterization of a functional pseudorabies virus
2025-Nov-28, Virologica Sinica
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.virs.2025.11.010
PMID:41319833
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研究论文 | 本研究开发了一个基于酵母转化相关重组(TAR)技术的伪狂犬病病毒(PRV)基因组组装平台,用于功能拯救和表征合成病毒 | 利用TAR技术成功组装和拯救了高GC含量、重复序列复杂的PRV基因组,并引入CRISPR/Cas9编辑插入egfp基因 | 合成的PRV-GX-Syn1病毒滴度降低、噬斑变小,且在BALB/c小鼠中仍引起致死性感染,毒力未完全减弱 | 开发快速灵活的PRV基因组修饰平台,以促进基础研究和基于PRV的疫苗载体开发 | 伪狂犬病病毒(PRV),特别是基因型II变异株PRV-GX-2011 | 合成生物学 | 伪狂犬病(由伪狂犬病病毒引起) | 酵母转化相关重组(TAR)、CRISPR/Cas9基因组编辑 | NA | 基因组序列数据 | 使用PRV-GX-2011株进行基因组组装,并在Vero细胞和BALB/c小鼠中进行功能测试 | CRISPR-Cas9, TAR | 酿酒酵母(用于TAR组装)、Vero细胞(用于病毒拯救) | NA | 医学(疫苗开发) |
| 260 | 2025-12-21 |
Enabling neighbour labelling: using synthetic biology to explore how cells influence their neighbours
2024-Jan-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201955
PMID:38165174
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综述 | 本文综述了合成生物学和图像分析技术在探索细胞间相互作用中的最新进展,特别是在发育模型系统中的应用 | 整合合成生物学工具与图像分析,实现细胞邻居标记,以技术手段解决细胞间影响研究的挑战 | 在发育模型系统中的应用仍存在机会与限制,具体技术细节未详细说明 | 探索细胞如何影响其邻居,以理解发育过程中的细胞间相互作用 | 细胞间相互作用,特别是发育模型系统中的细胞 | 合成生物学 | NA | 合成生物学,图像分析 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |