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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2681 | 2024-08-07 |
Protein-Rich Rafts in Hybrid Polymer/Lipid Giant Unilamellar Vesicles
2024-Feb-12, Biomacromolecules
IF:5.5Q1
DOI:10.1021/acs.biomac.3c00972
PMID:38190609
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研究论文 | 本文介绍了在混合聚合物/脂质巨型单层囊泡(GUVs)中共同重组质子泵氧化酶和质子消耗ATP合酶的方法 | 本文提出了一种新的重组方法,通过融合/电形成技术,允许定制重组协议和控制囊泡大小,并提供了蛋白质标记的合成机制,模拟自然界中的相分离和蛋白质隔离 | 目前该方法主要限于天然脂质,对复杂和敏感的膜蛋白的同时插入仍具有实验挑战性 | 研究脂质筏在细胞功能中的作用,并开发一种合成替代方法来模拟细胞行为 | 质子泵氧化酶和质子消耗ATP合酶在混合聚合物/脂质巨型单层囊泡中的重组 | NA | NA | 融合/电形成技术 | NA | NA | NA |
2682 | 2024-08-07 |
De novo design of modular protein hydrogels with programmable intra- and extracellular viscoelasticity
2024-Feb-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309457121
PMID:38289949
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研究论文 | 本文利用计算设计方法,研究了蛋白质水凝胶的宏观粘弹性与其分子参数之间的关系 | 通过计算设计异二聚体可逆交联同寡聚体组件,实现了水凝胶在静止和低剪切下呈现流体特性,在高频率下呈现固体特性的独特行为 | NA | 探究蛋白质水凝胶的宏观粘弹性与其分子参数之间的关系 | 蛋白质水凝胶的分子参数及其宏观粘弹性 | 生物医学工程 | NA | 计算设计 | NA | 蛋白质水凝胶 | 涉及2、5、24或120个蛋白质组件的同寡聚体 |
2683 | 2024-08-07 |
De novo design of modular protein hydrogels with programmable intra- and extracellular viscoelasticity
2023-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.02.543449
PMID:37398067
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研究论文 | 本文利用计算设计方法,研究了蛋白质基材料的宏观粘弹性与其微观结构之间的关系 | 通过计算设计,实现了对蛋白质水凝胶的宏观粘弹性的系统编程和模块化构建 | NA | 探索分子参数如何影响蛋白质水凝胶的宏观粘弹性 | 蛋白质水凝胶的粘弹性特性 | 生物医学工程 | NA | 分子动力学模拟 | NA | 蛋白质 | 包含2、5、24或120个蛋白质成分的对称蛋白质同寡聚体 |
2684 | 2024-08-07 |
A New EBS2b-IBS2b Base Paring (A-8/T-8) Improved the Gene-Targeting Efficiency of Thermotargetron in Escherichia coli
2023-Feb-21, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03159-22
PMID:36809044
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research paper | 本文通过构建随机基因靶向质粒池(RGPP),研究了Thermotargetron(TMT)在不同靶点上的基因靶向效率,并发现了一种新的EBS2b-IBS2b碱基配对(A/T)显著提高了TMT的基因靶向效率。 | 发现了一种新的EBS2b-IBS2b碱基配对(A/T),显著提高了Thermotargetron(TMT)的基因靶向效率,并开发了基于新序列识别角色的计算机算法(TMT 1.0)。 | TMT在不同靶点上的基因靶向效率存在显著差异,导致成功率相对较低。 | 提高Thermotargetron(TMT)的基因靶向效率和成功率,扩展其在耐热中温菌和耐热菌基因组工程中的应用。 | Thermotargetron(TMT)的基因靶向效率和序列识别偏好。 | 基因工程 | NA | 基因靶向技术 | NA | DNA序列 | 随机基因靶向质粒池(RGPP)中的多个样本 |
2685 | 2024-08-07 |
Cell-Free Dot Blot: an Ultra-Low-Cost and Practical Immunoassay Platform for Detection of Anti-SARS-CoV-2 Antibodies in Human and Animal Sera
2023-Jan-31, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02457-22
PMID:36719206
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研究论文 | 介绍了一种名为细胞自由点印迹(CFDB)的超低成本免疫诊断平台,用于快速检测人类和动物血清中的抗SARS-CoV-2抗体 | CFDB方法的创新之处在于使用线性DNA在无细胞表达系统中产生融合了SpyTag肽的目标病毒抗原,无需传统克隆和抗原纯化;使用由大肠杆菌生产的SpyCatcher2-Apex2作为通用次级检测试剂;血清直接点在硝酸纤维素膜上,简化了下游孵育和洗涤步骤 | NA | 开发一种快速适应、经济实惠且全球可访问的诊断平台,以应对现有和新兴的公共卫生威胁,如COVID-19大流行 | 检测人类和动物血清中的抗SARS-CoV-2抗体 | 生物技术 | COVID-19 | 细胞自由点印迹(CFDB) | NA | 血清 | 人类血清(23份阴性,36份阳性)和仓鼠血清(16份阴性,36份阳性) |
2686 | 2024-08-07 |
The Use of Cell-free Protein Synthesis to Push the Boundaries of Synthetic Biology
2023-Jan-14, Biotechnology and bioprocess engineering : BBE
IF:2.5Q3
DOI:10.1007/s12257-022-0279-2
PMID:36687336
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综述 | 本文综述了无细胞蛋白合成的关键发展及其在合成生物学中的应用 | 无细胞系统利用提取的合成细胞机器,解决了活体系统复杂性和变异性的问题,提供了高灵活性和可访问性 | NA | 探讨无细胞蛋白合成系统的发展及其未来方向 | 无细胞蛋白合成系统及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白合成 | NA | 遗传信息 | NA |
2687 | 2024-08-07 |
Hydrophobic Interactions between DNA Duplexes and Synthetic and Biological Membranes
2021-06-09, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.0c13235
PMID:34015219
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研究论文 | 研究通过实验和原子分子动力学模拟,探讨了带有疏水锚定的DNA与合成和细胞膜的相互作用 | 首次详细研究了不同疏水修饰的DNA与脂质双层的相互作用,并揭示了其结构和能量学特性 | 研究主要集中在疏水修饰的DNA与脂质膜的相互作用,未涉及其他类型的DNA修饰 | 理解DNA与膜的相互作用,为合理设计功能性DNA提供指导 | 疏水修饰的DNA与合成和细胞膜的相互作用 | 生物物理学 | NA | 原子分子动力学模拟 | MD模拟 | NA | 不同脂质组成和电荷的脂质囊泡,以及不同疏水修饰的DNA |
2688 | 2024-08-07 |
FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data
2020-09-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00296
PMID:32854500
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FlopR的开源软件包,用于校准和标准化酶标仪和流式细胞仪数据的荧光测量 | 将现有方法整合并改进为单一软件工具,提高了数据的可互操作性 | NA | 开发和传播用于定量测量和数据分析的实用工具,以改善合成生物学社区的互操作性 | 酶标仪和流式细胞仪的荧光测量数据 | 合成生物学 | NA | 荧光测量 | NA | 荧光数据 | 使用绿色荧光蛋白(GFP)表达的一组常用组成型启动子进行验证 |
2689 | 2024-08-07 |
Optogenetic Repressors of Gene Expression in Yeasts Using Light-Controlled Nuclear Localization
2019-Oct, Cellular and molecular bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s12195-019-00598-9
PMID:31719930
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研究论文 | 研究通过光控核定位技术在酵母中实现基因表达的光遗传抑制 | 开发了一种新的光遗传工具,通过光控核定位实现对酵母基因表达的抑制 | 目前仅在模型生物酵母中进行了测试,尚未在其他医学相关的真菌中应用 | 探索在酵母中通过光控核定位实现基因表达抑制的可能性 | 模型生物酵母Saccharomyces cerevisiae | 生物技术 | NA | 光遗传学 | dCas9 | 基因表达 | 多种酵母细胞组成的异质群体 |
2690 | 2024-08-07 |
Communicating Structure and Function in Synthetic Biology Diagrams
2019-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.9b00139
PMID:31348656
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研究论文 | 本文描述了合成生物学中用于交流的图示标准SBOL Visual版本2,扩展了先前的图示标准,包括新的功能交互、分子物种类别、符号变体家族的支持以及模块化结构和系统元素之间映射的表示。 | SBOL Visual 2扩展了先前的标准,增加了新的功能交互、分子物种类别、符号变体家族的支持以及模块化结构和系统元素之间映射的表示,并澄清了多个要求和最佳实践,显著扩展了用于描述遗传特征的符号集合。 | NA | 旨在开发和描述合成生物学中用于交流的图示标准SBOL Visual版本2。 | 合成生物学中的图示标准及其在交流结构和功能方面的应用。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 图示 | NA |
2691 | 2024-08-07 |
SnoopLigase peptide-peptide conjugation enables modular vaccine assembly
2019-03-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-40985-w
PMID:30874593
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SnoopLigase的新型肽-肽连接方法,用于将抗原特异性和不可逆地耦合到寡聚化平台上,以开发广泛保护和可扩展的疫苗。 | SnoopLigase是一种从肺炎链球菌粘附素工程化的肽-肽连接方法,能够形成两个肽标签(DogTag和SnoopTagJr)之间的异肽键,为疫苗设计和合成生物学中的纳米结构构建提供了新的策略。 | NA | 开发一种新的平台和连接途径,将潜在的保护性抗原转化为广泛保护和可扩展的疫苗。 | SnoopLigase肽-肽连接方法及其在疫苗设计和合成生物学中的应用。 | 合成生物学 | 传染病 | SnoopLigase肽-肽连接 | NA | 肽和蛋白质 | 涉及两种血液期疟疾蛋白(来自PfEMP1或CyRPA)和一个与癌症免疫治疗相关的端粒酶肽。 |
2692 | 2024-08-07 |
A brief overview of synthetic biology research programs and roadmap studies in the United States
2016-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2016.08.003
PMID:29062951
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review | 本文简要概述了美国在合成生物学领域的研究项目和路线图研究 | NA | NA | 探讨美国在合成生物学领域的领导地位及其战略投资 | 合成生物学的研究项目和路线图研究 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2693 | 2024-08-07 |
Design of orthogonal genetic switches based on a crosstalk map of σs, anti-σs, and promoters
2013-Oct-29, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/msb.2013.58
PMID:24169405
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研究论文 | 本文通过DNA合成构建了86个ECF σ因子及其启动子和62个反σ因子,并研究了它们之间的相互作用特异性,以设计出正交遗传开关 | 通过组合不同亚组的-35和-10结合域构建嵌合体,增加了σ因子、反σ因子和启动子之间的正交性 | NA | 构建正交遗传开关,为合成生物学提供高质量的调控元件资源 | ECF σ因子、反σ因子和启动子的特异性及其相互作用 | 合成生物学 | NA | DNA合成 | NA | DNA序列 | 86个ECF σ因子,62个反σ因子,以及它们的启动子 |
2694 | 2024-08-07 |
Asymmetric positive feedback loops reliably control biological responses
2012-Apr-24, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/msb.2012.10
PMID:22531117
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研究论文 | 本文探讨了非对称正反馈回路在生物系统中的普遍性和其对生物反应控制的可靠性 | 揭示了非对称自上调(ASSURE)模体在进化上的优势及其在精确调节生物响应中的作用 | NA | 理解非对称正反馈回路在生物系统中的普遍性和其控制生物反应的机制 | 非对称正反馈回路在酵母中的转录调控网络中的特性 | 生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2695 | 2024-08-07 |
Enhancing circuit stability under growth feedback with supplementary repressive regulation
2024-Feb-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1233
PMID:38164993
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research paper | 本文提出了一种通过在生长敏感的双稳态电路中加入抑制边来增强电路稳定性的策略 | 通过模拟和体外实验,展示了这种额外的抑制节点如何稳定蛋白质水平并增强双稳态电路对生长反馈的鲁棒性 | NA | 实现电路性能的稳健性,稳定和隔离电路行为以抵抗生长变化 | 生长敏感的双稳态电路及其在生长反馈下的稳定性 | synthetic biology | NA | NA | NA | NA | NA |
2696 | 2024-08-07 |
Efficient natural plasmid transformation of Vibrio natriegens enables zero-capital molecular biology
2024-Feb, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgad444
PMID:38352175
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研究论文 | 本文介绍了一种高效的自然转化方法,用于在Vibrio natriegens中进行质粒转化,无需额外设备,实现了零成本分子生物学操作 | 开发了一种新的最小化竞争媒体(MCM),使用乙酸盐作为能源,使得细胞在同一媒体中完成创建、转化和恢复,无需更换或添加新鲜媒体 | NA | 探索Vibrio natriegens作为低成本和高可扩展性合成生物学底盘的潜力 | Vibrio natriegens的自然转化能力及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | 自然转化 | NA | DNA | 10 cfu/μg |
2697 | 2024-08-07 |
Molecular aspects of regeneration in insects
2024-Mar, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2023.12.011
PMID:38160963
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研究论文 | 本文探讨了昆虫再生过程中的分子机制,包括信号分子和表观遗传调控的作用 | 本文强调了表观遗传调控在再生过程中的关键作用,并探讨了其在再生医学和合成生物学领域的潜在应用 | NA | 探索和回顾再生分子基础,以促进再生医学的发展 | 昆虫的再生能力及其分子机制 | 再生医学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2698 | 2024-08-07 |
Minimizing endogenous cryptic plasmids to construct antibiotic-free expression systems for Escherichia coli Nissle 1917
2024-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.01.006
PMID:38348398
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研究论文 | 本研究通过工程化改造内源隐蔽性质粒pMUT1和pMUT2,构建了无需抗生素的表达系统,用于Nissle 1917大肠杆菌 | 本研究创新性地移除了非必需元素,并构建了合成启动子,实现了无需抗生素的表达系统 | NA | 解决Nissle 1917大肠杆菌依赖抗生素维持质粒基因的问题 | Nissle 1917大肠杆菌及其内源隐蔽性质粒pMUT1和pMUT2 | 合成生物学 | NA | 质粒工程化改造 | NA | NA | NA |
2699 | 2024-08-07 |
Transcriptomic and physiological analysis of the response of Spirodela polyrrhiza to sodium nitroprusside
2024-Feb-08, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-024-04766-6
PMID:38331719
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研究论文 | 研究了Spirodela polyrrhiza对硝普钠(SNP)的转录组和生理反应 | 揭示了SNP处理后S. polyrrhiza中代谢通量重新定向至淀粉合成和黄酮类化合物合成途径的机制 | NA | 探究SNP对S. polyrrhiza生长和代谢通量的影响及其分子机制 | Spirodela polyrrhiza对硝普钠的反应 | 合成生物学 | NA | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 2776个差异表达基因(1425个上调和1351个下调) |
2700 | 2024-08-07 |
Directed Evolution of 4-Hydroxyphenylpyruvate Biosensors Based on a Dual Selection System
2024-Jan-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25031533
PMID:38338812
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研究论文 | 本研究利用ADP1转录因子PobR开发了一种生物传感器,该传感器在结合其天然配体4-羟基苯甲酸(4HB)时激活P启动子。为了筛选对4-羟基苯丙酮酸(HPP)有反应的PobR突变体,我们开发了一种双重选择系统。 | 通过定向进化PobR库,我们获得了一种变体,其对4-羟基苯丙酮酸的反应性比原始PobR高5.1倍。 | NA | 开发一种有效的双重选择系统,用于生物传感器的定向进化。 | ADP1转录因子PobR及其对4-羟基苯甲酸和4-羟基苯丙酮酸的反应性。 | 合成生物学 | NA | 定向进化 | NA | NA | NA |