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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-05-25 |
Amalgamation of Biofilms and Synthetic Biology: A Paradigm Shift in Biotechnology
2026-Feb-17, Medical principles and practice : international journal of the Kuwait University, Health Science Centre
IF:2.9Q1
DOI:10.1159/000550994
PMID:41701651
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综述 | 本文综述了生物膜工程与合成生物学交叉领域的最新进展,重点介绍了调控生物膜行为以用于生物技术应用和解决相关挑战的策略 | 整合了噬菌体疗法、电遗传系统、微生物联合体设计、群体感应调控、遗传电路、胞外聚合物修饰和抗菌肽涂层表面等多种策略,实现了对生物膜结构、组成和代谢输出的精确调控 | 存在生物安全性、异质性、可扩展性和监管合规性等挑战 | 探讨合成生物学工具在生物膜工程中的应用,以优化生物膜在废水处理、生物修复、生物能源和诊断等领域的性能,并控制致病性生物膜 | 生物膜及其工程化系统 | 机器学习 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 遗传电路 | 环境, 能源, 医学 |
| 262 | 2026-05-25 |
Predicting lasso peptide structure with LassoPred
2026, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2026.01.037
PMID:42177065
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研究论文 | 提出LassoPred,一个基于机器学习的模块化计算流程,用于从序列预测套索肽的三维结构 | LassoPred通过整合ESM2嵌入训练的支持向量机分类器注释关键拓扑特征(异肽环和塞子残基),并采用拓扑感知的结构构建器组装和优化原子模型,实现了近实验精度,同时将预测时间缩短至分钟级,并将已知套索肽结构覆盖率从不足50个扩展至超过4000个基因组挖掘模型 | 输入标题与摘要中未明确提及局限性 | 从序列准确预测套索肽的三维结构,桥接序列发现与结构洞察的差距 | 套索肽(LaPs) | 机器学习 | NA | 机器学习、同源建模、能量最小化 | 支持向量机 | 序列数据 | 超过4000个基因组挖掘模型 | NA | NA | NA | 酶学、结构生物学、合成生物学、治疗学设计 |
| 263 | 2026-05-25 |
Pathway crosstalk enables degradation of aromatic compounds in marine Roseobacter clade bacteria
2025-09-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00978-25
PMID:40793766
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研究论文 | 通过多组学分析和CRISPR-Cas基因编辑,破译海洋玫瑰杆菌分支菌中芳香化合物的降解途径,发现β-酮己二酸途径与β-氧化途径在硫解步骤的交叉对话 | 首次揭示海洋玫瑰杆菌分支菌中芳香化合物降解的完整途径,并发现途径交叉对话的新机制 | 研究主要基于模型化合物,对其他芳香化合物的适用性及海洋环境中的实际降解效率尚待验证 | 阐明海洋细菌中芳香化合物的生物转化途径,为环境修复和生物碳循环利用奠定基础 | 海洋玫瑰杆菌分支菌中的芳香化合物降解途径 | 合成生物学 | NA | 多组学分析, CRISPR-Cas基因编辑, NGS | NA | 基因组数据, 代谢组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 海洋玫瑰杆菌分支菌 | β-酮己二酸途径与β-氧化途径的交叉对话 | 环境, 工业生物技术 |
| 264 | 2026-05-25 |
Enhanced phenanthrene degradation by a synthetically engineered E. coli consortium utilizing the SCRaMbLE for the evolution of key genes
2025-09-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139152
PMID:40628214
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研究论文 | 本研究利用SCRaMbLE方法对关键基因进行进化,构建了由三株工程化大肠杆菌组成的合成菌群,用于高效降解菲 | 首次将SCRaMbLE方法应用于多环芳烃降解菌群关键基因的定向进化,显著提升了菲的降解效率 | 研究仅测试了100 mg/L的菲浓度,未评估其他浓度或实际污染环境中菌群的降解性能 | 开发基于合成生物学和SCRaMbLE的微生物菌群策略,以增强菲的生物降解 | 菲,一种多环芳烃污染物 | 环境工程 | NA | SCRaMbLE | NA | 生物降解数据 | 三个工程化大肠杆菌菌株(E. coli SCRPHE033、E. coli SCRKA065、E. coli CRSA)在含有100 mg/L菲的MSM培养基中测试 | SCRaMbLE | 大肠杆菌BL21(DE3) | 菲完全矿化的三个分解代谢模块(上游、下游及辅助模块),整合17个关键基因 | 环境生物修复 |
| 265 | 2026-05-25 |
CTGCT, Centre of Excellence for the Technologies of Gene and Cell Therapy: Collaborative translation of scientific discoveries into advanced treatments for neurological rare genetic diseases and cancer
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.051
PMID:39760072
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评论 | CTGCT卓越中心旨在将科学发现转化为针对神经系统罕见遗传病和癌症的先进基因与细胞疗法 | 斯洛文尼亚首个此类中心,整合合成生物学工具、基因编辑、RNA技术、免疫调控工程及新型递送系统,建立GMP设施推动临床转化 | 尚未提供具体实验数据或临床结果评估 | 推动基因与细胞疗法从基础研究向临床应用转化 | 神经系统罕见遗传病和癌症 | 数字病理学 | 神经系统罕见遗传病, 癌症 | 基因编辑, 剪接技术, RNA技术, 免疫调控工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 266 | 2026-05-24 |
Unveiling the adaptive structure-function synergy in thermophilic translation initiation factor 1: A molecular dynamics framework
2026-Aug, Biophysical chemistry
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.bpc.2026.107644
PMID:42085878
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研究论文 | 通过分子动力学模拟揭示嗜热翻译起始因子1的结构-功能协同适应性机制 | 首次通过全原子分子动力学模拟系统比较嗜热与中温翻译起始因子1的动态特性,揭示嗜热因子通过扩展氢键和盐桥网络增强结构刚性的分子机制 | 仅基于计算机模拟,缺乏体外实验验证;仅研究了单一嗜热菌株的IF1蛋白 | 阐明嗜热细菌翻译起始因子1的热稳定性分子机制,为工程化耐热蛋白建立框架 | 嗜热菌Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum的IF1蛋白(TT_IF1)与中温菌Flavobacterium kingsejongi的IF1蛋白(FK_IF1) | 分子生物学 | 不适用 | 分子动力学模拟,主成分分析 | 不适用 | 模拟轨迹数据 | 每种IF1蛋白3次独立模拟,每次1000纳秒 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 合成生物学,工业生物技术 |
| 267 | 2026-05-24 |
PURE makes PURE: reconstitution of the PURE cell-free system from self-synthesized proteins
2026-May-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73337-0
PMID:42173857
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研究论文 | 本研究展示了PURE无细胞系统可以从其自身合成的蛋白质中重建,实现非核糖体蛋白质组分的自我再生 | 首次证明PURE系统中的36种非核糖体蛋白质可以完全通过该系统自身合成,并重建出功能完整的PURE系统,标志着向通用生化构建器迈出关键一步 | 尚未完全实现整个系统(包括核糖体和其他复杂组分)的自主复制,未提及长期稳定性和实际应用中的瓶颈 | 探索无细胞系统自我再生能力,推动通用生化构建器的实现 | PURE无细胞系统中36种非核糖体蛋白质 | 合成生物学 | NA | PURE无细胞系统,蛋白质纯化 | NA | NA | 36种非核糖体蛋白质及其组合 | NA | E. coli(用于制备PURE系统组分) | 自我再生回路(PURE系统组分自我合成与重建) | 合成生物学,生物技术 |
| 268 | 2026-05-24 |
The interaction between the RNA aptamer Dap1 and DasR mirrors DNA operator site recognition in GntR repressors
2026-May-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag489
PMID:42165134
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研究论文 | 揭示了RNA适配体Dap1与细菌阻遏蛋白DasR的相互作用机制,类似于GntR阻遏物中的DNA操纵子位点识别 | 首次解析了SELEX衍生的RNA适配体Dap1与GntR/HutC家族阻遏蛋白DasR的复合物晶体结构,发现其识别模式与DNA双链结合高度相似,并基于结构设计出新型适配体Dap1m1,实现了对同源蛋白NagR的调控 | 未提及实验的局限性,如适配体设计仅针对少数位点随机化,或对其他GntR家族成员的通用性有待验证 | 研究RNA适配体与细菌阻遏蛋白的相互作用,并探索设计新型适配体-蛋白相互作用对 | RNA适配体Dap1及其靶标GntR/HutC家族阻遏蛋白DasR,以及同源蛋白NagR | 合成生物学 | NA | X射线晶体学、SELEX | NA | 三维结构数据 | NA | SELEX | NA | RNA适配体调控回路(适配体-阻遏蛋白相互作用对) | 合成生物学、医学(基因调控应用) |
| 269 | 2026-05-24 |
Repurposing the Diatom Periplastidial Compartment for Heterologous Terpenoid Production
2026-May-08, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00919
PMID:42101919
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研究论文 | 系统剖析了硅藻周质体区室用于异源萜类化合物生产的潜力,并提出了该区室作为可工程化细胞内空间的策略 | 首次系统评估了硅藻中周质体区室(PPC)用于萜类生物合成的能力,揭示了所有主要异戊二烯磷酸前体在各区室中的可及性,并提出PPC作为与质体整合的可工程化空间 | 未明确说明本研究的局限性,但可能包括各区间产率差异及生理负担的未完全评估 | 探索硅藻周质体区室在异源萜类生产中的工程化潜力,并建立区室特异性工程策略 | 硅藻(三角褐指藻等)及其亚细胞区室(细胞质、叶绿体、周质体区室) | 合成生物学 | NA | 靶向异源合成酶表达、代谢工程 | NA | 代谢产物分析数据 | NA(涉及代表性半萜、单萜、倍半萜和四萜合成酶的多区室靶向实验) | NA | 硅藻 | 异源萜类生物合成通路(涉及DMAPP、GPP、FPP、GGPP前体的通路) | 工业生物技术、可持续生产 |
| 270 | 2026-05-24 |
Modeling the cost and benefit of proteome regulation in a growing bacterial cell
2018-05-09, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/aabe43
PMID:29658492
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研究论文 | 构建了一个描述生长分裂细菌细胞中蛋白质组调控成本与收益的数学模型 | 通过内部动态机制内源性决定细胞生长速率,并利用模型研究调控的生态位边界 | 模型基于简化假设,可能未涵盖真实细胞中所有调控复杂性 | 研究细菌细胞中蛋白质组调控的成本与收益平衡,确定有利于调控进化的环境条件 | 大肠杆菌细胞中的代谢蛋白和核糖体蛋白分配调控 | 合成生物学 | NA | NA | 数学模型 | 模拟数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 蛋白质组资源分配调控回路 | 工业生物技术, 合成生物学 |
| 271 | 2026-05-24 |
Template mediated protein self-assembly as a valuable tool in regenerative therapy
2018-04-11, Biomedical materials (Bristol, England)
DOI:10.1088/1748-605X/aab2fe
PMID:29489458
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研究论文 | 利用硅表面通过扩散限制聚集法自组装多种蛋白质,形成树枝状结构,用于再生治疗 | 提出一种无需电解质的扩散限制聚集方法,实现多种蛋白质在硅表面的自组装,并通过分形分析解释不同蛋白质的聚集路径差异 | 未讨论自组装结构在体内的长期稳定性和免疫原性 | 开发一种模板介导的蛋白质自组装平台,用于再生治疗中的表面修饰和细胞行为调控 | I型胶原蛋白、牛血清白蛋白、细胞色素C等蛋白质及大鼠骨髓干细胞 | 生物材料、再生医学 | NA | 扩散限制聚集法、分形分析 | NA | 图像 | 3种实验蛋白质和1种细胞模型(大鼠骨髓干细胞) | NA | NA | NA | 医学 |
| 272 | 2026-05-24 |
Bottom-up synthetic biology: modular design for making artificial platelets
2017-12-06, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/aa9768
PMID:29091050
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研究论文 | 本文提出了利用自下而上的合成生物学构建人工血小板的模块化设计方案 | 首次提出利用自下而上合成生物学概念构建人工血小板,并定义了四个功能模块以实现这一目标 | 未提供具体的实验验证或模块实现的详细技术细节 | 探索利用合成生物学构建人工血小板的可行性 | 人工血小板的模块化设计功能 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 人工血小板功能模块,包括凝血、黏附、释放等 | 医学 |
| 273 | 2026-05-23 |
Common γ-chain cytokines in brain tumor immunotherapy: Biological barriers and advances in macromolecular delivery systems
2026-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152288
PMID:42092664
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综述 | 本文综述了常见γ链细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的应用,重点讨论了生物屏障和基于大分子的递送系统的进展 | 系统阐述了血脑屏障和血液肿瘤屏障对免疫治疗的阻碍,并总结了纳米颗粒、外泌体和细胞载体等递送平台在增强细胞因子稳定性、肿瘤选择性和降低系统毒性方面的创新应用 | 未明确提及具体局限性,但暗示细胞因子疗法仍面临生物屏障、半衰期短和脱靶毒性等挑战 | 探讨常见γ链细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的潜力,并分析递送系统如何克服生物屏障以改善治疗效果 | 脑肿瘤(尤其是胶质瘤)及其免疫抑制微环境 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 纳米颗粒、外泌体、细胞载体 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 274 | 2026-05-23 |
Coarse-grained modeling of hydrodynamic behavior in DNA synthesis monomers
2026-May-28, The Journal of chemical physics
IF:3.1Q1
DOI:10.1063/5.0325256
PMID:42170875
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研究论文 | 提出了一种用于DNA合成单体粗粒化建模的方法,并研究了其流体动力学行为 | 首次提出DMT保护核苷酸单体的四珠粗粒化模型,并通过玻尔兹曼反演验证,计算效率提升20倍以上 | 未涉及实验验证或实际合成场景中的多因素影响 | 理解DNA合成中单体的微观动力学,优化合成参数 | DMT保护的核苷酸单体(腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤) | 机器学习 | NA | 粗粒化建模、随机欧拉-拉格朗日方法 | 粗粒化模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学,DNA数据存储 |
| 275 | 2026-05-23 |
Gene expression and metabolic regulation of carotenoid and withanolide biosynthetic pathways in Withania somnifera with emphasis on FPPS-mediated regulation
2026-May-22, Protoplasma
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s00709-026-02212-y
PMID:42171742
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研究论文 | 研究了睡茄中类胡萝卜素和睡茄内酯生物合成途径的基因表达与代谢调控,重点分析了法尼基焦磷酸合酶介导的调控作用 | 首次系统揭示了FPPS作为睡茄内酯生物合成关键通量调控酶的作用,并通过瞬时过表达验证了WsFPPS2对睡茄内酯含量的提升效果 | NA | 解析睡茄中类胡萝卜素和睡茄内酯生物合成途径的基因表达与代谢调控机制,探究FPPS作为代谢工程靶点的可行性 | 睡茄的营养组织和生殖组织,以及其22个相关基因的表达谱 | 植物生物学 | NA | 转录谱分析、瞬时过表达、系统发育分析 | NA | 基因表达数据、系统发育树 | NA | 瞬时过表达 | 睡茄 | NA | 医学、农业 |
| 276 | 2026-05-23 |
Programmable living therapeutics for cancer immunotherapy
2026-May-21, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2026.04.007
PMID:42119557
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综述 | 本文综述了合成生物学在癌症免疫治疗中可编程活体疗法的进展 | 系统总结了基于合成生物学电路的三类活体治疗手段(工程化CAR-T细胞、溶瘤细菌和溶瘤病毒)的设计策略与调控机制 | 临床转化面临电路复杂性、靶向精度、底盘优化及跨平台协同等关键挑战 | 探讨合成生物学驱动的精准、安全癌症免疫治疗活体疗法的当前进展与未来方向 | 工程化CAR-T细胞、溶瘤细菌、溶瘤病毒 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | T细胞, 细菌, 病毒 | 小分子响应开关、物理信号响应开关、肿瘤标志物响应开关、群体感应电路、肿瘤微环境响应逻辑、肿瘤选择性启动子、miRNA靶向模块、重定向衣壳/配体 | 医学 |
| 277 | 2026-05-23 |
Selective on-chip DNA synthesis using electric field-assisted PCR
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d5lc01200g
PMID:42015792
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于微电极阵列的电辅助聚合酶链反应(E-PCR)系统,用于选择性片上DNA合成 | 利用电场操控实现DNA选择性固定和酶介导的单链DNA合成,达到微尺度空间控制,并优化电场模式解决电化学稳定性和DNA完整性挑战 | NA | 开发一种稳健的选择性片上DNA合成平台,用于高通量酶促合成 | DNA合成过程中的电场操控和酶反应 | 合成生物学 | NA | E-PCR(电辅助聚合酶链反应) | NA | 核酸序列 | NA | NA | NA | NA | DNA数据存储,合成生物学,分子诊断 |
| 278 | 2026-05-23 |
Systematic investigation of double emulsion dewetting dynamics for the robust production of giant unilamellar vesicles
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d6lc00098c
PMID:42018534
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研究论文 | 系统研究了双乳液去湿润动力学,以稳健制备巨单层囊泡 | 揭示了脂质组成、水相条件、液滴约束和流体动力学对去湿过程的影响,并提出了在生理盐存在下通过增加膜堆积饱和度克服盐诱导抑制的新见解 | NA | 提高基于液滴微流体的巨单层囊泡平台的可靠性和可及性,以推动生物物理学、合成生物学和药物发现领域的发展 | 双乳液去湿润动力学及巨单层囊泡的形成 | 合成生物学 | NA | 双乳液液滴微流控 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物物理学, 合成生物学, 药物发现 |
| 279 | 2026-05-23 |
A combinatorial screening platform for in situ gene delivery to adherent cells via digital microfluidics and flexible electrodes
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d6lc00124f
PMID:42029944
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研究论文 | 开发了一种集成数字微流控与柔性电极的组合筛选平台,用于原位基因递送至贴壁细胞 | 通过数字微流控与柔性叉指电极阵列的集成,实现贴壁细胞低电压电穿孔及全自动试剂梯度生成,避免酶消化带来的生理应激 | NA | 解决传统电穿孔技术通量低、试剂消耗高及需细胞悬浮等问题,实现贴壁细胞原位高效基因递送 | 贴壁细胞(人真皮成纤维细胞) | 数字病理学 | NA | 数字微流控, 电穿孔 | NA | 图像 | NA | NA | 人真皮成纤维细胞 | NA | 再生医学, 合成生物学 |
| 280 | 2026-05-23 |
Marine bioactive compounds in the management of zoonotic parasitic diseases: public health ramifications, mechanisms, and translational prospects
2026-May-20, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2026.108574
PMID:42155906
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综述 | 本文综述了海洋来源的生物活性化合物在管理人兽共患寄生虫病中的应用,涵盖其作用机制、公共卫生影响及转化前景 | 系统总结了海洋生物活性物质抗寄生虫的多重机制,并引入AI辅助筛选、网络药理学和纳米技术等新型药物发现方法 | 海洋生物活性物的药代动力学、安全性和临床应用仍需进一步研究 | 探讨海洋生物活性化合物作为抗人兽共患寄生虫病创新药物的潜力 | 海洋来源的生物活性物质及人兽共患寄生虫病原体 | 机器学习 | 人兽共患寄生虫病 | AI辅助筛选, 网络药理学, 纳米技术 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |