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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2901 | 2025-10-05 |
Machine learning in predictive biocatalysis: A comparative review of methods and applications
2025-Nov, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108698
PMID:40885347
|
综述 | 比较分析机器学习在预测生物催化领域的方法与应用 | 系统比较了深度神经网络、卷积网络、图架构和Transformer等不同机器学习方法在生物催化预测中的优劣 | NA | 探讨机器学习在预测生物催化中的应用前景 | 酶功能预测、生物催化剂发现、反应建模和代谢途径优化 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 神经网络, 卷积网络, 图架构, Transformer | 生化数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 代谢工程, 绿色生物催化 |
| 2902 | 2025-10-05 |
Controlling complex rhythms: A hierarchical approach to limit cycle switching
2025-Sep-01, Chaos (Woodbury, N.Y.)
DOI:10.1063/5.0296708
PMID:40932349
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研究论文 | 本文提出一种分层控制方法,通过周期性调制实现非线性动力系统中极限环之间的可靠切换 | 开发了通过分层逐步周期性调制控制多节律性的方法,能够在保持系统其他特性的同时实现节律状态间的可靠切换 | NA | 研究非线性动力系统中极限环之间的分层动力学转变 | 非线性动力系统中的极限环和节律行为 | 动力系统理论 | NA | 周期性调制控制 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 神经工程,合成生物学 |
| 2903 | 2025-10-05 |
Genome mining and characterization of a heme-dependent enzyme catalyzing intermolecular Nitrogen-Nitrogen bond formation in hydrazinosuccinic acid biosynthesis
2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.08.006
PMID:40918557
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研究论文 | 通过基因组挖掘发现并表征了一种新型血红素依赖性酶系统,该酶催化分子间氮-氮键形成生成肼基琥珀酸 | 发现首个血红素依赖性酶系统能够催化分子间氮-氮键形成,并提出了涉及活性氮中间体的催化机制 | NA | 探索氮-氮键形成酶在天然产物生物合成中的作用机制 | 血红素酶与铁硫蛋白复合物系统 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、体内外重组、定点诱变、结构建模 | NA | 基因组数据、酶活性数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 2904 | 2025-10-05 |
Spatial Organization of the Metabolic Pathway for Enhancing l-Fucose Biosynthesis in Engineered Escherichia coli
2025-Sep-10, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c06801
PMID:40853549
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研究论文 | 本研究通过空间组织策略优化工程大肠杆菌中l-岩藻糖的生物合成途径 | 采用无支架酶组装和工程蛋白质区室化两种空间组织策略,首次系统性地优化l-岩藻糖生物合成途径的空间构型 | NA | 通过合成空间组织提高微生物生物合成效率 | 工程大肠杆菌中的l-岩藻糖生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、多酶复合物组装、蛋白质区室化 | NA | NA | NA | RIAD-RIDD肽相互作用、DIX结构域 | 大肠杆菌 | l-岩藻糖生物合成途径,包含WbgL和AfcA关键酶的多酶复合物,代谢通量导向系统 | 工业生物技术 |
| 2905 | 2025-10-05 |
Evolution and synthetic biology
2023-12, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2023.102394
PMID:37801925
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综述 | 本文综述了受进化观察启发的三个合成生物学领域:基于细胞的生物分子进化组合方法、建立微生物群落的工程互依赖性以及合成免疫学 | 系统梳理了进化观察如何为合成生物学设计提供灵感,并聚焦于三个具体研究方向的进化前提 | 仅涵盖了进化启发合成生物学应用的部分案例,未穷尽所有相关领域 | 探讨进化观察如何启发和塑造合成生物学与生物技术 | 合成生物学中受进化启发的技术平台和应用 | 合成生物学 | NA | 遗传电路构建、合成翻译系统、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 细胞、微生物群落 | 遗传电路、合成翻译系统、代谢途径 | 生物技术 |
| 2906 | 2025-10-05 |
Targeted metabolomics-guided rational refinement of cyanobacterial metabolism enables enhanced photosynthetic production of L-lysine
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.07.015
PMID:40754064
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研究论文 | 本研究通过靶向代谢组学指导蓝藻代谢工程,显著提高了光合作用驱动的L-赖氨酸产量 | 首次结合靶向代谢组学与合成生物学方法系统识别并解除蓝藻赖氨酸生物合成的限速步骤 | 研究仅针对Synechococcus sp. PCC 7002菌株,未在其他蓝藻中验证通用性 | 开发碳负排放的赖氨酸光合生物合成路线 | 聚球藻Synechococcus sp. PCC 7002 | 合成生物学 | NA | 靶向代谢组学, 合成生物学 | NA | 代谢物数据 | 工程菌株系列 | 代谢工程 | Synechococcus sp. PCC 7002 | 赖氨酸生物合成途径优化 | 工业生物技术, 能源 |
| 2907 | 2025-10-05 |
Genome mining of tailoring enzymes from biosynthetic gene clusters for synthetic biology: A case study with fungal methyltransferases
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.08.001
PMID:40774411
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的基因组挖掘方法,用于从真菌生物合成基因簇中识别可修饰聚酮底物的甲基转移酶 | 首次将机器学习方法应用于真菌甲基转移酶的功能预测,成功实现了对未知功能酶的精准筛选 | 仅针对甲基转移酶进行了验证,方法在其他类型修饰酶中的适用性仍需进一步验证 | 开发高效的基因组挖掘方法以识别真菌生物合成基因簇中的修饰酶 | 真菌天然产物生物合成基因簇中的甲基转移酶 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、机器学习 | 机器学习 | 基因组数据 | 101,321个真菌BGCs中的16,748个推定甲基转移酶 | NA | 微生物细胞工厂 | NA | 医药、生物工业 |
| 2908 | 2025-10-05 |
Advances in metabolic engineering of Vibrio natriegens as an unconventional host for biotechnology
2025-Nov, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.08.008
PMID:40834994
|
综述 | 本文综述了非传统生物技术宿主Vibrio natriegens在代谢工程领域的最新进展 | 利用Vibrio natriegens作为非传统生物技术宿主,具有高生长速率和天然感受态等独特优势 | NA | 总结Vibrio natriegens作为生物技术宿主的工程化进展和应用潜力 | Vibrio natriegens海洋细菌 | NA | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | Vibrio natriegens | 代谢途径、生物传感器、合成生物学回路 | 工业生物技术、环境、医药 |
| 2909 | 2025-10-05 |
The future of cultured meat: focusing on multidisciplinary, digitization, and nutritional customization
2025-Nov, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2025.117005
PMID:40922220
|
综述 | 本文综述了培养肉领域的前沿工程技术、生物材料应用,并探讨了通过生物工程、合成生物学和人工智能加速发展的未来趋势 | 重点关注培养肉的多学科融合、数字化技术和营养定制化发展方向 | NA | 促进智能细胞农业发展,实现定制化肉类产品生产 | 培养肉生产技术 | 生物技术 | NA | 组织工程、生物技术、生物工程、合成生物学、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 干细胞 | NA | 食品工业 |
| 2910 | 2025-10-05 |
Modular RNAi Pathway Engineering Enhances Plasmid Copy Number Control in Yeast Bioproduction System
2025-Oct, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70014
PMID:40583249
|
研究论文 | 通过构建正交RNA干扰系统开发了酿酒酵母中可动态调控质粒拷贝数的合成生物学平台 | 发现RNAi系统重建意外导致质粒拷贝数扩增,并据此开发了化学诱导型基因剂量控制平台 | NA | 优化微生物细胞工厂的代谢通量并减少细胞负担 | 酿酒酵母 | 合成生物学 | NA | RNA干扰 | NA | NA | NA | RNAi | 酿酒酵母 | 靶向质粒编码选择标记的序列特异性siRNA设计,类胡萝卜素生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 2911 | 2025-10-05 |
Engineered Coenzyme A Biosynthesis and Butyrate Transporter Drives High-Efficient Butyrate Synthesis in Escherichia coli
2025-Oct, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70018
PMID:40641096
|
研究论文 | 本研究通过工程化大肠杆菌的辅酶A生物合成和丁酸转运系统,实现了高效丁酸合成 | 通过解除辅酶A介导的抑制和优化TolC相关的MdtEF外排泵,协同提高了丁酸产量 | NA | 提高大肠杆菌中丁酸的合成效率和产量 | 大肠杆菌JH016菌株 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 异源丁酸生物合成途径,辅酶A生物合成途径优化,丁酸转运系统 | 化学工业, 食品工业, 制药工业 |
| 2912 | 2025-10-05 |
Synthetic biology-driven design and bioproduction of mechanical proteins
2025-Sep-09, Biomaterials science
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5bm00646e
PMID:40827630
|
综述 | 本文系统总结了结构蛋白异源生物合成的工程策略与最新进展 | 全面整合了表达宿主改造、分子设计创新和培养条件优化等关键方法 | NA | 推动高性能结构蛋白基生物材料的创新发展 | 重组结构蛋白 | 合成生物学 | NA | 异源生物合成 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 材料 |
| 2913 | 2025-10-05 |
Isoprenoids in eukaryotic phytoplankton: Metabolic diversity, eco-physiology, and biotechnological opportunities
2025-Sep-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf314
PMID:40707021
|
综述 | 本文全面评估了真核浮游植物中异戊二烯类化合物的生物合成、调控机制及其生态生理功能和生物技术应用 | 系统比较了不同微藻类群中MEP和MVA途径的区室化差异,揭示了藻类特有的酶适应性和谱系特异性类胡萝卜素生物合成酶 | NA | 阐明真核浮游植物中异戊二烯类化合物的代谢多样性、生态生理功能和生物技术潜力 | 真核浮游植物(微藻)的异戊二烯类代谢系统 | 合成生物学 | NA | 代谢工程,合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微藻 | 异戊二烯类生物合成途径(MEP和MVA途径) | 生物技术,工业生物技术 |
| 2914 | 2025-10-05 |
Reinforcement Learning-Based Target-Specific De Novo Design of Cyclic Peptide Binders
2025-Aug-28, Journal of medicinal chemistry
IF:6.8Q1
DOI:10.1021/acs.jmedchem.5c00789
PMID:40824037
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研究论文 | 提出基于强化学习的环肽结合剂从头设计框架CYC_BUILDER | 采用蒙特卡洛树搜索指导片段选择、肽链生长和结构优化,实现高效环化 | 仅实验验证了9个设计肽中的4个具有活性 | 开发计算设计环肽结合剂的新方法 | 环肽-蛋白质复合物 | 机器学习 | NA | 强化学习,蒙特卡洛树搜索 | 强化学习 | 蛋白质结构数据 | 9个设计肽的实验验证 | NA | NA | NA | 医药,合成生物学 |
| 2915 | 2025-10-05 |
An old dog with new tricks-the value of photorespiration as a central metabolic hub with implications for environmental acclimation
2025-Aug-04, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf258
PMID:40515676
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综述 | 探讨光呼吸作为中心代谢枢纽在环境适应中的新功能与价值 | 揭示光呼吸与气孔代谢调控的新联系,发现新型代谢参与者及细胞器间互作网络 | NA | 阐明光呼吸在光合作用和环境适应中的核心作用 | 光养生物的光呼吸代谢途径 | 植物代谢工程 | NA | 同位素标记、反向遗传学、合成生物学 | NA | 代谢通量数据 | NA | 合成生物学方法 | 植物 | 旁路途径整合、天然酶优化 | 农业 |
| 2916 | 2025-10-05 |
Microbial strategies on polyhydroxyalkanoates production from food waste to support the circular bioeconomy
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146023
PMID:40669653
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综述 | 本文重点探讨利用餐厨垃圾生产聚羟基脂肪酸酯的微生物策略及其在循环生物经济中的应用前景 | 系统总结了代谢工程和合成生物学在餐厨垃圾生物转化生产聚羟基脂肪酸酯中的最新微生物策略 | NA | 促进餐厨垃圾资源化利用和循环生物经济发展 | 餐厨垃圾和聚羟基脂肪酸酯 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物底盘细胞 | NA | 环境,工业生物技术 |
| 2917 | 2025-10-05 |
Heavy metals toxicity in plants: understanding mechanisms and developing coping strategies for remediation: a review
2025-Sep-04, Bioresources and bioprocessing
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40643-025-00930-4
PMID:40906247
|
综述 | 本文综述重金属对植物的毒性机制及基于自然的生物修复策略 | 系统整合分子耐受机制与新型生物修复技术,强调合成生物学在增强修复效率中的应用 | 未涉及具体田间应用的规模化挑战和长期生态影响评估 | 探讨重金属毒性机制及开发可持续环境修复策略 | 受重金属污染的植物及修复生物(植物、微生物) | 环境生物技术 | NA | 分子生物学、合成生物学、遗传工程 | NA | 文献数据 | NA | 遗传工程 | 超富集植物物种、耐金属微生物 | NA | 环境 |
| 2918 | 2025-10-05 |
Current advances and emerging prospects of specifically targeted antimicrobial peptides: A comprehensive review
2025-Sep, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147037
PMID:40848790
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综述 | 全面总结特异性靶向抗菌肽(STAMPs)的最新研究进展,包括其结构、抗菌活性、设计策略、应用领域及未来展望 | 系统阐述STAMPs的靶向-连接-杀伤三域结构设计理念及其精准消除特定病原体的创新机制 | 未明确提及具体实验数据或临床研究案例 | 探讨STAMPs作为精准抗菌策略的开发与应用前景 | 特异性靶向抗菌肽(STAMPs) | 合成生物学 | NA | 计算机辅助设计(CAD) | NA | 文献资料 | NA | NA | NA | 靶向-连接-杀伤三域结构设计 | 临床医学, 农业, 生物材料, 食品保鲜 |
| 2919 | 2025-10-05 |
Progress on the synthesis of bioengineered heparin as an alternative to animal-derived heparin active pharmaceutical ingredient
2025-Nov-15, Carbohydrate polymers
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.carbpol.2025.124099
PMID:40912801
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综述 | 本文综述了通过微生物发酵和酶修饰合成生物工程肝素的近期进展 | 结合合成生物学与先进生物加工技术开发结构明确的生物工程肝素,作为传统动物源肝素的可持续替代品 | 仍面临肝素聚糖分子量精确控制、硫酸化模式优化、结构功能等效性验证和工业规模工艺验证等关键挑战 | 开发安全、均质且可扩展的生物工程肝素作为动物源肝素的替代品 | 生物工程肝素活性药物成分 | 合成生物学 | NA | 微生物发酵、酶修饰、分析表征 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 肝素聚糖生物合成途径、酶促硫酸化策略 | 医药 |
| 2920 | 2025-10-05 |
Synthetic approaches to enhance biological carbon capture
2025-Oct, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103350
PMID:40882447
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综述 | 本文综述了通过合成生物学和生物工程方法增强生物碳捕获效率的最新研究进展 | 超越传统卡尔文循环改造,探索为CBB循环提供能量的新方法、开发体内自养合成途径以及构建全新碳固定途径 | NA | 开发提高碳捕获效率、生物质生产力和可持续能源整合的生物工程框架 | 卡尔文-本森-巴沙姆循环、RuBisCO酶、合成碳固定途径 | 合成生物学 | NA | 生物工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 卡尔文-本森-巴沙姆循环增强、新型碳固定途径、自养合成途径 | 环境 |