合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-03-12	The mutational landscape of Bacillus subtilis conditional hypermutators shows how proofreading skews DNA polymerase error rates 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf147 PMID:40057377	研究论文	本文研究了DNA复制过程中聚合酶错误对突变率的影响，并探讨了DNA聚合酶初始核苷酸选择性、校对和错配修复（MMR）在突变率中的作用	通过构建条件性超突变体并使用数学模型分析，揭示了校对如何防止MMR的部分饱和，并放大了核苷酸选择性的内在偏差	研究中使用的计数方法可能聚合了异质性突变，且对野生型中突变途径的了解有限	解析DNA聚合酶初始核苷酸选择性、校对和错配修复对突变率的贡献	革兰氏阳性模型细菌枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）	分子生物学	NA	突变积累实验、数学模型分析	NA	突变数据	多个条件性超突变体
282	2025-03-11	Unraveling the hydroxylation and methylation mechanism in polymethoxylated flavones biosynthesis in Dracocephalum moldavica 2025-Apr, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109571 PMID:39919496	研究论文	本研究揭示了Dracocephalum moldavica中多甲氧基黄酮（PMFs）生物合成中的羟基化和甲基化机制	首次在D. moldavica中鉴定了与PMFs生物合成相关的三种黄酮羟化酶（DmFH1/2/3）和四种黄酮O-甲基转移酶（DmOMT1/2/3/4），并揭示了其催化机制	研究仅限于D. moldavica，未在其他植物中进行验证	阐明D. moldavica中PMFs生物合成的羟基化和甲基化机制	Dracocephalum moldavica中的多甲氧基黄酮（PMFs）	植物生物学	NA	转录组分析、异源表达	NA	转录组数据	NA
283	2025-03-11	Building Climate-Resilient Crops: Genetic, Environmental, and Technological Strategies for Heat and Drought Stress Tolerance 2025-Mar-10, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/eraf111 PMID:40062368	综述	本文探讨了气候变化导致的干旱和热胁迫对全球作物生产的威胁，并提出了通过遗传、环境和技术策略增强作物耐热和耐旱性的方法	强调了将基础研究与实际农业环境相结合的重要性，并讨论了合成生物学、先进育种技术和高通量表型分析等新兴技术	当前育种计划和模型在应对复杂耐性机制和农业环境变异性方面存在局限性	研究如何通过遗传、环境和技术策略增强作物对热和干旱胁迫的耐受性	主要粮食作物，如小麦、水稻、大豆和玉米	农业科学	NA	合成生物学、先进育种技术、高通量表型分析	NA	NA	NA
284	2025-03-11	Engineering nitrogen and carbon fixation for next-generation plants 2025-Mar-07, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102699 PMID:40056871	研究论文	本文探讨了利用合成生物学技术优化植物氮和碳固定机制，以提高农业生产力和生态可持续性	结合定向进化、人工智能引导的酶设计和代谢工程，优化氮酶和碳固定循环，增强植物在极端环境下的生长能力	NA	提高植物氮和碳的获取与同化能力，以应对全球农业、粮食安全和生态可持续性的挑战	植物氮和碳固定机制	合成生物学	NA	定向进化、人工智能引导的酶设计、代谢工程	NA	NA	NA
285	2025-03-11	Rational multienzyme architecture design with iMARS 2025-Mar-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.12.029 PMID:39855196	研究论文	本文介绍了一种名为iMARS的标准化框架，用于快速设计最佳的多酶架构，以提高催化效率	iMARS框架通过整合高通量活性测试和结构分析，实现了多酶架构的优化设计，显著提高了多种生物催化反应的效率	文中未明确提及该方法的局限性	研究目的是开发一种能够优化多酶架构设计的方法，以提高生物催化反应的效率	研究对象为多酶架构及其在生物催化反应中的应用	合成生物学	NA	高通量活性测试、结构分析	NA	NA	NA
286	2025-03-11	Engineering Plasmids with Synthetic Origins of Replication 2025-Feb-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639468 PMID:40027650	研究论文	本文通过重构天然pMB1复制起点，创建了具有可定制拷贝数的质粒，并展示了合成复制起点（SynORI）的模块化工程能力	提出了合成复制起点（SynORI）的概念，实现了质粒拷贝数的可定制化和模块化响应环境信号的能力	研究主要局限于大肠杆菌中，未在其他微生物中验证其通用性	开发具有可定制拷贝数和模块化响应能力的合成质粒，以增强其在合成生物学中的应用	质粒的复制起点	合成生物学	NA	合成RNA调控	NA	NA	6个正交SynORI质粒在大肠杆菌中共同维持一周
287	2025-03-11	S-layers: from a serendipitous discovery to a toolkit for nanobiotechnology 2025-01-17, Quarterly reviews of biophysics IF:7.2Q1 DOI:10.1017/S0033583524000106 PMID:39819733	综述	本文回顾了S层研究的早期历史，特别是'维也纳S层小组'的贡献，并探讨了S层在生物和纳米技术、合成生物学、仿生学、生物医学和诊断学中的应用潜力	本文通过回顾S层研究的早期历史，展示了S层作为分子构建工具在多个领域的广泛应用潜力，特别是其在生物和纳米技术中的应用	本文主要基于历史回顾和个人笔记，可能缺乏最新的研究进展和数据分析	探讨S层的结构、化学、遗传和形态发生，并展示其在生物和纳米技术中的应用潜力	原核微生物的S层结构	生物技术	NA	NA	NA	NA	NA
288	2025-03-11	Organelle-Specific Smart Supramolecular Materials for Bioimaging and Theranostics Application 2024-Nov-28, Topics in current chemistry (Cham) DOI:10.1007/s41061-024-00483-8 PMID:39607460	综述	本文总结了基于智能荧光团的纳米结构在特定细胞器中的制备，用于高效的生物成像和癌症治疗应用	提出了在特定细胞器中通过刺激响应形成超分子纳米结构的方法，用于生物成像和治疗	讨论了细胞内自组装在治疗应用中的挑战和前景	研究智能超分子材料在生物成像和治疗中的应用	细胞器中的超分子纳米结构	合成生物学	癌症	荧光成像	NA	NA	NA
289	2025-03-10	Overcoming ice: cutting-edge materials and advanced strategies for effective cryopreservation of biosample 2025-Mar-07, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03265-6 PMID:40050919	review	本文综述了生物样本冷冻保存中的关键挑战和先进策略，包括冰的形成与生长、冷冻保护剂的局限性，以及提高冷冻保存效果的材料和技术	提出了多学科协同方法，结合合成生物学、纳米技术、微流体和3D生物打印等技术，推动冷冻保存技术的发展	现有冷冻保护剂存在细胞毒性问题，且冷冻保存技术并非总是有效	探索高效冷冻保存生物样本的方法和技术	生物样本，包括细胞、组织和生殖资源	生物医学工程	NA	冷冻保存技术、纳米技术、微流体、3D生物打印	NA	NA	NA
290	2025-03-10	Bacterial DNA methylases as novel molecular and synthetic biology tools: recent developments 2025-Mar-06, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-025-13442-0 PMID:40047928	综述	本文综述了细菌DNA甲基化酶的类型、定向甲基化或去甲基化的主要技术，以及这些酶在分子和合成生物学中的最新作用	探讨了细菌甲基化酶在定向DNA甲基化、DNA组装技术改进、细菌转化效率提升以及作物植物工程中的应用	未提及具体的研究限制	探讨细菌DNA甲基化酶在分子和合成生物学中的应用及其潜力	细菌DNA甲基化酶及其在遗传工程、细菌学、生物技术和农业中的应用	合成生物学	NA	定向甲基化、DNA组装、细菌转化	NA	NA	NA
291	2025-03-10	SynBioNanoDesign: pioneering targeted drug delivery with engineered nanomaterials 2025-Mar-06, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03254-9 PMID:40050980	review	本文综述了合成生物学在推动工程纳米材料用于靶向药物递送系统中的关键作用	探讨了合成生物学与纳米技术的融合，以及如何通过生物原理设计新型纳米材料	讨论了SynBioNanoDesign在药物递送中的挑战、当前弱点、机会、未来方向及伦理和社会影响	推动工程纳米材料在靶向药物递送系统中的应用	工程纳米材料	生物医学工程	NA	合成生物学工具	NA	NA	NA
292	2025-03-10	Prospects for synthetic biology in 21st Century agriculture 2024-Dec-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.12.016 PMID:39742963	研究论文	本文探讨了植物合成生物学在21世纪农业中的前景，强调了其在提高粮食安全、应对气候变化和实现可持续农业实践方面的潜力	通过整合先进的遗传工具、计算建模和系统生物学，研究人员能够精确修改植物基因组，以增强产量、抗逆性和养分利用效率等特性	尽管植物合成生物学在农业中具有巨大潜力，但仍面临监管批准和公众接受度方面的挑战	探讨植物合成生物学在农业中的应用，以应对全球粮食安全挑战并实现环境可持续性	植物基因组	合成生物学	NA	遗传工具、计算建模、系统生物学	NA	NA	NA
293	2025-03-09	Treatment of neurological pathology and inflammation in Machado-Joseph disease through in vivo self-assembled siRNA 2025-Mar-06, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae304 PMID:39315766	研究论文	本研究开发了一种合成生物学策略，通过重编程宿主肝脏作为组织底盘，诱导并递送体内自组装的小干扰RNA（siRNA）以靶向ATXN3基因，从而治疗Machado-Joseph病（MJD/SCA3）的神经病理和炎症	利用合成生物学策略重编程肝脏，使其能够自组装、生产和分泌封装有mATXN3-siRNA的小细胞外囊泡，并通过内源性循环系统跨越血脑屏障，达到小脑皮层和脊髓小脑束，从而抑制mATXN3蛋白的表达	研究仅在YACMJD84.2转基因小鼠中进行，尚未在人类临床试验中验证其有效性和安全性	开发一种新的治疗策略，通过体内自组装的siRNA靶向ATXN3基因，以治疗Machado-Joseph病（MJD/SCA3）	YACMJD84.2转基因小鼠	合成生物学	Machado-Joseph病（MJD/SCA3）	siRNA技术	转基因小鼠模型	NA	YACMJD84.2转基因小鼠
294	2025-03-09	Genome-wide exploration: Evolution, structural characterization, molecular docking, molecular dynamics simulation and expression analysis of sugar transporter (ST) gene family in potato (Solanum tuberosum) 2025-Mar-01, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108402 PMID:40054022	研究论文	本文通过全基因组探索，对马铃薯中的糖转运蛋白（ST）基因家族进行了进化、结构表征、分子对接、分子动力学模拟和表达分析	首次对马铃薯中的糖转运蛋白基因家族进行了全面的结构表征和表达分析，并通过分子对接和分子动力学模拟验证了其功能	研究主要基于计算模拟和表达分析，缺乏实验验证	研究马铃薯中糖转运蛋白基因家族的功能及其在糖转运和积累中的作用	马铃薯（Solanum tuberosum）中的糖转运蛋白基因家族	植物分子生物学	NA	RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟	NA	基因组数据, 蛋白质结构数据, 表达数据	61个StSTs基因
295	2025-03-09	Engineering water exchange is a safe and effective method for magnetic resonance imaging in diverse cell types 2024-Apr-22, Journal of biological engineering IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13036-024-00424-5 PMID:38649904	研究论文	本文研究了水通道蛋白Aqp1在多种细胞类型中作为磁共振成像报告基因的安全性和有效性	研究表明Aqp1过表达不会对细胞活力或形态产生不利影响，且不会引起ER应激，这为Aqp1作为遗传报告基因的广泛应用提供了安全依据	研究仅限于小鼠和人类细胞系，未涉及体内实验	评估Aqp1作为磁共振成像报告基因的安全性和有效性	小鼠和人类来源的多种细胞系	生物医学工程	NA	磁共振成像	NA	细胞生理数据	多种小鼠和人类细胞系
296	2025-03-08	Large language model for knowledge synthesis and AI-enhanced biomanufacturing 2025-Mar-05, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.02.008 PMID:40050157	综述	本文综述了大语言模型（LLMs）在合成生物学（SynBio）教育和研究中的进展及其在生物制造中的潜在影响	探讨了LLMs在从非结构化数据中提取SynBio信息、构建知识图谱、实现检索增强生成等方面的应用，并预测LLMs将革新代谢建模和工程中的设计-构建-测试-学习（DBTL）周期，并推动未来生物制造中的自动驾驶实验室	需要建立LLMs的基准，促进可信的知识合成，发展生物安全框架以防止滥用，并鼓励人工智能科学家、SynBio研究人员和生物过程工程师之间的合作	探讨LLMs在合成生物学和生物制造中的应用和潜在影响	大语言模型（LLMs）及其在合成生物学和生物制造中的应用	自然语言处理	NA	NA	大语言模型（LLMs）	非结构化数据	NA
297	2025-03-08	Principles for introducing new genes and species for conservation 2025-Mar, Trends in ecology & evolution IF:16.7Q1 DOI:10.1016/j.tree.2024.11.011 PMID:39667987	研究论文	本文探讨了将新基因和新物种引入生态系统的机会和复杂决策，结合了生物、法律、社会、文化和伦理考虑，提出了一套全面的原则，以帮助保护管理者应对新兴技术	首次将生物、法律、社会、文化和伦理等多方面因素结合，提出了一套全面的原则，以指导保护管理者在面对高后果保护决策时进行综合考虑	未具体说明这些原则在实际应用中的具体效果和潜在问题	为保护管理者提供一套全面的原则，以应对新兴技术带来的高后果保护决策	新基因和新物种的引入	生态保护	NA	NA	NA	NA	NA
298	2025-03-08	From specialization to broad adoption: Key trends in droplet microfluidic innovations enhancing accessibility to non-experts 2025-Mar, Biomicrofluidics IF:2.6Q2 DOI:10.1063/5.0242599 PMID:40046719	综述	本文综述了液滴微流体技术的最新进展，旨在提高系统的稳健性和可访问性，使其更易于非专业实验室使用	讨论了液滴微流体技术从专业化到广泛采用的关键趋势，特别是商业化和自动化方面的创新	商业解决方案的适应性通常不如内部开发的设备	提高液滴微流体技术的稳健性和自动化，促进技术向非专业实验室的转移	液滴微流体技术及其在单细胞研究、合成生物学、定向进化和诊断等领域的应用	微流体技术	NA	液滴生成、试剂添加、分裂、洗涤、孵育、分选和分配	NA	NA	NA
299	2025-03-08	Decoding and reengineering the promoter specificity of T7-like RNA polymerases based on phage genome sequences 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf140 PMID:40042813	研究论文	本文通过挖掘噬菌体基因组中的启动子，揭示了T7样RNA聚合酶与启动子之间的特异性相互作用规则，并设计了正交性更强的T7 RNAP-启动子变体	首次全面挖掘了多种ssRNAPs的启动子，并通过序列共变分析揭示了T7样RNA聚合酶与启动子之间的关键位点相互作用网络，设计了正交性更强的变体	研究主要集中于T7样RNA聚合酶，其他类型的ssRNAPs的启动子特异性规则仍需进一步探索	揭示T7样RNA聚合酶与启动子之间的特异性相互作用规则，并设计正交性更强的RNAP-启动子变体	噬菌体基因组中的启动子和T7样RNA聚合酶	合成生物学	NA	基因组挖掘、序列共变分析	NA	基因组序列	多种噬菌体基因组
300	2025-03-08	DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae409 PMID:39162313	研究论文	本文介绍了一种名为DeepEnzyme的深度学习模型，该模型结合了Transformer和图卷积网络（GCN），通过利用蛋白质的序列和3D结构信息来提高酶周转数（kcat）的预测准确性	DeepEnzyme模型首次结合了Transformer和GCN，利用蛋白质的序列和3D结构信息进行kcat预测，显著提高了预测的准确性和鲁棒性，特别是在处理与训练数据集序列相似性低的酶时	尽管DeepEnzyme在kcat预测上取得了显著进展，但其在处理与训练数据集序列相似性极低的酶时，可能仍存在一定的预测误差	提高酶周转数（kcat）的预测准确性，以支持蛋白质工程和合成生物学等领域的研究	酶的周转数（kcat）	机器学习	NA	深度学习	Transformer, GCN	蛋白质序列和3D结构数据	NA