合成生物学相关文章

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当前共找到 5865 篇文献,本页显示第 281 - 300 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 工程工具 宿主生物 回路设计 应用领域
281 2026-09-24
Combinatorial and Inducible CRISPRa/i Enables Canalized hiPSC Forward Programming and Iterative Refinement via Single-Cell Genomics
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种组合诱导型CRISPRa/i平台,用于人诱导多能干细胞的正向编程和通过单细胞基因组学进行迭代优化 开发了CIRI平台,在安全港工程化的hiPSCs中实现四环素响应型sgRNA携带模块化RNA适配体,招募RNA结合蛋白和效应结构域,从单一dCas9实现多模式调控,包括正交的CRISPRa/i;优化sgRNA-适配体架构后,在hiPSCs和hiPSC衍生心脏类器官中实现稳健的CRISPRa和CRISPRi;通过激活MYOD1同时抑制MYF5、MYH9和PAX7,快速引导hiPSC正向编程为骨骼肌细胞;组合池式双导单细胞RNA测序筛选确定NR2F2为障碍,MEF2C和MYOCD为肌源性成熟的协同增强子 NA 在生理相关模型中实现合成基因调控逻辑,用于机制发现和转化工程 人诱导多能干细胞(hiPSCs)及其衍生物(如心脏类器官和骨骼肌细胞) 合成生物学 NA CRISPRa/i, 单细胞RNA测序 CRISPRa/i 单细胞RNA测序数据 NA CRISPR-Cas9 人诱导多能干细胞(hiPSCs) 四环素响应型sgRNA携带模块化RNA适配体,招募RNA结合蛋白和效应结构域,从单一dCas9实现正交CRISPR激活和干扰 医学
282 2026-09-24
Spatial Regulation of CAR Signaling Enables Logic-Gated Activity
2026-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该论文设计了一种新型的AND门控CAR受体MANTIS,利用细胞外受体尺寸差异来调控CAR信号,实现对两种抗原组合的特异性识别 提出了一种基于细胞外受体尺寸差异来调控CAR信号的全新AND门控受体MANTIS,通过空间位阻阻断和脱落机制实现逻辑门控活性 摘要中未提及该研究的局限性 设计能够识别抗原组合的AND门控CAR,提高CAR T细胞对癌细胞的特异性并扩大可靶向抗原范围 CAR T细胞、癌细胞、正常细胞 合成生物学 癌症 NA NA NA NA NA T细胞 AND门控受体MANTIS,利用细胞外受体尺寸差异和空间位阻阻断机制 医学
283 2026-09-24
Life beyond 6000 genes: from sequence to synthesis in a post-genomics era
2026-Jan-05, FEMS yeast research IF:2.4Q3
综述 本文回顾了酵母基因组测序三十年来的发展,从序列解码到合成基因组学,并展望了人工智能和生物电子学对未来酵母基因组学和工程生物学的影响 系统总结了从酵母基因组测序到Sc2.0合成基因组计划的演进历程,并前瞻性地探讨了人工智能和生物电子学在酵母工程生物学中的潜在应用 作为综述文章,未提供原始实验数据,对酵母基因组暗物质的讨论仍停留在问题提出层面,未给出具体解决方案 回顾酵母基因组学三十年发展历程,阐述从基因组测序到合成基因组学的转变,并展望未来三十年酵母基因组学和工程生物学的发展方向 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)基因组及以其为平台的合成生物学和工程生物学研究 合成生物学 NA 基因组测序、功能基因组学、系统生物学、合成基因组学、人工智能、生物电子学 NA 文本 NA NA 酿酒酵母 NA 医学, 工业生物技术, 能源, 材料
284 2026-09-24
ChronoSort: Revealing Hidden Dynamics in AlphaFold3 Structure Predictions
2025-Dec, SynBio
研究论文 该研究开发了ChronoSort算法,从AlphaFold3的静态结构预测中提取动态构象信息,并证明其与分子动力学模拟结果高度相关。 首次证明AlphaFold3的结构集合包含与分子动力学模拟高度相关的动态信息,并提出ChronoSort算法将静态预测组织成时间连贯的轨迹。 未明确说明,可能依赖于AlphaFold3预测质量且仅在四个蛋白质靶标上验证。 探索从AlphaFold3结构预测中提取蛋白质动态信息的可行性,并开发相应算法。 四种不同的蛋白质靶标。 计算生物学、结构生物信息学 NA AlphaFold3结构预测、分子动力学模拟 AlphaFold3 蛋白质结构数据 四种蛋白质 NA NA NA 医学、合成生物学、蛋白质工程、药物发现
285 2026-09-24
Smart closed-loop drug delivery systems
2025-Oct, Nature reviews bioengineering
综述 本文综述了智能闭环药物递送系统在可穿戴和可植入技术方面的最新进展,探讨了设备设计、人工智能增强控制算法以及合成生物学整合等关键问题 强调将合成生物学和工程化细胞整合到可植入设备中,并利用人工智能增强闭环系统的控制算法以实现更有效和自适应的个性化治疗 可穿戴与可植入系统之间存在设计权衡,实时生物传感与自动给药整合仍面临挑战 探讨智能闭环系统在长期慢性病管理或治疗中的药物递送应用,勾画下一代闭环系统的发展路径 智能闭环药物递送系统,包括可穿戴和可植入技术 数字病理学 NA 实时生物传感、自动药物递送、人工智能控制算法、合成生物学 NA 文本 NA NA NA 闭环控制系统 医学
286 2026-09-23
Advances in erythritol production through synthetic biology and systems metabolic engineering
2026-Sep-21, Archives of microbiology IF:2.3Q3
综述 本文综述了通过合成生物学与系统代谢工程提升赤藓糖醇产量的研究进展,提出了一个贯穿胞内代谢到工业规模的分层约束框架 提出分层约束级联框架,将赤藓糖醇生物制造从天然菌株优化、合成生物学通路重构、辅因子平衡、模块化设计到AI整合的DBTL循环统一为跨尺度分析体系,并指出AI应用需与机理模型耦合而非仅做统计拟合 当前AI应用多为统计拟合而非机理驱动的跨尺度建模,实时传感与自适应通量调控尚未闭环,实验室设计与工业操作之间因混合和原料的尺度依赖性异质性仍存在较大差距 系统诊断赤藓糖醇生物合成中的系统性瓶颈,并勾勒糖醇类智能生物制造的原则与路径 赤藓糖醇生物合成途径及相关稀有糖(阿洛酮糖、塔格糖) 合成生物学, 代谢工程 NA 合成生物学, 系统代谢工程, 代谢建模, 自动化DBTL循环, 无细胞系统, 实时传感 AI整合设计-构建-测试-学习(DBTL)模型, 机理跨尺度模型 文本 NA NA NA 赤藓糖醇合成代谢通路, 辅因子(NADPH)平衡模块, 模块化通路设计 工业生物技术, 食品, 医药
287 2026-09-23
Marine Microalgal Genes: Unlocking a New Era of Sustainable High Value PUFA Production for Neuroprotective Applications
2026-Sep-21, Cell biochemistry and biophysics IF:1.8Q4
综述 本文综述了海洋微藻作为高价值多不饱和脂肪酸(PUFA)生物合成基因来源的遗传与生化潜力,并探讨了通过合成生物学和代谢工程提升PUFA积累的策略 系统整合了海洋微藻PUFA生物合成通路中关键去饱和酶和延长酶的功能研究,并结合组学分析、合成生物学与代谢工程,提出了在陆生油料作物和微生物宿主中异源表达微藻基因的新思路 PUFA通路调控机制复杂,菌株优化困难,且从实验室到产业化的转化可行性仍面临挑战 探讨海洋微藻PUFA生物合成基因在可持续、高值化PUFA生产及神经保护应用中的潜力与策略 海洋微藻及其PUFA生物合成基因(去饱和酶和延长酶) 合成生物学, 代谢工程 神经保护 组学分析, 合成生物学, 代谢工程, 异源表达 NA 文本 NA NA 陆生油料作物, 微生物宿主 PUFA生物合成通路 医学, 食品, 工业生物技术
288 2026-09-23
Technical limitations of CRISPR-Cas9 genome editing in bacteria: challenges and future directions
2026-Sep-21, Archives of microbiology IF:2.3Q3
综述 本文综述了CRISPR-Cas9在细菌基因组编辑中的技术局限性,包括脱靶效应、DNA修复限制、Cas核酸酶细胞毒性及宿主特异性限制修饰屏障,并讨论了当前应对策略和未来方向 系统性总结了细菌中CRISPR-Cas9编辑的主要技术障碍,并评估了改进guide RNA设计、替代Cas变体、优化递送策略和宿主适应性工程等新兴解决方案 作为综述文章,未提供原始实验数据,对各项挑战的讨论主要基于现有文献,缺乏对具体解决方案效率的定量比较 探讨CRISPR-Cas9在细菌基因组编辑中的主要技术障碍,评估现有应对策略,并展望提高编辑效率、可靠性和精确度的新兴方法 细菌中的CRISPR-Cas9基因组编辑技术 合成生物学 NA CRISPR-Cas9基因组编辑 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 细菌 NA 医学, 工业生物技术, 合成生物学
289 2026-09-23
Letter to the Editor: The Gut Microbiome-Endocrine Axis in Obesity: Mechanisms and Therapeutics
2026-Sep-21, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2
读者来信 本文是对Mao等人关于肠道微生物-内分泌轴与肥胖的受邀综述的评论,提出三个扩展方向以增强其临床相关性 提出将GLP-1受体激动剂与肠道微生物的双向互作、上消化道微生物生态位与合成生物学方法(如工程化丁酸梭菌局部分泌GLP-1)、以及肠道-内分泌轴的昼夜节律维度与表型引导的精准医学相结合 作为读者来信,未提供原始实验数据,所提扩展方向尚需进一步验证 对已发表的肠道微生物-内分泌轴与肥胖综述进行评论,并提出增强其临床转化价值的扩展视角 肠道微生物组、GLP-1受体激动剂、肥胖患者、工程化丁酸梭菌、限时喂养 微生物组学 肥胖 合成生物学 NA 文本 NA NA 丁酸梭菌 工程化丁酸梭菌在肠腔内局部分泌GLP-1 医学
290 2026-09-23
Developing cumate-inducible gene expression systems for application in Pseudomonas putida KT2440
2026-Sep-02, Journal of applied microbiology IF:3.2Q2
研究论文 本研究开发了两种基于cumate诱导的基因表达系统,用于恶臭假单胞菌KT2440,并应用于柠檬烯生物转化为紫苏醇 开发了两种新型cumate诱导表达系统,分别基于CuO1和CuO2操纵子,通过启动子优化和操纵子结构优化实现了高性能表达,并首次应用于紫苏醇生物合成 未提及 开发高效基因表达工具以实现恶臭假单胞菌KT2440的精准代谢调控 恶臭假单胞菌KT2440 合成生物学 NA 基因工程、启动子优化、操纵子工程、异源表达、荧光报告检测 NA 荧光强度数据、产物滴度数据 NA NA 恶臭假单胞菌KT2440 cumate诱导表达系统(基于CuO1和CuO2操纵子),异源细胞色素P450催化柠檬烯转化 工业生物技术、医药
291 2026-09-23
The Emergence of Life in the Light of Evolution
2026-Jul-12, ArXiv
PMID:42389247
综述 该文章主张生命起源研究应从化学问题扩展到进化问题,综合比较基因组学、系统发育学、生物化学和地球科学证据,强调LUCA已是复杂细胞群体,并突出群体遗传学、生态学和合成生物学在约束生命起源场景中的作用 提出生命起源研究必须纳入群体遗传学视角,从仅关注生命如何开始扩展到探索其如何从生物前系统进化而来,并整合多学科证据构建进化驱动的研究议程 文章为综述性论述,未提供新的实验数据,所提出的进化驱动假设仍需理论和实验室实验验证 重新定位生命起源研究,从化学问题扩展到进化问题,利用群体遗传学、生态学和合成生物学约束生命起源场景 生命起源过程、LUCA、前LUCA进化历史、原代谢自催化网络、原始细胞、翻译和DNA基因组的出现 进化生物学 NA 比较基因组学, 系统发育学, 生物化学, 地球科学, 群体遗传学, 生态学, 合成生物学 NA 文本 NA NA NA NA NA
292 2026-09-23
Programmable CRISPRtune dissects the transcriptional repressive activity of MeCP2
2026-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了CRISPRtune,一种将MeCP2与催化失活的dCas9融合的可编程转录抑制工具,用于在人类细胞中精细调控内源基因表达 利用MeCP2的温和抑制活性实现中间水平的转录调控,而非完全基因失活或完全转录抑制;通过全基因组CRISPR筛选定义了CRISPRtune的靶向规则;揭示了MeCP2在基因启动子处诱导的直接表观遗传变化及其遗传依赖伙伴;发现Rett综合征相关MeCP2突变因无法重塑靶基因局部表观遗传景观而导致转录抑制缺陷 未明确提及 开发一种可编程工具,在哺乳动物细胞中实现内源基因转录的中间水平调控,并利用该平台解析染色质调控因子在活细胞中的机制功能 人类细胞中的内源基因、MeCP2蛋白及其Rett综合征相关突变体 合成生物学 Rett综合征 CRISPR筛选、表观遗传学分析 dCas9-MeCP2融合蛋白 基因组规模筛选数据 NA CRISPR-Cas9 人类细胞 dCas9-MeCP2转录抑制系统 医学
293 2026-09-23
BxbI-mediated insertion of a 77kb human RET sensitive haplotype into the mouse genome to generate a humanized model of Hirschsprung disease
2026-Jul-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过Bxb1介导的重组将77kb人类RET敏感单倍型插入小鼠基因组,构建了人类化Hirschsprung病模型,并验证了非编码变异对疾病发病机制的影响 首次利用大DNA合成生物学和Bxb1介导的重组将完整77kb人类RET基因组位点(包括所有外显子、内含子和上游调控元件)插入小鼠安全港位点,构建了人类化HSCR模型,并通过CRISPR/Cas9修复保守Sox10结合位点证明非编码变异的关键作用 初始HSCR相关敏感单倍型的表达水平仅为野生型的21%,不足以挽救内源性小鼠Ret缺失导致的生存能力,且该模型可能无法完全再现人类疾病的复杂性 研究人类RET基因增强子元件中的调控变异如何导致Hirschsprung病的无神经节细胞症,并建立人类化小鼠模型来模拟人类特异性调控疾病 人类RET基因组位点、小鼠基因组、Hirschsprung病相关敏感单倍型、增强子元件中的风险SNPs 基因组学、合成生物学、疾病模型 Hirschsprung病 Nanopore测序、短读长测序、CRISPR/Cas9基因编辑、Bxb1介导的重组 人类化小鼠模型 基因组序列数据、基因表达数据 未明确提及样本数量,涉及人类RET位点和小鼠模型 CRISPR-Cas9, Bxb1重组酶 小鼠 NA 医学
294 2026-09-23
A self-replicating artificial module-genome that generates bacterial chromosome replication system in vitro
2026-Jul-03, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 该研究构建了一个53 kb的环状DNA(RCR模块基因组),编码全部26种RCR蛋白,在PURE系统中实现体外自我复制,并命名为PRIMES系统 首次实现了由自身编码的复制机器驱动的人工模块基因组在体外进行基因组规模的自我复制,支持超过28次递归自我复制 仅在体外PURE系统中验证,尚未在人工细胞或活细胞环境中实现,离真正的自主自我繁殖人工细胞仍有距离 构建能够自我复制的人工基因组,推动自下而上合成生物学中人工细胞自主自我繁殖的目标 53 kb环状DNA(RCR模块基因组)及其编码的26种RCR蛋白 合成生物学 NA PURE系统(重组元件蛋白合成系统)、RCR(复制循环反应) NA NA NA NA NA RCR模块基因组编码全部26种染色体复制蛋白,在PURE系统中表达后驱动自身DNA复制 医学,工业生物技术
295 2026-09-23
Live-cell imaging of enhancer-promoter dynamics reveals transient contact-driven gene activation
2026-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过合成生物学平台和超分辨率活细胞成像技术,同时观测增强子-启动子三维距离和新生转录,揭示了瞬时接触驱动的基因激活机制 构建了优化的合成生物学平台,利用超分辨率活细胞成像同时可视化增强子-启动子三维距离和新生转录,结合成像、三维基因组学和基因表达数据,首次估计转录激活由约25-42纳米的接触在秒级时间尺度上介导 研究主要基于细胞系,可能无法完全反映体内生理条件下的增强子-启动子相互作用;时空分辨率虽有所提升,但仍可能遗漏更快速的动态变化 探究增强子与启动子在空间上(接触 vs 远距离作用)和时间上(瞬时 vs 稳定)的相互作用机制及其与转录激活的联系 哺乳动物细胞系中的增强子-启动子相互作用及转录激活过程 三维基因组学 NA 超分辨率活细胞成像、三维基因组学、基因表达分析 NA 图像、文本 NA NA 哺乳动物细胞 NA 医学
296 2026-09-23
Coupled intracellular redox and extracellular respiration sensing for quantitative oxidative stress profiling
2026-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该文章提出了一种双荧光传感平台,结合基因编码的氧化还原生物传感器(roGFP2 Tsa2ΔC)和嵌入微孔板的光学氧传感器,用于并行、非侵入性地定量检测工业酵母系统中的细胞内活性氧(ROS)和氧消耗速率(OCR)。 首次将基因编码的氧化还原生物传感器与光学氧传感器集成于微孔板平台,实现细胞内氧化还原状态与细胞外呼吸活动的并行、非侵入性定量耦合检测;在群体、单细胞和亚细胞水平上动态监测氧化应激,并实时测量呼吸。 摘要中未明确提及研究局限性。 开发一种集成传感平台,实现细胞内氧化还原状态与细胞外呼吸活动的同步定量测量,用于细胞氧化应激的定量评估。 工业酵母系统,包括Crabtree阳性酵母和解脂耶氏酵母(需呼吸型酵母)。 合成生物学 NA 基因编码荧光生物传感器(roGFP2 Tsa2ΔC)、光学氧传感、荧光显微成像 NA 荧光图像、氧气浓度数据 NA NA 酵母(Crabtree阳性酵母和解脂耶氏酵母) NA 生物制造、合成生物学
297 2026-09-23
Nitrogenase regulation in Vibrio natriegens differs from other γ-proteobacteria
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过功能基因组学、靶向突变和报告基因实验,解析了Vibrio natriegens中固氮酶调控蛋白在铵与氮气条件下的作用机制 发现V. natriegens中NtrBC对固氮酶激活并非必需,NifA单独即可激活固氮酶基因表达,且GlnB和GlnK对NtrBC的冗余抑制模式更类似于非固氮菌而非其他固氮γ-变形菌 研究主要基于遗传学和报告基因实验,未在蛋白质水平全面解析调控互作,且仅局限于特定培养条件下的表征 表征V. natriegens中注释的固氮酶调控蛋白在响应铵与氮气时的功能角色,建立其固氮酶调控框架 Vibrio natriegens(一种γ-变形菌)及其固氮酶调控蛋白NtrBC、NifA、GlnB和GlnK 合成生物学 NA 功能基因组学、靶向突变、报告基因实验 NA 实验数据 NA NA Vibrio natriegens NA 工业生物技术
298 2026-09-23
Machine learning-assisted single-cell Raman imaging for rapid, sensitive detection and intracellular mapping of carotenoids in plant cell cultures
2026-May-23, Plant cell reports IF:5.3Q1
研究论文 该研究结合拉曼成像与多层感知器神经网络,实现烟草BY-2细胞中类胡萝卜素的无标记、无损检测与胞内定位。 首次将拉曼成像与多层感知器神经网络结合,用于基于类胡萝卜素组成的烟草BY-2细胞无标记分类,并实现胞内类胡萝卜素的高灵敏度成像与定位。 需要表面增强拉曼散射技术,可能受限于金纳米星的制备和重复性;样本量未明确说明,分类模型的泛化能力有待验证。 开发一种无标记、无损的单细胞分析平台,用于快速、灵敏地检测和胞内定位植物细胞培养物中的类胡萝卜素。 烟草BY-2细胞(野生型和转基因细胞系)中的类胡萝卜素。 机器学习 NA 拉曼成像、表面增强拉曼散射、高效液相色谱 多层感知器神经网络 图像、光谱数据 NA NA 烟草BY-2细胞 NA 医药、工业生物技术
299 2026-09-23
Synthetic control of implanted engineered liver tissue growth
2026-Apr-17, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 该研究提出了一种通过植入小型工程化肝脏组织并在体内诱导其生长来规避组织工程植入物规模化限制的策略 整合合成生物学与组织工程工具,通过YAP和生长因子信号通路的合成控制,实现植入后肝脏组织的按需扩增 摘要未明确提及研究的具体局限性 克服工程化组织植入物在临床转化中规模化的障碍,通过植入小型构建体并在体内诱导其生长来生成大型器官植入物 工程化人类肝脏组织 合成生物学,组织工程 器官衰竭,肝脏疾病 合成生物学,组织工程 NA NA NA NA 人类细胞 控制YAP和生长因子信号通路的合成基因回路 医学
300 2026-09-23
Approaches to deorphanize secretome: Classical, computational, and next generation strategies to reveal ligand-receptor networks
2026, EXO : beyond the cell
综述 本文综述了分泌蛋白去孤儿化的方法,包括生化方法、遗传筛选策略和计算框架,并展望了未来加速配体-受体鉴定的方向 系统整合了经典、计算和下一代策略,并提出了包括多重筛选平台、提高低亲和力相互作用灵敏度的方法、将瞬时结合事件转化为稳定读数的合成生物学工具以及与单细胞和空间转录组技术整合的未来方向 未提及具体实验验证,主要基于现有文献的总结和展望 总结和评估当前分泌蛋白去孤儿化的策略,并展望未来加速配体-受体鉴定的方向 分泌蛋白及其同源受体 机器学习 NA 亲和纯化-质谱、交联受体捕获、RNA干扰、CRISPR筛选、AI驱动的蛋白质结构建模 NA 文本 NA CRISPR-Cas9 NA NA 医学
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