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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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301 | 2024-11-02 |
Systematic review on marine carbon source-mannitol: Applications in synthetic biology
2024-Dec, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2024.127881
PMID:39241502
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综述 | 本文综述了海藻碳源甘露醇在合成生物学中的应用 | 探讨了甘露醇作为碳源和基因电路诱导剂在合成生物学中的创新应用 | 讨论了利用甘露醇的困难和未来研究方向,特别是缓解葡萄糖和甘露醇之间的碳分解代谢物抑制关系 | 旨在深入了解甘露醇这一海洋碳源,并将其应用于合成生物学以提高生物合成过程的竞争力 | 甘露醇在合成生物学中的应用,包括作为基因电路的诱导剂和生物制造高价值化学品的碳源 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
302 | 2024-11-02 |
Fused radical SAM and αKG-HExxH domain proteins contain a distinct structural fold and catalyse cyclophane formation and β-hydroxylation
2024-Nov, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-024-01596-9
PMID:39294420
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研究论文 | 研究揭示了一种融合了自由基SAM和αKG-HExxH结构域的蛋白质,具有独特的结构折叠,并催化环芳烃形成和β-羟基化 | 发现了一种新的αKG-HExxH蛋白质家族,扩展了α-酮戊二酸非血红素铁酶的种类 | NA | 研究融合了自由基SAM和αKG-HExxH结构域的蛋白质的结构和功能 | 融合了自由基SAM和αKG-HExxH结构域的蛋白质 | NA | NA | 晶体结构测定 | NA | 蛋白质结构 | NA |
303 | 2024-11-02 |
Evolution shapes and conserves genomic signatures in viruses
2024-Oct-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07098-1
PMID:39478059
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研究论文 | 研究探讨了2768种真核病毒的基因组特征,揭示了病毒基因组特征的特异性和进化压力 | 首次系统研究了大量真核病毒的基因组特征,发现病毒基因组特征的特异性及其与宿主细胞基因组特征的差异 | 研究主要集中在真核病毒,未涵盖所有病毒类型 | 揭示病毒基因组特征的特异性和进化压力 | 2768种真核病毒 | NA | NA | NA | NA | 基因组数据 | 2768种真核病毒,来自105个病毒科 |
304 | 2024-11-02 |
Viscosity Regulation of Chemically Simple Condensates
2024-09-09, Biomacromolecules
IF:5.5Q1
DOI:10.1021/acs.biomac.4c00623
PMID:39166772
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研究论文 | 研究了不同长度的聚精氨酸链(R)和柠檬酸(CA)衍生物形成的生物分子凝聚物的粘度和液固转变行为 | 通过调整支架分子的组成,展示了一种简单的方法来调节凝聚物的性质,揭示了分子组成在控制凝聚物粘度和转变动力学中的作用 | NA | 深入理解生物分子凝聚过程,并为未来在合成生物学和疾病治疗领域的应用提供策略 | 不同长度的聚精氨酸链和柠檬酸衍生物形成的生物分子凝聚物 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
305 | 2024-11-02 |
Peptide-Based Biomimetic Condensates via Liquid-Liquid Phase Separation as Biomedical Delivery Vehicles
2024-09-09, Biomacromolecules
IF:5.5Q1
DOI:10.1021/acs.biomac.4c00814
PMID:39178343
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研究论文 | 本文综述了通过液-液相分离形成的基于肽的仿生凝聚物作为生物医学递送载体的最新进展 | 本文介绍了通过液-液相分离形成的基于肽的仿生凝聚物,这些凝聚物可以模拟生物分子凝聚物的相分离行为和生物物理特性,并具有作为生物医学递送载体的潜力 | NA | 探讨基于肽的仿生凝聚物的设计和构建,以及其在生物医学递送中的应用前景 | 基于肽的仿生凝聚物及其在生物医学递送中的应用 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离 | NA | NA | NA |
306 | 2024-11-02 |
Variation in tropical reef symbiont metagenomes defined by secondary metabolism
2011-Mar-22, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0017897
PMID:21445351
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研究论文 | 研究了热带珊瑚礁共生体中次生代谢的基因组和化学多样性 | 发现了次生代谢基因簇在相同基因组位置上的随机存在或缺失,并观察到导致新化学物质的离散突变 | 研究对象仅限于Prochloron didemni这一种共生蓝藻 | 探讨次生代谢在生物学、药物开发和合成生物学中的复杂进化 | 24株未培养的Prochloron didemni蓝藻及其宿主热带海鞘 | 合成生物学 | NA | 基因组比较分析 | NA | 基因组数据 | 24株Prochloron didemni蓝藻 |
307 | 2024-10-30 |
Transcriptomic data reveals an auxiliary detoxification mechanism that alleviates formaldehyde stress in Methylobacterium sp. XJLW
2024-Oct-28, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10923-w
PMID:39468441
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研究论文 | 研究了Methylobacterium sp. XJLW在甲醛胁迫下的转录组变化,揭示了一种辅助解毒机制 | 发现了RS27765基因簇与代谢旁路基因共同构成的新辅助途径,增强了菌株对甲醛胁迫的耐受性 | 实际应用受到甲醛耐受性等限制 | 探索XJLW菌株在甲醛胁迫下的具体机制 | Methylobacterium sp. XJLW菌株在甲醛处理下的转录组变化 | NA | NA | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 100个可能与甲基转移相关的基因 |
308 | 2024-10-30 |
Differential amino acid usage leads to ubiquitous edge effect in proteomes across domains of life that can be explained by amino acid secondary structure propensities
2024-10-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77319-4
PMID:39462053
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研究论文 | 研究分析了5590个物种的蛋白质组,发现氨基酸使用差异导致跨生命域的蛋白质组中普遍存在边缘效应 | 揭示了跨生命域蛋白质组中普遍存在的边缘效应,并提出这种效应源于蛋白质二级结构的约束 | 研究主要集中在氨基酸使用模式上,未深入探讨其对蛋白质功能的具体影响 | 探讨跨生命域的氨基酸使用模式及其潜在机制 | 5590个物种的蛋白质组 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 蛋白质组数据 | 5590个物种 |
309 | 2024-10-30 |
Microbial remediation of petroleum-contaminated soil focused on the mechanism and microbial response: a review
2024-May, Environmental science and pollution research international
DOI:10.1007/s11356-024-33474-9
PMID:38709405
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综述 | 本文综述了微生物修复石油污染土壤的机制和微生物响应 | 本文提出了合成生物学和新技术组合的独特视角,为研究趋势提供了见解 | 本文未详细讨论具体的实验数据或案例研究 | 探讨微生物修复石油污染土壤的机制和未来发展方向 | 石油污染土壤的微生物修复方法及其影响因素 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
310 | 2024-10-29 |
Chemical and Transcriptomic Analyses Provide New Insights into Key Genes for Ginsenoside Biosynthesis in the Rhizome of Panax japonicus C. A. Meyer
2024-Oct-18, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules29204936
PMID:39459304
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研究论文 | 本文通过化学和转录组分析,揭示了人参皂苷生物合成途径中的关键基因 | 首次通过转录组测序分析了不同组织中人参皂苷含量的差异,并鉴定了与皂苷含量显著相关的关键基因 | 研究仅限于人参的根茎组织,未涉及其他组织或物种 | 探究人参皂苷生物合成途径中的关键基因及其表达与皂苷含量的关系 | 人参根茎中的五种皂苷及其生物合成相关基因 | NA | NA | HPLC、转录组测序、基因克隆与表达 | NA | 化学成分、基因表达数据 | 三种不同组织中的五种皂苷含量测定 |
311 | 2024-10-29 |
STRAIGHT-IN Dual: a platform for dual, single-copy integrations of DNA payloads and gene circuits into human induced pluripotent stem cells
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.17.616637
PMID:39464154
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STRAIGHT-IN Dual的平台,能够在人类诱导多能干细胞中同时进行双位点、单拷贝的DNA有效载荷和基因电路的整合 | STRAIGHT-IN Dual平台能够在一周内实现100%效率的双位点、单拷贝DNA整合,且整合过程几乎无疤痕,便于后续细胞修饰的组件回收 | NA | 研究如何在人类诱导多能干细胞中高效整合DNA有效载荷和基因电路,并探讨这些设计特征对细胞编程的影响 | 人类诱导多能干细胞(hiPSCs) | 合成生物学 | NA | DNA整合技术 | NA | NA | NA |
312 | 2024-10-29 |
A digital CRISPR-dCas9-based gene remodeling biocomputer programmed by dietary compounds in mammals
2024-Oct-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.002
PMID:39383861
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPR-dCas9的基因重塑生物计算机,通过膳食化合物编程,实现哺乳动物基因的条件性内源转录调控 | 提出了基于CRISPR-dCas9的基因重塑生物计算机(REPA),通过膳食化合物编程,实现精确的基因调控 | NA | 开发一种新的基因调控技术,实现精确的基因重塑和转录调控 | CRISPR-dCas9技术、膳食化合物、基因调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas9 | NA | 基因转录数据 | NA |
313 | 2024-10-29 |
The pAblo·pCasso self-curing vector toolset for unconstrained cytidine and adenine base-editing in Gram-negative bacteria
2024-Feb-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1236
PMID:38180826
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研究论文 | 开发了一种合成生物学工具包,利用CRISPR和改良的CRISPR相关蛋白(Cas)碱基编辑器,用于革兰氏阴性细菌的基因组工程 | 优化了胞嘧啶碱基编辑器(CBE)和腺嘌呤碱基编辑器(ABE),实现了对质粒和基因组目标的精确单核苷酸修饰,并开发了一系列诱导响应载体,简化了复杂的菌株工程程序 | NA | 开发用于革兰氏阴性细菌基因组工程的合成生物学工具包 | 革兰氏阴性细菌的基因组 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | 基因组数据 | Pseudomonas putida和其他革兰氏阴性细菌 |
314 | 2024-10-29 |
Synthetic Gene Circuits for Regulation of Next-Generation Cell-Based Therapeutics
2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309088
PMID:38126677
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综述 | 本文综述了合成基因电路在调控下一代细胞治疗中的应用 | 讨论了基于转录、翻译和翻译后控制机制的开关在体内调控治疗细胞活性的优势和局限性 | 尚未详细讨论合成基因电路在临床应用中的具体挑战和解决方案 | 探讨合成基因电路在细胞治疗中的应用及其对免疫反应的精确调控 | 合成基因电路、治疗细胞、慢性疾病 | 合成生物学 | NA | 合成基因电路 | NA | NA | NA |
315 | 2024-10-29 |
Tissue engineering applications of recombinant human collagen: a review of recent progress
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1358246
PMID:38419725
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综述 | 本文综述了重组人胶原蛋白在生物医学系统中的应用,重点解决了其在临床应用中的关键问题 | 探讨了重组人胶原蛋白在材料科学和医学领域的创新应用,并介绍了3D打印技术结合重组胶原蛋白在再生修复中的潜力 | 实现重组人胶原蛋白的全部潜力并有效应用于最佳治疗效果仍是一个重大挑战 | 综述重组人胶原蛋白在生物材料领域的进展,促进再生生物材料和治疗手段的创新 | 重组人胶原蛋白及其在伤口愈合、基质再生和骨科等领域的应用 | 生物材料 | NA | 3D打印技术 | NA | NA | NA |
316 | 2024-10-28 |
Multicellular artificial neural network-type architectures demonstrate computational problem solving
2024-Nov, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01711-4
PMID:39285005
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研究论文 | 本文报道了一种通过混合和匹配离散工程细菌细胞创建的模块化多细胞系统,该系统能够设计解决多种计算决策问题 | 首次构建了一种基于工程细菌的模块化多细胞系统,模拟人工神经网络架构,能够执行计算任务 | NA | 开发一种能够解决多种计算决策问题的模块化多细胞系统 | 工程细菌细胞及其在计算任务中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | 人工神经网络 | NA | NA |
317 | 2024-10-28 |
Regulatory RNAs in Bacillus subtilis: A review on regulatory mechanism and applications in synthetic biology
2024-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.01.013
PMID:38385150
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综述 | 本文综述了枯草芽孢杆菌中调控RNA的机制及其在合成生物学中的应用 | 本文首次系统总结了枯草芽孢杆菌中内源性调控RNA的机制和功能,并探讨了其在合成生物学领域的工程和实际应用 | 主要集中在枯草芽孢杆菌上,未涵盖其他细菌模型 | 总结枯草芽孢杆菌中调控RNA的机制及其在合成生物学中的应用 | 枯草芽孢杆菌中的调控RNA及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
318 | 2024-10-28 |
An efficient CRISPR/Cas9 genome editing system based on a multiple sgRNA processing platform in Trichoderma reesei for strain improvement and enzyme production
2024-Feb-11, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-024-02468-7
PMID:38342915
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研究论文 | 开发了一种基于多sgRNA处理平台的CRISPR/Cas9基因编辑系统,用于提高Trichoderma reesei菌株的酶产量 | 提出了基于tRNA-sgRNA阵列的CRISPR-Cas9编辑系统,能够高效处理多个sgRNA,实现多基因编辑 | NA | 开发高效的基因编辑工具,提高Trichoderma reesei菌株的酶产量 | Trichoderma reesei菌株及其相关酶的生产 | 基因工程 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑技术 | NA | 基因序列 | NA |
319 | 2024-10-28 |
Towards using bacterial microcompartments as a platform for spatial metabolic engineering in the industrially important and metabolically versatile Zymomonas mobilis
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1344260
PMID:38344288
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研究论文 | 研究利用细菌微区作为工业上重要的代谢多样的Zymomonas mobilis的空间代谢工程平台 | 提出了一种利用细菌微区(BMCs)作为代谢酶支架的新方法,以隔离和整合具有挑战性的代谢途径 | NA | 构建基于BMC的空间支架平台,以在未来生产高价值产品 | Zymomonas mobilis细菌 | 合成生物学 | NA | SDS-PAGE, 透射电子显微镜, 动态光散射 | NA | NA | NA |
320 | 2024-10-27 |
Semi-synthesis of a DNA-Tagged Polyketide-Peptide Hybrid Macrocycle Using a Biosynthetically Prepared Fungal Macrolide as a Synthetic Component
2024-Oct-25, Organic letters
IF:4.9Q1
DOI:10.1021/acs.orglett.4c03588
PMID:39415106
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研究论文 | 本文介绍了一种利用基因组挖掘和异源表达系统合成带有DNA标签的多酮肽杂合大环化合物的合成生物学方法 | 该研究展示了合成生物学在扩展构建模块多样性方面的潜力,有助于探索未知的化学空间 | NA | 探索合成生物学在扩展天然产物构建模块多样性方面的应用 | 带有DNA标签的多酮肽杂合大环化合物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、异源表达系统 | NA | NA | NA |