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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-12-17 |
Abiotic stress-induced circular RNAs: Implications for plant stress tolerance
2025-Dec, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110688
PMID:41172760
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综述 | 本文综述了非生物胁迫诱导的环状RNA在植物胁迫耐受中的作用及其潜在应用 | 系统总结了植物中环状RNA作为竞争性内源RNA调控胁迫响应的机制,并提出了工程化环状RNA作为作物改良的新方向 | 植物中环状RNA的miRNA海绵功能研究仍有限,工程化环状RNA的应用仍处于推测性阶段 | 探讨环状RNA在植物非生物胁迫响应中的功能及其在作物改良中的应用潜力 | 植物环状RNA及其在干旱、盐度、极端温度、金属毒性和营养胁迫中的作用 | 植物分子生物学 | NA | 测序技术 | NA | RNA序列数据 | 多种植物物种 | 合成生物学方法 | 植物 | 工程化环状RNA设计 | 农业 |
| 302 | 2025-12-17 |
A membrane-driven biochemical oscillator tunable by the volume to surface area ratio
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.14.688573
PMID:41292784
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研究论文 | 本文介绍并建模了一种基于膜磷脂浓度动态变化驱动的质量守恒生化振荡器,其振荡频率可通过系统的体积与表面积比(V/A)进行调节 | 提出了一种不依赖转录翻译机制、通过膜定位维度缩减放大反应的新型生化振荡器设计,首次实现通过几何参数(V/A比)直接调控振荡特性 | 模型验证主要依赖计算模拟,需要实验体系进一步验证实际生物系统的可行性 | 开发可编程的合成生物学定时模块,探索几何传感在工程化系统中的应用潜力 | 基于内存机制启发的膜驱动生化振荡系统 | 合成生物学 | NA | 质量作用反应动力学、反应-扩散模拟、随机模拟 | 确定性振荡器模型、随机整数拷贝数模型 | 计算模拟数据 | NA | NA | 无细胞系统 | 膜定位振荡器、自组装三聚体耦合系统 | 合成生物学、生物工程 |
| 303 | 2025-12-17 |
Harnessing the ocean's pharmacy: marine bioactive compounds as next-generation therapeutics
2025-Nov, Natural product research
IF:1.9Q3
DOI:10.1080/14786419.2024.2373965
PMID:38954510
|
综述 | 本文综述了海洋生物活性化合物作为下一代治疗药物的潜力、应用及挑战 | 强调海洋生物活性化合物在结构独特性和生物活性方面的突破性潜力,并指出合成生物学和代谢工程为可持续生产提供了解决方案 | 面临可持续采集和复杂提取工艺等挑战 | 探讨海洋生物活性化合物的临床潜力及其在现代医学中的应用 | 海洋生物活性化合物 | NA | 癌症、慢性疼痛、传染病 | 合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 304 | 2025-12-16 |
CRISPR/Cas9-engineered Bacillus subtilis chassis for tailored chitooligosaccharide production from marine waste chitosan
2025-Dec-14, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02881-z
PMID:41392248
|
研究论文 | 本研究建立了一种可持续的生物工艺,利用CRISPR/Cas9工程化的枯草芽孢杆菌底盘,将海洋废弃物壳聚糖转化为高价值的壳寡糖 | 通过CRISPR/Cas9敲除枯草芽孢杆菌内源壳聚糖酶基因,构建工程化底盘菌株,并异源表达优化后的GH46壳聚糖酶,实现了从海洋废弃物到高价值壳寡糖的高效、环保转化 | NA | 开发一种可持续的生物工艺,将海洋废弃物壳聚糖转化为高价值的壳寡糖 | 枯草芽孢杆菌WB800N菌株、来自天蓝色链霉菌的GH46壳聚糖酶(CsnA)、海洋废弃物壳聚糖 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑、响应面方法学、MALDI-TOF MS分析、DO-stat控制补料分批发酵 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 枯草芽孢杆菌 | 通过敲除内源壳聚糖酶基因(BsCsn)并异源表达融合了AprE信号肽的优化壳聚糖酶(CsnA),构建用于生产壳寡糖的工程化菌株 | 环境, 工业生物技术 |
| 305 | 2025-12-16 |
Cellulase secretion by engineered Pseudomonas putida enables growth on cellulose oligomers
2025-Nov-25, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13617-9
PMID:41291027
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研究论文 | 本研究通过工程化改造恶臭假单胞菌,使其分泌纤维素酶,从而能够利用纤维素寡聚物作为唯一碳源和能量来源生长 | 首次在恶臭假单胞菌中实现非天然纤维素酶的功能性分泌,并鉴定了高效的双精氨酸转运酶分泌信号肽 | 研究仅针对纤维素寡聚物(纤维三糖和纤维四糖),未验证对完整纤维素聚合物的降解能力 | 开发恶臭假单胞菌作为合成生物学平台,用于从低品位原料进行化学合成 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 合成生物学 | NA | 分子工程、分泌信号肽筛选 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida) | 纤维素酶分泌系统(包括外切和内切纤维素酶) | 工业生物技术、能源 |
| 306 | 2025-12-16 |
Degradation mechanisms and microbial remediation of micro- and nanoplastics: A comprehensive review
2025-Nov-18, Ying yong sheng tai xue bao = The journal of applied ecology
DOI:10.13287/j.1001-9332.202511.034
PMID:41392686
|
综述 | 本文全面综述了微/纳塑料的生成途径、微生物降解机制,并评估了微生物修复技术的应用潜力 | 系统整合了微/纳塑料的非生物与生物降解过程,并重点探讨了基于合成生物学的降解酶系统改造与优化这一未来研究方向 | 现有微生物处理技术存在降解效率低、环境适应性差以及工程化放大困难等瓶颈 | 为微/纳塑料污染的有效控制提供技术支撑 | 微塑料和纳米塑料 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 环境 |
| 307 | 2025-12-16 |
Synthetic multicolor antigen-stabilizable nanobody platform for intersectional labelling and functional imaging
2025-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684934
PMID:41278670
|
研究论文 | 本文介绍了一种合成多色抗原稳定化纳米抗体平台,用于交叉标记和功能成像 | 开发了覆盖可见光谱(450-660 nm)的抗原稳定化荧光纳米抗体工具包,通过工程化荧光蛋白和生物传感器实现通用设计,支持背景自由可视化、多色检测和选择性靶向 | NA | 开发一种合成生物学驱动的平台,用于精确研究蛋白质动力学、细胞过程和复杂生物系统 | 荧光纳米抗体、荧光蛋白、生物传感器、小鼠大脑、斑马鱼胚胎 | 合成生物学 | NA | 荧光成像、生物传感器工程 | NA | 图像数据 | NA | 合成生物学工具 | NA | 抗原稳定化荧光纳米抗体设计,包括组成型、光激活和光切换荧光蛋白,以及基于荧光蛋白的生物传感器 | 医学 |
| 308 | 2025-12-16 |
Engineered Bacteriophages: Advances in Phage Genome Redesign Strategies for Therapeutic and Environmental Applications
2025, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
|
综述 | 本文综述了噬菌体基因组重设计策略在治疗和环境应用中的进展 | 整合了CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、逆转录子等多种前沿技术,展示了定制化噬菌体在扩展宿主范围、生物膜降解和靶向治疗方面的创新潜力 | 面临噬菌体抗性、免疫反应和当前工程方法的局限性等挑战 | 探索噬菌体工程化策略以应对治疗和环境可持续性挑战 | 噬菌体及其基因组重设计技术 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、随机和定点诱变、逆转录子、同源重组 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas, TALEN, ZFN | 噬菌体 | 生物传感器、逻辑门 | 医药, 环境 |
| 309 | 2025-12-16 |
Reconstructing Early Microbial Life
2024-11, Annual review of microbiology
IF:8.5Q1
|
综述 | 本文综述了早期微生物生命的研究,重点探讨了古代代谢途径,并提出了一个整合微生物学、古生物学和进化合成生物学的跨学科领域框架 | 整合分子生物学、生物信息学和进化合成生物学方法,以重建早期生命的关键生物创新,特别是古代代谢途径 | 将分子遗传学、种群生物学和进化生物学方法应用于前寒武纪生物群的研究仍面临重大挑战 | 重建早期微生物生命,特别是古代代谢途径,以理解生命演化史 | 早期微生物生命,包括其代谢特征和演化过程 | NA | NA | 分子生物学、生物信息学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 310 | 2025-12-16 |
Comparison of phage-derived recombinases for genetic manipulation of Pseudomonas species
2023-12-12, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03176-23
PMID:37882574
|
研究论文 | 比较五种噬菌体衍生重组酶在三种生物技术相关假单胞菌株中的重组效率,以开发高效遗传操作工具 | 首次在三种假单胞菌株中系统测试并比较多种噬菌体衍生重组酶的重组效率,为假单胞菌属提供快速、高效的靶向突变方法 | 研究仅针对三种假单胞菌株,可能无法代表整个假单胞菌属的多样性,且未在其他非模式细菌中验证策略的普适性 | 开发适用于假单胞菌属的高效遗传操作工具,以促进其在生物降解、生物农药、生物控制和合成生物学等领域的应用 | 三种生物技术相关假单胞菌株:P. putida KT2440、P. protegens Pf-5 和 P. protegens CHA0 | 合成生物学 | NA | 噬菌体衍生重组酶介导的重组工程 | NA | NA | 三种假单胞菌株 | 噬菌体衍生重组酶 | Pseudomonas putida KT2440, Pseudomonas protegens Pf-5, Pseudomonas protegens CHA0 | NA | 环境, 农业, 工业生物技术 |
| 311 | 2025-12-15 |
Features and functional mechanisms of super-enhancers in cardiovascular disorders, cancer, autoimmune diseases and neurodegenerative disorders
2026-Feb, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112252
PMID:41253192
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综述 | 本文系统综述了超级增强子在心血管疾病、癌症、自身免疫性疾病和神经退行性疾病中的特征、功能机制及治疗靶向策略 | 聚焦于液-液相分离驱动的生物分子凝聚体形成和三维染色质重组,并评估了针对超级增强子成分的创新治疗策略,如合成生物学构建体、CRISPR基因组干预、表观遗传调节剂和组合免疫疗法 | NA | 探讨超级增强子在多种疾病中的转录失调机制及潜在治疗应用 | 超级增强子及其在心血管疾病、癌症、自身免疫性疾病和神经退行性疾病中的作用 | NA | 心血管疾病、癌症、自身免疫性疾病、神经退行性疾病 | NA | NA | NA | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 312 | 2025-12-15 |
Forged in O2: Transition metal ions and the rise of aerobic life
2026-Feb, Journal of inorganic biochemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jinorgbio.2025.113147
PMID:41265342
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综述 | 本文综述了金属离子在需氧生命演化中的核心作用,探讨了金属蛋白如何调控和利用氧气,并连接了生物无机化学、酶学、合成生物学和微生物组科学等多个领域 | 通过整合生物无机化学、合成生物学和微生物组科学的多学科视角,系统阐述了金属离子在氧气化学中的关键角色,为理解健康代谢和氧化应激相关疾病提供了基础 | NA | 探讨金属离子在需氧生命演化及氧气化学中的核心作用,以理解健康代谢和氧化应激相关疾病 | 金属离子、金属蛋白、需氧生命系统 | 生物无机化学 | 氧化应激相关疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 313 | 2025-12-15 |
Adaptive laboratory evolution optimizes an engineered phosphite utilization pathway in Synechococcus elongatus PCC 7942
2025-Dec-12, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.11.006
PMID:41390308
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研究论文 | 本研究通过适应性实验室进化优化了集胞藻PCC 7942中工程化的亚磷酸盐利用途径,提高了菌株的生长和亚磷酸盐消耗速率 | 首次在集胞藻中通过长期传代培养实现了工程化亚磷酸盐利用途径的优化,并鉴定出htxBCDE转运蛋白基因的点突变是表型改善的关键 | 研究仅针对单一菌株和特定培养条件,突变对长期遗传稳定性和实际应用环境的影响尚未评估 | 优化工程化微生物的代谢途径以减轻代谢负担并维持生物防护能力 | 集胞藻Synechococcus elongatus PCC 7942工程菌株RH714及其传代进化群体 | 合成生物学 | NA | 适应性实验室进化、长期传代培养、基因测序分析、基因工程改造 | NA | 生长曲线数据、基因序列数据、表型数据 | 原始工程菌株RH714及其传代进化群体 | 基因工程、适应性进化 | Synechococcus elongatus PCC 7942(集胞藻) | 亚磷酸盐依赖型代谢系统,包含htxBCDE转运蛋白基因和ptxD基因簇 | 环境、工业生物技术 |
| 314 | 2025-12-15 |
Bacterial Cellulose for Sustainable Food Packaging: Production Pathways, Structural Design, and Functional Modification Strategies
2025-Nov-28, Polymers
IF:4.7Q1
DOI:10.3390/polym17233165
PMID:41374852
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综述 | 本文综述了细菌纤维素在可持续食品包装领域的生产途径、结构设计及功能改性策略 | 系统总结了通过合成生物学、绿色化学和材料工程等方法对细菌纤维素进行原位和异位功能化的最新进展,以增强其机械、阻隔、抗氧化和抗菌性能 | 面临生产成本高、发酵周期长以及监管不确定性等挑战 | 探讨细菌纤维素作为石油基塑料替代品,在可持续食品包装中的应用潜力 | 细菌纤维素及其复合材料 | 材料科学 | NA | 微生物发酵、合成生物学、绿色化学、材料工程 | NA | 文献数据 | NA | NA | Komagataeibacter属及相关菌属 | NA | 食品包装 |
| 315 | 2025-12-15 |
From pandemics to preparedness: harnessing AI, CRISPR, and synthetic biology to counter biosecurity threats
2025, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2025.1711344
PMID:41383331
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综述 | 本文综述了如何整合人工智能、CRISPR和合成生物学等新兴技术,以应对生物安全威胁并增强全球卫生安全准备 | 提出了一个整合多种前沿技术(AI、CRISPR、合成生物学、数字流行病学等)与公平政策、国际合作相结合的综合框架,以构建面向未来的弹性生物安全防御系统 | 文中提及的创新技术存在伦理、法律和公平性方面的挑战,且其大规模应用和可及性仍需解决 | 探讨如何利用新兴科技提升对生物安全威胁(包括自然暴发、实验室事故和生物恐怖主义)的预防、检测和响应能力 | 生物安全威胁及其应对技术 | NA | NA | 人工智能、下一代测序、CRISPR诊断、数字流行病学、mRNA/DNA疫苗平台、单克隆抗体、纳米抗体疗法 | NA | NA | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 316 | 2025-12-14 |
Advancing Africa's bioeconomy and biosolutions through microbial natural product discovery: unlocking indigenous microbe potential for sustainability
2025-Dec-12, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/mmbr.00174-25
PMID:41384918
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综述 | 本文综述了如何通过发掘非洲本土微生物天然产物来推动非洲生物经济发展和可持续生物解决方案 | 整合了BV-BRC数据库分析与文献证据,首次系统梳理了非洲本土传统模型及新兴非模型细菌底盘资源的基因组分布,并提出了利用本土微生物资源促进可持续创新的路线图 | 调查仅限于BV-BRC数据库的数据,未能涵盖所有非洲微生物资源 | 推动非洲生物经济发展,通过微生物天然产物发现促进医疗、农业和工业生物技术创新 | 非洲本土微生物资源,特别是细菌和病毒生物信息学资源中心(BV-BRC)数据库中的传统模型及新兴非模型细菌底盘 | 工业生物技术 | NA | 基因组测序、功能组学、合成生物学 | NA | 基因组数据、文献数据 | NA | NA | 非洲本土微生物(细菌) | NA | 医疗, 农业, 工业生物技术 |
| 317 | 2025-12-14 |
Over-Expression of a Phycocyanin-Interferon Fusion and Differential Cleaving Efficiency in Cyanobacteria (Synechocystis sp. PCC 6803)
2025-Dec-12, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70126
PMID:41388596
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研究论文 | 本研究在蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803中稳定过表达藻蓝蛋白-人干扰素α-2融合蛋白,并比较了TEV和HRV蛋白酶在分离干扰素时的切割效率 | 首次在蓝藻中构建藻蓝蛋白-干扰素融合表达系统,并证明HRV蛋白酶在切割效率上优于TEV蛋白酶及其他近期测试的蛋白酶 | NA | 开发蓝藻作为低成本重组蛋白生产平台,优化融合蛋白的切割和分离方法 | 蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803作为宿主,表达藻蓝蛋白CpcB β亚基与人干扰素α-2的融合蛋白 | 合成生物学 | NA | 重组蛋白表达、融合蛋白构建、蛋白酶切割分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | Synechocystis sp. PCC 6803(蓝藻) | 藻蓝蛋白-干扰素融合蛋白,包含TEV或HRV蛋白酶切割位点的合成生物电路 | 工业生物技术 |
| 318 | 2025-12-14 |
Bacillus velezensis LoaP promotes antitermination by antagonizing NusA
2025-Dec-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01429-25
PMID:41147751
|
研究论文 | 本研究揭示了芽孢杆菌NusG同源蛋白LoaP通过特异性拮抗转录因子NusA来促进转录抗终止的分子机制 | 首次在革兰氏阳性细菌中解析了LoaP类NusG同源蛋白的抗终止复合物机制,证明其仅需拮抗NusA即可发挥作用,无需其他因子,这与已知的RfaH范式显著不同 | 研究主要基于体外重建实验,体内生理环境下的调控网络可能更为复杂 | 探究NusG同源蛋白LoaP在细菌转录抗终止中的分子机制 | Bacillus velezensis LoaP蛋白及其调控的difficidin抗生素合成操纵子 | 分子生物学 | NA | RNA聚合酶纯化、转录因子重建、体外转录分析 | NA | 生化实验数据 | NA | NA | Bacillus velezensis(作为研究对象的来源菌) | NA | 合成生物学、天然产物发现 |
| 319 | 2025-12-14 |
Building an expanded bio-based economy through synthetic biology
2025-Dec-06, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108775
PMID:41360191
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综述 | 本文探讨了合成生物学在扩展生物基经济中的作用,包括资源利用、生物转化和未来底盘生物的开发 | 系统性地概述了合成生物学在生物基经济中的近期和长期资源、输出分子以及未来底盘生物的需求,并详细分析了微生物和植物合成生物学的进展与挑战 | NA | 探讨合成生物学如何推动生物基经济的发展,包括资源转化和可持续原料的创建 | 生物基经济中的资源、生物转化过程、微生物和植物合成生物学技术 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物, 植物 | NA | 能源, 工业生物技术, 环境 |
| 320 | 2025-12-14 |
An Engineered Probiotic Consortium Based on Quorum-Sensing for Colorectal Cancer Immunotherapy
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202512744
PMID:40999885
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研究论文 | 本研究设计了一种基于群体感应的工程化益生菌联合体,用于结直肠癌免疫治疗 | 开发了能够整合多种肿瘤微环境信号并通过正交群体感应系统协调多治疗载荷释放的工程化益生菌联合体 | NA | 开发用于癌症治疗的工程化活体生物治疗产品 | 工程化益生菌联合体及其在结直肠癌免疫治疗中的应用 | 合成生物学 | 结直肠癌 | 合成生物学、群体感应系统 | NA | NA | 使用hPD-L1 MC38肿瘤的人源化PD-1小鼠模型和HT-29肿瘤的人源化外周血单个核细胞小鼠模型 | 合成生物学 | 益生菌 | 正交群体感应系统,能够响应pH值、缺氧和高乳酸水平三种肿瘤微环境参数,控制乳酸消耗酶和PD-L1纳米抗体的释放 | 医学 |