合成生物学相关文章
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当前共找到 4980 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2026-04-29 |
Photoperiod-dependent regulation of secondary growth by auxin flux: how it occurs and how to benefit from it
2026-Apr-27, Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society
DOI:10.1002/brv.70175
PMID:42046427
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综述 | 综述光周期通过生长素流调控树木次生生长的机制及其潜在应用 | 提出生长素流作为光周期调控次生生长的关键机制，并探讨合成生物学方法调控光周期-生长素流关系以优化树木性能 | 现有证据尚不充分，部分分子机制（如FT/TFL1样和CCA1/LHY样因子）的作用未完全明确 | 阐述光周期通过生长素流调控次生生长的机制，并探索利用该机制增强树木生长和干旱抗性的策略 | 温带森林树木（尤其杨树）的次生生长过程 | 植物生物学、森林科学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学方法 | 杨树（Populus） | 设计光周期不敏感的生长素生物合成回路 | 环境（碳封存）、农业（林木优化）、工业生物技术 |
| 322 | 2026-04-29 |
A biosynthetic survey of hypocrealean biocontrol fungi
2026-Apr-16, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-026-02201-5
PMID:41991721
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研究论文 | 利用系统发育组学、代谢组学和异源表达方法，调查了82种与植物和昆虫相关的肉座菌目真菌的生物合成基因簇及其天然产物 | 首次系统性地对肉座菌目生防真菌的生物合成能力进行大规模调查，揭示了约80%的基因簇编码未知产物，并表征了四种参与未知产物合成的非核糖体肽合成酶样合成酶 | 仅涉及82种真菌，样品量有限，且主要关注生物合成基因簇与分子的关联，未能覆盖所有潜在生物活性化合物 | 探索肉座菌目真菌作为生物防治剂的生物合成潜力，为可持续农业害虫防治奠定基础 | 82种与植物和昆虫相关的肉座菌目真菌及其生物合成基因簇 | 数字病理学 | NA | 系统发育组学, 代谢组学, 异源表达 | NA | 基因组数据, 代谢组数据 | 82种真菌物种 | 异源表达 | NA | 生物合成基因簇 | 农业 |
| 323 | 2026-04-29 |
Single Molecule Force Measurements Reveal Energy Stabilization of Theophylline Aptamer RNA Switch Required for Gene Control
2026-Mar-25, ACS physical chemistry Au
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsphyschemau.5c00109
PMID:41909145
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研究论文 | 利用单分子力谱测量茶碱适体RNA开关的能量稳定化机制及其在基因调控中的作用 | 首次通过光镊单分子力谱技术量化了茶碱结合对RNA适体折叠动力学的影响，发现茶碱通过稳定结构而非诱导构象重排来调控基因表达 | 未提及实验局限性或应用中的潜在挑战 | 揭示茶碱适体RNA开关的折叠动力学和能量稳定化机制，为合成生物学中适体工具的设计提供依据 | 茶碱适体RNA | 合成生物学 | NA | 光镊单分子力谱（optical tweezers single-molecule force spectroscopy） | NA | 单分子力曲线 | 单分子级别的RNA分子样本 | NA | NA | 茶碱适体RNA开关（theophylline aptamer RNA switch） | 合成生物学, 医学（治疗） |
| 324 | 2026-04-29 |
Synthetic multicolor antigen-stabilizable nanobody platform for intersectional labelling and functional imaging
2025-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684934
PMID:41278670
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研究论文 | 开发了一种全可见光谱抗原稳定荧光纳米抗体平台，实现多色标记和功能成像 | 通过将二十多种荧光蛋白和生物传感器工程化到八个纳米抗体中，建立了通用型抗原稳定荧光纳米抗体设计，实现仅在与同源抗原结合时才发出明亮荧光 | NA | 开发一种合成生物学驱动的抗原稳定荧光纳米抗体工具包，用于高特异性和低背景的细胞内蛋白动态研究和功能成像 | 荧光蛋白、生物传感器、纳米抗体、小鼠脑、斑马鱼胚胎 | 合成生物学 | NA | 荧光纳米抗体工程化、荧光成像 | NA | 图像 | 二十多种荧光蛋白和生物传感器、八种纳米抗体 | NA | 小鼠、斑马鱼 | 抗原稳定荧光纳米抗体电路 | 医学、生物学 |
| 325 | 2026-04-29 |
Harnessing Transient Expression Systems with Plant Viral Vectors for the Production of Biopharmaceuticals in Nicotiana benthamiana
2025-Jun-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26125510
PMID:40564973
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综述 | 综述了利用植物病毒载体在本氏烟中瞬时表达系统生产生物制药的关键作用与最新进展 | 阐述了病毒载体修饰、水培法和受控环境农业等创新技术如何提升可扩展性和法规合规性，并通过糖基化工程拓宽可生产的生物制药范围 | 未明确讨论瞬时表达系统在工业生产中的长期稳定性或大规模生产成本控制的具体挑战 | 强调瞬时表达系统在生物制药生产、教育、合成生物学和基因编辑中的应用潜力，并推动植物分子农业成为现代生物技术的关键组成部分 | 本氏烟中的瞬时表达系统及植物病毒载体 | 合成生物学 | NA | 瞬时表达 | NA | NA | NA | 病毒载体 | 本氏烟 | 植物病毒载体驱动的瞬时表达系统 | 医药, 生物技术 |
| 326 | 2026-04-29 |
Activation of Innate Immune Responses by a CpG Oligonucleotide Sequence Composed Entirely of Threose Nucleic Acid
2019-02, Nucleic acid therapeutics
IF:4.0Q2
DOI:10.1089/nat.2018.0751
PMID:30526333
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研究论文 | 评估完全由苏糖核酸组成的CpG寡核苷酸序列激活先天免疫反应的能力 | 首次研究了异种核酸（XNA）诱导免疫反应的潜力，具体评估了苏糖核酸（TNA）在免疫激活中的作用 | 仅观察到mRNA信号的轻微诱导和B细胞系的强烈激活，对细胞增殖影响可忽略，可能免疫效果有限 | 探究TNA作为核酸治疗候选物的免疫原性 | B细胞系及其免疫反应 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 苏糖核酸（TNA）寡核苷酸序列，基于胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤（CpG）序列 | 医药 |
| 327 | 2026-04-28 |
Mechanistic Insight into Conformational Control of Enzyme Activity by Genetically Encoded Metal-Responsive Switches
2026-Apr-28, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.70349
PMID:42033023
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研究论文 | 探究基于遗传编码金属响应开关的酶活性构象控制机制 | 揭示双吡啶丙氨酸金属螯合残基通过局部构象变化调控酶活性的分子机制 | 仅针对两种酶中的一种进行机理验证，通用性需进一步验证 | 阐明金属响应系统中连接基团控制构象变化驱动酶活性调节的机理 | 激烈火球菌脯氨酸寡肽酶（Pfu POP） | 合成生物学 | NA | 荧光金属竞争实验、分子动力学模拟、F核磁共振波谱 | NA | 分子结构数据、荧光信号 | NA | NA | NA | 金属响应开关 | 合成生物学、生物传感、可编程催化 |
| 328 | 2026-04-28 |
Powering next-generation precision therapeutics through integrated synthetic transcriptional systems
2026-Apr-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117308
PMID:42035420
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综述 | 通过整合合成转录系统推动下一代精准治疗的发展 | 综述了合成启动子和合成转录因子的协调整合，结合人工智能从经验性发现转向理性预测设计，实现动态、时空精确调控，提升治疗精准度并减少脱靶效应 | 文中未明确讨论系统的潜在局限性 | 总结工程化和整合系统的进展，强调动态调控策略及其治疗应用 | 合成启动子与合成转录因子构成的整合系统 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 逻辑门、反馈环路、可调系统 | 医学 |
| 329 | 2026-04-28 |
From Design to Practice: A Comprehensive Tutorial for the Rapid Multiplex Engineering of Escherichia coli Using Antibiotic Resistance Markers
2026-Apr-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5665
PMID:42037765
|
研究论文 | 提供使用抗生素标记快速多重改造大肠杆菌的全面教程 | 整合15种抗生素抗性盒实现10-15个基因组修饰在3周内完成，并提供详细设计指南 | 不适用于需要无疤痕修饰的场景，且主要针对易操作微生物 | 建立一种快速、高效的多重基因组工程方法 | 大肠杆菌 | 合成生物学 | NA | 重组工程 | NA | 实验方法 | NA | 重组工程，抗生素标记 | 大肠杆菌 | 多重基因组修饰 | 工业生物技术 |
| 330 | 2026-04-28 |
Modular Deep Learning for Direct RNA Sequence Design via Self-Contained RNA Units
2026-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.16.719021
PMID:42039474
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研究论文 | 提出了一种基于自包含RNA单元（SCRU）的模块化深度学习框架，用于直接设计RNA序列 | 通过构建包含超过61,000个自包含RNA单元（SCRU）的SCRU-DB数据库，将RNA分解为结构自主的模块，突破了传统方法依赖高分辨率3D结构数据的瓶颈，并实现了直接O(1)预测和高效扩散采样 | 未提及具体局限性，但可能依赖于SCRU数据库的完整性和结构聚类准确性 | 开发可扩展且物理合理的RNA序列设计方法 | RNA序列及其自包含结构单元 | 合成生物学, 深度学习 | 不适用 | 深度学习, 3D结构聚类, GNN | 图神经网络（GNN）, 扩散模型 | 序列, 3D结构数据 | 超过61,000个自包含RNA单元（SCRU），涵盖8,200多个独特结构簇 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 合成生物学 |
| 331 | 2026-04-28 |
Nanoparticle-Based Membranes on Coacervates: From Interfacial Assembly to Biomimetic Applications
2026-Apr, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202514620
PMID:41848017
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综述 | 介绍基于纳米颗粒膜包覆凝聚液滴的形成机制、理化性质及仿生应用 | 系统分类纳米颗粒膜形成的主要驱动力（界面能驱动自组装、静电相互作用主导组装、协同多机制组装），并强调膜包覆显著提升凝聚液滴的结构完整性和选择性分子渗透性 | 当前在纳米颗粒包覆凝聚液滴的设计和调控方面存在局限性 | 通过概述纳米颗粒基膜包覆凝聚液滴的研究进展，推动其在合成生物学和仿生材料领域的进一步研究和应用 | 凝聚液滴和基于纳米颗粒的膜包覆系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 仿生材料 |
| 332 | 2026-04-28 |
Exploring the chemical diversity of Dictyostelium secondary metabolites and their biological implications
2026-Mar-10, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-04742-8
PMID:41805866
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综述 | 详细介绍盘基网柄菌次级代谢产物的化学多样性及其生物学意义 | 首次全面总结了盘基网柄菌中独特的次级代谢产物化学多样性，包括其他微生物来源中未发现的稀有骨架化合物，并揭示了多酮合酶和萜烯合酶基因家族在代谢多样性中的作用 | 未提及具体的研究局限性，可能受限于现有基因组数据的不完整性和代谢产物产出量的优化问题 | 探索盘基网柄菌次级代谢产物的化学多样性及其在药物发现中的潜在应用 | 盘基网柄菌的次级代谢产物，包括多酮类、萜类、生物碱、酚类和肽类等 | 天然产物化学 | NA | 色谱法, 光谱法, 化学合成, 基因组挖掘 | NA | 文本, 化学结构数据 | NA | NA | 盘基网柄菌 | NA | 医学, 药学 |
| 333 | 2026-04-28 |
From machine learning to multimodal models: The AI revolution in enzyme engineering
2026-Mar, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100044
PMID:42038007
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综述 | 本文系统回顾了人工智能在酶工程中的发展，从传统机器学习到多模态模型，并提供了当前酶工程任务的指导图景 | 提出了AI在酶工程中演进的四个阶段（经典机器学习、深度神经网络、蛋白质语言模型和多模态架构），并总结了重塑该领域的四大趋势，包括从手工特征到统一嵌入、从单模态到多模态系统的转变等 | 作为综述，未提出新的实验方法或数据，可能未涵盖所有最新研究进展 | 提供AI在酶工程中应用的整合视角，包括模型类型、关键任务和数据资源 | 酶工程任务，包括功能注释、结构建模和性质预测 | 机器学习 | NA | NA | 经典机器学习算法、深度神经网络、蛋白质语言模型、多模态架构 | 蛋白质序列与结构数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、生物催化、药物发现 |
| 334 | 2026-04-28 |
Bacterial secondary metabolites as resistance-modifying adjuvants: microbial origins, molecular mechanisms, and translational relevance
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1779022
PMID:42039799
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综述 | 综述2020至2025年间细菌次级代谢产物作为抗性修饰佐剂的研究进展 | 将细菌次级代谢产物重新定位为下一代抗菌药物耐药性干预策略的核心组成部分，并整合其化学多样性、生态功能及多项分子机制 | 未明确提及具体局限性，但综述性质决定了缺乏原始实验数据验证 | 阐述细菌次级代谢产物作为抗性修饰佐剂在对抗抗菌药物耐药性中的作用 | 细菌次级代谢产物及其抗性修饰机制 | 微生物学 | 抗菌药物耐药性相关疾病 | 基因组挖掘、多组学方法、合成生物学、人工智能辅助结构活性建模 | NA | 综述性数据 | NA | 合成生物学 | 细菌 | 抗性修饰回路（如外排泵抑制、β-内酰胺酶抑制、核糖体保护干扰、生物膜与群体感应网络破坏） | 医学、生物技术 |
| 335 | 2026-04-28 |
Synthetic microbiomes in bioengineered rhizospheres: new frontiers for climate-resilient agriculture
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1780132
PMID:42039802
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综述 | 探讨通过设计合成微生物组和工程化根际来增强植物在环境胁迫下的恢复力，以应对气候变化对农业的威胁 | 整合多界微生物（细菌、真菌、原生生物和古菌）互作，并结合合成生物学工具（如CRISPR）和系统生物学方法，提出针对特定胁迫的定制化根际工程策略 | 对多界微生物动态的理解不足、合成群落在特定环境下的优化困难、实验室成果向田间应用转化时面临规模化和生态安全性挑战 | 开发气候韧性可持续农业系统 | 多界微生物群落（细菌、真菌、原生生物、古菌）及植物根际系统 | 微生物生态学 | NA | CRISPR基因编辑、代谢通路工程、高通量筛选、机器学习、宏基因组分析 | NA | 宏基因组数据 | NA | CRISPR-Cas9, 代谢通路工程 | 植物（根际宿主） | 合成微生物组（SynComs）、根际工程（调控根系分泌物和土壤理化性质） | 农业 |
| 336 | 2026-04-28 |
Advances in the microbial biosynthesis of ʟ-tryptophan and its derivatives
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100046
PMID:42038707
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综述 | 综述L-色氨酸及其衍生物的微生物合成进展 | 系统总结了提高微生物L-色氨酸产量的优化策略及工程菌株在合成高价值衍生物方面的应用，并探讨了合成生物学快速进化为衍生物生产带来的变革性机遇 | 仍存在若干关键瓶颈，但未具体阐述 | 优化微生物合成途径以高效生产L-色氨酸及其衍生物 | L-色氨酸及其衍生物的微生物合成 | 合成生物学 | NA | 微生物合成 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | 生物合成途径 | 医药, 食品 |
| 337 | 2026-04-28 |
Four enzymes from button bush enable de novo biosynthesis of spirooxindole alkaloids in yeast
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100049
PMID:42038706
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研究论文 | 本文从风箱树中发现了四种酶，并在酵母中实现了螺环氧化吲哚生物碱的从头生物合成 | 首次发现并表征了四条酶的级联反应途径，能够在酵母中完全从头合成异育亨宾型氧化吲哚生物碱，阐明了氧化吲哚形成的酶学逻辑 | 未明确提及局限性 | 揭示异育亨宾型氧化吲哚生物碱的生物合成途径并实现其在酵母中的异源重建 | 风箱树中的四种酶（CoAJS、CoHYC3O、CoHYC3R、CoOIS）及相应生物碱产物 | 合成生物学 | NA | 转录组挖掘、生化验证、酶动力学分析、酵母工程改造 | NA | NA | NA | 酵母菌株工程 | 酿酒酵母 | 四酶级联途径，将鹰爪豆碱苷元转化为异育亨宾型氧化吲哚生物碱（米曲菲林、异米曲菲林、uncarine F） | 医药、工业生物技术 |
| 338 | 2026-04-28 |
DeepCodon: A deep learning codon-optimization model to enhance protein expression
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100042
PMID:42038710
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研究论文 | 提出一种名为DeepCodon的深度学习密码子优化模型，用于增强蛋白质表达 | 首次在密码子优化中保留功能上重要的稀有密码子簇，采用条件概率策略保护保守稀有密码子 | 未详细说明模型的泛化能力或在不同宿主物种中的表现 | 开发一种多目标密码子优化工具，平衡宿主密码子偏好、GC含量和mRNA二级结构等因素以提高异源基因表达 | Enterobacteriaceae序列、P450和G3PDH基因 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN | 序列数据 | 150万个天然肠杆菌科序列，7种低产量P450和13种AI设计的G3PDH | NA | E. coli | NA | 合成生物学、基因工程 |
| 339 | 2026-04-28 |
Protein design drives synthetic biology research of plant natural products
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100048
PMID:42038708
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综述 | 本文综述了蛋白质设计技术在植物天然产物合成生物学研究中的前沿进展，探讨如何通过人工智能与合成生物学深度融合解决植物天然产物微生物生产中的关键瓶颈 | 系统阐述了蛋白质设计技术在解决植物天然产物生物合成中未知酶步骤和植物源酶功能表现不佳等难题方面的突破性进展，并强调了人工智能与合成生物学深度融合的潜力 | 未深入讨论蛋白质设计技术的具体实验验证细节及其在工业规模化生产中的实际应用挑战 | 总结蛋白质设计技术在植物天然产物生物合成中的应用，探索解决微生物生产瓶颈的方法 | 植物天然产物及其相关的植物源酶 | 合成生物学 | NA | 蛋白质设计技术 | NA | NA | NA | NA | 微生物系统 | 植物天然产物的生物合成途径 | 医药, 化妆品, 食品 |
| 340 | 2026-04-28 |
The convergence of AI and synthetic biology: the looming deluge
2025-Jul-01, npj biomedical innovations
DOI:10.1038/s44385-025-00021-1
PMID:42032179
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评论 | 探讨人工智能与合成生物学融合带来的机遇与风险，并提出监管策略 | 首次综合性地分析AI驱动合成生物学在医学、农业和可持续发展领域的创新潜力，同时系统性地评估双重用途风险、治理缺口和伦理困境 | 未提供具体实验数据或案例研究，分析较为宏观，缺乏实证支持 | 探讨AI与合成生物学融合如何加速生物工程流程，并识别相关风险与治理需求 | AI驱动合成生物学的应用场景及治理框架 | 机器学习, 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 农业, 可持续性 |