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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-01-27 |
Development of cell-free transcription translation
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.08.003
PMID:41581991
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综述 | 本文综述了无细胞转录翻译系统的发展历程、优势、应用及面临的挑战与未来方向 | 系统总结了无细胞转录翻译系统从E. coli提取物到多物种提取物的演变,并强调了其在合成蛋白质方面的快速、高效和化学耐受性优势 | 高成本、蛋白质产量有限、缺乏复杂翻译后修饰以及提取物不稳定性 | 探讨无细胞转录翻译系统在分子生物学、合成生物学和生物技术中的应用潜力与改进方向 | 无细胞转录翻译系统及其在蛋白质合成中的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞转录翻译 | NA | NA | NA | NA | E. coli, 细菌, 酵母, 真核生物 | NA | 生物技术, 生物制药 |
| 402 | 2026-01-27 |
Artificial intelligence for cell-free systems
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.08.009
PMID:41581993
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综述 | 本章探讨了人工智能与无细胞系统的整合,重点关注其在合成生物学中的最新进展、工业应用及未来方向 | 利用人工智能(包括机器学习、深度学习和生成模型)优化无细胞系统,实现了抗菌肽的发现和蛋白质产量的显著提升 | 面临数据需求、模型可转移性和可扩展性等挑战 | 优化无细胞系统以加速生物过程测试和反应条件控制 | 无细胞系统中的蛋白质合成、代谢和反应条件 | 合成生物学 | NA | 细胞游离蛋白质合成 | 机器学习、深度学习、生成模型、贝叶斯优化、神经网络 | 实验数据 | NA | NA | NA | NA | 生物制造、制药、诊断 |
| 403 | 2026-01-27 |
Cell free systems for biodesign
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2025.08.010
PMID:41581989
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综述 | 本文综述了无细胞系统在合成生物学中的发展、优势、应用及挑战 | 阐述了无细胞系统如何通过消除细胞膜限制,实现对生化条件的空前控制,并加速设计-构建-测试周期,代表了向去中心化、可编程生物技术的范式转变 | 面临试剂成本高、批次间差异和规模化等挑战 | 探讨无细胞系统作为合成生物学变革性工具的原理、进展与应用前景 | 无细胞系统及其相关技术与平台 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统,PURE系统,冻干技术,可编程生物合成平台 | NA | NA | NA | BioBrick, iGEM | NA | 遗传电路,代谢途径,生物传感器 | 医学,环境,工业生物技术 |
| 404 | 2026-01-27 |
Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology
2015-Sep-04, Journal of integrative bioinformatics
IF:1.5Q3
DOI:10.2390/biecoll-jib-2015-258
PMID:26528556
|
综述 | 本文介绍了系统与合成生物学中标准化的现状、重要性以及COMBINE倡议在协调和促进相关标准发展中的作用 | 首次提出通过特刊形式为系统与合成生物学标准提供集中、可访问和可引用的发布平台,并计划每年更新以促进标准发展 | NA | 促进系统与合成生物学领域的数据、信息和模型标准化,通过特刊提供标准的统一发布平台 | 系统与合成生物学领域的标准化文档、COMBINE倡议及相关社区标准 | 系统与合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 405 | 2026-01-27 |
Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 2.0.0
2015-Sep-04, Journal of integrative bioinformatics
IF:1.5Q3
DOI:10.2390/biecoll-jib-2015-272
PMID:26528570
|
研究论文 | 本文详细介绍了合成生物学开放语言(SBOL)版本2.0.0,这是一个用于电子交换生物设计结构及功能信息的标准化格式 | SBOL 2.0.0引入了一个标准化的数据模型,支持对生物设计进行明确且无歧义的描述,填补了现有标准的空白 | NA | 改善合成生物学中生物设计信息的交换,以缩短开发时间、降低失败率并提高可重复性 | 合成生物学中的生物系统设计信息 | 合成生物学 | NA | NA | 数据模型 | 结构化设计信息 | NA | SBOL | NA | NA | 工业生物技术 |
| 406 | 2026-01-26 |
Multi-gene Co-expression systems in E. coli: From single-vector designs to programmable expression platforms
2026-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.12.008
PMID:41574264
|
综述 | 本文综述了在大肠杆菌中实现多基因共表达的系统设计策略,从单载体构建到可编程表达平台的发展历程 | 系统性地比较了多种多基因共表达策略的机制原理、设计权衡与调控瓶颈,并探讨了整合模块化架构、表达建模与AI辅助设计的新兴可编程工具包 | NA | 为在大肠杆菌及其他微生物底盘中进行多基因系统工程的科研人员提供全面的策略路线图 | 大肠杆菌中的多基因共表达系统 | 合成生物学 | NA | 内部核糖体进入位点(IRES)、2A自切割肽、双启动子盒、多顺反子操纵子、多质粒配置 | NA | NA | NA | BioBrick, iGEM | 大肠杆菌 | 多基因共表达系统,包括逻辑门、生物传感器、代谢途径等 | 工业生物技术 |
| 407 | 2026-01-26 |
Phage therapy in cancer treatment: Mechanisms, emerging innovations, and translational progress
2026-Feb, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.105085
PMID:41397585
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综述 | 本文综述了噬菌体疗法在癌症治疗中的机制、新兴创新及转化进展 | 将噬菌体从传统的抗菌剂重新定位为可编程的生物系统,整合了微生物组调控、免疫激活和纳米载体介导的基因递送,并融合了AI、CRISPR和合成生物学技术 | 仍面临免疫清除、细菌耐药性和监管复杂性等挑战 | 探讨噬菌体疗法在癌症治疗中的应用潜力与转化前景 | 噬菌体及其工程化构建体在肿瘤治疗中的作用 | NA | 口腔鳞状细胞癌、结直肠癌、黑色素瘤、肝细胞癌 | CRISPR-Cas、AI驱动选择流程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学 |
| 408 | 2026-01-26 |
Plant non-canonical peptides: from identification to mechanisms
2026-Jan-23, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101739
PMID:41580897
|
综述 | 本文全面概述了植物肽的分类、生物合成及其在调控植物生长、发育、免疫和环境适应中的功能机制 | 系统总结了植物肽鉴定的历史发展和最新策略,并提出了整合高通量技术、功能基因组学和合成生物学以揭示植物肽在作物改良和跨学科创新中的潜力 | 肽的发现和功能注释仍然具有挑战性 | 探讨植物肽在作物改良和跨学科创新中的应用潜力 | 植物肽,包括典型肽、非典型肽和非核糖体肽 | NA | NA | 肽组基因组学、质谱分析 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 409 | 2026-01-26 |
Transmembrane Transport of cAMP and AMP Using a Two Component Small Molecule Transport System
2026-Jan-22, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202524663
PMID:41367116
|
研究论文 | 本文报道了一种中性双组分系统,首次在生理pH下实现了cAMP和AMP跨脂质体膜的促进运输 | 首次展示了使用中性双组分系统促进cAMP和AMP跨膜运输,通过合成阴离子载体与胸腺嘧啶衍生物配对提高运输效率 | NA | 研究核苷酸跨膜运输机制,探索小分子系统在药物递送和合成生物学中的应用潜力 | cAMP和AMP核苷酸 | 合成生物学 | NA | 脂质体荧光实验、P NMR实验 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | NA | 药物递送, 合成生物学 |
| 410 | 2026-01-26 |
Engineering bacteriophages for gut health: precision antimicrobials and beyond
2026-Jan-22, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04038-5
PMID:41566387
|
综述 | 本文综述了工程化噬菌体作为精准抗菌剂在肠道健康中的应用,涵盖合成生物学和纳米技术进展,并探讨其在炎症性肠病、结直肠癌和感染性肠炎中的治疗潜力 | 利用合成生物学和纳米技术重新设计噬菌体,增强其特异性、功能性和稳定性,作为微生物群中心疗法的多功能工具 | 面临长期稳定性、耐药性发展和规模化生产等挑战 | 探讨工程化噬菌体作为精准抗菌剂在肠道疾病治疗中的应用,以应对微生物失调、抗生素耐药性和宿主-微生物相互作用破坏 | 工程化噬菌体及其在炎症性肠病、结直肠癌和感染性肠炎中的应用 | 合成生物学 | 炎症性肠病、结直肠癌、感染性肠炎 | 合成生物学、纳米技术 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 噬菌体 | NA | 医学 |
| 411 | 2026-01-26 |
YhfH functions as a tri-function RNA in Bacillus thuringiensis BMB171
2026-Jan-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1528
PMID:41562254
|
研究论文 | 本研究揭示了枯草芽孢杆菌BMB171菌株中的YhfH RNA具有三重功能:作为小RNA调控嘧啶生物合成、作为反义RNA调控LipR表达、以及作为mRNA编码抑制自身转录的肽YhfH-P | 首次发现单个RNA分子(YhfH)同时具备小RNA、反义RNA和mRNA三重调控功能,并阐明其通过编码肽YhfH-P实现自我反馈抑制的新机制 | 研究局限于枯草芽孢杆菌BMB171菌株,尚未在其他细菌中验证YhfH功能的保守性;YhfH-P抑制ilv-leu操纵子的具体结构机制有待进一步解析 | 探究枯草芽孢杆菌中YhfH RNA的多重调控功能及其分子机制 | 枯草芽孢杆菌BMB171菌株的YhfH RNA及其编码肽YhfH-P | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 枯草芽孢杆菌 | 三重功能RNA调控网络(包含自我抑制反馈环路、代谢途径交叉调控) | 合成生物学 |
| 412 | 2026-01-26 |
A new frontier in synthetic biology: leveraging phase separation for robust gene circuits
2026-Jan-12, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2026.01.020
PMID:41580366
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 413 | 2026-01-26 |
Contrasting genome composition and codon usage in Listeria monocytogenes temperate versus virulent phages
2026, Virus evolution
IF:5.5Q1
DOI:10.1093/ve/veaf100
PMID:41573078
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研究论文 | 本研究比较了单核细胞增生李斯特菌温和噬菌体与烈性噬菌体的基因组组成和密码子使用模式 | 首次系统比较了单核细胞增生李斯特菌中温和与烈性噬菌体的基因组大小、基因长度及密码子使用偏好的差异,揭示了噬菌体生活方式对密码子使用的塑造作用 | 研究仅针对单核细胞增生李斯特菌噬菌体,结论在其他细菌噬菌体中的普适性有待验证 | 探究噬菌体生活方式(温和型 vs 烈性)对基因组结构和密码子使用模式的影响 | 单核细胞增生李斯特菌的温和噬菌体(686个)和烈性噬菌体(1516个)的编码序列 | 微生物基因组学 | NA | 基因组比较分析、密码子适应指数计算 | NA | 基因组序列数据 | 2202个噬菌体编码序列(686个温和型 + 1516个烈性型) | NA | 单核细胞增生李斯特菌 | NA | 生物技术、合成生物学、治疗应用、生物防治 |
| 414 | 2026-01-25 |
Prototissues: Assembly strategies, collective behaviors, and emerging applications
2026-May, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.12.033
PMID:41567986
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综述 | 本文综述了原组织的组装策略、集体行为及其新兴应用,提出了一个理解原组织设计的双维度框架 | 提出了一个双维度框架来理解原组织设计,包括原细胞间粘附策略和空间编程方法,并总结了由此启发的关键集体行为 | 主要挑战包括实现动态和选择性粘附、在保持分辨率的同时扩展空间架构、改善信号传输以及增强生物整合 | 推进自下而上的合成生物学,以构建更复杂的人工生命系统,并探索原组织在生物医学、生物传感和智能材料等领域的应用 | 原组织,即由相互连接的原细胞组装体形成的结构 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物医学, 生物传感, 智能材料 |
| 415 | 2026-01-25 |
Systematic optimization of TF-based carboxylic acid biosensors in cell-free system
2026-Apr-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.118371
PMID:41512477
|
研究论文 | 本文提出了一种在无细胞系统中系统优化基于转录因子的羧酸生物传感器的框架 | 通过整合控制转录因子可用性和启动子序列,建立了在无细胞系统中理性构建高性能生物传感器的模块化方法 | NA | 优化无细胞系统中的生物传感器性能,以支持合成生物学和代谢工程应用 | 基于转录因子的羧酸生物传感器,特别是衣康酸响应型生物传感器 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统,启动子工程 | NA | NA | NA | NA | 无细胞系统 | 生物传感器(衣康酸响应型,3-羟基丙酸响应型) | 工业生物技术 |
| 416 | 2026-01-25 |
KSHV and cancer: understanding the oncogenic machinery for next-generation diagnostic tools and therapies
2026-Jan-21, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04706-4
PMID:41563473
|
综述 | 本文综述了卡波西肉瘤相关疱疹病毒(KSHV)的致癌机制,并探讨了下一代诊断工具和疗法的前景 | 整合了新兴诊断生物标志物(如病毒microRNA)与下一代治疗策略(包括基因编辑和合成生物学方法),强调精准医学在改善疾病检测和治疗特异性方面的机会 | 当前KS诊断仍主要依赖组织病理学和LANA免疫染色,这些方法在早期或不典型病变以及区分潜伏与裂解感染方面存在重要局限性 | 理解KSHV驱动的致癌机制,并概述未来诊断和治疗创新的关键方向 | 卡波西肉瘤相关疱疹病毒(KSHV)及其相关的癌症,如卡波西肉瘤(KS)、原发性渗出性淋巴瘤(PEL)和多中心性Castleman病(MCD) | NA | 卡波西肉瘤、淋巴增生性疾病 | 组织病理学、LANA染色、先进成像、分子生物标志物检测、CRISPR-Cas9、治疗性适配体 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 417 | 2026-01-25 |
ACCU-RATES: A web tool for accurate enzyme kinetics and initial reaction rate measurements
2026-Jan-21, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2026.169654
PMID:41577122
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研究论文 | 开发了一个名为ACCU-RATES的网络工具,用于精确分析酶动力学数据和测定初始反应速率 | 采用微分形式的米氏方程对反应进程曲线进行数值拟合,无需依赖线性反应阶段,在数据噪声和低采样率条件下仍能提供可靠参数估计 | 需要至少两个时间点的产物积累或底物消耗曲线数据 | 开发精确测定酶初始反应速率和动力学参数的工具 | 酶反应进程曲线 | 生物信息学 | NA | 数值拟合方法 | 微分形式的米氏方程 | 酶反应动力学数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学,医学(抑制剂发现和生物标志物检测) |
| 418 | 2026-01-25 |
The Importance of Being Imperfect: Structure and Function of Bacterial Amyloid
2026-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202517090
PMID:41347620
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综述 | 本文综述了细菌功能性淀粉样蛋白(FuBAs)的结构、组装和功能,强调其作为进化中间体和生物材料工程平台的潜力 | 通过冷冻电镜和计算研究揭示了FuBAs(如CsgA和FapC)的β-螺旋折叠结构,由不完美重复序列稳定,具有高稳定性和低多态性,并展示了其内在催化活性和分层机械性能 | NA | 探讨细菌功能性淀粉样蛋白的结构与功能关系及其在生物材料和合成生物学中的应用 | 细菌功能性淀粉样蛋白,特别是大肠杆菌的curli(CsgA)和假单胞菌的FapC | NA | NA | 冷冻电镜(cryo-EM)、整合计算研究 | NA | 结构数据、序列数据 | NA | NA | 大肠杆菌(Escherichia coli)、假单胞菌(Pseudomonas) | NA | 生物材料工程、合成生物学、催化、生物膜控制 |
| 419 | 2026-01-25 |
Engineered food-borne probiotics delivering checkpoint-inhibitor modulators
2026-Jan, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000004399
PMID:41497008
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研究论文 | 本文探讨了工程化食源性益生菌作为递送检查点抑制剂调节剂的新型策略,结合合成生物学、营养学和癌症免疫疗法 | 开发了工程化食源性益生菌,通过分泌可溶性CD80、PD-L1纳米抗体和IL-2等分子,在临床前模型中显示出显著的抗肿瘤效果,并首次在非小细胞肺癌的I期试验中验证了其安全性和有效性 | 存在定植和生物安全性方面的挑战 | 研究工程化食源性益生菌作为低毒性免疫治疗平台的潜力 | 工程化食源性益生菌、检查点抑制剂调节剂、癌症免疫疗法 | 合成生物学 | 肺癌 | 工程化益生菌、可控基因电路 | NA | 临床前模型数据、临床荟萃分析、I期试验数据 | 临床前小鼠模型、非小细胞肺癌I期试验患者 | 可控基因电路 | 食源性益生菌 | 分泌可溶性CD80、PD-L1纳米抗体和IL-2的生物传感器或递送系统 | 医学 |
| 420 | 2026-01-25 |
Engineered Lactobacillus expressing tumor-killing cytokines: a novel biotherapeutic
2026-Jan, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000004400
PMID:41497134
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研究论文 | 本文提出了一种利用工程化乳酸杆菌表达肿瘤杀伤细胞因子(如IL-12、IL-15和TRAIL)的新型生物治疗方法,旨在克服系统性细胞因子疗法的毒性问题 | 将免疫疗法与微生物组工程相结合,开发出局部作用、低毒性的工程化益生菌作为抗肿瘤生物治疗剂 | 研究目前主要基于小鼠模型,尚未进行人体临床试验 | 开发一种新型的低毒性抗肿瘤生物治疗方法 | 工程化乳酸杆菌及其表达的肿瘤杀伤细胞因子 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学工具(诱导型启动子、生物安全杀死开关) | NA | 实验数据 | 小鼠模型 | CRISPR-Cas9 | 乳酸杆菌 | 细胞因子表达系统(IL-12、IL-15、TRAIL表达通路) | 医学 |