本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['synthetic biology']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价9.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2026-09-12 |
Biosynthesis and Biotransformation of Plant Triterpenoids: Current Advances and Future Perspectives
2026-Sep-11, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2026_355
PMID:42720748
|
综述 | 本文综述了植物三萜类化合物的生物合成与生物转化,重点介绍了合成生物学和人工智能在微生物细胞工厂生产三萜类化合物中的应用。 | 首次系统总结了人工智能在加速植物三萜类化合物途径解析、异源酶和微生物底盘工程化以及工艺优化中的应用前景。 | 未涉及具体实验数据,主要基于现有文献的归纳总结。 | 综述植物三萜类化合物的生物合成途径、关键酶家族、结构多样性和生物活性,并探讨提高微生物细胞工厂生产效率的策略及未来方向。 | 植物三萜类化合物(包括四环和五环三萜皂苷)及其微生物细胞工厂(尤其是酿酒酵母)。 | 合成生物学 | 癌症, 炎症性疾病, 肝脏疾病, 免疫性疾病 | 合成生物学, 代谢工程, 人工智能 | NA | 文本 | NA | NA | 酿酒酵母 | 代谢途径(涉及OSCs、P450s、UGTs等酶) | 医药, 食品 |
| 442 | 2026-09-12 |
SCULPT-MCP: Systematic Chromosomal Upgrades for Locus-Driven Protein Topologies in Microcompartments
2026-Sep-11, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.6c00504
PMID:42721414
|
研究论文 | 本文展示了通过将关键结构基因pduN在操纵子中重新定位来塑造细菌微区室的形态和功能,从而建立操纵子架构作为纳米结构形态发生的可编程遗传框架。 | 发现基因顺序可以控制纳米级组装和区室化功能,尽管蛋白质序列相同;建立了操纵子架构作为纳米结构形态发生的可编程遗传框架。 | 未提及 | 探索基因顺序对蛋白质纳米机器组装和功能的影响,并开发定制几何形状和活性的自组装纳米器件的合成生物学策略。 | 细菌微区室(BMCs)及其关键结构基因pduN。 | 合成生物学 | NA | 基因重定位 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 操纵子 | 医学 |
| 443 | 2026-09-12 |
Systematic mapping of insertion-tolerant regions enables capsid engineering of an infectious RNA phage
2026-Sep-09, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01639-26
PMID:42573247
|
研究论文 | 该研究结合MuA转座酶介导的插入突变与反向遗传学系统,系统鉴定了RNA噬菌体MS2和PP7中耐插入区域(ITRs),并在此基础上实现了感染性RNA噬菌体的衣壳工程改造 | 首次系统绘制了RNA噬菌体MS2和PP7的耐插入区域图谱;首次在感染性RNA噬菌体中实现衣壳蛋白工程改造,成功在PP7衣壳蛋白中插入Arg-Gly-Asp基序并保持感染性 | 研究仅针对MS2和PP7两种RNA噬菌体,耐插入区域图谱可能不适用于其他RNA噬菌体;工程化噬菌体的稳定性与野生型相当,未显著提升;仅在模型中验证了清除效果,尚未进行体内实验验证 | 系统鉴定RNA噬菌体MS2和PP7基因组中的耐插入区域,并利用这些信息实现感染性RNA噬菌体的衣壳工程改造,为RNA噬菌体作为合成生物学平台奠定基础 | RNA噬菌体MS2和PP7 | 合成生物学 | NA | MuA转座酶介导的插入突变、反向遗传学系统、cDNA克隆技术 | NA | 序列数据、结构数据 | 筛选了4555个MS2和2228个PP7随机插入克隆,分别鉴定出29个和26个非冗余耐插入区域 | MuA转座酶 | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 444 | 2026-09-12 |
Engineering extracellular vesicles for targeted siRNA delivery: Advances, therapeutic applications, and clinical translation
2026-Sep-05, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.nano.2026.103020
PMID:42700828
|
综述 | 本文综述了工程化细胞外囊泡用于靶向siRNA递送的研究进展、治疗应用及临床转化前景 | 系统整合了EV工程化策略(如电穿孔、超声、挤出、亲本细胞工程、微流控等货物装载方法及肽、抗体、适配体、杂合纳米平台等表面功能化修饰),并全面总结了工程化EV介导的siRNA递送在多种疾病中的治疗应用,同时探讨了合成生物学、基因组工程、人工智能和多功 能杂合囊泡等新兴技术的整合 | 在大规模制造、货物装载效率、标准化、质量控制、监管审批和临床转化方面仍面临挑战 | 探讨工程化细胞外囊泡作为靶向siRNA递送平台的生物学特性、工程化策略、治疗应用及临床转化前景 | 细胞外囊泡(EVs)、siRNA、RNA干扰机制及相关疾病模型 | 机器学习 | 肺癌 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 445 | 2026-09-12 |
Engineering post-transcriptional regulation via synthetic membraneless organelles
2026-Sep-03, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102546
PMID:42692139
|
研究论文 | 该研究通过工程化合成无膜细胞器,在大肠杆菌中实现了靶向mRNA的隔离和可编程的转录后调控 | 将合成无膜细胞器的应用从翻译后调控扩展到转录后调控,通过正交RNA结合蛋白-适配体相互作用实现靶向mRNA隔离,并展示了在细胞分裂拯救和母乳寡糖生产中的应用 | 研究仅在大肠杆菌中验证,未在其他宿主中测试,且未详细评估系统的脱靶效应和长期稳定性 | 扩展合成无膜细胞器的功能范围,使其能够进行RNA中心调控,实现可编程的转录后控制 | 大肠杆菌中的mRNA和合成无膜细胞器 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、RNA结合蛋白-适配体相互作用 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 合成无膜细胞器(凝聚体)作为模块化枢纽,整合翻译机制或隔离靶转录本 | 医学、工业生物技术 |
| 446 | 2026-09-12 |
Synthetic biology
2026-Sep, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-026-03289-9
PMID:42722812
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 447 | 2026-09-12 |
Metabolic Engineering of Microbial Strains for 1,2,4-Butanetriol Production: Progress and Future Perspectives
2026, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2026_322
PMID:42477129
|
综述 | 本文综述了微生物菌株代谢工程生产1,2,4-丁三醇的研究进展,包括生物合成途径设计、代谢工程与工艺优化策略以及利用木质纤维素生物质作为可持续原料,并展望了结合人工智能技术提升生产效率的未来方向 | 系统整合了1,2,4-丁三醇生物合成途径设计、代谢工程与过程优化策略,并首次提出将人工智能技术与先进代谢工程和合成生物学方法相结合以提升1,2,4-丁三醇生产效率的未来方向 | 实现具有成本竞争力的1,2,4-丁三醇生产仍面临重大挑战,现有代谢工程和工艺优化策略尚未达到经济可行的生产水平 | 综述微生物代谢工程生产1,2,4-丁三醇的研究进展,并探讨未来提升生产效率的策略 | 工程化微生物菌株(细菌和酵母细胞工厂)及其1,2,4-丁三醇生物合成途径 | 工业生物技术 | NA | 代谢工程、合成生物学、过程优化、人工智能技术 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌, 酵母 | 1,2,4-丁三醇生物合成途径 | 医药, 工业生物技术, 材料, 能源 |
| 448 | 2026-09-12 |
Microbiome-driven resistance in cervical cancer therapy: from mechanistic dissection to clinical translation
2025-12-29, Expert reviews in molecular medicine
IF:4.5Q2
DOI:10.1017/erm.2025.10029
PMID:41457383
|
综述 | 本文综述了微生物组驱动宫颈癌治疗耐药的机制及临床转化应用 | 系统整合了阴道微生物失调通过乳酸介导代谢重编程、免疫检查点稳定和药物代谢改变驱动耐药的机制,并提出了合成生物学驱动的精准微生物组疗法和多中心标准化试验方案 | 缺乏统一的临床试验标准,地理变异(如撒哈拉以南非洲HIV合并感染)对治疗反应的影响尚未充分阐明,机制研究向临床转化的证据仍有限 | 阐明微生物组驱动宫颈癌治疗耐药的机制并推动临床转化 | 宫颈癌患者阴道微生物组及治疗耐药 | 数字病理学 | 宫颈癌 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 449 | 2026-09-12 |
Efficient site-specific integration of kilobase-length DNA fragments in plant cells via Kp03 recombinase
2025-11-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116508
PMID:41187057
|
研究论文 | 评估大丝氨酸重组酶Kp03在水稻和拟南芥中高效介导长达27.3 kb DNA片段位点特异性整合的能力。 | 首次系统评估Kp03重组酶在植物细胞中实现kb级DNA片段定点整合,并展示其与NM-PE基因组编辑系统联用实现内源位点靶向整合。 | 研究主要基于瞬时原生质体和水稻愈伤组织,尚未获得稳定遗传的转基因植株;整合效率随片段增大而下降。 | 开发高效植物基因组大片段定点整合工具,推动植物合成生物学发展。 | 水稻和拟南芥原生质体、水稻愈伤组织。 | 合成生物学, 植物基因组工程 | NA | 大丝氨酸重组酶介导的位点特异性整合, 原生质体瞬时转化, NM-PE基因组编辑 | NA | 分子实验数据 | 未明确说明具体样本数量 | Kp03重组酶, NM-PE | 水稻, 拟南芥 | 位点特异性重组系统 | 农业, 合成生物学 |
| 450 | 2026-09-12 |
Genomically integrated cassettes swapping: bringing modularity to the strain level in Saccharomyces cerevisiae
2025-01-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf032
PMID:40577080
|
研究论文 | 本文描述了在酿酒酵母中利用CRISPR介导的盒交换系统,实现基因组整合盒的标准化交换或移除,将模块化提升到菌株水平 | 首次实现了对已整合到基因组中的表达盒进行标准化交换或移除,通过条形码靶向CRISPR(Cas9和Cas12a)一步完成盒的替换或野生型位点恢复,将模块化原则扩展到菌株水平 | 目前仅应用于荧光蛋白表达盒的交换,未展示在复杂代谢途径或工业相关菌株中的应用,效率约90%仍有提升空间 | 开发一种系统,能够轻松地通过CRISPR介导交换或移除先前整合的盒,从而将模块化带到菌株水平,增强修改现有菌株的可能性并减少步骤 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的基因组整合表达盒 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | 酿酒酵母 | 基因组整合的荧光蛋白表达盒交换系统 | 工业生物技术 |
| 451 | 2026-09-12 |
In silico encounters: harnessing metabolic modelling to understand plant-microbe interactions
2025-01-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf030
PMID:40705360
|
综述 | 本文综述了利用基因组尺度代谢建模研究植物-微生物相互作用的研究进展 | 系统梳理了代谢建模在共生、致病和微生物群落系统中的应用,并探讨了其作为合成微生物群落设计测试平台的潜力 | 作为综述,未提供原始实验数据,且指出了该领域仍面临的挑战,如模型精度和整合多组学数据的困难 | 总结代谢建模在理解植物-微生物相互作用中的应用,并展望未来方向 | 植物-微生物相互作用,包括共生、致病和微生物群落系统 | 系统生物学 | NA | 基因组尺度代谢建模 | 基因组尺度代谢网络模型 | 基因组、宏基因组、表型组等多组学数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
| 452 | 2026-09-12 |
Strength in diversity: unlocking the full potential of engineered living materials with multistrain collaboration
2025-01-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf055
PMID:41206547
|
综述 | 本文综述了多菌株协作工程活材料(ELMs)的发展潜力,探讨了通过多菌株分工突破单菌株功能限制的策略 | 提出多菌株协作是解锁工程活材料全部潜力的新方向,通过分工合作克服单菌株代谢负担和功能局限 | 多菌株ELMs仍处于早期发展阶段,面临菌株间协调、竞争和稳定共存的挑战 | 探讨多菌株协作如何拓展工程活材料的功能性和应用范围 | 工程活材料(ELMs)中的微生物系统,包括细菌、真菌、植物和藻类 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 细菌, 真菌, 植物, 藻类 | 多菌株协作系统 | 医学, 建筑, 农业 |
| 453 | 2026-09-12 |
Engineering microorganisms for enhanced tolerance to toxic end-products and intermediates
2025-01-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf053
PMID:41137716
|
综述 | 本文系统综述了通过工程化细胞包膜、细胞内组分和细胞外环境来提高微生物对有毒终产物和中间体耐受性的合成生物学策略 | 系统整合了针对细胞包膜、转录因子与修复途径等细胞内组分以及生物膜与细胞间互作等细胞外工程三个层面的微生物耐受性增强策略,并强调了对有毒终产物和中间体工业转化的促进作用 | 作为综述,未提供新的实验数据,且未对各类工程策略进行定量比较或标准化评估 | 系统概述提高微生物对有毒化学品耐受性的工程化策略,推动有毒终产物和中间体微生物生产的工业转化与商业化 | 微生物细胞工厂及其对有毒终产物和中间体的耐受性 | 合成生物学 | NA | 合成生物学策略 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 454 | 2026-09-12 |
Modeling ncRNA-Mediated Circuits in Cell Fate Decision: From Systems Biology to Synthetic Biology
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4290-0_6
PMID:39702707
|
综述 | 综述了非编码RNA介导的细胞命运决策回路从系统生物学到合成生物学的数学建模框架与应用 | 以教学方式总结ncRNA数学建模通用框架,整合mRNA、miRNA和ceRNA互调涌现特性,并探讨合成生物学方法理解细胞命运决策设计原理 | 未提供具体实验数据或新模型,仅为综述性总结 | 阐明ncRNA介导的细胞命运决策分子机制,并探索合成生物学方法理解基本设计原理 | 非编码RNA介导的细胞命运决策回路,包括mRNA、miRNA和竞争性内源RNA | 系统生物学,合成生物学 | NA | 数学建模,定量实验分析 | 数学建模框架 | NA | NA | NA | NA | 双稳态开关,正反馈回路,miRNA-mRNA互调回路 | 医学,工业生物技术 |
| 455 | 2026-09-11 |
Multi-Omics Analyses Reveal the Red and Far-Red Light Combination Enhancing Heterologous Protein and Metabolite Production in Nicotiana benthamiana
2026-Oct, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15573
PMID:40269597
|
研究论文 | 该研究通过多组学分析揭示红光与远红光组合(LED-red)可通过抑制植物防御通路、促进农杆菌增殖,从而提高本氏烟草中异源蛋白和代谢物的瞬时报导表达效率 | 首次系统探究光质(尤其是红光与远红光组合)对农杆菌介导的本氏烟草瞬时表达效率的影响,并结合转录组、蛋白质组和代谢组多组学手段阐明其分子机制 | 研究仅在本氏烟草中验证,未在其他植物宿主中测试;光质影响机制的多组学关联仍需进一步功能验证;田间或规模化应用可行性尚未评估 | 探究不同光质对本氏烟草生长及农杆菌介导的瞬时表达效率的影响,并阐明其分子机制,以提升异源蛋白和代谢物的生产效率 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana)植株、农杆菌(Agrobacterium)、绿色荧光蛋白(GFP)、紫杉二烯(taxadiene) | 合成生物学、植物生物技术 | NA | 农杆菌介导的瞬时转化(agroinfiltration)、转录组测序、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、荧光蛋白表达定量数据 | NA | 农杆菌介导的瞬时转化(agroinfiltration) | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana) | NA | 医药、工业生物技术 |
| 456 | 2026-09-11 |
Artificial metalloenzymes in whole-cell catalysis: Toward hybrid metabolic systems
2026-Oct, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102751
PMID:42628383
|
综述 | 本文综述了人工金属酶(ArMs)在全细胞催化中的最新进展,并探讨了将其整合到合成生物学和代谢工程中所面临的挑战与潜在策略 | 系统性地总结了全细胞ArMs催化领域的最新进展,并首次提出了从简单全细胞生物转化向含ArMs的代谢工程过渡时所面临的额外复杂性,同时讨论了实现ArMs与生物合成途径高效整合的潜在策略 | 全细胞ArMs催化仍处于基础研究阶段,将ArMs整合到混合代谢系统中的设想尚未在规模化层面实现 | 总结全细胞ArMs催化的最新进展,概述体内ArMs整合所面临的挑战,并探讨将ArMs有效整合到生物合成途径中的潜在策略 | 人工金属酶(ArMs)及全细胞催化系统 | 合成生物学 | NA | 全细胞催化, 人工金属酶, 代谢工程 | NA | 文本 | NA | NA | NA | 混合代谢系统 | 工业生物技术 |
| 457 | 2026-09-11 |
Recent discovery of new enzymes in plant natural product biosynthesis
2026-Oct, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102752
PMID:42673660
|
综述 | 本文综述了近年来在植物天然产物生物合成中新酶发现的主要进展,重点关注新催化机制、途径解析策略及进化关系 | 系统总结了催化挑战性化学转化的植物来源酶,包括氧化碳-碳键重排、非典型环加成、自由基介导的偶联反应及迭代骨架重塑等 | 作为综述文章,未提供原始实验数据或新酶的具体验证结果 | 总结植物天然产物生物合成中酶发现的最新进展,并探讨其对合成生物学和代谢工程的意义 | 植物天然产物生物合成途径中的新酶 | 合成生物学 | NA | 基因组学、代谢组学、蛋白质结构预测、异源途径重构 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医药,工业生物技术 |
| 458 | 2026-09-11 |
Design of programmable molecular interfaces for synthetic biology and therapeutic applications
2026-Oct, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102759
PMID:42673661
|
综述 | 本文综述了从头蛋白质设计在合成生物学和治疗应用中的进展,重点关注生成建模、序列设计和结构预测方法如何实现可编程分子界面的设计 | 系统总结了从头蛋白质设计的最新方法学进展,包括生成建模、序列设计和结构预测,并强调了这些方法在创建紧凑稳定的结合蛋白、可编程相互作用模块和高级组装体方面的能力,减少了对天然解决方案和大量实验筛选的依赖 | 在复杂环境中预测蛋白质行为以及平衡多个设计目标方面仍存在挑战 | 探讨从头蛋白质设计如何重塑合成生物学指定和控制分子功能的方式,并推动治疗应用的发展 | 从头设计的蛋白质、结合蛋白、相互作用模块和高级组装体 | 合成生物学 | NA | 生成建模、序列设计、结构预测 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 459 | 2026-09-11 |
Harnessing Probiotic LAB and Bacteriocins for Clean-Label Food Processing and Biopreservation: Omics, Molecular Innovations and Industrial Applications
2026-Sep-09, Probiotics and antimicrobial proteins
IF:4.4Q2
DOI:10.1007/s12602-026-11201-9
PMID:42714741
|
综述 | 本综述总结了利用益生乳酸菌及其细菌素抑制食品中持久性腐败微生物、生物膜形成病原菌和产芽孢菌的最新研究进展,涵盖分离鉴定、作用机制、组学解析及工业应用 | 系统整合了组学与分子方法在细菌素生物合成、基因调控及宿主-微生物互作解析中的应用,并探讨了细菌素与包埋、纳米生物技术等栅栏技术的协同作用,以及合成生物学和预测建模在拓展细菌素应用潜力中的前景 | 更广泛的转化仍受限于监管要求、生产与配方成本、在复杂食品基质中功效不稳定,以及许多候选细菌素缺乏实验室和模型食品系统之外的验证 | 探讨乳酸菌和细菌素在清洁标签食品加工与生物保鲜中的应用潜力,包括其抑菌机制、分子创新及工业化面临的挑战 | 乳酸菌(LAB)、细菌素、食品中持久性微生物腐败污染物、生物膜形成病原菌及产芽孢菌(如芽孢杆菌属、李斯特菌属、葡萄球菌属、梭菌属、大肠杆菌等) | 食品科学与生物保鲜 | 食源性疾病 | 组学技术( genomics、转录组学等)、分子生物学方法、纳米生物技术、包埋技术 | NA | 文本 | NA | NA | 乳酸菌 | NA | 食品, 医学 |
| 460 | 2026-09-11 |
Microbial Extracellular Polymeric Substance: A Pioneer in Ensuring Soil Health and Sustainable Development of Agriculture
2026-Sep-09, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.6c08162
PMID:42715980
|
综述 | 本文综述了微生物胞外聚合物(EPS)在细胞保护、土壤改良和污染修复三个层面的作用机制及其在保障土壤健康和农业可持续发展中的应用前景。 | 从细胞保护、土壤改良和污染修复三个层次系统阐明EPS的作用机制,将EPS的功能从细胞保护拓展至环境修复,并提出合成生物学与材料科学推动未来绿色应用的方向。 | 成本降低和机制阐明仍是挑战。 | 阐明微生物胞外聚合物在土壤生态系统中的多重功能机制,并探讨其在保障土壤健康和农业可持续发展中的应用前景。 | 微生物胞外聚合物(EPS),由微生物分泌的多糖、蛋白质和核酸组成的复合物。 | 农业微生物学、环境生物技术 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 农业, 环境 |