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当前共找到 5865 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2026-09-10 |
Environmental Release of Genetically Intervened Microorganisms: Towards a New Narrative
2026-Sep, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70441
PMID:42703030
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综述 | 本文综述了基因工程微生物环境释放的现状与挑战，提出从限制性监管转向可追溯、管理和长期监测的新框架，以促进其在环境修复中的应用 | 提出将工程微生物视为与自然进化生命连续体的一部分，强调从控制转向关怀与伙伴关系的治理范式，并引入基因组条码、数字孪生等新工具 | 未提供具体的实证数据或案例研究，主要基于概念性讨论和综述 | 重新审视基因工程微生物环境释放的监管框架，提出促进其负责任应用的新叙事 | 基因工程微生物及其环境释放的监管与应用 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | 基因组条码 | 微生物 | NA | 环境修复, 工业生物技术 |
| 482 | 2026-09-10 |
Nitrene generation and transfer for unnatural biosynthesis in living cells
2026-Aug-18, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-026-02224-4
PMID:42613447
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研究论文 | 本文展示了在活细胞内通过细胞色素P450催化的氮宾转移反应，实现非天然产物的生物合成，从简单碳源产生多种含氮化合物 | 首次在活细胞中实现代谢中间体的分子间氮宾转移反应，拓展了合成生物学的化学空间，能够合成传统有机化学难以制备的化合物 | 未明确提及，但可能受限于底物范围和产率 | 开发活细胞中的非天然生物合成途径，将氮宾化学与代谢工程结合以生产高价值含氮化合物 | 细胞色素P450酶及代谢途径中的酶 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 活细胞（具体宿主未指明） | 代谢途径设计，包括N-乙酰氧基苯胺的生物合成以及氮宾转移反应 | 工业生物技术、医药、农业 |
| 483 | 2026-09-10 |
Optimized Yeast Surface Display Workflow for Directed Evolution of Proteases
2026-08-04, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/72559
PMID:42612041
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研究论文 | 本文介绍了一种优化的酵母表面展示工作流程，用于蛋白酶的直接进化，通过荧光激活细胞分选（FACS）筛选高特异性蛋白酶变体。 | 提出了一种优化的分步协议，包括DNA插入文库和底物盒的设计、高效电转化（转化效率高达每微克DNA 10个转化子）、多轮FACS富集和测序，并演示了将TEV蛋白酶从天然底物进化到新底物的过程。 | 信息不足，未明确提及局限性。 | 通过直接进化工程化蛋白酶，使其具有对非天然底物序列的高特异性，应用于生物技术、医学和合成生物学。 | 蛋白酶变体，特别是烟草蚀刻病毒核内蛋白酶A（TEVp）。 | 合成生物学 | NA | 酵母表面展示、FACS、电转化、DNA测序 | NA | 序列数据、流式细胞术数据 | 使用酵母细胞文库，具体数量未提及。 | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母（S. cerevisiae） | 基因电路设计涉及底物盒的构建，包含融合蛋白和信号肽序列。 | 生物技术, 医学, 工业生物学 |
| 484 | 2026-09-10 |
Design and optimization of a kinase-controlled allosteric switch
2026-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-026-03163-1
PMID:42481857
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研究论文 | 本文设计并优化了一种由激酶控制的变构开关，使其能够响应磷酸化信号，从而调控转录输出 | 利用工程化变构技术，将激酶FRET生物传感器架构应用于磷酸化控制蛋白开关的设计，实现了20倍的磷酸化依赖性转录输出变化，且具有可推广性 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 开发一种通用的基于激酶响应的合成生物学工具，用于生物传感和合成生物学应用 | ERK控制的转录因子，哺乳动物发育类器官 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程，FRET | NA | 生物数据 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 磷酸化控制的变构开关 | 合成生物学，生物传感 |
| 485 | 2026-09-10 |
HySimODE: a hybrid stochastic-deterministic simulation framework for multiscale models of biological systems
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag185
PMID:41999207
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研究论文 | 介绍HySimODE，一个用于生物系统多尺度模型的混合随机-确定性模拟框架，自动分配随机或确定性机制并执行混合模拟 | 利用确定性预模拟和机器学习分类器自动分配物种的随机或确定性机制，避免手动指定，无需模型重构，支持缺乏一致反应网络表示的生化模型 | 未在摘要中明确说明局限性 | 开发一个自动化、可复现且可扩展的混合模拟框架，用于基于ODE的生化系统的多尺度建模 | 生化系统模型，包括宿主-回路相互作用模型和长期突触增强模型 | 计算生物学 | NA | 混合模拟，机器学习分类器，ODE求解 | 机器学习分类器 | 生化ODE模型数据 | 涵盖多种动力学机制的生化ODE模型数据集 | NA | NA | 宿主-回路相互作用模型 | 医学, 合成生物学, 神经科学 |
| 486 | 2026-09-10 |
PanForest: predicting genes in genomes using random forests
2026-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag005
PMID:41512299
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研究论文 | PanForest使用随机森林分类器根据基因组中其他基因的存在与否来预测基因的存在与缺失，并分析基因共现与回避模式。 | 首次利用随机森林算法在大规模泛基因组尺度上预测基因存在与否，并提供基因重要性统计，支持并行计算以适应网络生命规模的泛基因组分析，且展示了在抗菌药物耐药性关联基因预测中的应用。 | 摘要未提及具体局限性。 | 开发一种工具以预测基因组中基因的存在与缺失，并揭示基因间的共现和回避模式，应用于进化重建和合成基因组设计。 | 基因组的基因存在与缺失数据，具体包括大肠杆菌泛基因组中的附属基因 | 机器学习 | NA | 随机森林分类 | 随机森林 | 基因组序列数据（基因注释与存在/缺失信息） | 1000个大肠杆菌基因组中的12,741个附属基因 | NA | 大肠杆菌 | NA | 生物医学, 合成生物学, 分子生态学 |
| 487 | 2026-09-10 |
Targeted phagocytosis of TNF-α by CAR macrophages restores immune homeostasis in arthritis
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.132172
PMID:42708095
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研究论文 | 本研究通过工程化巨噬细胞表达抗TNF-α嵌合抗原受体（CAR-M），增强其对可溶性TNF-α的吞噬和降解，并在关节炎模型中恢复免疫稳态，展示出优于现有疗法的治疗效果。 | 创新性地将MerTK抗原结合域替换为TNF-R1片段，构建抗TNF-α CAR-M，通过双重机制（直接清除TNF-α和重编程滑膜巨噬细胞为修复表型）纠正吞噬缺陷并缓解慢性炎症，这在类风湿关节炎治疗中尚属首次。 | 研究依赖于体外和动物模型（CIA小鼠），未进行人体临床试验；CAR-M的长期安全性、体内持久性和潜在免疫原性未评估。 | 开发一种工程化巨噬细胞疗法，通过增强TNF-α清除和恢复炎症消退功能，治疗类风湿关节炎。 | 抗TNF-α CAR-M细胞，以及关节炎患者滑液和胶原诱导关节炎（CIA）小鼠模型。 | 免疫工程，细胞工程 | 类风湿关节炎 | CAR构建，吞噬和降解分析，信号通路分析（Rho GTPase, SOCS1/3, NF-κB, MAPK），动物模型实验 | NA | 实验数据 | CIA小鼠和关节炎患者滑液样本（具体数量未提及） | NA | 小鼠和人类巨噬细胞 | 嵌合抗原受体（CAR）设计，基于MerTK结构域替换为TNF-R1片段 | 医学 |
| 488 | 2026-09-10 |
Designing biological network motif-based controllers by reverse engineering Hill function-type models from linear models
2025-04, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2024.0811
PMID:40262636
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研究论文 | 提出一种逆向工程方法，从线性模型分析中推断非线性Hill函数模型的动力学参数，并应用于设计实现完美适应的生物控制器，通过模拟验证了三种网络基序控制器的有效性 | 结合线性系统理论和非线性建模，提出从线性模型逆向推断非线性Hill函数模型参数的方法，以设计实现完美适应的合成基因电路 | 仅通过模拟验证，未进行实验验证 | 设计能够实现完美适应的生物控制器，以赋予工程生物系统强大的调节能力 | 基于生物网络基序的合成基因电路 | 合成生物学 | NA | NA | Hill函数模型、线性模型 | 仿真数据 | NA | NA | NA | 控制器电路（基于生物网络基序） | 合成生物学、生物医学 |
| 489 | 2026-09-10 |
Tailored UPRE2 variants for dynamic gene regulation in yeast
2024-05-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2315729121
PMID:38687789
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研究论文 | 本文通过创建UPRE2突变体文库并筛选出响应性增强、动态范围更宽的元件，应用于酵母基因调控。 | 创制了UPRE2m突变体文库，筛选出活性显著提高的元件，并揭示Hac1与UPRE2m的相互作用机制。 | 文中未提及具体限制。 | 构建用于酵母基因动态调控的增强型UPRE2元件。 | UPRE2突变体文库、转录因子Hac1、启动子元件。 | 合成生物学 | NA | 分子建模、定点突变 | NA | 基因序列 | NA | 定点突变 | 酿酒酵母 | 非折叠蛋白响应（UPR）信号调控通路 | 工业生物技术 |
| 490 | 2026-09-09 |
Ori-Finder-Arch: An Updated Web Server for the Annotation and Visualization of Archaeal Replication Origins
2026-Sep-07, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag095
PMID:42704664
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研究论文 | 介绍了Ori-Finder-Arch，一个用于古菌复制起点注释和可视化的更新版网络服务器，其性能优于现有工具。 | 结合HMMER、改进的共有基序识别和GC谱分析，实现了更高的准确率、速度和可扩展性。 | 未在摘要中提及明确局限性。 | 为古菌染色体复制起点提供高效、准确且用户友好的预测平台，以支持生物技术和合成生物学研究。 | 古菌染色体复制起点（oriCs）。 | 生物信息学 | NA | HMMER、基序识别、GC谱分析 | NA | 基因组序列 | 基准集及大量古菌组装数据（注释了17,472个oriCs） | NA | 古菌 | NA | 生物技术 |
| 491 | 2026-09-09 |
ROPs
2026-Sep-07, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2026.07.009
PMID:42705215
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综述 | 本文综述了植物特异性Rho类小GTP酶（ROPs）的功能、调控机制及其在细胞极性生长等过程中的作用，并探讨了其功能多样性和在合成生物学及农业中的应用潜力。 | 通过比较代表性极性细胞生长模型，强调了多个ROPs如何调控共享和细胞类型特异性信号通路，并讨论了ROPs实现功能多样性的机制及其作为遗传操作靶点的可能性。 | 未提及具体实验数据或定量分析，主要基于已有研究进行综述和讨论。 | 阐述ROPs在植物发育和细胞生长中的关键作用，探讨其功能多样性机制，并指出其在合成生物学和农业上的潜在应用方向。 | 植物中的Rho类GTP酶（ROPs）及其调控的细胞过程（如花粉管、根毛的极性生长）。 | 植物细胞生物学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | NA | 植物 | ROPs信号通路 | 农业, 合成生物学 |
| 492 | 2026-09-09 |
Microbial Metabolites as Systemic Signaling Molecules: Integrating Metabolism, Immunity, and Organ Crosstalk in Health and Disease
2026-Aug-28, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
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综述 | 本文综述了肠道微生物代谢物作为系统信号分子在宿主代谢、免疫和器官串扰中的关键作用，并探讨了基于这些代谢物的治疗策略及其临床转化挑战 | 强调微生物代谢物作为系统信号分子的整合作用，提出结合多组学技术、人工智能和精准微生物组干预以开发个性化治疗策略 | 对微生物代谢物的机制理解、标准化、安全性及临床转化仍存在重大挑战 | 探讨微生物代谢物在健康和疾病中的系统调控作用及治疗潜力 | 肠道微生物代谢物、宿主生理和代谢过程、慢性疾病 | 微生物组学、代谢组学 | 肥胖、2型糖尿病、非酒精性脂肪肝病、心血管疾病、癌症、自身免疫性疾病、神经系统疾病 | 多组学技术、人工智能 | NA | 文本 | NA | 合成生物学方法 | 肠道微生物 | NA | 医学 |
| 493 | 2026-09-09 |
seq2ribo: Structure-aware integration of machine learning and simulation to predict ribosome location profiles from RNA sequences
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.08.700508
PMID:41726975
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研究论文 | 提出了seq2ribo，一种将机器学习和模拟相结合的框架，仅根据mRNA序列预测核糖体A位点位置，无需表达数据或基因组背景 | 首次实现仅从序列预测核糖体分布的位置相关性，结合结构感知的TASEP模拟和机器学习抛光器，超越现有基线 | 未在论文中明确说明局限性信息 | 开发仅需mRNA序列输入即可预测核糖体位置分布的混合模拟与机器学习框架，用于mRNA序列设计 | 多种细胞类型中的核糖体位置图谱和翻译效率数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq, Ribo-seq | 混合模拟和机器学习模型（结构感知TASEP和抛光模型） | 序列 | 多种细胞类型（iPSC, HEK293, LCL, RPE-1） | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 合成生物学, 医学 |
| 494 | 2026-09-09 |
The emerging impact of CRISPR and gene editing on global crop improvement
2026-02-14, Transgenic research
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s11248-026-00484-x
PMID:41688767
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综述 | 本文综述了CRISPR基因编辑技术在全球作物改良中的应用，涵盖其机制、应用、挑战及未来潜力。 | 系统性地总结CRISPR技术从基因敲除到碱基编辑、引导编辑和表观基因组编辑的扩展应用，并探讨与合成生物学、人工智能和高通量表型分析的整合。 | 面临脱靶效应、监管障碍、伦理问题和公众接受度等挑战，需进一步解决。 | 评估CRISPR技术在提升作物产量、抗逆性、抗病性、营养含量和采后品质方面的作用，并展望其在可持续农业中的前景。 | 全球作物改良中的CRISPR技术应用。 | 农业生物技术 | NA | CRISPR-Cas9、碱基编辑、引导编辑、表观基因组编辑 | NA | 文本（综述内容） | 不适用（综述文章） | CRISPR-Cas9 | 植物 | 基因敲除、碱基编辑、引导编辑、表观基因组编辑 | 农业 |
| 495 | 2026-09-09 |
Reprogramming Komagataella phaffii for a Robust Chassis toward Efficient De Novo Biosynthesis of (-)-α-Bisabolol
2025-Apr-09, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c11904
PMID:40131269
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研究论文 | 本研究通过优化 Komagataella phaffii 的 MVA 途径、融合 ERG20 与红没药醇合酶，并改造辅因子 NADPH、分子伴侣和转录因子，成功实现了 (-)-α-红没药醇的高效从头生物合成 | 首次在 Komagataella phaffii 中实现 (-)-α-红没药醇的高效生产，并通过系统代谢工程改造显著提高产量，获得的 32.8 g/L 滴度是目前报道的最高水平 | 未提及明显的局限性，但文中指出大肠杆菌存在噬菌体感染风险，而本研究未讨论 Komagataella phaffii 的潜在工业化挑战 | 开发一种稳健的微生物细胞工厂，用于高效从头合成 (-)-α-红没药醇，替代存在感染风险的大肠杆菌体系 | Komagataella phaffii 菌株，特别是改造后的菌株 KB-30 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、发酵工程 | NA | 实验数据 | 包括多个工程菌株和一个 5 L 发酵罐实验 | NA | Komagataella phaffii | MVA 途径优化和 ERG20-红没药醇合酶融合蛋白 | 食品、医药、生物燃料 |
| 496 | 2026-09-09 |
Mechanism-based and data-driven modeling in cell-free synthetic biology
2024-Jun-20, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc01289e
PMID:38847387
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综述 | 本文聚焦于细胞游离合成生物学中的机制建模与数据驱动建模两种方法，并探讨其在合成遗传电路设计与优化中的应用。 | 系统性地对比了机制建模和数据驱动建模在无细胞系统中的应用，强调了两种方法的互补性和最新进展。 | 未详述具体模型或实验结果，可能停留在概念层面。 | 为了探索无细胞合成生物学中的建模方法潜力，以促进合成遗传电路的设计与优化。 | 无细胞系统，例如用于合成电路原型、生物传感器开发和生物制造的过程。 | 合成生物学 | NA | 无细胞系统技术 | 机制模型和数据驱动模型 | 实验数据（具体类型未指明） | NA | NA | 无细胞系统 | 合成遗传电路 | 生物技术、生物制造、生物传感器 |
| 497 | 2026-09-08 |
Advances in combinatorial CRISPRi screening and applications: Decoding higher-order interactions for next-generation microbial cell factories in synthetic biology
2026-Dec, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2026.128663
PMID:42574952
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综述 | 本文综述了组合式CRISPR干扰筛选的最新进展及其在合成生物学中解码微生物细胞工厂复杂表型和高阶相互作用的应用 | 系统阐述了成对和高阶组合CRISPRi筛选策略，涵盖多重gRNA阵列设计、正交系统及高维数据处理算法，并强调其在解码遗传冗余和缓冲机制中的独特优势 | 当前面临系统噪声和文库构建挑战，限制了筛选的准确性和规模 | 为解码复杂性状和推动下一代微生物细胞工厂的理性设计提供指导 | 微生物细胞工厂，涉及碳通量优化和抗环境胁迫的多基因网络 | 合成生物学，系统生物学 | NA | CRISPR干扰（CRISPRi），多重引导RNA阵列，组合筛选 | NA | 高维筛选数据，遗传互作数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物（如细菌、酵母等） | 组合CRISPRi系统，多重gRNA阵列，正交调控系统 | 工业生物技术，合成生物学 |
| 498 | 2026-09-08 |
Synthetic biology strategies for engineering microbial therapeutics in metabolic diseases and cancer
2026-Dec, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2026.128682
PMID:42612398
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综述 | 本文综述了合成生物学在代谢疾病和癌症中工程化微生物治疗策略的最新进展，包括底盘选择、电路架构、应用及挑战。 | 系统性地总结了合成生物学在微生物治疗中的应用，强调从被动载体到可编程活体治疗剂的转变，并讨论了代谢疾病和癌症中的具体案例。 | 临床转化仍受限于体内存活和功能活性变异、定植不一致、代谢和遗传不稳定性、生物封控需求、制造复杂性和剂量控制不确定。 | 探讨合成生物学在工程化微生物治疗剂中的应用，以治疗代谢疾病和癌症。 | 工程化微生物（如大肠杆菌和其他微生物平台）用于代谢疾病和癌症治疗。 | 合成生物学 | 代谢疾病、癌症 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌（E. coli），其他微生物平台 | 合成基因电路，用于感知、计算和响应宿主环境，如降解有毒代谢物、表达治疗蛋白。 | 医学 |
| 499 | 2026-09-08 |
Rational design of next-generation bioinoculants: Integrating molecular engineering of plant-microbe interactions with advanced formulation strategies
2026-Dec, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2026.128693
PMID:42632390
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综述 | 本文提出将下一代生物接种剂重新概念化为工程化生物系统，通过整合植物-微生物相互作用的分子工程与先进制剂策略，以实现可预测、高性能的农业应用 | 提出了一个统一框架，将制剂视为生态和生理界面，通过桥接合成生物学、材料科学和根际生态学，实现生物接种剂的理性设计 | 未具体说明局限性，可能涉及当前技术整合的挑战和实际应用中的不确定性 | 为下一代生物接种剂的理性设计提供集成框架，以提高农业可持续性和气候韧性 | 植物相关微生物及其相互作用，以及制剂技术 | 合成生物学 | NA | 合成基因电路、压力耐受工程、代谢重编程 | NA | 文本 | NA | NA | 植物相关微生物 | 合成基因电路、信号响应调控通路 | 农业 |
| 500 | 2026-09-08 |
Efficient rDNA-mediated multi-copy integration of gene clusters in Aureobasidium melanogenum
2026-Nov, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2026.07.010
PMID:42532222
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研究论文 | 本研究开发了一种基于核糖体DNA（rDNA）介导的多拷贝基因簇整合策略，成功在出芽短梗霉菌（Aureobasidium melanogenum）中高效整合大片段基因并提升黑色素产量。 | 首次在非传统酵母底盘出芽短梗霉中利用高度重复的rDNA序列作为同源重组位点，实现大片段基因簇（11.0kb）的多拷贝稳定整合，并显著提高表达水平及代谢产物产量。 | 摘要中未提及本研究的具体局限性，可能包括对整合位点特异性及长期遗传稳定性的进一步评估需求等。 | 旨在解决Aureobasidium melanogenum中缺乏大片段基因簇重组技术的问题，通过rDNA介导的多拷贝整合促进该宿主的代谢工程改造。 | 研究对象为Aureobasidium melanogenum菌株，以及插入的gfp基因、pks基因和由pks、npg1、scd构成的黑色素合成基因簇。 | 合成生物学 | NA | 同源重组（rDNA介导） | NA | 基因序列数据 | 本研究中使用了不同rDNA区域（rDNA1、rDNA2、rDNA3）进行整合，并测试了gfp（0.7kb）、pks（7.0kb）及11.0kb基因簇，但样本具体数量未在摘要中说明。 | NA | Aureobasidium melanogenum | rDNA介导的多拷贝基因整合（使用RNA聚合酶I启动子区域、部分26S rDNA区域、RNA聚合酶I终止子区域作为同源重组位点） | 工业生物技术 |