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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2026-01-09 |
Rapid evolution of a highly efficient RNA polymerase by homologous recombination
2026-Jan-07, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-025-02124-7
PMID:41501182
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研究论文 | 本文通过同源重组和定向进化,将高选择性DNA聚合酶转化为具有高效RNA合成活性的非天然同源物 | 利用单细胞液滴微流体选择策略,在短进化路径中成功开发出C28聚合酶,该酶能以约3 nt/s的速率合成高保真度RNA,并接受多种修饰RNA类似物 | 未明确提及具体限制,但可能涉及工程聚合酶在复杂生物环境中的稳定性和应用范围 | 将DNA聚合酶重编程为高效RNA合成酶,以推动生物技术和医学应用 | DNA聚合酶家族及其非天然同源物C28 | 合成生物学 | NA | 同源重组、定向进化、单细胞液滴微流体选择、PCR | NA | NA | NA | 同源重组 | NA | NA | 生物技术, 医学 |
| 562 | 2026-01-09 |
Synthetic bacterium-facilitated colonization of nitrogen-fixing bacteria for remodeling the rhizosphere microbiome and improving plant yield
2025-Nov-29, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02189-5
PMID:41318663
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法,利用表达多糖结合蛋白的工程菌EcCMC,促进固氮细菌在豆科植物根部的定殖,从而改善根际微生物组、提高固氮效率和植物产量 | 首次设计并应用表达表面展示人工多糖识别蛋白Cmc的合成细菌EcCMC,以增强固氮细菌在植物根部的定殖能力,从而调控根际微生物组 | 研究仅针对两种豆科植物(紫云英和紫花苜蓿)进行了短期(28天)实验,样本量较小(n=3),且未评估长期效应或在不同环境条件下的适用性 | 通过合成生物学手段改善固氮细菌在植物根部的定殖效率,以增强生物固氮作用、提高土壤肥力和植物产量 | 豆科植物(紫云英和紫花苜蓿)及其根际微生物组,包括固氮细菌(如Sinorhizobium meliloti和Sphingomonas endophytica)和工程菌EcCMC | 合成生物学 | NA | 16S rRNA基因扩增子测序、代谢组学分析、氮酶活性测定 | NA | 微生物组测序数据、代谢物数据、生化指标数据 | 每组3个重复,共3个处理组(对照组、NFBs加EcM组、NFBs加EcCMC组) | 基因工程 | 大肠杆菌(E. coli) | 设计表达表面展示人工多糖识别蛋白Cmc的合成细菌EcCMC,用于结合植物根部多糖并促进固氮细菌定殖 | 农业 |
| 563 | 2026-01-09 |
Recent advances in nucleic acid nanotechnology-driven artificial transcriptional components
2025-Nov-27, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5nr03210e
PMID:41221719
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综述 | 本文综述了核酸纳米技术在转录调控中的应用,重点介绍了其在模块化设计、动态响应和逻辑信息处理方面的优势 | 利用核酸纳米技术的可编程性、时空精确性和分子级可控性,构建人工转录组件以实现精确的转录调控 | NA | 探讨核酸纳米技术在转录调控领域的应用潜力 | 人工转录组件及其在转录过程中的调控机制 | 合成生物学 | NA | 核酸纳米技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 人工转录组件,包括模块化设计、动态响应和逻辑信息处理 | 生物计算、智能生物制造、生物传感 |
| 564 | 2026-01-09 |
Recent advances in the transformation of maleimides via annulation
2025-Jan-02, Organic & biomolecular chemistry
IF:2.9Q1
DOI:10.1039/d4ob01632g
PMID:39545834
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综述 | 本文综述了2019年至2024年间马来酰亚胺通过环化反应转化的最新研究进展,重点介绍了其在环化、苯环化、环加成和螺环化等反应中的应用 | 总结了光催化和电化学等新兴方法在马来酰亚胺环化反应中的应用,拓展了其合成复杂分子的可持续性和选择性途径 | 某些反应如基于环加成的环化、光环化和电化学转化在制药和化学工业中潜力巨大但尚未被充分探索 | 系统梳理马来酰亚胺环化策略的研究进展,探讨其在合成生物学和材料科学中的新应用方向 | 马来酰亚胺骨架及其环化反应 | 有机化学 | NA | 光催化、电化学方法、C-H活化 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物化学、药物发现、材料科学 |
| 565 | 2026-01-09 |
Harnessing mass spectrometry-based proteomics for continuous directed evolution
2025, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaf017
PMID:41492657
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研究论文 | 本文探讨了如何利用基于质谱的蛋白质组学技术来支持连续定向进化过程,以AtMS1和AtMS2甲硫氨酸合酶的连续进化为例 | 首次将基于质谱的蛋白质组学(包括全蛋白质组分析和靶向蛋白质组学)系统性地应用于连续定向进化过程中,以监测目标酶丰度、识别群体构建缺陷、测量代谢适应并指导进化策略决策 | NA | 开发并展示一种利用蛋白质组学技术来增强连续定向进化效率和理解进化机制的方法 | 甲硫氨酸合酶AtMS1和AtMS2的连续定向进化过程 | 合成生物学 | NA | 基于质谱的蛋白质组学(全蛋白质组分析、靶向蛋白质组学) | NA | 蛋白质组数据 | NA | 连续定向进化 | 平台细胞(具体未指明) | NA | 工业生物技术 |
| 566 | 2026-01-09 |
Emerging trends in genome integration tools for precision engineering of diverse bacterial species
2025, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaf019
PMID:41492658
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综述 | 本文综述了用于多种细菌物种精确基因编辑的基因组整合工具的新兴趋势,重点关注自包含、便携式系统 | 强调CRISPR引导系统与整合酶结合的最新进展,以及面向非模式生物的工程化趋势 | 依赖宿主DNA修复机制的传统技术限制了在缺乏这些能力的生物中的应用 | 探索和推动细菌基因组精确整合工具的发展,以实现细胞表型的全面工程化和新生物技术的创建 | 细菌物种,特别是非模式生物 | 合成生物学 | NA | 同源重组、CRISPR引导系统、整合酶技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 重组工程技术 | 细菌 | NA | 工业生物技术, 环境, 能源, 材料 |
| 567 | 2026-01-08 |
The multifaceted significance of phosphoinositides in endocytic trafficking
2026-Jan-07, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70268
PMID:41496670
|
综述 | 本文综述了磷酸肌醇作为细胞区室“脂质编码”在内存运输中的多种作用,并探讨了相关技术进展及其在人类疾病中的意义 | 系统整合了磷酸肌醇在内存运输各环节(内存作用、内体分选、降解与回收)的功能,并强调了新兴技术(如荧光生物传感器、超分辨率显微镜、光遗传学与合成生物学)在解析其动态中的作用 | NA | 阐明磷酸肌醇在内存运输中的功能及其与人类疾病的关联,探索潜在治疗靶点 | 磷酸肌醇及其代谢酶(激酶与磷酸酶)、内存运输过程 | NA | 癌症、神经退行性疾病 | 荧光生物传感器、超分辨率显微镜、光遗传学、合成生物学、系统生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 568 | 2026-01-08 |
Intracellular biosensors by functional nanomaterial-integrated CRISPR technologies for real-time molecular sensing
2026-Jan-06, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d5cc05016b
PMID:41277417
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综述 | 本文综述了基于CRISPR技术和纳米材料集成的细胞内生物传感器的最新进展,用于实时分子传感 | 将CRISPR系统的可编程性和靶向特异性与纳米材料(如金纳米颗粒、量子点、DNA纳米结构)相结合,以增强细胞内递送效率、信号放大和传感器稳定性,并实现多模态传感和单细胞分辨率分析 | NA | 开发用于实时、动态监测细胞过程和分子事件的细胞内生物传感器 | 细胞内信号,包括核酸、非编码RNA和小分子代谢物 | 合成生物学 | NA | CRISPR技术(Cas9、Cas12、Cas13),纳米技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12, CRISPR-Cas13 | NA | 生物传感器 | 医学, 合成生物学 |
| 569 | 2026-01-08 |
Rewiring gene circuits to dissect oscillatory signaling dynamics
2026-Jan-05, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.353319.125
PMID:41162152
|
研究论文 | 本文通过合成生物学方法重构了DELTA-NOTCH信号通路,以研究脊椎动物胚胎体节分割时钟中的振荡性细胞间通讯 | 首次在DELTA缺陷的体节前中胚层类器官中整合合成DELTA-NOTCH通路,并利用光遗传学激活揭示配体呈现动力学对细胞通讯的关键作用 | 研究基于类器官模型,与完整胚胎环境存在差异;合成通路的长期稳定性未充分验证 | 探究振荡性细胞间信号在发育过程中的作用机制 | 脊椎动物胚胎的体节前中胚层类器官 | 合成生物学 | NA | 合成生物学重构、光遗传学激活 | NA | NA | NA | 合成生物学电路设计 | 脊椎动物胚胎类器官 | 合成DELTA-NOTCH信号通路,具备光遗传学可调控的配体呈现功能 | 基础发育生物学研究 |
| 570 | 2026-01-08 |
Exploring the computing power of microbes that shapes the environment
2026-Jan-05, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2025.102700
PMID:41494508
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综述 | 本文综述了微生物如何通过遗传和代谢机制处理信息并影响环境,并探讨了合成生物学在构建遗传电路以模拟和增强微生物计算能力方面的进展 | 首次系统性地比较了自然微生物的计算能力与合成生物学中人工设计的遗传电路,并提出了弥合两者复杂性差距的新思路 | 主要聚焦于细菌,未全面涵盖其他微生物类群(如古菌、真菌)的计算特性 | 探讨微生物的计算能力及其对环境的影响,并研究如何通过合成生物学工具提升人工遗传电路的计算性能 | 自然微生物的计算机制与合成生物学中设计的遗传电路 | 合成生物学 | NA | 遗传电路设计 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, BioBrick, iGEM | 细菌 | 布尔逻辑门、组合输入处理电路、时序逻辑、基于记忆的系统、模拟电路、细胞群体分布式计算 | 环境 |
| 571 | 2026-01-07 |
Gene silencing regulated by aggregates of Corn aptamer at 3' UTR of mRNA
2026-Jan-05, Nanoscale horizons
IF:8.0Q1
DOI:10.1039/d5nh00510h
PMID:41148632
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研究论文 | 本研究开发了一种通过在mRNA的3'非翻译区引入核酸自组装模块来实现基因沉默的策略,该模块通过形成RNA聚集体在真核细胞中展现出显著的基因沉默效果 | 创新点在于将核酸自组装模块整合到mRNA的3' UTR中,通过形成高阶RNA结构来调控翻译效率,并可与经典5' UTR元素结合构建多维转录后调控网络 | NA | 研究目的是开发一种简单有效的基因沉默策略,并探索其在合成生物学中的应用潜力 | 研究对象是mRNA的3'非翻译区及其调控机制,以及真核细胞中的基因表达 | 合成生物学 | NA | 基因沉默技术,包括CRISPR-Cas9和核酸自组装模块 | NA | mRNA和蛋白质表达水平的定量数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 真核细胞 | 通过3' UTR中的核酸自组装模块形成RNA聚集体,构建多维转录后调控网络,包括与TOP序列等5' UTR元素的整合 | 医学,合成生物学 |
| 572 | 2026-01-07 |
Programmable cell-cell adhesion in synthetic yeast communities for improved bioproduction
2026-Jan-05, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-025-02081-1
PMID:41491832
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研究论文 | 本研究开发了一个用于模块化细胞间粘附和共培养的酵母合成工具箱,旨在克服现有方法缺乏遗传特异性和控制的局限性 | 创建了具有七个主要絮凝和凝集基因缺失的模型酵母菌株007Δ,建立了三种不同的粘附配对系统,并成功展示了利用合成共培养结合细胞粘附系统增强高价值食品抗氧化剂白藜芦醇的生物生产 | NA | 开发用于合成酵母群落的可编程细胞间粘附系统,以改进生物生产 | 酵母细胞 | 合成生物学 | NA | 酵母表面展示系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 细胞间粘附系统,包括酵母絮凝和凝集蛋白质以及酵母表面展示系统 | 工业生物技术 |
| 573 | 2026-01-07 |
Probiotic-Based Materials as Living Therapeutics
2026-Jan, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202508500
PMID:40999775
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综述 | 本文综述了基于基因工程益生菌与基质结合的益生菌活性材料(PLMs)作为活体治疗平台在生物医学应用中的潜力、进展与挑战 | 提出了“益生菌活性材料(PLMs)”这一新概念,以区别于传统的活体生物治疗产品(LBPs),并系统阐述了其在多种疾病治疗中的靶向和动态治疗潜力 | PLMs在临床转化中面临多重挑战,包括缺乏稳健的益生菌基因工程工具包、生物安全性担忧(如水平基因转移)、临床前结果向人体转化的困难以及缺乏明确的临床使用监管指南 | 探讨工程化活体材料(ELMs)在生物医学领域的应用,特别是益生菌活性材料(PLMs)作为靶向治疗平台的设计、应用与监管挑战 | 基于基因工程益生菌与基质结合的益生菌活性材料(PLMs) | 合成生物学 | 感染、骨修复、伤口愈合、阴道失衡、肠道相关疾病、癌症 | 基因工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 益生菌 | 生物传感器、治疗性代谢通路 | 医学 |
| 574 | 2026-01-07 |
Expanding frontiers: harnessing plant biology for space exploration and planetary sustainability
2026-Jan, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70662
PMID:41295882
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观点文章 | 本文提出了一个集体愿景,概述了利用植物科学支持人类太空探索新前沿的优先事项 | 引入了一种新的作物生物再生生命支持系统准备水平框架,扩展了现有的作物准备水平,以帮助建立有弹性和可持续的作物生产 | NA | 利用植物生物学支持太空探索和地球的可持续性 | 植物 | NA | NA | 预测建模、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 太空探索、农业、环境 |
| 575 | 2026-01-07 |
Harnessing microalgae for bioproducts: innovations in synthetic biology
2025-Dec-08, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04727-7
PMID:41359128
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综述 | 本文综述了合成生物学在微藻工程中的应用,以促进可持续生物燃料和高价值生物产品的生产 | 整合CRISPR/Cas基因组编辑、模块化克隆系统、合成启动子库和动态环境响应调控电路等最新合成生物学工具,提升微藻代谢途径的精确重编程能力 | 菌株鲁棒性和生物过程转化方面仍存在挑战 | 推动微藻作为可持续生物制造平台的发展,以支持低碳生物经济 | 微藻 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、模块化克隆系统、合成启动子库、动态调控电路 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 模块化克隆系统 | 微藻 | 动态环境响应调控电路,用于控制脂质和色素生物合成 | 能源, 工业生物技术 |
| 576 | 2026-01-07 |
Exploiting Salmonella typhimurium as a novel cancer therapeutic agent: from tumor colonization to metabolic engineering
2025-Nov-27, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-025-04716-w
PMID:41307628
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综述 | 本文综述了利用鼠伤寒沙门氏菌作为新型癌症治疗剂的机制、代谢工程进展及临床转化挑战 | 首次系统整合鼠伤寒沙门氏菌的多重抗癌机制(凋亡诱导、自噬诱导、免疫调节等),并从代谢工程与合成生物学角度提出增强治疗特异性的统一视角 | 细菌介导的癌症疗法仅能作为现有癌症治疗的补充手段,无法完全替代传统疗法,且存在生物安全性与临床转化挑战 | 探讨利用细菌天然靶向肿瘤特性开发新型癌症治疗策略 | 鼠伤寒沙门氏菌及其代谢工程改造菌株 | NA | 癌症 | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 鼠伤寒沙门氏菌 | NA | 医学 |
| 577 | 2026-01-07 |
Ensemble techniques for predictive modeling of leishmanial activity via molecular fingerprints
2025-Oct-14, BMC medical informatics and decision making
IF:3.3Q2
DOI:10.1186/s12911-025-03041-4
PMID:41088199
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研究论文 | 本研究提出了一种结合机器学习和化学信息学的新方法,利用分子指纹预测化合物对利什曼原虫前鞭毛体的活性,以加速抗利什曼病药物的发现 | 首次将Avalon、MACCS Key和Pharmacophore三种分子指纹算法与随机森林、多层感知器、梯度提升和决策树等多种机器学习算法结合,并引入了集成模型,用于针对利什曼病的化合物活性预测 | 研究仅针对利什曼原虫的前鞭毛体阶段进行活性预测,未涵盖无鞭毛体阶段;模型性能仍有提升空间(最高准确率83.65%) | 开发一种高效的计算方法来预测和筛选具有抗利什曼病活性的化合物,以应对现有疗法副作用大和耐药性上升的挑战 | 来自PubChem数据库的65,057个化合物分子,针对利什曼原虫前鞭毛体 | 机器学习 | 利什曼病 | 化学信息学、分子指纹编码(基于SMILES)、Alamar Blue检测法 | 随机森林、多层感知器、梯度提升、决策树、集成模型 | 化学结构数据(分子指纹) | 65,057个化合物分子 | NA | NA | NA | 医学 |
| 578 | 2026-01-06 |
Beyond Tanacetum cinerariifolium: Advances in Pyrethrins Biosynthesis and Prospects for Engineered Cell Factories
2026-Jan-04, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-025-01549-8
PMID:41485148
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综述 | 本文综述了除虫菊酯生物合成的研究进展,并探讨了利用合成生物学和代谢工程构建工程细胞工厂以实现规模化、可持续生产的潜力 | 提出了从传统花卉种植转向工程细胞工厂的新生产策略,以解决除虫菊酯农业生产的限制 | NA | 探讨除虫菊酯生物合成途径及利用合成生物学实现可持续生产的可能性 | 除虫菊酯的生物合成途径、关键酶及其异源合成 | 合成生物学 | NA | 异源合成、代谢工程 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 农业 |
| 579 | 2026-01-06 |
Model-guided design of regulatable promoters for synthetic biology
2026-Jan-03, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2025.102701
PMID:41485423
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综述 | 本文综述了在大肠杆菌中通过模型引导设计可调控启动子的方法,结合简单实验与热力学框架来优化启动子功能 | 提出了一种基于转录因子的上下文最小化、测量优先的方法,通过序列占用和功能概念来设计可调控启动子 | NA | 设计具有特定功能输出的可调控启动子,以应用于合成生物学 | 大肠杆菌中的启动子序列设计 | 合成生物学 | NA | 热力学框架、简单实验 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 可调控启动子设计,涉及动态范围、泄漏性和敏感性等特征 | 工业生物技术 |
| 580 | 2026-01-06 |
Long noncoding RNA regulation of immunity
2026-Jan, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02355-9
PMID:41482550
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综述 | 本文综述了长链非编码RNA(lncRNA)在哺乳动物免疫系统中的调控作用,包括其在免疫细胞分化、功能及疾病关联中的机制 | 文章强调了lncRNA在代谢途径、细胞表面糖基化非编码RNA及抗原性细胞外核糖核蛋白复合物中的新型调控机制,并特别关注了女性特异性lncRNA XIST在自身免疫性疾病中的性别偏向作用 | NA | 探讨lncRNA在免疫系统调控中的角色及其在免疫相关疾病中的影响 | 长链非编码RNA(lncRNA)及其在免疫细胞和免疫反应中的功能 | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病 | 高通量功能基因组学、人类遗传学、分子互作图谱、人工智能、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |