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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-19 |
Multiplexed Genome Editing and Transcriptional Knockdown in Yarrowia lipolytica by CRISPR-Cpf1 and an Orthogonal T7 System
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00104
PMID:40810600
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研究论文 | 本研究在非常规酵母Yarrowia lipolytica中结合CRISPR-Cpf1和正交T7系统,实现了多重基因组编辑和转录敲低 | 首次将CRISPR-AsCpf1与正交T7启动子结合用于Yarrowia lipolytica的多重基因编辑和转录敲低,实现了高达73.3%的四基因编辑效率和100%的双基因编辑效率 | 同源重组修复效率提升策略仅观察到微小改进 | 开发高效的多重基因组编辑和转录敲低工具,用于Yarrowia lipolytica的工程化改造 | Yarrowia lipolytica菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cpf1, T7转录系统 | NA | NA | 目标基因数量:2至4个 | CRISPR-Cpf1 | Yarrowia lipolytica | CRISPR-Cpf1编辑系统,正交T7转录系统,CRISPR-dCpf1敲低系统 | 工业生物技术 |
| 42 | 2026-05-19 |
Bioengineering of Probiotic Yeast Saccharomyces boulardii for Advanced Biotherapeutics
2025-09-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00236
PMID:40811432
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综述 | 综述了益生酵母布拉氏酵母菌在先进生物治疗中的工程化进展 | 首次系统总结了布拉氏酵母菌在遗传修饰、代谢工程和合成生物学策略应用于治疗领域的最新进展 | 未具体说明局限性,但综述性质可能受限于现有文献和技术成熟度 | 探索布拉氏酵母菌作为下一代微生物组治疗平台在人体健康和食品生物技术中的潜力 | 布拉氏酵母菌 | 合成生物学 | NA | 遗传修饰、代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 布拉氏酵母菌 | 疾病响应型生物传感器、生物防护菌株设计 | 医学, 食品生物技术 |
| 43 | 2026-05-19 |
Secure biosystems design in Saccharomyces cerevisiae establishes effective biocontainment strategies and mechanisms of escape
2025-09-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00741-25
PMID:40801494
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研究论文 | 在酿酒酵母中开发并评估了基于camphor调控的RelE毒素系统的生物限制策略,揭示了逃逸机制并建立了设计规则 | 首次系统评估了实验室与工业菌株中杀伤开关的拷贝数和倍性对生物限制效果的影响,并通过CRISPR介导的整合揭示了逃逸突变机制,提出了多位点整合策略来减缓逃逸 | 多位点整合虽降低了逃逸率,但不足以实现持续生物限制,且存在脱靶突变问题 | 建立安全生物系统设计规则,提高生物限制策略的有效性同时保持工程微生物的适应性 | 酿酒酵母实验室菌株和工业菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR, 基因组重测序 | NA | 基因组序列数据 | 多种基因改造的酿酒酵母菌株(具体数量未明确) | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | camphor调控的RelE毒素杀伤开关,含Cam-反式激活因子(cam-TA)和RelE毒素 | 工业生物技术, 环境 |
| 44 | 2026-05-19 |
Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for de novo biosynthesis of hydroxytyrosol and salidroside
2025-08-20, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00712-25
PMID:40668011
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研究论文 | 通过代谢工程改造酿酒酵母实现羟基酪醇和红景天苷的从头生物合成 | 首次在酿酒酵母中实现羟基酪醇和红景天苷的高效从头合成,通过优化酪醇生产菌株并增强UDP-葡萄糖供应,显著提高了产量 | 未提及具体局限性 | 实现羟基酪醇和红景天苷在酵母中的高效生物合成,为其工业应用奠定基础 | 酿酒酵母工程菌株 | 合成生物学 | NA | 代谢工程,发酵 | NA | 产量数据,发酵数据 | 多个工程菌株,包括ZYT1、ZYHT1、ZYSAL1、ZYSAL9+3等 | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 酪醇合成途径,羟基酪醇合成途径,红景天苷合成途径 | 工业生物技术 |
| 45 | 2026-05-19 |
Progress in the Biosynthesis of Cosmetic Ingredients through Engineering of Saccharomyces cerevisiae
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00199
PMID:40670299
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综述 | 综述了通过工程化酿酒酵母生物合成化妆品成分的最新进展 | 系统总结了利用酿酒酵母生产抗氧化、修复、保湿和结构维持等化妆品成分的先进策略,并首次探讨了人工智能和机器学习在菌株设计与过程控制中的整合应用 | 存在代谢负担等挑战 | 推动合成生物学在化妆品行业中的应用,实现化妆品成分的可持续规模化生产 | 酿酒酵母 | NA | NA | 代谢工程、遗传工程、发酵优化 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 代谢通路 | 化妆品 |
| 46 | 2026-05-19 |
Metabolic Engineering of Yarrowia lipolytica with Massive Gene Assembly and Genomic Integration
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00333
PMID:40676857
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研究论文 | 在解脂耶氏酵母中开发了一种大规模基因组装和基因组整合策略,成功实现多基因稳定整合并优化了番茄红素合成途径 | 首次在解脂耶氏酵母中实现超过30 kb的多基因(十数基因)一锅式组装和基因组整合,并构建了含35个外源基因(总长93.5 kb)的工程菌株 | 文中未具体讨论该策略在不同代谢途径中的通用性及可能存在的遗传稳定性问题 | 开发解脂耶氏酵母的大规模基因组装和整合方法,提升代谢工程能力 | 解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica) | 合成生物学 | NA | 基因组装、基因组整合、代谢工程 | NA | 生物化学数据(产量、滴度) | 含15个外源基因的优化工程菌株,在5 L生物反应器中验证 | Gibson Assembly、Golden Gate Assembly | 解脂耶氏酵母 | 多基因组装整合系统,番茄红素合成代谢通路 | 工业生物技术 |
| 47 | 2026-05-19 |
Hydrogel-Immobilized Multienzyme Systems for Cell-Free Chemical Bioproduction
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00234
PMID:40689784
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研究论文 | 本文展示了一种利用聚乙二醇二丙烯酸酯水凝胶共固定多种无细胞表达酶的方法,用于化学品的可持续生物生产 | 首次将多种无细胞表达酶共同固定在甘油增强的PEGDA水凝胶中,实现酶的长期保留、可重复使用和更高活性,并利用小角X射线散射验证了水凝胶网孔与酶尺寸的匹配 | 未详细讨论固定化酶在工业规模下的放大可行性及不同底物条件下的长期稳定性 | 开发可重复使用、稳定且耐用的多酶系统,推动无细胞合成生物学在实际部署中的应用 | 三种异源无细胞酶(用于丙酮酸到苹果酸的转化)以及水凝胶固定化体系 | 合成生物学 | NA | 无细胞基因表达、小角X射线散射、荧光测量 | NA | 散射数据、荧光测量数据 | NA | 光交联 | 大肠杆菌裂解液 | 多酶生物转化途径(丙酮酸至苹果酸) | 工业生物技术 |
| 48 | 2026-05-19 |
Engineering Cell Fate with Adaptive Feedback Control
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00299
PMID:40698642
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研究论文 | 设计一种自适应反馈控制器来引导细胞命运决策,使分化为特定细胞类型更高效 | 提出基于隔离机制的仿射前馈环结构合成控制器,无需内源网络详细知识即可实现偏向特定细胞命运 | 研究基于理论分析和计算模拟,尚未经实验验证;参数扰动下性能需进一步评估 | 通过合成生物学方法设计细胞命运控制器,优化干细胞治疗中的细胞分化产量 | 内源调控网络中的多稳态系统及目标物种 | 合成生物学 | NA | 合成基因回路设计 | 非线性模型(多稳态系统建模) | 模拟数据 | NA | NA | NA | 类非相干前馈环(IFFL)拓扑的自适应控制器,包含隔离机制和中间物种引入的延迟 | 医学 |
| 49 | 2026-05-19 |
CRISPR-Cas10-Assisted Structural Modification of Staphylococcal Kayvirus for Imaging and Biosensing Applications
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00387
PMID:40720830
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研究论文 | 利用CRISPR-Cas10技术对葡萄球菌Kayvirus进行结构修饰,并实现成像和生物传感应用 | 首次实现葡萄球菌噬菌体结构蛋白的修饰,通过插入多组氨酸标签于尾鞘蛋白暴露环,结合CRISPR-Cas10辅助反选择,获得功能完整的重组噬菌体 | 未提及长期稳定性和体内应用效果 | 通过CRISPR-Cas10辅助基因编辑技术对葡萄球菌噬菌体进行结构修饰,开发其在成像和生物传感中的应用 | 噬菌体812h1(属于Kayvirus属)的结构蛋白 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas10, 同源重组,荧光显微镜,生物层干涉测量,酶联免疫吸附试验,流式细胞术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas10 | 葡萄球菌 | 多组氨酸标签插入尾鞘蛋白暴露环 | 医学,纳米技术,合成生物学 |
| 50 | 2026-05-19 |
Optimization of Malonyl Coenzyme A Biosensors in a Reconstituted Cell-Free System for Detecting Acetyl-CoA Carboxylase Activity
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00361
PMID:40742616
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研究论文 | 优化了重组无细胞系统中的丙二酰辅酶A生物传感器,用于检测乙酰辅酶A羧化酶活性 | 通过在T7启动子和FapO操纵子之间工程化间隔序列,开发了检测范围广(50-1500 μM)、动态范围高达95.3倍的体外丙二酰辅酶A生物传感器系统,并筛选了来自不同芽孢杆菌种的同源FapR/FapO对,实现对低浓度丙二酰辅酶A的高灵敏度检测 | 未提及明显局限性,但基于合成生物学工具的无细胞系统可能面临成本和生产规模限制 | 优化丙二酰辅酶A生物传感器,实现乙酰辅酶A羧化酶活性的高灵敏度检测,以推进代谢工程和合成生物学 | 丙二酰辅酶A生物传感器和乙酰辅酶A羧化酶 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白合成系统 | FapR/FapO生物传感器 | 荧光信号 | NA | FapR/FapO系统,间隔序列工程 | 无细胞系统(大肠杆菌提取物) | 丙二酰辅酶A生物传感器电路(基于FapR/FapO系统) | 工业生物技术,代谢工程 |
| 51 | 2026-05-19 |
Bioluminescence-Driven Optimization of Geminivirus-Based Vectors as Tools for Plant Biotechnology
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00164
PMID:40758859
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研究论文 | 利用自发光技术优化基于双生病毒的载体,用于植物生物技术中的合成生物学应用 | 首次使用自发光作为实时报告系统来表征和优化三种双生病毒复制子的表达特性,实现了对TYLCV系统调控精度的提升 | BCTV系统表现出较差的控制和表达水平,限制了其应用潜力;研究仅评估了三种病毒,未涵盖所有可能的双生病毒 | 优化基于双生病毒的载体,以增强其在植物合成生物学中的应用 | 三种双生病毒复制子(BeYDV、TYLCV、BCTV) | 合成生物学 | NA | 自发光成像 | NA | 发光图像 | NA | NA | 植物 | 双生病毒复制子(基于BeYDV、TYLCV、BCTV) | 农业, 工业生物技术 |
| 52 | 2026-05-19 |
Rational Modulation of Plant Root Development Using Engineered Cytokinin Regulators
2025-08-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00051
PMID:40737362
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研究论文 | 利用工程化细胞分裂素响应调控因子合理调控植物根系发育 | 通过工程化B型响应调控因子,可调节其转录活性(抑制或激活)和效力,同时降低对细胞分裂素的敏感性,利用组织特异性启动子实现对细胞分裂素调控性状的可预测调控 | 设计中涉及的合成遗传程序复杂性及信号过程间固有相互作用仍是关键挑战 | 实现对植物定量发育表型的精确控制 | 拟南芥中的侧根数量 | 合成生物学 | NA | 合成生物学载体构建、组织特异性启动子 | NA | NA | NA | 质粒构建 | 拟南芥 | 细胞分裂素信号通路调控开关 | 农业 |
| 53 | 2026-05-19 |
Crucial roles of intracellular cyclic di-GMP in impacting the genes important for extracellular electron transfer by Geobacter metallireducens
2025-07-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00727-25
PMID:40464557
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研究论文 | 通过合成生物学构建胞内c-di-GMP浓度不同的四种地杆菌菌株,揭示c-di-GMP通过调控多种与胞外电子传递相关的基因表达影响细菌电子传递过程 | 首次系统阐明胞内c-di-GMP如何通过调控金属还原地杆菌中多血红素c型细胞色素和胞外毛蛋白PilA-N的基因表达影响完整的胞外电子传递链 | c-di-GMP如何调控这些基因表达的分子机制尚不清楚 | 探究胞内c-di-GMP在细菌胞外电子传递中的作用及其分子调控机制 | 金属还原地杆菌(Geobacter metallireducens) | 微生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 基因表达数据 | 三种胞内c-di-GMP水平不同的工程菌株及多种基因敲除突变体 | 合成生物学 | 金属还原地杆菌 | 胞内c-di-GMP浓度调控回路 | 环境修复, 能源 |
| 54 | 2026-05-19 |
Extracellular Peptide-Ligand Dimerization Actuator Receptor Design for Reversible and Spatially Dosed 3D Cell-Material Communication
2025-07-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00482
PMID:39705005
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研究论文 | 本文设计了一种名为EPDA的合成受体,能够识别材料表面的肽配体,实现三维材料中细胞的可逆响应和空间剂量调控 | 开发了新型计算算法PETEI用于筛选单抗体,设计了可逆激活的跨膜受体平台,实现了三维水凝胶中基于肽配体空间分布的细胞激活和失活控制 | NA | 设计能够感知生物材料结合肽配体并介导细胞可逆响应的合成受体系统 | 哺乳动物细胞、硫醇-降冰片烯水凝胶、单抗体受体 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 图像 | 构建了超过2000个候选单抗体并测试了前30个 | NA | 哺乳动物细胞 | EPDA受体对(刺激性或抑制性);细胞内磷酸化/去磷酸化驱动的蛋白拆分与融合开关 | 生物学研究, 再生医学 |
| 55 | 2026-05-19 |
Efficient De Novo Assembly of 100 kb-Scale Human Functional Immunoglobulin Heavy Variable (IGHV) Gene Fragments In Vitro
2025-07-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00011
PMID:40135783
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研究论文 | 提出一种基于吉布森等温组装的高效体外组装方法,成功合成高达100千碱基的人类功能性免疫球蛋白重链可变区(IGHV)基因片段 | 首次实现无痕(无外源序列残留)组装人类复杂高重复区域的IGHV基因片段,并构建30-100 kb大小的细菌人工染色体 | 未提及 | 开发高效、无痕、低成本的体外DNA组装方法,用于合成功能性IGHV基因片段 | 人类功能性免疫球蛋白重链可变区(IGHV)基因片段 | 合成生物学 | NA | 吉布森等温组装 | NA | DNA序列 | 高达100千碱基大小的IGHV基因片段 | 吉布森组装 | 大肠杆菌 | 细菌人工染色体载体构建IGHV基因片段 | 医学, 合成生物学 |
| 56 | 2026-05-19 |
In Vivo Multicellular Feedback Control in Synthetic Microbial Consortia
2025-07-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00862
PMID:40499137
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研究论文 | 提出一种基于合成微生物联合体的体内多细胞反馈控制架构,实现基因表达的稳定精准调控 | 通过分布式多细胞反馈环路实现跨细胞群体的分工协作,克服传统单细胞生物分子控制策略在资源竞争和化学反应不兼容方面的局限 | 未明确说明该控制架构在复杂体内环境或长期运行中的稳定性及潜在副作用 | 实现合成微生物联合体中基因表达的稳定精准调控 | 两种大肠杆菌菌株构成的微生物联合体 | 合成生物学 | NA | 基因工程、微生物联合体构建 | NA | 实验数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | 分布式多细胞反馈控制回路 | 生物技术、医药 |
| 57 | 2026-05-19 |
Strategy for Generating Giant Unilamellar Vesicles with Tunable Size Using the Modified cDICE Method
2025-07-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00026
PMID:40536055
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研究论文 | 本研究通过改良cDICE方法生成大小可调的巨型单层囊泡,并优化其尺寸分布 | 系统性地改变腔室旋转时间、角频率和内溶液密度等关键参数以优化GUV尺寸分布,并得到物理模型支持 | NA | 开发一种实用性方法,用于选择囊泡大小,以促进具有生物相关特性的细胞大小隔室的构建 | 巨型单层囊泡 | NA | NA | 改良cDICE方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 58 | 2026-05-19 |
Establishment of a Visible Reporter System in Zymomonas mobilis through Random Mutagenesis and Rational Design of a Chromoprotein eforRed
2025-07-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00872
PMID:40590208
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研究论文 | 通过随机突变和理性设计,在运动发酵单胞菌中建立了一种可见报告系统,利用色素蛋白eforRed实现表型筛选和定量分析 | 首次在非模式乙醇生产革兰阴性菌中建立基于色素蛋白的可见报告系统,并通过随机易错PCR和理性设计增强其光谱特性,特别是双突变K201H-T24V能同时提高内在荧光和蛋白表达水平 | 未明确讨论该报告系统在复杂代谢工程应用中的稳定性和通用性,且可能对强启动子依赖性较强 | 在运动发酵单胞菌中建立可见报告基因系统,以促进非模式微生物的合成生物学和生物技术应用 | 运动发酵单胞菌(Zymomonas mobilis)及色素蛋白eforRed | 合成生物学 | NA | 随机易错PCR、蛋白质理性设计 | NA | 荧光强度数据、蛋白表达水平数据 | 涉及多个突变体,但未给出具体样本数量 | 随机易错PCR、蛋白质理性设计 | 运动发酵单胞菌 | 可见报告系统(含强启动子P-4S或P和突变eforRed色素蛋白) | 工业生物技术、合成生物学 |
| 59 | 2026-05-18 |
Electrochemical biosensor for ultrasensitive thrombin detection based on aptamer-modulated transcriptional inhibition of cell-free synthetic biology
2026-Sep-01, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2026.129898
PMID:42068939
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研究论文 | 本研究开发了一种结合适配体门控无细胞合成生物学与电化学分析的超灵敏凝血酶检测方法 | 首次将适配体与无细胞合成生物学中的转录抑制机制整合到电化学生物传感器中,实现信号“开-关”模式,具有高灵敏度和通用性 | 未明确讨论在更复杂生物基质中的长期稳定性和大规模应用潜力 | 开发一种基于适配体调控无细胞合成生物学转录抑制的电化学生物传感器,用于超灵敏凝血酶检测 | 凝血酶作为模型靶标蛋白 | 生物传感器 | NA | 电化学分析 | NA | NA | 20倍稀释人血清进行加标回收测试,具体样本数未提及 | NA | 无细胞系统 | 适配体门控的转录抑制分子开关:DNA模板嵌入凝血酶适配体,结合后抑制T7 RNA聚合酶转录RNA报告链 | 医学,临床诊断 |
| 60 | 2026-05-18 |
Advances in biotechnological methods for genetic and metabolic engineering in Methylomonas sp. DH-1
2026-May-16, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-026-00700-6
PMID:42143386
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综述 | 综述了用于Methylomonas sp. DH-1遗传和代谢工程的生物技术方法进展 | 总结了针对该菌株优化的转化方法、无质粒基因组工程、可调启动子文库和合成小调控RNA平台等新型遗传工具,以及适应性实验室进化、合成菌群和系统生物学等互补策略 | NA | 概述Methylomonas sp. DH-1的遗传和代谢工程方法进展,为甲烷氧化菌的代谢工程和合成生物学奠定基础 | Methylomonas sp. DH-1(一种革兰氏阴性甲烷氧化细菌) | 合成生物学 | NA | 基因组工程, 转化, 可调启动子文库, 合成小调控RNA, 适应性实验室进化 | NA | NA | NA | Cre重组酶 | Methylomonas sp. DH-1 | 合成小调控RNA平台, 可调启动子文库 | 工业生物技术, 环境 |