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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2025-12-24 |
Derepression of transposable elements in mouse prefrontal cortex disrupts social behavior
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646358
PMID:40236017
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研究论文 | 本研究采用合成生物学方法,通过改造TRIM28蛋白在小鼠前额叶皮层中的功能,探究其对社交行为的影响 | 首次通过合成生物学手段在活体小鼠中逆转TRIM28的转录调控功能,揭示其通过稳定转座元件调控免疫基因表达以维持社交行为的新机制 | 研究主要关注前额叶皮层,未全面评估其他脑区的影响;实验对象仅限于小鼠,人类相关性有待验证 | 探究TRIM28-KZFP相互作用在调控转座元件和免疫基因表达中对小鼠社交行为的影响 | 雄性和雌性小鼠的前额叶皮层及TRIM28蛋白功能 | 合成生物学 | NA | RNA测序、病毒介导的基因递送 | NA | 基因表达数据、行为数据 | 雄性和雌性小鼠(具体数量未明确) | 病毒载体系统 | 小鼠 | 通过替换TRIM28的转录抑制域为激活域VP64-p65-Rta,或删除调控域,构建功能逆转的TRIM28变体 | 医学 |
| 662 | 2025-12-24 |
Biological Switches: Past and Future Milestones of Transcription Factor-Based Biosensors
2025-01-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00689
PMID:39709556
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综述 | 本文回顾了转录因子生物传感器从1960年代至今的发展历程,包括基础研究和工程策略的关键里程碑,并探讨了未来前景、挑战和未开发机遇 | 系统分析了转录因子生物传感器在基础知识和工程策略上的历史演变,并整合了多学科方法如高通量工具和计算学习来扩展其应用 | NA | 回顾转录因子生物传感器的发展历史,分析其工程策略,并讨论未来研究方向 | 转录因子生物传感器,包括其DNA和蛋白质层面的设计与应用 | 合成生物学 | NA | 高通量分析工具、DNA随机化策略、正向工程、高级蛋白质工程工作流程 | NA | NA | NA | NA | NA | 转录因子生物传感器,基于原核生物转录调控机制 | 生物技术 |
| 663 | 2025-12-23 |
Construction of an mKate-based fluorescent protein reporting system in Limosilactobacillus reuteri
2026-Jan, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2025.107347
PMID:41314353
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研究论文 | 本文在罗伊氏乳杆菌中建立了一个高效的遗传转化系统,并构建了基于mKate的红色荧光蛋白报告系统 | 通过优化转化协议,首次在罗伊氏乳杆菌中实现了高效的遗传转化,并成功构建了mKate荧光报告系统,为实时监测细菌定位和基因表达提供了新工具 | NA | 开发适用于罗伊氏乳杆菌的合成生物学工具,以支持实时监测细菌行为和基因表达 | 罗伊氏乳杆菌 | 合成生物学 | NA | 遗传转化优化、荧光蛋白报告系统构建 | NA | NA | NA | NA | 罗伊氏乳杆菌 | mKate红色荧光蛋白报告系统 | 工业生物技术 |
| 664 | 2025-12-23 |
The Road to Sustainable Soy Sauce Production and Consumption
2026-Jan, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.70352
PMID:41355608
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综述 | 本文通过系统综述分析了酱油生产与消费的趋势,重点关注工艺优化、微生物发酵、安全性、废物管理和新兴分析技术五个关键领域,并提出了一个连接可持续性核心支柱的整合框架 | 提出了一个将五个关键主题领域(工艺优化、微生物发酵、安全、废物管理、分析技术)与可持续性核心支柱(环境、经济、社会、技术、营养)相连接的整合框架,为未来研究、政策制定和工业实践提供指导 | 整合传统方法与新兴技术(如精准发酵)仍面临微生物菌株不兼容、可扩展性问题以及保持文化真实性和感官属性的挑战 | 审查酱油生产与消费的趋势,并探讨如何通过技术进步实现可持续的酱油生产与消费 | 酱油的生产工艺、微生物发酵过程、相关分析技术及可持续性实践 | NA | NA | 宏基因组学、合成生物学、酶工程、多组学方法(代谢组学、基因组学、转录组学)、光谱学、基于传感器的系统 | NA | NA | 基于181篇同行评审文章 | NA | NA | NA | 食品, 工业生物技术 |
| 665 | 2025-12-23 |
Chromoproteins: visible tools for advancing synthetic biology
2025-Nov-26, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.10.020
PMID:41309430
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综述 | 本文全面概述了基于色蛋白的研究进展,包括其理化特性、分类、工程策略和应用 | 强调色蛋白作为可见工具在合成生物学中的独特优势,如裸眼可见性、广泛表达和可调性 | NA | 推动合成生物学中可见色蛋白报告基因的发展,提供更易访问和模块化的平台 | 色蛋白及其变体 | 合成生物学 | NA | 基因工程 | NA | NA | NA | NA | 原核和真核系统 | NA | 合成生物学研究与应用 |
| 666 | 2025-12-23 |
codonGPT: reinforcement learning on a generative language model enables scalable mRNA design
2025-Nov-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1345
PMID:41416521
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研究论文 | 本文开发了首个专门针对mRNA序列的生成式语言模型codonGPT,并结合强化学习实现了可扩展的mRNA设计优化 | 首次将强化学习与生物语言模型结合用于mRNA设计,提出了创新的推理时掩码方法以约束同义序列,并构建了首个基于模型生物mRNA序列的生成式语言模型 | 模型训练数据仅包含338,417条模型生物mRNA序列,可能未覆盖所有生物多样性;方法在HLA-A和ACTB等示例基因中验证,需进一步扩展应用范围 | 开发可扩展的mRNA设计方法,用于治疗、合成生物学和蛋白质工程 | mRNA序列设计优化 | 自然语言处理 | NA | 强化学习、生成式语言模型 | GPT类生成模型 | mRNA序列数据 | 338,417条模型生物mRNA序列 | NA | NA | NA | 医学、合成生物学、蛋白质工程 |
| 667 | 2025-12-23 |
Overexpression of REDUCED WALL ACETYLATION C increases xylan acetylation and biomass recalcitrance in Populus
2023-12-30, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad377
PMID:37399189
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研究论文 | 本研究通过过表达PtRWA-C基因,揭示了其在杨树木质生物质中增加木聚糖乙酰化、木质素含量和S/G比例,从而降低糖化效率的作用,并发现其受HRD转录因子调控 | 首次在杨树中证明PtRWA-C过表达对木聚糖乙酰化和生物质抗降解性的影响,并识别HRD作为其直接调控因子 | 未涉及PtRWA-C在其他植物物种中的功能验证或大规模田间试验 | 探究PtRWA-C基因在木聚糖乙酰化和生物质糖化效率中的功能及调控机制 | 毛果杨(Populus trichocarpa)的PtRWA-C基因及其对次级细胞壁特性的影响 | 合成生物学 | NA | 基因共表达网络分析、表达数量性状位点(eQTL)分析、启动子结合实验 | NA | 基因表达数据、生物化学分析数据 | 未明确指定样本数量,但基于杨树转基因材料 | 基因过表达 | 毛果杨(Populus trichocarpa) | NA | 能源、工业生物技术 |
| 668 | 2025-12-23 |
Transcription factor module NLP-NIGT1 fine-tunes NITRATE TRANSPORTER2.1 expression
2023-11-22, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad458
PMID:37595050
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研究论文 | 本研究通过实验和数学模型揭示了转录因子模块NLP-NIGT1如何精细调控拟南芥高亲和硝酸盐转运蛋白NRT2.1的表达 | 结合微孔板实时检测和常微分方程建模两种方法,首次系统阐明了NIGT1在宽浓度硝酸盐条件下稳定NRT2.1表达振幅的作用机制 | 模型参数基于特定实验条件,在更复杂的体内环境或不同植物物种中的普适性有待验证 | 解析植物硝酸盐转运蛋白NRT2.1受多转录因子复杂调控的分子机制 | 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的NRT2.1基因及其调控转录因子NLP和NIGT1 | 植物分子生物学 | NA | 微孔板实时启动子活性检测、常微分方程(ODE)数学模型 | 常微分方程模型 | 基因表达时序数据、启动子活性动态数据 | NA | NA | 拟南芥(Arabidopsis thaliana) | NLP-NIGT1前馈调控环路 | 农业 |
| 669 | 2025-12-22 |
CRISPR as a next-generation environmental biosurveillance tool for air, land, and water
2025-Dec-19, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.11.014
PMID:41421891
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综述 | 本文综述了基于CRISPR的环境生物监测技术(CRISPR-eBx)作为下一代前沿生物监测解决方案的潜力,涵盖其在空气、土地和水体中的应用 | 将CRISPR技术与计算科学、合成生物学和生物监测交叉融合,提出了一个战略路线图,以推动CRISPR-eBx成为便携、特异、灵敏且成本效益高的下一代环境监测平台 | 在部署CRISPR-eBx用于新型生物/基因靶标和环境来源时,仍存在关键挑战需要解决 | 探讨CRISPR-eBx作为下一代环境生物监测工具的应用前景和战略发展 | 环境核酸中的生物体,包括病原体、入侵物种和濒危物种 | 合成生物学 | NA | CRISPR技术 | NA | 环境核酸 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 生物传感器 | 环境 |
| 670 | 2025-12-22 |
Engineered Peptide Scrambling for Enhanced Drug Delivery to Resistant Breast Cancer Cells via Small Extracellular Vesicles
2025-Dec-15, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00582
PMID:41321158
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研究论文 | 本研究开发了一种通过工程化肽序列扰乱来增强小细胞外囊泡靶向药物递送至耐药乳腺癌细胞的方法 | 利用双报告平台定量评估肿瘤归巢肽功能化小细胞外囊泡的结合,并通过氨基酸序列扰乱设计增强结合能力的肽变体,结合机械刺激提高药物负载效率 | 方法主要基于体外细胞实验,尚未进行体内验证;技术对小细胞外囊泡表面靶向部分的表征仍有限制 | 优化肿瘤靶向药物递送,克服耐药性 | 乳腺癌细胞(MDA-MB-231)和HEK293FT细胞 | 合成生物学 | 乳腺癌 | 生物发光测定、荧光显微镜、小细胞外囊泡工程 | NA | 体外细胞实验数据 | 24种扰乱变体肽在MDA-MB-231细胞中评估 | 细胞外囊泡表面功能化 | HEK293FT细胞 | 肿瘤归巢肽功能化的小细胞外囊泡作为靶向药物递送系统 | 医学 |
| 671 | 2025-12-22 |
DrEFO: A Fermented Oil Rich in Dihydroquercetin With High Antioxidant Activity
2025-Dec, Journal of cosmetic dermatology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/jocd.70612
PMID:41413727
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法改造酿酒酵母生产二氢槲皮素,并利用其发酵制备富含二氢槲皮素的十一籽发酵油(DrEFO),评估其抗氧化及促进胶原合成的护肤功效 | 首次通过合成生物学改造酵母生产二氢槲皮素并用于植物油发酵,显著提升天然油的抗氧化活性与护肤价值,开创了利用发酵技术增强天然油护肤功效的新策略 | 研究主要基于体外化学实验和细胞模型,缺乏完整的动物实验或人体临床试验数据验证实际护肤效果 | 提升天然植物油的护肤功效,解决其因功效不足难以应对复杂皮肤问题 | 二氢槲皮素(DHQ)及其发酵制备的十一籽发酵油(DrEFO) | 合成生物学 | NA | 发酵工程、DPPH/ABTS/羟基/超氧阴离子/PTIO/ROS自由基清除实验、细胞模型 | NA | 化学实验数据、细胞实验数据 | NA | 合成生物学方法 | 酿酒酵母(S. cerevisiae) | 用于生产二氢槲皮素(DHQ)的代谢途径 | 化妆品、护肤品 |
| 672 | 2025-12-22 |
CAR-T cells in solid tumors: Challenges and breakthroughs
2025-Nov-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102353
PMID:40945517
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综述 | 本文综述了CAR-T细胞疗法在实体瘤治疗中面临的挑战、近期临床试验的突破,以及整合合成生物学和基因工程的新策略 | 重点介绍了整合合成生物学和基因工程的突破性策略,以增强CAR-T细胞的适应性、效力、持久性,激活宿主免疫,重编程肿瘤微环境,并实现多抗原靶向 | 讨论了当前临床前模型(如免疫缺陷小鼠的人源异种移植、人源化或同基因模型)在评估CAR-T细胞疗法疗效和安全性方面的优缺点 | 探讨如何克服CAR-T细胞疗法在实体瘤治疗中的局限性,并推动下一代CAR-T疗法的发展 | CAR-T细胞疗法及其在实体瘤中的应用 | NA | 实体瘤 | 合成生物学,基因工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 673 | 2025-12-22 |
Microwave-Activated Bacterial Biorobot for Multimodal Cancer Therapy
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504603
PMID:40789052
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研究论文 | 本文开发了一种微波激活的细菌生物机器人,用于实现多模态癌症治疗 | 利用微波对工程化大肠杆菌进行局部激活,结合葡萄糖氧化酶表达与表面CuO纳米颗粒的类芬顿反应,协同诱导多种肿瘤细胞死亡方式 | 未明确说明长期生物安全性、免疫原性及临床转化潜力 | 开发一种安全、可精确控制的多模态癌症治疗平台 | 工程化大肠杆菌(MG1655)及肿瘤细胞 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学工程、纳米材料修饰、转录组分析 | NA | 体外实验数据、体内实验数据、转录组数据 | NA | 合成生物学工程 | 大肠杆菌 | 微波激活的葡萄糖氧化酶表达系统 | 医学 |
| 674 | 2025-12-22 |
Computational tools for nonnatural pathway design: Algorithms, applications, and challenges
2025-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100041
PMID:41415682
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综述 | 本文综述了用于非天然代谢途径设计的计算工具,包括算法、应用及挑战 | 系统比较了基于模板和无模板两类主要计算方法,并汇编了55个实验验证的非天然途径数据集以评估方法优劣 | 计算预测与实验可行性之间存在差距,代谢负担增加和有毒中间体积累等挑战尚未完全解决 | 通过理性设计非天然代谢途径扩展生物转化的范围和效率 | 非天然代谢途径的计算设计方法 | 合成生物学 | NA | 计算建模与生物信息学分析 | NA | 代谢途径数据与文献数据集 | 55个实验验证的非天然途径 | NA | 微生物细胞工厂 | 非天然代谢途径 | 工业生物技术 |
| 675 | 2025-12-22 |
Recent advances of engineered probiotics for therapeutic applications
2025-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100039
PMID:41415685
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综述 | 本文综述了工程化益生菌在癌症、胃肠道疾病、传染病和代谢性疾病等人类疾病治疗中的最新应用进展 | 利用合成生物学技术开发工程化益生菌作为诊断工具和疾病治疗方法,强调其在多因素疾病治疗中的创新应用 | NA | 总结工程化益生菌在人类疾病治疗领域的最新研究进展,并探讨其发展挑战与机遇 | 工程化益生菌及其在人类疾病治疗中的应用 | 合成生物学 | 癌症、胃肠道疾病、传染病、代谢性疾病 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 益生菌 | NA | 医学 |
| 676 | 2025-12-22 |
Enzyme promiscuity in the field of synthetic biology applied to white biotechnology: Opportunities and weaknesses
2025-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100026
PMID:41415683
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综述 | 本文探讨了酶的多功能性在合成生物学应用于白色生物技术中的机遇与弱点 | 强调了酶多功能性作为地下代谢的来源,在构建高效生产路径中的优势,同时指出其可能导致产量损失和代谢干扰的挑战 | 未提供具体实验数据或案例研究,主要基于理论分析和展望 | 改善微生物细胞工厂在生物生产中的性能,通过理解酶多功能性来优化工程策略 | 微生物代谢网络和酶的多功能性 | 合成生物学 | NA | 系统生物学和合成生物学工具 | 机器学习 | 遗传、代谢、酶学和发酵过程数据 | NA | NA | 微生物 | 代谢网络工程 | 工业生物技术 |
| 677 | 2025-12-22 |
Innovative tools for customized yeast cell factory
2025-Jun, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100010
PMID:41416100
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综述 | 本文简要综述了合成生物学创新工具在定制化酵母细胞工厂开发中的最新重要进展与前景 | 系统性地总结了推动酵母细胞工厂快速发展的多种创新工具,包括基因组编辑工具、计算工具、适应性实验室进化和生物DNA部件的标准化,并提供了实用指南 | NA | 为定制化酵母细胞工厂的新型、有效和高效开发提供实用指南 | 酵母细胞工厂及其相关的合成生物学工具 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑,适应性实验室进化,DNA部件标准化 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 基因、回路、通路和网络的重编程 | 食品,能源,医药,工业生物技术 |
| 678 | 2025-12-22 |
Utilizing plant synthetic biology to accelerate plant-microbe interactions research
2025-Jun, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100007
PMID:41416106
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综述 | 本文综述了植物合成生物学在加速植物-微生物互作研究中的应用,包括分子机制解析、抗病性增强和合成共生工程 | 利用合成生物学工具进行多基因表征和工程化,以解决传统方法在解析复杂通路交叉对话方面的不足 | NA | 加速植物-微生物互作研究,以提升生态系统韧性和作物产量 | 植物与有益及病原微生物的互作机制 | 合成生物学 | NA | 分子生物学、遗传学、合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | 植物 | 合成共生工程 | 农业 |
| 679 | 2025-12-22 |
Towards sustainable freshwater systems through plant synthetic biology engineering plants for sustainability
2025-Mar, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100009
PMID:41415721
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研究论文 | 本文探讨利用植物合成生物学工程化植物,以过滤海水和储存淡水,应对气候变化和淡水需求 | 提出结合自然设计原则和先进合成生物学工具(如计算蛋白质设计和定向进化),工程化植物平台以可持续方式提供淡水 | NA | 通过植物合成生物学开发可持续淡水系统,减少气候变化影响 | 植物作为合成生物学平台 | NA | NA | 计算蛋白质设计,定向进化 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 植物 | 工程化植物以过滤海水和储存淡水,结合自然组件和适应性特性 | 环境 |
| 680 | 2025-12-22 |
Yeast-secreted compounds with antifungal activity-screening, genetic parts, biosynthetic pathways, and regulation
2025-Jan-30, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foaf068
PMID:41258858
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综述 | 本文综述了酵母分泌的具有抗真菌活性的化合物,包括筛选方法、遗传元件、生物合成途径和调控机制 | 整合了当前关于酵母抗真菌化合物的分子知识,并提出了筛选和工程化这些化合物以应用于生物防治、食品保存和人类健康的新方法 | NA | 探索酵母分泌的抗真菌化合物,以开发新型抗真菌剂,应对抗真菌耐药性问题 | 酵母分泌的化合物,如铁螯合剂、生物表面活性剂、挥发性有机化合物、霉菌素和水解酶 | 合成生物学 | 真菌感染 | 合成生物学工具 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 酵母 | NA | 农业, 食品安全, 生物防治, 人类健康 |