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当前共找到 5865 篇文献，本页显示第 681 - 700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 681 | 2026-08-26 |
In vitro properties of large serine integrase hybrids derived from ϕC31 and TG1 integrases
2026-Jul-17, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag750
PMID:42535648
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研究论文 | 本研究报道了来源于ϕC31和TG1整合酶的杂合整合酶的体外活性，这些酶能高效重组杂合attP×attB底物，同时通过TG1衍生的卷曲螺旋结构域保留与同源重组方向性因子（RDF）的相互作用 | 提出了一种模块化框架，通过混合ϕC31和TG1整合酶来工程化具有定制特异性的丝氨酸整合酶，并验证了DNA结合域与att位点识别基序在决定特异性中的关键作用 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内应用或靶向自定义基因组位点的实际验证 | 开发可编程的丝氨酸整合酶，以扩展其靶向特定基因组位点的应用范围 | ϕC31和TG1整合酶及其杂合变体 | 合成生物学 | NA | 体外重组分析 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | 杂合整合酶系统，涉及attP和attB底物重组及attL×attR重组 | 基因组工程, 合成生物学 |
| 682 | 2026-08-26 |
Functional Diversity of Probiotic Effector Molecules: Insights into Their Role in Improving Gut Health
2026-04, Annual review of food science and technology
IF:10.6Q1
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综述 | 本文综述了益生菌效应分子（PEMs）的功能多样性，重点探讨其在改善肠道健康中的作用机制 | 系统总结了PEMs的类别、作用机制及面临的挑战，并提出利用比较基因组学、合成生物学和下一代益生菌等新兴方法开发其治疗潜力 | 未提及具体实验数据或临床验证，缺乏定量分析 | 阐明PEMs的多样性和功能，以促进靶向益生菌疗法和创新功能食品的设计 | 益生菌效应分子，包括细菌聚糖聚合物、表面蛋白、分泌肽和酶、细胞外囊泡及小分子代谢物 | 微生物组学 | 肠道疾病 | 比较基因组学、合成生物学 | NA | 文本 | NA | 合成生物学 | NA | NA | 医学、食品 |
| 683 | 2026-08-26 |
Synthetic Biology Approaches in Reducing Mycotoxin Contamination and Enhancing Food System Sustainability
2026-04, Annual review of food science and technology
IF:10.6Q1
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综述 | 本文探讨了合成生物学在减少霉菌毒素污染和提升食品系统可持续性方面的作用，包括快速检测、有效控制及副产物增值转化等应用 | 整合人工智能和多组学技术开发识别元件、抗菌剂和降解酶，并强调CRISPR多重编辑和微生物细胞工厂等新兴技术 | 未提及具体实验数据或局限性，可能缺乏定量评估 | 阐述合成生物学在霉菌毒素降解和食品及副产物增值转化中的关键作用，推动食品安全和循环生物经济 | 霉菌毒素、产毒真菌、食品及加工副产物 | 合成生物学 | 霉菌毒素中毒 | CRISPR、多组学、人工智能 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 微生物细胞工厂 | 食品, 农业, 环境 |
| 684 | 2026-08-26 |
Reprogramming the SARS-CoV-1 Neutralizing Antibody S230 to SARS-CoV-2 via Directed Evolution and Molecular Docking-Based Binding Mode Analysis
2025-12-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00425
PMID:41236374
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研究论文 | 通过定向进化和分子对接分析，将SARS-CoV-1中和抗体S230重新编程为针对SARS-CoV-2的抗体，并验证其功能与机制 | 结合定向进化与分子对接分析，仅通过少量协同突变（R56W和N57Y）成功将抗体特异性从SARS-CoV-1重定向至SARS-CoV-2，同时保留原有交叉反应性，展示了基于合成生物学原理的模块化抗体重编程平台 | 未提及抗体在体内模型中的中和效果及潜在免疫原性评估 | 开发一种基于合成生物学的模块化抗体重编程方法，以快速适应新出现的病原体 | SARS-CoV-1中和抗体S230及其变体IJ36和IJ36-V | 合成生物学 | COVID-19 | 定向进化、分子对接模拟、细菌表面展示、噬菌体展示 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | 未明确样本数量，使用抗体克隆库筛选 | 易错PCR | 大肠杆菌 | 抗体工程改造，非典型合成基因线路 | 医学 |
| 685 | 2026-08-26 |
Expression of Viral DNA Polymerase in Synthetic Recombinant Adeno-Associated Virus Producer Cell Line Enhances Full Particle Productivity
2025-02, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28885
PMID:39578398
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研究论文 | 本文开发了一种合成生物学策略，通过在HEK293细胞系中诱导表达HSV-1 DNA聚合酶复合物，提高重组腺相关病毒（rAAV）的全颗粒产量。 | 首次在合成rAAV生产细胞系中整合并诱导表达HSV-1 DNA聚合酶（UL30/UL42），显著提高病毒基因组滴度和全颗粒含量，而不影响衣壳产量。 | 未提及具体的局限性，如长期稳定性、规模化生产的潜在问题等。 | 提高rAAV生产细胞系的全颗粒产量，以满足基因治疗的临床需求。 | 重组腺相关病毒（rAAV）生产细胞系（HEK293来源）及其产生的病毒颗粒。 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、基因整合、诱导表达 | NA | 实验数据（病毒滴度、基因组拷贝数等） | 涉及多个克隆细胞系，具体数量未在摘要中提及。 | NA | HEK293细胞 | 诱导型启动子控制HSV-1 DNA聚合酶复合物（UL30/UL42）的表达回路 | 医学（基因治疗） |
| 686 | 2026-08-26 |
Blue-Purple evaluation: Chromoproteins facilitate the identification of BioBrick compatibility
2025-01, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28862
PMID:39402779
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research paper | 本文提出了一种利用色素蛋白（chromoproteins）评估BioBrick兼容性的方法，命名为BP评估，通过观察和量化大肠杆菌菌落的蓝紫比例来验证构建的兼容性。 | 首次采用色素蛋白作为可视化和量化工具，在一锅反应中快速、简便地评估BioBrick兼容性，无需复杂设备。 | 该方法依赖于LB-agar板上菌落颜色的可视化和量化，可能受限于菌落计数的主观性，且尚未广泛验证于多种宿主或复杂构建。 | 开发一种简单、快速且可靠的方法来评估合成BioBrick的兼容性，以避免组装DNA片段在宿主细胞中引起负面影响。 | 大肠杆菌（E. coli）中的BioBrick组装，包括抗毒素-毒素对ccdA-ccdB、裂解蛋白E和异源蛋白sfGFP。 | synthetic biology | NA | NA | NA | image | NA | BioBrick | E. coli | NA | industrial biotechnology |
| 687 | 2026-08-26 |
Computational analysis into the potential of azo dyes as a feedstock for actinorhodin biosynthesis in Pseudomonas putida
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0299128
PMID:38437212
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研究论文 | 本研究通过计算分析探索利用偶氮染料作为假单胞菌生产放线紫红素的潜在可行性 | 首次采用约束最小割集方法评估偶氮染料作为非常规碳源用于聚酮化合物生物合成的潜力，并发现其比葡萄糖更优的生长耦合策略 | 未提供实验验证，仅基于计算预测结果 | 探究将偶氮染料用作底物，通过工程改造恶臭假单胞菌来生产放线紫红素 | 恶臭假单胞菌KT2440，偶氮染料，葡萄糖，放线紫红素 | 合成生物学，代谢工程 | 不适用 | 约束最小割集分析，通量平衡分析 | 代谢模型 | 基因组规模代谢模型数据 | 不适用 | 不适用 | 恶臭假单胞菌 | 不适用 | 工业生物技术，环境 |
| 688 | 2026-08-25 |
Deep learning-driven de novo design of ribosome binding sites in Paracoccus denitrificans
2027-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2026.07.013
PMID:42630760
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组和蛋白质组分析，系统表征了副球菌中1335个天然核糖体结合位点，并开发了基于深度学习的RBS设计平台，实现精确的翻译调控 | 首次为副球菌建立深度学习驱动的RBS设计平台，整合多组学数据揭示嘌呤丰富的SD序列特征，并通过CNN和WGAN-GP实现新RBS序列的生成与预测 | 摘要未提及具体局限性，可能包括预测准确率仍有提升空间或仅针对单一菌株 | 开发精确的翻译水平调控工具，以支持副球菌在环境合成生物学中的应用 | 副球菌中的核糖体结合位点序列及其调控功能 | 机器学习 | NA | RNA-seq、蛋白质组学分析 | CNN、BiLSTM、Transformer、WGAN-GP | 序列数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 1335个天然RBS序列 | NA | 副球菌 | 核糖体结合位点设计，涉及SD序列和辅助元件 | 环境生物技术 |
| 689 | 2026-08-25 |
CRISPR-CAS9-Mediated Genetic Enhancement and Metabolic Engineering of Medicinal Crops: An Integrative Review
2026-Aug-03, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
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综述 | 本文全面综述了通过CRISPR-Cas9基因组编辑技术改良药用植物的最新进展，强调其在生物技术和生药学中的变革潜力 | 系统性地整合了CRISPR-Cas9在药用植物遗传改良和代谢工程中的应用，并突出了与组学技术和合成生物学协同优化次生代谢物生物合成的策略 | 未明确讨论该技术的潜在脱靶效应、长期稳定性及法规限制 | 探讨CRISPR-Cas9在提升药用植物次生代谢物产量、增强逆境耐受性和调控代谢通路中的应用 | 药用植物，包括青蒿和长春花等代表性物种 | 基因组编辑 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 药用植物（如青蒿、长春花） | 代谢生物合成途径 | 医药, 生物技术 |
| 690 | 2026-08-25 |
[Construction of a butyrate-producing engineered bacteria and its therapeutic effects on atopic dermatitis]
2026-Aug, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:42634901
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研究论文 | 本研究构建了能够高效稳定分泌丁酸盐的工程化大肠杆菌Nissle 1917（EcN-But），并在钙泊三醇（MC903）诱导的特应性皮炎小鼠模型中评估其治疗效果 | 利用合成生物学策略，将源自普拉梭菌的丁酸合成基因模块（bcd, but）进行密码子优化并导入益生菌底盘EcN，构建了能原位分泌丁酸盐的活体生物治疗产品，为特应性皮炎提供了一种新的治疗策略 | 摘要中未提及研究的局限性 | 构建能高效稳定分泌丁酸盐的工程化大肠杆菌Nissle 1917菌株，并评估其在特应性皮炎小鼠模型中的治疗功效 | 工程化大肠杆菌Nissle 1917菌株（EcN-But）及MC903诱导的特应性皮炎小鼠模型 | 合成生物学 | 特应性皮炎 | 高效液相色谱法（HPLC）、RT-qPCR、电穿孔 | NA | 实验数据 | 未明确样本数量，使用MC903诱导的AD小鼠模型 | 电穿孔 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 丁酸合成基因模块（bcd, but） | 医学 |
| 691 | 2026-08-25 |
Synthetic developmental engineering of human liver organogenesis
2026-07-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205040
PMID:42440359
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综述 | 本文综述了人类肝脏发育过程及当前用于体外生成肝脏类器官的模型，并探讨了如何整合合成生物学和计算分析来提升类器官的成熟度和复杂性 | 提出将合成生物学与计算分析相结合，以促进血管化、建立分区、优化命运特化和增强对外部信号的响应，从而推动下一代多细胞人类干细胞来源系统的开发 | 当前模型在重现性和成人水平成熟度方面存在挑战 | 探讨如何利用发育工程原理和合成生物学手段改进肝脏类器官模型，以用于疾病建模和再生医学 | 人类胚胎肝脏发育过程及体外肝脏类器官模型 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 人类多能干细胞 | NA | 医学、再生医学 |
| 692 | 2026-08-25 |
Recognition of non-standard base pairs by triplex-forming oligonucleotides containing an expanded genetic alphabet
2026-Jun-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74375-4
PMID:42286010
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研究论文 | 本文通过扩展遗传字母表，利用人工扩展遗传信息系统中的核苷酸碱基，系统评估了120种碱基三联体组合，识别出至少12种模块化三联体，能够在中性pH下以纳摩尔亲和力靶向含有标准、损伤或合成碱基对的双链DNA，并展示了其在检测氧化损伤和AEGIS碱基对中的应用。 | 创新性地将人工扩展遗传信息系统（AEGIS）的非标准核苷酸碱基引入三链体形成寡核苷酸（TFO），显著扩展了三链体识别的靶序列范围，并在中性pH条件下实现了对含损伤或合成碱基对的DNA的稳定识别，突破了传统TFO对酸性条件和天然碱基的限制。 | 摘要未提及具体局限性，可能包括对靶序列的偏好性、TFO的化学稳定性或在复杂生物环境中的递送效率等未详细阐述的方面。 | 扩展三链体形成寡核苷酸（TFO）的识别空间，实现对含有标准、损伤或合成碱基对的双链DNA在中性pH下的序列特异性识别，并提供精准基因靶向、分子传感和核酸纳米技术的通用平台。 | 双链DNA中的标准、损伤（如氧化病变）和合成（AEGIS）碱基对，以及化学和酶学合成的三链体形成寡核苷酸（TFO）。 | 分子生物学, 合成生物学 | NA | 人工扩展遗传信息系统（AEGIS）, 三链体形成寡核苷酸（TFO）, 荧光检测, 酶学合成, 化学合成 | NA | 序列, 生化数据 | 120种碱基三联体组合 | NA | NA | 三链体形成寡核苷酸（TFO）与双链DNA的Hoogsteen碱基配对识别系统 | 医学, 合成生物学, 纳米技术 |
| 693 | 2026-08-25 |
Dendritic Membranized Coacervate Microdroplets: A Robust Platform for Synthetic-Living Cell Consortia
2025-08-13, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09772
PMID:40751679
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研究论文 | 该研究构建了由树状大分子和肽组成的膜化凝聚物微滴，作为稳健的合成细胞平台，用于模拟细胞行为和构建合成-天然细胞联合体 | 利用树状大分子的球形刚性结构，使膜化凝聚物微滴在生理离子强度下表现出超过两倍的临界盐浓度，显著增强了稳定性，并支持酶封装和化学通讯等类细胞功能 | 摘要中未明确提及局限性，可能包含对生理环境下长期稳定性和体内应用的进一步验证需求 | 开发稳健的合成细胞平台，以模拟细胞功能并用于药物递送和组织工程等生物医学应用 | 膜化凝聚物微滴，由带相反电荷的小树状大分子和多肽组成，并带有PEG-树状共聚物膜 | 合成生物学 | NA | 自组装 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | 信号转导通路 | 医学, 组织工程, 再生医学 |
| 694 | 2026-08-25 |
Iterative deep learning design of human enhancers exploits condensed sequence grammar to achieve cell-type specificity
2025-07-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101302
PMID:40472848
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研究论文 | 本文应用迭代深度学习设计合成增强子，通过结合实验验证和模型再优化，实现对两种人类细胞系的细胞类型特异性表达。 | 通过迭代深度学习结合实验数据，设计出具有强差异活性的合成增强子，并发现短至50bp的增强子仍能维持特异性，且嵌入的转录因子结合位点基序频率更高、词汇更选择性。 | 文章未明确讨论泛化性，依赖特定细胞系初步训练，可能限制在其他细胞类型或体内应用的推广。 | 解决合成生物学中如何将基因表达靶向特定细胞类型的问题，设计具有高度特异性的合成增强子。 | 人类细胞系中的合成增强子序列。 | 深度学习、合成生物学 | 无 | NGS（染色质可及性测序等）、深度学习模型 | 深度学习模型（如CNN） | DNA序列数据、染色质可及性数据、增强子活性数据 | 两种人类细胞系（未具体说明数量） | 无 | 人类细胞系 | 合成增强子 | 医学 |
| 695 | 2026-08-25 |
Integrase enables synthetic intercellular logic via bacterial conjugation
2025-06-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101268
PMID:40300599
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研究论文 | 本文介绍了一种通过细菌接合实现整合酶介导的细胞间DNA信息传递的策略，并构建了分层逻辑门系统。 | 首次利用整合酶通过细菌接合实现细胞间DNA信息传递，并建立了分层框架来管理层级化的大肠杆菌菌株间的相互作用，实现了布尔逻辑门的功能。 | 摘要中未提及明显的局限性，但可能包括对特定菌株和质粒的依赖性以及系统规模的复杂度限制。 | 开发一种基于整合酶和细菌接合的通用策略，用于细胞间DNA信息传递和层级信号处理，扩展合成生物学的应用。 | 大肠杆菌菌株及接合质粒。 | 合成生物学 | NA | 细菌接合、DNA重组（整合酶介导） | NA | 基因型数据（如DNA序列） | 多种大肠杆菌菌株和接合质粒（具体数量未提及） | 整合酶 | 大肠杆菌 | 布尔逻辑门（双层层叠逻辑门）以及分层信号处理通路 | 合成生物学 |
| 696 | 2026-08-25 |
A systems view of cellular heterogeneity: Unlocking the "wheel of fate"
2025-06-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101300
PMID:40472847
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综述 | 本文通过系统生物学视角探讨细胞异质性，提出将细胞视为输入-输出设备的框架，并总结了捕捉异质性的系统和合成生物学工具 | 提出从细胞视角概念化异质性的框架，并引入“命运之轮”的随机性比喻，结合人类多能干细胞培养和β细胞分化两个案例研究 | 未提供实验验证，仅为理论框架和文献综述 | 探讨细胞异质性的生物学意义，并推动系统方法在干细胞研究和再生医学中的应用 | 人类多能干细胞和β细胞 | 系统生物学 | NA | 单细胞技术 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 人类 | NA | 再生医学, 发育生物学 |
| 697 | 2026-08-25 |
Model-guided gene circuit design for engineering genetically stable cell populations in diverse applications
2025-02, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2024.0602
PMID:39933591
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研究论文 | 本文开发并分析了一种生物分子控制器，旨在独立于突变合成基因的身份来抑制突变细胞生长，从而维持工程化细胞群的遗传稳定性 | 提出了一种与合成基因身份无关的通用控制器设计，无需针对特定基因回路进行重新工程，并通过资源感知细胞建模的新模拟方法直接关联电路设计参数与群体行为 | 未在实验中验证控制器性能，仅基于建模和模拟分析，可能受限于模型假设的准确性 | 开发一种通用生物分子控制器以抑制突变细胞生长，减少合成基因丢失，增强工程化细胞群的遗传稳定性 | 工程化细胞群及其突变体，涉及合成基因回路和宿主细胞 | 合成生物学 | NA | 资源感知细胞建模、仿真 | 生物分子控制器模型、群体行为模型 | 仿真数据 | NA | NA | NA | 生物分子控制器，广义上涉及抑制突变细胞生长的调控回路 | 生物技术、医学 |
| 698 | 2026-08-25 |
Molecular insights into the elevator-type mechanism of the cyanobacterial bicarbonate transporter BicA
2025-01-21, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.12.013
PMID:39674889
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研究论文 | 该研究通过全原子分子动力学模拟，揭示了蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA的电梯式转运机制。 | 首次通过超过1毫秒的分子动力学模拟数据，动态解析BicA二聚体的结构重排和底物转运过程，并识别出降低构象转变自由能垒的潜在突变。 | 研究主要基于计算模拟，缺乏实验验证；模拟结果可能受限于力场参数和采样时间。 | 阐明蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA的转运机制，并为工程化改造以提高光合作用产量提供原子级见解。 | 蓝藻碳酸氢盐转运蛋白BicA二聚体。 | 分子动力学模拟 | NA | 全原子分子动力学模拟 | NA | 模拟轨迹数据 | 超过1毫秒的模拟数据 | NA | 蓝藻 | NA | 生物技术、能源、环境 |
| 699 | 2026-08-25 |
Cellular Site-Specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids in Synthetic Biology
2024-09-25, Chemical reviews
IF:51.4Q1
DOI:10.1021/acs.chemrev.3c00938
PMID:39207844
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综述 | 本文综述了通过遗传密码扩展（GCE）在细胞中位点特异性掺入非天然氨基酸（ncAAs）的方法及其在合成生物学中的主要应用 | 系统总结了GCE技术如何通过非经典密码子扩充、半自主和自主生物体构建、调控元件设计以及肽类天然产物生物合成途径的操控与扩展，来增强和多样化生物设计 | 文章主要讨论当前挑战和未来前景，未具体指出某一研究的局限性 | 探讨位点特异性细胞掺入ncAAs的方法论进展及其在合成生物学中的主要应用，并展望未来发展方向 | 非天然氨基酸和遗传密码扩展技术相关的生物系统 | 合成生物学 | NA | 遗传密码扩展（GCE） | NA | NA | NA | NA | NA | 非天然氨基酸掺入系统、非经典密码子、调控元件、肽类天然产物生物合成途径 | 合成生物学 |
| 700 | 2026-08-25 |
Zero-shot prediction of mutation effects with multimodal deep representation learning guides protein engineering
2024-09, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-024-00989-2
PMID:38969803
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研究论文 | 本文提出了一种名为ProMEP的多模态深度表示学习方法，用于零样本预测蛋白质突变效应，并成功指导基因编辑工具的开发。 | ProMEP是一种无需多序列比对的方法，利用约1.6亿蛋白质的多模态数据（序列和结构）进行深度学习，实现了对突变效应的零样本预测，并在速度和准确性上达到先进水平。 | 文中未明确提及局限性，但可能受限于对特定蛋白质家族泛化能力及对罕见突变的预测精度。 | 开发高效且准确的突变效应预测方法，以指导蛋白质工程和基因编辑工具的优化。 | 蛋白质序列和结构突变效应，包括基因编辑酶TnpB和TadA及其变体。 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 多模态深度表示学习模型 | 序列和结构数据 | 约1.6亿蛋白质 | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 生物技术, 合成生物学 |