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当前共找到 5865 篇文献，本页显示第 741 - 760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2026-08-21 |
Enzyme Engineering: From Classical Strategies to AI-Driven Biocatalyst Design
2026-Aug-19, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.6c04272
PMID:42616438
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综述 | 本文综述了酶工程从经典策略到AI驱动生物催化剂设计的演变过程，涵盖传统方法、人工智能辅助设计及未来趋势 | 整合了蛋白质语言模型、生成式AI和DBTL自动化闭环工作流在酶工程中的应用，强调自主实验室和可持续生物催化的新兴方向 | 未提供具体实验数据或案例验证，主要基于文献分析 | 总结酶工程从经典方法到AI辅助生物催化剂设计的进展、挑战和未来趋势 | 酶工程中的生物催化剂、蛋白质序列、结构和功能关系 | 机器学习 | NA | 高通量测序、蛋白质语言模型、深度学习、生成式AI | 蛋白质语言模型、深度学习模型、生成式AI模型 | 序列数据、结构数据、功能注释数据 | NA | 合成生物学工具 | NA | 设计-构建-测试-学习（DBTL）闭环工作流 | 工业生物技术, 可持续生物催化 |
| 742 | 2026-08-21 |
Decoding Bistability and Drivers of Phenotypic Variation in Bacteria
2026-Aug-19, Annual review of microbiology
IF:8.5Q1
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综述 | 本文综述了细菌表型异质性及其在基因调控网络中的双稳态机制，并探讨合成生物学在理解抗生素耐药性和持续性方面的应用 | 聚焦合成生物学方法研究细菌基因调控网络，并讨论整合性接合元件的双稳态特性 | 未提供具体实验数据或定量分析 | 探讨细菌表型异质性的功能重要性及其在适应性策略中的作用 | 细菌基因调控网络、双稳态机制、整合性接合元件 | 合成生物学 | 抗生素耐药性 | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 双稳态基因调控网络 | 医学 |
| 743 | 2026-08-21 |
High-throughput synthesis of DNA fragments by molecular self-assembly of overlapping oligonucleotides
2026-Aug-19, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-026-03266-2
PMID:42618804
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研究论文 | 本文介绍了一种名为分子自组装诱导克隆的高通量基因合成方法，通过寡核苷酸的重叠互补自组装和宿主细胞内的DNA修复机制，实现大规模基因片段的并行合成 | 该方法利用正交自组装克服了分子串扰和寡核苷酸错位问题，结合微芯片寡核苷酸合成，实现了超过1000个不同基因片段的一锅法并行合成，且错位率接近零 | 寡核苷酸合成错误仍维持在恒定但可控水平，未完全消除合成错误 | 开发一种高通量的基因合成方法，以解决合成生物学中DNA合成技术的瓶颈 | 基因片段、PETase酶的变体文库 | 合成生物学 | NA | 微芯片寡核苷酸合成、分子自组装、宿主细胞DNA修复 | NA | 基因序列数据 | 超过1000个基因片段 | NA | 宿主细胞（未具体指明） | NA | 工业生物技术 |
| 744 | 2026-08-21 |
Spatially Encoded Protocell Network for Non-Cascaded Parallel Biocomputation
2026-Aug-18, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.77019
PMID:42610528
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研究论文 | 本文提出了一种基于空间编码和梯度响应的原始细胞群落非级联并行生物计算架构，用于实现半加器和全加器逻辑运算 | 利用三维水凝胶基质中空间编码的梯度响应原始细胞群落，通过反应-扩散动力学实现非级联的并行多阈值计算，避免了传统分子级联中的信号衰减和串扰问题 | 未在摘要中明确说明局限性 | 开发一种低复杂度、稳健、非级联的分子计算系统，用于并行生物计算 | 空间编码的原始细胞群落 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 基于空间编码的梯度响应原始细胞群落，实现半加器和全加器逻辑运算 | 合成生物学, 计算科学 |
| 745 | 2026-08-21 |
Systematic discovery of novel ribozymes with gene silencing properties from global deep-sea RNA viromes
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1866359
PMID:42614413
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研究论文 | 系统分析全球深海RNA病毒组，发现具有基因沉默功能的新型核酶 | 首次从深海RNA病毒组中系统发现大量锤头状核酶，并验证其对HIV-1和HSV-1的抑制能力，展示其作为治疗性催化RNA支架的潜力 | 文中未提及具体局限性 | 探索深海RNA病毒作为核酶资源库的潜力，并评估其基因沉默和抗病毒功能 | 全球深海沉积物中的RNA病毒组，包括291个样本中的1305种锤头状核酶 | 合成生物学 | HIV-1感染、HSV-1感染 | RNA病毒组测序 | NA | 序列数据 | 291个深海沉积物样本 | NA | NA | 锤头状核酶 | 医学, 合成生物学 |
| 746 | 2026-08-21 |
Microbial valorization of E-waste: Bacterial recycling and synthesis of technology-critical metal nanoparticles
2026, Advances in microbial physiology
DOI:10.1016/bs.ampbs.2026.06.001
PMID:42618146
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综述 | 本文探讨了电子废弃物作为城市矿山在循环经济中的作用，并重点介绍了利用细菌系统进行可持续金属回收的生物策略，以及将回收金属升级转化为具有应用价值的纳米颗粒。 | 将电子废弃物管理与微生物生物技术和纳米技术相结合，提出了一种可持续获取技术关键金属的新途径，强调利用组学方法指导合成生物学策略以增强金属回收和纳米颗粒合成。 | 未提及具体局限性。 | 探讨利用细菌回收电子废弃物中技术关键金属并合成金属纳米颗粒的可持续策略，促进绿色循环经济转型。 | 电子废弃物中的技术关键金属以及用于金属回收和纳米颗粒合成的细菌系统。 | 微生物生物技术、纳米技术、合成生物学 | NA | 转录组学、代谢组学、蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 环境、材料、医学、能源 |
| 747 | 2026-08-21 |
AlphaDesign: a de novo protein design framework based on AlphaFold
2025-Sep, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00119-z
PMID:40527958
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研究论文 | 介绍了一个基于AlphaFold的从头蛋白质设计框架AlphaDesign，结合自回归扩散模型，实现可控制交互、构象和寡聚状态的快速蛋白质生成与计算验证，并成功设计了针对细菌噬菌体防御系统retrons的活性抑制剂 | 提出一种无需类别特定模型重训练或微调的通用从头蛋白质设计框架，结合AlphaFold与自回归扩散模型，支持快速生成和计算验证具有可控特性的蛋白质 | 本文未明确讨论限制，但可能涉及计算验证的准确性依赖以及体内活性的系统性验证范围有限 | 开发一个通用且易用的从头蛋白质设计框架，以加速新型蛋白质药物的理性设计 | 从头设计的蛋白质，特别是针对细菌噬菌体防御系统retrons的抑制剂 | 蛋白质设计 | 不适用 | AlphaFold | 扩散模型 | 蛋白质序列 | 未提供具体样本数量 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 医学 |
| 748 | 2026-08-21 |
Machine learning-aided design and screening of an emergent protein function in synthetic cells
2024-03-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46203-0
PMID:38443351
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研究论文 | 本文展示了如何在合成细胞中利用机器学习辅助设计和筛选具有涌现功能的蛋白质，并通过计算和体外筛选验证了候选蛋白在大肠杆菌中的功能替代能力。 | 首次将机器学习生成的蛋白质变体与合成细胞模拟筛选相结合，实现了对形成细胞内时空模式的蛋白质的计算和体外筛选，填补了涌现功能蛋白设计中缺乏定制筛选方法的空白。 | 仅作为概念验证，筛选的蛋白种类有限，且计算筛选依赖结构信息，可能不适用于所有蛋白质，体外筛选使用合成细胞模拟物可能不完全反映体内情况。 | 开发并验证一种结合机器学习和合成生物学的蛋白质设计筛选流程，用于设计具有涌现功能（如时空自组织）的蛋白质。 | 形成细胞内时空模式的蛋白质变体，以及用于筛选的合成细胞模拟物和大肠杆菌。 | 机器学习、合成生物学 | NA | 蛋白质设计（机器学习）、体外筛选、结构划分计算筛选 | 条件生成模型 | 蛋白质结构数据、序列数据、实验表型数据 | 未明确具体数量，涉及多个ML生成的蛋白质变体及测试的大肠杆菌样本 | NA | 大肠杆菌（Escherichia coli） | NA | 工业生物技术、医学 |
| 749 | 2026-08-20 |
Photodictated Programmed Orthogonal DNA Microdroplets Enable Molecular Communication between Transient Self-Sorting Membraneless Artificial Cells
2026-Aug-18, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.6c05486
PMID:42611219
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研究论文 | 本文报道了一种光引导策略，用于编程两种正交DNA液滴群体的液-液相分离，并实现瞬态融合、分子通信和自分类，基于此构建了多读自重写分子消息加密平台 | 首次通过光引导策略选择性编程两种正交DNA液滴群体的相分离，并实现瞬态融合与耗散性分子通信，展示了内在自分类能力，以及多读和自重写的分子消息加密应用 | 未明确提及局限性，可能限于体外人工细胞模型，尚未在活细胞中验证 | 构建能够展现动态分子通信、空间自分类和耗散信号传导的人工细胞模拟系统 | 两种正交DNA液滴群体，由DNA Y-motif组装而成 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 正交DNA液滴群体通过光引导液-液相分离，瞬态融合后实现分子交换和自分类 | 分子通信、信息加密 |
| 750 | 2026-08-20 |
Harnessing natural variation for photosynthetic improvement in next-generation crop breeding
2026-Aug, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70317
PMID:42290551
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综述 | 本文综述了光合作用自然变异的研究进展，探讨了如何利用自然遗传多样性和现代生物技术来优化光合作用，提高作物产量潜力，并增强作物对未来气候的适应性 | 系统整合了从生理、发育到冠层尺度的光合作用自然变异，并探讨了合成生物学与光合遗传工程在作物育种中的互补途径 | 未明确提及具体局限性 | 为利用自然遗传多样性和生物技术改造光合作用，提升作物生产力和气候适应性提供战略框架 | 作物光合性状及其自然遗传变异 | 植物科学、作物育种 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | 植物 | 增强光合能力的代谢通路或调控网络设计 | 农业 |
| 751 | 2026-08-20 |
Deep Learning Predicts Dissimilar DNA-DNA Binding and Engineers Hyperconnected Networks
2026-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75395-w
PMID:42426013
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研究论文 | 本文介绍了BINND，一种结合超高通量平台和深度学习模型的工具，用于预测DNA-DNA结合相互作用，并展示了其在构建超连接网络中的应用 | 利用深度学习模型快速准确预测非正交DNA相互作用，速度比现有模型快50倍，并能在多样序列上泛化 | 未提及具体的局限性 | 开发一种能够准确快速预测非正交DNA相互作用的模型，以利用完整的序列空间 | DNA-DNA相互作用 | 机器学习 | NA | 超高通量测量平台 | 深度学习模型（BINND） | 分子相互作用数据 | 未提供具体样本量，但平台测量数百万个相互作用 | NA | NA | 超连接网络（基于DNA相互作用的合成网络） | 生物工程，合成生物学 |
| 752 | 2026-08-20 |
A portable Cas6f-based system for multiplex translational repression in bacteria
2026-Jul-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75135-0
PMID:42420316
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Cas6f的紧凑型系统MORTISE，用于革兰氏阴性细菌中的多重翻译抑制，不依赖宿主Hfq或RNase，并在大肠杆菌和恶臭假单胞菌中实现稳健的多重基因敲低 | 该系统利用Cas6f蛋白构建紧凑型平台，无需宿主Hfq或RNase，可在多种革兰氏阴性菌中工作，支持单启动子多重抑制和一步克隆装配多达9个引导序列，实现翻译起始区域的精确靶向 | 未明确提及局限性，但可能受限于革兰氏阴性菌宿主范围，且引导与靶转录匹配需要优化 | 开发一种不依赖宿主因子、可移植且可调的多重翻译抑制平台，以促进代谢工程和合成生物学应用 | 革兰氏阴性细菌（大肠杆菌和恶臭假单胞菌）及相关的基因表达系统 | 合成生物学 | NA | sRNA设计、染色体报告基因分析、克隆装配 | NA | 基因表达和代谢产物数据 | 未明确样本数量，涉及大肠杆菌和恶臭假单胞菌中的实验 | CRISPR-Cas6f系统 | 大肠杆菌, 恶臭假单胞菌 | 基于Cas6f的翻译抑制系统（MORTISE），支持多重基因敲低 | 工业生物技术、合成生物学 |
| 753 | 2026-08-20 |
Probiotic-Based Materials as Living Therapeutics
2026-01, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202508500
PMID:40999775
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综述 | 本文综述了基于益生菌的工程活体材料（PLMs）作为活体治疗药物的研究进展，涵盖其设计、应用及面临的挑战。 | 提出了益生菌活体材料（PLMs）作为工程活体材料（ELMs）的一个亚类，与活体生物治疗产品（LBPs）区分，并系统探讨其在多种医学应用中的潜力及临床转化障碍。 | PLMs在临床应用中面临缺乏稳健的益生菌工程遗传工具、生物安全担忧（如水平基因转移或非预期生物活性）、临床前结果转化困难及缺乏明确监管指南等挑战。 | 探讨基于益生菌的活体材料在生物医学应用中的设计、进展、生物安全问题及监管框架的现状。 | 基因工程益生菌与基质结合的活体材料（PLMs），涵盖生物传感、感染治疗、骨修复、伤口愈合、阴道失衡、肠道相关疾病和癌症治疗等应用。 | 生物医学工程 | 感染、骨损伤、伤口、阴道失衡、肠道疾病、癌症 | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 益生菌 | 基因工程电路用于生物传感和疾病治疗 | 医学 |
| 754 | 2026-08-20 |
A parts list of promoters and gRNA scaffolds for mammalian genome engineering and molecular recording
2025-Nov-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02896-2
PMID:41219485
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研究论文 | 本文设计了用于哺乳动物基因组编辑和分子记录的启动子及gRNA支架的标准化部件库，并通过多重引导编辑定量其活性。 | 提供了大量现存的、祖先的、诱变的或小型化的pol III启动子和gRNA支架变体，并鉴定出数百个活性高于常用序列的部件，同时通过饱和诱变筛选增加序列多样性，并展示了在分子记录中的应用。 | 未明确提及限制，但可能涉及哺乳动物细胞中某些部件的活性差异或设计选择的局限性。 | 建立哺乳动物遗传工程的标准化部件库，以支持可预测的多重编辑和分子记录。 | 哺乳动物细胞（人类和小鼠细胞系）中的pol III启动子和gRNA支架。 | 合成生物学 | NA | 多重引导编辑 | NA | 序列数据 | 人类和小鼠细胞系中的数千个部件 | NA | 人类细胞、小鼠细胞 | 基因表达部件（启动子和gRNA支架） | 医学、工业生物技术 |
| 755 | 2026-08-20 |
A minimal SufB2C2 complex functions as a [4Fe-4S] cluster scaffold in methanogenic archaea
2025-11-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02134-25
PMID:41060016
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研究论文 | 本文表征了产甲烷古菌中由SufB和SufC组成的最小双蛋白SUF系统，证明其形成稳定异源四聚体并结合[4Fe-4S]簇。 | 首次揭示产甲烷古菌中仅由SufB和SufC组成的最小双蛋白SUF系统，SufC为主要簇结合成分，且该系统代表Fe-S簇生物合成的祖先形式，拓展了Fe-S簇生物合成机制的多样性。 | 摘要中未提及研究的局限性。 | 阐明产甲烷古菌中Fe-S簇生物合成机制及其进化意义。 | 产甲烷古菌的SUF系统蛋白SufB和SufC。 | 微生物学、生物化学 | NA | 突变分析、进化比较 | NA | 蛋白质序列和结构数据 | 未在摘要中明确说明样本数量。 | NA | 产甲烷古菌 | NA | 合成生物学 |
| 756 | 2026-08-20 |
Classifying Convergences in the Light of Horizontal Gene Transfer: Epaktovars and Xenotypes
2025-10-29, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf279
PMID:41152006
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观点文章 | 本文提出并澄清了用于描述具有非树状进化历史的生物体的术语，引入了epaktovars和xenotypes两个互补概念，并探讨了它们在合成生物学和去灭绝研究中的应用。 | 提出了两个新术语：epaktovars（通过独立获取相似功能而展现趋同表型的生物群）和xenotypes（通过水平基因转移共享同源基因的生物体），从而扩展了现有的epaktologs和xenologs概念到基因组水平。 | 未提供实证数据或详细案例研究，主要基于理论视角进行概念阐述。 | 旨在整合和澄清用于描述非树状进化历史的生物体的术语，并提供分类框架。 | 具有水平基因转移或趋同进化的生物体，以及合成生物学和去灭绝中的基因改造生物。 | 进化生物学, 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 保护生物学 |
| 757 | 2026-08-20 |
Accurate prediction of thermoresponsive phase behavior of disordered proteins
2025-10, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70284
PMID:40944421
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研究论文 | 开发了一个名为Mpipi-T的残基级模型，用于准确预测无序蛋白质的热响应相分离行为，特别是下临界溶解温度（LCST）型转变。 | 首次整合原子级溶剂化自由能数据和实验浊点测量，参数化短程非键相互作用，并解析缩放长程静电相互作用，从而定量预测蛋白质的LCST型相分离。 | 模型预测依赖于特定实验数据，可能不适用于所有蛋白质，且计算效率虽高，但尚未验证其在大规模蛋白质设计中的通用性。 | 解释热应激下蛋白质凝聚的机制，并提供一种从序列直接设计热响应蛋白质的工具。 | 无序蛋白质，包括hTau40、Pab1和ELF3。 | 计算生物学 | 阿尔茨海默病 | NA | Mpipi-T（残基级模型，基于物理统计） | 蛋白质序列和相分离实验数据 | 三种蛋白质（hTau40、Pab1、ELF3） | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 758 | 2026-08-20 |
Assembly of ascovirus HvAV-3h long DNA fragment using the Transformation-Associated Recombination (TAR) approach in yeast cells
2025-05-22, BMC biotechnology
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12896-025-00964-8
PMID:40405135
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研究论文 | 本研究利用酵母细胞中的转化相关重组（TAR）方法成功组装了来自昆虫病毒HvAV-3h的长DNA片段（>44.6 Kb），并通过测序验证了组装质量 | 首次将TAR方法应用于昆虫病毒长DNA片段的合成，实现了超过44.6 Kb的DNA片段高效组装 | 未明确提及局限性，但可能包括突变和缺失的检测以及组装过程对特定序列的依赖性 | 评估TAR方法在昆虫病毒基因组工程研究中的适用性，以实现长DNA片段的合成 | 斜纹夜蛾囊泡病毒3h（HvAV-3h）的dsDNA基因组 | 合成生物学 | NA | 转化相关重组（TAR）、PCR、下一代测序（NGS）、Sanger测序 | NA | DNA序列数据 | 15个PCR片段，3个中型片段，1个长DNA片段（约44.6 Kb） | TAR | 酵母细胞 | NA | 农业 |
| 759 | 2026-08-20 |
Metabolic engineering for microbial production of sugar acids
2025-05-13, BMC biotechnology
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12896-025-00973-7
PMID:40361067
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综述 | 本文综述了通过代谢工程微生物生产糖酸的不同方法，包括酶法转化、全细胞生物转化和发酵，并强调了代谢工程和合成生物学工具在优化菌株中的应用 | 系统总结了C5和C6糖酸的不同生物合成途径，并突出了CRISPR-Cas和动态调控电路等合成生物学工具在菌株开发中的最新进展 | 未提供具体实验数据或比较不同策略的效率，可能缺乏定量分析 | 回顾和总结微生物生产糖酸的代谢工程策略及其应用 | 微生物菌株（如细菌和酵母）以及C5和C6糖酸 | 代谢工程 | NA | 代谢工程、合成生物学、发酵 | NA | 文献综述 | NA | CRISPR-Cas、动态调控电路 | 微生物（如细菌和酵母） | 代谢途径工程，包括关键酶过表达、竞争途径删除、辅因子平衡和转运体工程 | 食品、建筑、医疗、纺织、聚合物工业 |
| 760 | 2026-08-20 |
Extracellular Bacterial Production of DNA Hydrogels-Toward Engineered Living Materials
2025-05, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202502199
PMID:40143682
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研究论文 | 本研究首次利用外电活性细菌Shewanella oneidensis生产DNA水凝胶，开发出可复制、自修复和响应外部刺激的工程活材料。 | 首次在活细菌环境中原位生产DNA水凝胶，利用SpyCatcher/SpyTag技术开发诱导型细胞表面锚点，实现生物杂化材料的动态和导电特性。 | 研究尚未充分探讨材料的长期稳定性和规模化生产可行性。 | 建立基于DNA水凝胶的工程活材料的生产方法，并验证其在生物电化学系统中的电流生成能力。 | Shewanella oneidensis菌株和DNA水凝胶。 | 合成生物学 | NA | DNA水凝胶合成、SpyCatcher/SpyTag技术、生物电化学系统 | NA | 实验数据 | 未明确样本数量。 | SpyCatcher/SpyTag系统 | Shewanella oneidensis | 诱导型细胞表面锚点、DNA水凝胶形成路径 | 生物技术、能源 |