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当前共找到 5865 篇文献，本页显示第 841 - 860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 841 | 2026-08-11 |
Small molecule- and cell contact-inducible systems for controlling expression and differentiation in mouse embryonic stem cells
2025-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204505
PMID:40377146
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研究论文 | 本文表征了小鼠胚胎干细胞中三种小分子诱导和两种细胞接触诱导的基因表达与分化控制系统，并展示其驱动神经分化的能力 | 首次系统表征多种合成生物学工具在小鼠胚胎干细胞中的功能，并展示其组合使用以精确调控分化 | 未提及具体限制，但可能包括系统在体内或复杂环境下的稳定性及组合使用的潜在干扰 | 评估并优化小鼠胚胎干细胞中可诱导的基因表达和分化控制工具，以支持合成发育生物学研究 | 小鼠胚胎干细胞及其神经元分化模型 | 合成生物学 | NA | 基因表达调控、细胞分化诱导 | NA | 实验数据 | 未具体说明样本量 | NA | 小鼠胚胎干细胞 | 小分子诱导系统和细胞接触诱导系统 | 医学、生物技术 |
| 842 | 2026-08-11 |
Engineering the future of medicine: Natural products, synthetic biology and artificial intelligence for next-generation therapeutics
2025-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70146
PMID:39856487
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研究论文 | 本文探讨了利用天然产物、合成生物学和人工智能技术来工程化非核糖体肽合成酶和聚酮合酶，以创造新型生物活性化合物，应对抗生素耐药性和癌症等挑战。 | 提出了结合硫醇化结构域交换单元和人工智能驱动工具（如合成智能）的创新方法，用于扩展化学空间和优化生物合成途径，实现精确和可扩展的治疗解决方案。 | 未提及具体局限性。 | 推动下一代治疗药物的开发，革新药物发现和患者护理。 | 非核糖体肽合成酶和聚酮合酶。 | 合成生物学 | 抗生素耐药性、癌症 | 人工智能 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 843 | 2026-08-11 |
DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures
2024-07-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae409
PMID:39162313
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研究论文 | 提出DeepEnzyme，一个结合Transformer和GCN的深度学习模型，利用蛋白质序列和三维结构特征预测酶周转数(kcat)，提高预测精度和鲁棒性 | 首次将Transformer和GCN结合用于kcat预测，利用高质量蛋白质三维结构特征增强低序列相似性酶的预测鲁棒性，并能评估点突变对催化活性的影响 | 摘要中未明确提及局限性，但可能依赖高质量三维结构数据，对缺乏结构的酶预测效果可能受限 | 改进酶周转数(kcat)预测的准确性和鲁棒性，特别是在处理低序列相似性酶时 | 酶蛋白及其kcat值，重点研究序列和三维结构特征 | 机器学习 | NA | 深度学习（Transformer和GCN） | Transformer, 图卷积网络(GCN) | 蛋白质序列和三维结构数据 | NA（摘要未提供具体样本数量） | NA | NA | NA | 蛋白质工程, 合成生物学 |
| 844 | 2026-08-10 |
Complete remediation of a mixture of 5 acetophenone derivatives by multi-modular engineered Escherichia coli: Avoiding intermediate toxicity from incomplete degradation
2026-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120464
PMID:42413334
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研究论文 | 本文构建了多模块工程化大肠杆菌BL-all，通过整合14个结构优化的基因到4个分解代谢模块，实现了对5种苯乙酮衍生物的完全降解，避免了不完全降解产生的有毒中间体积累，并通过斑马鱼毒性测试和水样实验验证了其解毒能力和实际应用潜力。 | 首次采用多模块合成生物学方法构建工程菌株，完全降解5种苯乙酮衍生物混合物，解决不完全降解产生有毒中间体的问题，并通过同位素示踪和生态毒性测试全面验证其有效性和安全性。 | 具体局限性未在摘要中说明，可能包括对未测试底物的降解能力不确定，以及在实际复杂环境中的长期稳定性和效率需要进一步验证。 | 解决微生物不完全降解低毒化合物产生高毒中间体的问题，构建可完全降解苯乙酮衍生物混合物的工程菌，用于环境污染修复。 | 5种苯乙酮衍生物（苯乙酮、对羟基苯乙酮、对羟基苯丙酮、对羟基苯甲醛和邻羟基苯乙酮）及工程化大肠杆菌BL-all。 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、同位素示踪（C标记）、毒性测试（斑马鱼） | NA | 实验数据（降解效率、毒性测试结果） | 5种苯乙酮衍生物，每种1 mM混合物，以及斑马鱼样品 | 合成生物学（多模块基因整合） | 大肠杆菌 | 多模块分解代谢途径（4个模块，14个基因）用于完全降解苯乙酮衍生物 | 环境修复 |
| 845 | 2026-08-10 |
Engineering rhizobacterial communities for soil and plant health
2026-Aug, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001748
PMID:42566244
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综述 | 本文探讨了通过工程化根际细菌群落来改善土壤和植物健康的策略，重点介绍了合成生物学在微生物群落设计中的应用 | 提出了工程化微生物群落（EngComs）的概念，即通过合成基因回路增强的微生物联合体，扩展了传统的合成群落（SynComs）方法，实现可编程功能如细胞间通讯、劳动分工、生物传感和可控养分动员 | 根际细菌工程在真实土壤环境中的应用仍处于早期阶段，多数系统在简化或人工条件下表征，面临环境复杂性、遗传稳定性、生物防护和监管约束等挑战 | 整合合成生物学与根际生态学及生物物理学知识，开发可编程的植物-微生物系统，以提高作物生产力并减少环境影响 | 根际细菌群落、植物-微生物互作界面 | 合成生物学、微生物生态学 | NA | 合成基因回路、多输入遗传电路 | NA | NA | NA | 合成基因回路、多输入遗传电路 | 根际细菌 | 合成基因回路，包括细胞间通讯、劳动分工、生物传感和养分动员的调控电路 | 农业、环境 |
| 846 | 2026-08-10 |
Antimicrobial Peptides (AMPs) as Potential Antibiotics: Classification, Development and Future Prospects in Combating Multi-drug Resistant Pathogens
2026-Aug, Indian journal of microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s12088-025-01510-y
PMID:42568698
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综述 | 本文综述了抗菌肽作为潜在抗生素的分类、开发进展及其对抗多重耐药病原体的前景 | 强调抗菌肽独特的抗菌机制，使细菌难以产生耐药性，并探讨了合成与工程化肽在药物开发中的创新应用 | 抗菌肽的开发面临稳定性、毒性和生产成本等挑战，以及监管和经济障碍 | 促进抗菌肽作为下一代抗生素的临床转化，以应对抗菌素耐药性威胁 | 抗菌肽 | 药物开发 | 多重耐药菌感染 | 肽工程、合成生物学 | NA | 文本 | NA | 合成生物学 | 多种生物 | NA | 医学 |
| 847 | 2026-08-10 |
A hierarchy of metabolite exchanges in metabolic models of microbial species and communities
2024-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012472
PMID:39325831
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研究论文 | 本文通过路径枚举和通量采样方法，分析微生物物种和群落代谢模型中的代谢物交换，揭示不同路径定义之间的层级关系，并评估其对生物解释的鲁棒性 | 首次系统比较不同途径定义（如基本转换模式、基本通量模式和最小途径）在代谢物交换分析中的关系，提出它们之间存在层次结构，并展示该层次关系普遍适用于代谢网络和子网络 | 无偏方法（如路径枚举和通量采样）因组合爆炸在大规模网络可扩展性受限，且研究主要基于模型分析，未涉及实验验证 | 通过聚焦代谢子网络（如代谢物交换）提高无偏代谢网络分析方法（如途径分析）的可扩展性，并确保生物解释的稳健性 | 微生物物种和微生物群落的代谢模型，包括从中心碳代谢到全基因组规模的模型 | 计算生物学 | 不适用 | 约束型代谢模型、途径枚举、通量采样 | 约束型代谢模型（如FBA、通量采样） | 代谢模型数据（如基因组规模代谢模型） | 涉及多个微生物物种和微生物群落的代谢模型，但具体数量未在摘要中提及 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 代谢工程、合成生物学 |
| 848 | 2026-08-09 |
Engineered diazotrophs with host-inducible nitrogen supply systems: Transforming rice farming through innovative nitrogen biofertilizers
2026-Aug, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70320
PMID:42367143
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综述 | 本文综述了通过合成生物学改造固氮菌，使其具备宿主诱导的氮供应系统，以作为水稻创新氮生物肥料的潜力，并探讨了减少工业氮肥依赖、推动可持续农业的路径 | 强调结合野生稻中丰富的固氮菌群与现代合成生物学手段，开发可输出氮的工程化固氮菌及合成微生物群落，并针对水稻品种的响应性进行定制化研究 | 未提及具体实验数据或技术限制，主要基于文献综述和展望 | 旨在通过工程化固氮菌提供可持续的氮肥替代方案，补充水稻氮营养，促进可持续农业 | 固氮菌、水稻品种、合成微生物群落 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、宏基因组学 | NA | 文献数据、微生物组数据 | 未明确，涉及野生稻和栽培稻的微生物组研究 | CRISPR-Cas9、TALEN、ZFN | 固氮菌（如共生固氮菌） | 氮输出生物传感器或代谢通路 | 农业、环境 |
| 849 | 2026-08-09 |
Extrachromosomally co-encoded toxin-immunity pairs in yeast and their application potential
2026-May-26, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13876-0
PMID:42189293
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综述 | 本文综述了酵母中由染色体外元件共编码的毒素-免疫因子对，并探讨了其在合成生物学和生物技术中的应用潜力 | 系统整合了毒素-免疫因子对的分子知识及其克隆、研究和工程化方法，并类比细菌毒素-抗毒素系统，提出其在合成生物学中的应用前景 | 对免疫因子的保护机制研究相对较少，应用潜力仍需进一步探索 | 推动对酵母毒素-免疫因子对的基础理解，并促进其在合成生物学和生物技术中的应用 | 酵母中的毒素-免疫因子对，包括dsRNA真菌病毒卫星和dsDNA病毒样元件 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本信息 | NA | NA | 酵母 | 毒素-免疫因子对系统 | 食品,医药,生物技术 |
| 850 | 2026-08-09 |
Structures of pentatricopeptide repeat proteins
2026-Apr-01, Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications
DOI:10.1107/S2053230X26002311
PMID:41919993
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综述 | 本文全面调查了所有已解析的五肽重复序列（PPR）蛋白晶体结构，分析其晶体学性质、结构特征及其对理解PPR功能的贡献。 | 系统性地编目所有PPR晶体结构，包括核糖体PPR结构，并总结RNA识别编码机制及构象变化等关键见解。 | 未提及具体局限性。 | 为晶体学家和植物生物学家提供PPR蛋白结构综合资源，以理解其结构和功能。 | 五肽重复序列（PPR）蛋白及核糖体PPR蛋白的结构。 | 结构生物学 | NA | X射线晶体学、冷冻电镜 | NA | 结构数据 | 30个PPR和83个核糖体PPR晶体或冷冻电镜结构 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 851 | 2026-08-09 |
The people behind the papers - Sarah Soliman and Zara Weinberg
2025-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204920
PMID:40493005
|
访谈 | 本文是一篇关于Sarah Soliman和Zara Weinberg研究工作的访谈，介绍了他们开发的用于控制小鼠胚胎干细胞基因表达和分化的小分子及细胞接触诱导系统 | 开发了一套小分子和细胞接触诱导系统，能够在时间和空间上精确控制小鼠胚胎干细胞中的基因表达和分化 | NA | 利用合成生物学工具重现发育过程，研究发育生物学原理 | 小鼠胚胎干细胞 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 小鼠 | 小分子和细胞接触诱导的基因表达和分化调控系统 | 医学 |
| 852 | 2026-08-09 |
Nudix hydrolase WvNUDX24 is involved in borneol biosynthesis in Wurfbainia villosa
2024-05, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.16669
PMID:38323895
|
研究论文 | 本研究通过体内外功能鉴定，发现Wurfbainia villosa中的Nudix水解酶WvNUDX24能够特异性地催化焦磷酸龙脑酯水解生成磷酸龙脑酯，进而转化为龙脑，阐明了龙脑生物合成途径中的关键酶。 | 首次鉴定出负责将焦磷酸龙脑酯水解为龙脑的Nudix水解酶WvNUDX24，并确定了四个关键氨基酸残基（R84、S96、P98和G99）对其水解活性至关重要。 | 研究仅关注了WvNUDX24在龙脑合成中的作用，未深入探讨其在植物体内的调控机制及与其他代谢途径的相互作用。 | 揭示龙脑生物合成途径中BPP水解为龙脑的关键酶及其机制，为植物代谢工程和合成生物学生产相关萜类化合物提供遗传元件。 | 研究对象为Wurfbainia villosa植物中的Nudix水解酶WvNUDX24及相关磷酸酶（如WvPAP5和WvPAP10）。 | 植物代谢工程 | NA | 体外酶活分析、体内功能鉴定、亚细胞定位实验、定点突变 | NA | 体外实验数据、体内功能数据 | 未明确说明，涉及多种酶蛋白及突变体，具体样本数量未提及。 | 定点突变 | NA | 龙脑生物合成途径，包括WvNUDX24催化的BPP水解为BP，及磷酸酶进一步水解为龙脑。 | 医药、食品、工业生物技术 |
| 853 | 2026-08-09 |
Regulation of cancer epigenomes with a histone-binding synthetic transcription factor
2017, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-016-0002-3
PMID:28919981
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研究论文 | 本文描述了一种基于组蛋白结合的合成转录因子（PcTF）在癌症细胞系中全基因组范围内的行为，揭示其通过读取H3K27me3标记调控基因表达的机制 | 首次报道了基于多梳蛋白结构域的合成转录因子（PcTF）在全基因组水平上的行为，该因子通过蛋白-蛋白相互作用读取组蛋白修饰（H3K27me3）而非直接结合DNA，从而将表观遗传沉默标记转化为基因激活 | 研究中仅在三种癌症来源的人类细胞系中进行验证，且未涉及体内或临床前模型，可能限制其直接应用性 | 研究PcTF合成转录因子在癌症细胞中的全基因组调控机制，并评估其作为癌症研究和治疗工具的潜力 | 三种癌症来源的人类细胞系及其中的目标基因（包括发育调控因子和肿瘤抑制基因） | 合成生物学 | 癌症 | 转录组分析、染色质分析 | NA | 转录组数据、染色质数据 | 三种人类癌细胞系 | NA | 人类细胞 | 基于融合蛋白的合成转录因子（PcTF） | 医学 |
| 854 | 2026-08-09 |
Recent advances in DNA assembly technologies
2015-02, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1111/1567-1364.12171
PMID:24903193
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综述 | 本文综述了DNA组装技术的最新进展，包括关键方法及其应用，并强调了组装方案的创新和自动化挑战。 | 总结了多种DNA组装方法的最新进展，突出了组装方案的创新，并探讨了自动化组装方法的挑战。 | 未详细提及具体方法的局限性和性能对比数据。 | 综述DNA组装技术在合成生物学和代谢工程中的进展，强调创新和挑战。 | DNA组装方法及其应用。 | 合成生物学 | NA | DNA组装技术（包括限制性酶切连接、Gibson组装等） | NA | 文献资料 | NA | 限制性酶切连接, Gibson组装 | NA | DNA组装方案 | 合成生物学, 代谢工程 |
| 855 | 2026-08-08 |
S-layer (Glyco)protein lattices: Biophysical principles of antifouling at prokaryotic interfaces
2026-Aug-07, Quarterly reviews of biophysics
IF:7.2Q1
DOI:10.1017/S0033583526100213
PMID:42563455
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综述 | 该综述整合历史超微结构观察与现代原子分辨率结构数据和生物物理原理，论证抗污性是所有细菌和古菌S层的基本和普遍功能，并探讨其在生物技术和材料科学中的仿生应用。 | 首次将S层抗污性置于低雷诺数物理框架下，强调晶格动力学、晶体纳米形貌、静电马赛克、碎片化疏水性、结构化水合壳和聚糖介导的空间排斥的协同作用。 | 主要基于理论综合，缺乏直接实验验证抗污性机制在不同环境下的定量比较。 | 阐明S层（糖）蛋白晶格在低雷诺数环境中的抗污生物物理机制，并突出其作为可调界面的潜力。 | 细菌和古菌的表面层（S层）蛋白和糖蛋白晶格。 | 生物物理学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | NA | 细菌和古菌 | NA | 生物技术、合成生物学、材料科学 |
| 856 | 2026-08-08 |
Microbial lipases: advances in metagenomics and artificial intelligence for enzyme discovery and engineering
2026-Aug-07, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-05074-3
PMID:42565866
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综述 | 本文综述了宏基因组学和人工智能技术在微生物脂肪酶发现与工程中的最新进展，并简要概述了脂肪酶的来源、结构特征、理化性质及工业应用 | 强调了宏基因组学与人工智能技术的协同作用，用于酶的识别和理性设计，整合大规模序列数据库与预测性计算建模工具，并展望了蛋白质语言模型、生成式人工智能、合成生物学和多组学整合的未来发展 | 存在异源表达水平低、缺乏高质量信息以及工业规模验证有限等挑战 | 探讨宏基因组学和人工智能技术在微生物脂肪酶发现与工程中的应用，以推动高效经济的酶开发和可持续生物技术应用 | 微生物脂肪酶 | 宏基因组学、人工智能 | NA | 宏基因组学、人工智能 | 蛋白质语言模型、生成式人工智能 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 857 | 2026-08-08 |
Regulation of Escherichia coli fermentation processes: from molecular mechanisms to smart industrial practice
2026-Aug-07, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-05131-x
PMID:42565891
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综述 | 本文系统综述了大肠杆菌发酵调控从分子机制到智能工业实践的范式转变，涵盖跨尺度关联、先进缓解策略、多尺度建模与数字孪生等前沿方向 | 提出从经验性过程调整向跨尺度、深度耦合的智能控制框架转变，整合模型预测控制与动态合成生物学电路，并强调数字孪生作为工业发酵透明化的工具 | 未提及具体实验数据或案例验证，主要基于文献综述，缺乏实际工业应用的量化评估 | 阐明大肠杆菌发酵调控的现代范式，从分子机制到智能工业实践，推动绿色生物制造 | 大肠杆菌发酵过程 | 工业生物技术 | NA | 多尺度建模、计算流体动力学、基因组规模代谢模型、数字孪生、合成生物学电路 | 模型预测控制、数字孪生、基因组规模代谢模型 | 文献数据 | NA | 合成生物学电路 | 大肠杆菌 | 基于群体感应的生长-生产解耦、代谢物响应反馈回路、光遗传开关 | 工业生物技术、绿色生物制造 |
| 858 | 2026-08-08 |
Integrative framework for selecting gene delivery technologies in microalgae for synthetic biology
2026-Aug-07, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-026-12553-9
PMID:42565914
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研究论文 | 本研究对微藻合成生物学中使用的基因递送技术进行了比较分析，并提出了一个实用的方法选择框架 | 提出了一个基于工程目标和物种特异性细胞特征来组织基因递送方法的选择框架，该框架强调了递送平台需兼容多样化货物、受体物种和工程应用 | 新兴技术如细胞穿透肽和金属有机框架的实用性需要更广泛的物种级验证 | 为微藻合成生物学中的基因递送技术选择提供指导框架 | 微藻基因递送技术，包括常规技术和新兴技术 | 合成生物学 | NA | 基因递送技术（包括 agitation、微粒轰击、电穿孔、农杆菌介导转化、细胞穿透肽、金属有机框架） | NA | 文献数据 | NA | NA | 微藻 | NA | 工业生物技术 |
| 859 | 2026-08-08 |
Functional diversity, evolution, and translational potential of isoprenoids in eukaryotic membranes
2026-Aug, Trends in biochemical sciences
IF:11.6Q1
DOI:10.1016/j.tibs.2026.04.014
PMID:42161681
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综述 | 本文综述了类异戊二烯在真核生物膜中的功能多样性、进化及其翻译潜力，重点关注它们作为膜成分如何调节膜性质，并讨论了合成生物学在生产相关类异戊二烯方面的进展与局限 | 系统性地整合了类异戊二烯的结构多样性与膜功能关系，并深入探讨了其在合成生物学生产中的调控和储存机制 | 未提供具体实验数据，可能缺乏对某些细节机制的深入验证 | 阐明类异戊二烯在真核膜中的作用及其合成生物学生产的潜力与挑战 | 类异戊二烯及其衍生化合物在植物、真菌和动物细胞膜中的结构与功能 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 生物技术, 医药 |
| 860 | 2026-08-08 |
TolC Is Required for a Mixed-Linkage β-Glucan (MLG) Biosynthesis: Engineering Bacteria for MLG Overproduction
2026-Aug, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70424
PMID:42552791
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研究论文 | 该研究揭示了TolC蛋白在苜蓿中华根瘤菌混合连接β-葡聚糖生物合成中的关键作用，并通过共过表达策略实现了MLG的高效生产 | 首次发现外膜蛋白TolC作为MLG生物合成机器的一部分，与BgsA和BgsB形成三聚复合体，并通过共过表达tolC、bgsBA和组成型活性二鸟苷酸环化酶（pleD*）实现8倍的MLG产量提升 | TolC与BgsA和BgsB复合体的具体分子机制尚未完全阐明，且生产优化仅在特定条件下验证 | 探究MLG生物合成所需的关键组分并开发增强MLG生产的方法 | 苜蓿中华根瘤菌及中生根瘤菌等根瘤菌宿主 | 合成生物学 | NA | 基因敲除、互补表达、共过表达、生物反应器发酵 | NA | 基因序列、生物量、MLG产量数据 | 涉及多种根瘤菌菌株，具体样本数量未明确 | 基因敲除、遗传互补、共过表达（非指定工程工具） | 苜蓿中华根瘤菌、中生根瘤菌 | 通过共过表达tolC和bgsBA以及pleD*来增强MLG生物合成的基因回路 | 工业生物技术、材料科学 |