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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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881 | 2024-10-30 |
Differential amino acid usage leads to ubiquitous edge effect in proteomes across domains of life that can be explained by amino acid secondary structure propensities
2024-10-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77319-4
PMID:39462053
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研究论文 | 研究分析了5590个物种的蛋白质组,发现氨基酸使用差异导致跨生命域的蛋白质组中普遍存在边缘效应 | 揭示了跨生命域蛋白质组中普遍存在的边缘效应,并提出这种效应源于蛋白质二级结构的约束 | 研究主要集中在氨基酸使用模式上,未深入探讨其对蛋白质功能的具体影响 | 探讨跨生命域的氨基酸使用模式及其潜在机制 | 5590个物种的蛋白质组 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 蛋白质组数据 | 5590个物种 |
882 | 2024-10-30 |
Microbial remediation of petroleum-contaminated soil focused on the mechanism and microbial response: a review
2024-May, Environmental science and pollution research international
DOI:10.1007/s11356-024-33474-9
PMID:38709405
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综述 | 本文综述了微生物修复石油污染土壤的机制和微生物响应 | 本文提出了合成生物学和新技术组合的独特视角,为研究趋势提供了见解 | 本文未详细讨论具体的实验数据或案例研究 | 探讨微生物修复石油污染土壤的机制和未来发展方向 | 石油污染土壤的微生物修复方法及其影响因素 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
883 | 2024-10-29 |
Chemical and Transcriptomic Analyses Provide New Insights into Key Genes for Ginsenoside Biosynthesis in the Rhizome of Panax japonicus C. A. Meyer
2024-Oct-18, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules29204936
PMID:39459304
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研究论文 | 本文通过化学和转录组分析,揭示了人参皂苷生物合成途径中的关键基因 | 首次通过转录组测序分析了不同组织中人参皂苷含量的差异,并鉴定了与皂苷含量显著相关的关键基因 | 研究仅限于人参的根茎组织,未涉及其他组织或物种 | 探究人参皂苷生物合成途径中的关键基因及其表达与皂苷含量的关系 | 人参根茎中的五种皂苷及其生物合成相关基因 | NA | NA | HPLC、转录组测序、基因克隆与表达 | NA | 化学成分、基因表达数据 | 三种不同组织中的五种皂苷含量测定 |
884 | 2024-10-29 |
STRAIGHT-IN Dual: a platform for dual, single-copy integrations of DNA payloads and gene circuits into human induced pluripotent stem cells
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.17.616637
PMID:39464154
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STRAIGHT-IN Dual的平台,能够在人类诱导多能干细胞中同时进行双位点、单拷贝的DNA有效载荷和基因电路的整合 | STRAIGHT-IN Dual平台能够在一周内实现100%效率的双位点、单拷贝DNA整合,且整合过程几乎无疤痕,便于后续细胞修饰的组件回收 | NA | 研究如何在人类诱导多能干细胞中高效整合DNA有效载荷和基因电路,并探讨这些设计特征对细胞编程的影响 | 人类诱导多能干细胞(hiPSCs) | 合成生物学 | NA | DNA整合技术 | NA | NA | NA |
885 | 2024-10-29 |
A digital CRISPR-dCas9-based gene remodeling biocomputer programmed by dietary compounds in mammals
2024-Oct-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.002
PMID:39383861
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPR-dCas9的基因重塑生物计算机,通过膳食化合物编程,实现哺乳动物基因的条件性内源转录调控 | 提出了基于CRISPR-dCas9的基因重塑生物计算机(REPA),通过膳食化合物编程,实现精确的基因调控 | NA | 开发一种新的基因调控技术,实现精确的基因重塑和转录调控 | CRISPR-dCas9技术、膳食化合物、基因调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas9 | NA | 基因转录数据 | NA |
886 | 2024-10-29 |
The pAblo·pCasso self-curing vector toolset for unconstrained cytidine and adenine base-editing in Gram-negative bacteria
2024-Feb-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1236
PMID:38180826
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研究论文 | 开发了一种合成生物学工具包,利用CRISPR和改良的CRISPR相关蛋白(Cas)碱基编辑器,用于革兰氏阴性细菌的基因组工程 | 优化了胞嘧啶碱基编辑器(CBE)和腺嘌呤碱基编辑器(ABE),实现了对质粒和基因组目标的精确单核苷酸修饰,并开发了一系列诱导响应载体,简化了复杂的菌株工程程序 | NA | 开发用于革兰氏阴性细菌基因组工程的合成生物学工具包 | 革兰氏阴性细菌的基因组 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | 基因组数据 | Pseudomonas putida和其他革兰氏阴性细菌 |
887 | 2024-10-29 |
Synthetic Gene Circuits for Regulation of Next-Generation Cell-Based Therapeutics
2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309088
PMID:38126677
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综述 | 本文综述了合成基因电路在调控下一代细胞治疗中的应用 | 讨论了基于转录、翻译和翻译后控制机制的开关在体内调控治疗细胞活性的优势和局限性 | 尚未详细讨论合成基因电路在临床应用中的具体挑战和解决方案 | 探讨合成基因电路在细胞治疗中的应用及其对免疫反应的精确调控 | 合成基因电路、治疗细胞、慢性疾病 | 合成生物学 | NA | 合成基因电路 | NA | NA | NA |
888 | 2024-10-29 |
Tissue engineering applications of recombinant human collagen: a review of recent progress
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1358246
PMID:38419725
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综述 | 本文综述了重组人胶原蛋白在生物医学系统中的应用,重点解决了其在临床应用中的关键问题 | 探讨了重组人胶原蛋白在材料科学和医学领域的创新应用,并介绍了3D打印技术结合重组胶原蛋白在再生修复中的潜力 | 实现重组人胶原蛋白的全部潜力并有效应用于最佳治疗效果仍是一个重大挑战 | 综述重组人胶原蛋白在生物材料领域的进展,促进再生生物材料和治疗手段的创新 | 重组人胶原蛋白及其在伤口愈合、基质再生和骨科等领域的应用 | 生物材料 | NA | 3D打印技术 | NA | NA | NA |
889 | 2024-10-28 |
Multicellular artificial neural network-type architectures demonstrate computational problem solving
2024-Nov, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-024-01711-4
PMID:39285005
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研究论文 | 本文报道了一种通过混合和匹配离散工程细菌细胞创建的模块化多细胞系统,该系统能够设计解决多种计算决策问题 | 首次构建了一种基于工程细菌的模块化多细胞系统,模拟人工神经网络架构,能够执行计算任务 | NA | 开发一种能够解决多种计算决策问题的模块化多细胞系统 | 工程细菌细胞及其在计算任务中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | 人工神经网络 | NA | NA |
890 | 2024-10-28 |
Regulatory RNAs in Bacillus subtilis: A review on regulatory mechanism and applications in synthetic biology
2024-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.01.013
PMID:38385150
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综述 | 本文综述了枯草芽孢杆菌中调控RNA的机制及其在合成生物学中的应用 | 本文首次系统总结了枯草芽孢杆菌中内源性调控RNA的机制和功能,并探讨了其在合成生物学领域的工程和实际应用 | 主要集中在枯草芽孢杆菌上,未涵盖其他细菌模型 | 总结枯草芽孢杆菌中调控RNA的机制及其在合成生物学中的应用 | 枯草芽孢杆菌中的调控RNA及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
891 | 2024-10-28 |
An efficient CRISPR/Cas9 genome editing system based on a multiple sgRNA processing platform in Trichoderma reesei for strain improvement and enzyme production
2024-Feb-11, Biotechnology for biofuels and bioproducts
IF:3.3Q3
DOI:10.1186/s13068-024-02468-7
PMID:38342915
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研究论文 | 开发了一种基于多sgRNA处理平台的CRISPR/Cas9基因编辑系统,用于提高Trichoderma reesei菌株的酶产量 | 提出了基于tRNA-sgRNA阵列的CRISPR-Cas9编辑系统,能够高效处理多个sgRNA,实现多基因编辑 | NA | 开发高效的基因编辑工具,提高Trichoderma reesei菌株的酶产量 | Trichoderma reesei菌株及其相关酶的生产 | 基因工程 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑技术 | NA | 基因序列 | NA |
892 | 2024-10-28 |
Towards using bacterial microcompartments as a platform for spatial metabolic engineering in the industrially important and metabolically versatile Zymomonas mobilis
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1344260
PMID:38344288
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研究论文 | 研究利用细菌微区作为工业上重要的代谢多样的Zymomonas mobilis的空间代谢工程平台 | 提出了一种利用细菌微区(BMCs)作为代谢酶支架的新方法,以隔离和整合具有挑战性的代谢途径 | NA | 构建基于BMC的空间支架平台,以在未来生产高价值产品 | Zymomonas mobilis细菌 | 合成生物学 | NA | SDS-PAGE, 透射电子显微镜, 动态光散射 | NA | NA | NA |
893 | 2024-10-27 |
Semi-synthesis of a DNA-Tagged Polyketide-Peptide Hybrid Macrocycle Using a Biosynthetically Prepared Fungal Macrolide as a Synthetic Component
2024-Oct-25, Organic letters
IF:4.9Q1
DOI:10.1021/acs.orglett.4c03588
PMID:39415106
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研究论文 | 本文介绍了一种利用基因组挖掘和异源表达系统合成带有DNA标签的多酮肽杂合大环化合物的合成生物学方法 | 该研究展示了合成生物学在扩展构建模块多样性方面的潜力,有助于探索未知的化学空间 | NA | 探索合成生物学在扩展天然产物构建模块多样性方面的应用 | 带有DNA标签的多酮肽杂合大环化合物 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、异源表达系统 | NA | NA | NA |
894 | 2024-10-27 |
Development of a xylose-inducible and glucose-insensitive expression system for Parageobacillus thermoglucosidasius
2024-Oct-23, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13333-w
PMID:39441395
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研究论文 | 开发了一种木糖诱导且葡萄糖不敏感的表达系统,用于Parageobacillus thermoglucosidasius | 成功设计了一种木糖诱导且葡萄糖不敏感的表达系统IExyl*,并在Parageobacillus thermoglucosidasius中应用,显著提高了核黄素的产量 | NA | 开发一种多功能且高效的诱导表达机制,用于菌株工程和合成生物技术应用 | Parageobacillus thermoglucosidasius中的xylA5p启动子和其转录调控因子XylR | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | Parageobacillus thermoglucosidasius DSM 2542 |
895 | 2024-10-27 |
Rhodopsin-based light-harvesting system for sustainable synthetic biology
2024-07, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.14521
PMID:38949508
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评论 | 本文探讨了利用视紫红质在可持续合成生物学中的应用及其未来潜力 | 视紫红质具有显著的光化学特性,可用于开发可持续和节能的技术 | NA | 探索视紫红质在可持续工程中的应用 | 视紫红质及其在生物生产和可再生能源转换中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
896 | 2024-10-27 |
Unlocking the magic in mycelium: Using synthetic biology to optimize filamentous fungi for biomanufacturing and sustainability
2023-Apr, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2023.100560
PMID:36756210
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综述 | 本文综述了利用合成生物学优化丝状真菌用于生物制造和可持续发展的潜力 | 本文首次系统总结了合成生物学和计算工具在挖掘、工程化和优化丝状真菌作为生物生产底盘方面的应用 | 本文主要集中在综述现有技术和方法,未涉及具体的实验数据或案例研究 | 探讨如何利用合成生物学优化丝状真菌,以实现生物制造和可持续发展的目标 | 丝状真菌及其在生物制造和可持续发展中的应用潜力 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、遗传工程、突变、实验进化、计算建模 | NA | NA | NA |
897 | 2024-10-27 |
Synthetic Biology Design as a Paradigm Shift toward Manufacturing Affordable Adeno-Associated Virus Gene Therapies
2023-01-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00589
PMID:36627108
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研究论文 | 本文讨论了利用合成生物学设计降低腺相关病毒(AAV)生产成本的最新努力,并提出这些努力可能在使基因治疗更加广泛可及方面发挥重要作用 | 本文提出了利用合成生物学设计降低AAV生产成本的新方法,以解决当前基因治疗高成本的问题 | 本文主要讨论了合成生物学在降低AAV生产成本方面的潜力,但未提供具体的实验数据或实施细节 | 探讨合成生物学在降低腺相关病毒(AAV)生产成本方面的应用,以使基因治疗更加广泛可及 | 腺相关病毒(AAV)作为基因治疗载体 | 合成生物学 | NA | 合成生物学设计 | NA | NA | NA |
898 | 2024-10-26 |
A robust synthetic biology toolkit to advance carboxysome study and redesign
2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.08.617227
PMID:39416180
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研究论文 | 设计并验证了一种名为pXpressome工具包的质粒集,用于在α-羧基体中稳健表达并保持其完整性和功能性 | 开发了一种新的pXpressome工具包,能够更均匀地表达和改善细胞健康,优于先前发表的羧基体表达系统 | NA | 推进羧基体的研究和重新设计 | 羧基体的结构和性能 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
899 | 2024-10-26 |
Biosynthesis of novel non-proteinogenic amino acids β-hydroxyenduracididine and β-methylphenylalanine in Escherichia coli
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1468974
PMID:39444519
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研究论文 | 研究在Escherichia coli中合成新型非蛋白质氨基酸β-羟基enduracididine和β-甲基苯丙氨酸 | 首次在E. coli中通过合成操纵子生产非蛋白质氨基酸β-甲基苯丙氨酸和β-羟基enduracididine,并发现外源添加途径前体可以显著提高β-甲基苯丙氨酸的产量 | NA | 探索在E. coli中合成新型非蛋白质氨基酸,以增强现有生物活性分子的多样性和效果 | 非蛋白质氨基酸β-羟基enduracididine和β-甲基苯丙氨酸 | 合成生物学 | NA | 蛋白质组学和代谢组学分析 | NA | NA | NA |
900 | 2024-10-26 |
Complete sequences of pIJ101-based Streptomyces-Escherichia coli shuttle vectors
2024, Access microbiology
DOI:10.1099/acmi.0.000893.v3
PMID:39445316
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研究论文 | 本文通过下一代测序技术确定了两种常用的基于pIJ101的穿梭载体pEM4和pUWL201的完整序列 | 本文提供了这两种穿梭载体更准确的序列信息,纠正了先前报道的序列长度 | NA | 确定并更新两种常用穿梭载体的完整序列 | pIJ101-based穿梭载体pEM4和pUWL201 | 分子生物学 | NA | 下一代测序 | NA | 序列数据 | 两种穿梭载体pEM4和pUWL201 |