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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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921 | 2024-10-20 |
Revolutionizing Molecular Design for Innovative Therapeutic Applications through Artificial Intelligence
2024-Sep-29, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules29194626
PMID:39407556
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综述 | 本文综述了机器学习、人工智能和分子建模在计算蛋白质工程领域的最新进展及其在创新治疗应用中的革命性作用 | 本文介绍了深度学习、强化学习和迁移学习等技术在蛋白质结构预测、结合亲和力优化和酶设计方面的显著改进,以及这些创新如何简化了蛋白质工程流程 | 本文指出计算预测与实验验证之间的差距以及与AI驱动的蛋白质设计相关的伦理问题是当前面临的挑战 | 本文旨在全面概述计算方法在蛋白质工程中的当前状态和未来方向,强调其在创造下一代生物制剂和推进合成生物学方面的变革潜力 | 本文研究对象为计算蛋白质工程中的机器学习、人工智能和分子建模技术及其在生物技术和医学中的应用 | 机器学习 | NA | 深度学习、强化学习、迁移学习 | NA | 蛋白质结构 | NA |
922 | 2024-10-20 |
Discovery of megapolipeptins by genome mining of a Burkholderiales bacteria collection
2024-Sep-13, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d4sc03594a
PMID:39309087
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研究论文 | 本文通过基因组挖掘技术,从316株根际来源的伯克霍尔德菌属细菌中发现了新型天然产物megapolipeptins | 本文采用基因组学驱动和合成生物学辅助的方法,成功激活了原本沉默的生物合成基因簇,发现了结构独特的新型天然产物megapolipeptins | NA | 发现新型天然产物 | 根际来源的伯克霍尔德菌属细菌 | NA | NA | 基因组挖掘 | NA | 基因组数据 | 316株根际来源的伯克霍尔德菌属细菌 |
923 | 2024-10-20 |
Optogenetic spatial patterning of cooperation in yeast populations
2024-01-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44379-5
PMID:38168087
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研究论文 | 本文利用光遗传学技术控制酵母中的SUC2蔗糖酶生产,从而塑造合作者和欺骗者细胞的空间分布 | 首次使用光遗传学方法控制酵母细胞的合作和竞争行为,并展示了合作者在其领域大小受限时从其产生的己糖中获益最大 | 研究仅限于酵母细胞,尚未应用于其他微生物生态系统 | 探索通过光遗传学方法控制微生物群落中的代谢相互作用,以改进合成生物学应用中的微生物群落工程 | 酵母细胞的合作和竞争行为 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA |
924 | 2024-10-20 |
Enzyme-Assisted High Throughput Sequencing of an Expanded Genetic Alphabet at Single Base Resolution
2023-Dec-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3678081/v1
PMID:38196584
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研究论文 | 本文介绍了一种酶辅助的高通量测序方法,用于在单碱基分辨率下测序扩展遗传字母表 | 提出了一种新的酶辅助测序方法(ESEGA),相比之前的测序方法,具有更高的转录效率和保真度 | NA | 开发一种新的测序工具,用于测序通过人工扩展遗传信息系统(AEGIS)创建的分子 | 通过AEGIS LIVE创建的6-letter DNA分子 | 生物技术 | NA | 酶辅助测序 | NA | DNA序列 | 涉及三种任务的实验,包括6-nucleotide PCR的最佳条件定义、不同DNA聚合酶的保真度评估以及AEGIS组件的功能化评估 |
925 | 2024-10-20 |
The H3.3 K36M oncohistone disrupts the establishment of epigenetic memory through loss of DNA methylation
2023-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.13.562147
PMID:37873347
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研究论文 | 研究H3.3 K36M突变对表观遗传记忆和DNA甲基化的影响 | 提出了一个新的模型,解释H3K36甲基化在将H3K9me3域转化为DNA甲基化以维持稳定的表观遗传记忆中的必要性 | NA | 探讨H3.3K36M突变如何影响基因表达的动态变化 | H3.3 K36M突变对表观遗传记忆和DNA甲基化的影响 | 表观遗传学 | NA | NA | NA | NA | NA |
926 | 2024-10-20 |
Long oligodeoxynucleotides: chemical synthesis, isolation via catching-by-polymerization, verification via sequencing, and gene expression demonstration
2023, Beilstein journal of organic chemistry
IF:2.2Q2
DOI:10.3762/bjoc.19.146
PMID:38170048
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研究论文 | 本文报道了一种直接从头化学合成400个核苷酸的寡脱氧核苷酸(ODN)的方法,并通过捕获-聚合(CBP)方法从复杂的反应混合物中分离这些ODN | 本文提出了一种新的化学合成方法,能够合成包含长重复序列或稳定二级结构的基因和基因组,这是现有技术难以实现的 | NA | 开发一种新的化学合成方法,用于合成包含长重复序列或稳定二级结构的基因和基因组 | 400个核苷酸的寡脱氧核苷酸(ODN)及其在绿色荧光蛋白(GFP)基因表达中的应用 | 合成生物学 | NA | 捕获-聚合(CBP)方法、Sanger测序、Gibson组装 | NA | DNA序列 | 400个核苷酸的ODN、399和401个核苷酸的ODN、800个核苷酸的GFP基因构建体 |
927 | 2024-10-19 |
Enhancers: A Focus on Synthetic Biology and Correlated Gene Expression
2024-Oct-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00244
PMID:39276360
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综述 | 本文综述了增强子在调控后生动物转录中的作用,并探讨了合成生物学在解析增强子功能机制中的应用 | 本文通过合成报告基因系统量化增强子生物学的动态变化,揭示了增强子在基因组环境和与其他增强子组合中的功能机制 | NA | 探讨增强子功能机制及其在基因表达调控中的作用 | 增强子及其在基因组环境中的功能 | 合成生物学 | NA | 合成报告基因 | NA | 基因表达数据 | NA |
928 | 2024-10-19 |
Rational Design of High-Efficiency Synthetic Small Regulatory RNAs and Their Application in Robust Genetic Circuit Performance Through Tight Control of Leaky Gene Expression
2024-Oct-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00323
PMID:39294875
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研究论文 | 研究通过优化合成小调控RNA(sRNA)的设计参数,提高其在基因表达调控中的效率,并应用于遗传电路的鲁棒性控制 | 开发了优化合成sRNA设计参数的策略,有效解决了基因表达泄漏问题,提高了遗传电路的可靠性 | NA | 研究提高合成sRNA效率的理性设计策略,并验证其在遗传电路中的应用 | 合成小调控RNA(sRNA)及其在遗传电路中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
929 | 2024-10-19 |
Modular Cloning Tools for Streptomyces spp. and Application to the De Novo Biosynthesis of Flavokermesic Acid
2024-Oct-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00412
PMID:39307986
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研究论文 | 本文介绍了一种用于链霉菌属的模块化克隆工具,并展示了其在合成黄酮霉素酸生物合成途径中的应用 | 开发了一种模块化系统(MoClo),用于链霉菌属的多组分基因簇的从头组装 | 目前受限于合成生物学工具的相对匮乏 | 开发适用于链霉菌属的合成生物学工具,并验证其在异源表达中的应用 | 链霉菌属的基因簇组装和黄酮霉素酸的生物合成 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆(MoClo) | NA | 基因序列 | 使用了β-葡萄糖苷酸酶(GusA)报告系统进行功能验证 |
930 | 2024-10-19 |
Efficient Simulation of Viral Transduction and Propagation for Biomanufacturing
2024-Oct-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00227
PMID:39315883
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研究论文 | 本文介绍了vitraPro软件工具包,用于模拟病毒转导和传播过程,优化基于转导的生物制造平台和病毒扩增过程 | 提出了一个多尺度模型和高效的数值技术,能够模拟多达两种病毒的感染和传播过程,并考虑了病毒在裂解期或溶原期的状态 | NA | 优化基于病毒转导的生物制造平台和病毒扩增过程 | 病毒转导和传播过程 | 合成生物学 | NA | 多尺度模型 | NA | NA | NA |
931 | 2024-10-19 |
Characterizing and Engineering Rhamnose-Inducible Regulatory Systems for Dynamic Control of Metabolic Pathways in Streptomyces
2024-Oct-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00626
PMID:39377938
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研究论文 | 研究通过生物信息学分析和合成生物学策略,构建了鼠李糖诱导的调控系统,用于动态控制链霉菌中的代谢途径 | 本研究揭示了鼠李糖代谢途径的调控机制,并成功构建了鼠李糖诱导的调控系统,可广泛应用于多种链霉菌属物种 | NA | 开发有效的基因诱导系统,用于合成生物技术应用中的基因表达精细调控 | 链霉菌属物种中的鼠李糖代谢途径及其调控机制 | 合成生物学 | NA | 电泳迁移率变动分析(EMSA) | NA | 序列 | 多个链霉菌属物种 |
932 | 2024-10-19 |
Biosynthesis of Natural and Unnatural Perylenequinones for Drug Development
2024-Oct-16, ChemMedChem
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/cmdc.202400295
PMID:38943237
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综述 | 本文综述了天然和非天然苝醌的生物合成途径及其在药物开发中的应用 | 介绍了通过合成生物学策略进行结构修饰和大规模生物生产天然和非天然苝醌的最新进展 | 缺乏高效且成本效益高的方法来获得这些化合物并引入结构多样性和复杂性 | 促进苝醌类化合物在光动力疗法中的研究和应用 | 天然和非天然苝醌及其衍生物 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
933 | 2024-10-19 |
Transcriptional memory formation: Battles between transcription factors and repressive chromatin
2024-Oct-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.008
PMID:39419001
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研究论文 | 本文探讨了转录因子与抑制性染色质在转录记忆形成中的相互作用 | 揭示了转录因子与抑制性染色质在巩固转录记忆中的关键相互作用 | NA | 研究转录记忆的形成机制 | 转录因子与抑制性染色质的相互作用 | NA | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | NA |
934 | 2024-10-19 |
Templated Pluripotent Stem Cell Differentiation via Substratum-Guided Artificial Signaling
2024-Oct-14, ACS biomaterials science & engineering
IF:5.4Q2
DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00885
PMID:39352143
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研究论文 | 本文介绍了一种结合细胞工程和生物材料设计的平台,用于在多能干细胞中实现人工信号传导 | 该平台利用可编程生物材料,通过正交信号传导激活多能干细胞中的形态发生素生产,从而在空间受限的方式下启动形态发生程序 | NA | 探索驱动多能干细胞分化的分子机制 | 多能干细胞的分化过程 | 合成生物学 | NA | 人工信号传导 | NA | NA | NA |
935 | 2024-10-19 |
Rewiring native post-transcriptional global regulators to achieve designer, multi-layered genetic circuits
2024-Oct-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52976-1
PMID:39384772
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研究论文 | 本文开发了一种通过重构大肠杆菌的碳储存调节(Csr)网络来实现复杂转录后控制的工程方法 | 通过重新设计RNA-蛋白质相互作用,创建了一个包含12个BUFFER门的遗传工具箱,并开发了Csr调节的NOT门和多层逻辑电路 | NA | 开发能够实现多样化调控结果的“拖放”调控工具 | 大肠杆菌的碳储存调节(Csr)网络 | 合成生物学 | NA | RNA-蛋白质相互作用工程 | NA | NA | 涉及三种工业相关细菌 |
936 | 2024-09-30 |
Advances in synthetic biology
2024-Oct, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2024.100197
PMID:39341458
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
937 | 2024-10-19 |
De Novo Synthesis of Error-Free Long Oligos
2024-Oct, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70028
PMID:39422193
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研究论文 | 描述了一种合成长达401个核苷酸的寡核苷酸的方法,并通过聚合捕获法(CBP)分离和克隆测序选择无错误序列 | 提出了通过聚合捕获法(CBP)和克隆测序选择无错误序列的新方法,解决了现有技术无法解决的替换、删除和添加错误问题 | NA | 开发一种合成无错误长寡核苷酸的新方法,适用于蛋白质工程和合成生物学等领域 | 长寡核苷酸的合成、分离和无错误序列的选择 | NA | NA | 聚合捕获法(CBP)、克隆测序 | NA | NA | NA |
938 | 2024-10-19 |
Identification and Characterization of an R-M System in Paracoccus denitrifican DYTN-1 to Improve the Plasmid Conjugation Transfer Efficiency
2024-Sep-28, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2402.02041
PMID:39155392
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研究论文 | 本文研究了Paracoccus denitrifican DYTN-1菌株中的R-M系统,并通过人工改造质粒提高其接合转移效率 | 首次鉴定并表征了DYTN-1菌株中的R-M系统,开发了质粒人工改造方法显著提高了接合转移效率 | NA | 提高DYTN-1菌株的质粒接合转移效率,增强其基因编辑能力 | Paracoccus denitrifican DYTN-1菌株及其R-M系统 | 合成生物学 | NA | 质粒人工改造 | NA | DNA | 1株菌株 |
939 | 2024-10-17 |
An integrated engineering worldview of synthetic biology education through the lens of webinar based pedagogy
2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2024.1431374
PMID:39411056
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研究论文 | 本文探讨了通过基于网络研讨会的教学方法,整合合成生物学教育的工程世界观 | 本文介绍了iGEM非营利组织在2020年COVID疫情期间启动的网络研讨会系列,该系列成功吸引了学生,并提供了全球可访问的教学方法 | NA | 探讨如何通过网络研讨会教学方法,促进合成生物学教育的发展 | 合成生物学教育及其教学方法 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
940 | 2024-10-19 |
LcSAO1, an Unconventional DOXB Clade 2OGD Enzyme from Ligusticum chuanxiong Catalyzes the Biosynthesis of Plant-Derived Natural Medicine Butylphthalide
2023-Dec-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417417
PMID:38139246
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研究论文 | 研究了川芎中一种非传统的DOXB Clade 2OGD酶LcSAO1在植物源天然药物丁苯酞生物合成中的作用 | 发现了LcSAO1酶在丁苯酞生物合成中的关键作用,并通过结构建模和定点突变揭示了其活性位点 | 研究主要集中在酶的鉴定和功能验证,未涉及完整的生物合成途径 | 揭示丁苯酞生物合成途径中的关键酶及其作用机制 | 川芎中的LcSAO1酶及其在丁苯酞生物合成中的作用 | 生物化学 | 中风 | 2-OGD酶分析 | NA | 转录组数据 | 多个川芎组织样本 |