合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-07	Integrating incompatible tandem photobiocatalysis in artificial cells enables metabolic modulation of natural cells 2025-Jul-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu4828 PMID:40614183	研究论文	本文设计了一种光生物催化人工细胞，通过缓解酒精诱导的氧化应激来调节肝细胞代谢	通过纳米细胞器分隔不相容的模块，实现了光催化辅因子再生与生物催化酒精代谢的空间分离，提高了反应效率并保护酶免受氧化损伤	未提及具体的人工细胞在体内应用时的长期稳定性及潜在免疫反应	开发具有实际应用价值的人工细胞系统，用于调节活体细胞代谢	人工细胞与肝细胞的共培养系统	合成生物学	肝病	光催化与酶催化技术	NA	生物化学数据	未明确提及具体样本数量
82	2025-07-07	Diverse lineages and adaptations of oxygen-adapted hydrogenases 2025-Jul, Trends in biochemical sciences IF:11.6Q1 DOI:10.1016/j.tibs.2025.04.006 PMID:40436686	research paper	本文探讨了微生物中适应氧气的镍铁氢化酶的多样性和适应性	揭示了镍铁氢化酶在含氧环境中通过多种独立进化策略抵御氧气抑制的机制	未提及具体实验数据或样本量来支持这些适应性机制的普遍性	研究微生物氢化酶在含氧环境中的适应机制和进化历程	细菌和古菌中的镍铁氢化酶	微生物学	NA	NA	NA	NA	NA
83	2025-07-07	Microbial production of medium-chain-length diols: Current stage and perspectives 2025-Jul-01, Bioresource technology IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.biortech.2025.132932 PMID:40609762	综述	本文综述了中链长度α,ω-二醇（mcl-diols）的微生物生产现状与未来展望	提出了基于脂肪酸生物合成或反向β-氧化途径的通用生物合成路径，并探讨了合成生物学、适应性实验室进化和AI驱动酶设计等未来发展方向	仍面临微生物底盘选择与优化速度慢、限速酶活性不足以及中间体和终产物毒性等问题	开发生物基中链二醇的可持续生产方法以替代化石基工艺	中链长度α,ω-二醇（mcl-diols）	合成生物学	NA	代谢工程策略、高级蛋白质工程技术、过程优化、合成生物学、适应性实验室进化、AI驱动酶设计	NA	NA	NA
84	2025-07-06	Computational Strategies to Enhance Vitamin B12 Biosynthesis Potential of Microbes 2025-Jul-04, Current microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00284-025-04325-8 PMID:40615742	综述	本文综述了利用计算策略增强微生物维生素B12生物合成潜力的各种方法	讨论了CRISPR-Cas9基因组编辑、人工智能驱动的途径优化和多组学数据整合等最新进展	未提及具体实验验证或实际应用效果	提高维生素B12的微生物生物合成效率以满足全球营养和治疗需求	微生物及其代谢途径	合成生物学	NA	代谢工程、合成生物学、比较基因组学、分子对接、CRISPR-Cas9、人工智能	NA	多组学数据	NA
85	2025-07-06	Beyond nature's clock: Accelerating genomic diversity through hypermutation 2025-Jul-02, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108638 PMID:40614910	review	本文系统性地探讨了超突变技术在克服自然突变率不足方面的进展及其在多个领域的应用	比较了不同超突变工具在突变范围、速率和类型等多个维度上的差异，为选择最佳诱变工具提供了指导	总结了该领域仍然存在的挑战，如高通量筛选方法的开发和AI驱动的突变结果预测模型的建立	探讨超突变技术如何弥补自然突变率的不足，以满足生物技术应用的需求	超突变技术及其在合成生物学、进化研究和工业应用中的潜在应用	synthetic biology	NA	hypermutation technologies	AI-driven predictive models	genomic data	NA
86	2025-07-06	Design and construction of light-regulated gene transcription and protein translation systems in yeast P. Pastoris 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.008 PMID:39117107	research paper	该研究设计和构建了在酵母P. Pastoris中光调控的基因转录和蛋白质翻译系统	通过构建光调控的转录和翻译系统，解决了传统诱导启动子在发酵安全性和表达能力上的缺陷，并避免了化学诱导剂带来的复杂性	NA	优化P. pastoris在生物技术和合成生物学中的应用	酵母P. Pastoris	合成生物学	NA	光调控基因转录和蛋白质翻译系统设计	NA	NA	NA
87	2025-07-06	Engineering biology approaches to modulate bacterial biofilms 2025-Jul, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.11.002 PMID:39643528	research paper	探讨利用工程生物学方法控制和改造细菌生物膜以实现新功能	结合合成生物学的最新进展，开发新型生物系统以应对全球性挑战	NA	研究工程生物学在细菌生物膜控制和改造中的应用	细菌生物膜	合成生物学	NA	工程生物学	NA	NA	NA
88	2025-07-06	Iterative deep learning design of human enhancers exploits condensed sequence grammar to achieve cell-type specificity 2025-Jun-04, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101302 PMID:40472848	research paper	该研究应用迭代深度学习设计具有特定细胞类型活性的合成增强子	利用迭代深度学习优化模型，设计出在两种人类细胞系中具有显著差异活性的合成增强子，并通过实验验证和模型再优化提高特异性	研究仅针对两种人类细胞系，可能无法推广到其他细胞类型	解决合成生物学中如何靶向特定细胞类型进行基因表达的问题	人类细胞系中的合成增强子	synthetic biology	NA	deep learning, chromatin accessibility analysis	deep learning model	genomic sequence, chromatin accessibility data	two human cell lines
89	2025-07-06	Minimal shuttle vectors for Saccharomyces cerevisiae 2025, Synthetic biology (Oxford, England) DOI:10.1093/synbio/ysaf010 PMID:40612073	研究论文	本文描述了一组用于酿酒酵母的最小整合或着丝粒穿梭载体的设计和验证	这些载体是目前已知最小的酵母穿梭载体，大小在2.6至3.5 kb之间，移除了质粒中常见的限制性酶切位点，释放了约30个切割位点	NA	解决合成生物学中复杂遗传工程任务因缺乏合适载体骨架而受阻的问题	酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）	合成生物学	NA	基因合成	NA	NA	六种最小穿梭载体（pLS400, pLS410, pLS403, pLS413, pLS404, pLS414, pLS405, pLS415, pLS406, pLS416, pLS408, pLS418）
90	2025-07-05	Optimizing Plant Alkaloid Biosynthesis under Drought Stress: Regulatory Mechanisms and Biotechnological Strategies 2025-Aug, Journal of plant physiology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.jplph.2025.154545 PMID:40523330	综述	本文综述了干旱胁迫下植物生物碱生物合成的调控机制及生物技术优化策略	探讨了干旱胁迫通过ABA信号和ROS反应调控生物碱合成的机制，并提出了结合遗传工程、合成生物学和AI的优化策略	需平衡植物生长与代谢产物生产，且实验室策略的田间适用性有待验证	优化干旱胁迫下植物生物碱的生物合成，提升作物抗逆性和生物碱产量	植物生物碱及其生物合成途径	植物生物学与生物技术	NA	遗传工程、合成生物学、AI	NA	NA	NA
91	2025-07-05	Polymer sailing on rafts within lipid membranes 2025-Jul-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2503203122 PMID:40608678	研究论文	研究线性聚合物在二元脂质膜上的动力学，通过流体动力学模拟和单分子追踪实验揭示了聚合物与脂质筏的相互作用	发现纳米尺寸聚合物优先吸附于膜上形成脂质筏的组分，诱导并稳定单个脂质筏，进而对聚合物施加动态限制，导致其呈现膨胀但受限的二维构象和Saffman-Delbrück型扩散性	研究主要基于模拟和实验，可能未完全涵盖真实生物膜中所有复杂的相互作用	阐明细胞膜上大分子吸附动力学及其在生物技术中的应用	线性聚合物和二元脂质膜	生物物理学	NA	流体动力学模拟和单分子追踪实验	Zimm模型和Saffman-Delbrück模型	模拟数据和实验数据	NA
92	2025-07-05	Flippase-Mediated Hybrid Vesicle Division 2025-Jul-04, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202504519 PMID:40613217	研究论文	本文展示了在聚合物脂质混合囊泡中重组活性Drs2p-Cdc50p脂质翻转酶，以实现囊泡分裂	通过重组Drs2p-Cdc50p脂质翻转酶在混合囊泡中实现跨膜不对称性，进而引发囊泡收缩和分裂，模拟细胞分裂过程	研究仅针对特定组成的混合囊泡系统，未验证在其他系统中的适用性	开发能够实现蛋白质介导分裂的合成系统，推动自下而上的合成生物学发展	由磷脂和两亲性嵌段共聚物组成的聚合物脂质混合囊泡	合成生物学	NA	脂质翻转酶重组技术	NA	实验数据	使用特定组成的混合囊泡系统（含1或2.5 mol%两亲性嵌段共聚物）
93	2025-07-05	Engineered Bacteriophages: Advances in Phage Genome Redesign Strategies for Therapeutic and Environmental Applications 2025-Jul-02, Protein and peptide letters IF:1.0Q4 DOI:10.2174/0109298665372719250616085616 PMID:40611420	综述	本文综述了噬菌体基因重组策略在治疗和环境应用中的最新进展	探讨了多种噬菌体工程技术，包括CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、随机和定点诱变、retrons和重启方法，展示了定制功能噬菌体的潜力	讨论了当前工程方法的局限性，如噬菌体抗性、免疫反应等	探索噬菌体基因重组策略在治疗和环境应用中的潜力	噬菌体及其基因重组技术	合成生物学	NA	CRISPR-Cas系统、噬菌体展示、随机和定点诱变、retrons和重启方法	NA	NA	NA
94	2025-07-05	Development of Dipeptide-Based Liquid Droplets and Fibrils as Enzyme-Mimics 2025-Jul, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202503916 PMID:40411841	研究论文	本文开发了一种基于二肽的液滴和纤维作为酶模拟物	提出了一种简单的二肽，能够自组装成微米级液滴，并作为微反应器用于疏水反应物，同时在不同pH下形成纤维状结构作为酯酶模拟物	NA	开发最小化的超分子催化剂设计策略，应用于酶学和合成生物学	二肽自组装形成的液滴和纤维	合成生物学	NA	液相分离(LLPS)	NA	NA	NA
95	2025-07-05	Merging the computational design of chimeric type I polyketide synthases with enzymatic pathways for chemical biosynthesis 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61160-y PMID:40593699	研究论文	本文介绍了BioPKS管道，一种自动化的逆生物合成工具，结合多功能I型聚酮合酶（PKSs）和单功能酶，用于化学生物合成	开发了BioPKS管道，结合RetroTide和DORAnet工具，自动设计I型聚酮合酶与单功能酶的合成路径，扩展了化学生物合成的可能性	未提及具体局限性	通过合成生物学方法更可持续地生产化学品	I型聚酮合酶（PKSs）和单功能酶	合成生物学	NA	逆生物合成工具（RetroTide和DORAnet）	NA	化学结构数据	155种生物制造候选化合物
96	2025-07-05	Abstraction hierarchy to define biofoundry workflows and operations for interoperable synthetic biology research and applications 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61263-6 PMID:40593727	研究论文	提出一个抽象层次结构，用于定义生物铸造厂的工作流程和操作，以促进合成生物学研究的互操作性	提出一个四层互操作性抽象层次结构，优化设计-构建-测试-学习（DBTL）循环，提高实验工作流程的模块化、灵活性和自动化	NA	提高合成生物学研究的标准化和互操作性	生物铸造厂的工作流程和操作	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
97	2025-07-05	Transient infrared nanoscopy resolves the millisecond photoswitching dynamics of single lipid vesicles in water 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61341-9 PMID:40593745	research paper	该研究开发了一种非破坏性、无标记的中红外成像和光谱技术，用于研究单个光开关脂质体的动态变化	利用散射型扫描近场光学显微镜（s-SNOM）实现了高时空分辨率的中红外成像和光谱分析，能够以30毫秒的采样时间跟踪动态变化	该方法可能仅限于特定类型的光开关纳米载体研究，且未涉及体内应用验证	推进光药理学、药物递送、纳米诊疗和合成生物学领域的研究	光开关脂质体（azobenzene-based photoswitchable lipids）	纳米技术	NA	散射型扫描近场光学显微镜（s-SNOM）	NA	图像和光谱数据	单个光开关脂质体
98	2025-07-05	Comprehensive datasets for RNA design, machine learning, and beyond 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07041-2 PMID:40594473	研究论文	本文创建了一个全面的RNA设计数据集，用于机器学习和RNA建模算法的基准测试	提供了一个包含超过32万实验验证实例的标准化基准数据集，用于RNA设计和建模算法的开发和评估	数据集虽然全面，但可能无法覆盖所有RNA结构和序列的多样性	解决RNA二级结构预测和序列设计中的挑战，推动计算生物学在医学、合成生物学和生物技术中的应用	RNA分子及其二级结构和序列	计算生物学	NA	机器学习	NA	RNA序列和结构数据	超过32万实验验证实例
99	2025-07-05	Divergent multifunctional P450s-empowered biosynthesis of bioactive tripterifordin and cryptic atiserenoids in Aconitum implies convergent evolution 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61188-0 PMID:40595667	research paper	该研究通过挖掘乌头属植物的转录组数据，发现并验证了多种萜类合成酶和细胞色素P450单加氧酶的功能，揭示了它们在二萜类化合物结构多样化和生物活性形成中的关键作用	发现了9种能够提供ent-kaurene、ent-atiserene或16α-hydroxy-ent-kaurene骨架的TPSs和14种具有多功能的P450s，其中8种P450s能够在骨架的七个不同位点催化氧化反应	研究主要集中在乌头属植物中的二萜类化合物，可能不适用于其他植物或化合物类型	探索细胞色素P450单加氧酶如何驱动二萜类化合物的结构和功能多样化	乌头属植物（Aconitum carmichaelii和Aconitum coreanum）中的二萜类化合物	合成生物学	NA	转录组挖掘、功能验证、蛋白质分析和突变实验	NA	转录组数据、蛋白质数据	两种乌头属植物（Aconitum carmichaelii和Aconitum coreanum）
100	2025-07-05	Genetic characteristics of novel extreme alkaline-inducible promoter located in five prime upstream region of peptidyl-prolyl cis/trans isomerase from Vibrio anguillarum 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98559-y PMID:40596401	研究论文	本研究鉴定并表征了Vibrio anguillarum NB10的启动子区域，该区域在极端碱性条件下增强FK506结合蛋白型肽酰-脯氨酰顺反异构酶的表达	发现了一种新型极端碱性诱导启动子，可用于生物技术应用，如pH响应基因表达系统的开发	研究仅在大肠杆菌中测试了启动子活性，未在其他宿主系统中验证	研究Vibrio anguillarum NB10在极端碱性条件下基因表达的调控机制	Vibrio anguillarum NB10的启动子区域及其调控的FklB基因	合成生物学	NA	蛋白质组学分析，β-半乳糖苷酶报告基因检测	NA	基因表达数据	NA