合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2024-09-26	Overexpression of RuBisCO form I and II genes in Rhodopseudomonas palustris TIE-1 augments polyhydroxyalkanoate production heterotrophically and autotrophically 2024-09-18, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.01438-24 PMID:39162566	研究论文	本研究通过在Rhodopseudomonas palustris TIE-1中过表达RuBisCO I型和II型基因，增强了聚羟基脂肪酸酯（PHA）的异养和自养生产	开发了一种噬菌体整合系统，成功将RuBisCO I型和II型基因整合到TIE-1基因组中，显著提高了PHA产量	NA	通过基因工程手段提高微生物生产生物塑料的能力	Rhodopseudomonas palustris TIE-1及其PHA生产能力	合成生物学	NA	基因编辑	NA	基因组数据	多种代谢突变体和过表达菌株
1102	2024-09-26	Harnessing the endogenous Type I-C CRISPR-Cas system for genome editing in Bifidobacterium breve 2024-03-20, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.02074-23 PMID:38319094	研究论文	本文研究了利用内源性I-C型CRISPR-Cas系统在双歧杆菌中进行基因编辑的可行性	首次利用内源性I-C型CRISPR-Cas系统在双歧杆菌中实现了基因删除、单碱基替换、基因插入和连续基因编辑	研究仅限于特定的双歧杆菌菌株，未涵盖所有双歧杆菌种类	开发新的基因编辑工具，以促进双歧杆菌的功能基因组编辑和分析	双歧杆菌中的I-C型CRISPR-Cas系统及其在基因编辑中的应用	基因编辑	NA	CRISPR-Cas系统	NA	基因序列	五种双歧杆菌菌株
1103	2024-09-26	Measuring differential fitness costs and interactions between genetic cassettes using fluorescent spectrophotometry 2024-02-21, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.01419-23 PMID:38299817	研究论文	本文介绍了一种利用荧光分光光度法设计、执行和分析微生物竞争实验数据的方法	本文提出了一种新的方法来测量不同合成基因盒之间的差异适应性成本和相互作用，通过荧光报告基因标记不同的竞争菌株并使用荧光分光光度计解析个体生长曲线	本文提到了在荧光和密度校准以及荧光蛋白成熟速率不同方面的挑战	本文旨在开发一种方法来测量合成基因盒之间的差异适应性成本和相互作用	本文研究的对象是不同合成基因盒在微生物竞争实验中的表现	合成生物学	NA	荧光分光光度法	NA	荧光数据	10种不同的质粒和3种基因组整合的荧光标记的菌株
1104	2024-09-26	Rational design of small-molecule responsive protein switches 2023-10, Protein science : a publication of the Protein Society IF:4.5Q1 DOI:10.1002/pro.4774 PMID:37656809	研究论文	本文讨论了小分子响应性蛋白质开关的合理设计及其在控制细胞过程中的应用	本文介绍了计算蛋白质设计领域的最新进展，这些进展促进了小分子诱导剂范围的扩大和开关机制的复杂化	NA	探讨技术进步如何影响化学开关的开发	小分子响应性蛋白质开关	生物技术	NA	计算蛋白质设计	NA	NA	NA
1105	2024-09-26	Noise properties of adaptation-conferring biochemical control modules 2023-09-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2302016120 PMID:37695915	研究论文	本文研究了反向积分反馈（AIF）生物化学控制模块的噪声特性	本文展示了在理想化极限下，即使微小的偏离完美适应也能实现有效的噪声抑制，并提出了一种在理想化极限下也能显著抑制噪声的AIF控制模块变体	本文主要关注理想化极限下的AIF模块，未涉及实际生物系统中的复杂性	探讨合成生物学中功能性生物化学模块的噪声特性及其对适应性的影响	反向积分反馈（AIF）生物化学控制模块及其变体	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
1106	2024-09-26	Plant Promoters and Terminators for High-Precision Bioengineering 2023, Biodesign research DOI:10.34133/bdr.0013 PMID:37849460	综述	本文综述了植物核心启动子、近端和远端启动子以及终止子的功能和特征，以及它们对基因表达调控的影响和基准测试策略	NA	NA	探讨高精度生物工程和合成生物学中基因表达的精细调控	植物启动子和终止子	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
1107	2024-09-25	Toward Increasing the Credibility of RNA Design 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_9 PMID:39312141	研究论文	本文提出了一种扩展的RNA设计协议，包括序列评估和使用3D结构进行分析，以提高RNA设计的准确性	本文的创新点在于引入3D结构预测和分析步骤，以提高RNA设计的准确性	NA	提高RNA设计的可信度和准确性	RNA序列及其二级和三级结构	生物信息学	NA	RNA设计算法	NA	RNA序列	NA
1108	2024-09-25	Accurately predicting enzyme functions through geometric graph learning on ESMFold-predicted structures 2024-Sep-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52533-w PMID:39294165	研究论文	提出了一种基于几何图学习的酶功能预测模型GraphEC，利用ESMFold预测的结构和预训练的蛋白质语言模型	首次将几何图学习应用于酶功能预测，并结合了酶活性位点和结构特征	NA	开发一种更准确的酶功能预测方法	酶的活性位点、EC编号和最适pH值	机器学习	NA	几何图学习	GraphEC	蛋白质结构	NA
1109	2024-09-25	Blue valorization of lignin-derived monomers via reprogramming marine bacterium Roseovarius nubinhibens 2024-07-24, Applied and environmental microbiology IF:3.9Q2 DOI:10.1128/aem.00890-24 PMID:38940564	研究论文	研究通过重新编程海洋细菌Roseovarius nubinhibens，将木质素衍生的芳香碳转化为高附加值化学品	首次在海洋细菌中应用基于CRISPR的调控系统，实现了对目标基因的精确高效抑制	NA	探索利用海洋细菌进行木质素生物转化，实现碳和水的双重节约	木质素衍生的单体4-羟基苯甲酸和海洋细菌Roseovarius nubinhibens	生物技术	NA	CRISPR干扰系统	CRISPRi	NA	NA
1110	2024-09-25	[Research progress in systemic lupus erythematosus from 2021 to 2022] 2023-Aug-15, Zhongguo dang dai er ke za zhi = Chinese journal of contemporary pediatrics DOI:10.7499/j.issn.1008-8830.2302150 PMID:37668024	综述	总结了2021年至2022年系统性红斑狼疮（SLE）的最新研究数据和成果	新技术的出现，如合成生物学、基因组学和蛋白质组学，促进了SLE发病机制和生物标志物的深入研究	NA	总结和概述过去两年SLE相关研究	系统性红斑狼疮（SLE）	NA	自身免疫性疾病	合成生物学、基因组学、蛋白质组学	NA	NA	NA
1111	2024-09-25	Phage-Inducible Chromosomal Islands as a Diagnostic Platform to Capture and Detect Bacterial Pathogens 2023-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202301643 PMID:37358000	研究论文	本文开发了一种基于噬菌体诱导染色体岛（PICI）转导的诊断系统，用于选择性富集和检测细菌病原体	该系统能够通过PICI表达的报告基因实现对活体病原体的可视化检测，与传统的核酸分子检测方法相比，具有更高的特异性和敏感性	NA	开发一种新的诊断平台，用于捕获和检测细菌病原体	大肠杆菌和金黄色葡萄球菌	生物技术	NA	噬菌体诱导染色体岛（PICI）转导	NA	NA	NA
1112	2024-09-25	Biosynthesis and synthetic biology of psychoactive natural products 2021-Jun-21, Chemical Society reviews IF:40.4Q1 DOI:10.1039/d1cs00065a PMID:33908526	综述	本文综述了四类精神活性天然产物（致幻剂、兴奋剂、大麻素和阿片类药物）的生物合成途径及其在合成生物学和代谢工程中的应用	本文介绍了基因组数据和分子生物学工具在识别编码生物合成步骤的蛋白质基因方面的应用，并强调了生物合成酶在合成生物学和化学酶合成方法中的潜力	NA	探讨精神活性天然产物的生物合成途径及其在合成生物学中的应用	四类精神活性天然产物（致幻剂、兴奋剂、大麻素和阿片类药物）及其生物合成途径	合成生物学	NA	基因组学	NA	基因数据	NA
1113	2024-09-25	Protein engineering for natural product biosynthesis and synthetic biology applications 2021-02-15, Protein engineering, design & selection : PEDS DOI:10.1093/protein/gzab015 PMID:34137436	研究论文	本文综述了蛋白质工程在天然产物生物合成和合成生物学应用中的最新进展	利用计算工具如机器学习和分子动力学模拟进行理性突变，以及半理性、定向进化和微环境工程策略优化催化	NA	重新设计和优化天然产物生物合成	蛋白质结构和功能	合成生物学	NA	机器学习、分子动力学模拟	NA	NA	NA
1114	2024-09-24	A Computational Approach for Designing Synthetic Riboswitches for Next-Generation RNA Therapeutics 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_13 PMID:39312145	研究论文	本文介绍了一种用于设计下一代RNA治疗药物的合成核开关的计算方法	本文提出了利用计算技术设计合成核开关，以实现精确的基因工程控制和靶向药物递送	NA	探索计算技术在设计合成核开关中的应用，以推动RNA治疗药物的发展	合成核开关的设计及其在RNA治疗中的应用	合成生物学	NA	计算技术	NA	NA	NA
1115	2024-09-24	SHAPE Probing to Screen Computationally Designed RNA 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4079-1_12 PMID:39312144	研究论文	本文提出了一种实验和分析工作流程，用于快速筛选大量设计的RNA序列	开发了shapemap tools软件套件，用于定制化分析SHAPE-MaP技术产生的大量RNA结构数据	NA	开发高效的RNA设计流程，支持合成生物学和基于RNA疗法的未来发展	设计的RNA序列及其结构特性	合成生物学	NA	SHAPE-MaP	NA	RNA序列	数千个RNA序列
1116	2024-09-24	[Biological and chemical synthesis of high-value active ingredients in traditional Chinese medicine] 2024-Aug, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240517.102 PMID:39307733	综述	本文综述了中药中高价值活性成分的生物和化学合成研究进展	提出了结合生物和化学合成的研究范式，包括化学酶介导的结构修饰、生物合成半合成生产以及仿生合成	未提及具体实验数据或结果，仅综述了现有研究进展	探讨中药中高价值活性成分的合成策略	中药中的高价值活性成分，如青蒿素、紫杉醇、长春碱和长春新碱	NA	NA	生物合成、化学合成	NA	NA	NA
1117	2024-09-23	A frugal CRISPR kit for equitable and accessible education in gene editing and synthetic biology 2024-Aug-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50767-2 PMID:39095367	研究论文	开发了一种名为CRISPRkit的经济实惠工具包，用于高中基因编辑和合成生物学教育	CRISPRkit消除了对专业设备的需求，优先考虑生物安全，并使用成本效益高的试剂，提供了一种廉价且用户友好的CRISPR实验方法	NA	促进生命科学、生物工程和合成生物学领域的公平和可及教育	高中生在课堂环境中进行基因编辑和调控实验	合成生物学	NA	CRISPR	NA	NA	NA
1118	2024-09-23	Phenotypically complex living materials containing engineered cyanobacteria 2023-08-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40265-2 PMID:37550278	研究论文	本研究利用3D打印技术制造了一种含有工程蓝细菌的生物复合材料，该材料能够对外部化学刺激产生多种功能响应	首次展示了通过3D打印技术制造的蓝细菌生物复合材料，能够进行环境生物修复并具有可编程的功能输出	研究仅限于实验室规模，尚未在实际环境应用中验证其效果	开发能够感知和响应环境的工程生物材料	工程蓝细菌及其在生物复合材料中的应用	合成生物学	NA	3D打印	NA	生物材料	使用了Synechococcus elongatus PCC 7942菌株及其工程变种
1119	2024-09-23	Engineering tRNA abundances for synthetic cellular systems 2023-07-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40199-9 PMID:37524714	研究论文	本文使用胶体动力学模拟器预测tRNA丰度对蛋白质合成速率的影响，并通过理性设计和直接RNA合成制造了21种合成tRNA替代品，利用计算机辅助设计框架中的进化算法来设计翻译系统，以实现更快的蛋白质合成速率	本文首次使用物理学工具预测全细胞合成生物学中所需的分子丰度，并通过实验验证了预测结果	本文仅在实验室条件下验证了预测结果，尚未在大规模合成细胞系统中进行验证	开发物理学工具来预测合成细胞系统中所需的分子丰度，并验证其有效性	tRNA丰度对蛋白质合成速率的影响	合成生物学	NA	胶体动力学模拟	进化算法	tRNA	21种合成tRNA替代品
1120	2024-09-23	Enhancing 1,3-Propanediol Productivity in the Non-Model Chassis Clostridium beijerinckii through Genetic Manipulation 2023-Jul-22, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms11071855 PMID:37513028	研究论文	通过基因操作提高非模式底盘菌株Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量	通过基因过表达策略提高了Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量，并扩展了该菌株的遗传工具	Clostridium beijerinckii的遗传工具有限、生长速度慢且对氧气敏感	研究通过基因操作提高Clostridium beijerinckii中1,3-丙二醇的产量	Clostridium beijerinckii菌株及其代谢途径	生物技术	NA	基因过表达	NA	NA	NA