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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2026-05-31 |
The convergence of AI-driven engineering biology and emerging technologies advancing globally networked autonomous biofoundries
2026-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2026.103503
PMID:42068969
|
综述 | 本文概述了人工智能驱动工程生物学与新兴技术的融合,推动全球网络化自主生物工厂的发展 | 提出AI驱动的全自主生物工厂概念,整合计算设计、自动化制造和数据驱动学习,实现自我改进的设计-构建-测试-学习循环 | NA | 综述塑造AI驱动合成生物学的技术,强调其与自动化、数字化和小型化的融合趋势 | AI驱动的合成生物学技术,包括全细胞建模、数字孪生及自动化生物工厂 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1102 | 2026-05-31 |
Systems-level regulation principles for microbial lignin valorization
2026-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2026.103479
PMID:41875688
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综述 | 系统总结微生物木质素增值的调控原理,涵盖代谢调控、转录因子调控和动态生物传感器调控 | 首次从系统层面整合代谢调控、转录因子工程和动态传感器调控,提出提升木质素生物转化效率的集成框架 | 未涉及具体实验验证,且对工业规模化应用的挑战分析有限 | 阐述微生物木质素增值的系统级调控原理 | 微生物细胞工厂及木质素衍生的芳香族化合物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术、环境 |
| 1103 | 2026-05-31 |
The TfoX revolution: a review of genetic engineering in Vibrio natriegens
2026-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2026.103506
PMID:42119170
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综述 | 本文综述了Vibrio natriegens的基因工程工具发展,特别是TfoX介导的自然转化能力如何推动其成为合成生物学底盘 | 系统梳理了TfoX介导的遗传能力机制如何突破V. natriegens的基因改造瓶颈,将其转变为可编程底盘 | 仍面临基因组编辑效率和规模化应用的挑战 | 概述V. natriegens基因工程方法的演进及应用潜力 | V. natriegens菌株及其TfoX调控机制 | 合成生物学 | NA | TfoX介导的自然转化 | NA | NA | NA | NA | Vibrio natriegens | NA | 合成生物学 |
| 1104 | 2026-05-31 |
Self-driving medicine: closed-loop therapeutics for autonomous disease control
2026-May-28, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2026.05.003
PMID:42209322
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综述 | 综述了由合成生物学驱动的闭环基因电路在自主疾病控制中的应用,迈向自动驾驶医疗 | 将治疗剂量定义为对生理状态的连续计算响应而非固定方案,通过反馈控制实现自稳态维持 | NA | 探讨闭环基因电路在自主疾病控制中的原理与实现路径 | 模块化传感器、处理器和效应器组成的反馈控制疗法 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 闭环基因电路(包含传感器、处理器和效应器) | 医学 |
| 1105 | 2026-05-31 |
Understanding and computational design of genetic circuits of metabolic networks
2024-04-30, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20230045
PMID:38662439
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综述 | 综述了一种通过计算设计代谢网络遗传电路的方法,以优化蛋白质投资下的代谢通量 | 提出了一种基于最大化每单位投资蛋白质通量的方法来推断和设计遗传电路,并用于解释大肠杆菌的天然调控策略 | 仅以大肠杆菌为模型系统进行验证,未涉及真核生物或更复杂的代谢网络 | 理解并计算设计代谢网络的遗传电路,以实现动态条件下的最优代谢适应度 | 大肠杆菌的核糖体表达调控和氨基酸生物合成酶的基因表达控制电路 | 合成生物学 | NA | 计算建模 | 通量优化模型 | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌 | 代谢通量调控电路 | 工业生物技术 |
| 1106 | 2026-05-31 |
A robust yeast chassis: comprehensive characterization of a fast-growing Saccharomyces cerevisiae
2024-02-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03196-23
PMID:38214535
|
研究论文 | 全面表征了一种快速生长的酵母新菌株XP,并为其遗传操作开发了工具箱 | 发现了一种生长速度快于常用研究和工业菌株的酵母新分离株XP,并在基因组、转录组和代谢组层面解析了其快速生长的机制,开发了包括基因插入、删除和倍性转换在内的遗传操作工具箱 | 未明确提及菌株XP在长期工业应用中的稳定性及潜在风险 | 开发快速生长的酵母底盘以促进合成生物学和生物技术应用 | 酵母新分离株XP及其与常用菌株的比较 | 机器学习 | NA | 基因组测序, 转录组测序, 代谢组分析, 基因编辑 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母(Saccharomyces cerevisiae) | L-乳酸生产途径 | 工业生物技术, 材料 |
| 1107 | 2026-05-31 |
Genomic imprints of unparalleled growth
2024-02, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.19444
PMID:38072860
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研究论文 | 比较了快速生长的沙漠微藻Chlorella ohadii与其他绿藻的基因组,揭示其无与伦比生长速率和抗逆性的基因组印记 | 首次对最快生长藻类C. ohadii进行基因组比较分析,发现其核糖体基因数量多、内含子丰富、密码子偏好性强及特有基因与代谢灵活性和抗光损伤相关 | 未明确讨论基因组特征与生长速率的直接因果关系,且研究仅限于两种绿藻比较 | 探究C. ohadii快速生长和抗逆性的基因组基础及其进化意义 | C. ohadii及其近缘种C. sorokiniana UTEX 1663的基因组 | 基因组学 | NA | 基因组比较分析 | NA | 基因组序列数据 | 两种绿藻基因组 | NA | Chlorella ohadii, Chlorella sorokiniana | NA | 合成生物学, 生物技术 |
| 1108 | 2026-05-30 |
Current Progress and Future Outlook for Synthetic Gene Circuits in Cardiovascular Therapy
2026-May-21, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16050754
PMID:42194102
|
综述 | 该综述总结了合成基因回路在心血管治疗中的当前进展,并展望了未来发展方向 | 首次系统性地从直接心脏应用、间接靶向心血管疾病和未来潜在应用三个维度梳理合成基因回路,并提出改进的设计-构建-测试-学习框架以促进临床转化 | NA | 探讨合成基因回路在心血管治疗中的现状与未来前景 | 合成基因回路及其在心血管治疗中的应用 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 甲基化测序 | CNN, LSTM, GAN | 图像, 文本, 视频 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌, 酿酒酵母, 枯草芽孢杆菌, 哺乳动物细胞, 植物 | 诱导开关, 分类器系统, 代谢通路 | 医学, 农业, 环境, 能源, 材料, 食品, 工业生物技术 |
| 1109 | 2026-05-30 |
Bioengineered Silver Nanoparticles: Next-Generation Biogenic Synthesis Strategies for Precision Biomedical Applications
2026-May-20, Bioengineering (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/bioengineering13050587
PMID:42194344
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综述 | 本文综述了利用生物工程策略合成银纳米颗粒的新一代方法及其在精准生物医学中的应用 | 不同于传统综述聚焦绿色合成方法,本文重点突出了新兴的生物工程范式,如代谢工程、合成生物学、微流控辅助合成和人工智能引导工艺优化,实现了可编程、可规模化及精密可控的生物源银纳米颗粒制备 | 纳米-生物相互作用、毒理学安全性、监管合规性和转化可扩展性方面仍存在关键挑战,且银纳米颗粒与杂原子掺杂碳纳米点组成的生物源复合材料需要深入研究 | 探讨下一代生物合成银纳米颗粒的范式与策略,阐明其形成的分子机制,突出新兴功能化与生物医学应用范式,并讨论当前转化障碍 | 银纳米颗粒及其生物工程合成策略 | 机器学习 | 癌症 | 生物合成 | NA | NA | NA | 代谢工程,合成生物学 | 植物,微生物,真菌,藻类 | NA | 医学 |
| 1110 | 2026-05-30 |
Classical Phytohormones and Peptide Plant Hormones in Abiotic Stress Tolerance: Crosstalk, Physiological Integration, and Crop Improvement
2026-May-18, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15101538
PMID:42197671
|
综述 | 本文综述了经典植物激素与肽类植物激素在非生物胁迫耐受中的相互作用、生理整合及作物改良应用 | 首次综合阐述了植物褪黑素作为整合枢纽在经典激素与肽激素网络中的双重作用(直接抗氧化和双向调控经典激素信号) | 存在网络复杂性、激素响应的上下文依赖性、实验室到田间应用的转化差距,以及多胁迫条件下肽激素作用机制理解不完整等问题 | 探讨植物激素信号网络在非生物胁迫适应中的作用,并提出利用这些网络改良作物的策略 | 植物激素信号通路及其在非生物胁迫响应中的整合网络 | 植物生物学 | NA | 转录组学,蛋白质组学,磷酸化蛋白质组学,代谢组学,系统生物学,CRISPR基因编辑 | NA | 组学数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | 激素信号调控网络(包括褪黑素抗氧化级联、CEP通路等) | 农业 |
| 1111 | 2026-05-30 |
The NRT1.1-NLP7 Nexus: An Integrative Signaling Nexus from Nitrate Sensing to Systemic Adaptation and Structure-Guided Engineering
2026-May-18, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15101539
PMID:42197673
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综述 | 该文章综述了植物中硝酸盐感知与系统性适应中的NRT1.1-NLP7整合信号中枢,并提出了结构引导的工程改造框架 | 揭示了NRT1.1和NLP7形成整合信号中枢的新机制,并提出了三层次理性设计框架,将作物改良从经验选择转向结构引导设计 | 该研究为综述性质,未提供实验验证数据,缺乏对跨物种保守性差异的定量分析 | 探讨硝酸盐感知与核内转录反应之间的耦合机制,并提出利用结构生物学和合成生物学设计提高氮利用效率的作物工程策略 | 植物中的NRT1.1和NLP7蛋白及其相互作用网络 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物 | 氮响应回路改造 | 农业 |
| 1112 | 2026-05-30 |
Biotic Stress Resistance in Sweet Potato: Mechanisms, Perspectives, and Sustainable Production Strategies
2026-May-15, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15101504
PMID:42197638
|
综述 | 本文综述了甘薯生物胁迫抗性的机制、挑战及可持续生产策略,重点分析了真菌、病毒、线虫、害虫和细菌等胁迫的防御机制及分子调控网络 | 首次从多维度系统剖析甘薯防御机制,并提出了结合人工智能、基因编辑、新型组学和合成生物学等新兴技术的十年品种改良路线图 | 未提供具体的实验验证数据,且对多种胁迫交叉作用的分子机制仍缺乏深入解析 | 总结过去两年甘薯生物胁迫抗性研究的最新进展,提出可持续生产策略和品种改良路线 | 甘薯(Ipomoea batatas)及其生物胁迫因子(真菌、病毒、线虫、害虫、细菌) | 数字病理学 | 植物病害 | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 甘薯(Ipomoea batatas) | NA | 农业 |
| 1113 | 2026-05-30 |
Advances in Functional Genomics and Biotechnology for Enhancing Therapeutic Potential of Medicinal Plants
2026-May-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27104245
PMID:42196225
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综述 | 综述了功能基因组学和植物生物技术在提升药用植物治疗潜力方面的最新进展 | 提出了一个整合框架,将功能基因组发现与途径工程、合成生物学、人工智能辅助预测及可扩展生产系统相关联 | 对基因组发现如何与途径工程、规模化生产系统和医疗应用相联系的综合理解仍不充分,限制了分子见解向可持续生产转化的有效性 | 提供药用植物研究中前沿方法的全面概述,重点关注通过功能基因组学和生物技术优化关键生物活性化合物的生产 | 药用植物中的关键生物活性化合物,包括青蒿素、大麻素、人参皂苷和紫杉醇 | 机器学习 | NA | RNA-seq, CRISPR/Cas9 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学, 代谢工程 | 植物 | 代谢途径, 合成途径设计 | 医学, 农业, 工业生物技术 |
| 1114 | 2026-05-30 |
Rethinking Microbial Chemical Ecology: Secondary Metabolites as Concentration-Dependent Signaling Hubs with Implications for Anti-Virulence Intervention
2026-May-09, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14051074
PMID:42197459
|
综述 | 提出将微生物次级代谢产物视为浓度依赖性信号中枢的综合信号网络框架,并探讨其对抗毒力干预的启示 | 突破传统线性信号模型,将次级代谢产物重新定义为连接微生物集体行为与环境适应的关键节点,并引入空间组学和合成生物学工具 | 未给出具体实验验证,主要基于理论框架和已有研究的整合分析 | 重新认识微生物化学生态学,建立动态信号网络视角以指导抗毒力干预和应用 | 微生物次级代谢产物及其在群体感应中的双重功能 | 微生物组学 | 抗生素耐药性 | 空间组学, 合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 微生物 | 信号网络解耦 | 工业生物技术, 环境生物修复, 医学 |
| 1115 | 2026-05-30 |
Engineering and Biological Mechanisms of Microalgal CO2 Fixation: A Review from Molecular Regulation to System Optimization
2026-Apr-29, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14050999
PMID:42197385
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综述 | 综述了微藻CO₂固定的工程与生物机制,涵盖从分子调控到系统优化的多尺度整合 | 全面整合了多尺度视角,从气液传质、CO₂同化途径、关键酶系统到代谢调控和工程策略,并提出了合成生物学、人工智能与系统工程融合的未来路线图 | 未提供定量比较或实验验证,仅基于文献总结,可能缺乏具体数据支持 | 为开发高效、智能和可持续的微藻CO₂固定系统提供理论框架和前瞻视角 | 微藻的CO₂固定机制,包括碳浓缩机制、Rubisco和碳酸酐酶系统等 | 机器学习 | NA | 代谢通量分析、系统建模 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微藻 | CO₂固定途径、碳浓缩机制 | 环境、能源、工业生物技术 |
| 1116 | 2026-05-30 |
How hard is it to encapsulate life? The general constraints on encapsulation
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0297
PMID:41035324
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研究论文 | 探讨封装生物系统所需克服的一般约束条件,包括现代生化系统及通用自催化系统的分析 | 首次系统性地量化封装生物系统的物理约束,包括核糖体速率与细胞大小阈值,并建立通用自催化系统的生长速率边界模型 | 基于地球现代生化系统作为测试案例,未验证该约束是否适用于所有可能的生物系统 | 研究封装生物系统时面临的一般性限制条件及其对生命起源、天体生物学和合成生物学的启示 | 现代生化系统(核糖体与细胞)及通用自催化系统 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 天体生物学, 生命起源研究 |
| 1117 | 2026-05-30 |
Before LUCA: unearthing the chemical roots of metabolism
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0292
PMID:41035332
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研究论文 | 通过从LUCA代谢映射到原始反应规则,探讨生命起源中从地球化学向生物化学转变的关键过程,并建立综合建模框架进行假设验证 | 提出利用生成模型将LUCA代谢反应规则映射到原始生命反应,结合热力学、行星条件等因子构建综合建模框架,并首次探讨酶混杂性和代谢可进化性在生命起源中的驱动作用 | 尚未提供实验验证结果,仅停留在理论框架和假设层面,缺乏具体案例的定量分析 | 阐明从非生物化学到早期生命代谢的进化联系,为合成生物学应用提供理论基础 | LUCA(最后普遍共同祖先)的代谢网络与原始生命反应规则 | 系统化学,计算生物学 | NA | 生成模型,代谢反应规则映射,计算建模 | 生成模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 1118 | 2026-05-30 |
Towards origins of virtual artificial life: an overview
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0298
PMID:41035322
|
综述 | 综述虚拟人工生命的起源、定义、检测及工程实现现状 | 从工程视角综合多种生命定义,提出抽象需求、通用设计与具体实现机制的三层框架,并以此审视现有进展 | 尚未有完全满足所有定义要求的虚拟人工生命实例展示 | 探讨虚拟人工生命的定义、检测与起源机制,促进该领域发展 | 虚拟人工生命(计算机内存在) | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1119 | 2026-05-30 |
Origins of life: the possible and the actual
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0281
PMID:41035333
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评论 | 本文综述了生命起源研究中的关键理论框架与实验方法,探讨生命形成的必然性、替代生物化学可能性及从化学系统向信息演化实体的转变 | 跨学科整合了地球化学、统计物理、系统生物学、合成生物学等信息论视角,突出了原细胞系统在能量、物质与信息共演化研究中的核心地位 | 未深入探讨具体实验验证方案或量化模型,主要停留在理论框架与现存挑战的综述层面 | 调查生命起源研究的关键理论框架与实验方法,概述推动该领域发展的未解决挑战 | 生命起源的理论框架、原细胞系统及替代生物化学可能性 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1120 | 2026-05-30 |
Marine bioactives: Pioneering sustainable solutions for advanced cosmetics and therapeutics
2025-08, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107868
PMID:40684894
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综述 | 探讨海洋来源生物活性化合物在化妆品和医药领域的应用,并强调可持续发展和创新提取方法 | 系统评估海洋生物活性物在化妆品和医药中的潜力,提出创新提取方法如酶辅助和超临界流体萃取,并展示海洋细胞培养产量比传统提取高50倍,合成生物学可持续生产稀有化合物,纯化纯度达99.5%,环境影响降低60% | 监管挑战和可持续性问题被批判性审视,但未具体说明数据来源或研究限制 | 综述海洋生物活性物在化妆品和医药中的应用,并展望可持续发展方向 | 海洋来源的多糖、肽、脂质和色素等生物活性化合物 | 自然语言处理 | NA | 酶辅助提取、超临界流体萃取、海洋细胞培养、合成生物学、先进纯化技术 | NA | 文献数据 | 不适用 | 合成生物学 | 海藻、海洋无脊椎动物、微生物 | NA | 医药、化妆品 |