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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1141 | 2025-10-05 |
Integration of therapeutic cargo into the human genome with programmable type V-K CAST
2025-Mar-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57416-2
PMID:40082411
|
研究论文 | 本研究开发了基于V-K型CRISPR相关转座酶(CAST)的系统,实现治疗性基因在人类细胞基因组中的可编程整合 | 首次将来自未培养微生物的紧凑型V-K CAST系统重新用于人类细胞基因组编辑,相比传统Cascade系统仅需单个Cas12k效应蛋白 | 脱靶事件虽罕见但可在特定基因组区域重复出现 | 开发更简化的CRISPR基因编辑工具用于治疗应用 | 人类细胞基因组 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas基因编辑 | NA | 基因组数据 | 多种人类细胞类型 | CRISPR-Cas | 人类细胞 | 基因整合系统 | 医学, 生物技术, 合成生物学 |
| 1142 | 2025-10-05 |
Development and application of an interbacterial DNA delivery system based on M13 bacteriophage
2025-Apr-05, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04309-z
PMID:40186660
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研究论文 | 本研究开发了一种基于M13噬菌体的工程细菌DNA递送系统,用于研究细菌间的协同响应机制 | 利用M13噬菌体构建动态噬菌粒补充系统,首次实现工程细菌间DNA介导的信息传递和协同响应 | 未提及具体应用场景下的效率验证和安全性评估 | 开发工程细菌间DNA递送系统并研究细菌协同响应机制 | 工程细菌和M13噬菌体 | 合成生物学 | NA | 噬菌体递送系统、基因电路模块化 | NA | NA | NA | M13噬菌体 | 工程细菌 | 动态噬菌粒补充系统、模块化基因电路 | 医学 |
| 1143 | 2025-10-05 |
Sustainable regeneration of 20 aminoacyl-tRNA synthetases in a reconstituted system toward self-synthesizing artificial systems
2025-Apr-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt6269
PMID:40173221
|
研究论文 | 开发了一种能够持续再生全部20种氨酰-tRNA合成酶的重构系统,推动自合成人工系统的实现 | 首次实现了在重构系统中持续再生全部20种AARS,通过五项关键改进突破了翻译系统的自我再生难题 | 未提及在更复杂系统或体内环境中的应用验证 | 构建可自我复制的人工系统,推动合成生物学发展 | 20种氨酰-tRNA合成酶(AARS)及其再生系统 | 合成生物学 | NA | 体外重构系统、序列优化、翻译系统优化、密码子优化 | NA | 实验数据 | 20种AARS蛋白的再生系统 | 体外重构系统 | 无细胞系统 | AARS再生系统,包含20种酶的协同表达和功能维持 | 合成生物学、基础研究 |
| 1144 | 2025-10-05 |
Introduction of human m6Am methyltransferase PCIF1 facilitates the biosynthesis of terpenoids in Saccharomyces cerevisiae
2025-Apr-02, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02701-4
PMID:40176045
|
研究论文 | 本研究通过在酿酒酵母中引入人类m6Am甲基转移酶PCIF1,显著提高了萜类化合物的生物合成效率 | 首次发现人类m6Am甲基转移酶PCIF1在酵母中能促进萜类化合物生物合成,并揭示其通过上调糖酵解和乙酰辅酶A生物合成途径基因以及激活细胞壁完整性MAPK通路发挥作用 | NA | 开发更高效的代谢途径优化策略以提高微生物细胞工厂的生产潜力 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、转录组分析 | NA | 基因表达数据、代谢产物数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 萜类化合物生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 1145 | 2025-10-05 |
[Databases, knowledge bases, and large models for biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240653
PMID:40170304
|
综述 | 本文综述了生物制造领域数据库、知识库和大语言模型的最新研究进展 | 探讨了生物制造与人工智能、大模型等信息技术融合的发展方向和新兴技术方法 | NA | 为生物制造相关领域的科学研究提供指导和启发 | 生物制造相关的数据库、知识库和大语言模型 | 生物信息学 | NA | 系统生物学、合成生物学、人工智能、大语言模型、高性能计算 | 大语言模型 | 生物信息学数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1146 | 2025-10-05 |
[Intelligent design of nucleic acid elements in biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240599
PMID:40170308
|
综述 | 本文综述了人工智能在生物制造中核酸元件智能设计方面的应用与进展 | 整合人工智能与合成生物学、高通量技术,开发更高效的核酸元件设计工具 | 生物系统复杂性高且缺乏高度量化的训练数据,限制了AI在生物制造中的应用 | 探讨人工智能在生物制造中核酸元件设计优化的应用 | 生物制造中的核酸功能元件 | 合成生物学 | NA | 人工智能算法、高通量技术 | NA | 核酸序列数据 | NA | NA | NA | 启动子、核糖体结合位点、终止子及其组合设计 | 工业生物技术 |
| 1147 | 2025-10-05 |
[Artificial intelligence-assisted design, mining, and modification of CRISPR-Cas systems]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240865
PMID:40170307
|
综述 | 本文全面总结了人工智能技术在CRISPR-Cas系统设计、挖掘和修饰中的应用进展 | 首次系统阐述AI技术如何通过分析高通量测序数据革新sgRNA设计,并拓展至CRISPR阵列注释和Cas蛋白修饰领域 | NA | 探讨人工智能技术在CRISPR-Cas系统优化中的应用价值 | CRISPR-Cas系统及其相关组件(sgRNA、Cas蛋白等) | 机器学习 | NA | 高通量测序 | 机器学习 | 测序数据 | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学, 农业, 工业生物技术 |
| 1148 | 2025-10-05 |
[Machine learning-aided design of synthetic biological parts and circuits]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240605
PMID:40170311
|
综述 | 本文综述了机器学习在合成生物学元件和遗传电路设计中的应用现状与挑战 | 系统分析机器学习算法在合成生物学元件设计中的典型应用,并提出解决当前挑战的潜在方案 | NA | 探讨机器学习如何支持合成生物学元件和遗传电路的智能化设计 | 合成生物学元件(合成启动子、RNA调控元件、转录因子)和简单遗传电路 | 机器学习 | NA | 机器学习算法 | NA | 生物数据 | NA | NA | NA | 遗传电路 | 工业生物技术 |
| 1149 | 2025-10-05 |
[Advances in reconstruction and optimization of cellular physiological metabolic network models]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240966
PMID:40170315
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综述 | 系统介绍细胞生理代谢网络模型重建与优化的最新研究进展 | 总结了人工智能在动力学模型和酶约束模型开发中的应用,提出了高质量模型重建将为定量合成生物学提供计算支持 | NA | 为精确表征细胞生理代谢活动和绿色生物制造提供计算生物学工具 | 细胞生理代谢网络模型 | 计算生物学 | NA | 基因组尺度代谢模型(GEMs)、动力学模型、酶约束基因组尺度代谢模型(ecGEMs) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1150 | 2025-10-05 |
[Intelligent design of transcription factor-based biosensors]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240603
PMID:40170310
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综述 | 本文系统总结了计算模拟和人工智能辅助的转录因子生物传感器工程与优化研究进展 | 整合蛋白质结构预测、配体结合模拟和机器学习突变数据构建数学模型来预测调控蛋白响应 | NA | 促进新型生物传感器的开发与应用 | 转录因子生物传感器 | 合成生物学 | NA | 蛋白质结构预测、配体结合模拟、机器学习 | 数学模型 | 突变数据 | NA | NA | NA | 转录因子生物传感器 | 代谢工程, 合成生物学, 代谢物监测 |
| 1151 | 2025-10-05 |
[Optimization of fermentation processes in intelligent biomanufacturing: on online monitoring, artificial intelligence, and digital twin technologies]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250032
PMID:40170318
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综述 | 系统总结发酵过程中在线监测技术、人工智能优化策略和数字孪生应用的最新进展 | 整合实时传感数据与多尺度模型,提出基于智能感知和数字孪生的闭环控制系统新范式 | NA | 实现发酵过程的精确优化和高效放大 | 发酵过程的实时传感与智能控制 | 工业生物技术 | NA | 在线活细胞传感器、光谱分析、废气分析 | 人工神经网络、支持向量机 | 实时传感器数据、多尺度模型数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 1152 | 2025-10-05 |
DNA/RNA hybrids avoid channel gating that leads to the continued packaging of numerous hybrids into the phi29 protein shell
2025-Mar-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf242
PMID:40193705
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研究论文 | 本研究揭示了phi29 DNA包装马达对RNA/DNA杂交链和双链DNA包装效率差异的分子机制 | 首次发现RNA/DNA杂交链能避免通道门控机制,实现比双链DNA更高效的包装 | 通道门控的具体分子机制仍需进一步阐明 | 探究病毒DNA包装马达对不同核酸链类型的包装机制差异 | phi29噬菌体DNA包装马达系统 | 结构生物学 | NA | 单通道电生理学、蔗糖梯度超速离心、单孔电导测定 | NA | 电生理数据、离心分离数据 | NA | NA | phi29噬菌体 | NA | 基因/RNAi递送、基因治疗、合成生物学、纳米技术、单颗粒传感 |
| 1153 | 2025-10-05 |
Self-organized spatial targeting of contractile actomyosin rings for synthetic cell division
2024-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54807-9
PMID:39614082
|
研究论文 | 本研究通过将肌动球蛋白环与细菌MinDE蛋白系统在GUVs中结合重构,实现了合成细胞自组织分裂的空间靶向控制 | 首次将细菌MinDE空间定位系统与真核细胞肌动球蛋白收缩系统相结合,实现了自组织的赤道面肌动球蛋白环组装 | 目前仅观察到囊泡中部变形和出泡现象,尚未实现完整的囊泡分裂 | 开发合成细胞自分裂的最小功能模块 | 巨型单层囊泡(GUVs)中的肌动球蛋白环和MinDE蛋白系统 | 合成生物学 | NA | 体外重构技术 | NA | 显微镜图像 | NA | NA | NA | 肌动球蛋白收缩环与MinDE空间振荡系统组合 | 合成生物学, 基础研究 |
| 1154 | 2025-10-05 |
Biosynthesis of plant hemostatic dencichine in Escherichia coli
2022-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33255-3
PMID:36123371
|
研究论文 | 本研究通过设计人工生物合成途径,在大肠杆菌中实现了植物源性止血物质三七素的全合成 | 采用逆向生物合成方法设计非天然生物合成途径,通过引入28个同义稀有密码子显著提高了三七素合酶的溶解度 | NA | 实现三七素的异源生物合成 | 三七素及其前体L-2,3-二氨基丙酸和草酰辅酶A | 合成生物学 | NA | 逆向生物合成、代谢工程、密码子优化 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 三七素生物合成途径,包括前体合成模块和产物合成模块 | 医药 |
| 1155 | 2025-10-05 |
Machine learning-led semi-automated medium optimization reveals salt as key for flaviolin production in Pseudomonas putida
2025-Apr-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08039-2
PMID:40251395
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研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的半自动化培养基优化方法,显著提高了恶臭假单胞菌中黄青霉素的产量 | 开发了分子和宿主无关的主动学习培养基优化流程,通过可解释AI技术意外发现盐浓度是影响黄青霉素生产的关键因素 | NA | 通过机器学习和自动化技术优化微生物发酵培养基,提高目标化学品的产量和产率 | 恶臭假单胞菌KT2440菌株的黄青霉素生产 | 机器学习 | NA | 主动学习、可解释人工智能 | 机器学习 | 发酵过程数据 | 三个不同的黄青霉素生产实验批次 | DBTL循环 | 恶臭假单胞菌 | NA | 工业生物技术 |
| 1156 | 2025-10-05 |
Long-Term Yeast Cultivation Coupled with In Situ Extraction for High Triterpenoid Production
2025-Apr-02, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00273
PMID:40129278
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研究论文 | 本研究通过结合长期酵母培养与原位提取技术,显著提高了工程酵母中人参皂苷的产量和分泌效率 | 将长期酵母培养与原位提取技术相结合,实现了3.4 g/L的高产量人参皂苷生产,且酵母可重复使用10次 | NA | 提高三萜类化合物(人参皂苷)的生产效率和工业化潜力 | 工程酵母生产的人参皂苷 | 合成生物学 | NA | 酵母培养、原位提取 | NA | NA | NA | 合成生物学技术 | 酵母 | 三萜类化合物合成途径 | 医药、工业生物技术 |
| 1157 | 2025-10-05 |
Advances in synthesizing plant-derived isoflavones and their precursors with multiple pharmacological activities using engineered yeasts
2025-Mar-29, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02692-2
PMID:40155940
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综述 | 本文综述了利用工程化酵母合成具有多种药理活性的植物源异黄酮及其前体的研究进展 | 系统总结了合成生物学和先进生物技术策略在环境友好型异黄酮生产中的应用 | NA | 探讨通过工程化酵母可持续高效生产异黄酮的技术方法 | 植物源异黄酮(如大豆苷元和金雀异黄素)及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 酵母 | 异黄酮生物合成途径 | 食品,制药,化妆品 |
| 1158 | 2025-10-05 |
TTLOC: A Tn5 transposase-based approach to localize T-DNA integration sites
2025-Mar-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf102
PMID:40131780
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研究论文 | 开发了一种基于Tn5转座酶的T-DNA整合位点定位方法TTLOC | 使用特殊接头组装的Tn5转座酶进行基因组DNA片段化,实现低成本、高通量的T-DNA整合位点检测 | NA | 开发快速检测T-DNA整合位点的技术以促进作物育种和植物合成生物学 | 转基因拟南芥、水稻、大豆、番茄、马铃薯和小麦 | 植物合成生物学 | NA | Tn5转座酶介导的片段化、下一代测序 | NA | 基因组DNA序列数据 | 65个转基因拟南芥系和多种转基因作物 | Tn5转座酶 | 拟南芥, 水稻, 大豆, 番茄, 马铃薯, 小麦 | T-DNA整合位点定位 | 农业, 工业生物技术 |
| 1159 | 2025-10-05 |
CAR-T therapy dilemma and innovative design strategies for next generation
2025-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07454-x
PMID:40148310
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综述 | 本文综述了CAR-T细胞疗法面临的困境及基于多学科策略的下一代创新设计方法 | 系统总结了克服CAR-T疗法困境的多学科创新技术,包括合成生物学开关、生物支架、纳米材料等 | NA | 解决CAR-T细胞疗法在肿瘤免疫治疗中面临的疗效限制问题 | CAR-T细胞疗法及其改进策略 | 合成生物学 | 血液肿瘤 | CRISPR筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | T细胞 | ON/OFF开关 | 医学 |
| 1160 | 2025-10-05 |
Last Decade Insights in Exploiting Marine Microorganisms as Sources of New Bioactive Natural Products
2025-Mar-07, Marine drugs
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/md23030116
PMID:40137302
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综述 | 回顾过去十年海洋微生物作为生物活性天然产物来源的研究进展 | 总结了基因组学、代谢组学和生物信息学技术创新推动的新发现,以及通过创新分离培养方法获得的稀有海洋微生物新代谢产物 | NA | 开发利用海洋微生物来源的新型生物活性天然产物 | 海洋细菌、真菌和微藻 | 天然产物发现 | NA | 基因组学、代谢组学、生物信息学、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药、农业、环境、能源、材料、食品、工业生物技术 |