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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1441 | 2024-08-09 |
Redefining fundamental concepts of transcription initiation in bacteria
2020-11, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-020-0254-8
PMID:32665585
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研究论文 | 本文重新定义了细菌转录起始的基本概念,以支持一个逻辑一致的细菌基因调控概念框架 | 提出了精确、更新的定义,这些概念可以通过本体论进行形式化,为改进的生物信息学工具、知识基础资源和科学交流奠定基础 | NA | 重新定义细菌转录起始的基本概念,以支持一个逻辑一致的细菌基因调控概念框架 | 细菌基因调控的基本概念 | 基因学 | NA | NA | NA | NA | NA |
1442 | 2024-08-08 |
Parsing patterns: Emerging roles of tissue self-organization in health and disease
2024-Jun-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.05.016
PMID:38906093
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综述 | 本文综述了组织自组织在胚胎和成体组织中的模式形成原理和机制,并探讨了其在健康和疾病中的作用。 | 提出基于组织自组织模式的设计,可以用于合成生物学和复杂模式器官的生成。 | NA | 探讨组织自组织在健康和疾病中的作用及其在生物学和医学中的应用潜力。 | 胚胎和成体组织中的自组织模式及其在健康和疾病中的作用。 | 生物学 | 炎症性皮肤病,肿瘤 | NA | NA | NA | NA |
1443 | 2024-08-08 |
Expanding the capabilities of MuGENT for large-scale genetic engineering of the fastest-replicating species, Vibrio natriegens
2024-Jun-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03964-23
PMID:38667341
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研究论文 | 本文扩展了多重基因组编辑自然转化技术(MuGENT)在快速复制细菌Vibrio natriegens中的应用 | 识别了中性插入位点,展示了两个选择标记在此位点的交换,开发了消除诱导自然转化所需质粒的稳健方法,并展示了MuGENT在细菌中创建大规模删除的能力 | NA | 扩展MuGENT技术在Vibrio natriegens中的应用,提高其作为合成生物学模型生物的实用性 | Vibrio natriegens细菌 | 合成生物学 | NA | 多重基因组编辑自然转化技术(MuGENT) | NA | NA | NA |
1444 | 2024-08-08 |
A multiplexed, automated evolution pipeline enables scalable discovery and characterization of biosensors
2021-03-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21716-0
PMID:33664255
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DRIVER的多重自动化进化流程,用于大规模发现和表征生物传感器 | 使用aptamer-coupled ribozyme库和ribozyme再生方法,实现了RNA生物传感器的快速体外从头进化,并成功应用于小分子检测和基因表达调控 | NA | 开发一种可扩展的流程,用于从头设计和表征生物传感器,应用于生物制造、诊断、治疗和合成生物学 | 生物传感器及其在活细胞中的应用 | 合成生物学 | NA | DRIVER和CleaveSeq | NA | RNA | 六种小分子,包括五种之前未发现适配体的小分子 |
1445 | 2024-08-07 |
Splittable systems in biomedical applications
2024-Aug-06, Biomaterials science
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d4bm00709c
PMID:39012216
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综述 | 本文综述了可分割系统在生物医学应用中的设计原则、策略和应用 | 介绍了通过融合其他模式引入的几种结合对和正交分割片段,以开发更复杂和稳健的设计 | 文章提到了面临的挑战,如脱靶效应和过度激活,但未详细说明具体的解决方法 | 探讨可分割系统在生物医学领域的应用 | 可分割系统的设计和其在不同生物医学领域的应用 | 生物技术 | NA | NA | NA | NA | NA |
1446 | 2024-08-07 |
Microbial valorization of kraft black liquor for production of platform chemicals, biofuels, and value-added products: A critical review
2024-Aug, Journal of environmental management
IF:8.0Q1
DOI:10.1016/j.jenvman.2024.121631
PMID:38986370
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综述 | 本文综述了利用微生物技术将纸浆和造纸工业产生的硫酸盐黑液转化为平台化学品、生物燃料和其他高价值产品的潜力 | 介绍了利用合成生物学工具和分子技术,包括omics方法,来增强硫酸盐黑液的微生物增值 | 讨论了与毒性、杂质、低生产率和下游处理相关的挑战 | 探讨如何通过微生物增值技术实现纸浆和造纸工业的可持续发展,并贡献于联合国可持续发展目标 | 硫酸盐黑液的微生物增值及其在纸浆和造纸工业中的应用 | NA | NA | 合成生物学工具,分子技术,omics方法 | NA | NA | NA |
1447 | 2024-08-07 |
Biodiversity as a firewall to engineered microbiomes for restoration and conservation
2024-Jun, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.231526
PMID:39100153
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研究论文 | 本文通过数学模型模拟了合成生物学干预对生态系统的影响,探讨了其对生物多样性和生态网络的潜在影响。 | 本文首次通过数学模型展示了合成生物学干预如何通过抑制共享资源的衰减来增加生物多样性,并成功地将合成生物融入生态网络。 | 本文主要基于数学模型进行模拟,实际应用中的效果和影响可能有所不同。 | 探讨合成生物学在生态恢复和保护中的应用及其对生物多样性的影响。 | 生态系统中的生物多样性和合成生物学干预的效果。 | 生态学 | NA | 数学模型 | NA | NA | NA |
1448 | 2024-08-07 |
Nanobody-mediated control of gene expression and epigenetic memory
2021-01-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20757-1
PMID:33483487
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研究论文 | 本文开发了一种使用小纳米抗体将内源性染色质调节因子招募到基因上以控制基因表达的策略 | 利用纳米抗体作为小型载体,有效结合并招募染色质调节因子,实现对特定基因的控制和表观遗传记忆的调节 | NA | 探索通过纳米抗体介导的染色质调节因子在特定基因位置的作用,以控制基因表达和表观遗传记忆 | 染色质调节因子、纳米抗体、基因表达和表观遗传记忆 | 合成生物学 | NA | 纳米抗体 | NA | 基因组 | NA |
1449 | 2024-08-07 |
Synergistic optimisation of expression, folding, and secretion improves E. coli AppA phytase production in Pichia pastoris
2021-Jan-07, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-020-01499-7
PMID:33494776
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研究论文 | 研究通过应用双向启动子(BDPs)及多种辅助蛋白优化Pichia pastoris中E. coli AppA植酸酶的表达、折叠和分泌 | 利用未在Pichia pastoris中表征的ERV2编码的黄素蛋白作为替代途径,显著提高了植酸酶的产量 | NA | 优化Pichia pastoris中异源蛋白的生产,特别是植酸酶的表达和分泌 | E. coli AppA植酸酶在Pichia pastoris中的表达、折叠和分泌 | 生物工程 | NA | 遗传工程 | NA | 蛋白质 | NA |
1450 | 2024-08-06 |
Re-Engineering Fungal Nonribosomal Peptide Synthetases by Module Dissection and Duplicated Thiolation Domains
2024-Aug-12, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202406360
PMID:38822735
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研究论文 | 本文提出了一种新的真菌非核糖体肽合成酶的工程策略 | 通过模块分解和复制的硫化酶结构域实现了真菌NRPS的工程化与异源生产 | 未提及具体限制因素 | 研究非核糖体肽合成酶的工程化和异源生产 | 真菌非核糖体肽合成酶 | 合成生物学 | NA | 组合生物合成 | NA | NA | NA |
1451 | 2024-08-06 |
Distinct phases of cellular signaling revealed by time-resolved protein synthesis
2023-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.10.548208
PMID:37503273
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研究论文 | 本研究展示了时间分辨的蛋白质合成技术揭示细胞信号传递的不同阶段 | 开发了一种邻近触发的蛋白质转拼接技术,可以时间分辨地合成目标蛋白,揭示与癌症转化相关的新型治疗靶标 | 在抽象中未提及具体的样本大小和实验条件 | 利用合成生物学工具操控细胞状态并揭示细胞信号传递的动态过程 | 应用于包括BCR/ABL和DNAJB1/PRKACA等多种蛋白的细胞磷酸化事件 | 合成生物学 | 癌症 | 邻近触发的蛋白质转拼接技术 | NA | 蛋白质 | NA |
1452 | 2024-08-07 |
A Review on Preparation of Betulinic Acid and Its Biological Activities
2021-Sep-14, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules26185583
PMID:34577056
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综述 | 本文回顾了白桦酸的制备方法及其药理活性。 | 文章总结了化学合成和微生物生物转化等新方法来制备白桦酸,并探讨了合成生物学与遗传工程在白桦酸生物合成中的应用。 | 未提及具体的实验数据和结果,主要集中于文献回顾。 | 旨在提供白桦酸研究和利用的参考资料。 | 主要研究白桦酸及其药理活性。 | 药理学 | 抗肿瘤 | 化学合成与微生物生物转化 | NA | 文献 | NA |
1453 | 2024-08-05 |
Directed evolution of material-producing microorganisms
2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2403585121
PMID:39042685
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研究论文 | 本文利用高通量定向进化平台增强微生物的物质生产能力 | 提出了一种新的高通量平台,通过选择压力促进微生物的进化,揭示了细胞纤维素生产能力与基因的关联 | 缺乏对其他微生物或材料生产的研究,可能限制了成果的广泛应用 | 研究微生物材料生产的能力,寻找基因型-表型的联系 | 以产纤维素的微生物为模型进行研究 | 合成生物学 | NA | 高通量定向进化 | NA | 基因组序列 | 40,000个随机突变体 |
1454 | 2024-08-05 |
Design, production and immunomodulatory potency of a novel allergen bioparticle
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0242867
PMID:33259521
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研究论文 | 该文章探讨了一种新型过敏原生物颗粒的设计、生产及其免疫调节效能 | 文章创新性地使用了合成生物学生产人工模块化生物颗粒,在植物中组装产物以呈现过敏原 | 研究未详细阐述生物颗粒在临床应用中的长期安全性和有效性 | 研究旨在改进过敏原免疫疗法,提供更安全的治疗选择 | 研究对象为衬托在生物颗粒表面的Der p 2过敏原 | 数字病理学 | 过敏性疾病 | 合成生物学 | NA | 免疫反应数据 | NA |
1455 | 2024-08-05 |
Expanding the Scope of Orthogonal Translation with Pyrrolysyl-tRNA Synthetases Dedicated to Aromatic Amino Acids
2020-Sep-25, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules25194418
PMID:32992991
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研究论文 | 该论文探讨了通过改造PylRS以扩展正交翻译中香味氨基酸的底物范围 | 研究展示了通过系统性突变和重新设计PylRS来提高对香味氨基酸的特异性和酶活性的创新策略 | 研究主要集中在特定的氨基酸和突变位点上,可能限制了其广泛的应用性 | 扩展正交翻译的底物范围,以便引入更多非标准氨基酸 | 研究对象为改造的PylRS变体,特别关注于色氨酸和酪氨酸类似物 | 合成生物学 | NA | 半理性设计 | NA | NA | 通过系统突变生成多个PylRS变体 |
1456 | 2024-08-05 |
Functional and structural characterization of an IclR family transcription factor for the development of dicarboxylic acid biosensors
2024-Aug, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17149
PMID:38696354
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研究论文 | 本文对属于IclR转录因子家族的PcaR转录因子进行了功能和结构特征分析 | 本研究首次提供了PcaR在结合不同配体时的晶体结构,并展示了其在合成生物学应用中的潜力 | 本研究主要集中在单一的模特真核生物Saccharomyces cerevisiae中进行实验,可能无法完全代表其他系统 | 研究PcaR转录因子的功能和结构特性,以便为二羧酸生物传感器的开发提供指导 | PcaR转录因子及其与二羧酸的相互作用 | 合成生物学 | NA | 结晶学 | NA | 结构数据 | NA |
1457 | 2024-08-05 |
Debottlenecking the L-DOPA 4,5-dioxygenase step with enhanced tyrosine supply boosts betalain production in Nicotiana benthamiana
2024-Jun-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae166
PMID:38498597
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研究论文 | 本研究探讨了增强L-酪氨酸供应对烟草中甜菜素产生的影响 | 本研究首次揭示了L-DOPA 4,5-二氧化酶在甜菜素生物合成中扮演的关键限速角色 | 在共表达甜菜素途径基因时,甜菜素水平意外下降,未能高效转换为甜菜素 | 研究植物中如何通过增强前体供应来提高甜菜素的生产 | 研究对象为烟草植物(Nicotiana benthamiana)及其甜菜素生产 | 合成生物学 | NA | 基因表达 | NA | 化学成分 | 使用了烟草植物的叶子进行实验 |
1458 | 2024-08-05 |
Reprogramming the Cyclization Cascade of epi-Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products
2023-08-01, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.3c00247
PMID:37449555
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研究论文 | 该文章介绍了通过重塑epi-Isozizaene合酶的活性位点,来生成替代的萜烯产品。 | 通过突变将芳香残基替换为极性残基,重新定向了环化级联反应,生成了不同的萜烯产品。 | 未提及特定的局限性 | 研究旨在开发设计师环化酶以产生高价值的萜烯产品,适用于合成生物学。 | 对四种EIZS突变体的生化和结构特征进行表征。 | 合成生物学 | NA | X射线晶体学 | NA | NA | 四种EIZS突变体 |
1459 | 2024-08-05 |
Beyond natural biology: rewiring cellular networks to study innate immunity
2023-08, Current opinion in immunology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.coi.2023.102349
PMID:37269786
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综述 | 本文描述了合成生物学在研究固有免疫网络中的应用 | 提出了通过合成生物学方法重新连接细胞网络,创新性地研究模式识别受体信号传导及其与病毒的相互作用 | 文中未提及具体的实验数据或样本分析 | 研究合成生物学如何促进对固有免疫信号的理解 | 模式识别受体信号传导、病毒-宿主相互作用和系统性细胞因子反应 | 合成生物学 | NA | 化学输入或光遗传学输入 | NA | NA | NA |
1460 | 2024-08-05 |
Exploring the synthetic biology potential of bacteriophages for engineering non-model bacteria
2020-10-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19124-x
PMID:33082347
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研究论文 | 探讨了细菌病毒在工程非模式细菌中的合成生物学潜力。 | 提出了利用尚未开发的细菌病毒作为代谢调节剂和正交功能元件来扩展合成生物学工具箱的概念。 | 缺少特定物种的生物部件的可用性限制了可靠遗传电路的构建。 | 优化关键基因组编辑和重组工具,以释放非模式细菌的合成生物学潜力。 | 非模式细菌,如假单胞菌和乳酸菌等。 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑和重组 | NA | NA | NA |