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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1581 | 2024-08-07 |
Fitness Landscapes and Evolution of Catalytic RNA
2024-Jul, Annual review of biophysics
IF:10.4Q1
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研究论文 | 本文探讨了催化RNA在适应性景观研究中的关系及其在合成生物学中的应用 | 结合体外筛选和高通量测序技术,提供了完整的和局部RNA适应性景观的实证图 | 序列空间的巨大规模限制了纯实验研究的深入 | 理解RNA适应性景观,特别是在原细胞和机器表示RNA方面的进展 | 催化RNA及其在适应性景观中的表现 | 合成生物学 | NA | 高通量测序 | 机器学习 | 序列数据 | NA |
1582 | 2024-08-07 |
Synthetic biology for Monascus: From strain breeding to industrial production
2024-Jul, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202400180
PMID:39014924
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研究论文 | 本文综述了合成生物学技术在Monascus菌株改良和工业化生产中的应用及其挑战 | 结合合成生物学和过程强化,探讨了自动化固态发酵制造的前景,以推动Monascus在多个行业的应用 | 目前缺乏先进的Monascus制造技术,限制了其规模化生产 | 探讨如何利用合成生物学技术实现Monascus的工业化生产 | Monascus菌株及其代谢产物 | NA | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
1583 | 2024-08-07 |
Technologies for the discovery of G protein-coupled receptor-targeting biologics
2024-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103138
PMID:38728825
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综述 | 本文综述了针对G蛋白偶联受体(GPCRs)的生物制剂工程技术及其应用前景 | 介绍了利用廉价DNA合成技术生成计算预设计的库,以及合成生物学在提高功能性GPCR检测通量方面的进展 | NA | 探讨和评估用于发现GPCR靶向生物制剂的先进技术 | G蛋白偶联受体(GPCRs)及其相关的生物制剂 | NA | 代谢性疾病、神经性疾病、心血管疾病 | DNA合成、合成生物学 | NA | NA | NA |
1584 | 2024-08-07 |
Engineering Whole-Cell Biosensors for Enhanced Detection of Environmental Antibiotics Using a Synthetic Biology Approach
2024-Jun, Indian journal of microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s12088-024-01259-w
PMID:39010990
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法,通过细菌的两种成分调节系统(TCSs)来设计用于增强环境抗生素检测的细胞生物传感器 | 探讨了利用EMeRALD(通过配体诱导二聚激活的工程化模块化受体)基于生物传感器的合成生物学方法,重新利用微生物TCSs中的传感模块 | NA | 探索和利用细菌的两种成分调节系统来监测环境中的抗生素 | 细菌的两种成分调节系统及其在环境抗生素检测中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
1585 | 2024-08-07 |
Engineered cell-to-cell signalling within growing bacterial cellulose pellicles
2019-07, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13340
PMID:30461206
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研究论文 | 本文介绍了一种在细菌纤维素生产菌株中引入工程化细胞间通信的方法,以实现不同细胞在生长材料中检测其接近度并触发差异基因表达 | 首次在细菌纤维素生产菌株中引入工程化细胞间通信,为合成细胞间通信和工程化活体材料中的图案形成奠定了基础 | NA | 开发一种使细菌纤维素生产菌株能够响应不同位置的工具,以生长更复杂的结构化材料 | 细菌纤维素生产菌株Komagataeibacter rhaeticus | 生物技术 | NA | 合成生物学工具 | NA | NA | NA |
1586 | 2024-08-07 |
Metabolic engineering of Bacillus subtilis for production of para-aminobenzoic acid - unexpected importance of carbon source is an advantage for space application
2019-07, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13403
PMID:30980511
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研究论文 | 本文通过代谢工程改造枯草芽孢杆菌,以生产对氨基苯甲酸(pABA),并探讨了碳源在太空应用中的意外重要性 | 开发了一种融合蛋白酶(pabABC)用于碳通量的调控,并利用适应性进化创建了能代谢木糖的生产菌株 | 产品的毒性,尤其是与pH值密切相关的毒性,成为主要的限制因素 | 研究在偏远地区如火星上通过生物生产获取高强度聚合物的方法 | 对氨基苯甲酸(pABA)的生产及其在太空技术中的应用 | 生物技术 | NA | 代谢工程 | NA | NA | 在摇瓶中达到的最高产量为3.22 g/l,碳产量为12.4% [C-mol/C-mol] 来自一种氨基糖 |
1587 | 2024-08-07 |
Stereoselective semi-synthesis of the neuroprotective natural product, serofendic acid
2019-Jun-01, MedChemComm
DOI:10.1039/c9md00145j
PMID:31303993
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研究论文 | 本文探讨了通过合成生物学方法半合成神经保护性天然产物serofendic酸的改进方法 | 通过使用替代还原剂、立体化学导向剂、反应顺序和产物回收,提高了C15和C16立体选择性的关键步骤 | NA | 改进serofendic酸的总合成方法 | serofendic酸的立体选择性合成 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
1588 | 2024-08-07 |
Leveraging synthetic biology for producing bioactive polyketides and non-ribosomal peptides in bacterial heterologous hosts
2019-May-01, MedChemComm
DOI:10.1039/c9md00055k
PMID:31191858
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综述 | 本文综述了利用合成生物学在细菌异源宿主中生产生物活性聚酮和非核糖体肽的研究进展 | 探讨了使用合成生物学在异源宿主中生产未鉴定天然产物的新策略 | 缺乏用于优化基因簇表达和产物滴度的良好表征的遗传工具 | 探讨在异源宿主中表达天然产物基因簇的动机、理想宿主的特性、可用工具及近期进展 | 聚酮和非核糖体肽的生物活性天然产物 | 合成生物学 | NA | 下一代测序技术 | NA | 基因组序列 | NA |
1589 | 2024-08-07 |
Systems and Synthetic Biology of Forest Trees: A Bioengineering Paradigm for Woody Biomass Feedstocks
2019, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2019.00775
PMID:31281326
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研究论文 | 本文探讨了利用系统生物学和合成生物学方法,对快速生长的森林种植园进行生物工程改造,以开发新一代木质生物质能源作物 | 本文提出了基于深入理解和合理设计生物部件、设备和集成系统的合成生物学和基因组编辑技术的新型生物工程方法 | 生物学的复杂性和相互作用的组件需要在大数据信息学、机器学习和直观可视化方面进行投资,以充分探索多维模式并识别生物系统的涌现属性 | 开发新一代木质生物质能源作物 | 快速生长的森林种植园及其生物化学生产平台和生物炼制厂 | 合成生物学 | NA | 多组学分析、系统建模、合成生物学、基因组编辑 | 系统遗传学模型 | 多组学数据 | 遗传变异丰富的分离树种群 |
1590 | 2024-08-07 |
Building a minimal and generalizable model of transcription factor-based biosensors: Showcasing flavonoids
2018-09, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.26726
PMID:29733444
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研究论文 | 本文开发了一种新型生物传感器,用于检测pinocembrin,基于转录调节因子FdeR与荧光报告蛋白的结合,并通过组合库改变其质粒拷贝数和生物传感器TF的浓度,记录并建模了不同的响应 | 首次明确考虑质粒拷贝数对生物传感器灵敏度的影响,使用基于Hill的正式方法,能够解释未表征系统的响应,无需对TF的属性有广泛了解 | NA | 开发一种新型转录因子基生物传感器,并建立其与被感知分子之间的定量关系模型 | 转录因子FdeR与pinocembrin的相互作用 | 合成生物学 | NA | 转录因子基生物传感器 | Hill-based formalism | 生物传感器响应数据 | 通过组合库改变质粒拷贝数和生物传感器TF的浓度,记录不同的响应 |
1591 | 2024-08-07 |
Reconstitution of a minimal machinery capable of assembling periplasmic type IV pili
2017-06-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1618539114
PMID:28588140
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research paper | 研究通过合成生物学方法,在非原生异源宿主中重建了能够组装周质IV型菌毛的最小机制 | 研究展示了八个合成基因足以促进菌毛组装,并发现相应的蛋白质在细胞质膜上形成了一个大分子复合物 | NA | 提高对IV型菌毛组装分子机制的理解 | IV型菌毛及其组装机制 | NA | NA | 合成生物学 | NA | 蛋白质复合物 | NA |
1592 | 2024-08-07 |
Toward biomanufacturing of next-generation bacterial nanocellulose (BNC)-based materials with tailored properties: A review on genetic engineering approaches
2024-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108390
PMID:38823654
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综述 | 本文综述了通过遗传工程方法制造具有定制特性的下一代细菌纳米纤维素(BNC)基材料的进展 | 介绍了通过基因过表达、敲除以及合成生物学和CRISPR/Cas技术调控BNC生物合成的创新方法 | BNC的大规模生产受限于其低产率、微生物菌株的不稳定性及成本问题 | 探讨如何通过遗传工程提高BNC的生产效率和定制其材料特性 | 细菌纳米纤维素(BNC)及其基材料 | 生物技术 | NA | 遗传工程、合成生物学、CRISPR/Cas技术 | NA | NA | NA |
1593 | 2024-08-07 |
The bioproduction of astaxanthin: A comprehensive review on the microbial synthesis and downstream extraction
2024-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108392
PMID:38825214
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综述 | 本文全面综述了虾青素的微生物合成及其下游提取方法 | 介绍了通过合成生物学构建的多种重组微生物宿主用于虾青素生产,以及近年来报道的高效绿色提取方法 | NA | 旨在全面介绍虾青素生产和提取的进展 | 虾青素的微生物合成及提取方法 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
1594 | 2024-08-07 |
Cordyceps militaris: A novel mushroom platform for metabolic engineering
2024-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108396
PMID:38906495
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综述 | 本文综述了利用冬虫夏草作为细胞工厂生产高价值化学品和营养素的潜力 | 探讨了冬虫夏草作为新型底盘细胞的深入研究和开发的具体和有前景的机会 | 讨论了在计算生物学、现有DNA元件和基因组编辑方法等领域进一步研究冬虫夏草的挑战和障碍 | 探索冬虫夏草作为细胞工厂生产高价值化学品和营养素的潜力 | 冬虫夏草及其生物活性化合物 | NA | NA | 基因组编辑 | NA | NA | NA |
1595 | 2024-08-07 |
Advancing microbial production through artificial intelligence-aided biology
2024-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108399
PMID:38925317
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综述 | 本文综述了人工智能辅助微生物生产的主要组成部分和最新进展 | 利用人工智能处理、学习和预测大量生物数据,将传统的DBT循环转变为多维的DBTLP工作流程 | 讨论了将新型人工智能技术整合到生物学中的挑战 | 探讨人工智能在微生物生产中的应用及其对合成生物学的影响 | 微生物细胞工厂和合成生物学中的遗传装置 | 机器学习 | NA | 人工智能 | 大型语言模型 | 生物数据 | NA |
1596 | 2024-08-07 |
Machine learning for the advancement of genome-scale metabolic modeling
2024-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108400
PMID:38944218
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综述 | 本文综述了机器学习(ML)和深度学习(DL)在基因组尺度代谢模型(GEM)构建中的应用及其对生物医学和生物工程领域的潜在影响 | 探讨了多学科工具和策略(如合成生物学、约束基模型、多组学和机器学习)的集成潜力,以超越传统生物学教条探索生化现象 | 多学科方法框架的发展主要独立进行,限制了不同领域生物知识的串联 | 展示如何通过整合实验和计算策略,利用特定条件下的细胞信息推动生物系统知识的扩展,并提升机器学习基础的约束基模型在生物医学和生物工程领域的应用 | 基因组尺度代谢模型(GEM)的构建及其在生物医学和生物工程中的应用 | 系统生物学 | NA | 机器学习(ML),深度学习(DL) | NA | 多组学数据(转录组学、蛋白质组学等) | NA |
1597 | 2024-08-07 |
Correction: Zhantlessova et al. Advanced "Green" Prebiotic Composite of Bacterial Cellulose/Pullulan Based on Synthetic Biology-Powered Microbial Coculture Strategy. Polymers 2022, 14, 3224
2024-Jun-26, Polymers
IF:4.7Q1
DOI:10.3390/polym16131802
PMID:39000809
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1598 | 2024-08-07 |
Illuminating protein space with a programmable generative model
2023-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06728-8
PMID:37968394
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研究论文 | 介绍了一种名为Chroma的可编程生成模型,用于生成新的蛋白质结构和序列,并能够根据特定属性和功能进行条件生成 | 引入了尊重聚合物集合构象统计的扩散过程,以及用于分子系统的高效神经架构,支持长距离推理并具有次二次缩放特性 | NA | 加速蛋白质设计的编程,以造福人类健康、材料科学和合成生物学 | 蛋白质及其复合物的设计 | 生物信息学 | NA | 扩散模型 | 生成模型 | 蛋白质结构 | 310种蛋白质 |
1599 | 2024-08-07 |
Modulation of Higher-order Behaviour in Model Protocell Communities by Artificial Phagocytosis
2019-05-06, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.201901469
PMID:30861271
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研究论文 | 研究通过人工吞噬作用调节模型原细胞群落的高阶行为 | 探索了合成原细胞混合群体中的集体行为,利用人工吞噬过程调节生物无机原细胞混合群体的功能和高阶行为 | NA | 研究合成原细胞群落中的集体行为及其通过人工吞噬作用的调节机制 | 酶负载的二氧化硅胶体粒子和磁性皮克林乳液(MPE)滴 | 合成生物学 | NA | 人工吞噬作用 | NA | 胶体粒子、乳液滴 | 具体数量未提及 |
1600 | 2024-08-07 |
Adaptive Landscapes in the Age of Synthetic Biology
2019-05-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msz004
PMID:30657938
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研究论文 | 本文重新定义了适应性景观,将其从描述性现象学转变为基于生物过程的概念,并探讨了其在预测适应过程和适应性效应分布中的应用。 | 本文将适应性景观从比喻转变为科学框架,使其能够用于测试因果假设。 | NA | 重新定义适应性景观,并探讨其在生物进化中的应用。 | 适应性景观及其在生物进化中的机制和应用。 | 生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |