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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1621 | 2026-05-26 |
Exploring specialized metabolic pathways in medicinal plants with single-cell and spatial omics
2026-May, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2025.12.023
PMID:42180555
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综述 | 探讨单细胞和空间组学技术在药用植物特殊代谢途径研究中的应用 | 综述了单细胞和空间组学技术在解析药用植物细胞类型特异性代谢途径中的前沿进展,如单萜吲哚生物碱和紫杉醇的生物合成研究 | 未明确指出技术应用的具体局限性,但隐含了当前方法在数据处理和成本方面的潜在挑战 | 总结单细胞和空间组学技术进展,评估其在代谢途径发现和分区中的应用,并探讨其在植物合成生物学和代谢工程中的未来方向 | 药用植物中特殊代谢物的生物合成途径 | 数字病理学 | NA | 单细胞组学、空间组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 药用植物 | NA | 医药、合成生物学 |
| 1622 | 2026-05-26 |
Arboviral Diseases in a Changing World: Evolutionary Dynamics, Host-Vector Interactions, and Novel Control Strategies
2026-Feb, Vector borne and zoonotic diseases (Larchmont, N.Y.)
DOI:10.1177/15303667251376450
PMID:40955762
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综述 | 系统综述虫媒病毒在气候变化背景下的进化动态、宿主-媒介互作及新型防控策略 | 整合基因组分析、元流行病学综合与预测建模的多学科框架,系统阐述CRISPR基因驱动、沃尔巴克氏体干预及mRNA疫苗等新型防控策略 | 伦理、生态和监管问题(如基因编辑和微生物干预)需进一步考量 | 理解虫媒病毒进化机制、宿主-媒介互作及新型控制策略以有效缓解疾病 | 登革病毒、寨卡病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒等虫媒病毒及其媒介(蚊、蜱) | NA | 虫媒病毒病 | 基因组分析、元流行病学综合、预测建模 | NA | 文献数据 | 从16320篇初始文献中筛选出12项高质量同行评审研究 | CRISPR基因驱动 | 蚊、蜱 | 基因驱动回路、基于RNAi的抗病毒回路 | 医学 |
| 1623 | 2026-05-26 |
Next-Generation Probiotics: From Traditional Strains to Personalized Therapeutics
2026-01, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.70339
PMID:41327880
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review | 本文综述了从传统益生菌到下一代益生菌的演变,重点比较了机制差异和功能进步,并探讨了合成生物学、人工智能和微生物组分析在个性化益生菌治疗中的潜力 | 系统对比传统益生菌与下一代益生菌在机制上的区别,引入合成生物学可编程基因电路和人工智能驱动的个性化治疗策略 | 广泛临床应用仍处于早期阶段,面临安全性、监管和转化方面的挑战 | 比较传统与下一代益生菌,探讨个性化治疗的前沿进展 | 传统益生菌(如乳杆菌属、双歧杆菌属)与下一代益生菌(如阿克曼氏菌、普拉梭菌) | NA | 代谢性疾病、炎症性疾病、神经系统疾病 | 合成生物学、微生物组分析 | NA | NA | NA | 可编程基因电路 | 人体肠道微生物 | 可编程基因电路 | 医学、营养学 |
| 1624 | 2026-05-26 |
Gut-engineered Bacillus subtilis-mediated BAMBI delivery for the treatment of thioacetamide-induced liver fibrosis through mechanotransduction inhibition
2026, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2026.1817519
PMID:42183058
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研究论文 | 利用肠道工程化枯草芽孢杆菌递送BAMBI蛋白治疗硫代乙酰胺诱导的肝纤维化 | 首次采用遗传工程枯草芽孢杆菌通过肠-肝轴持续递送BAMBI蛋白,同时抑制生化信号和机械传导,创新性地将合成生物学与机械生物学相结合治疗肝纤维化 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体中验证;需评估长期口服活菌的安全性和潜在副作用 | 开发一种基于工程微生物的肝纤维化治疗方法,通过抑制机械传导来逆转肝纤维化 | 经硫代乙酰胺诱导肝纤维化的小鼠模型 | 合成生物学 | 肝纤维化 | 遗传工程、口服给药、组织分析、血清标志物检测 | NA | 实验数据(组织学评分、血清生化指标、蛋白表达数据) | 小鼠模型,具体数量未在摘要中说明 | NA | 枯草芽孢杆菌 | 构建持续分泌BAMBI蛋白的基因电路 | 医学 |
| 1625 | 2026-05-26 |
Microbial production of 5-epi-jinkoheremol, a plant-derived antifungal sesquiterpene
2024-10-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01191-24
PMID:39283105
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研究论文 | 利用微生物平台高效生产植物源抗真菌倍半萜5-epi-jinkoheremol | 首次构建高效微生物细胞工厂可持续生产该抗真菌倍半萜,通过蛋白质工程优化关键酶TPS18提升催化活性和稳定性 | 研究未评估大规模发酵的经济可行性和实际农业应用效果 | 构建微生物平台实现植物源抗真菌倍半萜的高水平生产 | 5-epi-jinkoheremol及其合成酶TPS18 | 合成生物学 | 作物真菌病害 | 代谢工程,蛋白质工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 甲羟戊酸和甾醇生物合成途径优化,转录因子Hac1和mA写入因子Ime4代谢工程策略 | 农业 |
| 1626 | 2026-05-26 |
Optogenetic and chemogenetic approaches for modeling neurological disorders in vivo
2024-04, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2024.102600
PMID:38548126
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综述 | 综述基于光遗传学和化学遗传学的动物模型在模拟人类神经疾病中的应用 | 利用光遗传学和化学遗传学等合成生物学方法,在细胞层面精准诱导病理状态,模拟多种人类神经疾病,提供传统模型无法实现的新机遇 | 未明确说明具体局限性 | 总结基于光遗传学和化学遗传学的神经疾病动物模型及其未来发展方向 | 光遗传学和化学遗传学动物模型 | NA | 神经疾病, 阿尔茨海默病, 帕金森病, 肌萎缩侧索硬化, 癫痫, 共济失调 | 光遗传学, 化学遗传学 | NA | NA | NA | 光遗传学, 化学遗传学 | 动物(未指定具体物种) | 光遗传和化学遗传调控通路 | 医学 |
| 1627 | 2026-05-26 |
Design and assembly of the 117-kb Phaeodactylum tricornutum chloroplast genome
2024-03-29, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiad670
PMID:38114089
|
研究论文 | 展示两种方法克隆三角褐指藻117-kb叶绿体基因组,并通过酵母组装实现高效克隆和工程改造 | 首次实现了高效克隆117-kb藻类叶绿体基因组,并设计了可线性化和整合表达盒的SapI位点,为叶绿体合成生物学底盘开发提供了新方法 | 该方法可能仅适用于类似基因组大小和结构的物种(如假微型海链藻),且尚未验证在藻类叶绿体中的实际递送和表达效果 | 开发高效克隆和工程改造叶绿体基因组的技术,拓展光合真核生物的合成生物学底盘 | 三角褐指藻的叶绿体基因组 | 合成生物学 | NA | 酵母组装, 金门克隆, PCR扩增 | NA | DNA序列 | 10个酵母菌落 | 酵母组装, 金门克隆 | 酿酒酵母, 大肠杆菌 | NA | 工业生物技术, 农业 |
| 1628 | 2026-05-25 |
Amalgamation of Biofilms and Synthetic Biology: A Paradigm Shift in Biotechnology
2026-Feb-17, Medical principles and practice : international journal of the Kuwait University, Health Science Centre
IF:2.9Q1
DOI:10.1159/000550994
PMID:41701651
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综述 | 本文综述了生物膜工程与合成生物学交叉领域的最新进展,重点介绍了调控生物膜行为以用于生物技术应用和解决相关挑战的策略 | 整合了噬菌体疗法、电遗传系统、微生物联合体设计、群体感应调控、遗传电路、胞外聚合物修饰和抗菌肽涂层表面等多种策略,实现了对生物膜结构、组成和代谢输出的精确调控 | 存在生物安全性、异质性、可扩展性和监管合规性等挑战 | 探讨合成生物学工具在生物膜工程中的应用,以优化生物膜在废水处理、生物修复、生物能源和诊断等领域的性能,并控制致病性生物膜 | 生物膜及其工程化系统 | 机器学习 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 遗传电路 | 环境, 能源, 医学 |
| 1629 | 2026-05-25 |
Predicting lasso peptide structure with LassoPred
2026, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2026.01.037
PMID:42177065
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研究论文 | 提出LassoPred,一个基于机器学习的模块化计算流程,用于从序列预测套索肽的三维结构 | LassoPred通过整合ESM2嵌入训练的支持向量机分类器注释关键拓扑特征(异肽环和塞子残基),并采用拓扑感知的结构构建器组装和优化原子模型,实现了近实验精度,同时将预测时间缩短至分钟级,并将已知套索肽结构覆盖率从不足50个扩展至超过4000个基因组挖掘模型 | 输入标题与摘要中未明确提及局限性 | 从序列准确预测套索肽的三维结构,桥接序列发现与结构洞察的差距 | 套索肽(LaPs) | 机器学习 | NA | 机器学习、同源建模、能量最小化 | 支持向量机 | 序列数据 | 超过4000个基因组挖掘模型 | NA | NA | NA | 酶学、结构生物学、合成生物学、治疗学设计 |
| 1630 | 2026-05-25 |
Pathway crosstalk enables degradation of aromatic compounds in marine Roseobacter clade bacteria
2025-09-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00978-25
PMID:40793766
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研究论文 | 通过多组学分析和CRISPR-Cas基因编辑,破译海洋玫瑰杆菌分支菌中芳香化合物的降解途径,发现β-酮己二酸途径与β-氧化途径在硫解步骤的交叉对话 | 首次揭示海洋玫瑰杆菌分支菌中芳香化合物降解的完整途径,并发现途径交叉对话的新机制 | 研究主要基于模型化合物,对其他芳香化合物的适用性及海洋环境中的实际降解效率尚待验证 | 阐明海洋细菌中芳香化合物的生物转化途径,为环境修复和生物碳循环利用奠定基础 | 海洋玫瑰杆菌分支菌中的芳香化合物降解途径 | 合成生物学 | NA | 多组学分析, CRISPR-Cas基因编辑, NGS | NA | 基因组数据, 代谢组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 海洋玫瑰杆菌分支菌 | β-酮己二酸途径与β-氧化途径的交叉对话 | 环境, 工业生物技术 |
| 1631 | 2026-05-25 |
Enhanced phenanthrene degradation by a synthetically engineered E. coli consortium utilizing the SCRaMbLE for the evolution of key genes
2025-09-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139152
PMID:40628214
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研究论文 | 本研究利用SCRaMbLE方法对关键基因进行进化,构建了由三株工程化大肠杆菌组成的合成菌群,用于高效降解菲 | 首次将SCRaMbLE方法应用于多环芳烃降解菌群关键基因的定向进化,显著提升了菲的降解效率 | 研究仅测试了100 mg/L的菲浓度,未评估其他浓度或实际污染环境中菌群的降解性能 | 开发基于合成生物学和SCRaMbLE的微生物菌群策略,以增强菲的生物降解 | 菲,一种多环芳烃污染物 | 环境工程 | NA | SCRaMbLE | NA | 生物降解数据 | 三个工程化大肠杆菌菌株(E. coli SCRPHE033、E. coli SCRKA065、E. coli CRSA)在含有100 mg/L菲的MSM培养基中测试 | SCRaMbLE | 大肠杆菌BL21(DE3) | 菲完全矿化的三个分解代谢模块(上游、下游及辅助模块),整合17个关键基因 | 环境生物修复 |
| 1632 | 2026-05-25 |
CTGCT, Centre of Excellence for the Technologies of Gene and Cell Therapy: Collaborative translation of scientific discoveries into advanced treatments for neurological rare genetic diseases and cancer
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.051
PMID:39760072
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评论 | CTGCT卓越中心旨在将科学发现转化为针对神经系统罕见遗传病和癌症的先进基因与细胞疗法 | 斯洛文尼亚首个此类中心,整合合成生物学工具、基因编辑、RNA技术、免疫调控工程及新型递送系统,建立GMP设施推动临床转化 | 尚未提供具体实验数据或临床结果评估 | 推动基因与细胞疗法从基础研究向临床应用转化 | 神经系统罕见遗传病和癌症 | 数字病理学 | 神经系统罕见遗传病, 癌症 | 基因编辑, 剪接技术, RNA技术, 免疫调控工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 1633 | 2026-05-24 |
Unveiling the adaptive structure-function synergy in thermophilic translation initiation factor 1: A molecular dynamics framework
2026-Aug, Biophysical chemistry
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.bpc.2026.107644
PMID:42085878
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研究论文 | 通过分子动力学模拟揭示嗜热翻译起始因子1的结构-功能协同适应性机制 | 首次通过全原子分子动力学模拟系统比较嗜热与中温翻译起始因子1的动态特性,揭示嗜热因子通过扩展氢键和盐桥网络增强结构刚性的分子机制 | 仅基于计算机模拟,缺乏体外实验验证;仅研究了单一嗜热菌株的IF1蛋白 | 阐明嗜热细菌翻译起始因子1的热稳定性分子机制,为工程化耐热蛋白建立框架 | 嗜热菌Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum的IF1蛋白(TT_IF1)与中温菌Flavobacterium kingsejongi的IF1蛋白(FK_IF1) | 分子生物学 | 不适用 | 分子动力学模拟,主成分分析 | 不适用 | 模拟轨迹数据 | 每种IF1蛋白3次独立模拟,每次1000纳秒 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 合成生物学,工业生物技术 |
| 1634 | 2026-05-24 |
Modeling the cost and benefit of proteome regulation in a growing bacterial cell
2018-05-09, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/aabe43
PMID:29658492
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研究论文 | 构建了一个描述生长分裂细菌细胞中蛋白质组调控成本与收益的数学模型 | 通过内部动态机制内源性决定细胞生长速率,并利用模型研究调控的生态位边界 | 模型基于简化假设,可能未涵盖真实细胞中所有调控复杂性 | 研究细菌细胞中蛋白质组调控的成本与收益平衡,确定有利于调控进化的环境条件 | 大肠杆菌细胞中的代谢蛋白和核糖体蛋白分配调控 | 合成生物学 | NA | NA | 数学模型 | 模拟数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 蛋白质组资源分配调控回路 | 工业生物技术, 合成生物学 |
| 1635 | 2026-05-24 |
Template mediated protein self-assembly as a valuable tool in regenerative therapy
2018-04-11, Biomedical materials (Bristol, England)
DOI:10.1088/1748-605X/aab2fe
PMID:29489458
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研究论文 | 利用硅表面通过扩散限制聚集法自组装多种蛋白质,形成树枝状结构,用于再生治疗 | 提出一种无需电解质的扩散限制聚集方法,实现多种蛋白质在硅表面的自组装,并通过分形分析解释不同蛋白质的聚集路径差异 | 未讨论自组装结构在体内的长期稳定性和免疫原性 | 开发一种模板介导的蛋白质自组装平台,用于再生治疗中的表面修饰和细胞行为调控 | I型胶原蛋白、牛血清白蛋白、细胞色素C等蛋白质及大鼠骨髓干细胞 | 生物材料、再生医学 | NA | 扩散限制聚集法、分形分析 | NA | 图像 | 3种实验蛋白质和1种细胞模型(大鼠骨髓干细胞) | NA | NA | NA | 医学 |
| 1636 | 2026-05-24 |
Bottom-up synthetic biology: modular design for making artificial platelets
2017-12-06, Physical biology
IF:2.0Q3
DOI:10.1088/1478-3975/aa9768
PMID:29091050
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研究论文 | 本文提出了利用自下而上的合成生物学构建人工血小板的模块化设计方案 | 首次提出利用自下而上合成生物学概念构建人工血小板,并定义了四个功能模块以实现这一目标 | 未提供具体的实验验证或模块实现的详细技术细节 | 探索利用合成生物学构建人工血小板的可行性 | 人工血小板的模块化设计功能 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 人工血小板功能模块,包括凝血、黏附、释放等 | 医学 |
| 1637 | 2026-05-23 |
Coarse-grained modeling of hydrodynamic behavior in DNA synthesis monomers
2026-May-28, The Journal of chemical physics
IF:3.1Q1
DOI:10.1063/5.0325256
PMID:42170875
|
研究论文 | 提出了一种用于DNA合成单体粗粒化建模的方法,并研究了其流体动力学行为 | 首次提出DMT保护核苷酸单体的四珠粗粒化模型,并通过玻尔兹曼反演验证,计算效率提升20倍以上 | 未涉及实验验证或实际合成场景中的多因素影响 | 理解DNA合成中单体的微观动力学,优化合成参数 | DMT保护的核苷酸单体(腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤) | 机器学习 | NA | 粗粒化建模、随机欧拉-拉格朗日方法 | 粗粒化模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学,DNA数据存储 |
| 1638 | 2026-05-23 |
Selective on-chip DNA synthesis using electric field-assisted PCR
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d5lc01200g
PMID:42015792
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于微电极阵列的电辅助聚合酶链反应(E-PCR)系统,用于选择性片上DNA合成 | 利用电场操控实现DNA选择性固定和酶介导的单链DNA合成,达到微尺度空间控制,并优化电场模式解决电化学稳定性和DNA完整性挑战 | NA | 开发一种稳健的选择性片上DNA合成平台,用于高通量酶促合成 | DNA合成过程中的电场操控和酶反应 | 合成生物学 | NA | E-PCR(电辅助聚合酶链反应) | NA | 核酸序列 | NA | NA | NA | NA | DNA数据存储,合成生物学,分子诊断 |
| 1639 | 2026-05-23 |
Systematic investigation of double emulsion dewetting dynamics for the robust production of giant unilamellar vesicles
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d6lc00098c
PMID:42018534
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研究论文 | 系统研究了双乳液去湿润动力学,以稳健制备巨单层囊泡 | 揭示了脂质组成、水相条件、液滴约束和流体动力学对去湿过程的影响,并提出了在生理盐存在下通过增加膜堆积饱和度克服盐诱导抑制的新见解 | NA | 提高基于液滴微流体的巨单层囊泡平台的可靠性和可及性,以推动生物物理学、合成生物学和药物发现领域的发展 | 双乳液去湿润动力学及巨单层囊泡的形成 | 合成生物学 | NA | 双乳液液滴微流控 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物物理学, 合成生物学, 药物发现 |
| 1640 | 2026-05-23 |
A combinatorial screening platform for in situ gene delivery to adherent cells via digital microfluidics and flexible electrodes
2026-May-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d6lc00124f
PMID:42029944
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研究论文 | 开发了一种集成数字微流控与柔性电极的组合筛选平台,用于原位基因递送至贴壁细胞 | 通过数字微流控与柔性叉指电极阵列的集成,实现贴壁细胞低电压电穿孔及全自动试剂梯度生成,避免酶消化带来的生理应激 | NA | 解决传统电穿孔技术通量低、试剂消耗高及需细胞悬浮等问题,实现贴壁细胞原位高效基因递送 | 贴壁细胞(人真皮成纤维细胞) | 数字病理学 | NA | 数字微流控, 电穿孔 | NA | 图像 | NA | NA | 人真皮成纤维细胞 | NA | 再生医学, 合成生物学 |