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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1641 | 2026-05-23 |
Synthetic Biology-Based Heterologous Expression and Purification of Enterocin A: Advancing Antimicrobial Peptide Applications
2026-01, Molecular nutrition & food research
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/mnfr.70260
PMID:40936353
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研究论文 | 本研究设计并合成了编码肠球菌素A的完整遗传盒,在大肠杆菌中异源表达并纯化出具有抗菌活性的重组多肽 | 开发了从包含体中高效回收并重折叠生物活性细菌素的稳健低成本方法,为抗菌肽应用提供新途径 | 未提及该方法的长期稳定性或体内应用效果 | 开发基于合成生物学的异源表达和纯化方法,以生产抗菌肽肠球菌素A | 肠球菌素A的合成基因盒及其在大肠杆菌中的表达产物 | 合成生物学 | 抗菌耐药相关疾病 | PCR、测序、Ni-NTA亲和层析 | NA | 序列数据 | 5种多重耐药病原菌用于抗菌活性测试 | NA | 大肠杆菌 | 合成遗传盒包含entA基因、His标签及调控元件,用于表达肠球菌素A | 医学、食品 |
| 1642 | 2026-05-23 |
Cancer-associated transporters: Molecular drivers and drug delivery gateways
2025-12, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.117376
PMID:41046076
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综述 | 系统描述p53对膜转运蛋白的调控及其在癌症代谢、耐药和治疗中的角色 | 整合p53野生型、突变型和淀粉样构象对多种转运蛋白(糖、氨基酸、金属离子、脂质转运蛋白及ABC转运蛋白)的转录和转录后调控,并探索双重靶向p53异常和膜转运蛋白的合成生物学与精准递送策略 | p53调控转运蛋白的转录后机制和淀粉样构象的作用仍未被充分研究 | 阐明p53调控膜转运蛋白的分子机制,并探讨其在癌症代谢重编程和耐药中的治疗潜力 | p53野生型、突变型和淀粉样形式调控的膜转运蛋白(如GLUTs、MCTs、NIS、P-gp、LAT1等) | 癌症生物学 | 癌症 | CRISPR/Cas9, 小分子抑制剂, siRNA, 纳米颗粒共递送系统 | NA | 文献综述数据 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 合成生物学和精准递送途径(双靶向策略) | 医学 |
| 1643 | 2026-05-23 |
Artificial cells with liquid-liquid phase separation-regulated cell-free protein synthesis
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2511283122
PMID:41269793
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研究论文 | 该论文展示了利用液-液相分离调控的工程聚合物,实现对细胞自由蛋白质合成活性的可逆调控,从而构建具有可控蛋白质表达功能的人工细胞 | 提出利用液-液相分离诱导蛋白质聚集的机制,实现批量酶的抑制效果,并开发了一种微流控平台制造封装CFPS系统的人工细胞,在体内胆汁结扎小鼠模型中验证了碱性条件下蛋白质表达的显著差异 | 体内实验仅针对胆汁结扎小鼠模型,可能限制了其普适性评估 | 构建具有可调蛋白质合成能力的人工细胞,实现精确的时空蛋白质表达控制 | 液-液相分离调控的聚合物、细胞自由蛋白质合成系统、巨大单层囊泡、胆汁结扎小鼠模型 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离、微流控技术 | NA | 实验数据 | 胆汁结扎小鼠模型(样本量未明确说明) | NA | NA | 液-液相分离调控的蛋白质聚集回路 | 生物医学 |
| 1644 | 2026-05-23 |
Streptomyces Autoregulator Biosensors from Natural Product Cluster-Situated Regulators
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.05.673737
PMID:40950212
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研究论文 | 开发了基于簇定位调控因子的链霉菌自诱导剂生物传感器及合成其配体的途径 | 首次系统开发了八种基于CSR的自诱导剂生物传感器,并验证了其在共培养和正交信号系统中的应用潜力 | 仅测试了部分非认知CSR与自诱导剂之间的串扰,且生物传感器的工业适用性有待进一步评估 | 开发和应用基于CSR的自诱导剂生物传感器以解析链霉菌群体感应回路并增强遗传回路复杂性 | 链霉菌中的簇定位调控因子及其自诱导剂配体 | 合成生物学 | NA | 生物传感器构建、共培养分析 | NA | 基因表达数据 | 八个CSR-自诱导剂系统及配体合成途径 | NA | 链霉菌, 大肠杆菌 | 生物传感器、正交信号系统、多输入遗传回路 | 工业, 农业 |
| 1645 | 2026-05-23 |
Amorpha-4,11-diene synthase: a key enzyme in artemisinin biosynthesis and engineering
2021-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-021-00058-x
PMID:36303880
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综述 | 综述了青蒿素生物合成中关键酶Amorpha-4,11-diene synthase (ADS)的发现、催化机制及其在代谢工程和合成生物学中的应用 | 系统总结了ADS在青蒿素生物合成途径中的关键作用及其底物杂泛性在新化学酶法生产青蒿素中的应用 | 未提及具体实验数据或模型验证,可能缺乏对ADS工程化最新技术的深度定量分析 | 综述ADS在青蒿素生物合成与工程化中的研究进展 | Amorpha-4,11-diene synthase (ADS) 酶 | 合成生物学 | 疟疾 | NA | NA | NA | NA | 代谢工程、合成生物学 | 微生物 | 青蒿素生物合成途径 | 医药 |
| 1646 | 2026-05-22 |
Breaking boundaries for PFAS surveillance in water reservoirs: CRISPR-electrochemical synergies from MXene to microfluidics- A review
2026-Sep-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.118756
PMID:42070443
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综述 | 本文提出了一个基于MXene、CRISPR-Cas12a和微流控协同融合的下一代全氟和多氟烷基物质(PFAS)监测框架 | 首次提出将磺酸基功能化MXene、CRISPR-Cas12a和微流控自动化三者协同结合,实现PFAS的超高灵敏度、特异性和便携式检测 | 作为综述,缺乏实验验证数据和实际环境样本测试结果,且框架的实际可行性尚待进一步实验证明 | 开发超越现有方法局限的下一代PFAS监测技术,实现超灵敏、特异性强、便携且低成本的检测方法 | PFAS(全氟和多氟烷基物质) | 环境监测 | NA | CRISPR-Cas12a, 核酸适配体技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas12a | NA | PFAS特异性适配体引导的CRISPR-Cas12a检测系统 | 环境, 水处理 |
| 1647 | 2026-05-22 |
Extended Dissipative Analysis for Uncertain Delayed Genetic Regulatory Networks via Interval Type-2 T-S Fuzzy Framework
2026-Jun, IEEE transactions on cybernetics
IF:9.4Q1
DOI:10.1109/TCYB.2026.3652172
PMID:41553905
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研究论文 | 本文在区间二型T-S模糊框架下研究不确定时滞基因调控网络的扩展耗散性分析 | 首次利用区间二型模糊集捕获基因调控网络的复杂动态和参数不确定性,通过构建新Lyapunov-Krasovskii泛函导出最大允许时滞界限,并开发隶属函数依赖的稳定性准则以降低保守性 | 数值示例显示了优于现有方法的性能,但未提及其他实际约束或实验验证 | 发展不确定时滞基因调控网络的鲁棒控制策略理论分析和设计 | 不确定时滞基因调控网络 | 机器学习 | NA | NA | 区间二型T-S模糊模型 | 数值仿真数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 1648 | 2026-05-22 |
The role of fungal G protein-coupled receptors in interspecies cell-cell communication
2026-May-21, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuag024
PMID:42166155
|
综述 | 总结真菌G蛋白偶联受体在非自身信号感知中的角色,并提出改进的分类系统 | 提出区分已表征、假定和未表征GPCRs的细化分类系统,并强调合成生物学工具在解析真菌GPCRs生理作用中的潜力 | 多数真菌GPCRs仍是孤儿受体,配体和功能未知,限制了对其在跨物种细胞间通讯中作用的全面理解 | 阐明真菌G蛋白偶联受体在跨物种细胞间通讯中的作用 | 真菌G蛋白偶联受体及与其相互作用的非自身信号 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 真菌 | NA | 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 1649 | 2026-05-22 |
Recurrent neural chemical reaction networks that approximate arbitrary dynamics
2026-May-20, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101572
PMID:42025162
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研究论文 | 提出一种名为“递归神经化学反应网络”(RNCRN)的模块化分子架构,用于逼近任意动力学行为 | 首次将递归人工神经网络的概念引入化学反应网络,并证明其可以系统训练以模拟任意动力学,且具有DNA链置换技术的实验可行性 | 需要足够多的化学神经元和快速反应才能实现精确逼近,且实际训练中只能使用少量神经元和中等反应速率范围 | 解决合成生物学和分子纳米技术中构建具有丰富动力学特性的新型化学系统的难题 | 递归神经化学反应网络的分子实现和动力学近似能力 | 机器学习 | NA | DNA链置换技术 | 递归神经网络 | NA | NA | DNA链置换技术 | NA | 递归神经化学反应网络(类似合成神经电路) | 合成生物学, 分子纳米技术 |
| 1650 | 2026-05-22 |
PHYCUT: Scalable Multiplex CRISPR/Cas9 Editing for Genome Engineering in the Diatom Phaeodactylum tricornutum
2026-05-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00843
PMID:41979903
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研究论文 | 开发了一种名为PHYCUT的多重CRISPR/Cas9编辑工具,用于硅藻基因工程,特别是减少免疫原性岩藻糖基化 | 首次在硅藻中实现基于质粒的多重CRISPR/Cas9编辑系统,利用Csy4核糖核酸酶处理多导向RNA阵列,可同时编辑多个基因 | 文章未明确讨论长期遗传稳定性或脱靶效应,且系统在非模式硅藻中的适用性尚未验证 | 解决硅藻多重基因组编辑效率低的问题,并实现人源化糖基化修饰以支持生物制药应用 | 三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)及其α(1,3)-岩藻糖基转移酶基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9, Csy4核糖核酸酶处理, 多重基因编辑 | NA | NA | 三个α(1,3)-岩藻糖基转移酶基因的编辑, 多个菌株获得低岩藻糖基化 | CRISPR-Cas9 | 三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum) | 多导向RNA阵列处理系统,基于Csy4核糖核酸酶 | 生物制药, 藻类生物技术 |
| 1651 | 2026-05-22 |
Yeast MoClo Secretion and Surface Display Toolkit 2.0: Improvements and Applications for Analysis of protein-protein Interactions and Whole-Cell Biocatalysis
2026-05-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00085
PMID:42025218
|
研究论文 | 介绍了酵母MoClo分泌和表面展示工具包2.0的改进及其在蛋白质相互作用分析和全细胞生物催化中的应用 | 通过添加基于截短Aga1的N端融合和Aga2的C端融合的锚蛋白新部件,以及GFP荧光互补检测和分泌增强蛋白部件,实现了高通量检测和表达优化 | 未提及具体局限性 | 改进和扩展酵母MoClo分泌和表面展示工具包,用于蛋白质相互作用分析和全细胞生物催化 | 酵母细胞、异源蛋白、抗GFP纳米抗体、PET降解酶、疏水蛋白1、MHETase | 合成生物学 | NA | 模块化克隆(MoClo)、流式细胞术、酵母免疫共沉淀 | NA | 蛋白质相互作用数据、酶活性数据 | NA | MoClo | 酿酒酵母 | 分泌和表面展示系统、荧光互补系统 | 工业生物技术、环境科学 |
| 1652 | 2026-05-22 |
Systematic Evaluation of Different Ribonucleoprotein Complexes as Posttranscriptional Biosensors in Cell-Free TX-TL Systems
2026-05-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00170
PMID:42086502
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研究论文 | 系统评估了三种不同核糖核蛋白复合物在无细胞转录翻译系统中作为转录后生物传感器的性能 | 首次系统比较了三种RNP电路(RISC、MS2-CNOT7和L7Ae)在不同无细胞平台(真核、原核和重组)中的表现,并展示了L7Ae电路在蛋白酶响应性病毒检测中的潜力 | IVT RNA基miRNA传感器中报告基因基线表达水平的可靠量化存在瓶颈;MS2-CNOT7电路在真核裂解液中受裂解液依赖性限制,降低了其可编程性 | 评估RNP复合物作为无细胞转录后生物传感器的可行性及平台通用性 | 三种核糖核蛋白电路(RISC、MS2-CNOT7和L7Ae)在不同无细胞转录翻译系统(真核、原核和重组)中的性能 | 合成生物学 | NA | 无细胞转录翻译系统 | NA | NA | NA | NA | NA | 转录后生物传感器电路(RISC、MS2-CNOT7和L7Ae) | 医学, 环境 |
| 1653 | 2026-05-22 |
AHR: The Overlooked Mediator in SkincareBridging Environmental Sensing and Skin Physiology
2026-May-15, Environment & health (Washington, D.C.)
DOI:10.1021/envhealth.5c00424
PMID:42164887
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综述 | 本文综述了芳香烃受体(AHR)在护肤品中作为环境传感与皮肤生理学桥梁的媒介作用,及其在化妆品生物活性物质效应中的新角色 | 挑战了AHR仅作为外源物传感器的传统观点,将其重新定义为整合环境与生物活性信号的转录因子,并探讨了AI驱动建模和合成生物学等新兴工具在AHR研究中的应用潜力 | 基于现有研究的综述性质,可能受限于已发表研究的范围;缺乏直接的实验验证;未详细讨论AHR激活的潜在副作用或个体差异 | 建立AHR在皮肤功能调节中的整合枢纽作用,并展望未来研究方向以制定更精准的护肤策略 | AHR及其在皮肤生理中的调控机制 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 1654 | 2026-05-22 |
Incorporation of Cryptic Plasmid Energetics Improves Genome-Scale Metabolic Predictions in Probiotic E. coli Nissle 1917
2026-May, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70361
PMID:42152457
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研究论文 | 本研究将隐性质粒能量代谢整合进益生菌大肠杆菌Nissle 1917的基因组规模代谢模型,以提高代谢预测的准确性 | 首次在基因组规模代谢模型中考虑隐性质粒相关的能量成本,并系统比较不同模型细化深度与预测性能之间的权衡 | 未详细说明模型在复杂体外或体内环境下验证的局限性,且依赖单一菌株和特定实验条件 | 提高益生菌大肠杆菌Nissle 1917代谢预测的定量可靠性和生理相关性,支持益生菌工程和合成生物学 | 益生菌大肠杆菌Nissle 1917(EcN)及其隐性质粒 | 机器学习 | NA | 代谢组学分析 | 基因组规模代谢模型(GEM)、可能性代谢通量分析 | 代谢组学数据 | 一种菌株(EcN)在模拟肠道培养基和厌氧条件下的代谢组学分析 | NA | 大肠杆菌(E. coli Nissle 1917) | 隐性质粒能量代谢模块 | 医学、生物技术、合成生物学 |
| 1655 | 2026-05-22 |
Transforming a fragile protein helix into an ultrastable scaffold via a hierarchical AI and chemistry framework
2026-Apr-02, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.109753
PMID:41925723
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研究论文 | 提出一种结合AI引导设计与基础化学原理的分层框架,将脆弱的α-螺旋结构域转化为超稳定支架 | 首次将AI工具(如AlphaFold3)与化学原理(盐桥、金属配位)系统结合,实现多层级稳定化设计,使α-螺旋蛋白在热、机械和化学应力下具有前所未有的多轴稳定性 | 未说明 | 设计在同时热、机械和化学应力下保持结构完整性的蛋白质 | α-螺旋结构域 | 蛋白质工程 | NA | AI引导设计、分子动力学模拟 | AlphaFold3 | NA | 数百万个设计被筛选至最小候选集,具体样本量未说明 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 1656 | 2026-05-22 |
Using transcription and translation regulators to improve recombinant protein expression in CHO cells
2025-Sep-18, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025160
PMID:40963405
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综述 | 总结通过转录和翻译调控因子提高中国仓鼠卵巢(CHO)细胞中重组蛋白表达的策略 | 系统综述了转录因子和翻译调控因子在CHO细胞重组治疗蛋白生产中的应用,并提出了结合基因组学和合成生物学进展优化表达的新方法 | 未具体说明实验验证数据或量化不同策略的效果对比 | 提高CHO细胞中重组治疗蛋白的表达效率并降低生产成本 | CHO细胞中的转录因子和翻译调控因子 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法,基因组学 | NA | 综述文献 | NA | NA | CHO细胞 | NA | 医学 |
| 1657 | 2026-05-22 |
A Linear Mixed Effects Model for Evaluating Synthetic Gene Circuits
2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.30.630778
PMID:39803539
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研究论文 | 提出使用线性混合效应模型评估合成基因电路性能,并验证固定效应β作为布尔逻辑门行为的统计描述符 | 首次将线性混合效应模型系统应用于合成基因电路的统计分析,引入固定效应β作为量化布尔逻辑门性能的通用指标,并结合蒙特卡洛模拟推荐实验样本量 | 未提及 | 标准化合成基因电路性能评估的统计方法,建立可预测的布尔逻辑门性能指标 | 已发表的144个布尔逻辑门及设计的嵌套抑制子OR门 | 合成生物学 | NA | 线性混合效应模型,无监督机器学习(k-means聚类),蒙特卡洛模拟 | 线性混合效应模型 | 基因表达数据 | 144个布尔逻辑门数据及模拟样本量 | NA | NA | 合成基因电路,布尔逻辑门(OR门等) | 计算、生物传感、人类健康 |
| 1658 | 2026-05-22 |
Easy efficient HDR-based targeted knock-in in Saccharomyces cerevisiae genome using CRISPR-Cas9 system
2022-06, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2022.2162667
PMID:36602175
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研究论文 | 基于CRISPR-Cas9系统在酿酒酵母基因组中进行高效HDR导向的靶向敲入 | 优化方法实现了CRISPR-Cas9介导的染色体靶向整合,效率高达74%,且15 bp微同源臂在最小敲入构建体浓度下即可达到50%的靶向敲入率,全基因组测序无脱靶效应 | 未在文中明确提及 | 开发一种高效、特异的CRISPR-Cas9策略,用于酿酒酵母基因组中靶向染色体整合和异源基因的框内表达 | 酿酒酵母基因组中的外源基因靶向敲入 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 多个靶向位点,效率基于74%的整合率评估 | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 靶向敲入框架用于外源基因的框内表达,基于同源依赖重组 | 工业生物技术,合成生物学 |
| 1659 | 2026-05-22 |
New Set of Yeast Vectors for Shuttle Expression in Escherichia coli
2021-Mar-16, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.1c00339
PMID:33748631
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研究论文 | 该研究发现了酿酒酵母的GAL1/10双向启动子可用于大肠杆菌中的穿梭表达,并开发了一套用于原核和真核宿主间穿梭表达的Golden Gate组装载体 | 首次发现GAL1/10双向启动子在大肠杆菌中具有穿梭表达能力,并构建了适用于原核和真核宿主间快速表型分析的穿梭载体系统 | 未提及启动子在不同宿主间的表达效率差异及长期稳定性 | 开发具有广泛宿主特性的启动子以实现不同宿主间的遗传构建快速表型分析 | 酿酒酵母GAL1/10双向启动子及大肠杆菌 | 合成生物学 | NA | 高通量DNA测序, Golden Gate组装 | NA | NA | NA | Golden Gate组装 | 酿酒酵母, 大肠杆菌 | 穿梭表达载体系统 | 工业生物技术 |
| 1660 | 2026-05-22 |
The amino acid alphabet and the architecture of the protein sequence-structure map. I. Binary alphabets
2014-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1003946
PMID:25473967
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研究论文 | 探索二元氨基酸字母表序列-结构映射的架构及势能函数相对力的影响 | 采用图论视角和简单精确蛋白质模型,系统分析势能中吸引、中性和排斥力的相对比例如何定义不同类型的势能,并揭示它们对序列-结构映射架构的差异化影响 | 基于简化精确模型及随机采样,可能无法完全捕捉天然蛋白质的复杂性;未涉及实际蛋白质动力学或进化过程中的动态因素 | 阐明势能函数相对力对蛋白质序列-结构映射架构的影响,并探讨其对天然蛋白质折叠码、随机肽库构建及早期字母表演化的启示 | 二元氨基酸字母表的潜在能量函数空间及简单精确蛋白质模型 | 生物信息学 | NA | NA | 简单精确模型(图论视角) | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、进化生物学 |