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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1701 | 2025-10-05 |
Identification and application of bioparts for plant synthetic biology
2025-Oct, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mocell.2025.100273
PMID:40902856
|
综述 | 本文综述植物合成生物学中生物元件的鉴定与应用,重点关注启动子和终止子在基因表达调控中的作用 | 系统阐述双向启动子在基因叠加中的应用价值,以及启动子与终止子组合平衡对转基因表达稳定性的重要性 | NA | 探讨植物合成生物学中生物元件的鉴定方法和应用策略 | 植物合成生物学中的生物元件(启动子、终止子等) | 合成生物学 | NA | ATAC-seq, STARR-seq, 深度学习 | 深度学习模型 | 基因组序列数据 | NA | NA | 植物 | 基因回路设计,基因表达调控系统 | 医药,疫苗,生物燃料,生物材料 |
| 1702 | 2025-10-05 |
DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells
2025-Sep-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09188
PMID:40923324
|
研究论文 | 本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的跨膜信号传导机制,可在合成细胞中实现高效的内部信号处理和下游转录激活 | 首次发现胆固醇修饰单链DNA能通过成核驱动的缺陷介导过程自发翻转跨越脂质膜,并揭示了该过程由瞬时膜孔主导的机制 | NA | 开发合成细胞中简单可靠的跨膜信号传导机制 | 胆固醇修饰单链DNA和巨型单层脂质体 | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验 | NA | NA | NA | NA | 合成细胞/巨型单层脂质体 | DNA翻转介导的信号传导系统,包含跨膜信号输入和内部转录激活的输出通路 | 合成生物学 |
| 1703 | 2025-10-05 |
Mechanisms, detection, and impact of horizontal gene transfer in plant functional evolution
2025-Sep-09, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf195
PMID:40834228
|
综述 | 探讨水平基因转移在植物功能进化中的机制、检测方法及其影响 | 系统揭示植物界微生物-植物和植物-植物间水平基因转移的普遍性,并提出结合合成生物学与实验进化的未来研究方向 | 依赖现有植物基因组数据,尚未完全揭示水平基因转移的全貌 | 阐明水平基因转移在植物进化中的机制与适应性意义 | 植物界的水平基因转移事件 | 进化生物学 | NA | 系统发育基因组学方法、原位测序 | NA | 基因组序列数据 | 数百个近期测序的植物基因组 | 合成生物学 | 植物 | NA | NA |
| 1704 | 2025-10-05 |
The Rise of Mechanobiology for Advanced Cell Engineering and Manufacturing
2025-Sep, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202501640
PMID:40576525
|
综述 | 探讨力学生物学在细胞工程和制造中的最新进展及其应用潜力 | 强调机械信号作为关键工具增强或替代传统可溶性因子的创新理念 | 当前制造路线在生产效率、安全性、监管、成本效益和可扩展性方面存在局限 | 推动细胞工程和制造技术的发展以满足细胞治疗和再生医学需求 | 诱导多能干细胞、嵌合抗原受体T细胞等治疗性细胞 | 合成生物学 | NA | 微纳米技术、生物材料设计、机械限制 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 1705 | 2025-10-05 |
Flux-Balance Analysis and Mobile CRISPRi-Guided Deletion of a Conditionally Essential Gene in Shewanella oneidensis MR-1
2022-10-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00323
PMID:36219726
|
研究论文 | 本研究结合通量平衡分析和移动CRISPRi技术,成功删除了Shewanella oneidensis MR-1中的一个条件必需基因 | 开发了计算分析与实验验证相结合的基因工程流程,首次实现了对条件必需基因的系统性评估和删除 | 研究仅针对单一菌株和特定基因,方法在其他生物系统中的普适性有待验证 | 开发改进合成生物学工具以工程化模式生物实现二氧化碳固定 | Shewanella oneidensis MR-1细菌及其代谢基因 | 合成生物学 | NA | 通量平衡分析(FBA), 移动CRISPRi基因敲除系统 | 代谢网络模型 | 代谢通量数据, 基因敲除实验数据 | NA | CRISPRi | Shewanella oneidensis MR-1 | NA | 能源, 环境 |
| 1706 | 2025-10-05 |
Modular multi-enzyme cascades enable green and sustainable synthesis of non-canonical amino acids from glycerol
2025-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63341-1
PMID:40883312
|
研究论文 | 开发模块化多酶级联平台,利用甘油可持续合成非经典氨基酸 | 通过定向进化OPSS酶将C-N键形成催化效率提升5.6倍,建立可扩展至2升反应系统的模块化平台 | NA | 开发绿色可持续的非经典氨基酸合成方法 | 非经典氨基酸(含C-S、C-Se和C-N侧链) | 合成生物学 | NA | 定向进化、多酶级联催化 | NA | NA | 22种非经典氨基酸,克至十克级规模 | NA | NA | 模块化多酶级联系统 | 医药, 合成生物学, 生物材料 |
| 1707 | 2025-10-05 |
In silico encounters: harnessing metabolic modelling to understand plant-microbe interactions
2025-Jan-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf030
PMID:40705360
|
综述 | 本文综述了利用代谢模型研究植物-微生物相互作用的最新进展 | 系统整合基因组尺度代谢模型应用于植物-微生物互作研究,并探索合成微生物群落的计算机设计 | NA | 通过代谢网络建模理解植物-微生物相互作用的机制 | 植物宿主及其相关微生物组成的全生物系统 | 合成生物学 | NA | 基因组尺度代谢建模 | 代谢网络模型 | 基因组、宏基因组、表型数据 | NA | NA | 植物、微生物 | NA | 农业 |
| 1708 | 2025-10-05 |
Engineering plant holobionts for climate-resilient agriculture
2025-Jan-02, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wraf158
PMID:40748243
|
综述 | 提出通过微生物组工程构建合成微生物群落以增强农业气候韧性的综合框架 | 提出可编程全息生物体概念,整合微生物生态学、合成生物学和计算建模构建具有动态反馈和生态记忆的植物-微生物共生系统 | NA | 开发气候韧性农业的工程化微生物组解决方案 | 植物全息生物体(植物宿主及其微生物组) | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰、生物传感器电路、群体感应模块、基因组尺度代谢模型、动态通量平衡分析、机器学习 | 机器学习 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物、微生物 | 生物传感器电路、群体感应模块、可编程微生物功能 | 农业 |
| 1709 | 2025-10-05 |
Innate lymphoid cells in the spotlight: from biomarkers to blueprint for innovative immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1655730
PMID:40963622
|
综述 | 本文综述了先天淋巴样细胞(ILCs)在免疫调节和疾病中的作用,并探讨了其作为生物标志物和免疫治疗新策略的潜力 | 系统阐述了ILCs作为新型免疫治疗蓝图的转化潜力,包括CAR-ILC工程、细胞扩增技术和多组学方法的应用 | ILC亚群异质性、可塑性、组织限制性驻留和有限的可扩展性仍是临床应用的障碍 | 探讨ILCs在自身免疫疾病和癌症中作为预测、诊断和治疗靶点的作用 | 先天淋巴样细胞(ILCs)及其亚群(ILC1s、ILC2s、ILC3s、LTi细胞) | 免疫学 | 自身免疫疾病,癌症 | 多组学技术、单细胞图谱、合成生物学方法 | NA | NA | NA | CAR工程 | 脐带血、多能干细胞 | 嵌合抗原受体(CAR)工程 | 医学 |
| 1710 | 2025-10-05 |
Transforming vaccinology
2024-Sep-19, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.07.021
PMID:39303685
|
综述 | 本文回顾疫苗学发展历程并展望未来技术变革,重点介绍mRNA疫苗等突破性技术对疫苗领域的革新作用 | 系统梳理疫苗学关键技术演进,强调反向疫苗学、合成生物学和mRNA平台等革命性技术如何将失败转化为成功疫苗 | 未涉及具体实验数据或临床研究,主要基于历史视角和技术展望 | 探讨疫苗学技术发展历程及未来变革方向 | 疫苗技术发展历程及免疫机制研究 | 疫苗学 | 传染病(脑膜炎B型、呼吸道合胞病毒等) | 反向疫苗学、合成生物学、结构设计、mRNA技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 1711 | 2025-10-05 |
Integrating kinetic models, gene circuits, and biofilm dynamics for enhanced exopolysaccharide production in nitrifying bacterial consortia
2025-Oct, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2025.107237
PMID:40850333
|
研究论文 | 本研究通过动力学模型和合成生物学方法优化硝化细菌群落胞外多糖生产和氮去除性能 | 整合动力学模型与基因电路设计来优化细菌群落的胞外多糖生产和氮去除效率 | NA | 优化硝化细菌群落的胞外多糖生产和氮去除性能 | 从生活废水中富集的细菌群落 | 合成生物学 | NA | 动力学模型, 基因电路设计, 扫描电子显微镜, PCR | Monod模型, Verhulst模型 | 生物量浓度, 多糖产量, 氮浓度数据, 显微镜图像 | 生活废水中富集的细菌群落 | 基因电路设计 | 硝化细菌群落 | BUFFER门逻辑基因电路用于控制琥珀聚糖生产 | 环境, 废水处理 |
| 1712 | 2025-10-05 |
Microbial therapeutics for cancer: emerging strategies and biomedical applications
2025-Sep-18, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d5cc03618f
PMID:40891348
|
综述 | 系统阐述工程化微生物在癌症治疗中的设计策略、功能优化及生物医学应用 | 整合合成生物学与纳米技术实现微生物的精准药物递送和时空调控功能 | 临床转化面临挑战,需要跨学科整合 | 开发基于工程微生物的下一代癌症治疗方法 | 工程化微生物及其在肿瘤治疗中的应用 | 合成生物学 | 癌症 | 基因编辑、表面修饰 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 药物释放系统、免疫调节回路 | 医学 |
| 1713 | 2025-10-05 |
Pathway crosstalk enables degradation of aromatic compounds in marine Roseobacter clade bacteria
2025-Sep-17, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00978-25
PMID:40793766
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研究论文 | 本研究解析了海洋玫瑰杆菌类群细菌中芳香族化合物的完整降解途径,发现了不同代谢途径间的交叉作用 | 发现了芳香化合物降解途径与β-氧化途径在最终硫醇化步骤的交叉作用,建立了新型海洋平台用于系统水平研究和生物勘探 | NA | 解析海洋细菌中芳香化合物的降解途径,为生物修复和生物碳循环利用提供基础 | 海洋玫瑰杆菌类群细菌及其芳香化合物降解代谢途径 | 合成生物学 | NA | 多组学分析,CRISPR-Cas基因组编辑 | NA | 基因组数据,代谢组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 海洋玫瑰杆菌类群细菌 | 芳香化合物降解途径,β-酮己二酸途径,β-氧化途径 | 环境,工业生物技术 |
| 1714 | 2025-10-05 |
Probiotic Bacteria as Therapeutics and Biohybrid Drug Carriers: Advances, Design Strategies, and Future Outlook
2025-Sep-15, ACS applied bio materials
IF:4.6Q2
DOI:10.1021/acsabm.5c00959
PMID:40888536
|
综述 | 探讨益生菌作为药物递送平台的多样化策略及其在精准医疗中的应用前景 | 系统整合了益生菌作为生物杂交药物载体的多种工程化策略(包括细菌幽灵、外膜囊泡等),并重点探讨了与纳米颗粒系统的整合方法 | NA | 分析益生菌在靶向药物递送领域的最新进展和未来发展方向 | 益生菌及其工程化衍生物(细菌幽灵、外膜囊泡、孢子等) | 合成生物学 | 癌症, 胃肠道疾病 | 基因工程, 纳米技术, 合成生物学 | NA | NA | NA | 质粒表达, 基因组整合 | 益生菌 | 靶向治疗系统, 免疫调节系统, 刺激响应机制 | 医药 |
| 1715 | 2025-10-05 |
Cephalotaxus-Derived Homoharringtonine: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Role in Modern Cancer Therapy
2025-Sep, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.70122
PMID:40970823
|
综述 | 本文系统评述三尖杉属植物来源的高三尖杉酯碱的生物合成、作用机制及其在现代癌症治疗中的应用 | 首次全面评估三尖杉生物碱在实体瘤中的未充分研究机制,并探讨合成生物学和精准医疗等创新策略 | 存在化学复杂性、监管障碍和毒性特征等挑战,相关代谢物的生物活性知识仍存在空白 | 探讨三尖杉生物碱作为抗癌药物的潜力及其在精准肿瘤学中的应用 | 三尖杉属植物及其生物活性代谢物(特别是高三尖杉酯碱) | NA | 白血病, 实体瘤 | 合成生物学, 先进药物递送系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 1716 | 2025-10-05 |
Compartmentalized Terpenoid Production in Plants Using Agrobacterium-Mediated Transient Expression
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_2
PMID:38468080
|
研究论文 | 本文介绍利用农杆菌介导的瞬时表达技术在植物中区室化生产萜类化合物的方法 | 采用农杆菌介导的瞬时表达技术实现萜类生物合成的亚细胞区室化 | NA | 开发快速构建萜类化合物合成通路并实现区室化生产的方法 | 本氏烟草(Nicotiana benthamiana)中的萜类化合物合成通路 | 合成生物学 | NA | 农杆菌介导的瞬时表达技术 | NA | NA | NA | 农杆菌介导的转化 | 本氏烟草 | 萜类化合物合成通路的区室化设计(质体、细胞质、脂滴表面) | 工业生物技术 |
| 1717 | 2025-10-05 |
Engineered implementations of spatial computation in biological systems
2025-Oct, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103631
PMID:40712326
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综述 | 探讨工程化生物系统中空间计算实现的原理与应用 | 提出超越传统单细胞逻辑系统的空间分布式计算框架,模拟形态发生梯度等自然现象 | NA | 研究如何通过空间和适应性计算解决复杂计算挑战 | 工程化生物计算系统 | 合成生物学 | NA | 空间计算框架 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间计算系统、形态发生梯度模拟、细胞区室化 | 医疗,环境,诊断 |
| 1718 | 2025-10-05 |
Design of strictly orthogonal biosensors for maximizing renewable biofuel overproduction
2025-Sep-10, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.09.015
PMID:40939890
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研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的BT模型,用于预测转录因子BmoR的关键残基区域,并通过半理性工程获得具有严格信号分子正交性的BmoR突变体,应用于生物燃料高产菌株筛选 | 首次证明氢键计数在TF-SM相互作用中的主导作用,并建立了机器学习引导的TF进化框架,实现了严格信号分子正交性 | NA | 设计具有严格信号分子正交性的生物传感器以最大化可再生生物燃料的过量生产 | 转录因子BmoR及其与信号分子的相互作用 | 合成生物学 | NA | 随机森林算法、Discovery Studio模拟、微尺度热泳动(MST)亲和力测定 | 随机森林 | 蛋白质-配体复合物结构数据 | 245个TF-SM复合物的转录激活效应验证,5,700个BmoR突变体与4种信号分子的结合模拟 | 半理性工程 | 微生物 | 基于BmoR的生物传感器 | 能源,工业生物技术 |
| 1719 | 2025-10-05 |
Developmental regulatory factors promote the efficiency of crop genetic transformation
2025-Sep, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.24-345
PMID:40962472
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综述 | 系统探讨发育调控因子在提高作物遗传转化效率中的应用与前景 | 首次系统梳理发育调控因子在克服遗传转化技术瓶颈中的多重作用机制 | NA | 探讨发育调控因子如何提升作物遗传转化技术的效率和应用范围 | 主要农作物及其遗传转化技术体系 | 农业生物技术 | NA | 农杆菌介导转化、基因枪技术 | NA | NA | NA | NA | 农作物 | NA | 农业 |
| 1720 | 2025-10-05 |
Modular design of synthetic receptors for programmed gene regulation in cell therapies
2022-04-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.03.023
PMID:35427499
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研究论文 | 本研究通过模块化工程设计开发了合成跨膜蛋白水解受体(SNIPRs),用于编程治疗性细胞的基因调控 | 采用临床驱动设计流程构建受体,展示了系统模块化工程可生成具有可调传感和转录反应能力的受体平台 | NA | 开发用于治疗性细胞程序化基因调控的合成受体 | 合成跨膜蛋白水解受体(SNIPRs)和人类原代T细胞 | 合成生物学 | NA | 调节性跨膜蛋白水解技术 | NA | NA | NA | 模块化工程 | 人类原代T细胞 | 合成跨膜蛋白水解受体,具有多抗原识别和剂量控制生物活性载荷产生能力 | 医学 |