合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1721	2024-08-07	Engineering Plant Cell Fates and Functions for Agriculture and Industry 2024-04-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00047 PMID:38573786	观点	本文讨论了通过细胞基因组学和合成生物学工具，如生物传感器和DNA记录设备，来优化植物细胞特异性程序和细胞命运，以改善植物形态、环境响应和有价值化合物的生产	结合细胞基因组学和合成生物学工具，探讨了细胞特异性工程的新兴机会	对许多植物发育程序和细胞类型特异性功能的理解仍不完整	探讨如何利用合成生物学方法优化植物形态和提高有价值化合物的生产	植物细胞命运和功能	NA	NA	细胞基因组学，合成生物学	NA	NA	NA
1722	2024-08-07	LanTERN: A Fluorescent Sensor That Specifically Responds to Lanthanides 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00600 PMID:38377571	研究论文	介绍了一种名为LanTERN的镧系元素响应型荧光蛋白，该蛋白能够特异性地响应镧系元素	LanTERN是基于GCaMP设计的，通过基因工程改造使其从对钙的特异性转变为对镧系元素的特异性，能够直接将镧系元素的结合转化为显著增加的荧光	NA	开发新的合成生物学方法来测量镧系元素的结合	镧系元素响应型荧光蛋白LanTERN	合成生物学	NA	基因工程	荧光蛋白	蛋白质	10种镧系元素
1723	2024-08-07	Development of the Static and Dynamic Gene Expression Regulation Toolkit in Pseudomonas chlororaphis 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00714 PMID:38377538	研究论文	本研究构建了108个启动子-5'-UTR（PUTR）库，并通过荧光蛋白检测进行特征化，进而开发了静态和动态基因表达调控系统	本研究首次为非模式微生物Pseudomonas chlororaphis开发了静态和动态基因表达调控工具包，有助于精细调控基因表达和重编程代谢通量	NA	开发适用于Pseudomonas chlororaphis的基因表达精确调控工具包	Pseudomonas chlororaphis的基因表达调控	合成生物学	NA	荧光蛋白检测	NA	基因表达数据	108个启动子-5'-UTR（PUTR）
1724	2024-08-07	Subunits of an E3 Ligase Complex as Degrons for Efficient Degradation of Cytosolic, Nuclear, and Membrane Proteins 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00588 PMID:38404221	研究论文	本文系统分析了多蛋白E3泛素连接酶复合体的四个蛋白亚基作为设计降解子支架的功能，并展示了它们在不同细胞区室中对蛋白质降解的有效性。	本文创新性地利用E3泛素连接酶复合体的亚基作为设计降解子，实现了对细胞质、细胞核和膜蛋白的有效降解，并展示了其在合成生物学中的应用潜力。	文章中提到的E3连接酶亚基对膜和细胞质及细胞核蛋白的降解效率存在差异，需要进一步优化以提高一致性。	研究旨在探索和优化E3泛素连接酶复合体亚基作为设计降解子的应用，以实现对特定蛋白质的有效降解。	研究对象包括E3泛素连接酶复合体的四个蛋白亚基及其在不同细胞区室中对蛋白质降解的影响。	细胞生物学	NA	E3泛素连接酶	NA	蛋白质	不同细胞系中的多种蛋白质目标
1725	2024-08-07	Comprehensive Parameter Space Mapping of Cell Cycle Dynamics under Network Perturbations 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00631 PMID:38420905	研究论文	本文开发了一种基于液滴的合成细胞系统，用于在多维度上连续调节单细胞水平的参数，并系统性地扰动以细胞周期依赖性激酶（Cdk1）为中心的细胞周期振荡器，从而全面映射网络扰动下的周期景观。	本文提供了一个实验框架，用于全局参数空间扫描，并挑战现有模型，提出一个与观察到的响应相匹配的新模型。	NA	研究细胞周期动力学在网络扰动下的参数空间映射。	细胞周期振荡器及其在网络扰动下的响应。	合成生物学	NA	液滴为基础的合成细胞系统	细胞周期振荡器模型	细胞周期动力学数据	多个维度和全动态范围的单细胞参数调节
1726	2024-08-07	An Efficient Method for the Production of High-Purity Bioinspired Large Unilamellar Vesicles 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00540 PMID:38423534	研究论文	本文介绍了一种高效且简单的方法，用于生产高纯度的大型单层囊泡（LUVs），其直径范围在450-550 nm之间	本文优化了一种简单且高效的协议，用于生产高纯度的大型单层囊泡（LUVs），并详细研究了不同实验参数对囊泡浓度和大小的影响	NA	为了重现复杂的真核细胞区室化，合成生物学旨在从底层重建细胞膜包被的区室	大型单层囊泡（LUVs）的生产和特性	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
1727	2024-08-07	Genetic Parts and Enabling Tools for Biocircuit Design 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00691 PMID:38427821	综述	本文综述了用于设计生物电路的现有部件库及其在转录、翻译和翻译后水平的基因表达调控范式，并讨论了将这些部件整合到复杂设备和系统中的必要方面，以及当前对目录和标准化测量数据的努力。	建立了biopartsDB，一个经过精心策划的、具有详细定量数据的遗传部件和设备库数据库，这些数据已通过已发表文献验证。	NA	旨在综述当前用于设计生物电路的部件库及其基因表达调控范式，并讨论如何将这些部件整合到复杂设备和系统中。	遗传部件库及其在生物电路设计中的应用。	合成生物学	NA	NA	NA	数据库	NA
1728	2024-08-07	Enzymatic Assembly of Small Synthetic Genes with Repetitive Elements 2024-03-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00665 PMID:38437525	研究论文	本文介绍了一种用于组装含有重复元素的小型合成基因的方法	该方法通过将目标基因分割成带有Golden-Gate兼容末端的小片段，然后通过oligo延伸和Golden Gate Assembly组装成合成基因，解决了重复序列合成效率低的问题	该方法主要针对含有重复元素的基因，对于其他类型的基因可能不适用	开发一种有效的方法来组装含有重复元素的合成基因，以促进合成生物学的发展	含有重复元素的合成基因	合成生物学	NA	Golden Gate Assembly	NA	DNA序列	八个含有重复元素的挑战性基因，大小从133到456个碱基对
1729	2024-08-07	RNAi-based Boolean gates in the yeast Saccharomyces cerevisiae 2024, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2024.1392967 PMID:38895554	研究论文	本研究设计并构建了基于RNA干扰途径的布尔逻辑门，主要在酵母细胞中进行实验	首次在天然缺乏RNAi途径的酵母细胞中构建基于RNAi的布尔逻辑门	RNAi基逻辑门对启动子泄漏高度敏感，实施难度较大	设计并构建布尔逻辑门以促进合成生物学中的生物传感器和生物计算	酵母细胞中的RNA干扰途径	合成生物学	NA	RNA干扰	布尔逻辑门	DNA片段	不同表达盒的siRNA前体
1730	2024-08-07	Protein Cages and Nanostructures Constructed from Protein Nanobuilding Blocks 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3222-2_4 PMID:37308639	研究论文	本文介绍了使用WA20二聚体从头蛋白设计蛋白质纳米构建块（PN-Blocks）以构建自组装蛋白质笼和纳米结构的方法	开发了WA20-foldon蛋白质纳米构建块，通过融合WA20二聚体和T4噬菌体纤维蛋白的三聚体foldon域，实现了多种六聚体纳米结构的自我组装	NA	探索蛋白质笼和纳米结构的设计与构建方法，及其在合成生物学和生物制药领域的应用	蛋白质纳米构建块（PN-Blocks）及其自组装形成的蛋白质笼和纳米结构	合成生物学	NA	蛋白质融合	NA	蛋白质结构	多种六聚体纳米结构
1731	2024-08-07	A rapid and scalable approach to build synthetic repetitive hormone-responsive promoters 2024-Jul, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14313 PMID:38379432	研究论文	本文开发了一种简单、单管反应方法，用于生成包含多个重复元素的DNA序列，并利用GoldenBraid分子克隆技术去除填充序列，重新连接重复序列，并在载体中亚克隆串联序列。	该方法比以往的解决方案更简单、更通用和高效，能够快速且可扩展地构建合成重复激素反应性启动子。	NA	开发一种新的方法来克服高复杂度DNA序列合成中的限制，特别是包含短重复序列的DNA。	合成重复激素反应性启动子及其在植物中的应用。	合成生物学	NA	PCR扩增，GoldenBraid分子克隆技术	NA	DNA序列	两个不同的植物激素反应性合成重复近端启动子在植物中进行了测试。
1732	2024-08-07	Development and assessment of a multiepitope synthetic antigen for the diagnosis of Dengue virus infection 2024 May-Jun, The Brazilian journal of infectious diseases : an official publication of the Brazilian Society of Infectious Diseases DOI:10.1016/j.bjid.2024.103746 PMID:38703788	研究论文	本文研究开发了一种用于登革病毒感染诊断的多表位合成抗原，并通过实验评估了其性能	设计了两种基于不同来源表位序列的合成多表位抗原，rDME-C和rDME-BR，这些抗原在结构和功能上具有独特性，能够有效检测登革病毒感染中的IgM和IgG抗体	研究中未观察到与寨卡病毒感染小鼠血清的交叉反应，但与COVID-19血清样本存在交叉反应，这可能是未来研究中需要解决的问题	开发一种新型的合成多表位抗原，用于提高登革病毒感染诊断的准确性和特异性	登革病毒感染的诊断和监测	NA	登革热	合成生物学	NA	蛋白质	使用了登革病毒感染的血清样本进行测试
1733	2024-08-07	Advanced Multidimensional Separations in Mass Spectrometry: Navigating the Big Data Deluge 2016-Jun-12, Annual review of analytical chemistry (Palo Alto, Calif.) DOI:10.1146/annurev-anchem-071015-041734 PMID:27306312	研究论文	本文描述了基于质谱的多维分离技术作为大数据驱动的技术，并回顾了从大规模数据集中挖掘信息的新兴策略	讨论了从不同数据层次比较中获得的独特信息，并总结了新兴的数据可视化策略	NA	探讨质谱多维分离技术在科学和医学中的应用及其在大数据处理中的作用	质谱多维分离技术及其在数据挖掘和可视化中的应用	NA	NA	质谱（MS）	NA	大规模数据集	NA
1734	2024-08-07	Overexpression of arginase gene CAR1 renders yeast Saccharomyces cerevisiae acetic acid tolerance 2024-Dec, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2024.05.013 PMID:38882181	研究论文	本文研究了通过过表达酵母原生精氨酸酶编码基因CAR1来提高酵母Saccharomyces cerevisiae对醋酸的耐受性	过表达CAR1基因不仅提高了酵母在醋酸胁迫下的乙醇产量，还通过减少氨基酸总量、增加ATP水平和改善细胞膜完整性来增强酵母的耐受性，且这一效果独立于亚精胺和脯氨酸代谢	NA	研究如何通过遗传改造提高酵母对醋酸的耐受性，以促进纤维素乙醇的高效生产	酵母Saccharomyces cerevisiae及其对醋酸的耐受性	生物技术	NA	NA	NA	NA	NA
1735	2024-08-07	POMBOX: A Fission Yeast Cloning Toolkit for Molecular and Synthetic Biology 2024-02-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00529 PMID:37991801	研究论文	本文介绍了一种名为POMBOX的裂殖酵母克隆工具包，用于分子和合成生物学中的遗传电路构建	POMBOX工具包允许模块化组装多基因途径，并将可能的途径长度从6个转录单元增加到12个	NA	开发一种新的工具包，以解决裂殖酵母中缺乏用于生成多于一个转录单元的遗传电路的模块化工具的问题	裂殖酵母的遗传电路构建和代谢工程	合成生物学	NA	模块化克隆	NA	DNA序列	包括14个启动子和6个终止子，测试了4到24 kb的不同序列大小的基因组整合成功率
1736	2024-08-07	The "Duckweed Dip": Aquatic Spirodela polyrhiza Plants Can Efficiently Uptake Dissolved, DNA-Wrapped Carbon Nanotubes from Their Environment for Transient Gene Expression 2024-02-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00620 PMID:38127817	研究论文	研究报告了水生植物大浮萍（Spirodela polyrhiza）能够高效地从其生长介质中吸收包裹在DNA中的碳纳米管（DNA-CNTs），并实现转基因表达	提出了一种简化的转基因传递方法——“浮萍浸渍法”，无需大量纳米材料或直接渗透到植物组织中	NA	探索浮萍在植物生物技术中的应用潜力	水生植物大浮萍	植物生物技术	NA	碳纳米管（DNA-CNTs）	NA	DNA	NA
1737	2024-08-07	Special Issue on Artificial Intelligence for Synthetic Biology 2024-02-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00760 PMID:38214972	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1738	2024-08-07	Standardized Iterative Genome Editing Method for Escherichia coli Based on CRISPR-Cas9 2024-02-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00585 PMID:38243901	研究论文	本文开发了一种基于CRISPR-Cas9的标准化迭代基因编辑系统，用于在宿主染色体中高效插入多个基因	该系统利用CRISPR-Cas9和MetClo组装技术，实现了高达100%的单一位点基因插入效率，并通过使用强启动子表达tracrRNA，将多基因插入效率提高到7.3%	NA	开发一种高效且标准化的基因编辑方法，用于在宿主染色体中插入复杂的生物合成途径	大肠杆菌（Escherichia coli）	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9	NA	DNA	成功整合了5-10个基因的底盘细胞，产生了14种无抗生素、无质粒的生产者
1739	2024-08-07	DuBA.flow─A Low-Cost, Long-Read Amplicon Sequencing Workflow for the Validation of Synthetic DNA Constructs 2024-02-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00522 PMID:38295293	研究论文	本文介绍了一种低成本、长读长扩增子测序工作流程DuBA.flow，用于合成DNA构建体的验证	开发了一种高度可扩展的内部方法，使用长读长Nanopore测序快速验证扩增的DNA序列，并提供了自动分析管道	NA	验证合成DNA构建体的序列	合成DNA构建体，特别是质粒	合成生物学	NA	Nanopore测序	NA	DNA序列	NA
1740	2024-08-07	The SARS-CoV-2 Mpro Dimer-Based Screening System: A Synthetic Biology Tool for Identifying Compounds with Dimerization Inhibitory Potential 2024-02-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00446 PMID:38316139	研究论文	本研究开发了一种基于SARS-CoV-2主蛋白酶（M）二聚体的筛选系统（DBSS），利用合成生物学在BL21(DE3)中进行，旨在识别具有二聚体抑制潜力的化合物。	本研究创新性地开发了一种可在较低生物安全级别的实验室中使用的筛选系统，用于初步筛选具有SARS-CoV-2 M二聚体抑制活性的药物候选物。	NA	开发一种新的SARS-CoV-2主蛋白酶二聚体筛选系统，以在较低生物安全级别下识别有效的抗病毒候选药物。	SARS-CoV-2主蛋白酶二聚体及其抑制剂。	合成生物学	COVID-19	蛋白质建模和分子对接	NA	蛋白质和细胞	浓度范围为4-10 μg/mL的saquinavir与未处理的控制组进行比较