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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1861 | 2026-04-29 |
Single Molecule Force Measurements Reveal Energy Stabilization of Theophylline Aptamer RNA Switch Required for Gene Control
2026-Mar-25, ACS physical chemistry Au
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsphyschemau.5c00109
PMID:41909145
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研究论文 | 利用单分子力谱测量茶碱适体RNA开关的能量稳定化机制及其在基因调控中的作用 | 首次通过光镊单分子力谱技术量化了茶碱结合对RNA适体折叠动力学的影响,发现茶碱通过稳定结构而非诱导构象重排来调控基因表达 | 未提及实验局限性或应用中的潜在挑战 | 揭示茶碱适体RNA开关的折叠动力学和能量稳定化机制,为合成生物学中适体工具的设计提供依据 | 茶碱适体RNA | 合成生物学 | NA | 光镊单分子力谱(optical tweezers single-molecule force spectroscopy) | NA | 单分子力曲线 | 单分子级别的RNA分子样本 | NA | NA | 茶碱适体RNA开关(theophylline aptamer RNA switch) | 合成生物学, 医学(治疗) |
| 1862 | 2026-04-29 |
Harnessing Transient Expression Systems with Plant Viral Vectors for the Production of Biopharmaceuticals in Nicotiana benthamiana
2025-Jun-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26125510
PMID:40564973
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综述 | 综述了利用植物病毒载体在本氏烟中瞬时表达系统生产生物制药的关键作用与最新进展 | 阐述了病毒载体修饰、水培法和受控环境农业等创新技术如何提升可扩展性和法规合规性,并通过糖基化工程拓宽可生产的生物制药范围 | 未明确讨论瞬时表达系统在工业生产中的长期稳定性或大规模生产成本控制的具体挑战 | 强调瞬时表达系统在生物制药生产、教育、合成生物学和基因编辑中的应用潜力,并推动植物分子农业成为现代生物技术的关键组成部分 | 本氏烟中的瞬时表达系统及植物病毒载体 | 合成生物学 | NA | 瞬时表达 | NA | NA | NA | 病毒载体 | 本氏烟 | 植物病毒载体驱动的瞬时表达系统 | 医药, 生物技术 |
| 1863 | 2026-04-29 |
Activation of Innate Immune Responses by a CpG Oligonucleotide Sequence Composed Entirely of Threose Nucleic Acid
2019-02, Nucleic acid therapeutics
IF:4.0Q2
DOI:10.1089/nat.2018.0751
PMID:30526333
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研究论文 | 评估完全由苏糖核酸组成的CpG寡核苷酸序列激活先天免疫反应的能力 | 首次研究了异种核酸(XNA)诱导免疫反应的潜力,具体评估了苏糖核酸(TNA)在免疫激活中的作用 | 仅观察到mRNA信号的轻微诱导和B细胞系的强烈激活,对细胞增殖影响可忽略,可能免疫效果有限 | 探究TNA作为核酸治疗候选物的免疫原性 | B细胞系及其免疫反应 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 苏糖核酸(TNA)寡核苷酸序列,基于胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(CpG)序列 | 医药 |
| 1864 | 2026-04-28 |
Nanoparticle-Based Membranes on Coacervates: From Interfacial Assembly to Biomimetic Applications
2026-Apr, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202514620
PMID:41848017
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综述 | 介绍基于纳米颗粒膜包覆凝聚液滴的形成机制、理化性质及仿生应用 | 系统分类纳米颗粒膜形成的主要驱动力(界面能驱动自组装、静电相互作用主导组装、协同多机制组装),并强调膜包覆显著提升凝聚液滴的结构完整性和选择性分子渗透性 | 当前在纳米颗粒包覆凝聚液滴的设计和调控方面存在局限性 | 通过概述纳米颗粒基膜包覆凝聚液滴的研究进展,推动其在合成生物学和仿生材料领域的进一步研究和应用 | 凝聚液滴和基于纳米颗粒的膜包覆系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 仿生材料 |
| 1865 | 2026-04-28 |
Exploring the chemical diversity of Dictyostelium secondary metabolites and their biological implications
2026-Mar-10, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-04742-8
PMID:41805866
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综述 | 详细介绍盘基网柄菌次级代谢产物的化学多样性及其生物学意义 | 首次全面总结了盘基网柄菌中独特的次级代谢产物化学多样性,包括其他微生物来源中未发现的稀有骨架化合物,并揭示了多酮合酶和萜烯合酶基因家族在代谢多样性中的作用 | 未提及具体的研究局限性,可能受限于现有基因组数据的不完整性和代谢产物产出量的优化问题 | 探索盘基网柄菌次级代谢产物的化学多样性及其在药物发现中的潜在应用 | 盘基网柄菌的次级代谢产物,包括多酮类、萜类、生物碱、酚类和肽类等 | 天然产物化学 | NA | 色谱法, 光谱法, 化学合成, 基因组挖掘 | NA | 文本, 化学结构数据 | NA | NA | 盘基网柄菌 | NA | 医学, 药学 |
| 1866 | 2026-04-28 |
From machine learning to multimodal models: The AI revolution in enzyme engineering
2026-Mar, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100044
PMID:42038007
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综述 | 本文系统回顾了人工智能在酶工程中的发展,从传统机器学习到多模态模型,并提供了当前酶工程任务的指导图景 | 提出了AI在酶工程中演进的四个阶段(经典机器学习、深度神经网络、蛋白质语言模型和多模态架构),并总结了重塑该领域的四大趋势,包括从手工特征到统一嵌入、从单模态到多模态系统的转变等 | 作为综述,未提出新的实验方法或数据,可能未涵盖所有最新研究进展 | 提供AI在酶工程中应用的整合视角,包括模型类型、关键任务和数据资源 | 酶工程任务,包括功能注释、结构建模和性质预测 | 机器学习 | NA | NA | 经典机器学习算法、深度神经网络、蛋白质语言模型、多模态架构 | 蛋白质序列与结构数据 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、生物催化、药物发现 |
| 1867 | 2026-04-28 |
Advances in the microbial biosynthesis of ʟ-tryptophan and its derivatives
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100046
PMID:42038707
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综述 | 综述L-色氨酸及其衍生物的微生物合成进展 | 系统总结了提高微生物L-色氨酸产量的优化策略及工程菌株在合成高价值衍生物方面的应用,并探讨了合成生物学快速进化为衍生物生产带来的变革性机遇 | 仍存在若干关键瓶颈,但未具体阐述 | 优化微生物合成途径以高效生产L-色氨酸及其衍生物 | L-色氨酸及其衍生物的微生物合成 | 合成生物学 | NA | 微生物合成 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | 生物合成途径 | 医药, 食品 |
| 1868 | 2026-04-28 |
Four enzymes from button bush enable de novo biosynthesis of spirooxindole alkaloids in yeast
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100049
PMID:42038706
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研究论文 | 本文从风箱树中发现了四种酶,并在酵母中实现了螺环氧化吲哚生物碱的从头生物合成 | 首次发现并表征了四条酶的级联反应途径,能够在酵母中完全从头合成异育亨宾型氧化吲哚生物碱,阐明了氧化吲哚形成的酶学逻辑 | 未明确提及局限性 | 揭示异育亨宾型氧化吲哚生物碱的生物合成途径并实现其在酵母中的异源重建 | 风箱树中的四种酶(CoAJS、CoHYC3O、CoHYC3R、CoOIS)及相应生物碱产物 | 合成生物学 | NA | 转录组挖掘、生化验证、酶动力学分析、酵母工程改造 | NA | NA | NA | 酵母菌株工程 | 酿酒酵母 | 四酶级联途径,将鹰爪豆碱苷元转化为异育亨宾型氧化吲哚生物碱(米曲菲林、异米曲菲林、uncarine F) | 医药、工业生物技术 |
| 1869 | 2026-04-28 |
DeepCodon: A deep learning codon-optimization model to enhance protein expression
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100042
PMID:42038710
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研究论文 | 提出一种名为DeepCodon的深度学习密码子优化模型,用于增强蛋白质表达 | 首次在密码子优化中保留功能上重要的稀有密码子簇,采用条件概率策略保护保守稀有密码子 | 未详细说明模型的泛化能力或在不同宿主物种中的表现 | 开发一种多目标密码子优化工具,平衡宿主密码子偏好、GC含量和mRNA二级结构等因素以提高异源基因表达 | Enterobacteriaceae序列、P450和G3PDH基因 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN | 序列数据 | 150万个天然肠杆菌科序列,7种低产量P450和13种AI设计的G3PDH | NA | E. coli | NA | 合成生物学、基因工程 |
| 1870 | 2026-04-28 |
Protein design drives synthetic biology research of plant natural products
2025-Dec, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2025.100048
PMID:42038708
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综述 | 本文综述了蛋白质设计技术在植物天然产物合成生物学研究中的前沿进展,探讨如何通过人工智能与合成生物学深度融合解决植物天然产物微生物生产中的关键瓶颈 | 系统阐述了蛋白质设计技术在解决植物天然产物生物合成中未知酶步骤和植物源酶功能表现不佳等难题方面的突破性进展,并强调了人工智能与合成生物学深度融合的潜力 | 未深入讨论蛋白质设计技术的具体实验验证细节及其在工业规模化生产中的实际应用挑战 | 总结蛋白质设计技术在植物天然产物生物合成中的应用,探索解决微生物生产瓶颈的方法 | 植物天然产物及其相关的植物源酶 | 合成生物学 | NA | 蛋白质设计技术 | NA | NA | NA | NA | 微生物系统 | 植物天然产物的生物合成途径 | 医药, 化妆品, 食品 |
| 1871 | 2026-04-28 |
The convergence of AI and synthetic biology: the looming deluge
2025-Jul-01, npj biomedical innovations
DOI:10.1038/s44385-025-00021-1
PMID:42032179
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评论 | 探讨人工智能与合成生物学融合带来的机遇与风险,并提出监管策略 | 首次综合性地分析AI驱动合成生物学在医学、农业和可持续发展领域的创新潜力,同时系统性地评估双重用途风险、治理缺口和伦理困境 | 未提供具体实验数据或案例研究,分析较为宏观,缺乏实证支持 | 探讨AI与合成生物学融合如何加速生物工程流程,并识别相关风险与治理需求 | AI驱动合成生物学的应用场景及治理框架 | 机器学习, 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 农业, 可持续性 |
| 1872 | 2026-04-28 |
Construction of P450 scaffold biocatalysts for the biodegradation of five chloroanilines
2025-05-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137305
PMID:39854990
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研究论文 | 通过工程化P450BM3活性位点,构建具有过氧酶活性的人工生物催化剂,用于五种氯苯胺的生物降解 | 首次通过将高度保守的苏氨酸268替换为天冬氨酸,诱导P450BM3产生过氧酶活性,实现无需NAD(P)H或双功能小分子的高效催化 | 未提及长期稳定性、大规模应用可行性或实际环境条件下的性能评估 | 开发绿色可持续的氯苯胺降解技术 | 五种氯苯胺(4-氯苯胺、2-氯苯胺、2,4-二氯苯胺、3,4-二氯苯胺和3,5-二氯苯胺) | NA | NA | UPLC-MS | NA | 质谱数据 | 五种氯苯胺化合物 | NA | NA | NA | 环境修复 |
| 1873 | 2026-04-28 |
Functional characterization and regioselectivity manipulation of two Benzylisoquinoline alkaloids O-methyltransferases from Stephania yunnanensis
2025-04, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2025.108238
PMID:39922041
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研究论文 | 本文从云南金不换中鉴定并表征了两个功能相同但系统发育不同的苄基异喹啉生物碱7-O-甲基转移酶SyOMT4和SyOMT5,并通过对底物结合微环境的操作改变其催化区域选择性 | 首次发现通过操纵底物结合微环境中的三个残基(R143/L156/H163和F154/F167/G174),可将SyOMT4转化为高度特异的BIA 6OMT(SyOMT4-WFE),并将SyOMT5工程化为BIA N-甲基转移酶(SyOMT5-WFE和SyOMT5-WFD),拓展了BIA OMT的功能谱 | 未评估工程化酶在合成生物学和代谢工程中的实际应用效果 | 研究云南金不换中苄基异喹啉生物碱O-甲基转移酶的功能并通过蛋白工程改变其区域选择性 | 来自云南金不换(Stephania yunnanensis)转录组数据的两种O-甲基转移酶SyOMT4和SyOMT5 | NA | NA | 转录组测序、定点突变、结构建模 | NA | 转录组数据 | 从云南金不换转录组数据中鉴定两种酶 | 定点突变 | NA | NA | 医学、合成生物学、代谢工程 |
| 1874 | 2026-04-28 |
Rapid, Low-Cost Detection of Zika Virus Using Programmable Biomolecular Components
2016-May-19, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2016.04.059
PMID:27160350
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研究论文 | 利用可编程生物分子组件快速、低成本检测寨卡病毒 | 结合等温RNA扩增与趾钩开关RNA传感器,并引入新型CRISPR/Cas9模块实现单碱基分辨率区分病毒株 | 未提及 | 开发可用于大流行地区的低成本现场快速诊断工具 | 寨卡病毒RNA基因组 | 合成生物学 | 寨卡病毒感染 | 等温RNA扩增、CRISPR/Cas9 | NA | RNA序列 | 实验使用来源于病毒血症猕猴的血浆样本 | CRISPR-Cas9 | 无细胞系统(纸基传感器) | 趾钩开关RNA传感器与CRISPR/Cas9模块联用 | 医学 |
| 1875 | 2026-04-27 |
Multilayer microbial framework of aerobic granule microecosystems: Integrating community ecology, genetic networks, and enhancement strategies
2026-Jul, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134569
PMID:41950970
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综述 | 提出好氧颗粒污泥微生态系统的多层微生物框架,整合群落生态学、遗传网络和强化策略 | 提出功能性状驱动的自组织过程而非简单细胞聚集的概念框架,揭示群体感应系统与代谢协同和功能分区强化的关联机制 | 缺乏定量跨尺度耦合模型,当前强化策略存在局限性,工程普遍性和可设计性尚需验证 | 统一解释好氧颗粒污泥形成与稳定性的微生物学机制 | 好氧颗粒污泥微生态系统 | 环境微生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | 好氧颗粒污泥中的微生物群落 | 群体感应调控回路(luxI/luxR通路) | 废水处理, 环境工程 |
| 1876 | 2026-04-27 |
Ion- and Temperature-Programmable Reconfiguration of Subcompartments in Synthetic Cells
2026-Apr-28, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500928
PMID:42029428
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研究论文 | 提出一种纯镁离子介导的可逆子区室组装机制,实现合成细胞内的动态重构 | 首次利用镁离子作为可逆调控因子,通过离子浓度和温度变化实现合成细胞子区室的空间重构,克服了合成细胞设计中动态重组的挑战 | 未研究镁离子在生理浓度下的长期稳定性及多离子协同效应,也未验证该系统在复杂生物环境中的适用性 | 开发一种基于物理刺激的合成细胞动态组织机制,模拟活细胞子区室的空间重组 | 带负电的巨型单层囊泡和中性大单层囊泡,分别作为合成细胞底盘和子区室模型 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 1877 | 2026-04-27 |
Engineering oncolytic bacteria as precision cancer therapeutics: design principles, therapeutic strategies, and translational perspectives
2026-Apr-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwaf085
PMID:41128615
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综述 | 综述了工程化溶瘤细菌作为精准癌症治疗平台的设计原则、治疗策略和转化前景 | 系统整合了合成生物学调控回路设计(感知外源信号、细菌自身信号、肿瘤微环境特征)与多种治疗模态的联合策略 | 未提及临床试验中宿主免疫反应对细菌活性的具体影响及长期安全性数据 | 为开发安全有效的个性化细菌癌症疗法提供设计框架和转化路线 | 工程化溶瘤细菌及其基因调控回路 | 合成生物学 | 癌症 | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 群体感应系统, 合成基因回路 | 细菌(如溶瘤细菌) | 诱导型/自主调控回路(包括群体感应开关、细菌入侵开关、一氧化氮响应启动子、缺氧/低pH/乳酸响应启动子),产物释放模块(前药转化酶、细胞因子、抗体/纳米抗体片段) | 医学 |
| 1878 | 2026-04-25 |
From Gene Knockouts to Genome Remodeling: Large DNA Fragment Deletion Technologies in Plants
2026-Mar-15, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15060909
PMID:41901428
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综述 | 系统比较植物中用于大DNA片段删除(LDFD)的主要技术,包括ZFNs、TALENs、CRISPR/Cas系统、位点特异性重组酶、转座子系统及引物编辑衍生策略,并讨论当前瓶颈与未来方向 | 首次全面比较植物中多种LDFD技术的机制与效率,强调植物特异性染色质组织和DNA修复对删除效果的约束,并展望AI辅助设计核酸酶与重组酶等新方向 | NA | 综述植物中大DNA片段删除技术的现状、瓶颈及未来发展方向,以推动功能基因组学与理性基因组设计 | 植物中已应用的大DNA片段删除技术 | NA | NA | ZFNs, TALENs, CRISPR/Cas系统(Cas9、Cas12a、Cas3),位点特异性重组酶,转座子系统,引物编辑衍生策略 | NA | NA | NA | ZFNs, TALENs, CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a, CRISPR-Cas3, 位点特异性重组酶, 转座子系统, 引物编辑衍生策略 | 植物 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 1879 | 2026-04-25 |
Engineered Bacteriophages: A Next-Generation Platform for Precision Antimicrobials and Therapeutics
2026-Mar-13, Viruses
DOI:10.3390/v18030355
PMID:41902263
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综述 | 系统总结了工程化噬菌体在制备技术、抗菌应用和癌症治疗中的进展,并分析了临床转化的挑战 | 提出工程化噬菌体作为可定制的精准生物工具,融合合成生物学、医学和环境科学,为抗菌药物耐药性危机提供变革性解决方案 | 监管审批、大规模生产和长期安全性验证等关键挑战尚未解决 | 总结工程化噬菌体的制备技术及其在精准抗菌和医疗中的应用前景 | 工程化噬菌体 | 合成生物学 | 抗菌药物耐药性感染、胃肠道疾病、癌症 | NA | NA | NA | NA | 基因修饰、化学偶联、物理封装 | 噬菌体 | 工程化噬菌体作为精准抗菌剂、靶向递送载体、免疫佐剂 | 医学、环境科学 |
| 1880 | 2026-04-25 |
Unlocking lignin valorization and harnessing lignin-based raw materials for bio-manufacturing
2025-04, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2792-x
PMID:39704933
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综述 | 本文综述了利用生物策略实现木质素增值以及将木质素转化为生物制造原料的最新进展 | 综合了木质素降解酶、代谢工程、合成生物学和人工智能驱动技术等多学科交叉方法,提出利用数字系统和人工智能技术促进木质素商业化的创新观点 | 主要基于现有文献分析,可能缺乏大规模实际应用验证数据,且未深入探讨技术经济可行性 | 探索木质素增值的有效生物转化途径,推动将其作为可持续原料用于生物基制造 | 木质素及其衍生物的降解与转化工艺、相关酶系统、代谢途径及工程菌株 | NA | NA | 木质素降解酶、代谢工程、遗传工程 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 木质素降解菌株或菌群 | 三羧酸循环代谢路径重定向 | 环境、能源、工业生物技术 |