合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1861	2024-08-07	Bioinformatics for the synthetic biology of natural products: integrating across the Design-Build-Test cycle 2016-Aug-27, Natural product reports IF:10.2Q1 DOI:10.1039/c6np00018e PMID:27185383	综述	本文综述了生物信息学工具如何促进合成生物学中设计-构建-测试循环的整合，特别是针对天然产物发现和生产	强调了生物信息学工具在设计、构建和测试阶段的整合优势及其互操作性	文章未明确提及具体限制	探讨生物信息学工具在合成生物学中的应用，特别是在天然产物发现和生产中的整合	生物信息学工具在合成生物学设计-构建-测试循环中的应用	生物信息学	NA	NA	NA	NA	NA
1862	2024-08-07	Computational genomic identification and functional reconstitution of plant natural product biosynthetic pathways 2016-Aug-27, Natural product reports IF:10.2Q1 DOI:10.1039/c6np00035e PMID:27321668	research paper	本文讨论了四种计算驱动策略在识别植物天然产物生物合成途径中的应用，并展望了合成生物技术在功能重建候选途径中的潜力。	开发了四种计算驱动策略来识别植物天然产物生物合成途径，包括物理聚类、共表达、进化共现和表观基因组共调控。	NA	探讨如何利用计算方法发现植物生物合成途径，并展望合成生物技术在功能重建候选途径中的应用。	植物天然产物生物合成途径	生物信息学	NA	计算生物学	NA	基因组数据	NA
1863	2024-08-07	BuD, a helix-loop-helix DNA-binding domain for genome modification 2014-Jul, Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography DOI:10.1107/S1399004714011183 PMID:25004980	研究论文	本文报道了一种新的螺旋-环-螺旋DNA结合域BuD，用于基因组修饰，并展示了其在人类血红蛋白β基因中的高效和特异性应用	BuD域通过单一残基到核苷酸的编码识别DNA目标，便于基因靶向的重新设计，为精确的基因组修饰或基因表达调控提供了工具包	NA	开发一种新的策略，通过定制蛋白质和内源性DNA修复机制的添加、移除或交换DNA序列，实现特定基因修饰，以解决DNA编辑过程中的不准确性问题	BuD域及其在人类血红蛋白β基因中的应用	生物医学	镰状细胞贫血	NA	NA	蛋白质结构	19 bp DNA目标
1864	2024-08-07	Towards consolidated bioprocessing of biomass and plastic substrates for semi-synthetic production of bio-poly(ethylene furanoate) (PEF) polymer using omics-guided construction of artificial microbial consortia 2024-Jun, Enzyme and microbial technology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.enzmictec.2024.110429 PMID:38537325	综述	本文综述了利用整合废物生物精炼策略进行半生物合成生产聚乙烯呋喃酸酯（PEF）单体的最新进展，特别强调了使用组学驱动的系统生物学方法在酶发现和途径构建中的应用。	本文提出了使用人工生物工程微生物群落来提供流线型系统和合成生物学策略，以利用植物生物质和塑料衍生基质进行生物基PEF单体生产。	目前尚未提及具体的限制。	探讨半生物合成生产PEF单体的技术挑战和生物技术兴趣，以及如何通过微生物群落和系统生物学方法优化这一过程。	聚乙烯呋喃酸酯（PEF）单体的合成及其在生物基塑料生产中的应用。	生物技术	NA	组学技术	微生物群落	生物质和塑料废物	NA
1865	2024-08-07	Harnessing iron‑sulfur enzymes for synthetic biology 2024-Jun, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119718 PMID:38574823	review	本文综述了利用铁硫酶在合成生物学中的应用，并探讨了克服其活性限制的策略	强调了蛋白质结构预测和设计在解决铁硫酶应用挑战中的潜力	铁硫酶在工程代谢途径中的生产指标尚未达到工业应用要求	加速开发适用于工业的铁硫酶依赖性生物合成途径	铁硫酶及其在生物合成途径中的应用	合成生物学	NA	蛋白质结构预测和设计	NA	NA	NA
1866	2024-08-07	A Gene-Switch Platform Interfacing with Reactive Oxygen Species Enables Transcription Fine-Tuning by Soluble and Volatile Pharmacologics and Food Additives 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306333 PMID:38526196	研究论文	本研究开发了一种基于活性氧物种（ROS）的哺乳动物基因开关平台，能够通过多种分子精细调控治疗基因的表达	该系统利用KEAP1作为ROS传感器，通过NRF2的核转位激活目标基因表达，扩展了可驱动治疗基因开关的小分子诱导剂种类	NA	旨在通过合成生物学方法，精确控制基于细胞的基因治疗中的治疗蛋白质表达	开发一种能够通过多种分子生成低毒性ROS来控制治疗基因表达的基因开关平台	合成生物学	糖尿病	NA	NA	NA	实验使用了患有1型糖尿病的小鼠模型
1867	2024-08-07	Green horizons: how plant synthetic biology can enable space exploration and drive on Earth sustainability 2024-04, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103069 PMID:38341984	研究论文	本文探讨了利用植物合成生物学技术在太空探索中实现资源高效利用和自给自足的可能性，并强调这些技术在地球可持续发展中的应用价值	利用合成生物学技术，将微生物系统的经验应用于碳效率更高的光合作用生物，以满足从燃料到材料和药物的各种需求	NA	探讨植物合成生物学在太空探索和地球可持续发展中的应用	植物合成生物学技术及其在太空和地球环境中的应用	合成生物学	NA	合成生物学	NA	NA	NA
1868	2024-08-07	Carbon recycling with synthetic CO2 fixation pathways 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103023 PMID:38007984	综述	本文综述了构建合成CO2固定途径的最新进展，并讨论了设计原则及面临的挑战	结合自养生物和异养生物的优势，通过合成生物学和代谢工程在异养生物中实现合成碳固定	NA	探讨如何通过合成碳固定途径实现碳循环，以缓解全球气候变化并支持地球上的生命	合成CO2固定途径及其在不同CO浓度下的应用	合成生物学	NA	合成生物学和代谢工程	NA	NA	NA
1869	2024-08-07	Pseudomonas putida as a synthetic biology chassis and a metabolic engineering platform 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103025 PMID:38061264	研究论文	本文探讨了土壤细菌Pseudomonas putida（特别是KT2440菌株）作为合成生物学底盘和代谢工程平台的应用	本文展示了Pseudomonas putida在生物转化中的应用，包括生产有价值的化学品和降解/增值环境污染物，推动了传统酶学向自然界未探索反应的边界扩展	NA	研究Pseudomonas putida作为合成生物学底盘和代谢工程平台的潜力	Pseudomonas putida KT2440菌株及其在生物转化中的应用	合成生物学	NA	遗传编程	NA	NA	NA
1870	2024-08-07	Recent advances in the biological depolymerization and upcycling of polyethylene terephthalate 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103053 PMID:38128200	综述	本文综述了利用生物技术分解聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）并进行升级回收的最新进展	通过蛋白质工程策略提高PET水解酶的催化活性和效率，以及开发新型PET水解酶以实现大规模PET解聚	成本效益仍然是一个挑战，需要进一步研究以使PET升级回收在经济上可行	开发生物工具用于PET分解，并将其转化为有价值的平台化学品和材料	聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）及其分解产物	NA	NA	蛋白质工程	NA	NA	NA
1871	2024-08-07	Repeated Decision Stumping Distils Simple Rules from Single-Cell Data 2024-01, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2021.0613 PMID:38170180	研究论文	本研究介绍了一种名为重复决策树桩（ReDX）的方法，用于从单细胞数据中提取简单模型	提出了一种新的方法重复决策树桩（ReDX），通过构建深度为一的决策树来识别驱动细胞命运转换的基因产物，无需先验知识	NA	开发一种方法从单细胞数据中提取简单模型，以识别关键的基因产物	单细胞数据中的基因产物	机器学习	NA	决策树	决策树桩	单细胞数据	不同子样本的实验数据
1872	2024-08-07	Coupling chemistry and biology for the synthesis of advanced bioproducts 2023-12, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.102992 PMID:37688985	研究论文	本文探讨了将化学合成与生物合成相结合以生产高级生物产品的潜力	提出了一种结合生物合成和绿色化学的策略，以减少制造过程中的环境影响	生物反应器依赖大量水且效率不高，生物体对环境变化敏感	探索化学和生物合成相结合的新方法，以实现更可持续的制造过程	高级生物产品的合成方法	NA	NA	合成生物学	NA	NA	NA
1873	2024-08-07	Recent advances in systems metabolic engineering 2023-12, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103004 PMID:37778304	综述	本文综述了系统代谢工程领域的最新工具和策略，包括酶、遗传模块、途径、通量、基因组和细胞层面的工程，并强调了将学术研究转化为商业生产的挑战和前景。	系统代谢工程结合了代谢工程、系统生物学、合成生物学和进化工程，通过创建高效的微生物细胞工厂，革新了燃料和材料的可持续生产。	文章讨论了将学术级别的代谢工程研究过渡到商业规模生产的挑战。	探讨系统代谢工程的最新进展及其在微生物细胞工厂创建中的应用。	文章主要研究了微生物细胞工厂的创建及其在燃料和材料生产中的应用。	合成生物学	NA	系统代谢工程	NA	NA	NA
1874	2024-08-07	Emerging nonmodel eukaryotes for biofuel production 2023-12, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103015 PMID:37913603	研究论文	本文介绍了非模式真核生物在生物燃料生产中的新兴应用，并讨论了它们的特定优势	利用合成生物学和代谢工程的进步，非模式真核生物因其天然的优良表型和代谢特性，成为有前景的生物燃料生产者	非模式真核生物作为理想宿主用于未来生物燃料生产仍面临挑战	探讨非模式真核生物在生物燃料生产中的应用及其发展前景	非模式真核生物及其在生产纤维素乙醇、高级醇和脂肪酸/萜类衍生物生物燃料分子中的能力	NA	NA	合成生物学和代谢工程	NA	NA	NA
1875	2024-08-07	pyBrick-DNA: A Python-Based Environment for Automated Genetic Component Assembly 2023-12, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0008 PMID:38010519	研究论文	本文介绍了一种基于Python的软件环境pyBrick-DNA，用于自动化基因组件组装，加速遗传电路的原型设计	pyBrick-DNA提供了一个用户友好的环境，允许科学家选择基因序列或输入自定义序列来构建基因组件，所有组件模块化融合生成一个即用型单DNA片段	NA	开发自动化工具以加速遗传电路的模拟和实现	基因组件的自动化组装	合成生物学	NA	CRISPR	NA	DNA序列	NA
1876	2024-08-07	Impact of donor-recipient phylogenetic distance on bacterial genome transplantation 2016-09-30, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw688 PMID:27488189	研究论文	研究了供体与受体之间的系统发育距离对细菌基因组移植效率的影响	首次探讨了不同系统发育距离的细菌物种间基因组移植的效率，并发现了除系统发育距离外的其他物种特异性障碍	研究仅限于特定的细菌种类，且未完全阐明影响基因组移植的所有因素	探究影响基因组移植效率的细胞因素，以扩展现有的基因组兼容性限制	Mycoplasma capricolum subsp. capricolum作为受体细胞，以及来自Spiroplasma系统发育组的六种细菌作为供体	合成生物学	NA	基因组移植	NA	基因组数据	六种细菌的基因组被移植到Mycoplasma capricolum subsp. capricolum中
1877	2024-08-07	Mechanically activated artificial cell by using microfluidics 2016-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep32912 PMID:27610921	研究论文	本文通过微流控技术开发了一种新型机械激活人工细胞的方法	开发了一种新型微流控装置，能够捕获双乳液滴并进行压缩和吸引，从而实现人工细胞的机械感应	NA	通过体外自下而上的重建工程机械敏感人工细胞，理解大分子混合物如何组装和组织成响应力的复杂系统	机械敏感人工细胞	生物工程	NA	微流控技术	NA	乳液滴	NA
1878	2024-08-07	Bringing next-generation diagnostics to the clinic through synthetic biology 2016-09, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.15252/emmm.201606541 PMID:27402339	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1879	2024-08-07	Standardization for natural product synthetic biology 2016-Aug-27, Natural product reports IF:10.2Q1 DOI:10.1039/c6np00030d PMID:27313083	研究论文	本文讨论了标准化在天然产物合成生物学中的作用，特别是生物合成途径和基因簇数据的标准化，以及标准化在生物合成基因簇工程过程中的作用	强调了标准化部件和流程在区分合成生物学与传统遗传工程中的关键作用	NA	探讨标准化在天然产物合成生物学中的应用	生物合成途径、基因簇数据以及生物合成基因簇工程	合成生物学	NA	NA	NA	基因簇数据	NA
1880	2024-08-07	Coupling protein scaffold and biosilicification: A sustainable and recyclable approach for d-mannitol production via one-step purification and immobilization of multienzymes 2024-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.132196 PMID:38723818	研究论文	本文介绍了一种结合蛋白质支架和生物硅化的系统，用于一步法纯化和固定化多酶，以生产d-甘露醇。	引入了一种新的蛋白质支架和生物硅化结合系统，实现了多酶的一步法纯化和固定化，提高了d-甘露醇的产量和酶的稳定性。	文章未明确提及该方法的局限性。	开发一种可持续且可回收的方法，用于通过一步法纯化和固定化多酶来生产d-甘露醇。	研究对象包括蛋白质支架、生物硅化过程以及d-甘露醇的酶法合成。	NA	NA	蛋白质支架和生物硅化技术	NA	NA	酶与支架的比例为1:8，进行了6个周期的反应。